5DR1A

Endothiapepsin in complex with fragment 278
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr1A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr1A01
1HOSA 5P2FA 4DH6A 2QHCA 3UDQA 1BWBA 5P0PA 4DI2A 5P48A 4B1EA 4ZSRA 4ZIPA 1PSAA 1NPWA 4RRNA 1OEWA 2P4JA 4Y54A 2Q3KA 3S85A 5COOA 2VS2A 5P34A 3NSHA 3QVIA 5ER2E 3O9DA 4YOAA 4CPUA 3T7QA 1MEUA 1M0BA 2AVQA 4R93A 5P4KA 1NSOA 2VA5A 5ER1E 4NJUA 3T7XA 2HC0A 3ST5A 3BVBA 3JVYA 3LPIA 3WZ8A 4Q1WA 2O4NA 1A8KA 1QRPE 4U7QA 5P6MA 5DQCA 2F80A 4OBHA 3NDWA 4WY1A 4IVSA 4J55A 4H3GA 4NPTA 1RV7A 2PYNA 1FQ4A 1PSOE 1RQ9A 1FMBA 3T6IA 3PEPA 2V11C 5P42A 5C9FA 1K6VA 1MRXA 2FDDA 2VIJA 5P8CA 3RTHA 2O4SA 3EM3A 4Y44A 5P83A 4LAPA 2QI5A 1W51A 4PZXA 2R5PA 4R91A 2QMFA 2IQGA 3ZKQA 5OYQA 1LV1A 2FLEA 2QD6A 2CENA 3L5BA 1TW7A 5P8IA 3PVKA 2ZJKA 3S43B 2Q54A 1BXOA 1WBMA 5P2CA 2A4FA 1IVPA 3O99A 1EPOE 4GZFA 3ZLQA 3NR6A 3OADB 3IGBA 4J1CA 5P49A 4CKUA 4EHCA 2G26A 3OTSA 1HTRB 3ECGA 5C9BA 2AOGA 1GNMA 4I0JA 4DJOA 2B42A 2NNKA 5P2BA 3HDKA 1ODWA 5IE1A 5OYXA 1EEDP 2NR6A 1EPLE 5OZWA 4OC6A 6UPJA 5AHCA 4YBIA 1QBRA 1D4YA 3SM1A 5HTZA 3OQAA 2I4QA 4YD4A 5P7QA 3CKTA 3Q70A 4FM6A 5UPJA 1W5YA 5P0SA 4K8SA 1B6LA 3M9FA 5P6QA 2V13A 5P1ZA 3K1WA 4RGHA 3O9LA 2BPWA 2IGYA 4YE3A 1K2BA 4BFBA 4RVJA 5P1KA 5P5LA 2IKUA 5P3CA 5P22A 5P5FA 4APRE 3QRSA 3OK9A 3NYGA 3BUGA 2WF4A 3OQFA 3TPJA 3VSWA 4Y3JA 1SGUA 4I8ZA 4FM7A 3R4BA 3R0YA 1K1UA 1MERA 1K2CA 5P14A 4R5NA 1FQ6A 3VF7A 3D91A 5HCTA 3L5FA 5OZYA 4Y50A 1YM4A 1FQ7A 3OQDA 1DMPA 2QAKA 4X7IA 3CMSA 3UHLA 4Y5PA 5CONA 3I2LA 2WF0A 4OBGA 5P3LA 1BDRA 5P2OA 5P44A 4EPJA 2WF1A 1W5VA 5P3YA 2B8LA 2O4PA 2QNNA 1HRNA 2ANLA 2J9JB 1ER8E 3PM4A 1HVKA 5P1AA 4H3FA 2BKSA 2EWYA 3UDJA 1W50A 5I3YA 3KMXA 5OYVA 5P10A 1G0VA 3TNEA 4CMSA 1D4HA 