5D3TA

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd47
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 42
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d3tA01
2RNXA 4BW3A 4HBYA 5CY9A 5ETBA 4ALGA 5FE4A 5EPRA 4PCEA 4O7BA 5CQ3A 4N4GA 5LKXA 3JVMA 3QZTA 5I7XA 3HMFA 5CUBA 5E9VA 5CUCA 5LUUA 2DVSA 4IORA 4YBMA 3P1DA 5CQTA 4NYVA 3LQIA 2YYNA 4O77A 5H1UA 4UYFA 5DYAA 5G4SA 4UYHA 2RS9B 5IGMA 3Q2FA 5DKCA 5HQ6A 4WHUA 4CUSA 4YC9A 2L5EA 5L96A 3TLPA 4QSTA 2R0SA 3GG3A 5KTUA 5EI4A 4YYDA 3JVJA 4YYIA 5HLSA 5LVRA 4PY6A 3NXBA 5CTLA 5FE8A 4AKNA 5CUDA 5CQ6A 2E3KA 5AD3A 4A9NA 3QZSA 4UITA 4QSWA 5DKDA 4YBTA 4NRAA 4TQNA 2LSPB 5F62A 4YK0A 4CL9A 4YADA 3O37A 4A9IA 4MR3A 4QBMA 5CPEA 5CRMA 2F6NA 2YQDA 5A5SA 3IU5A 5EV9A 4F3IA 4MR5A 5CFWA 5D3PA 5E9YA 4YY6A 4NQMA 5BT3A 5FE9A 2D9EA 5I80A 4BW4A 2RNYA 3FKMX 5HJCA 5E3GA 3UV4A 3IU6A 5DYCA 4QYDA 4YYHA 5A83A 5EWWA 5L97A 5CQ7A 4YABA 5JI8A 5AMFA 2MJVB 5IBNA 4ALHA 5CU8A 5HQ7A 4YYGA 5CP5A 4UIVA 3O33A 5LJ0A 3LJWA 5D3LA 5D3RA 3U5LA 4IR5A 4UIZA 1JSPB 4ZQLA 3SVHA 3LQJA 5BT5A 5LJ1A 5KTXA 4UIYA 4C67A 5D0CA 3MULA 5DYUA 5EICA 5H85A 4GPJA 3U5PA 4XYAA 5DX4A 5FE3A 5EM3A 5BT4A 5A5OA 4NR7A 4QR4A 5EK9A 2FSAA 4UIWA 4A9OA 2WP2A 3MUKA 4KV1A 4N4IA 4LZ2A 5ENJA 4TT2A 4BJXA 4CUUA 2DKWA 4X2IA 4TTEA 4O71A 5CQ5A 4UYDA 5F25A 5DYXA 4A9EA 4NQNA 4IR4A 2RI7A 5C89A 5E9IA 3QZVA 2YW5A 5I83A 4O70A 5L99A 3U5NA 3P1EA 5ENIA 4LZSA 4TZ8A 5FFWA 5FE2A 5F1HA 4NR4A 5DW2A 4IOQA 4HXSA 4CUPA 3UV5A 4HXMA 3G0JA 4UIUA 5A5QA 2E7NA 5DFDA 4HBWA 5AD2A 5FH7A 1EQFA 4Z1QA 3ZYUA 5I7YA 3S91A 2L84A 5A5NA 5DFCA 5D25A 4O76A 4WIVA 5CGPA 4YATA 4BW1A 4O7EA 4NXJA 4N4HA 4NYWA 4IR6A 2RNWA 4CUQA 5FE0A 5KU3A 5E74A 4CLBA 2G4AA 4FLPA 4YYKA 3S92A 4A9JA 4HXOA 5I40A 4IOOA 5E9KA 4J3IA 4E96A 5FB0A 2YELA 2NXBA 5HEMA 4A9HA 3RCWA 2OSSA 4WHWA 4Z93A 5DLZA 3AADA 4QEVA 4QUUA 5AMEA 4MENA 4TYLA 5HENA 5EPSA 3MQMA 4O7AA 5C4QA 5E3DA 4QSRA 5HQ5A 5EGUA 5DY7A 4QZSA 4HXNA 5E9LA 4NR6A 2RFJA 4YYMA 4O74A 