5D09A

Neisseria meningitidis 3 deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase phe211ala variant
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
334
structure length
334
Chain Sequence
KELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHALSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
publication title Neisseria meningitidis 3 deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase Phe211Ala variant at 2.35 Angstroms resolution
rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
total genus 124
structure length 334
sequence length 334
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5d09A00
2QDHA 1T0OA 4NU7A 5J5DA 4MZ1A 2VEIA 4JGDA 2GVGA 2ISVA 4WZHA 2YDAA 4AXKA 3TMQA 3TQVA 3A22A 3W7OA 1F5ZA 3M5YA 3W7GA 4FNTA 4JYDA 2PRMA 1VYRA 3UNDA 3M6YA 4DELA 2ZZ1A 3BW4A 3OVQA 3DKLA 4JICA 1OYCA 4O0KA 1L6WA 2A6NA 4OT7A 1F73A 2V2CA 4MLRA 1MEWA 1LRQA 4ORMA 2CLMA 3T4CA 4XBKA 4X2RA 1WDWA 3LERA 1SUXA 3W7QA 3KVMA 3GAYA 1QO2A 3CQ0A 3SECA 2YR1A 4I9AA 1FWNA 3MHGA 3GXPA 1JVNA 3BK0A 4JY9A 1YTKA 2TYSA 3TU9A 1H51A 4M6VA 4LT9A 5D05A 3C56A 1WOAA 1H50A 1OX6A 3MO7A 3PBYA 3E02A 1R46A 3DENA 2WNQA 4JX5A 4LUIA 2FIQA 3EKZA 5AYXA 2F84A 1PHQA 1RZMA 3F03K 4ZQNA 1SPQA 1H7RA 1SR9A 3UXDA 3KVJA 3KOFA 3W71A 3L0NA 2Y62A 1T8XA 2A6LA 4XTIA 5J5RA 1ZNNA 3BARA 3C2RA 2E5CA 1YXDA 4FXSA 1KLYA 3AO0A 3LI1A 3EX4A 3TNOA 2QAPA 1C29A 3B06A 3DFTA 1KM2A 2X1SA 3TJXA 3W7PA 1PCWA 2G5WA 3G1YA 1NSJA 2G96A 5KSWA 4QQ3A 1O4UA 1Z44A 4JX4A 4AWTA 2XN0A 3W1QA 4IMFA 1JCMP 3L66A 5HUPA 4JYEA 3LXAA 1YDNA 1SFLA 1GEQA 2X30A 3IGXA 3SSJA 5HWJA 2ZRUA 3PG9A 1JRCA 1YTEA 4A21A 1DBTA 4UR7A 3W85A 1G6CA 1R2RA 1FCQA 4O52A 4UXDA 1FUYA 3QPYA 3OBKA 3NQ7A 2B7PA 4QNEA 5HNRA 1OYAA 4LV9A 1X1OA 2NX9A 4O4WA 2JK2A 1K8YA 2C13A 1R2SA 1G67A 4K6AA 4XKYA 4HNNA 5LNWA 3T55A 2QCMA 4FEZA 4MZYA 3W1LA 2NXIA 3NPXA 1SU5A 1KA9F 3G1XA 2C15A 1KBJA 2Y70A 4DF1A 1I8JA 3QW4B 2CLEA 1EA0A 5C6MA 1LORA 3TAKA 5HR6A 3CWOX 3GVGA 3I68A 2QUUA 1FY6A 1YXCA 3B0PA 1AL8A 1OABA 2W79A 4NX0A 1GVFA 3OVRA 5HINA 3PVFA 