5DK5A

Crystal structure of crn-4-mes complex
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
b'HCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of Inhibitors for the DEDDh Family of Exonucleases and a Unique Inhibition Mechanism by Crystal Structure Analysis of CRN-4 Bound with 2-Morpholin-4-ylethanesulfonate (MES)
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
source organism Caenorhabditis elegans
molecule tags Hydrolase
total genus 90
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dk5A01
1BIZA 1NK7A 2PZSA 4CEOA 2XY7A 2Q3SA 3SNNA 3T3FA 2F96A 3ZSYA 3ZT4A 3AVJA 4CF9A 1S6PA 2X6SA 4LSLA 3ZSZA 1RT2A 4O0JA 4JRQA 3SUNA 1QHTA 4PY5A 1JLCA 4DG1A 2KFNA 5FROA 3SUOA 5J2PA 3MECA 4HTUA 4L8RB 3OJUA 2IDOA 4CJEA 4CF1A 4ELTA 1CZ9A 4CJUA 1A5VA 4N41A 2EX3A 3OYBA 3SZ2A 2A1RA 2HVIA 1VSDA 3DRRA 1RTDA 4J2BA 1C1AA 4CGDA 3KJVA 2FBXA 3QIOA 2OPPA 3ASMA 3IG1A 3L3VA 1RBTA 1BCMA 3L2QA 1BQMA 3TAQA 1C1BA 2QKKA 5HP1A 2G8FA 1SUQA 4W5QA 2YNGA 3OYGA 3G0ZA 4DF4A 3KLHA 1BCOA 1LV5A 3KLEA 4FLZA 1I39A 1RT3A 3SUQA 3RR8A 4FJIA 4B08A 4I9LA 1KRPA 3V9UA 5E41A 4KFBA 4AHRA 3OY9A 3TABA 3VQ4A 4DQSA 2PYLA 2QKBA 4EZ9A 3VQ6A 1L5UA 4BDPA 3B6OA 1RTIA 4DQIA 3RR7A 4GW6A 4FM0A 3SUPA 1TV6A 1C0TA 3DLEA 3NFAA 1LAWA 4TSXA 1RDAA 3LDSA 1S1XA 4LD0A 4CHPA 4E19A 4CK3A 3HJFA 5FRNA 4B9MA 2OZMA 1QE1A 3OYKA 3O3GA 3NHGA 3ALYA 4OGCA 3TANA 3MXMA 1TK5A 4KHUA 1VK0A 1CLQA 1U49A 1U48A 2FC0A 3MEEA 4CGIA 3OYLA 4KB1A 3DLGA 4CJQA 5SWMA 2HHXA 4M3WA 1JLEA 2KZZA 3KK3A 1XHXA 4F2SA 1HNVA 4M45A 5KGWA 4M3RA 3HVTA 1C0MA 2E6MA 4CK2A 4FM1A 3PX6A 4DQRA 4E89A 1VSIA 3M8QA 3QLHA 1BI4B 3O3HA 3AVGA 4CJRA 1JXEA 2VG7A 3UIQA 4NYFA 4OKEA 5HRPA 3SV4A 4DTJA 1ZBHA 3JYTA 4OJRA 2VWJA 3LANA 5J2QA 4DFMA 3MXJA 3CFRA 