5DK5A

Crystal structure of crn-4-mes complex
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
HCPFDTLLILDFETTSDAANQDYPCEVIQFAIVAYDVPNDKIREDISFNKYVKPVLNRTLTKNCVDFTGIPQRSIDTADTFDVVYEQFQQWLITLGLEEGKFAFVCDSRQDLWRIAQYQMKLSNIQMPAFFRQYINLYKIFTNEMDRMGPKELSATTNIGKMNEYYDLPTIGRAHDAMDDCLNIATILQRMINMGAKVTVNELLTCCASWRRQPLVYNKEWRSSFMDAGKIFERVLPLVVTTIRAGDFRLEMYGVCRYCRKGMDVCGTSHQQTPHDLYKNEEDPIHFAKIAGYY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Caenorhabditis elegans
publication title Identification of Inhibitors for the DEDDh Family of Exonucleases and a Unique Inhibition Mechanism by Crystal Structure Analysis of CRN-4 Bound with 2-Morpholin-4-ylethanesulfonate (MES)
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell death-related nuclease 4
total genus 90
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dk5A01
1VRTA 1JXBA 1KTQA 4H4OA 3AA5X 2Y1IA 1HYSA 5CYMA 3AVNA 1IKVA 1RT6A 4CESA 4CJVA 4FJXA 4NCAA 2IAJA 4LH5A 1TV6A 2KFNA 2ZQBA 4H8KA 3VQPA 1XI1A 1NKBA 4J2BA 2HNZA 4GVMA 4J2AA 4CJRA 4HUEA 3I8DA 2FBYA 4K8ZA 3NGZA 1Z26A 3QERA 1TKTA 1CXUA 2WOMA 3TANA 4C8OA 1VSMA 4C8NA 1YVUA 3VA3A 1KSPA 4W5OA 1QQCA 4FJ5A 4M3YA 3EYZA 1VSEA 2G8HA 5J2QA 1RT2A 3AO4A 4JLHA 1S6PA 4DU1A 2PYLA 2YV0X 1NJZA 2OPSA 3AO5A 3SUNA 1S1WA 3IG1A 4J2EA 3B6PA 4E7HA 3P1GA 4IBNA 3V1OA 1RT1A 4AILC 4QAGA 1IG9A 3LZIA 2X74A 1S1XA 3SUPA 1BI4B 3LP1A 4CEBA 1C0TA 3SV3A 3PUFA 3KLHA 1BI4A 3KK2A 1XHZA 1KRPA 4EZ9A 1J9AA 2W42A 3OYMA 4N41A 4HTUA 3I0SA 3M8QA 3LPTA 4AHCA 3L2RA 1VK0A 1R0AA 1O1WA 1HRHA 4OGCA 5KI6A 1A5VA 2FBVA 3EY1A 3QNNA 1BCMA 2HHTA 4AHSA 4E19A 5C24A 2X78A 2YHBA 4CHPA 4M3XA 4EP4A 4IKFA 1SV5A 4M3ZA 1SKSA 1VSLA 3SQ2A 3SQ1A 1N5YA 1S5JA 1NKCA 4OGEA 1WSJA 4I2QA 4CIGA 3SUQA 4G1QA 2GUIA 3AVCA 2BDPA 4FK4A 1I3AA 2RPIA 1BQMA 1S1VA 3ZCMA 