5DK5A

Crystal structure of crn-4-mes complex
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
b'HCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
publication title Identification of Inhibitors for the DEDDh Family of Exonucleases and a Unique Inhibition Mechanism by Crystal Structure Analysis of CRN-4 Bound with 2-Morpholin-4-ylethanesulfonate (MES)
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
molecule tags Hydrolase
total genus 90
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dk5A01
3NF6A 2XY8A 2E4LA 4KI4A 1ZBHA 2B6AA 3HL8A 2VG7A 3K5NA 1NK4A 1EKEA 4FCYA 1S1XA 1VSFA 3NHGA 3KKRA 2KFNA 1RBUA 3VQDA 4CJKA 3ULDA 4DTNA 5C24A 3O4NA 4CHQA 4K8ZA 4CFCA 2KQ2A 1IH7A 4BDZA 1JLQA 4XIUA 3MXJA 1JXEA 1TKTA 3AO2A 4E7KA 4F4KA 1JLFA 3DI6A 4CJQA 4DFJA 4FXDA 1LV5A 3TABA 4RW9A 5JS1A 4EZ6A 1EXQA 1N5YA 4FK4A 5CZ1A 3ZSRA 3AVHA 4CESA 3QNNA 2DTUA 1VRUA 1RDDA 4DTOA 1S1VA 3OJSA 4M42A 3DYAA 3NCIA 1RDBA 1S5JA 3F73A 3LWLA 4JRPA 4HTUA 1WSFA 3VQBA 4JLHA 3AO1A 3ITHA 1TVRA 4E1MA 3TAQA 1RTHA 1IKWA 2PZSA 4DLEA 3PX6A 4FJGA 2FBYA 1SV5A 4B9TA 4PQUA 2Q3SA 5I3UA 4IKFA 2YNHA 1S1UA 3HPHA 2RN2A 3LANA 3H08A 4I7FA 4B8AB 2FBXA 4HUFA 3AVAA 2G8UA 3AVBA 4KHQA 4CERA 3QETA 3OYMA 1BGXT 1MU2A 3DOKA 2G8IA 3MECA 4OKJA 4DTUA 3EZ5A 1D8YA 1TKDA 1GOCA 4B9VA 4J2DA 3KK1A 1Q8IA 4E3SA 4KRFA 3AO4A 3SCXA 3T19A 3SUPA 3SZ2A 3OYBA 4CFBA 4CF8A 4J2EA 1KVCA 1A5VA 1RTIA 1TKZA 2RPIA 5CYQA 3WNFA 2OPSA 2HHWA 2Z1JA 4B08A 2YNIA 4ICLA 2IS3A 2F96A 1WN7A 1T8EA 5DK5A 1NK6A 1QQCA 4O44A 2WOMA 1R0AA 4FZYA 2HW3A 4N41A 1JLCA 1NKCA 2YNGA 3SUQA 3ZSXA 1L5UA 2OPQA 2XRIA 5FRMA 3NDKA 1VSKA 3PX4A 1X9SA 4MFBA 3O3HA 2HHQA 1UA0A 4PUOA 2VG6A 1TGOA 3MXMA 1Z26A 4BE2A 4B9UA 3L2WA 1IKVA 2DFHA 3AA4A 3CM6A 