5D3TA

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd47
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 42
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d3tA01
4QC1A 3U5MA 4ALGA 3P1FA 4QSXA 2OSSA 5HLSA 5D3HA 4TU6A 4YADA 2RI7A 4HXKA 4XY9A 4TT2A 2WP1A 5CY9A 2L5EA 4UYDA 5F1LA 5FE7A 2RO1A 4KV1A 4MENA 5FE2A 4IR6A 3O35A 3QZSA 2DVSA 4PCEA 4BW3A 4RVRA 5E0RA 4C66A 2OUOA 1EQFA 3U5OA 5DYAA 3HMFA 2YELA 4FLPA 4YYKA 5F62A 5CFWA 4UIXA 5EU1A 4O76A 5C7NA 5H1TA 4CUTA 5JI8A 4HBWA 4YBTA 4IOQA 4YH3A 5FE1A 4A9OA 5D0CA 4NUEA 4QR3A 4J0RA 4ZC9A 5II2A 2YDWA 5HQ5A 5DLZA 2R0YA 5AMFA 4KV4A 4NR5A 4YBMA 5F63A 4N4IA 4WHWA 2YEMA 3UV5A 4QEVA 5IBNA 3I3JA 5FB0A 5KHMA 4O7AA 5KTWA 5FE5A 5IGNA 4J3IA 2RS9B 5IGMA 2R10A 4YYNA 4CUSA 4J1PA 5A5PA 5I7YA 4TT4A 5EWDA 2DKWA 5EISA 5HJCA 4NYWA 4CURA 5FH8A 5KO4A 5DFDA 5CRZA 4E96A 3S92A 5EVAA 4LZ2A 4HXNA 4LZRA 4J0SA 5CRMA 4YAXA 5HELA 4UIWA 5LUUA 5ENCA 4Z6IA 5COIA 3DAIA 5C87A 5F61A 3O37A 5EV9A 2RNXA 5D7XA 2R0SA 3JVKA 4TZ2A 4BJXA 4NQNA 3JVJA 2YEKA 5E9IA 5ETDA 5CU8A 4YK0A 5HEMA 2F6NA 4CLBA 5D3SA 4A9HA 5FH6A 4QSRA 4CFKA 4A9MA 5HM0A 2NXBA 5DY7A 4X2IA 5EP7A 5EI4A 4ALHA 4QSTA 4Z1SA 2G4AA 5DFCA 5EWVA 4YH4A 3UVWA 5I86A 1WUMA 5L97A 4UITA 5HCLA 4LR6A 4YYHA 3U5PA 3QZTA 4YYJA 4LRGA 4TU4A 4TYLA 5DX4A 4N4FA 4BW2A 4YYMA 3GG3A 4KCXA 4DONA 5ETBA 1X0JA 3MB4A 5C8GA 4PTBA 3U5NA 2YW5A 5EICA 5LKTA 5CUBA 5ENFA 5L8TA 5A5QA 4TS8A 3JVMA 4A9NA 5A5NA 5D3LA 4YATA 2I7KA 4QEWA 4YABA 4QSSA 3S91A 5FB1A 2RNWA 3HMHA 5G4RA 2MJVB 5EM3A 4UIUA 4NS5A 5I83A 4C67A 5CZGA 3G0LA 5DKDA 5HRXA 2LSPB 4NQMA 5LVQA 4QNSA 4NRCA 5CGPA 4A9LA 5C85A 3JVLA 5EA1A 5EPBA 5CQ3A 4QSQA 5A5SA 5F5ZA 3LXJA 5DBMA 5DW1A 4UIZA 4UIVA 3LJWA 2RFJA 4A9FA 4IOOA 5CQ8A 4O75A 4QC3A 4OGJA 4OGIA 4Q0NA 1N72A 4Z93A 5A82A 5FG5A 4NRAA 4YC9A 4MR4A 4NR9A 5HRVA 5LKXA 2DVRA 4O7BA 4AKNA 4O78A 5FFWA 4Z1QA 5TCMA 4MR6A 5CUEA 5DYUA 4UYGA 4F3IA 4YYDA 4XYAA 4QR4A 2H60A 