5DCBA

Neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with pep
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
publication title Structure of Neisseria meningitidis 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with PEP at 2.05 Angstroms
rcsb
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
total genus 132
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dcbA00
3TXVA 3W71A 3GXTA 3RF9A 3PY2A 4YL2A 1B4KA 3LBCA 1KFEA 1ME7A 3EX6A 1XBYA 1M6JA 4JR5A 4LS1A 3S5YA 3P61A 3QH2A 3H53A 2J88A 2E6AA 2R14A 5DXYA 3GDTA 3C4UA 2O7SA 1FCVA 3NO5A 2RDWA 4IX0A 1K7FA 4UTHA 3ATYA 4ORIA 3O15A 4Y6GA 1SO4A 3STCA 4LU0A 3LLDA 4JYEA 1AK5A 4IJBA 4NQ1A 2CLKA 1YLVA 1RQBA 4UTJA 2TPSA 3U2OA 5FEWA 1GVSA 3GYEA 1THFD 3ABOA 1SSGA 3BW3A 2DZWA 3QYQA 5D30A 3W1MA 1GTEA 1N7KA 4BF9A 1LLZA 3QMRA 4LVDA 3NA8A 5DY3A 3W7HA 3DKJA 3PS7A 2QCCA 2E6YA 4N6FA 3UZ5A 1RV8A 3B8DA 1DHPA 5KSWA 1O94A 1WDWA 2RFGA 3I65A 4NJIA 1TPUA 2R8WA 3GDKA 4AXKA 3L0KA 1QAPA 4IX2A 3W7EA 4A21A 4L4LA 1C9DA 1WX0A 4JEQA 4NUWA 5LNRA 3I6RA 3NQAA 4PH6A 1YDOA 1QFEA 2XN1A 3V75A 1H5YA 4M19A 5HULA 3ANYA 3NQ8A 2A0NA 3W1AA 4O4WA 3WJSA 5K4ZA 4M6PA 2H6RA 5CPOA 2VEPA 1TCDA 3OVRA 3RMJA 3W7IA 3S8HA 1EX5A 3CWNA 4RCXA 1KM3A 3A22A 1W3NA 2AQWA 3ZS4A 3O1NA 4XWUA 5LNWA 3L5AA 3MWAA 1YTKA 4HIBA 2YXGA 3DFPA 3H54A 4WZHA 1MEHA 2DZXA 1LOSA 3G0UA 1NVMA 4N4QA 2ZFAA 4AF0A 4Z1DA 5TBOA 1KM6A 3HPSA 3L2IA 1HO4A 3TXZA 3MHFA 2B0MA 1G4PA 3UD6A 1ZAHA 1SZEA 4AF0B 3IIVA 1TREA 1Q6OA 2FPYA 1VR6A 4B5NA 1KFJA 1I2RA 2E5BA 3DKLA 3UQNA 5F1UA 4UFMA 3GK0A 1OFOA 4LUIA 3NXFA 3GKAA 1ZAIA 5DCBA 2ABAA 2OJPA 4JGDA 1BEUA 2CZ5A 4HKPA 3LDVA 1ZY9A 1TJPA 1SZFA 1YDNA 3G3DA 3IEBA 4GE8A 4H4IA 3QZEA 5I3FA 4ML9A 3PUEA 3TNOA 1AL8A 2CLMA 3ZR4A 1K03A 2B7QA 1SSDA 1VGAA 4NX5A 1TPH1 4R7JA 4XUGA 4DF1A 