5D3NA

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd40
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
MNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d3nA01
5KTWA 3TLPA 5D3NA 4LC2A 5EI4A 3UVXA 5A5QA 5DYCA 4QR4A 4A9MA 3QZVA 5FE8A 3HMHA 1ZS5A 4UITA 5I40A 4TQNA 3P1DA 4HBWA 5FG5A 4CURA 2H60A 4NRBA 5H1UA 4TT6A 4YYGA 4CUTA 4QR3A 4CFLA 5FE0A 5DY7A 5LKTA 3LQJA 5L8UA 5I80A 5I83A 5C89A 5IIDA 3U5PA 3O37A 5EP7A 3MQMA 5CTLA 2I8NA 5F63A 5D3HA 5KO4A 3K2JA 5CUBA 5FFWA 4NR4A 4NYWA 4TT4A 4J0SA 5F3AA 5KTUA 4YADA 3MXFA 3UW9A 5D7XA 5CRZA 4A9FA 4NS5A 4QC3A 2D9EA 4O71A 5E9YA 5TCMA 5E9VA 4QNSA 5E3GA 3LXJA 5CPEA 4QR5A 5LKZA 3P1EA 4BW3A 5AD2A 4NQNA 5DYUA 3UVDA 5KU3A 4YATA 2YDWA 4QEVA 2L5EA 5IGNA 4MEQA 2YQDA 5D3TA 5CQ4A 4A9NA 4F3IA 4NRAA 3DWYA 2YEMA 4BHWA 4UIZA 4C67A 2OUOA 4BW4A 4ZQLA 4YBSA 5DW1A 5G4RA 2RNYA 3S91A 3Q2EA 4QSUA 4Z1SA 3O34A 4TZ2A 3HMFA 5FFVA 4NUCA 4YBTA 5H1TA 5CQ6A 2E7NA 5CS8A 3O33A 3QZSA 5DKDA 3UVYA 4QSWA 4CUUA 4YAXA 4YC9A 3SVHA 5FH7A 4YH3A 4O7BA 5BT5A 2E3KA 5DFCA 5ENCA 4AKNA 2DVQA 4PS5A 2E7OA 4XY9A 5E0RA 5EWCA 5AMFA 4QBMA 4MEOA 5IGKA 2R10A 4UYDA 2RO1A 4TT2A 5FE9A 2YW5A 4LRGA 4QC1A 4NRCA 4QSVA 2WP2A 4YK0A 2I7KA 5IBNA 4TU6A 5J0DA 4YH4A 5E3DA 4N4GA 5C7NA 4QSXA 4LYSA 4QSQA 3JVKA 5HCLA 4ZW1A 4XYAA 5F2PA 4O77A 3SVFA 1EQFA 5CRMA 5I88A 2DWWA 4LZ2A 4CL9A 4OGIA 5A82A 5I29A 4QEWA 5BT3A 4WHUA 5F1LA 3G0LA 3ZYUA 2DVSA 4YYDA 2R0VA 5FB0A 5C85A 5IGLA 4NR9A 4QZSA 2KTBB 5E9KA 5LVQA 4A9EA 3P1CA 5EK9A 5A5NA 2DKWA 4CUSA 3UV5A 5CY9A 3FKMX 3U5NA 1WUGA 5FE3A 5CU8A 2RNXA 4YYJA 4QUTA 5EWHA 5L97A 3SVGA 5F1HA 3LQIA 5EA1A 3MB4A 4WIVA 4LR6A 4MR4A 4A9IA 4HBVA 5EPRA 4A9LA 4HXPA 5FE7A 4HXSA 2D82A 5IG6A 5HLSA 4O78A 4Y03A 3AQAA 4MEPA 5E73A 4UIUA 5LKUA 3U5KA 4NYXA 5CQAA 5BT4A 3U5JA 5CGPA 4C66A 5LJ2A 4KV4A 4FLPA 5ENFA 3U5OA 5AD3A 4O7EA 3IU6A 4UYHA 5EPSA 5HELA 4LZRA 4WHWA 4IOQA 5CQTA 5I7YA 2F6JA 3HMEA 3I3JA 5CQ3A 3P1FA 