3B4UA 2FDSA 2NWRA 2QAFA 4C1KA 4AHOA 2DJXA 3B0VC 2V5BA 4UFLA 4K7VA 5EY5A 4S2BA 3NQDA 5K4ZA 3O05A 4ZQPA 1L9WA 2TMDA 1P5BA 1D3HA 4M19A 4LS2A 1NAL1 1TO3A 2GVJA 2BSLA 4K39A 4YL2A 1VGAA 4JTSA 7TIMA 1YDOA 1S5TA 5F1UA 1FBAA 5FF7A 3P61A 3M16A 3L21A 3EXTA 1OFPA 1EPXA 1UCWA 3EWUA 4ZQOA 3LXBA 1W8SA 4NJJA 3P8JA 2GVLA 3LHVA 2V5LA 3SJ3A 1CX9A 5HWMA 1V7YA 3CU2A 4UIOA 3KAOA 5AC6A 3GK0A 3SFKA 4EVZA 2JKPA 2ZRZA 2J9ZA 3K30A 5FF2A 3QYQA 4FIRA 5I3FA 1JR1A 3W70A 3R2GA 2V81A 4BI6A 1GPWA 1JQVA 3GXNA 3IIZA 4TMBA 1QR7A 2RDUA 3JRKA 2NXHA 2YFNA 4H6KA 3H53A 2NUXA 5K9CA 1LOLA 4D2JA 1OJXA 3H55A 5HULA 1FCVA 2V8ZA 2TSYA 1GQNA 1VLWA 4U28A 4O10A 3FEMA 2EKCA 4HNUA 3R89A 1VQTA 3G8EA 1M6JA 4Z1DA 3WFAA 3M44A 3UWUA 3NQAA 5AC7A 3YPIA 3CEUA 4Q33A 5CPMA 4HNTA 4KFPA 3RF9A 2Q8ZA 2FPTA 3RNDA 3TH6A 1JUEA 5E1QA 5C5YA 5LGXA 1JCJA 4UTHA 3NQCA 1ICQA 1WOBA 4HPXA 1O5XA 5DY3A 1H7OA 2O7QA 1M5WA 2GPTA 4WOQA 1WYIA 5C2XA 3EX6A 4DBEA 4NQ1A 3F4WA 1G7UA 1L6YA 3P8IA 3DI1A 1UUOA 3W7EA 5MHBA 1YDVA 3O63A 2ZBTA 4NXKA 1FWTA 3LRMA 4DEFA 2QUTA 3N9RA 4OHQA 2BWGA 4I7UA 2B4GA 3B8DA 5EA9A 4PH6A 1L2UA 2LLEA 2KZHA 1WA3A 2V30A 1TPB1 3HG5A 1XBYA 1OX4B 5D2VA 3N73A 4MUZA 5FEWA 3LRLA 4IQLA 4LUJA 1LDCA 1O95A 2QJGA 1RQBA 3M1ZA 3W88A 4RCXA 2Z6JA 4CQ9A 3W1PA 3C2OA 3PUOA 3L0KA 3S42A 1B3OA 4LV4A 3M5XA 3W07A 1ZAIA 4ZQRA 3PY2A 4WY0F 3L68A 3PSWA 3VE9A 4AVFA 3GKFA 1DQXA 3LBMA 5F2IA 1NF0A 3NVTA 4O16A 3G0XA 1XXXA 1KM6A 2HS8A 5L9FA 4MIMA 5CPLA 3R13A 4JTIA 3ZWTA 1LZOA 2OZ0A 4GC4A 4UMCA 1NVMA 4FNRA 4IX2A 4IOTA 3I7QA 1QPNA 1LLWA 1W3IA 2C19A 4JTTA 3QFEA 1NF7A 4PCFA 4ZQMA 2O7SA 3A23A 1KFCA 3ATYA 2VENA 5K9DA 3F1QA 3DU0A 1S5WA 2GQAA 2I1OA 3NQVA 4GRSA 2WSRA 2FLIA 3FA5A 3DGRA 3QMRA 4FB7A 3FOKA 4HSOA 5CZJA 3P62A 2Y7DA 4N6FA 3MYPA 4MY8A 3NEVA 2CLIA 4MYAA 1H63A 4NJHA 3KX6A 2W6RA 1F74A 2YYUA 4Z0SA 2NV1A 3P80A 2Y7EA 2AQWA 1H5YA 3EX2A 4JNMA 2FPYA 3T7VA 4KWWA 1QWGA 4ADSA 1HO1A 1M7OA 1OFAA 4K7YA 4BWLC 1JUBA 3N9SA 2C16A 4O17A 4FX7A 1B9BA 1F6KA 1XL9A 5I3IA 1A5SA 1Q6LA 2ATSA 1HL2A 2B7QA 3W7JA 4CQ8A 3THAA 1RPXA 4JTJA 3STCA 2E6FA 4UNKA 