4X22A 2FTPA 3FOKA 4NZJA 1L6YA 1W5OA 3TMQA 3QEZA 1VYSX 2G5WA 3I68A 3M16A 4RLIA 1NF7A 2DORA 5K9CA 4LNYA 3AO0A 2GVJA 3W83A 2DU2A 3HF3A 3W85A 1TB3A 3W2JA 2CW6A 2H90A 3VE7A 1LRNA 4GRSA 3PM6A 1OFAA 2CWNA 2YYTA 1LRTA 2ZCGA 4TMBA 5EMUA 4UMAA 1Z42A 3PUDA 4K6AA 3UYCA 3CU2A 3FYOA 3JR2A 1DQXA 1A53A 1AW1A 3MI6A 4ADTA 2I1OA 3T40A 2E6FA 4Y90A 5G1TA 1TIMA 3GZ3A 5F2LA 4YXGA 5DY2A 4X3ZA 5HR6A 1QO5A 3G24A 2JKAA 2Y7FA 4O19A 4U28A 1S5VA 4WY0F 4BI7A 4UFIA 2BTMA 1SU5A 3MI2A 4OT7A 2V81A 3EWXA 1XBXA 3E0IA 4JS3A 5CZJA 2O7QA 5LHEA 3BARA 4IXXA 1SPQA 3MUXA 4QSHA 4AEOA 1FY6A 1UASA 4Y96A 4LY8A 3UZJA 3TUUA 2YX0A 1P0KA 3G0XA 3FS2A 1VYPX 1QO2A 1G6CA 2HS8A 2JK2A 3GXNA 5EY5A 3TJXA 1VZWA 4NNAA 1FX6A 3W1LA 3NQDA 3DGRA 4CQ8A 4RXFA 4DQWA 3CC1A 5DLCA 3LI1A 2XN0A 4WUIA 4HNVA 4JTGA 3FLUA 3LTSA 1H1ZA 1LOLA 3TV8A 5H91A 3CIWA 2VXNA 3L67A 5HUOA 1U5JA 2Y89A 4BWLA 4FX6M 4WX2A 5J5RA 3LCWA 4CNNA 3IGSA 2WPBA 1F5ZA 4X2RA 2NWSA 2W79A 3SGUA 1XBZA 1GOXA 2C13A 4RKAA 1X1OA 4FNUA 5L6UA 5U4NA 5CZ0A 4KWWA 4ZL1A 1EA0A 1G4SA 1G67A 4EF9A 2NLIA 5BNKA 1OFPA 1KM5A 3MMTA 1EEPA 3UWZA 3C0JA 2FJKA 3EXTA 3CEPA 1JCNA 4QM1A 5L9FA 1KM2A 2ZZ3A 3SW6A 1NSJA 1F7BA 3VFLA 3M7WA 3DFQA 3L5LA 3MBDA 1TPDA 3KVKA 5LKYA 4ZZ9A 4BI6A 1KBIA 1FBAA 4M7SA 1XUUA 1KFBA 4ZQPA 3HGOA 4LC8A 4O10A 3LM7A 3P80A 1PE1A 1LCOA 3LTPA 4JTSA 3PG9A 4PODA 3P74A 2Y7GA 3LCFA 5F1VA 3OG3A 1HO1A 2WQPA 4RX0A 2QDHA 2NUXA 4GC4A 4UFHA 3NDOA 3LV5A 1ME8A 1TPEA 1JVNA 2V82A 3GAKA 3BW2A 3KFTA 1GEQA 5KMYA 2VFGA 1ZAJA 4DPQA 4RR4A 5EA9A 3G0SA 4Q32A 1BWLA 2QDGA 3CEUA 3S5NA 1N55A 1H7PA 2GJLA 3UPBA 4I7WA 1ML1A 2B7NA 3LRMA 1K3UA 1EWEA 4WXZA 1LLWA 2FQIA 4HNNA 2JBMA 5FF4A 1SR9A 1WA3A 1I2NA 1XL9A 3PUOA 4RXGA 2CLFA 1L9WA 1UUOA 2OT0A 2Q3RA 4DF0A 3P8IA 1NEYA 1MSSA 2A6LA 1AW2A 3P67A 4HPJA 3W86A 2WJZA 3O6YX 4BFAA 