5DCEA

Neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated (tryptophan)
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
344
structure length
344
Chain Sequence
PTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
publication title The Functional Unit of Neisseria meningitidis 3-Deoxy--Arabino-Heptulosonate 7-Phosphate Synthase Is Dimeric.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
total genus 128
structure length 344
sequence length 344
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dceA00
3W84A 5FF3A 1T96A 3RF9A 1WQ5A 3W75A 4Z0JA 1W5NA 2B7PA 4M7TA 5AHEA 3OEXA 3W23A 1RV8A 5K4XA 1AMKA 4DO4A 1JCJA 3RU6A 5HWMA 1ICSA 1KV8A 1BEUA 3O6DA 2X1RA 3W7EA 2J6XA 4NVTA 4QAIA 2ZA3A 4ORIA 3LHZA 2Y89A 3QPYA 3VKJA 3TX9A 3GDLA 3G0SA 1RZMA 4RV8A 2PCQA 4UFLA 4N02A 1KW1A 5AN7A 5I3KA 2ZRYA 3V75A 1ZY9A 3VFLA 4Z08A 2O7QA 1YTKA 3KOFA 4LS1A 1HL2A 3F03K 4XWUA 3U2OA 4HN4A 5BW6A 5CZJA 3DHDA 3LHWA 1H7XA 1T8XA 2QCMA 4WUIA 4DF1A 1AG1O 3TSBA 5D09A 3OA3A 3W7GA 1LRQA 4O1CA 1YYAA 3ABRA 1WAUA 3W1AA 1VJIA 1JQXA 2FB3A 4L4LA 2CWNA 1ML1A 2YPIA 3EX1A 3U6WA 5I3FA 1SO5A 1R47A 2TRSA 3T44A 1XUUA 2YCEA 4ZZ9A 1KFEA 3W86A 1KTCA 3IIVA 3BGJA 3N3MA 1QOPA 1LDCA 5HUPA 4CNNA 1QO2A 1TSIA 3LBCA 1L6WA 5DBTA 4G1KA 1Q6QA 2XN0A 2Y7DA 1K8XA 3DAQA 1H60A 3QFEA 1AW2A 1EP2A 1K8ZA 3GNDA 1F5ZA 4HPXA 3QW3A 2A7PA 1DV7A 3C2FA 2E09A 4WJEA 3OG3A 4MJZA 4P61A 1GVQA 3UWUA 4LVFA 3LI0A 3MYPA 4K7YA 2DZTA 3DFOA 4AF0A 3E02A 6ALDA 5KITA 1GVSA 1DBTA 5HWNA 4O11A 1ZNNA 1F2JA 5CGQA 1YXDA 1ZAHA 3OVRA 1H61A 3NZRA 3T7VA 4MY8A 4R53A 5FF2A 5C55A 4GFSA 3G8RA 1WXJA 4U4MA 1LROA 1OG0A 2AGKA 1DJQA 1MSSA 2CLOA 4JR5A 4PCFA 2PRLA 4EVZA 5CZTA 4MKNA 1I2OA 3G1YA 5D2XA 3G24A 1WDWA 1QCWA 2YGYA 4NUWA 3NOEA 3GB6A 1OYAA 5G1TA 5C5YA 1KM5A 4PL1A 3VI2A 1T99A 3WFAA 3EXTA 