5DK5A

Crystal structure of crn-4-mes complex
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
HCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
publication title Identification of Inhibitors for the DEDDh Family of Exonucleases and a Unique Inhibition Mechanism by Crystal Structure Analysis of CRN-4 Bound with 2-Morpholin-4-ylethanesulfonate (MES)
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
molecule tags Hydrolase
total genus 90
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dk5A01
1HQUA 1HPZA 5DK5A 3QESA 1SUQA 4KV8A 2BE2A 4RW8A 2XY5A 1FXXA 3M8RA 1NK7A 3ALYA 1A5VA 5KGXA 4W5RA 4DTMA 2YHAA 3ZSYA 2ATQA 3B6OA 4CGJA 4WE1A 2PYJA 3DYAA 4HHTA 4FJGA 3EYZA 3SQ2A 1S1UA 4CFCA 1W9HA 3TAGA 3DM2A 2HVIA 4DG1A 3V4IA 4J2AA 1CLQA 3DLKA 3OVNA 3MAQA 3DRPA 3AVJA 4OGEA 2HHXA 1HNIA 1JLBA 2O4GA 5CY4A 3NGZA 3TABA 4CEBA 1KLNA 3DLBA 3VQQA 1VRTA 2FBVA 4UQGA 3CQ8A 3ZT3A 1Q9YA 1YVUA 4DSEA 4HCBA 4O4GA 3KLGA 3S3NA 1TGOA 4CECA 3O3GA 2G8WA 4M3ZA 5JS1A 4CGIA 4B3OA 1WN7A 4CEEA 5FRNA 4F2RA 2X78A 4CHQA 3ZT0A 1MU2A 3QEPA 3SPZA 4E7KA 1QSSA 2KZZA 3LPUA 3AVKA 1L3UA 2PZSA 1NK9A 1RBVA 1VRUA 4M45A 4CESA 3OYBA 5HROA 5D3GA 4OLAA 1XHXA 3LP3A 4B9VA 1TK5A 4NCAA 4JRPA 3AVCA 1BIUA 5CYMA 4B8CA 4FLXA 2XY7A 3QERA 1RTHA 4KFBA 1KSPA 4FJHA 1A5WA 4CF0A 4ELTA 2YKMA 2OPPA 3SUPA 3L3VA 2QK9A 3AO5A 4CK3A 2GBZA 4OPJA 1ASVA 1WLJA 5J2PA 3KIOA 4ZTFA 3KTQA 3D0PA 1RTJA 2OPRA 1BGXT 2AJQA 4DSIA 2BGGA 3HO1A 3L8BA 1U49A 4DQQA 4M42A 4DWIA 3SNNA 3AA2A 2HVHA 3VA0A 4E7LA 4FZXC 1JLAA 4CJUA 1XI1A 1HYZA 1UAXA 3T19A 4E7IA 1RTDA 4DTSA 4KHNA 3QEIA 1C6VA 4LD0A 4CIEA 3TR8A 4CEDA 1D8YA 1NK4A 3AV9A 4IG3A 4Z4GA 3VA3A 4CGFA 5CZ1A 3HP6A 4FJLA 2Z1IA 1SL1A 1KVBA 1QE1A 4ID1A 3WNEA 4QOZB 1WSIA 3PX0A 3HJFA 4KTZA 3CM6A 2FC0A 1SL0A 1JKHA 5HRPA 5K14A 3VQ8A 4CJPA 2BDPA 2RF2A 4NCGA 3KJVA 3HK2A 1UWBA 3MEGA 3WNHA 3SYZA 1ZBFA 1RDAA 1RT6A 4FLWA 3QINA 2HNZA 5J2NA 3S9HA 1ASUA 1W0HA 1RT1A 4KKOA 3V1QA 1T7PA 1VSFA 4J2DA 