5DQ1A

Endothiapepsin in complex with fragment 34
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dq1A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dq1A01
3D1XA 5P3TA 3EL1A 5P6SA 4YD5A 4F75A 1HVHA 3OHFA 4ZE6A 5P12A 2IGYA 5P2ZA 3SKFA 4DPFA 1F7AA 4Y5PA 4B72A 5DR7A 4R91A 5P3FA 3OXCA 5ER1E 3O9LB 5COOA 2QHYA 5DGUA 3LZYA 5P8HA 4OBHA 3JVWA 5HE7A 5P6EA 4LP9A 1AXAA 5P1HA 5P0HA 1K1UA 2NMZA 2P3AA 1GVTA 4H3GA 3URLA 2V12C 3NU4A 4QJ7A 2AOEA 5P4UA 5P2LA 5OZWA 3NXNA 2WF1A 5F01A 3KMXA 4DH6A 2R5QA 1SIVA 5P8KA 4ZIPA 1HOSA 4OBZB 4Y4JA 5P2UA 1ZBGA 2AOIA 3TH9A 4Y51A 5P38A 3BHEA 3EKWA 5P7KA 1HHPA 4FSEA 5P0TA 3HD8A 1FEJC 3PBZA 3ZMGA 5HE4A 3SA5A 2G20A 3L5EA 5P0EA 4ZSRA 3QS1A 1KZKA 4R8YA 5P18A 5BRYA 1BWBA 3RSVA 2RKGA 4J1HA 3LHGA 1AJVA 5P7IA 2F81A 2Z54A 1ER8E 5P58A 5P29A 5P63A 5P7EA 3EKPA 3RTNA 8HVPA 5KAOA 3VV8A 2V11C 2VA7A 5P6GA 3KFPA 5P4MA 3URJA 5IVRA 1RQ9A 3G72A 5P8UA 1FGCC 3OXVA 3FX5A 2JJIA 5IVSA 5JFUA 2V13A 5DQ4A 2G1RA 5P4NA 3D1ZA 3C9XA 4FAFA 4DQEA 3PLDA 5SZ9A 2FIVA 5P35A 4JP9A 5P0WA 4GJ5A 5KQYA 4YD6A 3PMUA 3DUYA 2QZWA 1SIPA 3R0WA 4RVJA 3OXWA 5P16A 1C70A 4Y5EA 3CKPA 1E81E 1SH9A 2OHSA 4J0ZA 4CPWA 3NU5A 3KFRA 4Y4EA 1QDMA 5P8FA 4R92A 3T7PA 3EKTA 4GJBA 1D4SA 1ZPAA 2HPEA 2QZXA 4Y9WA 4RGHA 4Y5AA 4J1IA 3K5FA 1Z1RA 4RCFA 3T3CA 2NNPA 3T7XA 2AZ8A 3MXEA 3Q4BA 3S8IA 4RCDA 4Y5LA 3L5CA 4Y3WA 5P19A 2R38A 1NPWA 5P89A 5AH9A 2QI0A 4WY1A 5P1WA 1RNEA 4NPUA 5I3WA 5P1PA 5OYUA 3HVGA 5E5JA 5COPA 4Y50A 5OZJA 5P6UA 2FGUA 2QI4A 5P1QA 2ZDZA 3PGIA 2FNTA 3SABA 2ASIA 3MWSA 1T7IA 3OXXA 5P1MA 5P2FA 4DQCA 5HU1A 3A2OA 5P6VA 5P3JA 2P3CA 5P5PA 4NJSA 5OZSA 3UDJA 2QZLA 4I0ZA 1PSAA 3OK9A 4Y3PA 3OU4A 5P80A 5UPJA 5P8TA 1DIFA 2PSVA 5P26A 4BFBA 4YE3A 4FAEA 1SBGA 4OC6A 5P84A 5P5WA 1HIHA 3BUFA 2AZBA 5P8VA 3BRAA 4J0PA 5KQXA 3QN8A 1B6JA 3QROA 4RRNA 4KUPA 5P0RA 4BFDA 2PH8A 3T7QA 4YD3A 3UFNA 4I10A 5P7JA 5P7LA 4GJ6A 2BKTA 2I1AA 5P2SA 1RPIA 1MTRA 1A30A 1D4KA 5P6KA 4MC9A 1ENTE 4Y53A 1W5YA 4AUCA 1MVPA 