2VJ7A 1W5WA 5T4SA 1ZLFA 5P3KA 4FLGA 2VIZA 5P1SA 4Y4GA 1HSIA 3FNUA 5P4JA 5P2RA 5P5KA 4TVHA 1ZP8A 3SA4A 5DQ5A 5P8SA 5P09A 3RSXA 4Y3GA 4PHVA 4QJ8A 4J5JA 4D89A 1BDQA 5P0UA 2AZCA 5OZLA 2QU2A 5P03A 3K5GA 4FRSA 1PPKE 3IXKA 1AAQA 2G1OA 5P60A 7HVPA 5COKA 4WTUA 3PLDA 4ACXA 5P36A 3UF3A 2I4DA 2H6TA 4Y4AA 4EQJA 3L3AA 5P8FA 5P5AA 3ZKGA 5OYSA 3EL0A 5P7LA 4Z2ZA 5P0BA 5P2GA 1VIJA 3KFPA 4GJ7A 2VIEA 1KJ4A 3L58A 3VSXA 1B5FB 2ZJLA 1FLHA 4Y45A 5AHAA 4B72A 1ZTZA 2P3DA 2RKGA 5ENMA 4B78A 5OZIA 2WEDA 2I4WA 5P1FA 3GGAA 4ZPGA 5P1OA 3SA3A 4YD3A 4OD9A 3IXOA 5P7MA 3B80A 5P3IA 1GNNA 5IVSA 5P6YA 4JPEA 5FIVA 2NXMA 5P2LA 1XL2A 3BVAA 5HDVA 1T6GA 1MT7A 3UQPA 5P5XA 1SMRA 2I1AA 3QBFA 4Y3MA 5AH7A 5P3TA 1UPJA 1C6XA 1HPVA 2ZDZA 1SH9A 1ZJ7A 5P15A 5P7FA 1QBTA 1BBSA 2WL0A 5P0CA 1FG6C 4Q1YA 3KA2A 3OHHA 2Q63A 2ER7E 4J1KA 4R95A 2VNMA 5OZKA 1IBQA 3INFA 1DW6C 3PBZA 1RNEA 4Y39A 4R8YA 3G6ZA 4CPTA 5DR1A 4MC6A 4ACUA 1HEGE 5DR4A 5P00A 1A94A 5P4AA 3VV8A 3INEA 4I0HA 2BKTA 1ZAPA 4Y3SA 1W6HA 4I11A 4DQBA 4DQEA 4Y5CA 1GVVA 1MPPA 4J0VA 5P30A 5P41A 4EJKA 5P4YA 1CPIA 5P0EA 1UH7A 3G72A 4K4QA 5P5PA 3CIBA 3OXXA 3Q3TA 1CMSA 2PSVA 2ZHTA 3ZKXA 5P1PA 3KMYA 5OZAA 2FXDA 5P5RA 5P54A 3DOXA 4J0PA 1PPME 5OYTA 1K1TA 3R0WA 2QZXA 2XYEA 4FS4A 1B6MA 2Q15A 1K6PA 5I3WA 4J1FA 1LYBB 4EYRA 2F3FA 3LIZA 4GJDA 1T3RA 3NUOA 1W5XA 5AHBA 1FB7A 5P7DA 3LZUA 5OZ8A 2R8NA 5P4OA 4YD6A 2AOCA 5P7RA 4CP7A 2PQZA 5HE4A 5EZZA 3SPKA 5P81A 3EL1A 4Y5BA 4H1EA 2SAMA 3PGIA 2F3EA 2QMDA 4K4PA 5P5DA 1HXWA 5P0XA 3SQFA 3HAUA 3CKPA 1F34A 1J71A 2G1RA 5KOQA 4FL8A 5P5QA 5P1DA 5P24A 5P4TA 1EPRE 4I8WA 2VIYA 3SFCA 5P1VA 2OHUA 5P6BA 5JODA 4QJAA 4JP9A 1AM5A 3EKXA 2B8VA 2J9KA 1U8GA 5P64A 3QRMA 4ZPEA 3LIXA 3SAAA 5P3XA 3UQXA 5P7PA 5P7CA 3OGQA 3S56A 4K9HA 5BRYA 