5DK5A

Crystal structure of crn-4-mes complex
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
HCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
publication title Identification of Inhibitors for the DEDDh Family of Exonucleases and a Unique Inhibition Mechanism by Crystal Structure Analysis of CRN-4 Bound with 2-Morpholin-4-ylethanesulfonate (MES)
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
molecule tags Hydrolase
total genus 90
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dk5A01
5FDLA 3QNOA 3MXJA 5JS2A 1QS4A 2B5JA 4DTOA 4ID5A 4QCLA 2IS3A 5FRNA 3U3YA 4FM2A 1BIUA 2Y1IA 3DLBA 4N5SA 4FJLA 4RW8A 1Y97A 2P51A 4FJIA 4KB1A 3ITHA 5KRSA 4CFAA 4LSLA 3V9XA 4HCBA 4KHWA 2HVIA 1NK0A 3NBPA 3IAYA 3LZIA 4DFKA 1RNHA 1U4BA 1QSYA 1SKRA 2OZSA 3DRRA 3CFRA 4O44A 1NOZA 1RBUA 2ETJA 1GOCA 3AVGA 1D9DA 3VQEA 4FJXA 1BI4A 4DF8A 1GOBA 3CM6A 1J9AA 3DYAA 3K5OA 4BE2A 4DLGA 5J2MA 4M3UA 4J2DA 5C24A 1BL3A 3WNHA 4Y1CA 3HT3A 3FFIA 1B92A 4CEFA 1KVAA 2IOCA 3ZSQA 1JLAA 5JS1A 3S3OA 4B9LA 2ITGA 4JRQA 3RMCA 1S1WA 1VSJA 2ZQBA 4IG3A 3VQ4A 3OJSA 2FC0A 2IC3A 1S5JA 1J5OA 2XY5A 3PUFA 1KVCA 1RILA 3NGYA 4CHNA 1ZBFA 1EX4A 4JLHA 4OLAA 1SL1A 4I2PA 4Z0UA 4CECA 1JLFA 3ZCMA 1IKXA 1DTTA 3NFAA 3VQ8A 4CFBA 3NCIA 3KLIA 1RTDA 2HHQA 3AVFA 1JLCA 1UA0A 4CJLA 4DSKA 3OYCA 3OYMA 4DSIA 1ZYQA 1S1TA 3LALA 2AJQA 3HYFA 2OYQA 1WSHA 2PZSA 3U3GA 1RBTA 2YNHA 2KTQA 3MECA 3ZSRA 2HNYA 3KD1E 4DTPA 4C8LA 1XHXA 4DTNA 1BQMA 2X6NA 3QIOA 4O55A 4FZYA 1YTUA 4AHSA 1KFSA 1WSJA 3NGIA 1O1WA 1TAUA 4K8XA 3O3GA 3M8QA 3NHGA 4F3OA 3CYMA 1ITGA 4DF4A 3AO2A 3LWMA 3BGRA 3VQ9A 3NE6A 4FJNA 2X74A 2I5JA 3SUNA 4YFUA 2G8HA 2NUBA 1C1AA 2OPPA 2VG7A 4BWMA 2F8SA 3HPHA 3VA3A 1T03A 1NK9A 3AVKA 3NF9A 3L2QA 3T3FA 