1NK5A 4KB1A 3VQCA 2O4IA 3K58A 1HMVA 2HB5A 2X6SA 4GW6A 3MAQA 4DFMA 1ASUA 3DM2A 3TAMA 3ASMA 5J2NA 4FZXC 4CJ3A 4NYFA 4YNQA 4BE0A 3LALA 4CFBA 3ZT2A 3OYJA 1T03A 1JLQA 2JGUA 3DLBA 3HK2A 2G8IA 1RTIA 4KHUA 2LSNA 1BQNA 3CG7A 4FJ7A 1ZBUA 1JLFA 2Z1JA 5FROA 1FK9A 1JLBA 2YKMA 3DLGA 4CIFA 3VQ7A 1WN7A 2OPRA 4KRFA 3MEDA 1N6QA 2QKBA 3VQ5A 2D0CA 3K5MA 1L3VA 4KHSA 1IKYA 3KKRA 4ZTFA 4CJUA 2HMIA 4DSEA 3TAQA 3V4IA 4E0DA 4FLWA 3DOKA 3QETA 3P5JA 1JKHA 4XIUA 4FLVA 1D5AA 3DLHA 4BDPA 3OYIA 4DQQA 1WAJA 4IFYA 4DG1A 4B9NA 1UOCA 3QESA 4PUOA 3QEWA 4GMJB 4J2DA 4AHUA 4M45A 1HYZA 2B4JA 2DFHA 3LPUA 3M8SA 1UAXA 3LAMA 5J2PA 1SKWA 4Z4GA 3AO1A 3ALYA 4E89A 3OYFA 3KIOA 4OJRA 4NCBA 1GOAA 1HYVA 2OPPA 3KJVA 3RMAA 3F9KA 1RILA 1REVA 4Q5VA 2VG6A 1NK6A 2ATQA 5E41A 4DTRA 3AA3A 2KW4A 1EKEA 1L3TA 4W5TA 1RBVA 4OLAA 2XO7A 1CLQA 4FJHA 4JRQA 1DLOA 1ASVA 4K8XA 3SQ0A 4KREA 1JL2A 2PYJA 2ZD1A 4F3OA 4NCGA 1NJWA 3AVBA 3TWHA 4JRPA 1UA1A 3S9HA 1BIUA 1G15A 4B9TA 4DS4A 2BE2A 4H4MA 3TAPA 1IKXA 4Y1CA 1CXQA 1RT5A 3C94A 1KFDA 3VQQA 3LWLA 1X9SA 4ICLA 1A5XA 3F73A 1MU2A 2G8WA 3AVMA 3K5NA 1NJYA 5FRNA 4LSNA 1IO2A 4UQGA 5T7BA 4DTOA 3HJFA 4CCHA 3RRHA 4KFBA 2RF2A 2BANA 3NAEA 4IFVA 4FZYA 4CEDA 2QK9A 2HHUA 1Q8IA 1U4BA 4HCCA 4O5BA 4FJMA 1J53A 3TAEA 2EX3A 4EP5A 3TI0A 1UWBA 4M3UA 4BDYA 2F8TA 1Q9XA 1GOBA 2Z1GA 2FC0A 3QIPA 4KKOA 5HP1A 4B9UA 2DTUA 1C1AA 3ZT4A 1S6QA 2IGIA 4CK3A 4CEQA 3S3OA 4FM1A 1QHTA 1QSSA 2Q3SA 2D0BA 4CFAA 1IH7A 4M3RA 1LV5A 1QSYA 3KD5E 2HVHA 1TKXA 4AHTA 2VWJA 4BACA 3AVAA 1U45A 4ZHRA 4DLEA 1SL0A 1S1UA 5EU7A 2I5JA 2G8KA 2D0AA 5HROA 5HRSA 5HLFA 4CJEA 1X9WA 4CJPA 4DU4A 3NGYA 4FK2A 3SV4A 3AVFA 1L3UA 3NGIA 4C8KA 3AVKA 3L3VA 4C8MA 1RTDA 1JLAA 4Q0BA 3ISNC 1WLJA 3MEGA 1VSJA 4E7LA 2F96A 4ZTJA 3KLGA 3RR8A 4KAZA 4F4KA 2EHGA 1RTHA 1BGXT 3PX6A 4ID1A 2XY7A 2B5JA 3KKSA 4Z4CA 