1TQFA 2R9BA 3SA7A 2WEAA 1FF0C 4XX4A 5OZ3A 1XN3A 3BUHA 5KQYA 5OZ2A 3KYRA 2PWCA 3EKWA 4Y5EA 4H3JA 1G2KA 4OBZB 5P35A 3OUAA 3OUCA 1LF3A 4LC7A 3VG1A 1ODYA 4I0EA 5P72A 5P6PA 1EC1A 2PSUA 3EKYA 5P19A 3SA9A 5P23A 5P3BA 2QMGA 1XE6A 1YTHA 4TRZA 3L5EA 1FMXA 5EZXA 5P7TA 5P7SA 2P3AA 5OZ1A 5OZDA 3O9FA 1AJXA 4RVIA 2QI6A 1D4LA 5P73A 4HLAA 3NWXA 3TH9A 1MESA 5P8MA 2AVMA 3QPJA 4GJ8A 1IZDA 2R5QA 5P4WA 5P7JA 1BILA 2B7ZA 4DJXA 3LINA 4LXKA 1D4JA 5P5WA 1AZ5A 5P8JA 2HPFA 5P1EA 5P4LA 1BVGA 2P3CA 4WY6A 3S7MA 1B6KA 1HIHA 4AA8A 4DJVA 5JG1A 1UH9A 2FS4A 4MC2A 2BQVA 4Y3LA 4DUSA 5P40A 2P8HA 5P2AA 2OHQA 4PZWA 4COEA 4R92A 4I0IA 4M8XA 2ZJIA 2IENA 5DGUA 3NDXA 3LIVA 5P5VA 4Y5AA 2QI4A 4BELA 3N4LA 5P65A 5DQ1A 4QLHA 5P32A 5P29A 5P2KA 2HS1A 2CEJA 5P2XA 5P4RA 5HDZA 1BDLA 5P4CA 4D88A 5COPA 5IVTA 5P5EA 2P3BB 5P7IA 5P2QA 5P6SA 4YCKA 4Y4UA 5P8OA 3KFRA 5ISKA 5P20A 2HM1A 2PH6A 1JLDA 3OQKA 5P7GA 4YHQA 3QI1A 1ODXA 4DPIA 1FGCC 2G20A 1BV9A 3SKGA 2QI0A 5APRE 3PBDA 5P3NA 3OAGB 5P2WA 4NPUA 5P77A 4ZLSA 1A30A 3OQ7A 1HTFA 4RZ1A 4HDPA 2IEOA 1FQ8A 1LF4A 1FEJC 4GJ6A 3DCKA 5P7WA 5OZPA 5P0RA 3OOZA 4D85A 1SMEA 3S43A 3EKQA 1HVSA 4GB2A 2I4UA 5P66A 3H5BA 3EKPA 4BFDA 3OADA 5HDUA 5P8BA 2G21A 1AIDA 5KR2A 1N49A 5P1GA 1OD1A 4DQHA 3IXJA 4OBKA 4FM8A 4Y4WA 3K5FA 5F01A 5AH6A 2AZ8A 1MVPA 5P68A 3UQRA 5OZ5A 5P6TA 4RYGA 5P63A 2NXLA 3IA9A 5P80A 2V0ZC 3OWNA 5ENKA 5KR8A 5OYUA 3VUCA 4Y41A 5P8AA 2WF2A 5CLMA 1Q9PA 3KFSA 3PI5A 1EPNE 3IN3A 2QMPA 5P5NA 1ENTE 3NU4A 5P2HA 1LYAA 1HEFE 3NLSA 5P3VA 5P4IA 1FKNA 2OHTA 2RMPA 1C70A 2FIVA 4Y5KA 5P7XA 4DFGA 4Y57A 4DJUA 2FNSA 2A1EA 3BGCA 3UDMA 1NH0A 2OAHA 1D4SA 5P0ZA 3MXDA 3OXCA 3S53A 1FQ5A 3NWQA 1ZSRA 3S54A 5P5GA 4GJCA 5P7BA 4CPWA 5P3AA 5KAOA 2AZ9A 1IDAA 2F81A 3TOFA 4A6CA 3TL9A 