2YNGA 1L3SA 4FK2A 1REVA 2OZMA 1RBSA 3ZSRA 1VSMA 3U3YA 3RRHA 1N6QA 3HPOA 3RMDA 4CF1A 2X6NA 4R5PA 3C95A 1IO2A 3K5MA 4RW7A 4BDYA 5KGWA 4DTUA 4E3SA 2IC3A 4EZ6A 4JLHA 3V1OA 3DMJA 1WSGA 5T7BA 4FJMA 4FJXA 1TV6A 3F9KA 4O55A 5HRRA 3HXMA 5KTQA 3VQEA 2B4JA 4N56A 3AVNA 4CHZA 4CJFA 2HHTA 3C94A 1WAJA 4I2PA 1U04A 1HNVA 1TAUA 4PUOA 4CJRA 2P51A 3AVFA 4RW9A 1IG9A 2G8HA 3AVGA 1R0AA 1NJXA 2G8FA 3U3GA 3OYDA 2IS3A 2D0AA 4IFVA 5KRTA 3NGYA 3NH1A 1J53A 3KK2A 3TAPA 4RW6A 1NK8A 1RTIA 4OKEA 3V6DA 1EKEA 5HBMA 3JSMA 4FLVA 1TK0A 1ZBHA 4DU4A 4DFMA 3OS0A 4DFJA 3G10A 1SKSA 4KTWA 3O4QA 2A1RA 3PY8A 1JXBA 3KKRA 2VG7A 4RG8A 2Y1JA 4H8KA 4E0DA 4PQUA 3TAEA 4LH5A 1J5OA 4FK4A 1LW2A 2B6AA 3SZ2A 3ZSWA 3QEXA 2X74A 3IAYA 4W5OA 4I7FA 1WSHA 1RILA 3OY9A 2R7YA 4KPYA 1C1AA 4DF8A 4MFBA 4J2BA 4LY7A 3HVTA 3AVMA 4AHTA 1NKCA 4CF9A 4W5TA 4DLGA 3RMAA 3M8QA 3MECA 4IDKA 3NE6A 3JYTA 1I3AA 3L2VA 3SV4A 1KRPA 3OYKA 3SI6A 2F8TA 2KZMA 2XY6A 4FLTA 1RDBA 1SKRA 4DSJA 5HRNA 3FFIA 3ZT2A 2Y1IA 4OKKA 3AA5X 2Z1JA 1TL3A 1BCMA 2HNDA 4K8XA 1UA1A 1RBRA 5HP1A 3NGIA 4B8AB 1TKZA 2HW3A 4DU3A 1NK6A 4FLUA 5DMRA 3DOKA 4KHQA 4CEFA 4Y1DA 2HHVA 4ID5A 5C25A 3K2PA 3OYGA 2IDOA 3LP2A 4O5BA 5JS2A 3SQ4A 1VSDA 3TAQA 4F3OA 1ZBIA 1S1VA 1FKOA 1S6PA 1LAWA 3K59A 1B9FA 4AHSA 4CJQA 1JL2A 3OYHA 1VSKA 4GMJB 1KFSA 4FJIA 3AVIA 1KTQA 1VSEA 3RMCA 3AVBA 3VQBA 1RBUA 4M3YA 2IOCA 3OJUA 3AA4A 2XY8A 1J9AA 3LZIA 4FM1A 2QKKA 2ZE2A 4B9TA 1CZBA 4M3UA 1BQNA 1EETA 2F96A 5FROA 3VQ7A 2OA8A 2PY5A 1BISA 2P5GA 1FK9A 4AHUA 4DMNA 3AO4A 4C8LA 1BI4A 4O0JA 3NH2A 3LZJA 2BANA 3I8DA 1T05A 2FBTA 4DFKA 4QAGA 4CERA 4OVLA 4CJWA 1NK5A 1L3TA 4F4KA 4CJVA 1Q8IA 2DTUA 3OYIA 4KHWA 4FJ7A 2YNHA 3I0RA 2LSNA 3LP0A 1BIZA 3S3OA 4ELVA 4AH9A 4DTRA 3NFAA 3HSTB 3U6FA 3AA3A 4I9LA 4E89A 3OYAA 4FCYA 1ZBUA 1GOBA 2G8VA 1NOYA 3KK3A 5FDLA 1ZBLA 4DLEA 4CF8A 3ZSVA 3PV8A 3AVLA 4W5NA 1U47A 2YNIA 3E01A 3NF8A 4FK0A 3KD5E 3OYLA 3HM9A 3QEWA 3OYNA 4Z4IA 1TAQA 3V9ZA 2HB5A 2KW4A 1S5JA 4HTUA 3LP1A 4HVJA 