4O0IA 5J2PA 3HK2A 4M3RA 3AVNA 4CHYA 1IKVA 4OJRA 3K58A 4Z4EA 3I0SA 2HHWA 1CXUA 1C0UA 4TSXA 3UIQA 4O5BA 1U04A 4CEAA 4E1NA 1WAFA 1KLMA 5DK5A 4M45A 1UOCA 4K8ZA 4C8OA 3HP6A 3SNNA 4I9QA 4FVMA 2D0BA 4CEEA 4FJGA 5CYQA 4RW6A 4BDZA 4KV8A 3AV9A 3ZSXA 5E41A 4RW9A 3VQPA 2D5RA 2G8KA 1TAQA 1UAXA 3O4NA 3U6FA 1Q9XA 2G8FA 1LAWA 3DI6A 1HYZA 3VQ5A 5SWMA 1SL0A 1NK6A 1YT3A 2PYLA 3PY8A 5KGXA 3DLHA 2DFEA 2HNZA 2RN2A 1TL1A 3QINA 4CE9A 1T05A 3QEXA 3L8BA 4KI6A 2JGUA 1RDCA 4N56A 1HRHA 4AHTA 1C6VA 4CGHA 2QK9A 5HROA 1C0TA 1RT2A 4R5PA 3KLGA 1XHZA 3AVBA 1XI1A 1YVUA 3SUOA 4CEBA 1SKSA 4F3TA 4PUOA 5HRSA 4B3OA 1WSIA 1FKPA 4KTZA 3B6OA 4FLZA 3NF7A 3V9UA 4E19A 2Q3SA 1RTIA 3ZT4A 3MXIA 4Q5VA 1WN7A 3AO3A 1IKWA 1BCMA 4N41A 2FBXA 1W9HA 4LY7A 4CF1A 2DTUA 4DMNA 3ALYA 3B6PA 4HUFA 3L3UA 3VQQA 1LW2A 3MEEA 2PY5A 4FJ8A 1VSEA 2DFFA 3F73A 4FJJA 3ZSWA 4CFDA 3HJFA 4DTJA 4DLEA 2P5GA 2JLEA 3SPYA 1N6QA 1REVA 4YNQA 5HRRA 4CJFA 3F9KA 3ZT2A 4CIEA 4CK1A 4IBNA 2GBZA 4CF2A 1N5YA 4J2AA 1QHTA 2D0AA 4FZZA 3NGZA 4GVMA 3AVMA 1J53A 2XY7A 3NDKA 3OS1A 1NK4A 5DMRA 3DLEA 4CJ4A 3SCXA 1EXQA 4MFBA 4NCGA 5HBMA 3V9SA 1VRTA 3HPGA 4DQSA 1NK5A 2GUIA 4JS4A 4FLXA 3LWLA 3OYHA 1B9DA 4CCHA 4OKEA 3SPZA 3O4QA 4KHNA 2OPSA 3AA2A 3ISNC 4CJUA 1WAJA 2YV0X 4CJPA 2D0CA 1R0AA 4B9NA 1BQNA 2KW4A 3QO9A 3CG7A 3V9ZA 4CF8A 4AH9A 5HP1A 1RDAA 4F4KA 4ICLA 3HVTA 5KGWA 4AHRA 3LZJA 3SV3A 1X9MA 4DQIA 3P83D 3MXMA 5FRMA 3PX4A 1BCOA 1WNSA 3LP2A 4CERA 2XO7A 3HVRA 3RMBA 3S9HA 5I42A 4ZHRA 1TGOA 3AVLA 5HRNA 3RWUA 3LAMA 1RCHA 3KLEA 1SL2A 4E0DA 1TL3A 3K57A 3KK2A 1QSLA 3VA0A 5D3GA 3VQDA 1RT6A 4CJTA 1NJWA 3TI0A 1LV5A 5KTQA 3TAMA 2HB5A 4DU1A 4CJQA 4CJSA 1JLGA 2RPIA 1ZBIA 4OGCA 1ASWA 3LP0A 4RW4A 1NK8A 3LAKA 4KB0A 4FM1A 4IKFA 1VSIA 3RR8A 1SV5A 4PQUA 1I3AA 