3L59A 1MT9A 3EBZA 4Y4XA 2HB3A 5OZHA 3EC0A 1IZIA 5P5SA 3NDTA 4OC6B 3TTPA 3OGPA 1HBVA 4QJ6A 4Y5GA 4B0QA 3O9IA 5P7VA 2QD7A 4AUCA 5P51A 2VA7A 5P7ZA 2JJJA 1KJHA 3S8IA 5P1NA 3DJKA 3PCZA 3VF5A 2IS0A 2J9JA 3QROA 2ER6E 2HIZA 1K6TA 3BC4A 3PSYA 4HDFA 1BVEA 2FXEA 5IVQA 5I3XA 3OU1A 2NNPA 3O9LB 4Y9WA 5P79A 5OYZA 5P1IA 1BIMA 1D4IA 2G69A 2QNQA 5P7AA 4KE0A 5P59A 2IRZA 5JFPA 1EPQE 5P1QA 3EKTA 3QBHA 4EJ8A 4Y48A 5P0FA 1ZBGA 2WJOA 3HW1A 4DJQA 5P69A 4Y5LA 3OUBA 1GKTA 1LF2A 1HVRA 3HVGA 3GW5A 4J1EA 4YDGA 4CPSA 3OUDB 1SDTA 2AIDA 5P1RA 5P04A 4Z4XA 2FMBA 1AVFA 4XX3A 3UDYA 4Y5NA 3S45A 2PH8A 3ZKNA 2H6SA 4EXGA 3OY4A 4Y3YA 1HIVA 4APEA 4Y4TA 5P58A 2QNPA 3UFLA 2WEBA 4I0GA 5P3WA 3U6AA 5P17A 3ZKSA 5P0MA 4ER2E 5OYRA 5OZ6A 3FNSA 3EM4A 5P6EA 5P7NA 3URLA 4RRSA 2ER9E 1TSUA 9HVPA 4Y3RA 4Y3PA 5P4FA 3RTNA 5BWYA 2ZHSA 2G1SA 4FAEA 5P2EA 4GMIA 2ZGAA 5BS4A 2FGUA 5OYYA 3LPKA 2AVSA 4A4QA 1E82E 1MSNA 4Y3HA 1E80E 3QRVA 4OBJA 4L7GA 1DPJA 3PSGA 3VYFA 4GJ9A 3CIDA 1BXQA 3KDCA 3O9AA 5P86A 3SM2A 4LHHA 1VIKA 5P78A 4HE9A 5P5OA 4B1DA 5P5YA 3K4VA 1ZSFA 2OF0A 1WKRA 2ER0E 3I6OA 1EC3A 2AODA 2O40A 3DV1A 3KFNA 4RLDA 4Y3XA 4FAFA 4I1CA 5P3HA 1EBWA 3L5CA 3RVIA 2AVVA 5P8HA 3D1ZA 2ASIA 3SLZA 2QHYA 4PYVA 3CYXA 5OZMA 4B05A 4Y47A 4Z22A 3PWMA 5P8TA 3OXVA 5P6DA 1EBYA 3KT5A 2F3KA 2OHMA 4ZSPA 3S2OA 2I4VA 5P6RA 5P3FA 2QZKA 1EC2A 4F74A 5P3ZA 1KZKA 3JW2A 3EKVA 3NXNA 5P1XA 2V00A 3VV7A 3VFBA 3WZ6A 4Y4DA 3BXSA 5KQFA 3OU3A 5KQZA 4ZEAA 4L7HA 5OZ9A 3ZPUA 3RU1A 4OD9B 5P1MA 4K4RA 5P0IA 3MSLA 5P6HA 2R3TA 5P6LA 3U7SA 5P4PA 7UPJA 3LIQA 4KUPA 2QD8A 5P2VA 3SA5A 2JYSA 1HPSA 3O9EA 3MXEA 3HD8A 3MSKA 3QS1A 1LYBA 2IL2A 1LS5A 4Y6MA 1MRWA 1LEEA 5JFUA 5P70A 2NMZA 6FIVA 5J25A 5P67A 2WKZA 2FDEA 3R1GB 4ER1E 5P4GA 1NPVA 3LNKA 4Y3ZA 1TSQA 