1WBJA 3IIZA 4PFMA 1ADOA 3GDMA 1KM4A 3HMJG 3NQFA 4LW7A 3LHTA 1TTQA 2NV2A 3UY8A 4IPJA 1GVRA 3NL3A 1OFEA 2RKXA 1R46A 3LGEA 2H3BA 4JTTA 3STFA 4A2SA 1JUKA 3FJ6A 3W75A 3OBKA 4MPQA 4MVAA 2JKEA 2HTMA 3G1AA 1EPXA 3W2NA 4RZ6A 2DP3A 4UFKA 1HUVA 2Y70A 2QJGA 2KZHA 3BLFA 5D02A 1H51A 3GAYA 3B06A 3WJZA 4WQ6A 3QC3A 1IF2A 4NXKA 2OMAA 4I7UA 1ZENA 3QSTA 2Z2UA 1F6KA 1T8XA 2PC4A 3TC6A 1KTNA 4YCPA 1W5QA 1WV2A 3LCHA 4FIRA 1W54A 3N19B 3QFEA 3F4WA 3G1FA 3A21A 1K8YA 4DO5A 2VEIA 3BG5A 1KLYA 3W7OA 1O5KA 1HL2A 1YPFA 3TE9A 2J9ZA 4Z0SA 3IVTA 1KM1A 4AB4A 3EKZA 2C15A 1UJPA 3LV6A 5DELA 1VRDA 5EBUA 1K8ZA 2CLEA 1XFBA 4O13A 3W73A 1LRQA 1W3IA 4K36A 5AYXA 4R34A 4YCOA 3HB9A 5FF2A 2WV8A 4GBUA 3W1TA 3USBA 4M5PA 2DZVA 3YPIA 4UR7A 1EB3A 4S1FA 2PCQA 1DBTA 3BVJA 3W3OA 1FWNA 3TA6A 3W7NA 2B7OA 3IV3A 4O28A 2Y7DA 2ATSA 3P8JA 1PVNA 5C54A 4OV4A 4XBKA 3GX9A 2ZA1A 1R2TA 5SWUA 3WK0A 3NG3A 5A5WA 1AG1O 4FNPA 5BMWA 3B0PA 4QNWA 2EF9A 5G2IA 6ALDA 1FDJA 1TV5A 4RJEA 1P5BA 2R91A 2PRMA 3V1PA 1IXNA 3IIPA 1QPRA 3KHJA 3NGJA 5KTLA 4G1KA 3T4CA 2Z6JA 3G18A 1QR7A 3EWWA 3P81A 4UTWA 1RQEA 4DO6A 5HNRA 1IIHA 4S2BA 2A5HA 3KRSA 4AVFA 3NNTA 4Q4KA 4XKYA 3WFAA 3GDLA 2X16A 1XC4A 1SO6A 3P60A 1GWJA 3Q94A 5DCEA 5LHFA 1FDZA 4XTIA 2ZRZA 2D73A 3FKKA 1H7NA 4HN4A 3BLEA 3LCLA 3EX4A 1KFCA 3NZ1A 3MHUA 3VE9A 1JRCA 1ZHAA 4OE7A 2RHGA 2NXGA 4K8EA 2RDTA 1OHLA 4TU1A 2A85A 1W8SA 1TTPA 4JTJA 5AHIA 3RLUA 2NZLA 2YZRA 3ABQA 3W7RA 2NX1A 3HIJA 5AYZA 3WK3A 5ABTA 2ZTJA 5HMSA 3W74A 2YR1A 2A21A 4NZFA 3R13A 1X6UA 1H50A 3IRDA 3LXAA 1H7RA 2ZZ6A 3MJYA 1SO5A 4PCFA 3QMSA 4HPXA 1GQNA 3LX9A 4UTTC 1ICPA 3EWYA 2E5DA 1KBJA 2YW3A 3GNDA 4NU7A 4FO4A 2DZPA 1MO0A 2BXVA 5E0KA 4IMGA 3ABRA 1YADA 4QAIA 4MFEA 1TO3A 3HG2A 3DI1A 5DBTA 3L68A 3GNNA 2VFIA 2V2DA 3VKJA 1OG0A 5MHBA 2GVGA 3QSRA 4YWIA 1DKWA 3ZFHA 