5DQ4A

Endothiapepsin in complex with fragment 66
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dq4A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dq4A01
3VLAA 3EKPA 2QNPA 5P7SA 3OQFA 1GKTA 4ZSMA 3K5GA 4L7HA 5P52A 5P08A 1T6GA 1B11A 3DUYA 3GI4A 5P5PA 1IVQA 5P72A 3SABA 1E5OE 3OOZA 5P83A 3OGQA 5P2YA 5P4DA 5P8JA 1MRWA 1BAIA 1GNNA 1D4KA 4Y50A 3GGUA 5P45A 4WY1A 3SKFA 3G6ZA 2QAKA 5OZUA 3KT2A 5P5WA 3HAWA 2AIDA 2I4VA 5EZXA 1FEJC 1VIKA 1B5FA 1A30A 4PHVA 2R5PA 3OADB 2OHUA 3INEA 4OBHA 5P81A 5P6PA 1LS5A 5ENKA 4U8WA 3CICA 4Y3MA 4M8YA 5P36A 1ZPAA 5P8UA 4AZYA 1IVPA 3FNTA 3D20A 5P7LA 1FF0C 3SA4A 3PLDA 5OZ2A 1LEEA 5C9BA 5P0IA 5P5YA 4COEA 5OYRA 2VS2A 4AUCA 1YM2A 2IGYA 1T7IA 3OQAA 2AODA 2ER0E 2V00A 5P5RA 2R38A 3MWSA 5P15A 1TW7A 3BRAA 3EBZA 4ACUA 4H3JA 2QZXA 5P1TA 4Y4EA 3TPPA 3CMSA 2G1OA 5OYZA 1RNEA 5P4OA 2QD6A 5P3HA 5P38A 4Y5EA 5OZEA 1ZP8A 5P1EA 2OHTA 2V0ZC 5P0RA 5KOSA 2UXZA 3TH9A 4AMTA 3BXRA 1AAQA 5IVSA 3O9IA 2O40A 4PZWA 3VF5A 1IDAA 3PMUA 1K6PA 5F00A 5P10A 3HZCA 3SO9A 3OUCA 4OBGA 5P8TA 5P0VA 1MSMA 2AVOA 5KR0A 5HE5A 3EC0A 5P7FA 2QK5A 4X7IA 3OOTA 1BXQA 1F7AA 1T7JA 5OZ5A 1WKRA 4Y4WA 3S43B 1XDHA 5P1RA 1AXAA 2VA5A 3KMXA 4I0FA 1E80E 1XS7D 5P1VA 5P7JA 4D88A 4ZSQA 2VIJA 5P3VA 5TOLA 2FNTA 5P6LA 2G22A 4APEA 5P3DA 1IZEA 2WF3A 1DW6C 2R43A 2QZKA 4RGHA 1KJHA 1HTFA 3LPIA 5P2AA 2WF1A 5P66A 4Y44A 1BVGA 2JXRA 5P4PA 5P4NA 1ENTE 2RKGA 4R91A 4NPUA 3RU1A 3UFLA 1NSOA 2VA6A 5P5TA 3T6IA 5P59A 4EWOA 1HVCA 3JVWA 4YCYA 1B5FB 2Q15A 4Q1YA 2AOGA 4K4QA 5P8LA 5DR7A 3NYGA 5IE1A 5P34A 2O4SA 4J1FA 1BILA 3LZYA 3IAWA 3L3AA 3SAAA 4K9HA 5P27A 4Y58A 2AOJA 1MESA 1GVVA 5JFUA 4GZFA 5AH6A 1K1UA 3QPJA 1EC1A 3LINA 5P5UA 5P7AA 5P68A 2AZ9A 1KJGA 2WEBA 4LXKA 5P4GA 1GVWA 3S56A 4EYRA 5ISKA 4Y4XA 1LYAA 2QMGA 3O9LB 2H6TA 3I2LA 3ZOVA 3K5DA 5P01A 3D1ZA 5P40A 4R95A 5SZ9A 4LXAA 5OZTA 4LL3A 1EPQE 2V10C 2G1YA 3K1WA 3RTHA 2J9KA 5DR4A 1APUE 5DGWA 3GI6A 3S54A 4H1EA 4OBZA 1D4JA 2AOFA 4QLHA 3FX5A 2BPVA 4IVSA 