3QNNA 4CIGA 3KD1E 2VG5A 4KHUA 2DFFA 2W42A 3LPTA 1S9GA 4DTPA 3BDPA 3UIQA 1S1WA 3RWUA 4JS5A 1LWFA 2RN2A 1C0TA 1JLCA 3M8PA 3OYCA 4HUEA 4H4MA 4YFUA 4FM0A 4CJSA 3O3HA 4DQIA 3SQ1A 3IG1A 1JLQA 3KKSA 1NKBA 1NKEA 2IGIA 3O3FA 4K8ZA 2F8SA 1CZ9A 1RT5A 4BDPA 3QEVA 4HCCA 1HYVA 3VQ4A 5CZ2A 4Z4CA 3OYJA 2G8KA 3QIPA 3NBPA 1JL1A 2XRIA 4CJ4A 2ZD1A 4CE9A 2DFEA 4CK1A 2G8IA 4B08A 4E1MA 1KVAA 1G15A 2GUIA 2E6LA 2KQ2A 4O0IA 3I0SA 4AHVA 3PX4A 1EP4A 4FJJA 1A5XA 3NAEA 4CIFA 1DTTA 1WNSA 4EP5A 4BWJA 3OYEA 2KTQA 2DY4A 1O1WA 4E7JA 3K5OA 3LAKA 4E1NA 4M3WA 1RCHA 1L3VA 1X1PA 3SUOA 1Q9XA 4KREA 4CJTA 4PWDA 2GV9A 4KRFA 4CEQA 3SV3A 3THVA 2HMIA 3LANA 1YT3A 3MEEA 4B9UA 4CFAA 4BWMA 4DF4A 4C8NA 3VQCA 3KLFA 1QSYA 2Z1GA 3LALA 4AHCA 2WONA 3ZSXA 4DQSA 2NUBA 1D9FA 3DRRA 1IKVA 3OJSA 3DLRA 4RW4A 3RTVA 2FBXA 1DLOA 1QS4A 2X6SA 4FJ8A 2EX3A 4FW2A 4FM2A 1C0MA 1JLEA 4YNQA 4BACA 3SCXA 1U45A 4OLBA 4KHYA 4CFDA 1Z25A 4F2SA 2HHQA 3NDKA 4FLZA 4HUFA 3EZ5A 3SQ0A 3K5LA 4BE2A 4AILC 3AVAA 4KO0A 3T1AA 3HT3A 3PO4A 3IRXA 1NK0A 4CHNA 3SPYA 4FJKA 4TSXA 2OPSA 3WNGA 1X9SA 4JS4A 1HMVA 1TKTA 1T8EA 5SZTA 1XHZA 3PUFA 1XWLA 3OYMA 3O4NA 2Z1HA 4H4OA 3K57A 1LW0A 1UOCA 4HUGA 3NF9A 1RT3A 3V9SA 2JGUA 4CEOA 1HRHA 1KVCA 4N47A 1C0UA 1B9DA 1TVRA 1RT4A 3DOLA 3OS1A 4DTJA 3TANA 2OZSA 3V9XA 3NF6A 3VQ6A 5E41A 1EXQA 2VWKA 3MXJA 1KCFA 5EU7A 3ZT4A 5I3UA 3MXIA 4M3XA 2P1JA 4KI6A 3CFOA 3RR8A 1I39A 3IS9A 1BCOA 1C1CA 2YV0X 4O44A 4AHRA 4M41A 3TAFA 3L2WA 1WSJA 2HNYA 1TKDA 1SKWA 2PYLA 3V1RA 5FRMA 3AO3A 1BQMA 1NJYA 1LAVA 1WSFA 4EZ9A 2KFZA 4KB1A 4C8OA 1JXEA 1IKYA 1F21A 2E6MA 1YTAA 4KAZA 3DI6A 2YKNA 4KI4A 3C6UA 3T3FA 1QHTA 4DQPA 3NF7A 5HLFA 2XHBA 3HYFA 3TI0A 1X9WA 1NOZA 1YTUA 3K58A 4XIUA 2DFHA 3DLEA 3SUQA 4W5QA 1QTMA 3CG7A 4CHPA 3NHGA 1VSLA 1RDCA 4BE1A 2JLEA 3QO9A 1D5AA 4LH4A 1B92A 1RDDA 4CGHA 4BDZA 4FJ9A 2ITGA 4OKJA 4I2QA 4IBNA 3KLEA 5CYQA 2YNFA 4FYDA 1IH7A 3QNOA 3LDSA 4NYFA 3KLHA 3K5NA 4MQ3A 4B9SA 1NJWA 1QQCA 2IAJA 2RKIA 4E7HA 3L2RA 1U4BA 3V81A 