4CQ9A 1DKWA 4AHOA 3FIGA 3W70A 4H4IA 2AAMA 1BKSA 1RR2A 4RZ5A 5H2ZA 1SQ7A 1JCXA 2NV1A 3O16A 4AWSA 4MOZA 5U4NA 3UD6A 3W71A 3ZR4A 5K9DA 4GUGA 5DCBA 1DJNA 1LZOA 4ONVA 2X1UA 3THAA 1P5BA 2CZ5A 5DELA 2Y61A 3FJ6A 2X1SA 2ZRXA 3PSWA 4Z1DA 2Y7FA 3PM6A 3IRDA 2XN2A 2VEMA 3C4UA 3MBFA 1EA0A 3NM3A 4XKYA 4UMAA 3TU9A 5AHIA 1L6YA 1LBFA 4UTKA 2VEKA 4NX0A 1CI1A 3T4CA 4ZQCA 3W7OA 4K8HA 3B0PA 2O7SA 4LVAA 1WV2A 5D2YA 1ZFJA 3G18A 2DORA 3CIWA 2VC6A 3VE7A 4JTFA 1PL9A 2CZEA 2VXNA 1KM2A 4B5NA 4KWVA 4JX5A 1JR1A 3JS3A 3H55A 3N34A 1HO1A 4HNTA 1JULA 5GVJA 4Y96A 1YTEA 3HIJA 4ALDA 1GVFA 5BOOA 3JR2A 3C61A 3DU0A 2Q3OA 3BG9A 3OBKA 1QO5A 1SZGA 4JYEA 5DBUA 3LXAA 4LUJA 2GJNA 4JYFA 1RPXA 5FEXA 2E6DA 4IX0A 1H7OA 4POCA 4O8RA 3R8RA 3KX6A 3GX9A 3B05A 1ADOA 3DKLA 1WOAA 3NQEA 3OIXA 4JD4A 3ZS4A 1SW7A 1ZAIA 1LBMA 4UTHA 2J9ZA 1ICPA 5D33A 3TCEA 3HGSA 3UZJA 1TPWA 5F2GA 4LV4A 5DY3A 5KTLA 1J4EA 1YPIA 2PURA 2OZ0A 5G2WA 1HTIA 3TAKA 1MEHA 3DFSA 1FXPA 1TV7A 4BWLC 3SW6A 5FEPA 2YYUA 1EX5A 4BR1A 3P7YA 4Q4KA 2HS8A 4RK8A 1W5OA 2Z6IA 1UJPA 1GTHA 1SO6A 2W79A 5HINA 1A5SA 2H90A 3W2MA 2E6AA 2DJXA 2JK2A 2X2GA 3LTPA 3DFNA 1FQ0A 3PBYA 3DFPA 4IPIA 3W1TA 3ZFHA 2C16A 3SI9A 1BWKA 4HNVA 3W1XA 3W1NA 1T0OA 1UUMA 4NXSA 1XXXA 3HF3A 2QJGA 3I7SA 4WX2A 3FYOA 2QCLA 4AHPA 2C0AA 3S1UA 2FPTA 1SW3A 3V1PA 1YADA 2QJHA 2ZZ5A 2PRHA 3DENA 1M7PA 3NQDA 1F76A 2NUXA 4QNEA 2RDTA 3C2VA 3E0IA 4BI6A 5F2IA 3NL3A 4IMEA 3LHVA 1TTQA 2G5WA 3M47A 3KAOA 4JTUA 4LY8A 5CPOA 3WK3A 3TQVA 5BMWA 1A53A 1SW0A 4JYDA 2GPTA 1RQHA 3EXRA 1G7UA 1R2RA 3GAYA 1PCWA 3HBLA 3EX3A 4A29A 5CZSA 2HMCA 3MJYA 1DL3A 4X9SA 1VC4A 4AVFA 2WPBA 3NPWA 3TQKA 1BTMA 1H7PA 3DI1A 5E0KA 3C56A 4H6KA 3W85A 3MUXA 5LGXA 5E93A 1M5WA 3A22A 3CT7A 4M6QA 5CSSA 4KFOA 5T26A 1LYXA 2FDSA 3HG5A 4OE7A 1TMHA 1EUAA 3PF3A 1TJRA 4IMCA 2H6RA 5ABTA 1LCOA 5FI8A 