3JVJA 3O36A 4IR5A 4Z1QA 3DAIA 4Z93A 5E74A 3S92A 4GPJA 4UYEA 4X2IA 4HXKA 4UIWA 1WUMA 2G4AA 4RVRA 5HENA 5ETDA 5C4QA 4QYLA 2N9GA 4Q0NA 5HFQA 4YYHA 4XY8A 2NXBA 2RS9B 4MR5A 2MJVB 5FG4A 5E9MA 5I7XA 5COIA 5HRWA 1N72A 4O74A 4O76A 2FSAA 2YYNA 5D26A 5DKHA 3MUKA 4N4FA 4TTEA 4UIVA 5D3RA 5CQ7A 2WP1A 5ACYA 5HM0A 5D3JA 5H1VA 5ENEA 5EWWA 2L85A 5HRXA 4E96A 5CUGA 2YELA 5C87A 1F68A 5HRVA 3P5OA 4HBXA 4O72A 5F36A 5HJCA 4YBMA 5F5ZA 5C8GA 4HBYA 4IORA 4J0RA 3MULA 4O7AA 5CUEA 5DLXA 5ENIA 5ENGA 1JSPB 4TS8A 3JVLA 5FE4A 4Z6HA 5FH8A 5I89A 4IR4A 5DFBA 4QY4A 5ETBA 4Z6IA 5A5PA 5L8TA 5LKXA 5FE6A 5EQ1A 5DKCA 5DLZA 2DATA 4UYFA 5TB6A 4KV1A 4NXJA 4NYVA 4QSSA 5DX4A 5EM3A 4A9JA 2R0YA 2DVRA 4LZSA 4O75A 3LQHA 5HEMA 4O70A 3U5MA 4MR3A 3D7CA 5D3LA 2RFJA 5HQ5A 4NR5A 4ZC9A 3UV2A 3LJWA 3Q2FA 5CUDA 3UV4A 5FB1A 4CFKA 5A5RA 5D3PA 5FE1A 4KCXA 4Q0OA 4UIXA 5F62A 5A5SA 4PKLA 5CUAA 5EWDA 3ONIA 4YY4A 5E9LA 5IGMA 4QUUA 5EVAA 5FBXA 4CUPA 5DYAA 4HXOA 4QYDA 3U5LA 4CLBA 4PCEA 5CQ5A 3AADA 4UYFB 5II2A 4NR7A 5EPBA 5L98A 5HFRA 5A85A 5G4SA 5LJ1A 3IU5A 3RCWA 4DONA 4YYNA 5I1QA 4O7FA 5ENJA 5ENHA 4UYGA 1JM4B 3O35A 5FE2A 4BW2A 2RNWA 5CP5A 5JI8A 5KTXA 2R0SA 4NUDA 4YY6A 5EGUA 2RI7A 4YYKA 4IR3A 4J1PA 4BW1A 5II1A 4QB3A 5F25A 5DFDA 2OSSA 5A81A 5DBMA 4TU4A 3MB3A 4PY6A 5FFYA 5FE5A 5D0CA 4O7CA 4CUQA 3GG3A 4QSPA 4XUBA 5K29A 4OUFA 5D24A 4NUEA 5L99A 3JVMA 4ALHA 5LUUA 4IR6A 5E7DA 4N4IA 4HXMA 3NXBA 2YEKA 4PCIA 5FH6A 4PTBA 4XUAA 4J3IA 4QSRA 5H85A 2DVVA 4YABA 3G0JA 4QEUA 5HQ6A 5FG6A 5A7CA 5EU1A 4HXNA 5A83A 5CQ8A 4ALGA 4MR6A 4UIYA 2L84A 4NR8A 5DYXA 5CFWA 4LDFA 4A9OA 3QZTA 2GRCA 4MENA 5L96A 5EWVA 4IOOA 5JWMA 5CZGA 2F6NA 5F60A 4NR6A 3UVWA 2OO1A 4YYMA 5E9IA 5EICA 4N4HA 4BJXA 4HXRA 5KHMA 4OGJA 4A9HA 5ENBA 5LVRA 5AMEA 4HXLA 5D3SA 4N3WA 5DW2A 1X0JA 4TYLA 4TZ8A 4LYWA 2LSPB 5EISA 5EV9A 4QSTA 4NQMA 4YYIA 4LYIA 5F61A 5FDZA 5A5OA 5LJ0A 5CUCA 5HQ7A 5D25A 4A9KA 5I86A 