5DR3A

Endothiapepsin in complex with fragment 333
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr3A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr3A01
3KN0A 3INDA 4J17A 3LIXA 3VYDA 2ZJMA 3EM4A 2R3WA 5P7ZA 2I4QA 1C6ZA 4GJDA 2PK5A 5P6HA 3N3IA 2WEDA 2AQUA 1FB7A 2AOEA 3T7PA 5OZOA 4L7HA 5P7AA 5P0ZA 3NLSA 5P17A 3KFRA 2VNMA 5JFPA 5P26A 1TQFA 3QAAA 3UDHA 4Y3TA 5P05A 3VEUA 4Y3FA 1HSIA 3HLOA 4J55A 3S7LA 3NU3A 5P3AA 5I3VA 3UCBA 2IENA 3ZKXA 5P5YA 5P49A 4EP2A 2AOFA 2P3BB 3QRMA 1HVRA 2PH6A 4J1KA 4YE3A 5P6KA 1XL2A 1FQ7A 4CP7A 4H3JA 1AVFA 1EBWA 4DI2A 3HAUA 5P8LA 3ZKMA 4DQCA 5P60A 4Y4GA 4DQBA 3TOHA 5P3JA 4Q1NA 4MC1A 1HEFE 3KMXA 4Q1XA 3URJA 4DJQA 3O9LB 2V16C 4GJ8A 3WB5A 5DR1A 5P8PA 2QI1A 3U71A 3SPKA 5ISKA 1FFFC 5UPJA 4APRE 1HIHA 1K2CA 4OBZB 1PROA 3L59A 3OXXA 3QP0A 4OC6A 4ACXA 4Y3MA 2FMBA 2QP8A 4R91A 3VF5A 3DM6A 5P16A 5BS4A 3TPJA 1B5FB 2J9KA 2QCIA 3B80A 1MIQA 4LXAA 4HEGA 3GGVA 3NU5A 5P54A 1XE5A 1PPLE 5P72A 5KQZA 4CPQA 5OYZA 5SZ9A 5P31A 3S45A 2IRZA 3NR6A 2OHMA 5P44A 1TCWA 5P69A 4DJXA 5P6LA 5P2GA 1BDLA 5P7MA 1E81E 1QS8A 3QRSA 5P10A 1T3RA 4YBFA 2NXDA 5CLMA 2A4FA 3SA9A 5P0IA 3ZPTA 1ODXA 1W5XA 1EPOE 1JLDA 3QVCA 2BKSA 4Y3LA 5P4XA 5OZSA 2XYEA 4CPUA 5P6JA 2FDDA 5OZDA 5P87A 5OZCA 4KE1A 4AUCA 6FIVA 5P1HA 5P8RA 4Z22A 5KR1A 4A6BA 4Y3SA 4BFDA 3OY4A 5OYUA 3EL4A 5DR0A 3SACA 3HBOA 2B7FA 4ZIPA 5IVRA 5P39A 1B6MA 1T7JA 4H1EA 4DJVA 3UDKA 5OYQA 5P01A 2HM1A 4Z50A 4ZPEA 5P63A 1HVHA 1D4HA 2Q5KA 3KDBA 1A30A 2Q54A 4OBDA 3N4LA 2O4KA 4Y3GA 3NU9A 4Y38A 3DV1A 5P2VA 3T7QA 1QBUA 4UPJA 3OQAA 5P71A 3PEPA 1FKNA 4J1HA 5P4LA 5IVTA 3T11A 2PSGA 4GJ5A 1HWRA 5P6RA 4GJAA 1B6KA 4QJ2A 5E5JA 3EBZA 3LINA 5I3WA 3IGBA 4Z4XA 2R9BA 4J0YA 2R5QA 5P6VA 5AH6A 4YOAA 2I0DA 1META 3OADB 1HVIA 