3Q6YA 2FMBA 2OF0A 1IIQA 1YT9A 2PYNA 4RRSA 5OZNA 1APVE 5P1JA 5DR4A 4Y5NA 4EJDA 5OYTA 1YTJA 2HB4A 5OZ8A 5P4TA 1C6XA 2BPYA 3NUJA 3OQFA 3BGCA 1BAIA 5SXNA 1APWE 2AIDA 5P0PA 1FLHA 1LV1A 3S53A 5JODA 2QNPA 1B5FA 5HDZA 5P0ZA 2P3BA 3EBZA 2O4NA 5P06A 5P03A 2ZJKA 3O9GA 3IN3A 1FG8C 3OHHA 3U71A 3D91A 4D8CA 4DJPA 1ODWA 4DPIA 3UHLA 5P6NA 2R3WA 3TL9A 3I8WA 3SA9A 1AAQA 2XFKA 5P04A 5P4VA 3O9EA 5P6YA 1XE6A 1BDRA 2NMYA 5P5CA 1A94A 3I25A 3WB5A 4FIVA 2WECA 1META 4YHQA 5OZ2A 1OEXA 2VIJA 3R1GB 2CENA 2JJJA 4L6BA 2RENA 3EL0A 2IGXA 3HDKA 1W50A 2B42A 2UY0A 1EPPE 1FQ7A 5COKA 4L1AB 5P5RA 2IENA 3K5DA 4B77A 3OAGB 4F76A 5P71A 1BBSA 1NSOA 5T4SA 2QMPA 5P7RA 4ER1E 5P4PA 1MIQA 3LIXA 4H3JA 1GVWA 4LHHA 3CYXA 5KR1A 5AHAA 4DFGA 4PYVA 4EXHA 3VYEA 5P05A 9HVPA 1HBVA 1FFFC 5OZIA 2QP8A 2I4WA 3UQWA 3EL5A 3HAUA 5OZYA 5P5SA 2OHNA 3TPPA 4B1CA 2XFJA 5P1YA 5P1XA 4D85A 5P1NA 5OYRA 4Q1NA 3NDUA 4B05A 5TOLA 3UQXA 1PPME 3KFNA 6FIVA 5P4EA 5P25A 3RVIA 5P6DA 2FXDA 3TKWA 1QRPE 1SGZA 5P24A 4CPXA 5OYVA 4GJ8A 2XYFA 5P5ZA 2R3TA 5OZ3A 2FDPA 3PVKA 5P4IA 4J54A 2AOFA 1HXBA 3UDMA 3O9LA 3D20A 5P5OA 3AUPA 3IAWA 4DJQA 1BV9A 2QZKA 5P83A 3OOZA 3H5BA 5P5FA 5KOSA 5KQFA 1YM2A 1HVLA 4TVHA 3ZL7A 4Y54A 4A4QA 5BWYA 3G6ZA 3O99A 5JG1A 5KR8A 2H6SA 4GYEA 3HZCA 3WZ6A 4RLDA 1K6VA 5P3KA 4H3FA 5P8OA 2MIPA 4Y57A 4ZSMA 4EQ0A 5P7SA 2BPXA 3NU9A 4ZLSA 3VSWA 5P14A 1YTGA 5DR8A 4DJVA 3GI0A 5P0YA 3ZKXA 5IE1A 4F73A 4I0IA 4EJLA 5OZ0A 2SAMA 5P2AA 5P82A 3SM1A 5P3GA 5P48A 3OADB 4Y3YA 4RYCA 1ZP8A 2HM1A 3O9CA 5DGWA 3VYFA 5AGZA 5P3EA 1EBZA 2HIZA 5P2QA 1F34A 1FB7A 3ZKGA 5SY2A 5OZZA 3NYGA 3ZKNA 4B1DA 4EPJA 3VF5A 5P4YA 4X7IA 1SDUA 5P7BA 5P5NA 1TCXA 3TNEA 3NWXA 4LXMA 2G27A 5P4OA 3OQ7A 1CMSA 3INEA 2FGVA 2IS0A 2ZJJA 5P28A 1APUE 2PSGA 4E43A 5HDXA 3URIA 5OZBA 5IVTA 3UQUA 5P3SA 2IEOA 1D4IA 5BS4A 2AZCA 5F00A 4HLAA 4JECA 5OZPA 4ZEAA 4Y3HA 4YA8A 5ENKA 5P0OA 2BKSA 3PEPA 3KF0A 3HW1A 3K5CA 1ZSFA 2G1YA 3I2LA 4Y4GA 5P57A 4KE0A 5P5UA 2Q54A 1UPJA 2B7ZA 4Y4DA 2PK5A 