5D3TA

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd47
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d3tA01
5E9VA 4O7CA 5FE8A 4OGIA 5AD2A 3U5NA 5D0CA 3QZTA 4NR7A 4DONA 5CTLA 5IGKA 4J0RA 4QSSA 4FLPA 4ALGA 5I40A 5CQ5A 5JI8A 4J3IA 5A81A 4Z1SA 5LKUA 5LKXA 2L5EA 4IR4A 3D7CA 5DKHA 3U5KA 1JM4B 4QEWA 3SVFA 4NQMA 2RFJA 5D24A 4NS5A 4LYWA 3UV5A 4TT2A 4QUUA 2RO1A 5FB1A 5E3DA 5H85A 3P1CA 4YH3A 4YBTA 5CQTA 4KCXA 4NR8A 5C7NA 5DYUA 4KV4A 3IU6A 5C89A 2N9GA 4ZC9A 5H1TA 4BHWA 4UIXA 3AQAA 4WIVA 4XUAA 4YYKA 3ZYUA 4J0SA 5TB6A 5DLZA 5EPRA 4C67A 4UIYA 5ENCA 4HXSA 4TT6A 4QNSA 5DFBA 4YBSA 4HXKA 5FG4A 5EWVA 3MULA 5EICA 5HQ5A 4XY9A 5CUAA 4YY6A 5KHMA 5DW2A 4IR5A 4ALHA 4BW4A 5KU3A 4MR3A 5EISA 4F3IA 5TCMA 5EQ1A 4MEQA 4YK0A 4O7AA 5LUUA 5EI4A 5ETDA 2DVSA 3O35A 5FBXA 4NUEA 2RNWA 4NRBA 5I7XA 5EU1A 4A9MA 4HBVA 5K29A 2I8NA 5DY7A 5ENJA 5F25A 5EWWA 5FE2A 5F1LA 3HMEA 4UYDA 4QZSA 5BT4A 4O70A 4CFKA 4Z6HA 2F6NA 4NR9A 4LR6A 4QY4A 5FDZA 5CUEA 4UIZA 4LDFA 5II2A 4TU4A 2WP1A 5E74A 4BW1A 3MUKA 2DWWA 3UVYA 5ENHA 4GPJA 4HXNA 5DYCA 5EK9A 4YYHA 4BW3A 5L99A 4HXOA 4UYFA 4LC2A 5CUBA 5LKZA 4YYMA 2DATA 3JVJA 5DKDA 4NR5A 5EP7A 3O37A 4YYNA 5HENA 4A9LA 3SVHA 5CP5A 3P5OA 5CU8A 4CURA 5JWMA 5HM0A 5D3SA 5IGMA 2LSPB 2OSSA 5EGUA 4QSUA 5ENBA 4HXLA 5KTWA 5HLSA 4O77A 2YW5A 4QR5A 4IR6A 4PY6A 3LJWA 4UYFB 5C87A 3JVKA 4UITA 5EPBA 5KTUA 3LQHA 4YATA 2YEKA 5ENEA 5CZGA 5A5SA 4QYDA 5EWDA 3MQMA 4N3WA 4Z93A 5I88A 3O36A 4O7BA 5A5OA 4TYLA 4YH4A 5FH6A 2E7OA 2RNXA 4UIVA 5A82A 2YEMA 4AKNA 5EV9A 4QC3A 5I29A 5C85A 4J1PA 5F62A 4N4IA 4YYGA 3QZSA 3U5PA 5HFQA 5J0DA 1N72A 3UVWA 5CGPA 4Q0OA 5FB0A 4O72A 2DVVA 3U5MA 5CQ7A 4IOQA 1WUMA 2R0YA 5ENGA 4WHUA 4LZRA 4O78A 5CUGA 4QBMA 4IOOA 5AMEA 4CLBA 5EA1A 3LXJA 4NUCA 3U5OA 5C8GA 5ENFA 2OO1A 4O76A 3HMHA 4IR3A 5E0RA 3JVMA 5ACYA 4LYIA 4HBXA 3DAIA 4RVRA 4QSXA 2DVQA 2F6JA 4QR4A 5FG5A 5DYXA 5C4QA 4UIUA 4PS5A 2YYNA 4A9KA 