1S6QA 3OYFA 3TAQA 4I9LA 1J54A 4M41A 4E7IA 1NKEA 4FJ7A 4FLUA 3TR8A 1LWCA 1ZBUA 4CESA 2YKMA 2HNDA 3C95A 3SUPA 1TK8A 3ASMA 1VRUA 3AA3A 4OKKA 1WSFA 4DTUA 1FK9A 4I2QA 1TKDA 2X6SA 4J2BA 3OY9A 3QERA 3V4IA 2HHSA 5I3UA 2E6MA 2A1SA 3NAEA 2KZMA 1T8EA 4DWIA 4M3TA 2QKBA 3AVHA 3TWHA 1JLBA 1D8YA 4BE0A 3VQAA 2G8IA 4Z4IA 4FLWA 1NJZA 1IG9A 4CHZA 1VK0A 2BANA 3V1QA 3DOLA 3V6DA 3D0PA 3AVCA 3T19A 1D9FA 4FJHA 3KJVA 4OLBA 3E01A 3TANA 4J2EA 1D5AA 1U48A 3ZSOA 5CY4A 2WOMA 4CGIA 4DG1A 2Z1IA 4M42A 4DFPA 3PO5A 1BHLA 1HNIA 5T7BA 2F96A 5SZTA 4KHUA 4Z4CA 1L5UA 4FLYA 3TAPA 4DSLA 4IFVA 1LAVA 1XC9A 1GOAA 4W5QA 3OYAA 4DTRA 3ZSZA 3LP3A 3AVJA 3V9WA 1C1BA 4H4MA 4CJEA 1SKWA 1KSPA 4KRFA 1FXXA 3DMJA 1HPZA 2ATQA 4EP4A 1CLQA 1QQCA 3OYDA 2BGGA 4W5NA 3AVIA 4Z4FA 2YKNA 1EETA 4FLTA 2G8VA 4IDKA 3QEPA 3K59A 3QIPA 1VSKA 1HYSA 1BGXT 4FZXC 1JL2A 4CIFA 3CM5A 1ASUA 1L3SA 1QSSA 4M3YA 2EX3A 3D45A 3LPUA 1RBVA 2IGIA 4E7HA 3TABA 4KPYA 4FK4A 1KRPA 2ZD1A 2FBVA 4B9VA 2HVHA 4HHTA 1C0MA 1U49A 3EZ5A 4EP5A 4BDYA 4FK0A 2XHBA 3HPOA 1RT4A 3SQ2A 1FKOA 3CQ8A 2QKKA 3TARA 2BE2A 4HCCA 4N76A 3WNEA 4KREA 3IG1A 3OYKA 3PX6A 2YNFA 2OPRA 3KIOA 4KKOA 3L2RA 1C1CA 4FXDA 1RTHA 1L3UA 3RRHA 1RDBA 4B9MA 2HMIA 4L8RB 4MQ3A 4B08A 4ELUA 4OVLA 4DU3A 4C8KA 3NF6A 2FBTA 3QEIA 1W0HA 3M8PA 4FM0A 2HHXA 4NCBA 3KKRA 4ZTJA 3KK1A 4PA1A 3ZT3A 4ELVA 3AVAA 4EZ9A 3NH0A 4QAGA 2R7YA 4B8AB 1RT5A 2VG5A 3KLFA 1X9SA 1EKEA 1WLJA 4M3WA 3RRGA 2Z1JA 1ZBHA 1F21A 4CGDA 5J2NA 1YTAA 3SUQA 2HW3A 2XY8A 3V1RA 3M8SA 3QETA 3IS9A 1L3TA 4DFJA 1CXQA 4N47A 2W42A 4CGFA 1L3VA 2Z1HA 3RTVA 3ZT1A 1KCFA 4DSJA 2P1JA 4CEOA 4HTUA 3LPTA 2LSNA 1TK5A 1NKCA 2KFZA 3IRXA 3LDSA 1Q9YA 4KHYA 3SQ1A 1EP4A 3NH1A 4PWDA 5C25A 4Q0BA 5C42A 3OYEA 4OPJA 3WNGA 4KHQA 4B8CA 4CJVA 1T7PA 