1L5UA 1CXQA 2D0BA 3TAMA 3RMBA 4B9NA 1RT7A 2HHSA 3CFPA 4I9QA 4FLYA 1JLFA 1T03A 3TARA 1ASWA 4DTXA 3RRGA 4FW1A 5KRSA 3HL8A 2RPIA 4DTOA 3LWLA 3A2FA 1Z26A 2QXFA 1RNHA 1S1XA 3ISNC 3WNFA 2B5JA 1NJZA 2P5OA 5J2MA 4Z4HA 4Q5VA 4DQRA 2A1SA 4FZZA 3M8SA 2FBYA 2EHGA 2QKBA 3BGRA 4KHSA 2D5RA 1TL1A 3ZSQA 3AO1A 5C42A 3L2QA 3ZSZA 4N5SA 3HVRA 3S3MA 3OS2A 1XC9A 1RBTA 3AVHA 3P1GA 4OPKA 4DU1A 4DFPA 1CXUA 3QIOA 1VSHA 1WAFA 4KB0A 1J54A 3CYMA 3ULDA 4GW6A 3ZT1A 3P5JA 4CGDA 5C24A 3VN5A 4IFYA 3NH0A 4N76A 2OPQA 1S1TA 4JRQA 3VQPA 1HYSA 3V9WA 4PY5A 3CM5A 4EP4A 3DLGA 4CGGA 1BHLA 4CJ3A 4Z4FA 3H08A 3VQAA 3OYFA 4PA1A 4Z4EA 2ZQBA 2WOMA 4DSLA 3P83D 1D9DA 4DS5A 3ITHA 1TK8A 1SL2A 4FXDA 3VQDA 3DLHA 4IG0A 3ZSOA 3CFRA 4IKFA 1VSIA 1BL3A 2YHBA 4DSFA 4L8RB 3VQ9A 1N5YA 3B6PA 5I42A 2KFNA 1ZYQA 3G0ZA 5SWMA 5KI6A 4KTQA 1SV5A 3HP9A 4M3RA 3PO5A 2OYQA 4NYNA 4FVMA 4J2EA 4GVMA 1VSJA 4CJLA 3PX6A 3KK1A 3F73A 4ZTJA 5J2QA 3C6TA 3EY1A 3MXMA 1K6YA 3MEDA 1RT2A 4NCBA 3DRSA 2ETJA 1U48A 3VQ5A 4Y1CA 4CFBA 5HRSA 3ASMA 4DS4A 4CJEA 3QLHA 4OJRA 4FZYA 1JLGA 3HPGA 4CEZA 3QETA 3HPHA 4CEAA 3L2UA 3L3UA 1EX4A 1ITGA 1S6QA 4CHOA 4M3TA 4OGCA 2G8UA 3NCIA 1S9EA 4N41A 1C1BA 4CK2A 3LWMA 2VWJA 3AO2A 4CF2A 4DTNA 1X9MA 2XO7A 2HHUA 1WSEA 3D45A 1IKXA 4LSLA 4F3TA 1TKXA 4Q0BA 3LAMA 1HQEA 2HHWA 1UA0A 1FKPA 4B9MA 3SUNA 2Q3SA 4C8MA 4CJKA 1LWEA 3KLIA 3V9UA 4ELUA 4E19A 4QCLA 4CHYA 1LWCA 2E4LA 1QSLA 1DTQA 1IKWA 1Y97A 1KLMA 4CCHA 1VK0A 3TWHA 1GOAA 1HJRA 2D0CA 4ZHRA 4LSNA 2I5JA 4CJ5A 3SJJA 4B9LA 4F8RA 1KFDA 5J1EA 3RR7A 1BI4B 4ICLA 4DSKA 4FJ5A 2O4IA 3ZCMA 4G1QA 4FJNA 1GOCA 4BE0A 4C8KA 1LV5A 2VG6A 4Z0UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HQUA 1SUQA 5AQZA 2FF3B 4DTMA 2ATQA 4H0VB 1KXPA 3OTOK 4BRMA 1VQNN 4FJGA 4ISFA 4CFCA 2JWLA 1BU6O 4J2AA 5AQLA 2O8BA 3DLKA 3DRPA 1HJOA 2O4GA 3R3LA 1KLNA 3VQQA 1VRTA 1YVUA 3H1VX 5JS1A 2G8WA 1MU2A 3E66A 1QSSA 3AVKA 4I6MA 1YTUA 1VRUA 1JJ2M 4CESA 5D3GA 1EQYA 3HSCA 4B9VA 1VQ6N 4FLXA 3QERA 4FJHA 