5I83A 5LKTA 4A9EA 4CUPA 4CFLA 5FE0A 4CUTA 4KV1A 4QC1A 5DYAA 5H1VA 4MR4A 3G0JA 5FFVA 3UVXA 5FE3A 2R0SA 4O7FA 4PTBA 5KO4A 2L84A 4QSQA 4TQNA 1X0JA 2GRCA 3MXFA 5CUCA 4YAXA 5L98A 5CS8A 4NXJA 5A5PA 4A9HA 3UV2A 5DFCA 5CQ3A 4HXMA 3QZVA 5F3AA 4PCEA 5FE4A 4YYIA 3U5JA 4O74A 3Q2FA 4O7EA 4UYGA 5HEMA 5COIA 2D82A 4CL9A 3S91A 1EQFA 5A5QA 5IIDA 1E6IA 4TZ8A 4XY8A 3SVGA 5D3LA 5A85A 4Z6IA 5D7XA 5L8TA 5L8UA 5LJ0A 4YYDA 4UYHA 1JSPB 4NRAA 3U5LA 4YADA 5G4RA 4TU6A 4BW2A 5FE5A 5A83A 3O33A 5HRXA 4CUQA 5FE9A 2R10A 4NQNA 4PCIA 5E9LA 4YC9A 2E7NA 3IU5A 5I1QA 5EWHA 5IG6A 2YQDA 5CFWA 4OGJA 4QUTA 4MR6A 5BT5A 5D3TA 5D3HA 5D26A 3K2JA 5CQ6A 2I7KA 4NR6A 5F5ZA 4A9IA 2RNYA 3I3JA 4LRGA 5EM3A 5EWCA 2FSAA 4LYSA 5HQ7A 4MENA 3NXBA 5II1A 4A9OA 3HMFA 4NYXA 3RCWA 3DWYA 3AADA 5FFWA 4IORA 3S92A 5LVQA 1ZS5A 4A9NA 2DKWA 4N4GA 4YABA 4YY4A 4MEPA 3FKMX 5FFYA 3TLPA 4CUSA 4TS8A 3UVDA 5CPEA 4O71A 4XUBA 5E9KA 4C66A 2YELA 5HRWA 4NUDA 5I7YA 3ONIA 5CQ8A 5FE1A 4MEOA 5E9IA 5LJ2A 5LJ1A 5DX4A 5G4SA 4NYWA 5I86A 4QR3A 1F68A 4LZSA 3UV4A 4TT4A 5F60A 3Q2EA 5HELA 5KTXA 4Q0NA 5IGLA 3P1EA 4HBYA 5EPSA 5HQ6A 5FH7A 2E3KA 5HJCA 2L85A 2OUOA 5FE6A 4BJXA 4HXRA 5D3NA 5E73A 4QSVA 4OUFA 4QEUA 5D3PA 5IBNA 5CRMA 5I80A 4LZ2A 2NXBA 3LQJA 5FG6A 5I89A 5L96A 4XYAA 5AMFA 4QSWA 5A5NA 3O34A 2RS9B 4UIWA 5F36A 4A9JA 5D25A 5E3GA 2G4AA 4Y03A 4TZ2A 3GG3A 5FE7A 5H1UA 4WHWA 5CRZA 4E96A 4QSTA 5IGNA 5DLXA 2H60A 5EVAA 5A5RA 4QSRA 3UW9A 4A9FA 2YDWA 4YYJA 5D3JA 5F63A 4ZQLA 5AD3A 4NRCA 5CUDA 5F1HA 2KTBB 4MR5A 4O75A 4HXPA 4CUUA 3MB3A 4QYLA 5E7DA 5ETBA 5CY9A 3P1FA 5F2PA 5HRVA 5L97A 5D3RA 4PKLA 5DKCA 2DVRA 4HBWA 5A7CA 5HCLA 5FH8A 4QB3A 3LQIA 2WP2A 3P1DA 2MJVB 5F61A 3JVLA 5CQ4A 4X2IA 5DW1A 4Z1QA 2D9EA 4YBMA 4N4HA 3G0LA 3MB4A 4NR4A 5ENIA 5LVRA 2RI7A 4NYVA 5DBMA 5E9YA 2R0VA 4ZW1A 4UYEA 4QSPA 4N4FA 5DFDA 1WUGA 4TTEA 5HFRA 4QEVA 5BT3A 5E9MA 5CQAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E9VA 