1HSGA 2APRA 5KOSA 5OZQA 4DQGA 5KR0A 3KF0A 5P3EA 4Y5EA 3O9HA 5ER2E 3OXWA 5P35A 2P3AA 4Y54A 5P0LA 2O4LA 5P6ZA 4EJLA 3OXVA 3HD8A 4Y35A 1BXOA 2ER0E 3PWRA 4HDPA 4M8YA 1E80E 3S54A 5P2BA 2PH8A 4Y36A 3S56A 4AZYA 4B1CA 4EQ0A 3VCMA 4Y4EA 4K8SA 3PWMA 1HVJA 5P85A 1EEDP 3RU1A 1FQXA 4Y4TA 3VYEA 5P1BA 3LPIA 4D89A 1K2BA 2G1NA 1PPME 4Y48A 3LPKA 3KT2A 4K4PA 5P74A 2XFKA 5P82A 4J1FA 2QNPA 1QDMA 4WY1A 5P2TA 3DCKA 5P5WA 5P78A 3OTSA 2I4XA 2O4SA 3QVIA 4I11A 2O4PA 3RTHA 5P3HA 5P4OA 5P2JA 1GNOA 1EPME 5P81A 3GGUA 3O9DA 5P3IA 4CPRA 5P2MA 5P7VA 2QZXA 5OZ2A 5OYWA 3SA4A 3OUDB 2ER7E 2JJIA 3OHHA 5P5PA 1RV7A 3NWXA 5P51A 4EYRA 1CZIE 1F7AA 5P15A 1YG9A 2NMZA 3NDTA 3Q6YA 4DV9A 3S8IA 4HZTA 1ZBGA 5P1MA 3TOGA 4XX4A 2FGVA 1ENTE 1GVXA 2B8VA 4RYGA 5KR8A 3PRSA 5P0TA 5P86A 1EAGA 5P47A 3H0BA 5P1YA 2NR6A 5P0UA 7UPJA 5P4NA 5I3XA 1FEJC 5OZ3A 4HVPA 3LZSA 5P8AA 5ISJA 3JW2A 5KQXA 3NUOA 2WF1A 3K4VC 5P3YA 4ER1E 4FM8A 5OZIA 1LZQA 4Y5PA 3SM2A 5P0NA 4FL8A 5AHCA 1B6JA 5P6UA 2IEOA 4Y4XA 1MEUA 5P0YA 1OEWA 4J5JA 5KOQA 3UDQA 4EP3A 1W5YA 4GIDA 4L1AA 2WL0A 2FXEA 3OGQA 5P75A 3HW1A 3VSWA 6UPJA 4QJ6A 2VA5A 5AH9A 1BBSA 1RQ9A 3Q4BA 2HPFA 4Y5GA 5P5UA 2HPEA 3LZVA 4Y3PA 5P6AA 4YD7A 4NPTA 3OQDA 2RMPA 5OZ8A 4JPCA 1HVSA 3BXSA 2PC0A 2V13A 5P77A 1EPQE 1BDRA 1A8KA 2WF2A 3CYWA 3UHLA 3K1WA 5PEPA 4LXKA 5COOA 1M0BA 3ZKNA 2BPXA 4ZPGA 5P6WA 2G1SA 1ME6A 4H3FA 5P57A 4TVHA 5JFUA 1M4HA 5P7NA 5P0AA 5OZRA 6APRE 1LF2A 4B77A 3BC4A 4I0EA 1UH9A 4DPFA 4OBKA 5P7SA 5OZEA 3EKVA 3PM4A 1BWBA 1IDBA 3K5GA 2QAKA 2QNQA 5P41A 3TKWA 1BVEA 2VA7A 5P0VA 2WJOA 3AUPA 4R5NA 3MWSA 3VSXA 3PSGA 1BDQA 3EC0A 2OHNA 1EBZA 3ER5E 4ZLSA 2BPZA 4PYVA 4Y3DA 3SA8A 4OC6B 3SA6A 1CMSA 5DQ5A 2VS2A 3EKWA 5P7KA 3CICA 4Y5AA 1D4KA 3QROA 4U8WA 4J0TA 4YHQA 1BWAA 