5D2W | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	LAKRIIAALIVKDGRVVKGSNFENLRDSGDPVELGKFYSEIGIDELSFWDITASVEKRKTMLELVEKVAEQIDIPFTVGGGIHDFETASELILRGADKVEINTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVYIAAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEIVLGSIDRLGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIAHGGAGKMEHFLEAFLAGADAAKANSVLHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	De novo protein, lyase
source organism	Synthetic construct
publication title	evolutionary changes in Kemp Eliminase KE07 - Crystal 5 Wild Type rcsb
molecule keywords	De novo designed kemp eliminase KE07
total genus	93
structure length	250
sequence length	250
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-08-06

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5d2wA00

4JIQA 1VC4A 4M5PA 2Y7GA 1XM3A 4AAJA 3LCWA 3EX6A 2Q3OA 4A3UA 1B4KA 5CGQA 4RXGA 3W7QA 4J9JA 5LNSA 1FCQA 4GC4A 2XN0A 2VFDA 4IMGA 4QSHA 2NUYA 3FFSA 5U4NA 1SZEA 2V81A 1R2RA 4CNPA 1T0OA 4H3DA 2G5WA 4IWWA 4UFHA 5CSRA 5K4XA 4HHPA 2QEZA 4OWGA 3S9YA 3NGJA 3T7VA 3TFCA 3A21A 6ALDA 2A6LA 3W1MA 2OX1A 4POCA 5IBXC 4JTTA 1CX9A 1JULA 1OFDA 2CLOA 3RLUA 3ZWTA 5K9DA 1Q3NA 1FWWA 1XBXA 4JTKA 2GVLA 1GVQA 2ZRXA 3DU0A 2DP3A 4NUWA 1LBLA 4Z1BA 4QAIA 3HPSA 3L0KA 4M7SA 4N9CA 4UTIA 1GVRA 5GVJA 1JCNA 1XI3A 1LLWA 1PVNA 3F4NA 3MW7A 1S5TA 2A6NA 3FKKA 1K8ZA 8TIMA 3W84A 1XBYA 4O18A 3M44A 5CZTA 1M5WA 3BW3A 2DZSA 1OYBA 3FJLA 4PC8A 5C2XA 2Y70A 1SO4A 2P1FA 1FQ0A 2B7NA 2NV1A 1WAUA 2YFNA 4M7TA 1KTCA 3L2IA 1O95A 3LM7A 2E6YA 3W7EA 5TQLA 4AH7A 4MJZA 4WY0A 5D04C 3P62A 1TV5A 4A22A 4LT9A 5KINA 1TPVA 5D38A 1TTJA 3MYOA 5KZMA 3RF9A 3TDFA 3VFLA 4MY9A 2FQIA 3LHYA 1H51A 1TIMA 1WOBA 5HWMA 4RZ5A 4LVBA 2OMAA 3M5VA 4UFKA 3GDKA 4LNYA 1SO5A 1QPRA 4FNQA 3GYEA 4FXRA 4B5NA 4ADTA 3O05A 3LHTA 2C14A 5AC7A 1NSJA 4FEZA 4ZQCA 4FB7A 1XCFA 