4O7CA 5FE8A 4OGIA 5AD2A 3U5NA 5D0CA 3QZTA 4NR7A 4DONA 5CTLA 5IGKA 4J0RA 4QSSA 4FLPA 4ALGA 5I40A 5CQ5A 5JI8A 4J3IA 5A81A 4Z1SA 5LKUA 5LKXA 2L5EA 4IR4A 3D7CA 5DKHA 3U5KA 1JM4B 4QEWA 3SVFA 4NQMA 2RFJA 5D24A 4NS5A 4LYWA 3UV5A 4TT2A 4QUUA 2RO1A 5FB1A 5E3DA 5H85A 3P1CA 4YH3A 4YBTA 5CQTA 4KCXA 4NR8A 5C7NA 5DYUA 4KV4A 3IU6A 5C89A 2N9GA 4ZC9A 5H1TA 4BHWA 4UIXA 3AQAA 4WIVA 4XUAA 4YYKA 3ZYUA 4J0SA 5TB6A 5DLZA 5EPRA 4C67A 4UIYA 5ENCA 4HXSA 4TT6A 4QNSA 3ERRA 5DFBA 4YBSA 4HXKA 5FG4A 5EWVA 3MULA 5EICA 5HQ5A 4XY9A 5CUAA 4YY6A 5KHMA 5DW2A 4IR5A 4ALHA 4BW4A 5KU3A 4MR3A 5EISA 4F3IA 5TCMA 5EQ1A 4MEQA 4YK0A 4O7AA 5LUUA 5EI4A 5ETDA 2DVSA 3O35A 5FBXA 4NUEA 2RNWA 4NRBA 5I7XA 5EU1A 4A9MA 4HBVA 5K29A 2I8NA 5DY7A 5ENJA 5F25A 5EWWA 5FE2A 5F1LA 3HMEA 4UYDA 4QZSA 5BT4A 4O70A 4CFKA 4Z6HA 2F6NA 4NR9A 4LR6A 4QY4A 5FDZA 5CUEA 4UIZA 4LDFA 5II2A 4TU4A 2WP1A 5E74A 4BW1A 3MUKA 2DWWA 3UVYA 5ENHA 4GPJA 4HXNA 5DYCA 5EK9A 4YYHA 4BW3A 5L99A 4HXOA 4UYFA 4LC2A 5CUBA 5LKZA 4YYMA 2DATA 3JVJA 5DKDA 4NR5A 5EP7A 3O37A 4YYNA 5HENA 4A9LA 3SVHA 5CP5A 3P5OA 5CU8A 4CURA 5JWMA 5HM0A 5D3SA 5IGMA 2LSPB 2OSSA 5EGUA 4QSUA 5ENBA 4HXLA 5KTWA 5HLSA 4O77A 2YW5A 4QR5A 4IR6A 4PY6A 3LJWA 4UYFB 5C87A 3JVKA 4UITA 5EPBA 5KTUA 3LQHA 4YATA 2YEKA 5ENEA 5CZGA 5A5SA 4QYDA 5EWDA 3MQMA 4N3WA 4Z93A 5I88A 3O36A 4O7BA 5A5OA 4TYLA 4YH4A 5FH6A 2E7OA 2RNXA 4UIVA 5A82A 2YEMA 4AKNA 5EV9A 4QC3A 5I29A 5C85A 4J1PA 5F62A 4N4IA 4YYGA 3QZSA 3U5PA 5HFQA 5J0DA 1N72A 3UVWA 5CGPA 4Q0OA 5FB0A 4O72A 2DVVA 3U5MA 5CQ7A 4IOQA 1WUMA 2R0YA 5ENGA 4WHUA 4LZRA 4O78A 5CUGA 4QBMA 4IOOA 3D1BA 5AMEA 4CLBA 5EA1A 3LXJA 4NUCA 3U5OA 3VKHA 5C8GA 5ENFA 2OO1A 4O76A 4AKIA 3HMHA 4IR3A 5E0RA 3JVMA 5ACYA 4LYIA 4HBXA 3DAIA 4RVRA 4QSXA 2DVQA 2F6JA 4QR4A 5FG5A 5DYXA 5C4QA 4UIUA 4PS5A 2YYNA 4A9KA 5I83A 5LKTA 4A9EA 4CUPA 4CFLA 5FE0A 4CUTA 4KV1A 4QC1A 5DYAA 5H1VA 4MR4A 3G0JA 5FFVA 3UVXA 5FE3A 2R0SA 