5D9PA

Crystal structure of pbgh5a, a glycoside hydrolase family 5 enzyme from prevotella bryantii b14, in complex with an inhibitory n-bromoacetylglycosylamine derivative of xxxg
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
347
structure length
347
Chain Sequence
ATYMEESAQSAVDNFGLGFNLGNTLDANGCGTGKPVATYETFWGQPETTQDMMTFLMQNGFNAVRIPVTWYEHMDAEGNVDEAWMMRVKAIVEYAMNAGLYAIVNVHHDTAAGSGAWIKADTDVYAATKEKFKKLWTQIANALADYDQHLLFEGYNEMLDGNNSWDEPQKASGYEALNNYAQDFVDAVRATGGNNATRNLIVNTYAAAKGENVLNNFMLPTDAVNNHLIVQVHSYDPWNFFNTKTTWDSECHNTLTEIFSALSKKFTTIPYIIGEYGTHGESDISVSKSSPAEKIKLAADQAADMVKLAKDHHSATFYWMSIFDGSDRIQPQWSLPTVVEAMQEAYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Function Analysis of a Mixed-linkage beta-Glucanase/Xyloglucanase from the Key Ruminal Bacteroidetes Prevotella bryantii B14.
pubmed doi rcsb
molecule keywords B-1,4-endoglucanase
molecule tags Hydrolase
source organism Prevotella bryantii
total genus 137
structure length 347
sequence length 347
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5d9pA01
3WDRA 3N04A 3SCNA 3GYCA 4HMDA 2D22A 5D4YA 3MANA 5FIPA 4GQQA 3RILA 1KWKA 2YJQA 1SFSA 1ODZA 3LPPA 3F5KA 2VZTA 1E55A 4IUGA 2GK1A 2O9OA 1HJSA 1W9XA 2GFTA 1PIFA 1X6NA 4AIEA 3ZT7A 1UD2A 4IPLA 3EDJA 2WPGA 1UKPA 4CD4A 1JDCA 4U5KA 3WNOA 2BHUA 4AZCA 1J18A 5A1AA 1CGYA 1XCXA 1EDTA 3EDDA 3MO4A 4CKQA 5CPTA 3HJEA 2EEXA 1Q6FA 2XJ7A 3WBEA 2VUYA 3W28A 2W63A 3A4WA 1WZAA 3AYSA 3CMJA 1W9UA 2WWCA 1J0YA 6CGTA 2VQTA 2WHLA 1CYGA 1C8YA 4TVCA 4HPGA 2EPKX 1VJZA 4W93A 3WMSA 1JYXA 1C3FA 2XVGA 4UFHA 2DDXA 5BRQA 1WZLA 4XZWA 3WD1A 3WDPP 3W4RA 2X1IA 4W8AA 1G01A 4B3LA 2ZXDA 5ABFB 1FOBA 2WC7A 1QI2A 1M01A 2F8QA 4Q7NA 3SEPA 1H0GA 2CKSA 1VIWA 2VX4A 2ZICA 2YL5A 4PEEA 4X0VA 4PMOA 5I3DA 3AMGA 1Q6CA 1CLXA 1NH6A 3AIUA 1JGIA 1FHLA 3GM8A 5IHRA 1X6LA 1FP8A 1RP8A 3D5HA 2J47A 4UR9A 5CPQA 1F4AA 1KGWA 4MB4A 4H8UA 2DQXA 1M7XA 3UETA 2OLHA 3VKKA 