1H1YA 3DBPA 1RV8A 3UD6A 5FF2A 3NQCA 1W1ZA 5J5DA 1SZNA 3NL6A 1BWKA 1H62A 3QH2A 3S5NA 3ZR4A 5TBOA 3DKJA 1RQEA 3BO9A 1VHCA 1G4EA 2CZ5A 1F2JA 1Q6RA 4JTGA 5SWUA 4EOUA 1TQXA 2Y7EA 5C6MA 3MHUA 4LS2A 3IIPA 2E5DA 1LTDA 3EX2A 1MO0A 2NX1A 4WOQA 1TPH1 3R8RA 4JTHA 3W1TA 3T40A 3MO7A 1MEIA 1KFBA 5BNKA 3EKZA 5BMWA 3TCEA 4LVGA 2X1SA 1RVGA 1VYRA 1Q45A 3GVGA 1PS9A 2H8XA 5BOOA 1I2NA 3TX9A 1GWJA 1QOQA 1DKWA 1UUMA 5U7SA 4ZQMA 4FO4A 1RPXA 5DCEA 4MYAA 1P4CA 1EPXA 3P8JA 3BLIA 1D3GA 3T78A 4DQWA 2WNZA 3G1VA 4JX4A 3E12A 1LBMA 1HL2A 1FUYA 1PIIA 3HO8A 4JD4A 1P0NA 3SI9A 3DENA 4UTJA 1YXYA 1WOAA 3UYCA 3THQA 3O07A 3BV4A 3CB8A 3EWXA 4GUGA 2H8ZA 3L67A 5I3KA 1QPNA 2NXIA 4X9SA 3GKAA 3N2MA 1MEHA 3N34A 4UR8A 4HNTA 3DFPA 5LNWA 2BLEA 5H2ZA 3S42A 5AHMA 5CZJA 1IF2A 3W7KA 3G1HA 4M19A 4K7VA 1TPUA 1O94A 2A7NA 1XUUA 4EWND 2FPTA 4TO8A 2FLIA 3KX6A 3GZ3A 1FWRA 4JTEA 3GIYA 1W5MA 2Q8ZA 5KSWA 2E1DA 4C1KA 3BG3A 1GJPA 2ZZ5A 3GXPA 3DFOA 2PRMA 3ELFA 4RLIA 3HOJA 3W7RA 1TTIA 1QNVA 4YWIA 3W9ZA 4WD0A 2EPHA 3CT7A 3S5OA 3KVJA 3SIZA 3W7GA 2NZLA 2CLFA 5I3GA 4EF9A 3G0SA 3T44A 2C1HA 3A22A 4MOZA 3EWZA 1G4TA 3NO5A 1OYAA 4OGZA 1UUOA 3BGGA 3PY2A 3HG4A 2H6RA 3GB6A 1N7KA 3W7HA 2XN2A 3R12A 5AC6A 5D05A 5LNUA 1ML1A 4ZVJA 3L66A 3PWAA 4XBKA 3TA6A 3LTPA 1VYSX 3QRHA 2G97A 5TIMA 5HMSA 2Z0IA 2ABBA 1LOQA 4UFIA 1QCWA 3PBVA 4DEFA 1M6JA 4UUIA 3TIMA 1I2QA 5EBUA 3B8DA 3RU6A 4N2YA 3NZRA 3N73A 3BLFA 4UTTA 3MMTA 2ZTJA 4MY8A 4O54A 3NQAA 1TV7A 3IRDA 1AL8A 4CLMA 5AYYA 4NQ1A 1KTNA 2QJIA 3LXAA 3O6CA 3P60A 5LHFA 1FWSA 1A5CA 3KVMA 5CG7A 5G5IA 1S5VA 3SJ3A 4X22A 4GUJA 1Q6LA 1H60A 5D30A 1W5PA 1KFEA 3P61A 1KM6A 4YCPA 3OBKA 2NX9A 2VEIA 3CEUA 3W2UA 2BX7A 4RK8A 3LCGA 2NWRA 5L9FA 2EF9A 4S1FA 1IIHA 3S5ZA 3G8EA 1H7PA 4R34A 3UNDA 4ML9A 5G1YA 3T4CA 4KFNA 3LCXA 3W88A 1DJQA 3EKLA 4PL1A 3C3NA 4JDBA 2CLHA 3TW6A 5MHBA 3CLMA 1PE1A 3E9AA 1JUEA 2QUTA 4GUHA 4XKYB 2X16A 3STGA 5HJLA 