5D25A

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd27
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
b'MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 124
sequence length 124
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d25A01
5FB0A 4LYWA 5A82A 5HQ7A 5DYUA 4QSSA 5EWCA 4C66A 4YY4A 3P1DA 3RCWA 5C85A 4UYEA 5HQ5A 5I83A 5JWMA 5F36A 4TQNA 4WHUA 4QR4A 4OGIA 4QEVA 3UVXA 5LKUA 4MENA 4UIUA 2DVVA 5F62A 4QY4A 5EGUA 5A5NA 3G0LA 4PCEA 4Q0NA 4O7AA 4UITA 5II2A 4A9HA 4QZSA 5IGKA 4J3IA 5ENBA 5LKTA 4C67A 5F5ZA 2YW5A 4QUTA 4YH3A 2R0SA 4LZRA 3LQJA 4ZC9A 2L85A 5DFBA 4AKNA 2N9GA 3AADA 1ZS5A 3ONIA 5DBMA 5CPEA 4HBYA 5L98A 4NQNA 4QYDA 3U5JA 3MQMA 5G4RA 5A83A 3AQAA 3HMEA 2WP1A 3K2JA 4HBXA 4IORA 5ETDA 5A5SA 5E3GA 3SVFA 4QYLA 5II1A 3QZSA 4CURA 4J0SA 5CUDA 3S91A 4NYXA 5DFDA 5K29A 3SVGA 5IIDA 4Q0OA 4LZ2A 3O36A 5EISA 5A5RA 5TCMA 5EWHA 5IGMA 5E9MA 4A9OA 4YYIA 4NR4A 5D3LA 5I89A 2R0YA 5L96A 5EP7A 4LYSA 4YYNA 3P1CA 5AD3A 5HRXA 3JVJA 5D3SA 4N4HA 5FE8A 5KHMA 5E9YA 5I88A 5IGLA 2G4AA 2RS9B 4UIXA 4XUAA 4TTEA 5G4SA 3P1FA 4HBWA 3JVMA 3U5KA 5FE0A 5LUUA 3UV4A 5HLSA 3UV2A 4HXKA 4UIZA 4ALGA 5I80A 1JSPB 4PCIA 2DATA 4TT4A 3UV5A 3LJWA 5I7YA 5FE4A 4YADA 4CUPA 5H1UA 5D7XA 4LRGA 3Q2EA 5LJ2A 5EWWA 5JI8A 5TB6A 4QSTA 4XUBA 5A5OA 5LJ1A 5CUAA 5KU3A 2WP2A 3MXFA 4QC1A 2DVRA 5HENA 5LVQA 2YELA 5CUBA 1WUGA 2OUOA 5D26A 5FG5A 4O7CA 4QB3A 5FE9A 4HXMA 2OSSA 5A85A 5ACYA 5KTUA 3U5LA 5CUCA 3O34A 3QZVA 3HMFA 4Y03A 3MB4A 2DWWA 1EQFA 3DAIA 2YEKA 3FKMX 4MEPA 3UVDA 4MEOA 4YBMA 1JM4B 4O78A 3U5MA 5EU1A 5EPBA 4N4FA 4O7EA 4CL9A 4F3IA 4TU6A 3G0JA 3UVWA 4DONA 5F2PA 4CUSA 2I7KA 3MULA 5HM0A 4O70A 1X0JA 5E7DA 5FE3A 4A9LA 5ENFA 4OGJA 5CFWA 5D0CA 2D9EA 3SVHA 2RNWA 2FSAA 5FG6A 4O7BA 4UIWA 5BT3A 5CY9A 4A9FA 4GPJA 5L8UA 5BT5A 3IU5A 4YATA 5CS8A 4HXSA 4NR9A 2YQDA 3IU6A 4N4GA 4YBTA 4TYLA 5CQAA 5EK9A 4Z1SA 5H1TA 5A7CA 5CRZA 5E3DA 5F3AA 5KTWA 5FE2A 5DW1A 5FE7A 3NXBA 4QSWA 5DW2A 5I86A 4QC3A 5EV9A 5L8TA 4WHWA 5C4QA 2KTBB 5ENJA 2F6JA 4NXJA 