5D25A

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd27
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 124
sequence length 124
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d25A01
4QEUA 4O75A 3O33A 4N4IA 5E0RA 5I29A 5FG4A 5D24A 5EGUA 2OO1A 5EWDA 4CUSA 5I7XA 3MQMA 3UW9A 5F1LA 5CQ5A 4QSVA 4BW1A 5IG6A 3HMHA 3LJWA 4UYEA 5E74A 4MEOA 5J0DA 4QEVA 5FE8A 2OUOA 5FE6A 4Z93A 4O78A 5KTUA 4YYIA 5D0CA 4A9EA 4NS5A 2D9EA 5CRMA 2RFJA 4KV1A 2L84A 4MR6A 5E7DA 2YW5A 5DFBA 4TU4A 5KHMA 5I7YA 5KTWA 3O36A 5H1TA 4QR3A 3NXBA 4NYVA 4HBWA 4QSXA 5KU3A 4QB3A 5EPRA 5BT4A 4BW2A 5EI4A 5DYXA 5DY7A 5F3AA 5HJCA 4YYNA 5EV9A 5DYCA 4ZC9A 4CUUA 3S92A 5II1A 4BW4A 5FFVA 4QSPA 4QYLA 3HMFA 4YYJA 4HXRA 2DVVA 4QSRA 5EU1A 3U5PA 2YEKA 3FKMX 5FE5A 4PCIA 4J1PA 5EA1A 5LKXA 4HXPA 5E73A 3GG3A 5CUAA 5AD2A 3UVXA 5I88A 4NR6A 5LUUA 4QEWA 4LR6A 3UV4A 5CUGA 5D3LA 5KTXA 4YBTA 5DFDA 5FFYA 5ETDA 4PCEA 4QR5A 4XUBA 3U5MA 5FE2A 4TS8A 5CPEA 4NYXA 4TU6A 4UYGA 5I1QA 4NRBA 5A83A 3UV5A 3QZTA 4A9FA 4HXNA 5DYAA 3I3JA 4NR8A 4QZSA 5HEMA 5FE0A 4NUDA 3JVMA 3IU5A 4QSSA 5A85A 5L99A 4QUTA 4QC3A 5FE4A 5F2PA 5DW1A 4YYDA 5HCLA 4CFKA 4CUPA 2R0YA 5DLZA 4UITA 2R0SA 4YYGA 5D3SA 4BJXA 2D82A 4NUCA 5E9MA 5ENGA 2E7OA 2RNXA 5E9IA 5F36A 5F1HA 2DVRA 5I89A 5FB1A 3S91A 3UV2A 4O7EA 5L97A 3MUKA 4J0SA 5I40A 3TLPA 1EQFA 4XY8A 4NQMA 2YYNA 4TT6A 5CQTA 4O7AA 4HXOA 4IORA 4YH4A 5IBNA 4YBSA 5H1VA 4YATA 5TCMA 5IGLA 5FBXA 3U5OA 4PTBA 3P1DA 2KTBB 4QSWA 5LJ1A 5D3RA 4LYWA 5HRVA 1X0JA 4X2IA 4N4GA 3U5JA 5CQ6A 5AD3A 4QNSA 4YY4A 4KV4A 4MENA 4YBMA 4ZW1A 4LYSA 5DBMA 4A9NA 4CL9A 4WHUA 3Q2EA 5L8TA 5I86A 4CLBA 5FE1A 2OSSA 4N3WA 4O76A 4BHWA 1JM4B 4MR3A 5ENFA 5II2A 5IGKA 4YADA 5IGMA 5EM3A 4FLPA 5LKZA 4TZ8A 5HRXA 5CUBA 3LQHA 4N4HA 5E9KA 4IOOA 5A81A 4NQNA 3DAIA 2G4AA 5ENBA 5EWCA 4XUAA 5ENEA 4OGIA 2RNYA 2RS9B 3O34A 3MXFA 4CFLA 4QSUA 5IIDA 4HBXA 3LQJA 5LVRA 3AADA 4HXMA 5E9VA 2DATA 4BW3A 4HBYA 5A7CA 5C4QA 