2GJXB 2EPOA 1E3XA 3BSHA 3GH4A 1B1YA 1QBBA 2FH6A 3K4AA 5A6KA 3O9NA 3BLPX 1EOMA 1TVPA 1UYQA 2XFRA 3MUY1 2XVPA 4DUXA 1QI0A 4LYQA 3L2MA 3K4DA 2Y2WA 2NW0A 3NDZA 2CBUA 1JAKA 3CMGA 3UR7A 4B15A 1GOOA 5E0FA 3GH7A 2J77A 2D3LA 4UFIA 2OSYA 1B30A 4RL3A 1CGTA 4OOUA 3VILA 4YN5A 2DEPA 5LA0A 4Z2KA 4EK7A 3OIHA 3WF1A 4QLJA 1V6UA 4EE9A 4JFTA 1LL7A 1K9FA 1XV8A 2DGAA 1J12A 4JCMA 2QMKA 4P8VA 2XFFA 1JDDA 2YL8A 3N17A 2VRKA 3DYMA 5BXSA 4F66A 4N0RA 4PTXA 1BHGA 1K9TA 4M24A 3VD3A 1UUQA 1XYFA 1VRXA 3W6LA 2YBUA 4UFMA 2ZUSA 3MSDA 1PEZA 3IJ9A 1VFUA 2X05A 3WD0A 3RJYA 3WQ8A 1U33A 1DWGM 4R5EA 1W32A 2CETA 1GOWA 1E40A 4GI9A 3NSNA 3MU7A 4PBGA 3TTYA 4Z2JA 2JF6A 1H49A 3FAWA 4AD2A 1E6NA 3UG4A 1FH9A 2BY1A 3CZKA 2E40A 3OZPA 4W89A 1Y7VA 1E71M 4CU7A 1CXFA 3POCA 2EBNA 1EIBA 1JZ7A 3GXDA 3W38A 7TAAA 2EXOA 3WDJA 1EXPA 3AXIA 1O7AA 4AD3A 1ESWA 2UY5A 5BXPA 1TVNA 4D6DA 4AISA 4MAVA 3PZOA 4CD6A 2BXYA 2BV9A 1QHZA 3CUGA 3WNPA 1E1FA 3TTOA 5I5RA 3K8KA 2VL4A 2VZOA 1TE1A 2EPLX 4KRTA 2PWEA 5GPRA 4AZGA 4JAWA 4CVWA 3W0KA 1CGWA 3B8SA 4UFLA 3WH5A 4RE3A 3WQ5A 4PMRA 1GUVA 2NT0A 2WMGA 3QHOA 1KXTA 3VMPA 3OLIA 5HNNA 3HN3A 1VJSA 4KWUA 3CZEA 1RD6A 1GJWA 1OSEA 5CGTA 4LX4A 1D3CA 4ACYA 1WDPA 3VPLA 1JZ4A 4IPNB 5JIWA 2WLYA 4U2ZA 1LG1A 1JZ3A 4DUWA 1V3IA 4UOZA 3PZTA 3WF3A 2WLZA 1JNDA 5JBFA 1W3KA 3OBAA 3AYRA 1QVBA 1OGGA 1UR8A 2D23A 1NOFA 3CH9A 3HU7A 1X1NA 1VAHA 3IJ7A 2CPUA 2CHNA 5IFPA 5GQBA 3CZGA 2EO7A 1E70M 1WNOA 3HMCA 4PMUA 4OKDA 1R7OA 2G3IA 4KGJA 1H5VA 3DECA 4TOQA 1GHSA 2X2YA 3EMZA 4CCDA 4J7RA 3NJ3A 1UZ4A 4WIWA 1GJUA 1M53A 2Z1KA 1XH1A 1DWJM 1W1YA 3BSGA 4WSKA 1UQZA 4M8UA 3W26A 3AS3A 4B16A 2A3AA 3OLDA 2OSXA 2BY2A 2CHOA 1U30A 1LF1A 4JHOA 1M03A 1PAMA 1XRVA 1LG2A 3BH4A 4X9YA 1GOIA 3AS1A 4W8LA 1JNEA 5EMYA 1W1VA 2VVSA 3JUGA 3AZTA 4GI8A 3WFZA 1E15A 4AIOA 1BYDA 1W1PA 1H4PA 2YDRA 1TUXA 2UY3A 4HU8A 1UD6A 5M3WA 1BYCA 4U3CA 1OIFA 4W84A 1JYVA 1IZJA 1DWAM 1J11A 2J78A 1V3HA 2FDMA 2IXVA 3VGBA 