3TROA 1PV8A 2NX3A 2FJKA 3IIOA 4UTMA 3THAA 5AHFA 3LBCA 3HJZA 3UWUA 1VGAA 1YLVA 2TSYA 3O63A 4FIQA 4O11A 1RR2A 3UY8A 5KZEA 3LI1A 4M6QA 5FF4A 4A2SA 4QIUA 2B4GA 1W3IA 4K36A 1AL7A 4KFOA 4Y8FA 2A5HA 4QM1A 2JBMA 3TJLA 3PB2A 5CKSA 4JXCA 1IXOA 1T8XA 2CZFA 4HPXA 1FXPA 2WSYA 4O1CA 1ZFJA 1DL3A 3S1UA 2O7QA 4AWTA 4JIPA 4Y90A 1ME7A 3SGUA 4IMDA 1GTEA 2TPSA 4NVTA 3DKLA 1N55A 1OG0A 3O1NA 1P1XA 4WXZA 2JKAA 2CWNA 1J5TA 4O12A 3C0JA 1OHLA 3GXTA 1S3HA 5E93A 3DI1A 3O8AA 2QCHA 3C2EA 1SR9A 1KM4A 1ME8A 2X2GA 3SR7A 1O4UA 2QJHA 2ZA1A 1EP1A 2ZTKA 1SW7A 3G0UA 1LRTA 4TMBA 1OX5A 3GR7A 1MXSA 2J9YA 1W54A 1WXJA 4EVZA 1GVFA 3CIWA 4JX5A 3TC6A 4CCEA 5E1QA 2E6DA 1FXQA 1RQBA 3NDOA 4UNKA 1K3UA 4O28A 1OF6A 1OX4A 2B7PA 1SW0A 3GKFA 4O0KA 3W7CA 2CLLA 2V9DA 1PCWA 1OK6A 3NL3A 2QCDA 2GPTA 4LS1A 4DBEA 1UASA 4QNEA 2PE4A 1SO6A 3TAKA 2VELA 3W74A 2GVJA 4RZ4A 2J6XA 3LI0A 5C5YA 3GDRA 3UZ5A 2C18A 3NXFA 3SZ8A 1F73A 4IMCA 3W73A 1EP2A 3QEZA 1B9BA 1H5YA 1AG1O 1FCVA 1VLIA 2TYSA 2VENA 1KFCA 3B03A 1OFPA 2QCNA 4O14A 5BW6A 1VRDA 1VPXA 4Q32A 1Z42A 2R94A 3QW3A 4OV9A 4WJEA 2CFFA 1ZCOA 3MI3A 2PC4A 2X1TA 2RH9A 5F2GA 2XFWA 3QQ0A 4AF0B 2VEMA 5HR7A 1ZALA 1ZNNA 2WNQA 4KWVA 3W1NA 3GR8A 2X1UA 1ONRA 3SSJA 1ICPA 1SZFA 1NVMA 3G0XA 1W3TA 4UFMA 3ATZA 4WX2A 5AYZA 3B0UX 4QITA 1YDNA 4DPPA 3IGUA 4JY9A 3OA3A 3W7DA 1TO3A 4Z1DA 3LERA 5AHLA 1CI1A 2CZEA 3WK0A 4RXFA 4DXVA 1X7FA 5D2YA 1K7EA 3MUXA 2FPVA 5HR6A 2Q8LA 3VCRA 2CZDA 3JRKA 3GDLA 3Q37A 3W71A 5K9XA 4ZQPA 2A21A 2AAMA 1H63A 2YR1A 5AHNA 5DLCA 5FEPA 5CPNA 3UWYA 5K3VA 2QCCA 3I7RA 1TQJA 3FA5A 2ZFAA 5F4SA 1LOSA 3KHJA 3WJSA 1QFEA 4UTTC 3W1LA 4JS3A 1P5BA 1EUAA 4KFPA 1LORA 5DCDA 4AHQA 2WV8A 3KOFA 1W5OA 3LHWA 3W7JA 3N9SA 4JTFA 2YCEA 3NOEA 5BRBA 4MZ1A 3EEGA 1YDOA 2A7RA 4WY0F 3UWZA 4RR4A 5A8GA 3PUEA 2ZYFA 5C55A 4IJBA 2R14A 3U8GA 3PM6A 5F1UA 3NQDA 4JX6A 3MBDA 4JY8A 1Q6OA 5HNRA 4AHPA 1XDLA 2Y88A 4K37A 4NU7A 