3BXRA 1K2CA 5P7ZA 3SQFA 5P7WA 2V00A 4H3IA 1EC2A 1EBWA 1DPJA 3UQRA 2WEAA 5P7HA 1K1TA 4B70A 5P0KA 5KR2A 1E5OE 4FSLA 1FQ6A 2QI3A 4HDPA 2QCIA 2AVMA 5P33A 5P2JA 2QMGA 2WF4A 5DPZA 4YDFA 1UH7A 3SA4A 5P60A 3ZOVA 1D4HA 4Y3TA 4DJOA 3OGQA 1VIJA 3Q3TA 1MTBA 5OZHA 2BPVA 1PPLE 3ZKSA 2ZJNA 5P8EA 5P5XA 1LEEA 1ZTZA 5P6OA 3K5GA 5P4GA 4EP3A 4GJDA 4Z4XA 1TSQA 4Y4UA 2ER0E 4A6BA 4D89A 3UDNA 5OZ6A 1FFIC 3ZPTA 5P09A 4FGXA 1T6GA 3IXJA 1EPNE 5P1DA 1B6MA 1FQXA 3SFCA 1W5VA 4I11A 4OBDA 1MESA 1NH0A 4PHVA 1QBRA 5P3OA 3KYRA 3PI5A 5OYSA 5AH7A 3OU3A 5OZ4A 4HE9A 3NDXA 4YCKA 3S2OA 2V10C 1XN2A 2B8LA 4GMIA 3QVIA 5AHBA 1LZQA 3LIQA 3SACA 4Y44A 3SAAA 3FNSA 1JLDA 1LYWB 5DQ2A 1VIKA 2G26A 3KDDA 4DQGA 2PC0A 5P5AA 4B00A 2IL2A 1AZ5A 1HVSA 5P1UA 5P0LA 1ZSRA 5P0JA 3L5FA 4QJ8A 4LAPA 4M8YA 5P36A 3RTHA 2QD8A 4FM6A 3UDYA 5P31A 5P49A 1YG9A 1HWRA 2WEZA 5OZXA 3DJKA 1KJ4A 3VSXA 2BBBA 3O9FA 4ZSPA 4B78A 5DR3A 2O4LA 2OHTA 2OHMA 5P3AA 5P1FA 3R4BA 3NDTA 1HTFA 1PROA 4MC2A 3MXDA 5P1IA 1B6PA 3CIDA 3INDA 4YBIA 5APRE 3SA8A 1GNNA 2OHRA 4PZXA 5P1ZA 5P5YA 2VS2A 2CEJA 4OBFA 2WEBA 2Q5KA 5P15A 2ER7E 4HEGA 4J1EA 1WKRA 5P77A 4I1CA 2AVVA 5P59A 3QRMA 3PSYA 4U7QA 2RSPA 3KM4A 2HAHA 5P7XA 3QRVA 1DAZC 3ZKMA 4XKXA 1ODYA 3Q70A 5P6QA 3L38A 4L1AA 4Y3LA 2JXRA 3OAGA 3MSJA 3TPJA 2PWRA 5P61A 3IVHA 3N3IA 5P5DA 4B1EA 4BEKA 3PLLA 4IVSA 3QVCA 4OBGA 4QJ6A 3N4LA 4S1GA 3OTYA 3T6IA 5P0UA 5P6IA 5P75A 4Y4BA 2R9BA 3PWWA 1HPOA 4GIDA 3RSXA 2ZJIA 3BXSA 4NJUA 1HRNA 5P1GA 2Q63A 3MSKA 4Y4AA 3BVBA 4RVXA 2FNSA 5P1LA 5OZ1A 5P6ZA 5P4JA 5P6LA 4XX3A 4F74A 5HTZA 2G1SA 4EWOA 3PSGA 1BDQA 1RL8A 4JPEA 1EPRE 4YDGA 2I4DA 5P55A 5P7NA 3KT5A 4I8ZA 2G24A 5P4CA 3APPA 5B18A 1M4HA 1ODXA 4Y39A 1LYBB 3UDHA 4YD7A 2UPJA 2CEMA 3L5DA 2WHHA 4Q5MA 2VIZA 5P88A 4CPQA 5P3RA 2QMFA 4FM8A 4ZSQA 3S56A 5IVQA 2J9KA 3EL4A 4OD9B 5P1OA 2AODA 5C9BA 1PFZA 3S7LA 1HIVA 3DOXA 2RMPA 3KFSA 4FLGA 2F3EA 4Y4WA 5P44A 1MT7A 4I0EA 1KJ7A 2WF2A 3KT2A 5P67A 3ER5E 2QU2A 5OZCA 2VNNA 3OUDB 5ISJA 2AOCA 