5D25A

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd27
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
124
structure length
124
Chain Sequence
b'MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 124
sequence length 124
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d25A01
5DYXA 4TU4A 4TTEA 4NUEA 5A85A 4CFLA 2E3KA 4MEQA 5HM0A 5II1A 4IOQA 5HQ7A 4UYDA 4MEPA 4NXJA 2RO1A 3P1DA 5CRMA 4PY6A 4KV1A 4LRGA 3JVLA 3K2JA 4LZRA 4N4HA 5CFWA 4A9EA 4XY9A 5CQ5A 1WUGA 4N3WA 5A5SA 4HXRA 5EVAA 2OSSA 5FE0A 4YBSA 4WHWA 4CL9A 3JVKA 4QY4A 3O35A 5EP7A 3D7CA 5EISA 3MQMA 5CQ6A 4LYSA 5FE8A 4TT2A 5FFWA 4O78A 5A5NA 5DKDA 3S91A 3SVHA 3QZTA 3Q2FA 3U5JA 2WP2A 4QC3A 4CLBA 4PKLA 4HXKA 5D24A 4A9KA 5D3NA 4BW2A 4O7AA 2D9EA 4QSWA 2I8NA 4TS8A 5ENIA 4O71A 4N4GA 5CQ4A 5DW1A 4MEOA 3ZYUA 5LJ1A 4IR6A 5D3RA 5EWVA 5HEMA 5E3DA 5EU1A 4YYHA 5I40A 4QB3A 5DLXA 5IGKA 4UYFB 4A9OA 4NR9A 4QSRA 5FG6A 5DFCA 4HXMA 2NXBA 4ZC9A 5A5RA 5FBXA 5EPBA 2E7OA 5I86A 5FE2A 4LZSA 3RCWA 4NYWA 2F6NA 4QSTA 4UIZA 5HFRA 4E96A 5CPEA 4LZ2A 5C87A 3JVMA 5HJCA 5A81A 4YATA 5D25A 1ZS5A 2GRCA 5D7XA 4HXSA 4A9IA 5LUUA 3UVYA 3QZSA 5ETBA 4J3IA 5LKXA 4QSSA 4NUCA 5A83A 5HENA 4AKNA 3LXJA 2YEKA 4ZW1A 5HRWA 5J0DA 5F61A 4UIYA 5L8UA 2DVRA 5KTWA 4YAXA 4A9HA 4QEWA 1JSPB 5CY9A 5E9YA 5COIA 4TT4A 1JM4B 4F3IA 5EICA 4NS5A 4O75A 4HXPA 2RNWA 5ENJA 5A7CA 4HXOA 5FH7A 5D3HA 5CUCA 4HBXA 3UV4A 3G0JA 5FE4A 5D26A 4LDFA 4NQMA 5JI8A 4CURA 5F2PA 3U5PA 5EM3A 5I29A 5E9LA 4N4FA 4NR5A 5AMFA 5H1UA 4BW4A 5DYCA 5FFVA 5EK9A 4YYDA 4CUSA 5FE7A 2DVQA 4YYKA 4Y03A 4XUBA 5IGLA 4NYXA 2F6JA 5F60A 5EWHA 4TYLA 4A9FA 5LVQA 5KTXA 5E3GA 3U5KA 4BW1A 2RI7A 5HQ6A 5LJ2A 3U5NA 4J0SA 4UITA 5IBNA 5D0CA 4UIUA 4YYGA 3SVFA 2OUOA 4CUPA 5DW2A 1N72A 4O72A 2YEMA 2R10A 2DWWA 4O7CA 5E73A 3MXFA 4NR7A 5AD3A 5LVRA 4IR4A 4HXLA 4Q0OA 5DYUA 2E7NA 4YC9A 3IU6A 4QSXA 2DKWA 4NR4A 4YH3A 5ETDA 5CQTA 4CUUA 5CQ7A 5K29A 2DATA 4HXNA 4QR5A 3UW9A 5A5PA 3AADA 4WIVA 4OGIA 5CS8A 3U5MA 2YQDA 5BT4A 4Q0NA 4O7BA 5D3SA 3UV2A 5KU3A 5HFQA 4CFKA 