3HVTA 4CHYA 3LP2A 4AHRA 3WNEA 3V9ZA 4KI4A 1VSFA 4M41A 1WAFA 3CM6A 1BCOA 1KLMA 2GV9A 5J2MA 1TK5A 4FJKA 3HT3A 3LDSA 2KZMA 2HHSA 4CJSA 4BWMA 3AV9A 3LANA 1EETA 3CYMA 3ZSYA 4OVLA 3KLFA 2O4GA 3LZJA 2PZSA 4O44A 4CF1A 2OA8A 4N47A 3ZSWA 1TAQA 5KRTA 3ZSRA 3RMBA 3KK3A 3RRGA 4CK1A 3AO2A 3KD1E 4B9MA 3K5OA 3NE6A 4F2SA 1NK9A 2P51A 3C6UA 2WONA 2YHAA 4PA1A 4N5SA 4FZZA 4ELUA 4CJ4A 1RCHA 2ZE2A 2G8VA 4FVMA 1WSIA 3NH1A 1J54A 3VQ9A 4DLGA 2VG7A 4BE2A 2E4LA 4CECA 4Z4IA 3NBPA 4RW4A 3LP3A 5KGXA 3OJUA 2DFEA 3D45A 4DU3A 4N76A 1QE1A 4QCLA 4E1NA 3K59A 2QKKA 4W5RA 3VQEA 3BDPA 3HM9A 2IOCA 4DSLA 3PX0A 1YT3A 4MQ3A 2KFZA 3OYDA 1C1CA 1W0HA 3OY9A 1C0UA 4DF8A 4FXDA 2BGGA 1LWCA 1Z25A 4AH9A 4B8AB 4KHWA 4E7IA 3MXJA 4CFCA 3L2VA 3SNNA 3KLEA 1T8EA 4FLZA 5KGWA 1HQUA 4E7KA 3TAGA 3NF7A 2IDOA 4B3OA 4DTPA 5SWMA 1BL3A 2OZMA 4FK0A 3DI6A 5CY4A 3OJSA 3L3UA 4HUFA 1L3SA 2YNFA 3CM5A 4W5NA 3ZT3A 1RDBA 3ITHA 2OZSA 1EX4A 4FJ9A 3PV8A 4FLYA 3TR8A 1BIZA 4I9LA 2E6MA 1JLGA 4IG3A 2PY5A 3HP9A 2HNDA 1S9EA 4CIEA 4FJIA 1JLCA 4Z0UA 4CJKA 4DQIA 1KVAA 4CF0A 3OYLA 2Z1HA 3AO3A 4KTZA 3SZ2A 4CJFA 2G8UA 4FJLA 4NYNA 2ITGA 5C25A 1YTAA 4B08A 2YNGA 4CEEA 5HRPA 3U3GA 1J5OA 1L5UA 4OKJA 1K6YA 1KVCA 4Y1DA 1TKZA 3VQ8A 1UA0A 2VG5A 2RKIA 4O55A 3NF8A 3MXMA 4B9VA 4DS5A 3ZT1A 3RWUA 1KVBA 4CJLA 3SUOA 4FLTA 4DSJA 4FM0A 3OYKA 1XWLA 2FBTA 4OLBA 5FRMA 3QO9A 3L2WA 2A1RA 4RW9A 4F8RA 3K2PA 1LWEA 1U04A 2E6LA 3AA2A 3P83D 3V1QA 1X9MA 1NKEA 4DSKA 4F2RA 4F3TA 2HW3A 5I3UA 4RW8A 3VQAA 1B9DA 1T05A 1LW0A 4ELTA 4N56A 1VSHA 3OYGA 1LW2A 4CF9A 2QXFA 3OYCA 2P5GA 2YNHA 4LH4A 1LAVA 2KQ2A 3WNFA 2Y1JA 1NK0A 1U47A 1HJRA 3CQ8A 1QSLA 4AHVA 2YKNA 2Z1IA 4RG8A 4DTUA 3LAKA 1HNVA 1ZYQA 4C8LA 1XHXA 4B9LA 1KFSA 4CHNA 3RTVA 3NFAA 2A1SA 2NUBA 4KTQA 1X1PA 3FFIA 1TL3A 3ZSXA 4E7JA 2DFFA 4DMNA 4CF2A 1ZBHA 3AA4A 4PWDA 2HHVA 