1E6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KTWA 3TLPA 5D3NA 4LC2A 5EI4A 3UVXA 5A5QA 5DYCA 4QR4A 4A9MA 3QZVA 5FE8A 3HMHA 1ZS5A 4UITA 5I40A 4TQNA 3P1DA 4HBWA 5FG5A 4CURA 2H60A 4NRBA 5H1UA 4TT6A 4YYGA 4CUTA 4QR3A 4CFLA 5FE0A 5DY7A 5LKTA 3LQJA 5L8UA 5I80A 5I83A 5C89A 5IIDA 3U5PA 3O37A 5EP7A 3MQMA 5CTLA 2I8NA 5F63A 5D3HA 5KO4A 3K2JA 5CUBA 5FFWA 4NR4A 4NYWA 4TT4A 4J0SA 5F3AA 5KTUA 4YADA 3MXFA 3UW9A 5D7XA 5CRZA 4A9FA 4NS5A 4QC3A 2D9EA 4O71A 5E9YA 5TCMA 5E9VA 4QNSA 5E3GA 3LXJA 5CPEA 4QR5A 5LKZA 3P1EA 4BW3A 5AD2A 4NQNA 5DYUA 3UVDA 5KU3A 4YATA 2YDWA 4QEVA 2L5EA 5IGNA 4MEQA 2YQDA 5D3TA 5CQ4A 4A9NA 4F3IA 4NRAA 3DWYA 2YEMA 4BHWA 4UIZA 4C67A 2OUOA 4BW4A 4ZQLA 4YBSA 5DW1A 5G4RA 2RNYA 3S91A 3Q2EA 4QSUA 4Z1SA 3O34A 4TZ2A 3HMFA 5FFVA 4NUCA 4YBTA 5H1TA 5CQ6A 2E7NA 5CS8A 3O33A 3QZSA 5DKDA 3UVYA 4QSWA 4CUUA 4YAXA 4YC9A 3SVHA 5FH7A 4YH3A 4O7BA 5BT5A 2E3KA 5DFCA 5ENCA 4AKNA 2DVQA 4PS5A 2E7OA 4XY9A 5E0RA 5EWCA 5AMFA 4QBMA 4MEOA 5IGKA 2R10A 4UYDA 2RO1A 4TT2A 5FE9A 2YW5A 4LRGA 4QC1A 4NRCA 4QSVA 2WP2A 4YK0A 2I7KA 5IBNA 4TU6A 5J0DA 4YH4A 5E3DA 4N4GA 5C7NA 4QSXA 4LYSA 4QSQA 3JVKA 5HCLA 4ZW1A 4XYAA 5F2PA 4O77A 3SVFA 1EQFA 5CRMA 5I88A 2DWWA 4LZ2A 4CL9A 4OGIA 5A82A 5I29A 4QEWA 5BT3A 4WHUA 5F1LA 3G0LA 3ZYUA 2DVSA 4YYDA 2R0VA 5FB0A 5C85A 5IGLA 4NR9A 4AKHA 4QZSA 2KTBB 5E9KA 5LVQA 4A9EA 3P1CA 5EK9A 5A5NA 2DKWA 4CUSA 3UV5A 5CY9A 3FKMX 3U5NA 1WUGA 5FE3A 5CU8A 2RNXA 4YYJA 4QUTA 5EWHA 5L97A 3SVGA 5F1HA 3LQIA 5EA1A 3MB4A 4WIVA 4LR6A 4MR4A 4A9IA 4HBVA 5EPRA 4A9LA 4HXPA 5FE7A 4HXSA 2D82A 5IG6A 5HLSA 4O78A 4AI6A 4Y03A 3AQAA 4MEPA 5E73A 4UIUA 5LKUA 3U5KA 4NYXA 5CQAA 5BT4A 3U5JA 5CGPA 4C66A 5LJ2A 4KV4A 4FLPA 5ENFA 3U5OA 5AD3A 4O7EA 3IU6A 4UYHA 5EPSA 5HELA 4LZRA 4WHWA 4IOQA 5CQTA 5I7YA 2F6JA 3HMEA 3I3JA 5CQ3A 3P1FA 3JVJA 3O36A 4IR5A 4Z1QA 3DAIA 4Z93A 5E74A 3S92A 4GPJA 4UYEA 4X2IA 4HXKA 4UIWA 1WUMA 2G4AA 4RVRA 5HENA 5ETDA 5C4QA 4QYLA 2N9GA 4Q0NA 4AKIA 5HFQA 