2CCRA 2ZXAA 3GBEA 3SCOA 1ISVA 4JFVA 4EKJA 1EA9C 5DMYA 1R87A 2V3DA 2FH8A 2YDSA 3WEOA 1W2PA 1DWIM 3DHUA 4WKHA 5ABFA 1B3YA 3I3DA 1JI2A 3ZOAA 3AHZA 1B31A 2DH2A 2WC3A 2V5DA 1JXKA 4RE2A 4XUYA 1V6WA 3PZUA 2YDQA 3CO4A 1OCQA 3VGDA 2ZX9A 4LPCA 1DWHM 4ZFMA 1E4IA 2QPSA 2XVKA 3WH6A 3A4AA 2J7FA 3PTKA 1UA7A 4P8WA 4P8XA 3RO8A 4BF7A 4PMXA 4QFUA 1ZB5A 1E9LA 1W9PA 5A2AA 1QNOA 1CPUA 4UFJA 2FHBA 2XUCA 3CZJA 3CHEA 3BLKA 2D3NA 3UG5A 2JIWA 3EDKA 1W9BM 3PBGA 4GI6A 3ZMRA 2ZOXA 4UOJA 5BCAA 1TZ7A 3BAWA 2YIHA 1EO5A 4UQEA 3VIIA 2XWDA 2OWXA 2J62A 4S3JA 4AMCA 4AD5A 4CD5A 5E0CA 2TAAA 4JFSA 3OZOA 1FHDA 3CGTA 4CCEA 3BC9A 2WCAA 4AZHA 4K68A 2E3ZA 3ARPA 2CXGA 5FKYA 5A2CA 2HISA 2VO5A 2VX5A 1LL4A 3FHQA 4OOZA 4QCEA 4D6HA 2PB1A 4ZXOA 4AD1A 1TFVA 1P6WA 2UWFA 2WZIA 2J7DA 3MSGA 4WK9A 5I79A 5IFTA 2E0PA 3EYPA 4J3UA 5IDIA 2J79A 4IISA 2WZEA 4LQ1A 2E9BA 1UD4A 3AXXA 2BY0A 4ATWA 4F79A 1GOQA 3M07A 3RIKA 4MTVA 5KEZA 1HF6A 3GBDA 3VD4A 4WKFA 2YA1A 1VFFA 4DM1A 1TCMA 3VGFA 4JIEA 1XSJA 1MFUA 1E5JA 5D9OA 2ZUUA 3WH8A 2DH3A 3K8LA 2BVDA 1E6PA 1WDRA 1CECA 3VDAA 1UR9A 1G5AA 1BSIA 1IZKA 1I75A 1JF5A 1HN1A 4H8VA 1JI1A 4HMCA 1V08A 3N9KA 2VX7A 5FL1A 3ARYA 1HKMA 1B2YA 1UKTA 3G6LA 1NWRA 2XM1A 5AYBA 1JDAA 3VU2A 3VM5A 1GOKA 3ARWA 2W91A 4CN1A 2WYSA 1AQ0A 2WSKA 1HKJA 5CSYA 4AYSA 1NQ6A 1UA3A 3KWXA 1RH9A 4B9ZA 3OLGA 3VD7A 4HZ7A 1EHAA 3SUTA 2AOSA 4Y7EA 4D6GA 3CBWA 2QPUA 3M6DA 2IXUA 2GDVA 4P7QA 4H8HA 5A8PA 1KFWA 1UWIA 2VCBA 4J28A 4M82A 3WH7A 3WUGA 4AEFA 3II1A 3MMUA 1HKIA 3ZQ9A 4AZBA 1OGSA 4MADA 4Z2HA 4Z2IA 1ZJBA 3ZT6A 1H11A 3WEZA 4CUCA 4CVUA 1B3VA 4AY1A 1BPLB 1BF2A 3MMWA 4QCFA 1RPKA 1WB0A 4KGLA 3WMBA 2VJXA 1JYWA 1C91A 2V38A 2JIEA 1E6ZA 1HL9A 2YLAA 1CWYA 2CBIA 1W3HA 8A3HA 1W9DM 1C7SA 3OA5A 1XD0A 2FGLA 2YA0A 1WPCA 2VRQA 4W7WA 5LYRA 2WMIB 2W61A 1OD8A 2CKRA 1MXGA 1XGZA 5EBAA 3PHAA 3MUIA 2XPKA 3NYDA 4HA4A 1UKSA 3VIGA 3VO0A 2YBTA 4NRSA 1KCKA 5CLTA 1E56A 3AROA 2ZUWA 1JG9A 1TG7A 4KMQA 