4O7FA 4PTBA 5KO4A 2L84A 4QSQA 4TQNA 1X0JA 2GRCA 3MXFA 5CUCA 4YAXA 5L98A 5CS8A 4NXJA 5A5PA 4A9HA 3UV2A 5DFCA 5CQ3A 4HXMA 3QZVA 5F3AA 4PCEA 5FE4A 4YYIA 3U5JA 4O74A 3Q2FA 4O7EA 4UYGA 5HEMA 5COIA 2D82A 4CL9A 3S91A 1EQFA 5A5QA 5IIDA 1E6IA 4TZ8A 4XY8A 1ZKRA 3SVGA 5D3LA 5A85A 4Z6IA 5D7XA 5L8TA 5L8UA 5LJ0A 4YYDA 4UYHA 1JSPB 4NRAA 3U5LA 4YADA 5G4RA 4TU6A 4BW2A 5FE5A 1PUOA 5A83A 3O33A 5HRXA 4CUQA 5FE9A 2R10A 4NQNA 4PCIA 5E9LA 4YC9A 2E7NA 3IU5A 5I1QA 5EWHA 5IG6A 2YQDA 5CFWA 4OGJA 4QUTA 4MR6A 5BT5A 5D3TA 5D3HA 5D26A 3K2JA 5CQ6A 2I7KA 4NR6A 5F5ZA 4A9IA 2RNYA 3I3JA 4LRGA 5EM3A 5EWCA 2FSAA 4LYSA 5HQ7A 4MENA 3NXBA 5II1A 4A9OA 4AKGA 3HMFA 4NYXA 3RCWA 3DWYA 3AADA 5FFWA 4IORA 3S92A 5LVQA 1ZS5A 4A9NA 2DKWA 4N4GA 4YABA 4YY4A 4MEPA 3FKMX 5FFYA 3TLPA 4CUSA 4TS8A 3UVDA 5CPEA 4O71A 4XUBA 5E9KA 4C66A 2YELA 5HRWA 4NUDA 5I7YA 3ONIA 5CQ8A 5FE1A 4MEOA 5E9IA 5LJ2A 5LJ1A 5DX4A 3VKGA 5G4SA 4NYWA 5I86A 4QR3A 1F68A 4LZSA 3UV4A 4TT4A 5F60A 3Q2EA 5HELA 5KTXA 4Q0NA 5IGLA 3P1EA 4HBYA 5EPSA 5HQ6A 5FH7A 2E3KA 5HJCA 2L85A 4AKHA 2OUOA 5FE6A 4BJXA 4HXRA 5D3NA 5E73A 4QSVA 3D1DA 4OUFA 4QEUA 5D3PA 5IBNA 5CRMA 5I80A 4LZ2A 2NXBA 3LQJA 5FG6A 5I89A 5L96A 4XYAA 2EJNA 5AMFA 4QSWA 5A5NA 3O34A 2RS9B 4UIWA 5F36A 4A9JA 5D25A 5E3GA 2G4AA 4Y03A 4TZ2A 3GG3A 5FE7A 5H1UA 4WHWA 5CRZA 4E96A 4QSTA 5IGNA 5DLXA 2H60A 5EVAA 5A5RA 4QSRA 3UW9A 4A9FA 2YDWA 4YYJA 5D3JA 5F63A 4ZQLA 5AD3A 4NRCA 5CUDA 5F1HA 2KTBB 4MR5A 4O75A 4HXPA 4CUUA 3MB3A 4QYLA 5E7DA 5ETBA 5CY9A 3P1FA 5F2PA 5HRVA 5L97A 5D3RA 4PKLA 5DKCA 2DVRA 4HBWA 5A7CA 5HCLA 5FH8A 4QB3A 3LQIA 2WP2A 3P1DA 2MJVB 5F61A 3JVLA 5CQ4A 4X2IA 5DW1A 4Z1QA 2D9EA 4YBMA 4N4HA 3G0LA 3MB4A 4NR4A 5ENIA 5LVRA 2RI7A 4NYVA 5DBMA 5E9YA 2R0VA 4ZW1A 4AI6A 4UYEA 4QSPA 4N4FA 5DFDA 1WUGA 4TTEA 5HFRA 4QEVA 5BT3A 5E9MA 5CQAA
chains in the Genus database with same CATH topology
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