5AMEA 4YYJA 1F68A 4QSQA 5EM3A 4QSUA 4QEWA 4HXNA 3O33A 5LJ0A 5EPRA 3D7CA 5EWVA 5ENHA 4LDFA 5F25A 5FE6A 4ZQLA 4WIVA 5D3NA 4QSPA 5C87A 4O72A 5E73A 4YYKA 3LXJA 2RNYA 5ENIA 5LKXA 4QR3A 1E6IA 4YK0A 4QUUA 5D24A 5ETBA 4BW4A 2YYNA 4A9JA 4PY6A 5I29A 4LC2A 5FFYA 5FFVA 5DY7A 4UYHA 5EI4A 5CTLA 4KCXA 4TS8A 4IR6A 4TT2A 2R10A 4CFKA 4BJXA 5HELA 4IOQA 5IG6A 5E74A 5D3PA 4NQMA 5CQ5A 4NUEA 1N72A 4NYVA 5C8GA 3UVYA 5CUGA 5DX4A 2OO1A 5DLZA 5HJCA 3U5OA 5HFQA 3HMHA 3P5OA 4O74A 5I7XA 4YH4A 4J1PA 4YYHA 5CQ3A 4O71A 5DKCA 4N3WA 4QSXA 3ZYUA 5EQ1A 5C7NA 4NR8A 5ENGA 4UYDA 4MR5A 4A9EA 5E9LA 5A5QA 3S92A 4TT6A 4Z6HA 4NRAA 4OUFA 3UW9A 4HXPA 5HQ6A 2L5EA 4QR5A 2YDWA 4MEQA 4UYFB 4YYDA 5AMFA 4O75A 5FB1A 4O7FA 2DVQA 4IR3A 5F1LA 1WUMA 4BHWA 5H1VA 5HRWA 5A5PA 4A9NA 5CQ4A 3Q2FA 2H60A 5D25A 3P1EA 4NR5A 4ZW1A 4QSVA 4A9MA 5CUEA 5LKZA 2RI7A 5ENEA 5EA1A 5FH7A 5D3HA 4UIVA 5CQ7A 2E3KA 5CU8A 5CZGA 4FLPA 4PTBA 2F6NA 5CP5A 5FBXA 4NUDA 4YYMA 4X2IA 2L84A 5C89A 5L99A 4Z93A 4A9KA 5AD2A 5KTXA 4QSRA 5FE5A 5CGPA 4O77A 4HXLA 4IOOA 4J0RA 3I3JA 4MR6A 3QZTA 5F60A 5CRMA 5FH8A 3GG3A 4MR3A 4XYAA 4LZSA 5J0DA 5IBNA 4HBVA 4ALHA 4QNSA 4LYIA 4PS5A 5EICA 5EPSA 2E7NA 5E9KA 5FG4A 2D82A 3DWYA 5DYCA 5IGNA 4A9IA 4NRCA 3JVKA 3MUKA 4IR5A 4CUUA 5CQTA 4CUTA 2DVSA 5D3JA 4NS5A 4NRBA 2RFJA 5H85A 2MJVB 4BW1A 4QEUA 4NR7A 4Z1QA 4Z6IA 2YEMA 5E0RA 5I1QA 5E9IA 5HFRA 2LSPB 4HXOA 4YABA 5DYXA 4HXRA 5FDZA 4YAXA 4TU4A 4MR4A 2R0VA 5EWDA 2RNXA 2E7OA 4TZ8A 2GRCA 4KV4A 4NYWA 5DFCA 5HCLA 4YC9A 5DYAA 2I8NA 3TLPA 4PKLA 5D3RA 4BW2A 5HRVA 4RVRA 4UIYA 4BW3A 5LVRA 4YBSA 3MB3A 5COIA 3U5PA 5CQ6A 5CQ8A 5D3TA 4CLBA 4LR6A 3LQHA 5KO4A 4TZ2A 2DKWA 4N4IA 5DKHA 4CUQA 5F1HA 5E9VA 5L97A 5F63A 4XY8A 5A81A 4UYFA 5ENCA 3LQIA 5FH6A 3O35A 4NR6A 5BT4A 4UYGA 4QBMA 4IR4A 5F61A 4YY6A 3U5NA 4E96A 5HEMA 2RO1A 3JVLA 4YYGA 5I40A 2NXBA 3O37A 5DKDA 5EVAA 5DLXA 5FFWA 4CFLA 4O76A 4XY9A 4NUCA 5FE1A 4KV1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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