4RCDA 1TCXA 2G94A 2BJUA 2BBBA 4JPCA 3QVCA 5P75A 4RVXA 5P4SA 1APWE 1SDVA 2QK5A 5P2UA 1B11A 3FV3A 3QP0A 3HAWA 2BPZA 1UH8A 5OZEA 3UTLA 1PROA 4Y53A 1LYWA 3PCWA 4KE1A 3DK1A 5F00A 2RENA 2IDWA 5P28A 5ISJA 2QU3A 2PWRA 3SKFA 1TZSA 3EL5A 5P2IA 3C9XA 5P0WA 2VNNA 4PEPA 5P5IA 4Y3EA 3PLLA 5P6AA 1OEXA 1DP5A 3L5DA 3VCMA 1HVIA 5P8VA 4DQCA 3PB5A 2IKOA 4Z50A 5P6GA 3OU4B 2HB2A 1FFFC 1BV7A 2AOFA 4ZSMA 4YOBA 3VEUA 5OZXA 5OZOA 3UFNA 1GNOA 5P0TA 4OBZA 4EP2A 4I0DA 2G24A 3UPJA 2HB4A 5OZGA 5P43A 4YDFA 3T3CA 3ZOVA 1G35A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HOS A;  5P2F A;  4DH6 A;  2QHC A;  3UDQ A;  1BWB A;  5P0P A;  4DI2 A;  5P48 A;  4B1E A;  4ZSR A;  4ZIP A;  1PSA A;  1NPW A;  4RRN A;  1OEW A;  2P4J A;  4Y54 A;  2Q3K A;  3S85 A;  5COO A;  2VS2 A;  5P34 A;  3NSH A;  3QVI A;  5ER2 E;  3O9D A;  4YOA A;  4CPU A;  3T7Q A;  1MEU A;  1M0B A;  2AVQ A;  4R93 A;  5P4K A;  1NSO A;  2VA5 A;  5ER1 E;  4NJU A;  3T7X A;  2HC0 A;  3ST5 A;  3BVB A;  3JVY A;  3LPI A;  3WZ8 A;  4Q1W A;  2O4N A;  1A8K A;  1QRP E;  4U7Q A;  5P6M A;  5DQC A;  2F80 A;  4OBH A;  3NDW A;  4WY1 A;  4IVS A;  4J55 A;  4H3G A;  4NPT A;  1RV7 A;  2PYN A;  1FQ4 A;  1PSO E;  1RQ9 A;  1FMB A;  3T6I A;  3PEP A;  2V11 C;  5P42 A;  5C9F A;  1K6V A;  1MRX A;  2FDD A;  2VIJ A;  5P8C A;  3RTH A;  2O4S A;  3EM3 A;  4Y44 A;  5P83 A;  4LAP A;  2QI5 A;  1W51 A;  4PZX A;  2R5P A;  4R91 A;  2QMF A;  2IQG A;  3ZKQ A;  5OYQ A;  1LV1 A;  2FLE A;  2QD6 A;  2CEN A;  3L5B A;  1TW7 A;  5P8I A;  3PVK A;  2ZJK A;  3S43 B;  2Q54 A;  1BXO A;  1WBM A;  5P2C A;  2A4F A;  1IVP A;  3O99 A;  1EPO E;  4GZF A;  3ZLQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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