5P0PA 4H3GA 3WB4A 3CKPA 5P0BA 5P6EA 1PPKE 5P7FA 5P8SA 5P30A 4RCFA 1AAQA 2ZHVA 2R3TA 4FM7A 5IVSA 5P6NA 1TSQA 5COPA 5P8CA 2I4DA 5OZWA 5P2FA 3T6IA 1HXWA 4BELA 4Y4UA 2OAHA 4MC9A 5HD0A 4I8WA 4FRJA 3EKPA 5P64A 3PB5A 5P38A 3K5CA 2QHZA 5FIVA 5P7IA 2ZYEA 5P7TA 5SXNA 4K9HA 5P7JA 5DR4A 1K6TA 1D4JA 1GNMA 5P2RA 5P07A 2QU2A 5P2XA 3UQPA 2OHLA 3SLZA 5P3SA 4FAFA 4YCKA 4DQEA 1SIPA 2PWRA 2WEBA 5P5RA 9HVPA 3UFNA 4DVFA 2P3DA 1VIKA 2HIZA 1TW7A 5OZ0A 5AHBA 4JP9A 5HE7A 1AJVA 1WKRA 4COEA 3NUJA 2IQGA 3KT5A 3G70A 2SAMA 4NJTA 1MSMA 3EL0A 1B6LA 3INHA 5P27A 1NPAA 3EKQA 1HVCA 2BPWA 5AGZA 3PWWA 1FGCC 3HVPA 4ZPFA 2FNTA 4J0PA 4PHVA 4F75A 2OHUA 4LHHA 5P1KA 3NSHA 5P0RA 1EBYA 1KJ7A 5P0KA 1ZAPA 4WY6A 1HPOA 2F8GA 5P8BA 1RNEA 5P8NA 5OZZA 3SFCA 3K5FA 3NYGA 4Y3EA 1LYWB 5P1JA 2R5PA 5P8IA 5P42A 5P5CA 2J9JA 3SO9A 1E5OE 5P14A 2Q3KA 4OBGA 3S7MA 4FRSA 5P56A 5P4TA 1IDAA 3DJKA 4TRWA 5EZXA 5P66A 2Z4OA 3ST5A 4BFBA 5P1LA 2B60A 4YDGA 3S2OA 3CIBA 4Q5MA 5P5NA 3PI5A 4AMTA 1RL8A 2XFIA 5OZXA 1YX9A 5P6SA 1DMPA 5DQ4A 3NU4A 5P76A 3NDXA 4XX3A 2IS0A 3CKRA 5P0QA 1J71A 5P1VA 2QMDA 5P5DA 2UXZA 5P7UA 1XDHA 3ER3E 1BXQA 5OZMA 3PJ6A 4DQHA 4Y56A 1GNNA 5OZNA 5P80A 4K4QA 4MC6A 2FIVA 5P4KA 2AVQA 2NPHA 2BKTA 3WSJA 2G20A 1IBQA 2ZHUA 1DIFA 2QMGA 3EKYA 3QBHA 2G94A 4Y5BA 5OZLA 5KQFA 4ER2E 4HDFA 1HVKA 3RSVA 5P29A 3TKGA 3H5BA 1W51A 4KUPA 4EXHA 5DR8A 3G6ZA 5P6PA 3EM6A 1NSOA 1IIQA 1PFZA 1F34A 4CPSA 1MT7A 1Z8CA 1HRNA 2ZHTA 5P4VA 3OWNA 1EBKC 2VIZA 1T7IA 2QZWA 3FSMA 4GJ7A 4Y9WA 1SMEA 3S85A 3TLHA 5HVPA 2CEMA 4Y5KA 3VLBA 4RVIA 5P09A 1D4LA 2QI5A 3EMYA 5P2NA 1G0VA 2QU3A 1MERA 5P52A 5P4EA 5HDVA 1E82E 3IAWA 4YCYA 3FKTA 2P8HA 5OZBA 1TZSA 3BGCA 5P24A 2BB9A 2HB2A 4FRKA 4U7QA 1EC2A 3VV7A 1BV9A 5P28A 5P5ZA 5P3LA 5IS4A 3D1XA 5AHAA 