1T03A 3LP1A 4FZZA 3VQ4A 4KFBA 4OPJA 1VRTA 4K8XA 1S9GA 4CGDA 3L2UA 1ITGA 4M3YA 3HPOA 3SJJA 3WNGA 3I8DA 1K6YA 4CK1A 4ZTFA 4OLAA 1KTQA 4DTPA 3A2FA 3VQ8A 1NOYA 3VN5A 1GOBA 4CHYA 3L3UA 4L8RB 3MAQA 3RRGA 1NK9A 5CY4A 3CFPA 4Z4IA 4KO0A 4OGEA 3V9WA 4I9LA 4O0JA 2HHUA 4HHTA 4HUGA 2DY4A 1HQUA 2OYQA 4FM0A 2Y1IA 3QEPA 3OS0A 1UWBA 4W5RA 3OYDA 4ELUA 4DU1A 1J54A 4NCBA 1T7PA 3D0PA 4DG1A 4CJVA 1HMVA 1BISA 3DRPA 3O4QA 5HRRA 3WNHA 1VSMA 5J2MA 4CECA 4DTXA 3G10A 1ZBIA 4ID5A 1LWEA 3HP9A 4DTJA 4FJHA 4E19A 4KHUA 4CF1A 3VQ6A 4DSIA 2HB5A 1I39A 4CEDA 3V4IA 1RT3A 2RKIA 2XHBA 1ASWA 3D45A 4DF4A 1BQNA 1HPZA 2HVIA 5FROA 3QIOA 3CYMA 3DLRA 4DFPA 3TI0A 3QEWA 2HHVA 3PO4A 1TAUA 4LH5A 4CEBA 1VSLA 1RT6A 2VWKA 4ID1A 4FYDA 4LD0A 5KTQA 2F8SA 4DS4A 1WAFA 4ZTJA 3RMBA 5J2NA 4OGCA 3DRSA 3S9HA 3AVCA 3DLEA 1BIZA 2YNFA 3JSMA 4HCBA 3OYJA 2F8TA 1BI4A 3S3MA 4LSLA 1ZBLA 1J5OA 3C94A 4B9SA 2EX3A 3HYFA 1VSHA 4WE1A 4PWDA 3OYEA 4BWMA 5HLFA 4CGHA 3TAFA 4HVJA 3BGRA 1TAQA 4CJLA 1QTMA 3LPTA 1Y97A 3VQEA 3V9UA 3TAEA 4NCGA 1C0MA 3U3YA 1X9WA 4DFMA 4BDYA 2HMIA 1LWCA 4M3RA 1RNHA 3ASMA 3AA2A 3AO3A 3C6UA 2OA8A 2QK9A 3NGIA 3VA0A 3QNOA 2PY5A 1FKOA 4GMJB 1CZBA 3OVNA 3V1OA 3VQAA 2FBVA 4FJ9A 3P83D 3SQ4A 4F2RA 3M8SA 3LAKA 4CIEA 4M3UA 2BANA 3SQ2A 1SL1A 3AVIA 4Z4HA 3RR7A 1REVA 4CEFA 3K59A 5SWMA 4CK2A 4N5SA 1RILA 4CHPA 3KD1E 1NK7A 1SKWA 1LW0A 3OYKA 3PV8A 3LAMA 1U4BA 3O3FA 4C8OA 5HROA 4FJNA 1TV6A 4KV8A 1N6QA 4CJPA 5J1EA 2FBTA 1NJYA 1Q9YA 4DS5A 4FJIA 1QE1A 1TKXA 2Z1GA 3NF9A 4AILC 3M8QA 4CEEA 3OYCA 2E6LA 4IFVA 1SKRA 4I2QA 3IAYA 3HXMA 3MEEA 1X9MA 1HNVA 1D9FA 1FXXA 3DM2A 3U3GA 4DQRA 1U49A 3TAMA 1L3TA 4AHTA 5FRNA 3SV4A 1VSJA 5FDLA 4IDKA 4H8KA 4B8CA 3UIQA 3AA5X 1LW2A 4ELVA 1RBRA 3NBPA 4EP5A 1W0HA 3DLGA 1WAJA 4F8RA 4AH9A 