3O37A 5L96A 3LJWA 4HBWA 4LC2A 4NQNA 4NR6A 4TT6A 4NRAA 5DY7A 4DONA 5E9VA 4OGJA 5CUBA 4NUDA 5FFYA 5F1LA 4PCEA 3S92A 2KTBB 3Q2EA 4QSPA 5EQ1A 5II2A 5HQ5A 4ALHA 4LYWA 5LKZA 5F3AA 5CQ8A 4UIVA 5FE5A 5AD2A 5L8TA 4CUQA 5I7XA 4J0RA 3MUKA 2YDWA 5FG5A 2L84A 5JWMA 4UIXA 4YYNA 5E9MA 5C89A 5HRXA 5E0RA 3LQJA 4NR8A 5HLSA 3G0LA 4PTBA 5ENHA 2OO1A 5DYAA 5CRZA 4HBYA 5G4SA 5C7NA 4LR6A 4N4IA 2MJVB 4YYMA 2WP1A 3O36A 3MB3A 4IR3A 5CQ3A 3UV5A 4O77A 3UVXA 4NRCA 2D82A 5CUEA 5EWWA 5FE1A 4HBVA 4PCIA 3I3JA 5CP5A 5ENGA 4QYDA 5F62A 4BJXA 5ENEA 4Z1QA 5FH6A 3P1FA 5FB1A 4A9JA 3ONIA 5L98A 5EPSA 5IG6A 5A5OA 4QUUA 5LKTA 4YYIA 3P1EA 5DBMA 5ENFA 2I7KA 4QEVA 4TZ2A 3O33A 3UVDA 5FE6A 5CGPA 4QEUA 3JVJA 4XY8A 5ENBA 5E7DA 5A5QA 1WUMA 4YBMA 5I89A 5BT5A 3FKMX 5L99A 5G4RA 3P5OA 4UYEA 3LQIA 5CUGA 5F5ZA 5AMEA 4MR6A 5FH8A 5E9KA 4QYLA 4IOOA 4MENA 2H60A 4YABA 5LJ0A 4UIWA 5FDZA 3HMFA 4QSQA 4YBTA 5KTUA 5ENCA 3MULA 2L85A 3U5OA 4UYGA 5I7YA 5EPRA 4J1PA 5FE3A 1X0JA 4YADA 5FG4A 5H85A 2R0YA 5CUDA 4BW3A 3IU5A 5HELA 3DAIA 4YY4A 4O76A 2LSPB 3NXBA 4O7FA 4Z93A 4C67A 5F63A 5D3PA 2YYNA 4Z6HA 1E6IA 5KHMA 2RNXA 5H1VA 5D3LA 5EA1A 2L5EA 5TB6A 5IGMA 4MR5A 4YY6A 4UYHA 3AQAA 2FSAA 4QUTA 3U5LA 2DVSA 5KO4A 4IR5A 4KCXA 5EWCA 5C8GA 4OUFA 4QSVA 1F68A 4C66A 5DFBA 4UYFA 3UVWA 2DVVA 2YELA 5I88A 3QZVA 4FLPA 1EQFA 4KV4A 2RNYA 4NRBA 4X2IA 4A9LA 3GG3A 5IGNA 4YH4A 5FB0A 2G4AA 5C4QA 4GPJA 5EV9A 4XYAA 4QZSA 4TU6A 5EWDA 4TZ8A 2RFJA 4MR3A 3HMHA 2N9GA 5E9IA 5F25A 2RS9B 5CZGA 2YW5A 5D3JA 5CQAA 3O34A 5ACYA 5DKCA 5IIDA 2R0SA 5DKHA 3HMEA 5CTLA 5CUAA 5TCMA 2R0VA 4QR4A 5DFDA 4O70A 4YK0A 4O7EA 5E74A 4LYIA 4QSUA 4YYJA 4WHUA 5F1HA 4MR4A 5I80A 4XUAA 4RVRA 4Z6IA 3MB4A 4NYVA 4CUTA 4QC1A 4QR3A 5HRVA 4IORA 5I1QA 3SVGA 5BT3A 3DWYA 3P1CA 5LKUA 5CU8A 4ZQLA 5C85A 5FE9A 5L97A 3TLPA 4BHWA 5D3TA 5EGUA 5DLZA 4PS5A 4A9MA 5F36A 4QBMA 4QNSA 4O74A 5I83A 5A82A 5HCLA 4ALGA 4Z1SA 4A9NA 4TQNA 5EI4A 5H1TA 3LQHA 5DX4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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