1SGUA 1MPPA 1FIVA 4PZWA 2OF0A 5HDXA 5P5GA 5P5TA 2F81A 4FM6A 5OZGA 4L1AB 5P5XA 1EPLE 5P0MA 4R95A 4IVTA 2VIYA 2QI6A 5P5AA 2NXLA 1QBRA 1GVVA 5P37A 2AVSA 3OUCA 3O9BA 4J0VA 5P6BA 2P3CA 1W50A 1HOSA 3L5FA 3DV5A 5BWYA 2PQZA 2F3EA 2PYMA 2R43A 4CMSA 1T7KA 1EC1A 3LIZA 2G1YA 3PSYA 4FAEA 5P8GA 3BXRA 2F3KA 5P2WA 1W6IA 3PLDA 3RSXA 3G72A 3RVIA 4EJ8A 4YD3A 5CONA 5P89A 2AODA 3FIVA 4B05A 4Y3YA 2NNKA 2HAHA 5P5BA 1LEEA 3S43B 2QHYA 4I12A 4Q1WA 3I7EA 3CMSA 4AA8A 4JOOA 3L58A 3NWQA 5P2YA 4JECA 2QD6A 1T6GA 5P4DA 3APPA 4A6CA 1MTBA 5P3MA 2H6TA 2IGXA 3UF3A 5P6MA 2I4UA 5P7QA 4FIVA 5HU1A 5P3KA 3M9FA 2Q15A 4DFGA 2QK5A 4I0FA 3ZKGA 3ZLQA 3PMUA 3UDNA 3OHFA 5P7XA 1SBGA 3OU1A 5I3YA 2RENA 4Y5MA 3LIQA 5JODA 2OHPA 3LHGA 2FXDA 4KB9A 3KFPA 4Y41A 3DUYA 4X7IA 3SAAA 3UDPA 4FRIA 3MXEA 2WEAA 1D4SA 2FDPA 1T6EX 1SH9A 1IZDA 3BVAA 2P83A 5SY3A 5P43A 3IVIA 5P32A 3R4BA 4RCEA 4QGIA 1KJHA 2UPJA 4K4RA 1EC0A 1K1TA 3OTYA 5P3DA 4Y45A 4PPHA 1EPRE 3UDJA 4J1CA 3URIA 3MSKA 2V0ZC 1NPWA 3EXOA 4CPXA 1HPSA 5P13A 3U6AA 4EWOA 5E5KA 4AA9A 1WBKA 2QD8A 2VA6A 5F00A 3NDUA 4QJ8A 4OBJA 3O9AA 3K5DA 4TRYA 1OHRA 4J0ZA 5P5JA 5P1QA 4HDBA 1N49A 3ZPSA 5P5KA 5P8KA 2HB4A 3K4VA 3TPPA 5P8UA 3DK1A 3JVYA 5P4FA 3ZOVA 2MIPA 1YTJA 5P12A 2FGUA 2FS4A 3WZ7A 3OU3A 4FSLA 2AZ8A 1FQ5A 1XN3A 5KAOA 2ER9E 3UDMA 1SDUA 4XXSA 1IZEA 1ODWA 2AOCA 5P3CA 3OOTA 4LAPA 2R38A 2I1AA 5P58A 4RYCA 3UPJA 3HDKA 4RGHA 1UPJA 5OYVA 5P08A 5HCTA 1K6PA 4F73A 3PLLA 3QS1A 2J9JB 4J1EA 5P2DA 4DJPA 2WKZA 1WBMA 1MUIA 5P0DA 2Q64A 4NJUA 5P2CA 3R1GB 3VF7A 1GVWA 2G1OA 1DP5A 5P7CA 4L7GA 1GKTA 1SGZA 1UH7A 1LS5A 5P0EA 1PSAA 2P4JA 4I0HA 3GI6A 5P7EA 1Q9PA 4H3IA 1AM5A 2AOGA 1G2KA 3OUAA 5P7YA 3MXDA 2QZKA 2QHCA 2ZDZA 4I10A 4Y5CA 5P50A 2ZE1A 1W5VA 4QJAA 3I2LA 2B42A 3OU4A 