4KPYA 4M3WA 1S1WA 4CIFA 3ZT0A 3OYNA 1NK0A 3SQ1A 4FK2A 4E7LA 3SV3A 2LSNA 4DLGA 4GVMA 3SUNA 3KIOA 3MEDA 1RT7A 2VG5A 2HHSA 1JL1A 2OPPA 2HNZA 4RW6A 1BCMA 3AVNA 3ZSWA 3QEIA 3AO5A 4RW7A 1KFDA 4CJRA 1KLMA 4UQGA 1JLBA 4CE9A 2VWJA 4DSFA 3VQ5A 1WSEA 1SL0A 3KJVA 1NJXA 1XHZA 4CJTA 1YT3A 3RMCA 4EZ9A 2IOCA 1LAVA 4CEQA 1T05A 3NAEA 1SUQA 4I9QA 1KVAA 4MQ3A 3QESA 4LH4A 3S3OA 4BACA 5KRSA 3KTQA 3ZT1A 3V9XA 3LWMA 1D9DA 5T7BA 2Z1HA 3IS9A 3OY9A 1WLJA 1G15A 4M41A 4F2SA 1IG9A 3KD5E 2PYLA 4CCHA 3TAGA 3RTVA 1CLQA 4FLYA 3PY8A 2DFEA 4Q0BA 4DWIA 4E1NA 3QEXA 1BIUA 2O4GA 2P1JA 3V1RA 3SPZA 4B9NA 1BI4B 3OYGA 3RMDA 1WSGA 4OLBA 3HP6A 1VSDA 1XWLA 1TL1A 4CEZA 1CXUA 2A1SA 4FW2A 1RTDA 2QKBA 3L2RA 4FJMA 4NYFA 1S1TA 1VSEA 4DQPA 2A1RA 4M3ZA 4NYNA 4PA1A 4E7IA 3OYHA 3NH2A 3T3FA 2BE2A 3V6DA 1JL2A 3L2VA 4JRQA 3DMJA 3I0SA 3TARA 1XC9A 4N47A 3VA3A 4CJ4A 4CF0A 3SI6A 4DU3A 4DSJA 3P5JA 3KLIA 5EU7A 3RRHA 1U45A 4NCAA 4RW8A 4W5QA 2DFFA 2RF2A 4QAGA 3NGZA 2O4IA 2OPRA 2X78A 4JS5A 4BDPA 5HRPA 3KLHA 2G8HA 1KVBA 4CJ3A 2W42A 1IKYA 4IFYA 1QSLA 1EP4A 3CFOA 3L8BA 3AVMA 3T1AA 4B3OA 3LZJA 1NK5A 4CFDA 4B9LA 4C8MA 1RDAA 3LZIA 3NF7A 4PY5A 2B5JA 2P51A 4CK3A 3ZCMA 3MXIA 4E0DA 4QOZB 3K2PA 1BCOA 1X1PA 3LP3A 1KCFA 1RT1A 1UA1A 3THVA 1RT4A 4CJUA 3EY1A 4E7JA 1BQMA 1S9EA 3TAPA 4AHRA 4KHWA 5HRSA 1KFSA 3DRRA 3AVKA 3CG7A 3ZT2A 2ATQA 5HP1A 1ZYQA 5HBMA 3NGYA 1HNIA 2GV9A 2D0CA 3K5LA 2G8KA 1QSSA 4OKKA 3VQ9A 1RBSA 1RBTA 4DU4A 5KGWA 3KK3A 1UOCA 3S3NA 3BDPA 4B9MA 3HPGA 4KHNA 4BE1A 4E89A 1QHTA 3EYZA 3FFIA 1NK8A 2ZD1A 1GOAA 5C25A 2ETJA 3LPUA 1B92A 3NE6A 2IC3A 4I2PA 2XY5A 3TWHA 4FJJA 2KFZA 3E01A 4AHUA 3QIPA 4DQIA 1BL3A 4FM2A 2Z1IA 4IG3A 3HM9A 1U47A 1NJWA 4OVLA 1L3UA 4CHZA 3ZSYA 4ZHRA 1F21A 1NKEA 4W5NA 3P1GA 4FLVA 4CHOA 