3P1DA 4PS5A 4CFLA 5I29A 5A5OA 5LJ0A 3QZVA 4HBYA 5BT4A 4QR5A 4NYXA 4NR4A 2GRCA 5DKHA 3FKMX 3LQHA 4PCIA 5D3NA 5F25A 4NYVA 5H1VA 5IGLA 2WP2A 5A83A 3SVGA 4YYIA 2DVQA 5G4SA 4O72A 3AADA 3DWYA 5EPRA 4HXRA 5E74A 5I80A 3O34A 5FE0A 5D24A 4YBSA 2D82A 5CUCA 5CQ5A 2DVVA 3UVYA 5LJ1A 5E9YA 4YY4A 4MR5A 3MB3A 3MUKA 5I40A 3P5OA 5EPSA 3Q2FA 5FBXA 4NUDA 4ZW1A 5BT3A 4A9EA 4CUUA 5ACYA 3AQAA 5FE3A 2YYNA 5C89A 4QB3A 5BT5A 4QEUA 5FDZA 4N3WA 4NR7A 2R0VA 5E3DA 4XY8A 4HXLA 5D25A 5ENGA 3LQJA 5A81A 4PKLA 5FFYA 3K2JA 4O77A 5EK9A 4QYLA 2OO1A 2E3KA 5A7CA 4HXMA 5CQAA 5L99A 5CP5A 5CQ6A 5F3AA 4UYEA 4HXOA 4HXSA 4QSWA 1E6IA 2DATA 4LYWA 5FE4A 4A9KA 5ENHA 4UYFB 4A9IA 5LKZA 5IG6A 4NXJA 4LZSA 5CQ4A 3U5LA 3MQMA 4TT6A 4LC2A 5CUAA 3P1EA 4N4HA 5CTLA 5HQ7A 3SVHA 4MEQA 4HBVA 5CQ7A 1JM4B 4O7FA 4IR5A 5AD2A 1WUGA 5AMEA 5HQ6A 3UW9A 5CPEA 4TTEA 3ONIA 2D9EA 5EQ1A 2F6JA 5FG4A 4CL9A 5LKUA 5FE9A 4YY6A 3NXBA 3Q2EA 4UYHA 5KU3A 4TZ8A 4UYFA 5E3GA 4MEPA 4PY6A 5ENIA 5F60A 4Z6HA 2KTBB 5EWCA 5D3JA 5E9MA 5ENEA 3TLPA 5F1HA 5ENBA 4IORA 3U5KA 5I1QA 4QBMA 4YYGA 5TB6A 4ZQLA 4Q0OA 3O33A 5LVRA 4HBXA 5DW2A 5DFBA 5CUGA 5DYXA 3ZYUA 2E7NA 4QUUA 5E73A 4NRBA 5ENJA 3LQIA 5CS8A 2I8NA 5FFVA 2DWWA 3O36A 5HRWA 4NUCA 4BHWA 4O70A 4IR4A 4QSPA 5E9KA 5HFQA 4QSUA 5J0DA 4BW4A 2L84A 3U5JA 4GPJA 5HENA 5DLXA 4QSVA 4NR6A 5I88A 2L85A 4O71A 2E7OA 5E9VA 3UVXA 5L8UA 4QYDA 4NR8A 4A9JA 5I7XA 3UV2A 3SVFA 1ZS5A 5E9LA 5E7DA 5FG6A 3IU5A 3P1CA 4XUBA 5H85A 5L98A 5A5RA 5L96A 4QUTA 5LJ2A 3RCWA 5II1A 4BW1A 4QZSA 5C4QA 5JWMA 3G0JA 5KTUA 2YQDA 3UV4A 5DYCA 5FH7A 5IGKA 5CQTA 2N9GA 4MR3A 4MEOA 5IIDA 5D26A 5K29A 1F68A 2RNYA 4CUPA 4QY4A 3MULA 5I89A 4HXPA 5DKCA 4O7CA 5EWWA 1JSPB 5FE6A 5H1UA 4IR3A 4LYIA 5EGUA 4N4GA 5D3PA 4LYSA 3UVDA 4O7EA 3HMEA 4TQNA 5A85A 3D7CA 5D3TA 5F36A 5HFRA 4WHUA 3IU6A 5KTXA 5AD3A 4XUAA 2FSAA 4OUFA 5FE8A 4WIVA 4CUQA 5F2PA 3MXFA 4Y03A 5EWHA 5D3RA 4LDFA 4UIYA 4O74A 5CUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QC1A 3U5MA 4ALGA 3P1FA 4QSXA 2OSSA 5HLSA 5D3HA 4TU6A 4YADA 2RI7A 4HXKA 4XY9A 4TT2A 2WP1A 5CY9A 2L5EA 4UYDA 5F1LA 5FE7A 2RO1A 4KV1A 4MENA 5FE2A 4IR6A 3O35A 3QZSA 2DVSA 4PCEA 4BW3A 4RVRA 5E0RA 4C66A 2OUOA 1EQFA 3U5OA 5DYAA 3HMFA 2YELA 4FLPA 4YYKA 5F62A 5CFWA 4UIXA 5EU1A 4O76A 5C7NA 5H1TA 4CUTA 5JI8A 4HBWA 4YBTA 4IOQA 4YH3A 5FE1A 4A9OA 5D0CA 4NUEA 4QR3A 4J0RA 4ZC9A 5II2A 2YDWA 5HQ5A 5DLZA 2R0YA 5AMFA 4KV4A 4NR5A 4YBMA 5F63A 4N4IA 4WHWA 2YEMA 3UV5A 4QEVA 5IBNA 3I3JA 5FB0A 5KHMA 4O7AA 5KTWA 5FE5A 5IGNA 4J3IA 2RS9B 5IGMA 2R10A 4YYNA 4CUSA 4J1PA 5A5PA 5I7YA 4TT4A 5EWDA 2DKWA 5EISA 5HJCA 4NYWA 4CURA 5FH8A 5KO4A 5DFDA 3VKGA 5CRZA 4E96A 3S92A 5EVAA 4LZ2A 4HXNA 4LZRA 4J0SA 5CRMA 4YAXA 5HELA 4UIWA 5LUUA 5ENCA 4Z6IA 5COIA 3DAIA 5C87A 5F61A 3O37A 5EV9A 2RNXA 5D7XA 2R0SA 3JVKA 4TZ2A 4BJXA 4NQNA 3JVJA 4AKGA 2YEKA 5E9IA 5ETDA 5CU8A 4YK0A 5HEMA 2F6NA 1PUOA 4CLBA 5D3SA 4A9HA 5FH6A 4QSRA 4CFKA 4A9MA 5HM0A 2NXBA 5DY7A 4X2IA 5EP7A 5EI4A 4ALHA 4QSTA 4Z1SA 2G4AA 5DFCA 5EWVA 4YH4A 3UVWA 5I86A 1WUMA 5L97A 4UITA 5HCLA 4LR6A 4YYHA 3U5PA 3QZTA 4YYJA 4LRGA 4TU4A 4TYLA 5DX4A 4N4FA 4BW2A 4YYMA 3GG3A 4KCXA 4DONA 5ETBA 1X0JA 3MB4A 5C8GA 4PTBA 3U5NA 2YW5A 5EICA 5LKTA 5CUBA 5ENFA 5L8TA 5A5QA 4TS8A 3JVMA 4A9NA 5A5NA 5D3LA 4YATA 2I7KA 4QEWA 4YABA 4QSSA 3S91A 5FB1A 2RNWA 3HMHA 3D1BA 4AKHA 5G4RA 2MJVB 5EM3A 4AKIA 4UIUA 4NS5A 5I83A 4C67A 5CZGA 3G0LA 5DKDA 5HRXA 2LSPB 4NQMA 5LVQA 4QNSA 4NRCA 5CGPA 4A9LA 5C85A 3JVLA 5EA1A 5EPBA 5CQ3A 4QSQA 5A5SA 5F5ZA 3LXJA 5DBMA 5DW1A 4UIZA 4UIVA 3LJWA 2RFJA 4A9FA 4IOOA 5CQ8A 4O75A 4QC3A 4OGJA 4OGIA 4Q0NA 1N72A 4Z93A 5A82A 5FG5A 4NRAA 4YC9A 4MR4A 4NR9A 5HRVA 5LKXA 2DVRA 4O7BA 4AKNA 4O78A 5FFWA 4Z1QA 5TCMA 4MR6A 5CUEA 5DYUA 4UYGA 4F3IA 4YYDA 4XYAA 4QR4A 2H60A 3P1DA 4PS5A 4CFLA 5I29A 5A5OA 5LJ0A 3QZVA 4HBYA 5BT4A 4QR5A 4NYXA 4NR4A 2GRCA 5DKHA 3FKMX 3LQHA 4PCIA 5D3NA 5F25A 4NYVA 