1YVUA 3OS2A 4PA1A 4PUOA 1KCFA 3ISNC 4KTZA 4CCHA 1D5AA 1SKRA 3VQ7A 3HPHA 3TARA 3L2WA 1Z25A 4J2AA 3ZSOA 2DTUA 4MFBA 3LALA 3MEDA 1U4BA 4AHCA 1RNHA 5CYMA 5HLFA 4CEAA 4C8MA 4FXDA 3K5MA 3WNEA 3D0PA 4N76A 4O44A 1IKWA 3JSMA 3V9XA 4CJLA 2ITGA 5KRTA 1R0AA 2I5JA 1C1CA 3NDKA 5D3GA 1S1TA 4HUGA 4W5NA 4CEZA 4HHTA 4KREA 4CGJA 2YHBA 1HYZA 4ZHRA 4DWIA 2HHVA 3HYFA 4Y1CA 3AVBA 5EU7A 1NKCA 4KHSA 4ELVA 1NOZA 3LPTA 1EXQA 1TKXA 3VQCA 3NE6A 3K5NA 2G8WA 2Y1IA 4DSKA 2HNYA 2Z1GA 3O3FA 4FLXA 5JS1A 2XHBA 2IAJA 1RBSA 3V1OA 3K57A 5SZTA 1WSEA 4ID1A 3K58A 3CFPA 1HMVA 2XY6A 4CGFA 1BQNA 3F9KA 1GOCA 2D0BA 4DU3A 1NK4A 1LWCA 3QIPA 1J5OA 2OYQA 4F3TA 2KQ2A 3RTVA 4C8OA 4E7LA 1QSSA 4DU4A 3CFOA 4DQPA 4KTQA 1YTUA 4F3OA 2G8KA 1ZBLA 4DF8A 3QEPA 4FLYA 2WOMA 1QTMA 4LSNA 2A1SA 3NF7A 3SQ2A 5HBMA 4FW1A 1NKBA 4F8RA 2P1JA 4OKJA 4FYDA 3ZSWA 3QNOA 3DMJA 4RW7A 1NKEA 2VG6A 3KIOA 4Z4HA 3PX0A 5KI6A 3K5LA 2ZQBA 1S5JA 1JKHA 3DLHA 2HW3A 1LW0A 1WSIA 5KTQA 1NK8A 3QERA 2OA8A 3DLBA 4FCYA 1L3SA 5DMRA 4JS4A 1Q9XA 4Q0BA 1HPZA 4DTPA 3L2RA 1S1WA 3L8BA 4JRPA 3PX4A 4IFYA 4K8ZA 2HHTA 1U45A 1KLMA 4FJKA 2JLEA 2NUBA 3IS9A 1HJRA 4LH5A 3C94A 3LWMA 1U47A 3CM5A 2KFZA 3LAMA 2KZMA 1T03A 2O4IA 3TWHA 3AVLA 1UA0A 5I42A 1ASWA 1VSFA 4H4MA 5I3UA 3HXMA 1TKDA 3AO2A 3V6DA 4KHWA 5CY4A 3AA3A 3K5OA 4FJ9A 2W42A 4LH4A 3M8SA 1ASVA 1SV5A 5CZ1A 4XIUA 4FK2A 3CM6A 3OYFA 4CHQA 4E7IA 4OLAA 3QESA 4KHQA 1WSJA 1RT4A 4YFUA 4KHYA 3AVHA 3LPUA 4QAGA 1TK8A 2DFEA 4IKFA 3HK2A 1YTAA 4B9VA 3AO3A 3TAEA 2RF2A 4KO0A 2BDPA 4B8AB 1TAUA 3AA2A 4OLBA 3HT3A 3HPOA 4B9SA 4ZTFA 3C95A 4UQGA 1REVA 3KK1A 3NGZA 3ITHA 1LW2A 3LP3A 4CGHA 4EP5A 3F73A 5KGXA 1D8YA 1JLGA 4ZTJA 1IO2A 1RDCA 3DLRA 2RKIA 1C6VA 4HVJA 4OGEA 3DOLA 4CFBA 4BE2A 1QSYA 1B9DA 1UWBA 3V81A 2QXFA 