3THYA 3CCLN 2UUAK 3D6RA 4OPJA 1ASVA 3T1HK 3L8BA 4DWIA 5AQWA 3MMVA 2E2OA 2CGLA 3LL3A 4BGAA 4B9QA 4E7LA 1JLAA 3QFPA 1XI1A 3T19A 3M5RA 1V4TA 1C6VA 4LD0A 3C6AA 5M1QA 5LMNK 4IG3A 4CGFA 1KVBA 2UXBK 3VMFB 1SL0A 1JKHA 1IBKK 1KAZA 2NLXA 2GWKA 5K14A 3THWA 2P9KA 2BDPA 5LJWA 3MN9A 3A0IX 1RDAA 1RT6A 4FLWA 1OH7A 2HNZA 5J2NA 1ASUA 5AZJA 5B8HA 4FK2A 1RBSA 3U3YA 3VEZA 1N6QA 3HPOA 3RMDA 4A2BA 4R5PA 1HNXK 1IO2A 5KGWA 2IC3A 3ZLJA 4JLHA 5T7BA 1WSGA 4FJXA 2BUPA 3FLCO 1NM1A 3AVNA 3DXKB 1WAJA 1U04A 2YHXA 1VQ4N 4GVEA 1XUPO 3AVFA 4RW9A 4B1YB 4JAXA 2E5LK 3AVGA 1NJXA 1KAXA 4JHDB 3OYDA 3CI5A 3SJHA 4IFVA 3NGYA 1NK8A 5A2QO 1EKEA 5HBMA 3WXLA 3CMEN 4DU4A 4U67L 2P9SA 3TSUA 4QS8A 3ZETB 3LDLA 4RG8A 4E0DA 5AQHA 4FK4A 4YDUC 1LW2A 2O8CB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HQU A;  1SUQ A;  5AQZ A;  2FF3 B;  4DTM A;  2ATQ A;  4H0V B;  1KXP A;  3OTO K;  4BRM A;  1VQN N;  4FJG A;  4ISF A;  4CFC A;  2JWL A;  1BU6 O;  4J2A A;  5AQL A;  2O8B A;  3DLK A;  3DRP A;  1HJO A;  2O4G A;  3R3L A;  1KLN A;  3VQQ A;  1VRT A;  1YVU A;  3H1V X;  5JS1 A;  2G8W A;  1MU2 A;  3E66 A;  1QSS A;  3AVK A;  4I6M A;  1YTU A;  1VRU A;  1JJ2 M;  4CES A;  5D3G A;  1EQY A;  3HSC A;  4B9V A;  1VQ6 N;  4FLX A;  3QER A;  4FJH A;  3THY A;  3CCL N;  2UUA K;  3D6R A;  4OPJ A;  1ASV A;  3T1H K;  3L8B A;  4DWI A;  5AQW A;  3MMV A;  2E2O A;  2CGL A;  3LL3 A;  4BGA A;  4B9Q A;  4E7L A;  1JLA A;  3QFP A;  1XI1 A;  3T19 A;  3M5R A;  1V4T A;  1C6V A;  4LD0 A;  3C6A A;  5M1Q A;  5LMN K;  4IG3 A;  4CGF A;  1KVB A;  2UXB K;  3VMF B;  1SL0 A;  1JKH A;  1IBK K;  1KAZ A;  2NLX A;  2GWK A;  5K14 A;  3THW A;  2P9K A;  2BDP A;  5LJW A;  3MN9 A;  3A0I X;  1RDA A;  1RT6 A;  4FLW A;  1OH7 A;  2HNZ A;  5J2N A;  1ASU A;  5AZJ A;  5B8H A;  4FK2 A;  1RBS A;  3U3Y A;  3VEZ A;  1N6Q A;  3HPO A;  3RMD A;  4A2B A;  4R5P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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