1TV8A 4I7VA 3QZEA 2OT0A 3NXFA 1F6PA 3LCIA 3O6DA 5IBXC 5F1VA 2RDWA 4MZ8A 3WJSA 1RQEA 4O19A 4FHAA 3HGJA 3BLEA 3HPZA 4JR5A 1ALDA 2ZZ6A 2J27A 4FX6M 4BWLA 4DF0A 4GUFA 4UTIA 3QM3A 1T96A 2EF9A 4NXSA 1K7EA 1PHWA 1KM5A 3QPZA 3O6CA 1Z42A 2FFCA 1Q6OA 1TTIA 3G0SA 3L65A 3W74A 4QNWA 3RMJA 3FJLA 5K3VA 3IVTA 2V2HA 2DORA 1I2PA 4LVAA 3HO8A 4RZ6A 3QSTA 1PVNA 3OVPA 2VC6A 1TTQA 1N55A 1GVQA 2E09A 1RQHA 3G24A 2E68A 3IIXA 1KFKA 1SSGA 4Q32A 3RK8A 3CIWA 1FWWA 3GX9A 5CKSA 4CNPA 4JIQA 4EF9A 3S6DA 4PEKA 3I65A 1DQWA 4S2CA 2CLLA 4WY0B 3BVJA 3UPBA 1SZGA 2IQTA 2PRHA 3S8HA 3UXAA 2Z1BA 5DXYA 1ICSA 5KINA 3T78A 4E2BA 1ADOA 1EUNA 1UBSA 2CU0A 3GB6A 2QCNA 1MEIA 3SW6A 4P61A 3W7RA 2VOMA 3MMTA 3JR2A 3DI0A 3PBUA 5AHMA 2FQIA 3CT7A 3I6RA 4XUGA 3EXRA 1TJRA 2V2DA 3S0CA 1LTDA 3M9YA 3HPSA 1VCGA 2G95A 3A5VA 5G1YA 5K7JA 1E51A 3S5OA 4Y96A 5KTLA 1W5OA 4LRSA 1AK5A 3KRZA 3LTPA 1H60A 2GJLA 5AN7A 4UTUA 4CNOA 2NUWA 1G4EA 3FJ6A 4LS0A 4IMGA 4MYXA 3TFCA 4DO5A 3PM6A 2YGYA 4NNAA 1NFBA 4NJKA 1F7BA 5DN1A 3EXSA 1G4SA 3GXTA 3M43A 1TB3A 2Y7FA 3KRSA 1W5QA 2WSQA 4IUOA 4WUIA 3S9YA 1OHLA 3MP4A 5DCBA 1GWJA 3NGJA 3W84A 2WKJA 5ABTA 4FIQA 1W54A 3HPXA 4BI5A 5D33A 4R33A 2RFGA 2VFIA 3V1PA 3Q2DA 5AYYA 3W1XA 1AW5A 1X1ZA 1JJKA 3LDVA 5D37A 3NYZA 4LOCA 1YPFA 2OX1A 2ZFAA 3U8GA 3BW3A 1U5JA 3O07A 4JYFA 2J6XA 1EUAA 1OG0A 4N6EA 3W2KA 3W7NA 1FXPA 3DHDA 2E77A 2VELA 4UTJA 3W86A 3BLIA 4K36A 1OF6A 2Y89A 1GZGA 3NPWA 3D0CA 1DHPA 4O14A 4TO8A 5KMYA 1ZALA 3RLUA 5TIMA 4LVBA 4JTLA 4LVGA 1OFBA 3TW7A 4DO6A 1ME9A 1OYBA 4LVFA 2Z6IA 3W7KA 1AW1A 1LYXA 3WK1A 1B57A 2A21A 4XKYB 3UWYA 1KW1A 3ABRA 3LX9A 1PS9A 1ZHAA 4NNBA 5LHFA 1QPRA 1YXYA 3OEXA 3S5YA 4DPQA 1DOSA 2UV8G 1H7PA 2R91A 4O18A 3P84A 1Q6QA 1TTJA 1LROA 3PUDA 1DVJA 3TROA 2YXGA 3TJLA 2I14A 3HIJA 2YW4A 3QMSA 3KVLA 4JEQA 1F76A 1BWKA 2H8ZA 1W5MA 3CC1A 4E0CA 3LCFA 4LC6A 4X22A 2DZUA 3LOTA 1VCFA 1M7PA 4P2VA 3GZ3A 1OVDA 2ABAA 3VCRA 4OU1A 2BXVA 3Q94A 1ZAHA 5AHEA 5HQEA 3BW2A 3IEBA 3U2OA 1KM3A 4N2YA 3U6WA 4E38A 2FB3A 1TYGA 4UFKA 1SZNA 1J2WA 4TX9A 2J9YA 4RZ5A 1A50A 5D30A 2NV2A 4DBDA 3NM1A 