3SQ4A 2GBZA 1C0UA 4CEQA 1XC9A 2KTQA 4RG8A 4FK4A 1KTQA 2YNHA 1FKPA 1XI1A 2YV0X 1WAJA 3QINA 3QEVA 3RRGA 4B9TA 3KD5E 3C6TA 4B8CA 4DSJA 1NK5A 1EP4A 3KLFA 3TAPA 1SKWA 1IG9A 2PY5A 1S1UA 4DTXA 2IC3A 4CF2A 4CFCA 4Z4CA 4KI4A 4O55A 2B4JA 3P1GA 2FBYA 4CEBA 4CJ3A 5CYQA 2XRIA 4FLWA 3ZT1A 1O1WA 2G8IA 1IKYA 4FVMA 1JLAA 1S6QA 4F4KA 5HROA 2XO7A 1TL3A 4HCBA 3B6PA 1L3VA 4OVLA 1K6YA 1RT1A 1ZBUA 3H08A 1ZYQA 1BIUA 1BHLA 1LAVA 3V9WA 3OYHA 1HYSA 4B9NA 3OYNA 3NH1A 3NGYA 3S9HA 3BGRA 3ZSQA 4FJGA 4FJXA 4BDYA 1WN7A 1ITGA 4CK1A 1TAQA 4AILC 3S3MA 4M3TA 3SPYA 3VQ9A 1EX4A 1CXQA 5T7BA 2B6AA 2HNZA 2OPRA 3LWLA 4J2DA 3AVCA 3ZSXA 4DSLA 1RT7A 4CESA 4OPJA 4DS5A 2XY5A 4NCBA 1FK9A 3M8PA 4KRFA 2AJQA 4Y1DA 1D9DA 1X9SA 3AVFA 4PWDA 1NJWA 3D45A 4NCGA 1F21A 2YKNA 3I8DA 3L2UA 3KD1E 1QS4A 4EP4A 4IDKA 2PYJA 5KRSA 1TL1A 5FRMA 1HYVA 3P83D 1GOAA 3ULDA 1VSLA 3U3GA 3HO1A 3M8RA 3SJJA 3EY1A 4M3YA 4DTSA 1BL3A 5C42A 4N56A 5C24A 1G15A 3CQ8A 4QCLA 1HQEA 4CHNA 1RTJA 4Q5VA 2FBVA 3VQEA 4CE9A 4DSEA 3TAGA 2E4LA 4FM2A 3OYIA 4I2QA 2IGIA 4CFDA 2HB5A 1WSGA 1TK0A 3V4IA 3BDPA 1TKZA 1EETA 4B9UA 2VWKA 1WAFA 1NK6A 1HRHA 3VQBA 4N5SA 4ID5A 1QQCA 4AHSA 2LSNA 3DM2A 4AHVA 4E7HA 4M42A 2B5JA 4KV8A 4M3ZA 2RPIA 2HHWA 3DRSA 3NF8A 2VG5A 3HSTB 2RN2A 3DLKA 1UAXA 3OYEA 4WE1A 4DU1A 1MU2A 3U6FA 1SL0A 3L3UA 5DK5A 3KLIA 3LZIA 2GV9A 2R7YA 2G8UA 3SPZA 5J2MA 4W5TA 1B92A 4Z4EA 2HHUA 1KFDA 1NK0A 3LP2A 2ETJA 3ZSRA 1SL1A 4KAZA 1Y97A 1UOCA 3WNHA 4MQ3A 4DFKA 3HL8A 3I0RA 3SYZA 1J54A 5C25A 4DLEA 3C6UA 3QEWA 4AHTA 3AV9A 3OYMA 3OYCA 4DSFA 3RRHA 1JLBA 3QO9A 4IBNA 1S1VA 1T7PA 4IG3A 4BE0A 4CHZA 3VA0A 1Z26A 4O4GA 1N5YA 4ICLA 2D0CA 3TAMA 4C8KA 3WNFA 3THVA 1W9HA 5FDLA 2KW4A 1TGOA 4E1MA 3KKRA 3VA3A 4OPKA 2QK9A 3DYAA 3A2FA 4FZYA 4FJLA 4CJKA 1SL2A 