4YYHA 4XY8A 2NXBA 2RS9B 4MR5A 2MJVB 5FG4A 5E9MA 5I7XA 5COIA 5HRWA 1N72A 4O74A 4O76A 2FSAA 2YYNA 5D26A 5DKHA 3MUKA 4N4FA 4TTEA 4UIVA 5D3RA 5CQ7A 2WP1A 5ACYA 5HM0A 5D3JA 5H1VA 5ENEA 5EWWA 2L85A 5HRXA 4E96A 3ERRA 5CUGA 2YELA 5C87A 1F68A 5HRVA 3P5OA 4HBXA 4O72A 5F36A 5HJCA 4YBMA 5F5ZA 5C8GA 4HBYA 4IORA 4J0RA 3MULA 4O7AA 5CUEA 5DLXA 5ENIA 5ENGA 1JSPB 4TS8A 3JVLA 5FE4A 4Z6HA 5FH8A 5I89A 4IR4A 5DFBA 4QY4A 5ETBA 4Z6IA 5A5PA 5L8TA 5LKXA 5FE6A 5EQ1A 5DKCA 5DLZA 2DATA 4UYFA 4AKGA 5TB6A 4KV1A 4NXJA 4NYVA 4QSSA 5DX4A 5EM3A 4A9JA 2R0YA 2DVRA 4LZSA 4O75A 3LQHA 5HEMA 4O70A 3U5MA 4MR3A 3D7CA 5D3LA 2RFJA 5HQ5A 4NR5A 4ZC9A 3UV2A 3LJWA 3Q2FA 5CUDA 3UV4A 5FB1A 4CFKA 5A5RA 5D3PA 5FE1A 4KCXA 4Q0OA 4UIXA 5F62A 5A5SA 4PKLA 5CUAA 5EWDA 3ONIA 4YY4A 5E9LA 5IGMA 4QUUA 5EVAA 5FBXA 4CUPA 5DYAA 4HXOA 4QYDA 3U5LA 4CLBA 4PCEA 5CQ5A 1ZKRA 3AADA 4UYFB 5II2A 4NR7A 5EPBA 5L98A 5HFRA 5A85A 5G4SA 5LJ1A 3IU5A 3RCWA 4DONA 4YYNA 5I1QA 4O7FA 5ENJA 5ENHA 4UYGA 1JM4B 3O35A 5FE2A 4BW2A 2RNWA 5CP5A 5JI8A 1PUOA 5KTXA 3VKHA 2R0SA 4NUDA 4YY6A 5EGUA 2RI7A 4YYKA 4IR3A 4J1PA 4BW1A 5II1A 2EJNA 4QB3A 5F25A 5DFDA 2OSSA 5A81A 5DBMA 4TU4A 3MB3A 4PY6A 5FFYA 5FE5A 5D0CA 4O7CA 4CUQA 3GG3A 4QSPA 4XUBA 5K29A 4OUFA 5D24A 4NUEA 5L99A 3JVMA 4ALHA 5LUUA 4IR6A 5E7DA 4N4IA 4HXMA 3NXBA 2YEKA 4PCIA 5FH6A 4PTBA 4XUAA 4J3IA 4QSRA 5H85A 2DVVA 4YABA 3G0JA 4QEUA 5HQ6A 5FG6A 5A7CA 5EU1A 3VKGA 4HXNA 5A83A 5CQ8A 4ALGA 4MR6A 4UIYA 2L84A 4NR8A 5DYXA 5CFWA 3D1BA 4LDFA 4A9OA 3QZTA 2GRCA 4MENA 5L96A 3D1DA 5EWVA 4IOOA 5JWMA 5CZGA 2F6NA 5F60A 4NR6A 3UVWA 2OO1A 4YYMA 5E9IA 5EICA 4N4HA 4BJXA 4HXRA 5KHMA 4OGJA 4A9HA 5ENBA 5LVRA 5AMEA 4HXLA 5D3SA 4N3WA 5DW2A 1X0JA 4TYLA 4TZ8A 4LYWA 2LSPB 5EISA 5EV9A 4QSTA 4NQMA 4YYIA 4LYIA 5F61A 5FDZA 5A5OA 5LJ0A 5CUCA 5HQ7A 5D25A 4A9KA 5I86A 1E6IA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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