3THVA 4I9QA 4O4GA 1HQEA 1ZBFA 1DTTA 3SPZA 1CZ9A 4CK2A 3SPYA 1C0MA 1F21A 2X6NA 3AVJA 1IKWA 4OPKA 3TAFA 2XY6A 1RDAA 3OYEA 4PQUA 4DTMA 4DQRA 4CHQA 4WE1A 2XY8A 3HXMA 4HVJA 3O3HA 4DTJA 4B8CA 4DQSA 1HPZA 3AVGA 5JS2A 3DRPA 3DLRA 3NF6A 1ITGA 1WSHA 4ID5A 4OPJA 1SL1A 3T19A 3NCIA 3PO5A 1DTQA 2D5RA 1SUQA 2FBXA 5CZ1A 5DMRA 4DWIA 3OYAA 4O0IA 1RBTA 1A5WA 3C6TA 4CGGA 3OS2A 4CEFA 4HHTA 2HHQA 1FKOA 3BGRA 3DLEA 5KTQA 4KHYA 2IS3A 1GOCA 4FJJA 2GBZA 1JXEA 1B9FA 3V9WA 1ZBIA 3I0RA 3OYHA 3QEVA 3HPHA 3JSMA 4CE9A 3ZSVA 3IS9A 4DSIA 5D3GA 4FW1A 3QINA 3HVRA 4E1MA 3HSTB 3QLHA 1XC9A 1BHLA 4CEOA 3V1RA 1KCFA 3LWMA 3QIOA 3HO1A 2HVIA 2HHWA 3VQ4A 3DRSA 4KTWA 3L2UA 3QEPA 1NK8A 5KRSA 3U6FA 3MEEA 3T1AA 1LWFA 3O3FA 1ZBLA 2R7YA 4Z4FA 4CEZA 2JLEA 4KB0A 3CFRA 3KTQA 1FXXA 4CFDA 3NH2A 4M3WA 3OYNA 2HNYA 3MECA 1TGOA 4PY5A 4FW2A 4E3SA 2OPQA 4BWJA 4CHOA 3U3YA 3ZSOA 3NDKA 2F8SA 2IC3A 4I2PA 4IG0A 3OYBA 1TVRA 3SQ4A 4YFUA 3O4QA 1C1BA 4DSFA 3SCXA 4B9SA 4FCYA 3RMDA 4DF4A 2VWKA 1SKRA 3DMJA 1RBRA 1RNHA 3VA0A 4FJNA 1D8YA 4DFKA 1FKPA 4IDKA 3K5LA 3QEXA 3UIQA 1RDDA 3VQDA 4CGJA 3NH0A 2RN2A 3CFOA 3LP0A 5HRNA 3K57A 4DFJA 3RR7A 2HHXA 4FJGA 3S3MA 3E01A 3KK1A 3V9SA 1RBSA 1TK0A 3V81A 1D9DA 1RT3A 3VN5A 1JL1A 3ZSQA 5C42A 4DTNA 4HCBA 1QTMA 5SZTA 1C6VA 4Z4EA 3QNOA 3OVNA 4OKEA 3TABA 1TAUA 1NOZA 3V9XA 4CJTA 4TSXA 3AVIA 1T7PA 4KI6A 3HPGA 4RW6A 4LY7A 1VSDA 4R5PA 3OS1A 1RDCA 2KZZA 3JYTA 5J1EA 4O0JA 3ZSZA 4CEAA 3M8RA 1U48A 4FM2A 1WSGA 4I7FA 4DTSA 4MFBA 3MXIA 4FYDA 4CJQA 4HUGA 3PX4A 1I39A 1KLNA 1NK7A 3OS0A 4L8RB 3M8PA 2B6AA 3AVLA 4JS5A 3VQBA 4KHQA 1Q9YA 2XHBA 1EP4A 1SL2A 3HYFA 1VSIA 4QOZB 3WNGA 4CGHA 4KPYA 3V6DA 3G10A 1WSFA 4DFPA 2YNIA 4CJ5A 3O3GA 3SJJA 1EXQA 3B6OA 3V9UA 1NK4A 1TK8A 4BDZA 3L8BA 2P1JA 1VSKA 3AVHA 3HP6A 1RTJA 1YTUA 3O4NA 4CGFA 4OKKA 1W9HA 4CF8A 5JS1A 2AJQA 