2H8ZA 5CGQA 2Z6IA 2DJLA 4HSOA 4AHQA 6TIMA 3EX1A 1OYBA 5FEPA 5AOUA 3QPYA 3W9ZA 5LZLA 5F4XA 1PHWA 1ZCOA 3EEGA 3HBLA 1N8FA 1SUXA 3TAOA 1VCVA 5F2IA 3A5VA 4LOCA 4FX7A 4ADSA 2EAWA 3N73A 4IGHA 2PRLA 3W1PA 2F7FA 3BW4A 1WXJA 2GUUA 3KVMA 1JULA 3NPVA 4EF8A 4L4MA 3CTLA 1QPOA 2Y62A 1TPFA 2EGZA 5K7JA 3P82A 4N2YA 1G4EA 3TMLA 2GJNA 3R12A 2QCMA 5F2MA 2YCEA 1WBHA 5LGZA 1QDSA 2CLLA 2WO5A 3NQ7A 3TJLA 2VELA 3L0NA 4O14A 1SW0A 4GUGA 2VENA 5EL1A 2Y6ZA 5AN7A 1M5WA 4JXCA 2FDSA 3STGA 1KA9F 4CNOA 3I7RA 4UTIA 4WOQA 1OX5A 1G69A 4YMZA 5KZEA 1YDVA 1H7OA 3S42A 1Q6LA 2FB2A 3G3MA 1D3GA 4WJEA 2ZRVA 5C2XA 2Y88A 2ISSA 3KOFA 1K02A 2QCGA 2CU0A 5D38A 3RU6A 3A24A 1XXXA 1TTIA 1OYAA 1ALDA 4GNJA 2CLOA 3C3NA 3B05A 4K8HA 4WOZA 3TW7A 3LCXA 5D37A 5FF0A 5D2VA 5D2TA 1KTBA 3WJYA 3EWUA 1HFBA 5KITA 1JQVA 1OX6A 2WNQA 3NZRA 2GQ9A 2QUTA 3G8EA 3W07A 2FLIA 3HG4A 3M41A 4Z1AA 1A50A 1Q45A 3W72A 1LP6A 4XTDA 3TFCA 1G7UA 4XBSA 1GVQA 1VHNA 1G7VA 4K37A 4JTKA 5G2WA 3HGSA 3MW7A 3KRUA 1TPVA 3M6YA 3E49A 3N14A 5KZDA 2E77A 1WOBA 4QISA 1LTDA 1T96A 1SZNA 4LVGA 4OWGA 5AHEA 3MHGA 3CPRA 2GOUA 4A29A 5BMXA 5A8GA 4FXRA 5D2WA 3S1UA 3QJAA 2ISWA 1JUBA 4K38A 4BK9A 2V2HA 4UNKA 2YGYA 4D2JA 1VS1A 1VLIA 1KM0A 5D04C 4ORMA 2NX3A 4AWUA 4O54A 2C16A 1YXYA 3W6YA 4DPPA 3TR2A 3F1QA 3PBWA 1SFJA 3LTYA 1GVOA 3IGXA 4DO4A 4NJGA 3UWYA 3O8AA 3TAKA 3DBPA 4LUJA 4CCDA 1XBVA 2H3DA 3L5MA 3LXCA 5FESA 4O57A 4JTUA 4QNEA 3W7DA 1VC4A 1SZGA 3A23A 1GYLA 5LGXA 2BZNA 5DBUA 3B04A 4RZ4A 3EX3A 3LCGA 1UUMA 2CZFA 3QW4B 2Z1BA 4O12A 1TRIA 1LORA 1ONRA 1TTJA 2ZA2A 4ZQCA 5CPLA 1FQ0A 4UXDA 1W5MA 3W70A 3E12A 3W22A 1EWDA 1EUNA 2VKZG 4O52A 3W7QA 3TQ0A 1W5NA 3W7JA 5D33A 3HPXA 1DV7A 2X30A 3M5XA 1X7FA 4OU1A 1LM1A 2VFDA 3DFTA 4O18A 1HTIA 4N4PA 3BV4A 1R2RA 3B0VC 1QMLA 5IBXC 4O1AA 2VEMA 4WD0A 2ZRUA 1JRBA 5C6MA 