5DQ2A 5P8AA 5OZQA 4GIDA 5KR1A 3KA2A 3FSMA 4R8YA 1MT8A 4B0QA 2BJUA 1HTGA 5P73A 4KE0A 1HSIA 4ZSRA 3K5FA 3OHFA 2Z54A 2AVMA 5P3PA 3VF3A 2F80A 3KDCA 1YTIA 5P71A 1HTRB 1AJVA 5P1YA 1ZPKA 3I7EA 5OYQA 5HDZA 3EL9A 4BEKA 5P6VA 4FM8A 5JFPA 1ER8E 4R5NA 4DI2A 2QP8A 4GJCA 2HIZA 1PPLE 5P7EA 5J25A 4DQGA 4B05A 1TSQA 5P8SA 5P6ZA 2WEZA 4J1CA 2HPFA 2HB4A 4Y47A 1QBSA 2RMPA 3LZVA 3U7SA 5OYYA 5COOA 5P0NA 5P25A 2WEAA 3EKQA 2QI1A 3DV1A 2I4WA 5P4ZA 4GJ9A 5P3WA 3SA9A 5P0MA 5P3FA 3PMYA 2IKUA 4Y4UA 5P7MA 3EM6A 5OZCA 5P4YA 1C6ZA 4GJ5A 3LPKA 2F3EA 2NMYA 5P4UA 2OHNA 3VYEA 4A6CA 1ZJ7A 1UPJA 5KR2A 3KFNA 5IS4A 5I3XA 3EKWA 4FM6A 3PWWA 2P4JA 3LPJA 4FSEA 1WBMA 3ZMGA 3PEPA 4Y5BA 5IVQA 3QIHA 4RYCA 3R4BA 2B8VA 2I0DA 5KAOA 5OZ6A 4FM7A 4XKXA 5P3ZA 3PSYA 3SA8A 1BDLA 5ENMA 2JJIA 4I11A 3VSWA 5P5CA 4U7VA 4NJSA 1EPME 1MRXA 3QRSA 3VLBA 3SKGA 2J9JA 3EL1A 5P5NA 5HVPA 3PGIA 5P6MA 3OY4A 4AA8A 5P2LA 4LC7A 1BDQA 3GI5A 3DK1A 2VNMA 5OZKA 3N3IA 5P37A 1HEGE 2I4XA 4H3IA 4HDPA 4CPXA 3D1YA 5DR1A 4DJOA 1T7KA 5P1SA 1FMXA 5DPZA 1FQ4A 2P3AA 5P2KA 2B7FA 5P7WA 1FQ6A 3CIDA 4XX4A 1D4SA 2P3DA 3BUFA 5P76A 3EMYA 4F74A 4CPQA 5P0XA 3JVYA 5P3IA 1FQ8A 2VJ9A 3IVHA 3PVKA 4QJ8A 5COKA 5P8EA 4FCOA 2NXLA 3LIQA 4Y48A 4NJUA 4Y5MA 3UCBA 5P1LA 4EXGA 4Y4ZA 4FGXA 4I0HA 5OZ1A 5P2GA 5P24A 5BS4A 3PB5A 1FQ7A 4FE6A 3DCKA 5OZJA 2F3FA 3VSXA 4A4QA 5P84A 3UDPA 4FAEA 3KDDA 5P6GA 3UDRA 3ZKNA 5P3JA 2PWCA 3PWRA 1QRPE 5KQYA 3KDBA 1BVEA 5P7KA 1HHPA 8HVPA 2VIYA 3OXVA 5P7GA 3KYRA 2OHQA 3DJKA 2G26A 4MC6A 3OADA 1CPIA 1NPWA 4QJ7A 2F3KA 5P16A 4DJWA 4RYGA 4EJ8A 5P28A 5P3NA 4CKUA 1K6VA 5P80A 5OZFA 3TNEA 2NMZA 3OXCA 3VV7A 5P0DA 5P0AA 1YG9A 5OZBA 5HDVA 5P2JA 5P0OA 1N49A 1AIDA 3SA6A 5P1QA 5IVRA 3PM4A 2QHZA 3NU6A 3O99A 1A8KA 3BXSA 3LZSA 1SMRA 4D89A 1HVKA 3BVAA 3UPJA 1IBQA 1MTRA 2ASIA 1YM4A 4Y37A 5P41A 5OZ9A 3L59A 1ZAPA 5HD0A 2QNNA 2ZJKA 5OYWA 4I12A 3L5EA 1ZTZA 5P0WA 4Y54A 5P4JA 5P7RA 2Q55A 4J1HA 1HVJA 3OWNA 4Y3XA 2R8NA 5P4FA 3ZKMA 5DR3A 5P09A 5P4CA 5P12A 