1XBXA 3SZ8A 4J9JA 1TPVA 1WX0A 1W37A 4JXCA 3S5ZA 4DPPA 3M0ZA 2YPIA 4AF0A 4A2RA 1DV7A 3R8RA 1GYNA 3HG2A 4O15A 3UZ5A 2PCQA 1SW7A 4M5PA 2H6RA 3FLUA 4KFNA 1J4EA 5AHFA 1LP6A 3TR2A 1N8FA 5E0KA 4K38A 1F05A 3TW6A 2HSAA 4I7WA 4XBSA 2ABBA 4XZ9A 1OFOA 5CSRA 1H7WA 4N4QA 5CG7A 2Y63A 3KHJA 2EHHA 1XFBA 3M47A 4PFMA 1TPFA 3E9AA 1K7FA 1XI3A 3LRKA 1OF8A 4RXGA 3PULA 2D73A 1MZHA 3BPWA 3T40A 3UWZA 4UNLA 1HG3A 1EWDA 1H61A 3TAOA 3LXCA 1ZJIA 3N3MA 1LRNA 3W2MA 3EX3A 1SO3A 2P10A 1GG0A 3IGSA 2X1TA 2X1RA 4IPJA 3UWQA 4AB4A 3QQ0A 5CSSA 1OK4A 3INPA 4JDYA 5FF0A 2VKZG 1XKYA 3MP5A 1W3NA 4UFHA 2Y6ZA 2Q3RA 2QJIA 2VFFA 3W23A 1HUVA 1W0MA 4UTMA 5D38A 4GE8A 1L6SA 1N7KA 1R30A 1Z41A 3QMTA 5KITA 4NNCA 4WQ6A 3G18A 1I2NA 3DKJA 3UQNA 4RZ4A 4HT3A 1SO4A 4CNNA 3M5ZA 4UMAA 3STFA 3G1DA 2A5HA 4POCA 3LHWA 3A21A 3BLFA 1LRTA 1TRIA 2DZPA 2Y7GA 3ATZA 4RLIA 4AWUA 1VC4A 2CZ5A 3NR0A 4N9BA 4O12A 4O8RA 4RXFA 5BOOA 3W1MA 3GDRA 3FFSA 1S5VA 1IIHA 3A9IA 3BG3A 3LV6A 4XQ6A 4A29A 4JS3A 2WJZA 4RK8A 4HHPA 3R5EA 4Y6GA 3N2XA 3DZ1A 1QMLA 4K8EA 1ZY9A 5DBUA 3W2NA 2P0OA 3EWXA 1FDYA 4O1DA 2C0AA 2H8XA 2C18A 3A5FA 5D09A 3Q37A 2A85A 3CHVA 3THQA 2RDTA 5C55A 2A7NA 6ALDA 5LKYA 3ABOA 5D2TA 1VHNA 3GAKA 4UTWC 1HTIA 1P0KA 3WK0A 1OX5A 4QAIA 3NA8A 1GJPA 2TPSA 2ISSA 2NLIA 3OA3A 4RR4A 2YYTA 1ZAJA 3NZRA 5T26A 3EWWA 4K37A 2YX0A 1I45A 2EGZA 4ZVJA 1SO5A 3LTYA 2B0MA 1DORA 2CFFA 2Z2UA 1VJIA 2Q3OA 4JDBA 3W1UA 4GNJA 4QJ1A 4UTWA 3STEA 3CWNA 2QCFA 3IV3A 3NM3A 4GWEA 2CLKA 1H7NA 5A8GA 5I3GA 4L4MA 2QKFA 3LCWA 5U7SA 3PG8A 1KFLA 2BZNA 3A24A 1SSDA 1TPH1 3W7IA 2WO5A 6TIMA 3GNDA 1GTHA 3O06A 4UCGA 2ZZ5A 4EWND 3TSBA 3L5AA 3B04A 3N2MA 1SW3A 2QCGA 3W2JA 5AB3A 1WQ5A 3LTSA 1LLZA 3HGOA 1VRDA 2E6DA 2V82A 3IGUA 3G8RA 1UB3A 2ZTJA 4YLWA 1QAPA 4GUHA 1BTMA 4O4VA 4BR1A 1EP3A 2CW6A 3G3DA 1WBJA 4FNPA 4M7SA 1IXQA 1DL3A 2E5BA 1MXSA 3CM4A 2FTPA 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 3MI2 A;  1EIX A;  3B03 A;  4OV9 A;  4JY8 A;  3FKR A;  1I2O A;  4K8H A;  1IXN A;  1BEU A;  4PA8 A;  4UTK A;  5CZT A;  3HMJ G;  4O11 A;  4PTN A;  5FI8 A;  1GTE