5JUVA 3A3HA 3MV11 1C8XA 2DIEA 2O92A 3CTTA 4JCLA 5JBDA 3VIJA 1XC6A 2DT0A 1CLVA 2DT2A 3OGRA 5E09A 3MUZ1 4HOZA 3WDHA 2EQDA 4ML4A 1VF8A 3OGSA 1C8QA 4P7NA 4LXFA 3NSXA 3MKKA 1G0CA 1YHTA 2JE8A 1QNSA 4DWSC 3WQ4A 4H41A 5GNYA 1C93A 2W92A 3L4VA 4PCTA 4F9JA 4B3KA 3ZJ6A 3BAXA 1G94A 1JD7A 2ZXBA 2X09A 1NWUA 1XYZA 1NP2A 4V28A 1GZJA 3VMNA 3U57A 3WEMA 2J7BA 3W25A 3A47A 5HPCA 3T08A 3VIOA 4BQ2A 2XYLA 2VT0A 4J3VA 3RM9A 1QW8A 2CBVA 1R85A 1CBGA 1VBUA 1JZ5A 2W66A 1W1TA 5IHSA 1BGAA 4MNKA 5DEZA 5EFDA 3QOKA 3F5LA 4JZ5A 3GNOA 2G4FA 1US2A 1UD3A 3G6MA 3TA9A 1VENA 2DIJA 5E6YA 3J7HA 5BYWA 2VQUA 1H3GA 3N12A 1G9HA 5AYIA 3U7BA 3WD2A 2BHYA 2WW5A 3VDHA 1FFRA 3ZR6A 4JL1A 4HTYA 4HZ6A 1V02A 3SUSA 3WF2A 4UTFA 4P7RA 4AEEA 1WZKA 2GVYA 4OBRA 2IUZA 2GJPA 5A8QA 5I6SA 2YL9A 1OGBA 1WDQA 3QHMA 2G3NA 2AMGA 4CD7A 4D6EA 1BVNP 3S2CA 5D9PA 2ZE0A 3KEHA 4EANA 3KZSA 3EDEA 1ECEA 1QHPA 1JZ6A 1HP5A 2JFEX 1OM0A 3VIHA 5LA2A 1E3ZA 2BY3A 4JFUA 4P7LA 1WKYA 3UG3A 3VUPA 4F8XA 1NWTA 2XWEA 4P8UA 4N42A 5D8ZA 2CESA 4GZEA 4CCCA 3VGEA 1HL8A 2YLLA 4GIAA 1HJWA 1KXHA 1XD1A 2ZWZA 4CN4A 1LJYA 1QHOA 3RMEA 1KR0A 1JZ2A 1HNYA 1KB3A 4ZEPA 2Q8XA 3L4UA 2J8FA 4FLRA 4AIUA 4BQ3A 4GKLA 3SUUA 5FD0A 4HP5A 4NRRA 3CZ8A 1E5NA 1HP4A 1HVQA 2W4XA 4JKLA 2GUYA 3T0DA 3W24A 1XHGA 1UQYA 1DEDA 3UCQA 3RM4A 1VB9A 4U2YA 2DSZA 3GTNA 3L4WA 1PBGA 2O9PA 4PMYA 3AS2A 2A3HA 3TONA 2G8ZA 3AHXA 2DSWA 1WZMA 4F9DA 1Q6DA 4U5IA 1E1EA 1KQYA 4UQ9A 3VIMA 4QP0A 4FLSA 2W62A 3L4ZA 3PZ9A 4B9YA 3QGVA 5GNXA 3WN6A 1J0IA 3VIPA 3CZLA 3RPMA 3FAXA 3I3BA 3WDIA 4ACZA 5CXPA 1EDGA 4PYSA 1BLIA 3QR3A 1J01A 1R8LA 3AIWA 2XG9A 2VCCA 1KBKA 1XCWA 2UY2A 1BQCA 1VBRA 2XIBA 1CENA 1XH2A 3UESA 1EHNA 5D8WA 2FGZA 1H1NA 3VX0A 1US3A 2J7GA 1PJ9A 3OLEA 4OIFA 2WMHA 2XGBA 1GNXA 3RDKA 1W3LA 5M17A 2EPNA 1TA3A 1MW1A 2HVMA 4OZOA 2ZX5A 4PTMA 2JEQA 2RGLA 1J9YA 2BVYA 5EFFA 1KWGA 3BAIA 1D7FA 3M7SA 1HJUA 3VD9A 3PTMA 1PX8A 1ITXA 4YPJA 1WCGA 3WF0A 1OT2A 4W5ZA 1J10A 5A6MA 