1BV7A 5OZWA 2Q54A 2B8LA 1QBTA 5P2SA 5P5DA 4DJRA 1TSUA 5P44A 1W50A 5ER2E 1F34A 5AH9A 4Y4DA 4EQJA 1M43A 2SAMA 5P7HA 4RROA 1FMBA 2ER9E 3HBOA 4D85A 2Q5KA 4XXSA 2VKMA 4J0ZA 4DJUA 5P4VA 2R3WA 3M9FA 5P6TA 3QBFA 4PEPA 5P2FA 2PYNA 3NR6A 4DJQA 2ZJIA 5P2TA 2R5QA 4PZXA 1MTBA 3S7LA 3H5BA 5P1JA 5P18A 5HU1A 4RRSA 5P6DA 5P88A 3CKTA 3R0WA 3LIZA 3OGPA 2Q11A 4Y4AA 4CPUA 5P1ZA 4QJ2A 4HDFA 1HWRA 1TCWA 5P86A 2P8HA 1EBYA 2HM1A 2NTRA 3SM2A 5P3YA 2BKTA 3UFNA 1MT9A 5P2UA 3SA5A 5OZDA 3NWXA 2VNNA 1EBWA 2XFKA 2F8GA 2O4NA 1MSNA 3VFAA 2G1NA 2OHRA 4R93A 5CLMA 4DVFA 1QDMA 3D3TA 3ZPUA 5P50A 5P31A 4Y3YA 2NNKA 5P5LA 3S2OA 4GJ6A 5P3TA 4JP9A 2ZGAA 2ZHSA 5P0TA 1LYWA 3EKYA 4GB2A 4ZIPA 3OTYA 5BWYA 1TCXA 3QVIA 5P2EA 4D8CA 4GYEA 1APVE 4L7GA 5P63A 3EL4A 5P0EA 3MXEA 4Y3WA 4FAFA 4PYVA 1SIVA 3IXKA 4APRE 3O9LA 3IN4A 3G72A 3RSXA 5P5VA 5P5XA 1YTJA 2V12C 5P4IA 3TLHA 3URJA 5OZZA 3EM4A 3QRMA 5P0UA 3VUCA 2ER7E 5P7ZA 2VIZA 3WB4A 4FRIA 5P8QA 1C6XA 4QGIA 2WF0A 4KUPA 3ER5E 1K6TA 1MIQA 1AJXA 3EL5A 4Z4XA 5P1BA 3VYFA 1K6CA 3UDHA 1EC2A 5P2BA 5P4HA 5P7UA 5P4QA 2OAHA 2JYSA 5P11A 1TZSA 1G35A 3KMYA 4ZEAA 4FS4A 4RLDA 4Q1WA 2PMAA 5C9FA 2B42A 3CYWA 2IGXA 2FXEA 5P4EA 1ZLFA 2BPXA 4RCEA 4TRYA 5P5OA 5P6CA 3NUOA 4Q1XA 1NPAA 1E81E 4U7QA 2ZJLA 3Q6YA 3ZKIA 5P87A 4Y3JA 2PWRA 1G6LA 5P35A 3VCMA 5P1NA 5P1DA 3BC4A 5P7DA 4I1CA 5P6QA 1EPNE 1HVSA 4Y4BA 1XE5A 4QJAA 5P5EA 4B70A 3ZKGA 2HC0A 3MSKA 3TL9A 1B6MA 5P46A 4LP9A 4F75A 1SP5A 5P8OA 1GVTA 6APRE 4Q1NA 3OK9A 5P47A 1M0BA 4L6BA 5P0FA 3G70A 4DQCA 1A9MA 2BKSA 2HB3A 3PI0A 2ZYEA 3VV6A 5OZIA 5P3GA 4Y5LA 4I0ZA 1EPRE 3D1XA 5SY3A 1HVLA 4Y3NA 4Y36A 1IZHA 1LYWB 5P0QA 3BUGA 5APRE 1AVFA 4YCKA 5OYXA 5P5JA 5P7CA 3TTPA 1FB7A 4EJLA 1RQ9A 2P83A 1NPVA 5P2VA 1GVXA 1GNOA 1SBGA 7UPJA 5P14A 5P4LA 1HIIA 5P75A 5P3CA 5P0ZA 3L5DA 2QMDA 2RSPA 4LXMA 5P6AA 3PCWA 4B1EA 3ER3E 5P02A 2MIPA 4B1DA 3S45A 3T7QA 3GGVA 5OZMA 5P07A 4OD9B 5I3YA 4I8ZA 4M8XA 1FQXA 2QU2A 5P85A 2AZBA 4Y38A 5P3RA 2NNPA 4Q5MA 5DQ5A 