1NKBA 4DSLA 4KB1A 2HNDA 1HJRA 2E6MA 3V1QA 2G8VA 5SZTA 4CJ5A 3K5MA 1IO2A 1D5AA 1WSJA 4CEOA 3NH0A 1RT5A 3CFRA 1J53A 3K5OA 4LSNA 2Y1JA 4FLUA 4CJEA 1DTTA 3IG1A 4Z4EA 5J2QA 4QCLA 4TSXA 4KREA 4YNQA 3SNNA 3CM5A 1ZBUA 4FLZA 4CEAA 3ZT3A 4O4GA 2EHGA 1TL3A 2G8FA 2YHAA 2X6SA 5C42A 1U48A 3DLHA 1WSIA 3RWUA 3SPYA 4FLWA 3M8PA 1RBVA 1CZ9A 2B4JA 3MEGA 4AHCA 1KRPA 3OS2A 1FK9A 3HVRA 1TK8A 3ISNC 1LWFA 4HCCA 2KZZA 4AHVA 2OZMA 2I5JA 3K57A 3I0RA 1C1CA 4DTRA 3HVTA 3QO9A 4KTZA 1C6VA 4N56A 3AVLA 4Z4CA 3DLKA 2WONA 3QLHA 3QERA 4FJ8A 3PO5A 2YV0X 3AVGA 4DTMA 3LP0A 4KKOA 1HYVA 1DTQA 2YKNA 4DMNA 3ZSOA 2NUBA 3JYTA 3PX0A 5CZ2A 3AV9A 1L3SA 4CJFA 3DLBA 1FKPA 4CF2A 3C6TA 2G8WA 1EX4A 1ZBFA 3C95A 4JS4A 2GUIA 3OS1A 4FJ7A 1CXQA 3NH1A 4C8LA 4Z0UA 4C8KA 1VK0A 4FJXA 4F3TA 2IGIA 1ASUA 4CF9A 5K14A 2HHTA 3VQPA 3QINA 4FVMA 1B9FA 2KW4A 1BHLA 4DQSA 3OYLA 4GW6A 3RR8A 3L3VA 4FK0A 3VQCA 4CGGA 1TK0A 4O5BA 4EP4A 3ZT4A 3KLGA 4DSEA 3V81A 2P5OA 4KHYA 4BE0A 4DSKA 4H4OA 3NFAA 1DLOA 1JLEA 4CJWA 4Y1DA 2R7YA 3SUOA 2IAJA 3ZSQA 1QS4A 5D3GA 1IKXA 4M3TA 4DTSA 2HHXA 1S6PA 3KKSA 5CYMA 5DMRA 4H4MA 3VQ7A 3B6OA 4FLTA 3LP2A 4M45A 1U04A 5E41A 4W5TA 3G0ZA 4OPKA 2D0BA 4KB0A 2JGUA 4R5PA 1WSHA 4F3OA 1XI1A 1S6QA 2HVHA 1VSIA 4RG8A 4BWJA 1C1BA 1I3AA 5JS2A 3V9ZA 3SYZA 3V9SA 2PYJA 4CGIA 3AVFA 3LALA 4CGFA 4CHNA 4HUEA 4Z4FA 1YTUA 4CFAA 3HSTB 1RTJA 1YVUA 4KHSA 4FM1A 1RT2A 4O0IA 5I42A 3IRXA 1JLAA 3HT3A 1HYZA 2XO7A 2OZSA 1B9DA 5HRNA 3LDSA 4DFKA 4DQQA 1W9HA 2IDOA 2ZQBA 1XHXA 4Z4GA 4O55A 4M3XA 3HK2A 4OJRA 2D0AA 5KRTA 4Y1CA 3AA3A 3ZSZA 4AHSA 3KK2A 1Q9XA 2AJQA 2JLEA 4KTQA 4N76A 1KLNA 4J2BA 3DOLA 1O1WA 1EETA 3OYFA 4FLXA 4C8NA 4FJKA 1J9AA 4W5OA 4CGJA 3O3GA 1SL2A 1ASVA 1HRHA 3KLEA 2KTQA 1A5XA 2D5RA 3TR8A 2ITGA 3B6PA 2BDPA 