4R33A 1F6PA 1KLZA 3W83A 3NPUA 3UQNA 5CSSA 4NT0A 2ZQ0A 1H50A 2ZRVA 4RCXA 3CPRA 3TU9A 2Y7FA 1OYCA 3N3MA 3B4UA 2E68A 2BWGA 4O10A 3EX4A 1FDJA 3TNOA 3PR2A 1F05A 3B06A 2QCMA 1DJNA 3UWVA 5AFDA 2WSRA 2VFIA 2YPIA 1V5XA 2A85A 3DFNA 3LLFA 5DCBA 1KA9F 3NNTA 2V8ZA 4XUGA 2E5BA 5D02A 3P84A 2FTPA 3EWUA 3GNNA 5F1VA 3LXBA 4NX0A 5FI8A 1J2WA 4AB4A 4FNUA 2C15A 3NL5A 4GE8A 2E09A 2J27A 2YW3A 4ZZ9A 3GDMA 4PL2A 2JK2A 3CTLA 1WQ5A 3L68A 4UTHA 4XTIA 3CWOX 4IQLA 3M41A 3M0ZA 3O16A 3PUDA 3UWWA 1ZHAA 2QCLA 3BARA 4ICNA 3WK3A 5AC8A 4MLJA 1HG3A 4BFAA 3GX9A 4O1AA 5EYWA 2FIQA 4IUOA 2ATSA 1I2OA 4MLRA 3L5MA 4MZYA 4NJIA 2J88A 1QR7A 2ZRWA 5D2XA 1VS1A 1VQTA 2VC6A 4NNBA 4ALDA 2H90A 1DOSA 4I7WA 4DPQA 1XC4A 5D37A 2DU2A 4BK9A 4DBDA 4NX5A 3NPXA 3TJXA 1IGSA 1KFJA 2FB3A 3A5FA 2Y7DA 1UJPA 1SW3A 2IQTA 5E0KA 3RFAA 1QPQA 1XKYA 2DORA 1RZMA 2CLIA 4XZ9A 3M47A 1VCFA 2I14A 1NAL1 2BTMA 3F4WA 5D09A 1KFLA 1PHQA 4DO4A 1JCYA 1GOXA 4U28A 3FIGA 3IV3A 2QCGA 2V82A 2AQWA 3CU2A 1E51A 1DHPA 4XTDA 3FLUA 4JICA 3H54A 3LCFA 1W31A 3L0GA 3LB0A 4CQ9A 1G67A 2ZRYA 3EWYA 1ICQA 3QM3A 3BW4A 4O50A 4CQAA 1L6WA 1FCUA 4E0CA 1VR6A 3IIVA 2I1OA 2C16A 3TH6A 1NFBA 4DO5A 4O16A 3NZ1A 5G2HA 4O52A 2WNNA 4MIMA 1T99A 1KM5A 4K6AA 2ZZ6A 1TPEA 3F03K 1QO2A 3MI2A 1K7FA 1A53A 1R47A 4TMCA 3OVQA 4GUFA 3SW6A 4IPJA 3HF3A 1LZOA 3B05A 2DZXA 1TRDA 1W3NA 5DBTA 1ADOA 3W1QA 2WSQA 2GUUA 1I45A 2JGQA 1LM1A 3DFTA 3M16A 4TU1A 2TMDA 3PF3A 1QAPA 3CEPA 3LOTA 3QSTA 4Y96A 1AMKA 3K30A 2FB2A 3O06A 4DF2A 2QAPA 3A9IA 2DZPA 1KM0A 2J24A 2ZDRA 2D73A 2R8WA 3OIXA 2Y85A 2HS6A 3FOKA 1QWGA 4ADUA 4NNAA 5AOUA 3L0NA 1OF8A 1U83A 2YXGA 2GJNA 4N9BA 3W6YA 1X8FA 3I6RA 2UV8G 1HUVA 3FJ6A 4K39A 4MPQA 4JR5A 1KM2A 3IVUA 1S5WA 3C8FA 3M1ZA 3WFAA 3TAOA 3N14A 2DZTA 4LV4A 3G24A 5LKYA 2GQ8A 4RX0A 4NZFA 3IEBA 3UXAA 4GWEA 4JN6A 3NYZA 1GZGA 2JGYA 3H55A 1TTPA 4UTKA 3AJXA 4RKAA 2OT1A 1I2PA 1EX5A 1EP3A 3IVSA 2BZNA 