1FG8C 3RVIA 1PSNA 5P6NA 5P3QA 1LYBB 3UQPA 4Y5CA 3TKGA 2WKZA 5P1KA 2BB9A 5P3XA 3UQWA 5P6RA 3VF7A 2ER6E 5AHBA 1CMSA 4DQFA 4I0IA 3BHEA 5P6IA 4JOOA 4OC6B 2FGVA 1HVIA 5OZLA 5P8BA 1MERA 2Q63A 1W5XA 5P4XA 4EJDA 4RCFA 2FDDA 1C6YA 3GI0A 5P1MA 3FV3A 5DQ1A 5P39A 4ZLSA 5IVTA 2QI0A 2XFIA 3OHHA 3S8IA 4LHHA 4DPIA 2HS2A 3INDA 4EJKA 3T3CA 5P8FA 2NPHA 2AOIA 2QD7A 3QBHA 5P23A 4HLAA 5P60A 4Y9WA 4KB9A 2G1RA 5OZNA 2ZE1A 3O9EA 1SGUA 1IDBA 1KJFA 4HA5A 4Y41A 5BRYA 3ST5A 5P6XA 5P2XA 3WZ6A 3NU5A 3O9BA 1UH7A 2XYEA 4ER1E 3O9HA 4Y3RA 3UTLA 2PC0A 2UPJA 3OQKA 1FG6C 1XL5A 3TPRA 4CPWA 1HXWA 3O9GA 2AOCA 3U71A 2WF2A 1M4HA 3VG1A 2ZJJA 3EL0A 3SFCA 4Y5KA 2PK5A 5HCTA 5P2OA 5P32A 4Y3SA 1EPOE 2I4QA 3I6OA 4OBKA 2V11C 1CZIE 2Z4OA 3HAUA 4I10A 1UH9A 5P06A 3VFBA 5P54A 5P22A 3NUJA 5P8CA 1JLDA 4HEGA 4DQEA 3L5CA 2I4DA 1AM5A 5AH7A 2VJ6A 5P2CA 4B78A 3ZKXA 1HOSA 3RSVA 1SIPA 3O9AA 1DAZC 4DJVA 4BELA 1W5VA 2FMBA 4BFBA 3PJ6A 1K1TA 3PI5A 5OZ4A 1MPPA 5P8MA 1PSOE 2IS0A 5OZ7A 2XFJA 4JECA 2AOHA 1A8GA 2BPWA 3UDQA 5P89A 4I0DA 2ZHTA 2ZHUA 4L1AA 1YTHA 4YD5A 3NXEA 3WZ7A 1IZIA 4RVIA 3CIBA 3LITA 2FGUA 1ZSFA 2G24A 3GW5A 4K8SA 5P3BA 3QRVA 4UPJA 4WTUA 4F73A 5P13A 2FXDA 3QROA 4Y4TA 4LAPA 2QNQA 3L5BA 5P3UA 1DP5A 2QCIA 3LZUA 4Y53A 2G20A 1IIQA 3NWQA 5AH8A 5P4MA 1U8GA 4HDBA 5P8IA 2IL2A 2QI4A 4TVGA 3NDXA 5JODA 3NXNA 4B1CA 2O4PA 2G69A 1HVRA 4GJDA 4Y35A 3OAGB 5SXNA 5AHCA 2CEJA 5P77A 4Y3EA 2QHCA 3T7XA 3SACA 5P74A 3TKWA 3OTSA 4YBIA 2QI3A 5P7PA 4J1KA 1BBSA 5P43A 2WF4A 3RTNA 3HW1A 3A2OA 5P7YA 2XYFA 5P8KA 5P5HA 3ZKQA 4NPTA 4GJBA 4QJ9A 1GVUA 4H3GA 1BDRA 3SQFA 5P8HA 3T11A 4MC2A 4I8WA 3INFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VLA A;  3EKP A;  2QNP A;  5P7S A;  3OQF A;  1GKT A;  4ZSM A;  3K5G A;  4L7H A;  5P52 A;  5P08 A;  1T6G A;  1B11 A;  3DUY A;  3GI4 A;  5P5P A;  1IVQ A;  5P72 A;  3SAB A;  1E5O E;  3OOZ A;  5P83 A;  3OGQ A;  5P2Y A;  5P4D A;  5P8J A;  1MRW A;  1BAI A;  1GNN A;  1D4K A;  4Y50 A;  3GGU A;  5P45 