3DLRA 4E3SA 1TV6A 4RW7A 5J1EA 4GW6A 4Y1DA 3QNNA 1WSEA 3THVA 1RT7A 4I7FA 3QEWA 4CEDA 4E7JA 3BDPA 1RTJA 3DLKA 3VQ7A 3DOKA 4KTQA 4C8MA 2IDOA 3G0ZA 4AHCA 1A5XA 3QESA 1CZ9A 4O0JA 2KQ2A 2OPQA 1RBRA 4AHVA 3RMDA 3K5LA 1RT1A 4JRPA 4EZ6A 1S9EA 4OKJA 3K2PA 1A5VA 1JL1A 4FW1A 5HRPA 1U47A 3I0RA 2HHTA 3P5JA 4OPKA 2O4GA 1TVRA 3P1GA 3RMAA 3KKSA 1BISA 4E7KA 1HMVA 1G15A 1SUQA 4DS4A 1KVBA 2HHVA 3C6UA 1RT3A 1BI4B 4KFBA 3AA4A 1HQEA 2X78A 1NKBA 1S1UA 3ULDA 4M3ZA 4FLVA 1CZBA 2KZZA 3HO1A 4CHPA 3RR7A 2E4LA 2OZMA 1A5WA 4O4GA 3ZSVA 3OS0A 4CF9A 1JLEA 1TKTA 4CHQA 4XIUA 3SQ0A 4PY5A 3OVNA 4FW2A 2WONA 1NOYA 4CK3A 4DQRA 1X1PA 2YHBA 4KO0A 3OYIA 4LSNA 3VQCA 2KFNA 3WNFA 1VSLA 3V81A 3L2WA 3EYZA 3TAGA 4F2SA 3DRSA 3OYGA 1TK0A 4DU4A 3O3FA 3JYTA 3DRPA 3TAFA 4DTMA 1KTQA 1RDDA 4CGGA 4BACA 4DQPA 5FROA 1DLOA 1TKZA 4W5TA 4FJMA 5CZ2A 1K6YA 2QXFA 3G10A 1X9WA 2XRIA 4NYFA 3LANA 4CF0A 5KRTA 3OS2A 1QE1A 1VSMA 2VWKA 2Y1JA 1JLQA 2RKIA 3K5NA 4C8NA 4CJ3A 3O3HA 1B9FA 4BE1A 4KI4A 3OJUA 3T1AA 3M8RA 3HSTB 2EHGA 4WE1A 1UA1A 4FJKA 4HUEA 4IFYA 2OA8A 3QLHA 1KFDA 5J2QA 1NK7A 1S9GA 3MAQA 1VSHA 3HP9A 4HUGA 2PYJA 1UWBA 4CEQA 1HNVA 1VSDA 1HYVA 3H08A 4LH4A 3SV4A 4ZTFA 2A1RA 4BDPA 4DFMA 1JXBA 3SZ2A 4LH5A 4Z4GA 1KLNA 1U45A 1XWLA 3A2FA 3S3MA 2B4JA 4FJ5A 3HM9A 1IH7A 4H4OA 3NF8A 3VQBA 1HJRA 4FK2A 1DTQA 2VG6A 2VWJA 3AO1A 4IG0A 3I8DA 1LWFA 1Q8IA 4DSFA 4B9TA 2IAJA 1IO2A 5EU7A 1RBSA 3VQ6A 4E1MA 4UQGA 3K5MA 1NJXA 4NYNA 3TAEA 3L3VA 3PO4A 1IKYA 4CGJA 2P5OA 4M3XA 4HVJA 4RG8A 3HL8A 2G8UA 1BIZA 3CFOA 3OYJA 1S1VA 1JKHA 3JSMA 4Z4HA 4E7LA 2O4IA 3OYLA 5CZ1A 3V1OA 4DSEA 3SI6A 4JS5A 2YHAA 2G8WA 1I39A 4G1QA 3MEDA 5KI6A 4CFCA 3CFPA 4DTXA 3KD5E 1Z26A 3KLHA 4CK2A 3L2UA 2F8TA 3L2VA 5HLFA 3AO4A 3AO5A 4DTSA 3EY1A 1QTMA 4ID1A 