3NDWA 4PZWA 5P23A 3OGPA 5P5VA 2HB2A 2G1NA 5P3BA 5P2NA 5OZDA 3EL9A 5P4SA 2HC0A 4QGIA 4EJKA 3DCRA 1ME6A 3OADA 3FV3A 3BUHA 4FM7A 4NPTA 1AM5A 5P2VA 2O4KA 2NNKA 3OQKA 3VCMA 7UPJA 3BVAA 1GNOA 3B80A 5P3ZA 3UF3A 2QHZA 3LZUA 4FRKA 4XX4A 3UTLA 4EJ8A 5P8NA 1K6PA 1TQFA 3PHVA 4QJ2A 5P74A 2PWCA 2J9JB 5OZAA 5P0AA 2VJ7A 3VV6A 2V16C 4TVGA 4J1KA 1IVPA 5KQZA 5C9DA 1IZIA 1HPVA 3U6AA 1SP5A 3OOTA 2Z4OA 3CKRA 2QK5A 1N49A 2AOHA 4Y4XA 5P3LA 4EXGA 3G70A 4DJWA 2QMDA 1MRWA 4Y5CA 1BILA 4Y3FA 5P3WA 5P86A 2I0AA 5P0BA 3IXKA 1C6YA 1T7KA 4Z50A 2G22A 1FMBA 4Q1WA 5P1VA 1HSGA 1BVEA 2NPHA 2NR6A 4LL3A 4GJ7A 2QU3A 3DV1A 2BB9A 1UH8A 5KOQA 4Q1XA 2APRA 2B60A 1FIVA 2R5PA 3VFAA 3S43B 2QI7A 2QAKA 3ST5A 3SO9A 2R8NA 4ACUA 2OHLA 3VEUA 5HDUA 1SMRA 3VYDA 5P1EA 4CPTA 1FQ8A 3NU6A 2RKFA 2PH6A 3Q5HA 2VNMA 5P4LA 5P0CA 5P6XA 1GVVA 1IBQA 4J55A 3BUGA 3LIZA 4Y56A 5P7MA 6APRE 1FQ5A 3KN0A 3CIBA 4UPJA 4Y3GA 2FDEA 5P45A 3VV7A 2AZ9A 2WEDA 2G1OA 3EKXA 3L3AA 4Y3MA 2B7FA 4GJAA 3DK1A 2PYMA 1D4YA 5P5BA 4TRZA 5P2WA 3EM3A 3LZSA 3PRSA 1B6KA 5P70A 1BXQA 1KJHA 5OZFA 5KR0A 5P2BA 2PMAA 4DQBA 1FF0C 2WL0A 4APRE 4DQHA 1T6EX 4XXSA 5P3VA 3D1YA 2VA6A 3IA9A 5P0GA 5P6WA 1LYAB 5OYYA 1TW7A 1SDTA 5P3DA 1WBKA 2ANLA 3LINA 5P6CA 5P4AA 5P17A 2PQZA 3BGBA 5P8BA 5P7TA 2G21A 1ZJ7A 5P2OA 2WF3A 4K4PA 4MC6A 1XS7D 4QJ9A 4AA9A 3EM6A 4JOOA 1TSUA 2OHPA 2ZJLA 4U7VA 2A1EA 5P2GA 3ZKQA 2EWYA 3F9QA 1A8GA 4I0FA 3PCZA 5P41A 2QHCA 5P4ZA 3SM2A 5OZEA 1RV7A 5P6HA 3OUBA 3SPKA 5P4QA 2FS4A 5P27A 1IZDA 2WF0A 4J1FA 1LYWA 5P73A 6UPJA 5HE5A 2R43A 3OY4A 5P64A 5P6JA 1LF4A 3AIDA 4A6CA 4AZYA 1MUIA 5P34A 4I0DA 5P2HA 3QI1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D1X A;  5P3T A;  3EL1 A;  5P6S A;  4YD5 A;  4F75 A;  1HVH A;  3OHF A;  4ZE6 A;  5P12 A;  2IGY A;  5P2Z A;  3SKF A;  4DPF A;  1F7A A;  4Y5P A;  4B72 A;  5DR7 A;  4R91 A;  5P3F A;  3OXC A;  5ER1 E;  3O9L B;  5COO A;  2QHY A;  5DGU A;  3LZY A;  5P8H A;  4OBH A;  3JVW A;  5HE7 A;  5P6E A;  4LP9 A;  