3ZKSA 2QD7A 1MESA 5P1DA 3CIDA 2QMFA 5P4JA 3IVHA 1LF3A 5P25A 4Y3WA 5ER1E 5P2ZA 3PCZA 5P7RA 1BILA 4EQJA 3IXKA 2PK6A 3IA9A 3ECGA 3OAGA 5HDUA 2V12C 4GJBA 4Y50A 3UQUA 1D4YA 4XKXA 3I8WA 5P8TA 1ER8E 4YA8A 4QJ9A 1LYAA 4QJ7A 1APUE 5P1OA 5P1UA 1HBVA 2BPVA 2CENA 3EL1A 1IVPA 4ZSMA 3WZ8A 3L5EA 3PI0A 5P8FA 1BVGA 4BEKA 3R2FA 5P3RA 2ZJHA 5P6OA 1OEXA 4D88A 1LYBA 3TTPA 5DQ1A 4I0IA 5P0JA 3OADA 4ZEAA 4RCDA 5P1ZA 5OZHA 5OYSA 5BRYA 5P7WA 1XS7D 3UFLA 5P6GA 5P1RA 4Y3RA 2HB3A 3GI4A 5P4CA 4RRNA 5P4UA 2FDEA 2H6SA 3GW5A 2WF0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KN0 A;  3IND A;  4J17 A;  3LIX A;  3VYD A;  2ZJM A;  3EM4 A;  2R3W A;  5P7Z A;  2I4Q A;  1C6Z A;  4GJD A;  2PK5 A;  5P6H A;  3N3I A;  2WED A;  2AQU A;  1FB7 A;  2AOE A;  3T7P A;  5OZO A;  4L7H A;  5P7A A;  5P0Z A;  3NLS A;  5P17 A;  3KFR A;  2VNM A;  5JFP A;  5P26 A;  1TQF A;  3QAA A;  3UDH A;  4Y3T A;  5P05 A;  3VEU A;  4Y3F A;  1HSI A;  3HLO A;  4J55 A;  3S7L A;  3NU3 A;  5P3A A;  5I3V A;  3UCB A;  2IEN A;  3ZKX A;  5P5Y A;  5P49 A;  4EP2 A;  2AOF A;  2P3B B;  3QRM A;  1HVR A;  2PH6 A;  4J1K A;  4YE3 A;  5P6K A;  1XL2 A;  1FQ7 A;  4CP7 A;  4H3J A;  1AVF A;  1EBW A;  4DI2 A;  3HAU A;  5P8L A;  3ZKM A;  4DQC A;  5P60 A;  4Y4G A;  4DQB A;  3TOH A;  5P3J A;  4Q1N A;  4MC1 A;  1HEF E;  3KMX A;  4Q1X A;  3URJ A;  4DJQ A;  3O9L B;  2V16 C;  4GJ8 A;  3WB5 A;  5DR1 A;  5P8P A;  2QI1 A;  3U71 A;  3SPK A;  5ISK A;  1FFF C;  5UPJ A;  4APR E;  1HIH A;  1K2C A;  4OBZ B;  1PRO A;  3L59 A;  3OXX A;  3QP0 A;  4OC6 A;  4ACX A;  4Y3M A;  2FMB A;  2QP8 A;  4R91 A;  3VF5 A;  3DM6 A;  5P16 A;  5BS4 A;  3TPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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