3D0PA 3ZT0A 1QS4A 5FDLA 3IAYA 3SYZA 4KHNA 3IRXA 2OYQA 3HPOA 3KLIA 3NHGA 3HL8A 4FJ8A 3EZ5A 4JS4A 1JLEA 4DTXA 3L2QA 4EZ6A 4FLUA 3H08A 4LD0A 1ASWA 4BE1A 3CFPA 2XY5A 1NJXA 4M3TA 4W5QA 4KO0A 1TKDA 3DYAA 4CGDA 4CHZA 3TARA 4LSLA 3C95A 4CJWA 3ULDA 1HNIA 5I42A 3PY8A 2KTQA 3NF9A 1S9GA 4Z4HA 5CZ2A 3SI6A 3PO4A 4KV8A 1B92A 4CERA 5HBMA 3VQ6A 4ELVA 2DY4A 1TL1A 3A2FA 5K14A 4CGIA 4M42A 3DLKA 3DRRA 3DOLA 1WSEA 3G0ZA 1BISA 1CZBA 1RT4A 5CYQA 4FLXA 3T3FA 1LAWA 1U49A 2XRIA 2P5OA 4DQPA 4RW7A 1Y97A 1D9FA 1RBUA 5HRRA 3QEIA 3RMCA 1VRUA 1WNSA 5DK5A 3S3NA 2G8FA 1RT7A 1S1TA 1NOYA 3WNHA 2ETJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JLHA 3O80A 4NXMK 4CESA 4FJXA 2IAJA 1YI2N 1TV6A 2ZQBA 1QQOA 3G6EN 2HNZA 3I8DA 4YDUC 3NGZA 1Z26A 4BG9A 3QERA 3TANA 1VSMA 1YVUA 5FPMA 2GELA 4W5OA 1KSPA 4M3YA 4JHDB 1YXQA 3AO4A 1S6PA 1HPMA 4J2EA 3P1GA 3JS6A 4QAGA 4DCHA 3MN5A 2X74A 1IJJA 3SUPA 1C0TA 3KK2A 1KRPA 5KQDA 1Q18A 3E9LA 2W42A 3L2RA 1HRHA 3A8YA 3EY1A 2FBVA 4JI5K 1NLVA 5C24A 2V7ZA 3H46O 4M3XA 4EP4A 4M3ZA 1VSLA 4PKHA 1T3VA 1NKCA 2W6LA 2AP1A 4I2QA 4G1QA 2GUIA 1BQMA 1S1VA 3ZCMA 1HMVA 3TTDA 3AARA 1ASUA 3TAMA 3ASMA 4YNQA 5BN9A 3OYJA 1T03A 4I6MA 1LCUA 2JGUA 4FWPA 5IWAK 3HK2A 4Y0WA 4KHUA 2LSNA 2P9LA 5AQFA 4KHPK 4CIFA 5EVZA 2O8CB 2QKBA 4BR4A 3VQ5A 3TSUA 3K5MA 5AQJA 1IKYA 2E88A 3KKRA 4DSEA 1RDWX 3QETA 4FOEA 1JKHA 3WEEA 3DLHA 2IVPA 4DV5K 4B9NA 3VTIA 3U9DA 5AQHA 1HYZA 4AHUA 3M8SA 3BDPA 4Z4GA 1UAXA 2WTUA 4E89A 2YHXA 3OYFA 1V4TA 3RMAA 3R6MA 2VG6A 1I94K 5F2RA 1EKEA 2KW4A 3VMFB 1KD1O 3H3OB 4W5TA 3O9QA 4CI6A 4A59A 1DLOA 4CJ7A 1ASVA 4KREA 2PYJA 2ZD1A 4NCGA 4JI1K 3CCSN 2H3GX 2BE2A 4OO1J 3AAPA 1IKXA 4BROA 4Y1CA 1CXQA 4JI4K 3LWLA 3EE9A 1MU2A 2E20A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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