2DT1A 4DWSA 2YKKA 1U2YA 3AZRA 3ZJ7A 4TUFA 3SCVA 2WMIA 5JIPA 5HPOA 3VDBA 1C7TA 4J3SA 4CD8A 2X0HA 3SUWA 2JEPA 1QNRA 3PZIA 3RM8A 3TTSA 1HJQA 3FW6A 5I24A 1VEPA 4TXEA 3ARZA 3AIVA 4NF7A 4ZXLA 4PUDA 3AXHA 2Z1SA 3QOMA 3ARRA 3VNYA 4FLOA 1LWHA 3APGA 1R86A 1ZJAA 4D1JA 1JF6A 3WF4A 3N13A 2QF8A 1KGUA 1FP9A 4PRWA 3BAJA 4PUEA 1ZU8A 2VZSA 5D9MA 5CJ5A 2E4TA 1NWSA 3AMLA 2XM2A 3WNLA 1UH2A 1UWRA 5C71A 2C7FA 1L8NA 2GDUA 2A3BA 3T2QA 5A3HA 4PTVA 3VIFA 3IAQA 2Y8VA 1EO7A 3T2OA 3FN9A 1EGZA 1CEOA 4UQDA 1E0XA 1E6QM 1E72M 3AS0A 4C7GA 2WMFA 1ZBKA 1UKQA 3ALGA 1GONA 3N1AA 1LQ0A 3ARQA 3KL0A 1V3MA 5CLWA 1B90A 4TTUA 2VCAA 1OIMA 4H7VA 4XZBA 4TX6A 5BXRA 2ZX8A 4R27A 2Y4SA 3MMDA 1XSKA 1LL6A 2RGMA 5BRPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WDR A;  3N04 A;  3SCN A;  3GYC A;  4HMD A;  2D22 A;  5D4Y A;  3MAN A;  5FIP A;  4GQQ A;  3RIL A;  1KWK A;  2YJQ A;  1SFS A;  1ODZ A;  3LPP A;  3F5K A;  2VZT A;  1E55 A;  4IUG A;  2GK1 A;  2O9O A;  1HJS A;  1W9X A;  2GFT A;  1PIF A;  1X6N A;  4AIE A;  3ZT7 A;  1UD2 A;  4IPL A;  3EDJ A;  2WPG A;  1UKP A;  4CD4 A;  1JDC A;  4U5K A;  3WNO A;  2BHU A;  4AZC A;  1J18 A;  5A1A A;  1CGY A;  1XCX A;  1EDT A;  3EDD A;  3MO4 A;  4CKQ A;  5CPT A;  3HJE A;  2EEX A;  1Q6F A;  2XJ7 A;  3WBE A;  2VUY A;  3W28 A;  2W63 A;  3A4W A;  1WZA A;  3AYS A;  3CMJ A;  1W9U A;  2WWC A;  1J0Y A;  6CGT A;  2VQT A;  2WHL A;  1CYG A;  1C8Y A;  4TVC A;  4HPG A;  2EPK X;  1VJZ A;  4W93 A;  3WMS A;  1JYX A;  1C3F A;  2XVG A;  4UFH A;  2DDX A;  5BRQ A;  1WZL A;  4XZW A;  3WD1 A;  3WDP P;  3W4R A;  2X1I A;  4W8A A;  1G01 A;  4B3L A;  2ZXD A;  5ABF B;  1FOB A;  2WC7 A;  1QI2 A;  1M01 A;  2F8Q A;  4Q7N A;  3SEP A;  1H0G A;  2CKS A;  1VIW A;  2VX4 A;  2ZIC A;  2YL5 A;  4PEE A;  4X0V A;  4PMO A;  5I3D A;  3AMG A;  1Q6C A;  1CLX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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