1NOZA 5J2PA 3RMAA 1YTAA 1C0UA 4CIGA 2YKMA 3NF8A 1C1AA 1L3VA 4ELTA 2BGGA 4IBNA 4RW4A 4FJ5A 2XY7A 1TK5A 4FZXC 1WNSA 1HYSA 2XY6A 2GBZA 1HQEA 5KGXA 4G1QA 5KI6A 1Z25A 3CQ8A 2QKKA 2FC0A 4KTWA 3OYIA 4Q5VA 4J2AA 1RCHA 2P5GA 2X6NA 4LY7A 3M8RA 1A5WA 3ALYA 1QSYA 1JLGA 3KLFA 4KAZA 3HJFA 1NJZA 3U6FA 1SKSA 2QXFA 4KI6A 1JKHA 4FW1A 4IG0A 4FJLA 4CJSA 3HO1A 3QEVA 2YHBA 1KSPA 2KZMA 3PUFA 4YFUA 3AVJA 3K58A 2X74A 4E7HA 4DF8A 3TANA 3WNEA 3OYAA 1JXBA 4OKEA 3VQQA 3L2QA 3SQ0A 2HNYA 1UAXA 3OJUA 1LAWA 1RDCA 3F9KA 3ZSVA 1C0TA 2ZE2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NF6A 5M1PA 1ZBHA 3AGRA 2QWMA 1RBUA 4ISGA 2A3ZA 4CHQA 4BDZA 1IH7A 1BA1A 2VCPA 4X64K 3MXJA 4CJQA 3DI6A 3WT0A 2YHYA 4B1ZA 1RDDA 3H3OB 3L0QA 1S1VA 3D2FA 3D2EB 4JLHA 1S3XA 4FJGA 4DLEA 2VQFK 3PX6A 2P9SA 3DJCA 4PL7A 5I3UA 2O8CA 1IG8A 3EZWA 4I7FA 3LANA 1OH5A 4HUFA 4LF4K 1MWKA 2O8EA 4KHQA 3OTOK 3QETA 1DT9A 4YOUA 4DTUA 3EZ5A 3O1BA 1D8YA 4BRFA 3FZFA 1Q8IA 3Q7BA 3ZLJA 3UKUB 4DV7K 4BG9A 1R59O 3SZ2A 4OPHA 1VHXA 4J2EA 3ZX0A 2OPSA 2YNIA 2IS3A 4CBXA 2V7YA 1QQCA 1YAGA 4O44A 5C10A 1N34K 2HW3A 4N41A 2CH6A 3ZSXA 3I55N 2XRIA 4MFBA 4H5NA 5GIOA 4PUOA 3MXMA 1Z26A 4BE2A 4IEIA 5AQWA 3CM6A 3M5RA 5FPEA 4OPJA 1VRTA 3SK3A 1VQ7N 3DXKA 4YDUA 2UXDK 4M3YA 3HPOA 3WNGA 3I8DA 3VQ8A 3GE1A 3P38A 4XH4A 2P9NA 4LFCK 1D4XA 3O8MA 4Z4IA 2P9LB 2DY4A 3IKMA 1OH6A 3UKRB 3CJ7A 4DU1A 2QW9A 4E19A 5BRHA 1X3NA 5C2FA 1RT3A 2RKIA 1ASWA 4DF4A 3T1HK 2HVIA 4B1WB 5E84A 3I56N 3QEWA 2HHVA 3PO4A 1VSLA 3CHWA 3D2FB 4LD0A 3THYA 1WAFA 3R9PA 1YXQA 3RMBA 3ATUA 3DRSA 1TYQB 5AQQA 5M1QA 4LSLA 1YJ9N 3C94A 1JCGA 2Q36A 4B9SA 3HYFA 1E3MA 1VSHA 2O8EB 3A8YA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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