1DVJA 3CEUA 3R12A 1H1YA 2A85A 3CWNA 3P81A 4HHPA 1FWNA 3DH7A 4LTSA 2XN1A 2ZZ7A 1TPDA 2FJKA 1TPUA 2E5CA 2TPSA 4MYXA 5E1QA 5FF0A 4DQWA 2D73A 2ZRZA 3F1QA 4UMBA 2AQWA 2WSRA 1O60A 3T55A 1ZAJA 1GT8A 3NYZA 5AHFA 4M19A 3NXFA 2V8ZA 3UZ5A 4IJBA 1G7VA 3NNTA 1VYSX 4FIRA 2Y7GA 4NXKA 3G1VA 3TV8A 1LBLA 3S6DA 3HO8A 4O17A 3I7QA 1GWJA 1KFJA 2JBMA 5KINA 3LTSA 2OMAA 5HR7A 4JTKA 4JTJA 4R7JA 3TQ0A 2ZCGA 3ABOA 4N4PA 5DCEA 3STFA 5AB3A 3W72A 3G1HA 4ZQOA 1I4NA 4GUFA 4K37A 4LC6A 2Y6ZA 4O0KA 1JQVA 5D03A 1JUEA 5BRBA 3UXAA 3NGJA 1PCKA 3MI2A 3MP4A 3F4WA 1R2SA 3LV5A 3GDMA 4HIBA 3DI0A 4QJ1A 5FESA 3QRHA 3UXDA 2PC4A 1MO0A 4M6VA 3UPWA 4K39A 5LNSA 3ABQA 3SFKA 3CEPA 3P8JA 3A5VA 4AWUA 1BWLA 2ALDA 1XBXA 4I7WA 3LCXA 3MP3A 1XM3A 2Q3RA 3Q37A 2ZRWA 3GYEA 1VH7A 4PTNA 2P0OA 1KM4A 3D0CA 4MYAA 4WOZA 4JTIA 4UC5A 3OVQA 1MEWA 1EWEA 1GJPA 2RFGA 4GXMA 2A6LA 3A5FA 3RFAA 2F84A 4GBUA 4NJKA 3G1AA 5DLCA 4IXXA 4FNUA 4JX6A 3A21A 1S5VA 3B0UX 4HPJA 4AF0B 1O5XA 2QCGA 1JCMP 2ATMA 3EX6A 1R30A 1CW2A 2WV8A 3EB2A 3LM7A 4M6PA 3EX4A 4AH7A 1LOSA 3STEA 3GAKA 1S5TA 3LCWA 2V2CA 2ZRUA 1EP3A 2C13A 5C54A 4QQ3A 3UNDA 1PVNA 3NQMA 1ALDA 2CLMA 5I3JA 3Q2DA 4LT9A 4JTGA 1KM0A 4I7UA 3S1XA 3KRZA 1SSGA 1CX9A 1FWSA 5LNUA 2EKCA 3G3MA 2CZDA 3K30A 1OF8A 4PA8A 3TIMA 3SGZA 1KFLA 4JTEA 5CG7A 3CTLA 5FF4A 1NVMA 4GC4A 2ZZ1A 2YSWA 3UY8A 4NJIA 3DHFA 5KZMA 2QUTA 3MHFA 4UUIA 3TXZA 4J9JA 1ZENA 3TJLA 2B7OA 3RNDA 2NX1A 1A50A 2VFEA 1B3OA 1WOBA 3S8HA 2ZA1A 4E0CA 4LVDA 4EIVA 1W37A 4YLWA 4RJEA 1IXNA 3WJWA 2TMDA 1G69A 3P61A 2FPVA 1OFAA 1OVDA 3P5ZA 1GYNA 5F4XA 4XKYB 3A23A 2J24A 1H7RA 2BWGA 3PAJA 1UBSA 4FHAA 3LRLA 2QAFA 2QCNA 4IMDA 3P80A 3N2MA 3PVFA 1G6CA 4AMAA 5CPLA 2WJZA 4GUJA 4HKPA 2ZFAA 4Z1AA 1I2QA 3E12A 4JTLA 1O5KA 1IXPA 3MHGA 4LC8A 3MW7A 4JY9A 1Z42A 4DF2A 2QKFA 3GKFA 2FLIA 1FWRA 3TW7A 3N73A 3FOKA 