5H1VA 5IGLA 2WP2A 5A83A 3SVGA 4YYIA 2DVQA 5G4SA 4O72A 3AADA 3DWYA 5EPRA 4HXRA 5E74A 5I80A 3O34A 5FE0A 5D24A 4YBSA 2D82A 5CUCA 5CQ5A 2DVVA 3UVYA 5LJ1A 5E9YA 4YY4A 4MR5A 3MB3A 3MUKA 5I40A 3P5OA 5EPSA 3Q2FA 5FBXA 4NUDA 4ZW1A 5BT3A 4A9EA 4CUUA 5ACYA 3AQAA 5FE3A 2YYNA 5C89A 4QB3A 5BT5A 4QEUA 5FDZA 4N3WA 4NR7A 2R0VA 5E3DA 4XY8A 4HXLA 5D25A 5ENGA 3LQJA 5A81A 4PKLA 5FFYA 3K2JA 4O77A 5EK9A 4QYLA 2OO1A 2E3KA 5A7CA 4HXMA 5CQAA 5L99A 5CP5A 5CQ6A 5F3AA 4UYEA 4HXOA 3D1DA 4HXSA 4QSWA 1E6IA 2DATA 4LYWA 5FE4A 4A9KA 5ENHA 4UYFB 4A9IA 5LKZA 5IG6A 4NXJA 4LZSA 5CQ4A 3U5LA 3MQMA 4TT6A 4LC2A 5CUAA 3P1EA 4N4HA 5CTLA 5HQ7A 3SVHA 4MEQA 4HBVA 5CQ7A 1JM4B 4O7FA 4IR5A 5AD2A 4AI6A 1WUGA 5AMEA 5HQ6A 3UW9A 5CPEA 4TTEA 3ONIA 2D9EA 5EQ1A 2F6JA 5FG4A 4CL9A 5LKUA 5FE9A 4YY6A 1ZKRA 3NXBA 3Q2EA 4UYHA 5KU3A 4TZ8A 4UYFA 5E3GA 4MEPA 4PY6A 5ENIA 5F60A 4Z6HA 2KTBB 5EWCA 5D3JA 5E9MA 5ENEA 3TLPA 5F1HA 5ENBA 4IORA 3U5KA 5I1QA 4QBMA 4YYGA 5TB6A 4ZQLA 4Q0OA 3O33A 5LVRA 4HBXA 5DW2A 5DFBA 5CUGA 5DYXA 3ZYUA 2E7NA 4QUUA 5E73A 4NRBA 5ENJA 3LQIA 5CS8A 2I8NA 5FFVA 2DWWA 3O36A 5HRWA 4NUCA 4BHWA 4O70A 4IR4A 4QSPA 5E9KA 5HFQA 3ERRA 4QSUA 5J0DA 4BW4A 2L84A 3U5JA 4GPJA 5HENA 5DLXA 4QSVA 4NR6A 5I88A 2L85A 4O71A 2E7OA 5E9VA 3UVXA 5L8UA 4QYDA 4NR8A 4A9JA 5I7XA 3UV2A 3SVFA 1ZS5A 5E9LA 5E7DA 5FG6A 3IU5A 3P1CA 4XUBA 5H85A 5L98A 5A5RA 5L96A 4QUTA 5LJ2A 2EJNA 3RCWA 5II1A 4BW1A 4QZSA 5C4QA 5JWMA 3G0JA 5KTUA 2YQDA 3UV4A 5DYCA 5FH7A 5IGKA 5CQTA 2N9GA 4MR3A 4MEOA 5IIDA 5D26A 5K29A 1F68A 2RNYA 4CUPA 4QY4A 3MULA 5I89A 4HXPA 5DKCA 4O7CA 5EWWA 1JSPB 5FE6A 5H1UA 4IR3A 4LYIA 5EGUA 4N4GA 5D3PA 4LYSA 3UVDA 4O7EA 3HMEA 4TQNA 5A85A 3D7CA 3VKHA 5D3TA 5F36A 5HFRA 4WHUA 3IU6A 5KTXA 5AD3A 4XUAA 2FSAA 4OUFA 5FE8A 4WIVA 4CUQA 5F2PA 3MXFA 4Y03A 5EWHA 5D3RA 4LDFA 4UIYA 4O74A 5CUDA
chains in the Genus database with same CATH topology
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