1AXA A;  5P1H A;  5P0H A;  1K1U A;  2NMZ A;  2P3A A;  1GVT A;  4H3G A;  3URL A;  2V12 C;  3NU4 A;  4QJ7 A;  2AOE A;  5P4U A;  5P2L A;  5OZW A;  3NXN A;  2WF1 A;  5F01 A;  3KMX A;  4DH6 A;  2R5Q A;  1SIV A;  5P8K A;  4ZIP A;  1HOS A;  4OBZ B;  4Y4J A;  5P2U A;  1ZBG A;  2AOI A;  3TH9 A;  4Y51 A;  5P38 A;  3BHE A;  3EKW A;  5P7K A;  1HHP A;  4FSE A;  5P0T A;  3HD8 A;  1FEJ C;  3PBZ A;  3ZMG A;  5HE4 A;  3SA5 A;  2G20 A;  3L5E A;  5P0E A;  4ZSR A;  3QS1 A;  1KZK A;  4R8Y A;  5P18 A;  5BRY A;  1BWB A;  3RSV A;  2RKG A;  4J1H A;  3LHG A;  1AJV A;  5P7I A;  2F81 A;  2Z54 A;  1ER8 E;  5P58 A;  5P29 A;  5P63 A;  5P7E A;  3EKP A;  3RTN A;  8HVP A;  5KAO A;  3VV8 A;  2V11 C;  2VA7 A;  5P6G A;  3KFP A;  5P4M A; 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 2FDP A;  3PVK A;  5P4I A;  4J54 A;  2AOF A;  1HXB A;  3UDM A;  3O9L A;  3D20 A;  5P5O A;  3AUP A;  3IAW A;  4DJQ A;  1BV9 A;  2QZK A;  5P83 A;  3OOZ A;  3H5B A;  5P5F A;  5KOS A;  5KQF A;  1YM2 A;  1HVL A;  4TVH A;  3ZL7 A;  4Y54 A;  4A4Q A;  5BWY A;  3G6Z A;  3O99 A;  5JG1 A;  5KR8 A;  2H6S A;  4GYE A;  3HZC A;  3WZ6 A;  4RLD A;  1K6V A;  5P3K A;  4H3F A;  5P8O A;  2MIP A;  4Y57 A;  4ZSM A;  4EQ0 A;  5P7S A;  2BPX A;  3NU9 A;  4ZLS A;  3VSW A;  5P14 A;  1YTG A;  5DR8 A;  4DJV A;  3GI0 A;  5P0Y A;  3ZKX A;  5IE1 A;  4F73 A;  4I0I A;  4EJL A;  5OZ0 A;  2SAM A;  5P2A A;  5P82 A;  3SM1 A;  5P3G A;  5P48 A;  3OAD B;  4Y3Y A;  4RYC A;  1ZP8 A;  2HM1 A;  3O9C A;  5DGW A;  3VYF A;  5AGZ A;  5P3E A;  1EBZ A;  2HIZ A;  5P2Q A;  1F34 A;  1FB7 A;  3ZKG A;  5SY2 A;  5OZZ A;  3NYG A;  3ZKN A;  4B1D A;  4EPJ A;  3VF5 A;  5P4Y A;  4X7I A;  1SDU A;  5P7B A;  5P5N A;  1TCX A;  3TNE A;  3NWX A;  4LXM A;  2G27 A;  5P4O A;  3OQ7 A;  1CMS A;  3INE A;  2FGV A;  2IS0 A;  2ZJJ A;  5P28 A;  1APU E;  2PSG A;  4E43 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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