4M3UA 4N47A 3K2PA 1FKOA 1QSLA 4F2RA 1BI4A 2IOCA 2D5RA 3AO1A 1X1PA 2E6LA 4O5BA 4CHOA 3KLGA 5J2NA 1A5XA 4CJVA 2HVHA 1S9EA 2OZSA 1XWLA 3VQPA 4W5RA 3E01A 3NH2A 3RMCA 4W5OA 4E3SA 1D9FA 3QEXA 3RMDA 4B3OA 2FBTA 4CEFA 1VRTA 4E0DA 4JLHA 4DTMA 1ZBIA 3LZJA 3PY8A 5HRNA 3L2VA 1RBVA 3RMBA 4KKOA 2WONA 1W0HA 3RMAA 1NK9A 2G8VA 3O4QA 3ZSVA 4DTRA 1JLQA 4FJHA 2BGGA 2YKMA 5K14A 4BE1A 1UA1A 3CG7A 3V9SA 3ZT3A 4O0IA 3KTQA 4HCCA 3AA4A 3MEGA 1KLNA 3NH0A 5JS2A 4Z4GA 4KB0A 1DTTA 2OPQA 2OPSA 3PO5A 1CZBA 4RW4A 1JXBA 1YT3A 4RW9A 3EYZA 1JL1A 3KKSA 4CIEA 4AHUA 4CEDA 3AO4A 4R5PA 3K59A 4DLGA 3T1AA 4RW6A 4CF8A 4CIGA 4BDZA 4FLUA 3VQQA 4DSIA 4GMJB 4DS4A 2Z1JA 4KHNA 4DMNA 3EZ5A 4CHYA 4CGGA 3NAEA 4JS5A 3VQ5A 3MAQA 3T19A 4HUEA 4HUFA 4DFJA 3RWUA 1Q8IA 4KPYA 2Z1IA 3KK2A 3TI0A 4B9LA 1NJZA 4NCAA 2JGUA 4AH9A 1U04A 4J2EA 4FJ7A 1SKSA 1Q9YA 4I7FA 4G1QA 4E7KA 4CJWA 1S9GA 1ZBFA 4CJTA 3LP0A 3PV8A 1VSHA 1KSPA 1I3AA 1VRUA 3WNGA 1IKVA 1X9WA 4FK0A 4E1NA 3I0SA 3OYAA 2YHAA 1LWFA 3HP9A 4M41A 3QEIA 2YNIA 4FJ5A 1RBUA 4RW8A 4EZ6A 3OS1A 4DTNA 3NBPA 1T05A 4DQQA 1L3TA 3TAFA 2Y1JA 3HM9A 2P5GA 3S3OA 4NYNA 2ATQA 2ZE2A 4BWMA 4CECA 5CZ2A 3OJSA 1N6QA 4ELUA 4FJMA 3NF6A 3DOKA 1ASUA 3V1RA 3HVRA 3IAYA 3DI6A 1HNIA 1EKEA 2HHQA 4CJ5A 3AVMA 1RT5A 2D0AA 2X6NA 2G8HA 1GOBA 2DFHA 1BISA 1WSHA 3U3YA 2XY8A 4QOZB 2YNFA 3O4NA 3LAKA 1RCHA 3CYMA 4CIFA 1RDBA 3NGIA 4FLTA 4M3XA 4PQUA 1KVBA 1L3UA 2P51A 4BWJA 2BE2A 4H4OA 3OVNA 4CERA 4DTUA 2ZD1A 2F8TA 4H8KA 1WLJA 3G10A 1J9AA 2EHGA 3VQDA 1XHZA 3AVIA 1HQUA 1A5WA 1CXUA 1VSJA 3OYJA 1WNSA 1VSMA 1KVCA 4GVMA 4C8NA 3NF9A 3ZT0A 3PUFA 4YNQA 1WSFA 1NJXA 1J53A 3ZCMA 4DTOA 1X9MA 3TR8A 3AVKA 1JLFA 3VN5A 4FJJA 3OS0A 4CFAA 2BANA 1BGXT 1KFSA 4C8LA 1IKXA 4Z0UA 2F8SA 3HP6A 3AO5A 3SQ1A 3PO4A 