A;  4GJ1 A;  3MUX A;  4L4L A;  3TQ0 A;  5HWN A;  5LNV A;  3C0J A;  4YCO A;  1TQJ A;  1FXQ A;  3EB2 A;  3W2L A;  4R34 A;  3NL2 A;  3CEP A;  4EF8 A;  1VHC A;  3EX1 A;  4CCD A;  4AWS A;  1ZCO A;  3GDL A;  4IPI A;  3EEG A;  4N02 A;  2VFD A;  3IIO A;  5KZD A;  4UFI A;  1QDS A;  5BRB A;  4ORI A;  1EEP A;  2ZQ0 A;  2CLO A;  4IMC A;  4XWU A;  3HF3 A;  3W83 A;  3WJW A;  3W87 A;  2EPH A;  5K2Z A;  4EOU A;  1OX4 A;  3QF0 A;  4FX8 A;  3C3N A;  3O6Y X;  3ZFH A;  4ONV A;  3NOE A;  3P74 A;  3NPU A;  5AOU A;  3P67 A;  3HB9 A;  3W76 A;  5L6U A;  4LNY A;  5D2X A;  3UWW A;  3L5M A;  4A2S A;  3I7S A;  1TV7 A;  1C9D A;  1HO4 A;  3NL5 A;  2H3B A;  4NJI A;  5F2M A;  1TPE A;  4OQV A;  3IVU A;  3KRU A;  5BMX A;  3VKJ A;  4ZQC A;  2AGK A;  3GNN A;  4HIB A;  3M5V A;  4RKA A;  2NWS A;  1Y0E A;  1QCW A;  2A2I A;  3ZR4 A;  1G4T A;  3E96 A;  3PUE A;  4RJE A;  3NQE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CNV A;  1T7L A;  3ALF A;  3THD A;  2GSJ A;  3B8S A;  1UYQ A;  3ZVH B;  1T6M A;  3RU8 X;  1E1C B;  4HPN A;  1MXD A;  5DMN A;  3OVQ A;  3NIY A;  4OOU A;  2A79 A;  4JIC A;  3SN1 A;  4OT7 A;  3CAS A;  2V2C A;  4MLR A;  4ORM A;  2CLM A;  3T4C A;  5BZA A;  4DM1 A;  2XH4 A;  3LER A;  2WMI B;  1RCX B;  2V69 A;  4LBR A;  3KOZ A;  3GAY A;  1QO2 A;  2GSE A;  3CQ0 A;  3TTO A;  3ARQ A;  2ACS A;  4I9A A;  4RL3 A;  1NWR A;  1LWH A;  2R82 A;  3AIC A;  4KF1 A;  3V3W A;  1EF3 A;  4NZ4 A;  4E8C A;  2ZXB A;  4UQC A;  1GZ1 A;  4M6V A;  5D05 A;  3C56 A;  3L4U A;  1OX6 A;  3PBY A;  3E02 A;  4GIY A;  4LUI A;  4F0M A;  1VD6 A;  4ZQN A;  4FS9 A;  4HSH A;  1MVY A;  4HK7 A;  3W71 A;  1T8X A;  2X7W A;  4XTI A;  5J5R A;  2PGR A;  2OX4 A;  1CGX A;  2D2G A;  4IZG A;  2QJM A;  3NO3 A;  2V3F A;  3TNO A;  3B06 A;  4Q6X A;  3W7P A;  3FEQ A;  1ZS2 A;  3OLE A;  3G1Y A;  3PTK A;  2G96 A;  4QQ3 A;  1XIS A;  3WLK X;  3HUR A;  2JF6 A;  4YVV A;  1UD4 A;  3RM4 A;  1K9T A;  2O4M A;  1XIF A;  3W1Q A;  1B3X A;  4IMF A;  5J04 A;  3RUB L; 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