4NYWA 5FH7A 5FDZA 3U5KA 5AMEA 4CUTA 1ZS5A 4NRAA 5ETBA 4TYLA 4PY6A 5C7NA 4Z6IA 2GRCA 5D25A 4MR5A 4NR4A 4PS5A 4A9LA 4UYFB 5ENCA 2RNWA 4Y03A 5HRWA 4QUUA 4A9KA 4RVRA 5CGPA 5E3GA 4KCXA 4TT2A 3QZVA 1F68A 5LKTA 4CUQA 2RO1A 5FE7A 4LYIA 3K2JA 2L5EA 5CUDA 5F60A 2I7KA 2YELA 5EWHA 5H85A 5CFWA 4WIVA 2YQDA 4MR4A 3DWYA 5HLSA 5G4SA 5COIA 5EWWA 5A82A 4NR7A 4QSQA 4NUEA 4PKLA 5C89A 5CUCA 3ZYUA 5F63A 3SVFA 4N4FA 4YY6A 5LJ0A 4NXJA 5FG5A 4LZRA 5DKDA 4IR3A 5DKHA 5C85A 5DYUA 2F6NA 5EK9A 5FE9A 5EP7A 4J3IA 5DW2A 4XY9A 5CQ3A 3HMEA 5HFRA 2NXBA 5DKCA 4YYMA 5A5RA 3Q2FA 4C67A 4O71A 4J0RA 3UVDA 3O35A 5D7XA 2DKWA 4NR5A 3QZSA 5LVQA 5JI8A 4Z1SA 5A5OA 4MEPA 5BT3A 5CS8A 2E7NA 5CY9A 2R0VA 3P1CA 5CZGA 4UYFA 3P1FA 4UIZA 5A5PA 5EISA 4C66A 3P1EA 5EWVA 4O74A 2R10A 4O70A 5CQ7A 5HENA 2E3KA 5A5SA 5D26A 2FSAA 2WP1A 4XYAA 2I8NA 3SVGA 5F61A 5D3NA 3G0LA 4O72A 4TZ2A 2LSPB 5FB0A 4AKNA 4QBMA 5TB6A 3D7CA 2N9GA 5F5ZA 3MB4A 2YDWA 5I80A 2H60A 4HXLA 5E9LA 5K29A 4QSTA 5G4RA 3MULA 4UIWA 5L8UA 4LZ2A 4TQNA 4UYDA 5HQ6A 1WUGA 4Z6HA 5C8GA 5EQ1A 4LZSA 5FE3A 5L96A 3P5OA 5EICA 5F62A 4GPJA 4YAXA 3SVHA 4UIXA 4LDFA 2MJVB 4A9IA 5LJ2A 3IU6A 4UIUA 5CU8A 5C87A 3O37A 4OGJA 3UVYA 5A5QA 5IGNA 2DVSA 5ACYA 5EPBA 4IR5A 4QYDA 4A9HA 3JVKA 5HQ7A 4IR4A 4IR6A 4TTEA 4O7BA 4YABA 5E9YA 4O7FA 5FH8A 5JWMA 5HELA 4NR9A 5KO4A 4HXKA 1JSPB 3RCWA 5I83A 5DLXA 4LRGA 5ENIA 2L85A 5HM0A 3UVWA 5HQ5A 5D3PA 4UIYA 4A9MA 5EVAA 4HBVA 5CQ4A 4QR4A 1WUMA 4Z1QA 4OUFA 5FFWA 4ALGA 2RI7A 4YYHA 4O77A 5CQAA 4CURA 4A9JA 4YYKA 5CTLA 4IOQA 4A9OA 5HFQA 4ALHA 5L98A 4NRCA 5D3JA 4YC9A 3U5LA 4QY4A 3G0JA 5F25A 2WP2A 4O7CA 5A5NA 5LKUA 5D3TA 5CQ8A 3ONIA 4LC2A 4TT4A 3MB3A 1E6IA 5CUEA 3LXJA 5CRZA 5D3HA 5ENHA 4DONA 5CP5A 4E96A 5FH6A 4Q0NA 4UYHA 4HXSA 4WHWA 4YK0A 2YEMA 5H1UA 5ENJA 3LQIA 1N72A 5AMFA 4QC1A 5DX4A 4ZQLA 2DWWA 5EPSA 5FG6A 3JVJA 4Q0OA 4MEQA 3U5NA 4F3IA 5DFCA 2F6JA 4UIVA 5E3DA 3JVLA 2DVQA 5BT5A 4YH3A 3AQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QEUA 4O75A 3O33A 4N4IA 5E0RA 5I29A 5FG4A 5D24A 5EGUA 2OO1A 5EWDA 4CUSA 5I7XA 3MQMA 3UW9A 5F1LA 5CQ5A 4QSVA 4BW1A 5IG6A 3HMHA 3LJWA 4UYEA 5E74A 4MEOA 5J0DA 4QEVA 5FE8A 2OUOA 5FE6A 4Z93A 4O78A 5KTUA 4YYIA 5D0CA 4A9EA 4NS5A 4AKIA 2D9EA 4AI6A 5CRMA 2RFJA 4KV1A 2L84A 4MR6A 5E7DA 2YW5A 5DFBA 4TU4A 5KHMA 5I7YA 5KTWA 3O36A 5H1TA 4QR3A 3NXBA 4NYVA 4HBWA 4QSXA 5KU3A 4QB3A 5EPRA 5BT4A 4BW2A 5EI4A 5DYXA 5DY7A 5F3AA 5HJCA 4YYNA 5EV9A 5DYCA 4ZC9A 4CUUA 3S92A 5II1A 4BW4A 5FFVA 4QSPA 4QYLA 3HMFA 4YYJA 4HXRA 2DVVA 4QSRA 5EU1A 3U5PA 2YEKA 3FKMX 5FE5A 4PCIA 4J1PA 5EA1A 5LKXA 4HXPA 5E73A 3GG3A 5CUAA 5AD2A 3UVXA 5I88A 4NR6A 5LUUA 4QEWA 4LR6A 3UV4A 5CUGA 3VKHA 3D1DA 5D3LA 5KTXA 4YBTA 5DFDA 5FFYA 5ETDA 4PCEA 4QR5A 4XUBA 3U5MA 5FE2A 4TS8A 5CPEA 4NYXA 4TU6A 4UYGA 5I1QA 4NRBA 5A83A 3UV5A 3QZTA 4A9FA 4HXNA 5DYAA 3I3JA 4NR8A 4QZSA 5HEMA 5FE0A 4NUDA 3JVMA 3IU5A 4QSSA 5A85A 5L99A 4QUTA 4QC3A 5FE4A 5F2PA 5DW1A 4YYDA 5HCLA 4CFKA 4CUPA 2R0YA 5DLZA 4UITA 2R0SA 4YYGA 5D3SA 4BJXA 2D82A 4AKHA 4NUCA 5E9MA 5ENGA 2E7OA 2RNXA 5E9IA 5F36A 5F1HA 2DVRA 5I89A 5FB1A 3S91A 3UV2A 4O7EA 5L97A 3MUKA 4J0SA 5I40A 3TLPA 1EQFA 4XY8A 4NQMA 2YYNA 4TT6A 5CQTA 4O7AA 4HXOA 4IORA 4YH4A 5IBNA 4YBSA 5H1VA 4YATA 5TCMA 5IGLA 5FBXA 3U5OA 4PTBA 3P1DA 2KTBB 4QSWA 5LJ1A 5D3RA 4LYWA 5HRVA 1X0JA 4X2IA 4N4GA 3U5JA 5CQ6A 5AD3A 4QNSA 4YY4A 4KV4A 4MENA 4YBMA 4ZW1A 4LYSA 5DBMA 4A9NA 4CL9A 4WHUA 3Q2EA 5L8TA 5I86A 4CLBA 5FE1A 2OSSA 4N3WA 4O76A 4BHWA 1JM4B 4MR3A 5ENFA 5II2A 5IGKA 4YADA 5IGMA 5EM3A 4FLPA 5LKZA 4TZ8A 5HRXA 5CUBA 3LQHA 4N4HA 5E9KA 1PUOA 4IOOA 5A81A 4NQNA 3DAIA 2G4AA 5ENBA 5EWCA 4XUAA 5ENEA 4OGIA 2RNYA 2RS9B 3O34A 3MXFA 4CFLA 4QSUA 5IIDA 4HBXA 3LQJA 5LVRA 3AADA 3VKGA 4HXMA 5E9VA 2DATA 4BW3A 4HBYA 5A7CA 5C4QA 4NYWA 5FH7A 5FDZA 3U5KA 5AMEA 4CUTA 1ZS5A 4NRAA 5ETBA 4TYLA 4PY6A 5C7NA 4Z6IA 2GRCA 5D25A 4MR5A 4NR4A 4PS5A 4A9LA 4UYFB 