3NQ2A 3W2JA 3JS3A 1GTHA 4CQ8A 5T26A 3LCIA 4N4QA 4IXXA 4BI5A 4LC8A 2QJGA 1JRCA 1PL9A 2Q3RA 1FX6A 2FFCA 3QQ1A 3TW7A 3W1RA 1WA3A 5KZDA 3NQGA 5BMXA 5D2WA 4CCCA 2ISSA 3M43A 3MHFA 2QAFA 1D9EA 1FWTA 1HO1A 4LC6A 4LS0A 3V75A 4NJHA 4UXDA 5EMUA 1UB3A 3TC7A 1TMHA 1ZAHA 4L4LA 5G1TA 3AO0A 2CLKA 5EY5A 3LRMA 4UTUA 1C8VA 2WPBA 3GAYA 4GNJA 2DZVA 2C6QA 1O60A 1IXPA 1LRQA 4WZHA 3S1XA 2DJLA 4NNCA 3W2NA 3KAOA 1JVNA 4Y6GA 4NXSA 2J9ZA 3E96A 4GJ1A 3NPVA 5HINA 3TSMA 4R53A 2ZZ2A 4MFDA 4UC5A 2YW4A 3A5VA 5G4WA 3NQ7A 4XWUA 3TXZA 1JQVA 2OT0A 2NLIA 1F6KA 4EIVA 1KFKA 4UIOA 3NQ6A 4ORIA 1OFRA 2B7QA 2P10A 3LTSA 2TRSA 1EEPA 4P2VA 1VCVA 4E2DA 4D2JA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3KVK A;  5LXX A;  3S1G A;  4JTD A;  4M6P A;  1T6M A;  3RLG A;  1UQZ A;  1NEY A;  4GGB A;  1JEZ A;  3U3H A;  4FOJ A;  1NWR A;  2PCQ A;  3BAX A;  1SFL A;  3A3H A;  1V0K A;  3ZYZ A;  1I1W A;  4H83 A;  1QNS A;  2OGJ A;  1VIW A;  1E0W A;  5LSM A;  2W27 A;  3CHF A;  5D4Y A;  5MF5 A;  3L9C A;  3R89 A;  4PTD A;  1QNP A;  3LPF A;  4JAW A;  2UY2 A;  4FS9 A;  1OFE A;  3U5Y A;  3OLD A;  1BSL A;  4IFR A;  2ZXQ A;  5AZ0 A;  2G96 A;  3A24 A;  3UGV A;  3WDH A;  5AYX A;  1CXI A;  3U5U A;  5HQL A;  2VWT A;  3UP8 A;  2WVV B;  1EGM A;  3RYS A;  4GH3 A;  4O0Z A;  2ZA2 A;  1PXG A;  2W9M A;  4AD4 A;  2GGJ A;  2P5N A;  2WC7 A;  5JUV A;  2FZD A;  5IHS A;  1GG1 A;  1MRA A;  3UR2 A;  2DZW A;  3RHG A;  1K1D A;  3H21 A;  5G4E A;  3GTH A;  1XFC A;  2D0G A;  4WIW A;  4FXF A;  4PCF A;  2Z1V A;  4NJG A;  4ZQO A;  1POJ A;  4YTT A;  2P8B A;  2A1Y A;  3U2C A;  4GLE A;  3ZJ6 A;  4E4F A;  2Z2U A;  4F9D A;  1ZGD A;  3W7M A;  3VM5 A;  2YB4 A;  1AH0 A;  3QJA A;  4LF1 A;  3MP4 A;  3Q94 A;  4QG9 A;  3MU7 A;  3ARZ A;  3OA5 A;  3CMJ A; 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5D2WA

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