2V30A 4DBDA 2GQAA 3M5ZA 3C56A 1QOQA 5C5YA 3G22A 2A7PA 3S1VA 3THQA 5D09A 3EWZA 2ISVA 3C2VA 3M0ZA 3L66A 1BKSA 2X1RA 3N3MA 3L0GA 1DQWA 5CPNA 3BG9A 1IIGA 4IWWA 4MJZA 4MLJA 2E68A 1R47A 3GVGA 4IOTA 1TPWA 3G1DA 2TYSA 3M5VA 1OFQA 3OIXA 1W56A 2A6NA 4TX9A 2ZTKA 4EOUA 1UCWA 4K7VA 1L2UA 1RPXA 1SW7A 4HHPA 2V8ZA 1PIIA 3MP4A 3QMTA 3G1HA 5EYWA 5FEXA 4DBEA 2HSAA 3H55A 1ZJIA 1I8JA 1BWKA 1O95A 2QJIA 3O07A 1XI3A 3T78A 1TQJA 4ZQNA 1XUZA 3LI0A 1SFLA 4FF7A 3W23A 4M6QA 1RD5A 3TQVA 3NM3A 3W87A 3T55A 3Q2DA 4ZQOA 1B9BA 3E02A 3LBMA 4IQLA 1FUYA 1TV7A 1OABA 1EUAA 3R5EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4F2T A;  3LU2 A;  3W71 A;  2GYI A;  4PRW A;  3PY2 A;  4AD5 A;  4C1N B;  1XBY A;  2AMX A;  1QHZ A;  3CYJ A;  3P61 A;  1IEQ A;  3CMJ A;  1ECE A;  1JEZ A;  2FGL A;  4KT2 A;  5DXY A;  3GDT A;  4IGS A;  1Q4N X;  3C4U A;  4D6G A;  4RNJ A;  2FMO A;  1XH1 A;  1HW6 A;  4ORI A;  4Q6J A;  3MSR A;  2J78 A;  4UR9 A;  4C6B A;  4NQ1 A;  2CLK A;  1YLV A;  1HJU A;  1RQB A;  4UTJ A;  3VTR A;  1EDT A;  2DVU A;  1UH4 A;  1GVS A;  3TTS A;  1FP9 A;  1SSG A;  3BW3 A;  2DZW A;  5D30 A;  3W1M A;  1RBL A;  1GTE A;  2XPK A;  5I06 A;  4L1W A;  2RDX A;  1G1Y A;  3UBP C;  1LLZ A;  3BSG A;  4LVD A;  3NA8 A;  4AG0 A;  2QCC A;  1EA9 C;  1ODU A;  1O94 A;  1Q8J A;  3I65 A;  2O4Q A;  3TQP A;  1GOM A;  4CVU A;  3UA4 A;  4CNS A;  3WH7 A;  4H00 A;  4LFY A;  1RAL A;  4A21 A;  3WLP A;  3QYS A;  1R3Q A;  1C9D A;  4NUW A;  4JEQ A;  1YDO A;  2AQO A;  2XN1 A;  4HHH A;  1ITQ A;  3MCO A;  2A0N A;  4NKC A;  4JHM A;  1OB0 A;  2VEP A;  4RCX A;  3CAK A;  1W3N A;  3O1N A;  5LNW A;  3F4C A;  4H19 A;  4D6F A;  1LOS A;  1VKF A;  2QMJ A;  3V36 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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