4Z6IA 1N72A 4IR3A 4NR9A 4O7CA 4BHWA 4YH3A 4XUBA 5F3AA 4PKLA 5CZGA 2E7OA 4MR6A 2F6JA 4CFLA 4HBXA 5A5RA 4TS8A 4XY8A 4A9KA 5F36A 5FG4A 4A9MA 5F5ZA 4HXLA 5FE1A 5FE6A 2YEMA 3JVKA 5LVQA 3O35A 5FDZA 4TU6A 3D7CA 5C87A 4QSUA 5ENFA 4KCXA 4QSSA 2R0YA 5ENBA 5F2PA 4CURA 4J0SA 2R0VA 5E0RA 4Q0NA 4N4FA 5HRXA 5A5PA 3I3JA 4MEQA 5EWCA 4QSPA 5J0DA 2WP1A 4YYJA 5JWMA 4QB3A 2DATA 5TCMA 3P5OA 4QSVA 3SVFA 2OUOA 4QR5A 4DONA 4PTBA 4NUDA 5COIA 5EWHA 5II1A 4NUEA 4UYGA 5A7CA 5HRVA 4OGIA 4YBSA 4BW2A 1X0JA 1ZS5A 4NYXA 4TT4A 3MB4A 3P1FA 3DWYA 4LRGA 4HBVA 4O78A 5D7XA 5EISA 5EQ1A 4PCIA 4YAXA 5LKUA 5A85A 5A81A 3O34A 5FBXA 5FH6A 5I86A 4HXKA 5I29A 2RO1A 4RVRA 2YEKA 4UIXA 3U5JA 5KTWA 4MR4A 5LJ2A 4QR3A 3JVLA 4QUTA 2OO1A 4NR8A 5FFYA 5H1TA 5CS8A 4NR5A 2I8NA 3MXFA 3LQHA 4LYSA 5ENEA 4Z6HA 4Y03A 4QYLA 5DBMA 5CQ4A 4XUAA 5FE7A 4NRCA 5L8UA 4NS5A 4QEWA 3UV2A 5TB6A 4Z1SA 5IGKA 4YY4A 5EA1A 5D3HA 4CFKA 3MB3A 5D26A 1WUMA 5KO4A 2DVVA 5E9MA 3HMHA 5I89A 5HFQA 1WUGA 5F61A 4HXPA 5D3NA 5F1LA 4TZ2A 2H60A 3G0LA 5D3TA 2I7KA 5CUAA 5HRWA 4O75A 5HM0A 2KTBB 4TU4A 2L85A 5EPBA 4N3WA 4ZC9A 5CQ8A 5EWDA 2R10A 5FG6A 3HMEA 5HELA 5II2A 3U5OA 4ZW1A 5EWVA 4UYFB 2DWWA 3Q2EA 5EVAA 4LR6A 4QC1A 4MEPA 5DKHA 5FE5A 5H1VA 4QEUA 4QSQA 3UVDA 1E6IA 4NUCA 4QC3A 4LZRA 2YDWA 5F63A 5DFBA 4YYNA 5CUEA 5C85A 5E73A 5CRZA 5G4RA 4LYIA 5L98A 5LKTA 2D82A 4O72A 4XY9A 4PS5A 3UVYA 3K2JA 5ACYA 1F68A 3UVWA 3U5KA 4LC2A 5FB1A 3O36A 3AQAA 4NRBA 2N9GA 5EU1A 1JM4B 3SVGA 5ENGA 5IIDA 4HXRA 4OGJA 5CUGA 5C8GA 4Q0OA 5ENCA 3P1CA 4J1PA 3LXJA 4OUFA 5D3JA 5ENHA 5KHMA 5HCLA 5I1QA 2DVRA 5L8TA 5K29A 4TT6A 4A9LA 4CUTA 4C66A 5A82A 5EP7A 5IGNA 4LYWA 5DW1A 4QNSA 3DAIA 5E7DA 5C7NA 4KV4A 5CQAA 5ETDA 5FG5A 4MEOA 4YH4A 4O7FA 3UVXA 4QSXA 5LKZA 3U5MA 5D3SA 3ONIA 4J0RA 4UYEA 5DLXA 2DVQA 4A9FA 4LDFA 5F60A 3UW9A 5I88A 5D24A 5HFRA 5FFVA 5IG6A 5IGLA 4QY4A 5FH8A 2GRCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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