1NJYA 2DY4A 4E7JA 3V1QA 4IFVA 3SQ0A 3AVAA 2O4GA 4K8XA 3IRXA 3QETA 3SCXA 4FJ8A 2P5OA 1DLOA 4FLVA 4FZZA 3OYDA 3LP1A 1VSKA 4CJSA 1IH7A 1B9FA 2X78A 4FW2A 2GUIA 3AA5X 3AVNA 3VQAA 5J1EA 4BACA 1RBRA 4CF0A 1T8EA 2HMIA 1VSEA 1NOYA 2IS3A 4FJNA 1KVAA 4I9QA 3V9ZA 1FXXA 4CJFA 4DFPA 4Z4FA 3QNNA 3HPGA 1LWEA 2DFFA 4FZXC 3MXIA 1TVRA 4OKKA 4CEEA 4CJ4A 1RILA 2HHSA 2Z1HA 1JL2A 1RT6A 3ZT2A 4LY7A 1TKTA 3NCIA 4IG0A 3FFIA 2HNDA 3P5JA 5HRRA 1RDDA 4CJPA 3SV3A 3DRPA 1DTQA 1RTHA 4I2PA 3S3NA 3SI6A 4Z4IA 2X74A 3VQ8A 4KI6A 5HRSA 4KTWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BIZA 1E4FT 2XY7A 3T3FA 1OVYA 4A2AA 2BH1A 4O0JA 3SUNA 1QHTA 3G25A 2KFNA 2J4RA 5J2PA 3MECA 4B1XB 2IDOA 4ELTA 1JJ2M 5AQPA 3MWTA 4O8KA 2HVIA 3SZ2A 2A1RA 1RTDA 4CGDA 2FBXA 3QIOA 3L2QA 1BQMA 5KPZA 1YJNN 4EHUA 5BRFA 4W5QA 2YNGA 2W41A 5TKYA 3G0ZA 3CJ7A 4JKFA 4RTFD 3Q7BA 2A41A 4KFBA 3OY9A 3R6MA 3G71N 2PYLA 1NBWA 3VQ6A 4BDPA 4DQIA 4IOAL 2O8EA 3C0BA 1C0TA 3NFAA 1S1XA 5FRNA 5JVHL 4B9MA 2OZMA 3O3GA 3ALYA 4OGCA 3SMPA 1QZ6A 5SWMA 1VQ5N 2UXCK 2HHXA 3UB5A 5KGWA 4M3RA 4CK2A 2NRVA 3VGKA 1VSIA 3M8QA 4K43A 3ZX2A 4OO1J 5AFUH 1ZBHA 5J2QA 4DFMA 1YITN 3ISNC 4KBOA 5AQMA 4LF6K 3TARA 5BR8K 3U9ZA 3ZSOA 3MEDA 4CVNE 1U4BA 5HLFA 3CPWM 1NGJA 1Q86O 4O44A 1IKWA 5AQSA 4CJLA 5KRTA 3O9RA 5D3GA 5C10A 4HUGA 4HHTA 1HYZA 4DWIA 1NKCA 1EXQA 3IUCA 4CZHA 2Y1IA 5AQGA 5JS1A 3R1XA 2YHWA 4ID1A 2XY6A 3EE8A 1BQNA 3CCLN 3O8MA 1NK4A 2OYQA 4WF9L 4M63C 3CFOA 2ZJQL 4DQPA 1GLAG 1YTUA 3VETA 1ZBLA 5AQHA 2WOMA 4DR5K 5EOYA 5AZIB 1QTMA 5M1PA 3NF7A 3SQ2A 3VF4A 2OTJN 2QI2A 4FYDA 2VG6A 3PX0A 5KI6A 1WUAA 2ZQBA 3ATVA 4YOUA 5EX5A 4KHPK 5F2RA 5M1KA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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