A;  4WY1 A;  3SKF A;  3G6Z A;  2QAK A;  5OZU A;  3KT2 A;  5P5W A;  3HAW A;  2AID A;  2I4V A;  5EZX A;  1FEJ C;  1VIK A;  1B5F A;  1A30 A;  4PHV A;  2R5P A;  3OAD B;  2OHU A;  3INE A;  4OBH A;  5P81 A;  5P6P A;  1LS5 A;  5ENK A;  4U8W A;  3CIC A;  4Y3M A;  4M8Y A;  5P36 A;  1ZPA A;  5P8U A;  4AZY A;  1IVP A;  3FNT A;  3D20 A;  5P7L A;  1FF0 C;  3SA4 A;  3PLD A;  5OZ2 A;  1LEE A;  5C9B A;  5P0I A;  5P5Y A;  4COE A;  5OYR A;  2VS2 A;  4AUC A;  1YM2 A;  2IGY A;  1T7I A;  3OQA A;  2AOD A;  2ER0 E;  2V00 A;  5P5R A;  2R38 A;  3MWS A;  5P15 A;  1TW7 A;  3BRA A;  3EBZ A;  4ACU A;  4H3J A;  2QZX A;  5P1T A;  4Y4E A;  3TPP A;  3CMS A;  2G1O A;  5OYZ A;  1RNE A;  5P4O A;  2QD6 A;  5P3H A;  5P38 A;  4Y5E A;  5OZE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GGX A;  2APR A;  4DV9 A;  4Y39 A;  3WSJ A;  3OUB A;  5P0G A;  3B80 A;  3UQU A;  4X2L A;  4YE3 A;  1DPJ A;  4TVH A;  3S7M A;  3I8W A;  5DQC A;  3EM3 A;  1OD1 A;  5P8D A;  1TQF A;  5P3M A;  2V16 C;  5P29 A;  2FDE A;  2VJ7 A;  2IEN A;  4Y57 A;  3ZKS A;  5P1I A;  3TOF A;  1BIM A;  2H6S A;  5P49 A;  5ER1 E;  5C9D A;  4Y56 A;  3OUD B;  5P4K A;  5P30 A;  4EHC A;  2AZC A;  3JW2 A;  5P1W A;  1Z1H A;  3NDT A;  3BUH A;  5P55 A;  2AOE A;  3KFS A;  5P6S A;  3PSU A;  5P65 A;  5P04 A;  5P8G A;  3HD8 A;  5P0K A;  5P1P A;  1OHR A;  4Y3T A;  2PH6 A;  2A4F A;  3NSH A;  3DM6 A;  5P03 A;  4S1G A;  5OZV A;  4Y3Q A;  3K5C A;  2HB2 A;  5AGZ A;  5P7B A;  2Q64 A;  3IA9 A;  3QI1 A;  4NJV A;  9HVP A;  5SY2 A;  4YD6 A;  1EED P;  1Z1R A;  2WHH A;  4RZ1 A;  2BBB A;  1BWB A;  2AVQ A;  4HE9 A;  4Y3A A;  1D4H A;  3EKT A;  3F9Q A;  1QS8 A;  1B6P A;  2PH8 A;  5HDU A;  1E82 E;  1RV7 A;  1FLH A;  4EQ0 A;  1B6K A;  2AQU A;  4CPS A;  2I0A A;  1UH8 A;  2ANL A;  4DFG A;  4PPH A;  3NU3 A;  1BWA A;  3PBD A;  5P3A A;  4Y4J A;  3MSL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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