4CJRA 1ASVA 4FYDA 1HQUA 4DQQA 2RF2A 4CHOA 4QOZB 3C6TA 4AILC 1WSGA 1MU2A 1NJYA 2FBYA 1Z25A 3S3NA 3QEVA 3SYZA 4BWJA 2XY6A 3SJJA 2Z1GA 4KAZA 3DLGA 4GMJB 1VSFA 4LD0A 4AHUA 2DFHA 4KTWA 4CEZA 1ZBLA 3ZSYA 4B9SA 3SQ4A 1TKXA 4F2RA 5K14A 3PV8A 4CIGA 5CYMA 3KTQA 2DY4A 4W5RA 1LWEA 4KHSA 3MEGA 4H8KA 4DS5A 2B6AA 3HXMA 2GV9A 3VN5A 1S1XA 4NCAA 4CJKA 4FCYA 2YNIA 4CJWA 4ELTA 3DM2A 2HHUA 4E89A 4FJ9A 1LW0A 4CJ5A 3PX0A 2BDPA 3C94A 3ZT0A 3OYNA 4OGEA 3KK3A 3LP1A 1S6PA 3NH2A 2E6LA 3AA5X 3OYBA 4B9UA 1JXEA 4F8RA 4W5OA 2YNGA 2ZE2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CGKA 5FDLA 1LOTB 4A2BA 5BRFA 3QMLA 4ID5A 1IBLK 4JKDA 4FM2A 4G9ZA 2RHKA 2P51A 3ITHA 4CFAA 4LSLA 2HVIA 1NK0A 4DHYA 3LZIA 1SKRA 1OVQA 3FZMA 4FWNA 3ZX0A 3HI0A 4H5VA 4ISEA 3E1YA 3K5OA 4BE2A 5J2MA 5ADXH 4J2DA 3DJCA 3WNHA 4Y1CA 2FSKA 2IOCA 1JLAA 4B9LA 3EO3A 3CJ1A 4H03B 3PIPL 4CZEA 1S5JA 4IOCL 1KVCA 3GDQA 1SL1A 4CECA 4KH4A 1NGAA 4YOWA 1DTTA 4CFBA 1RTDA 3CCSN 1NJIO 4FPAA 1JLCA 2A5XA 4CJLA 4DSKA 4BGAA 5EY4A 2HOEA 1S1TA 4EFHA 4OX9K 2OYQA 3U3GA 3FR0A 2IVOA 3MECA 4C8LA 5E84A 1GLBG 4DTNA 3CD6N 1BQMA 3LDLA 3QIOA 4JI4K 4QS9A 2ZM6K 1KFSA 3M5RA 4IEEA 2ZJRL 3NHGA 1YI2N 4F3OA 4YDUC 1XNRK 3VQ9A 1DEJA 2X74A 5M1NA 4WQ4C 4YFUA 4WCEL 3D2FB 2VG7A 1WOQA 4YOVA 2P9SA 2F8SA 5M1OA 1E4GT 3FGUA 4OJRA 3K58A 2QWMA 1ATSA 1KLMA 3D2EB 4M45A 1UOCA 4K8ZA 3HP6A 4RW6A 4BDZA 3VQPA 3O4NA 4KPYA 5SWMA 3PY8A 3MK6A 5KGXA 4CZLA 2PBDA 2QW9A 4CE9A 1IBKK 4Z94A 3L8BA 3QEXA 4H5NA 4N56A 3ATVA 3CQYA 3H45C 3TSQA 3KLGA 1Q81O 3AVBA 4F3TA 1YVUA 3DXMB 4IZ9A 1WSIA 4B3OA 1FKPA 1BG3A 3ZT4A 3J80O 2F9TA 1GLEG 4CF1A 4B9QA 3ALYA 3L3UA 3VQQA 3MEEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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