4LRTA 3NL2A 1H63A 2A2IA 2P10A 4ZMGA 2R14A 2GQ8A 3W1LA 3F4NA 4K6AA 4IMGA 2G95A 1S5WA 1H7WA 3G8EA 4FXRA 3HOJA 3SIZA 5AHMA 1Q6OA 3M44A 4JTSA 2Y62A 4ADUA 4C1LA 4QM1A 1TB3A 2CLLA 1RQBA 3GVGA 2JGQA 3M43A 2QR6A 3FS2A 5BNKA 3G0XA 3C2RA 4QSHA 2I14A 5D32A 4EOUA 2EHHA 1VHCA 1O95A 4WY0A 3TJXA 2B7QA 1GPWA 2ZTKA 4TR9A 3HJZA 2ZBTA 3TMQA 4UR8A 4RCXA 1H7NA 1YXCA 3KVKA 4X3ZA 3W7PA 1KFBA 1Q3NA 4DXVA 5TBOA 5CPNA 5AYXA 3S5ZA 3BV4A 2CLHA 4UFIA 5DCDA 1K02A 4JIQA 5F4SA 2EAWA 3HG3A 1EPXA 3MMTA 3Q94A 3DKJA 4UTLA 4C1KA 3BLEA 1L6SA 4NNBA 2RH9A 3VCRA 1LOQA 3O15A 2CLKA 4HNNA 3SSJA 2BLEA 5EPDA 3LHTA 1PHQA 3LDVA 3NQGA 2JKEA 1D3GA 4UFMA 3HPZA 1TPEA 3O6YX 4Q33A 3LLFA 4O12A 2YW3A 3PS7A 3H53A 4N6FA 3O05A 5D2VA 3STGA 3HPSA 2GVLA 3W2LA 1W8SA 3GKAA 1NAL1 2QCDA 4GNJA 1PS9A 2BZNA 4MY9A 3O8AA 4UTIA 1F6KA 4O15A 1LLWA 4ADTA 4K38A 5EBUA 2Y63A 1TREA 3GXNA 5EL1A 3UYCA 1DQXA 5LHEA 3IIXA 1WYIA 3B04A 3W87A 3MYOA 1IIHA 3UWYA 3W1PA 3P67A 2CFFA 1HG3A 3LX9A 4DELA 4H3DA 1SO3A 5FEZA 1OX4A 2NZLA 5F1UA 2B0MA 1NEYA 4O28A 1OYBA 2EF9A 4O0ZA 4RXFA 3ATYA 3PC0A 3IGXA 4ZL1A 4N9EA 3R13A 3W7HA 5LHFA 2YFOA 1GYLA 3NA8A 1DHPA 3NZ1A 2CW6A 3PB2A 1KFKA 1R2TA 2RDUA 2P1FA 3LGEA 5G4EA 2EGZA 4NU7A 1W3NA 3W22A 3P60A 1YDVA 2C15A 1K7XA 4UTUA 3UWZA 1VR6A 1X1ZA 3IVTA 4O16A 1THFD 4NT0A 3O63A 3BW4A 3WK2A 2JGYA 4BF9A 1B9BA 3PBUA 4I7VA 3DFQA 2QUVA 1ICQA 2V81A 3TXVA 4HSOA 4EWND 2NXGA 4WXYA 2J88A 3HMJG 4ICNA 3QMRA 5EMUA 3ZWTA 3EKLA 1IXQA 2ZQ0A 1V5XA 4QNWA 1PE1A 4A3UA 3G0UA 4IUOA 1JRCA 1P4CA 2A0NA 2WOQA 3LBMA 3KRUA 3KFTA 3W07A 3GDRA 3TA6A 4W9TA 1TRDA 4NNCA 2Z0IA 2VKZG 3L9CA 2A1YA 3TW6A 3S1VA 1XKYA 1SZNA 3UWQA 3L0NA 5HNRA 3MHUA 5KZDA 1FBAA 3BLFA 3BGGA 4JICA 2GQAA 3NPUA 2OT0A 3O6CA 2KZHA 3QYQA 5K9CA 3ZWSA 1OHLA 3LTYA 1H51A 2V82A 1KLZA 3MO7A 1OFOA 3SJ3A 1TIMA 5EYWA 4FIQA 1OK4A 1QWGA 