5ENCA 2RNWA 4Y03A 5HRWA 4QUUA 4A9KA 4RVRA 5CGPA 5E3GA 4KCXA 4TT2A 3QZVA 1F68A 5LKTA 4CUQA 2RO1A 5FE7A 4LYIA 3K2JA 2L5EA 5CUDA 5F60A 2I7KA 2YELA 5EWHA 3D1BA 5H85A 5CFWA 4WIVA 2YQDA 4MR4A 3DWYA 5HLSA 5G4SA 5COIA 5EWWA 5A82A 4NR7A 4QSQA 4NUEA 4PKLA 5C89A 5CUCA 3ZYUA 5F63A 3SVFA 4N4FA 4YY6A 5LJ0A 4NXJA 5FG5A 4LZRA 5DKDA 4IR3A 5DKHA 5C85A 5DYUA 2F6NA 5EK9A 5FE9A 5EP7A 4J3IA 5DW2A 4XY9A 5CQ3A 3HMEA 5HFRA 2NXBA 5DKCA 4YYMA 2EJNA 3Q2FA 5A5RA 4C67A 4O71A 4J0RA 3UVDA 3O35A 1ZKRA 5D7XA 2DKWA 4NR5A 3QZSA 5LVQA 5JI8A 4Z1SA 5A5OA 4MEPA 5BT3A 5CS8A 2E7NA 5CY9A 2R0VA 3P1CA 5CZGA 4UYFA 3P1FA 4UIZA 5A5PA 5EISA 4C66A 3P1EA 5EWVA 4O74A 2R10A 4O70A 5CQ7A 5HENA 2E3KA 5A5SA 5D26A 2FSAA 2WP1A 4XYAA 2I8NA 3SVGA 5F61A 5D3NA 3G0LA 4O72A 4TZ2A 2LSPB 5FB0A 4AKNA 4QBMA 5TB6A 3D7CA 2N9GA 5F5ZA 3MB4A 2YDWA 5I80A 2H60A 4HXLA 5E9LA 5K29A 4QSTA 5G4RA 3MULA 4UIWA 5L8UA 4LZ2A 4TQNA 4UYDA 5HQ6A 1WUGA 4Z6HA 5C8GA 5EQ1A 4LZSA 5FE3A 5L96A 3P5OA 5EICA 5F62A 4GPJA 4YAXA 3SVHA 4UIXA 4LDFA 2MJVB 4A9IA 5LJ2A 3IU6A 4UIUA 5CU8A 5C87A 3O37A 4OGJA 3UVYA 5A5QA 5IGNA 2DVSA 5ACYA 5EPBA 4IR5A 4QYDA 4A9HA 3JVKA 5HQ7A 4IR4A 4IR6A 4TTEA 4O7BA 4YABA 5E9YA 4O7FA 5FH8A 5JWMA 5HELA 4NR9A 5KO4A 4HXKA 1JSPB 3RCWA 5I83A 5DLXA 4LRGA 5ENIA 2L85A 5HM0A 3ERRA 3UVWA 5HQ5A 5D3PA 4UIYA 4A9MA 5EVAA 4HBVA 5CQ4A 4QR4A 1WUMA 4Z1QA 4OUFA 5FFWA 4ALGA 2RI7A 4YYHA 4O77A 5CQAA 4CURA 4A9JA 4YYKA 5CTLA 4IOQA 4A9OA 5HFQA 4ALHA 5L98A 4NRCA 5D3JA 4YC9A 3U5LA 4QY4A 3G0JA 5F25A 2WP2A 4O7CA 5A5NA 5LKUA 5D3TA 5CQ8A 3ONIA 4LC2A 4TT4A 3MB3A 1E6IA 5CUEA 3LXJA 5CRZA 5D3HA 5ENHA 4DONA 5CP5A 4E96A 4AKGA 5FH6A 4Q0NA 4UYHA 4HXSA 4WHWA 4YK0A 2YEMA 5H1UA 5ENJA 3LQIA 1N72A 5AMFA 4QC1A 5DX4A 4ZQLA 2DWWA 5EPSA 5FG6A 3JVJA 4Q0OA 4MEQA 3U5NA 4F3IA 5DFCA 2F6JA 4UIVA 5E3DA 3JVLA 2DVQA 5BT5A 4YH3A 3AQAA
chains in the Genus database with same CATH topology
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