4XZ9A 4NJJA 4Y6GA 5TQLA 5I3GA 1Z48A 4QIUA 3IV3A 4JTTA 3LI1A 1FCVA 4N9CA 2Y88A 4FEZA 2CLEA 3I65A 3LCIA 3PUOA 4BFAA 4RR4A 3NAVA 3IEBA 5EA9A 2NLIA 3BG3A 4YL2A 4ADSA 1TPFA 1C9DA 3N9SA 2DZXA 2V0TA 3C0JA 4NQ1A 3CC1A 4NJHA 3W76A 4LNYA 2DJLA 1X8FA 2C18A 1K8YA 1VRDA 1P0KA 3DXIA 3L5MA 3PBVA 1QFEA 3GZ3A 1J5TA 4UFJA 5A5WA 3HQ1A 1ONRA 4CNOA 1P1XA 1D9EA 3BW3A 4BI5A 3LRMA 1B4KA 1AW1A 3ABSA 4PC8A 5AYZA 3PWAA 4OV4A 1NF0A 1A5BA 3WJXA 3W73A 1XBYA 3FYPA 2Y7EA 3G1DA 3GXPA 5G1YA 4JN6A 1KFCA 3S5OA 4FNTA 3INPA 3M16A 4RKAA 5FF7A 3TDFA 3W83A 1KV5A 1X7FA 3PBWA 1LORA 5HUOA 3PB0A 1IIGA 1TJPA 1JCNA 3TC6A 1U5JA 2J9XA 4GWEA 2FPYA 5G5IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VBG A;  3W84 A;  3RF9 A;  1J01 A;  3NUK A;  3OBE A;  3ZR6 A;  4GVF A;  4X63 A;  4XIS A;  1VJZ A;  1XYZ A;  4M7T A;  5AHE A;  4DNH A;  1RV8 A;  4LEF A;  1JCJ A;  3CAV A;  3RU6 A;  3VX0 A;  1BEU A;  5I23 A;  1U2Y A;  3G1R A;  4J2P A;  3B40 A;  5H6H A;  1QI2 A;  1WKE A;  2GDQ A;  3GNP A;  3V1H A;  1C9W A;  3TX9 A;  1ZP4 A;  3G0S A;  4DJD C;  2PCQ A;  4UFL A;  5A1A A;  5AN7 A;  2BGS A;  1ZY9 A;  3VFL A;  1VEP A;  1ISZ A;  2QV5 A;  2E3Z A;  1F3T A;  2G4F A;  4LS1 A;  2EPO A;  1A49 A;  4XWU A;  3PFM A;  1NY1 A;  3U2O A;  1TUF A;  5BW6 A;  1W9X A;  3LHW A;  1H7X A;  2QCM A;  4WUI A;  3LPP A;  5D09 A;  4KW2 A;  1LRQ A;  5T8G A;  3BQ6 A;  4F0R A;  1LWJ A;  1YYA A;  1WAU A;  3VOI A;  1VJI A;  1JQX A;  3M0I A;  1DE6 A;  2YPI A;  3EX1 A;  3U6W A;  4IT1 A;  1LQ0 A;  1R47 A;  1RK5 A;  2TRS A;  4NAF B;  2NQ5 A;  2YCE A;  2XH7 A;  3W86 A;  3IIV A;  1Z7A A;  3BGJ A;  4FI4 A;  1LDC A;  3OYX A;  3BCJ A;  4JIH A;  2POZ A;  3LBC A;  1LT7 A;  4D6D A;  4C6L A;  1Q6Q A;  1TMQ A;  2XIN A;  1AW2 A;  3GND A;  1IZC A; 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