5DVIA

High resolution crystal structure of glucose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. putida csv86
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
396
structure length
395
Chain Sequence
NPGTVDVLHWWTSGGEAKAVETLKQQIQKDGFIWKDNAVAGGGGAAAMTVLKTRAISGNPPSAAQIKGPDIQEWGALGLLTELDDVAAANKWDDLLPRQVADIMKYDGHYVAVPVNIHRVNWLWINPQVFDKAGAKVPTTLDELFAAADKLKAAGFIPLAHGGQPWQDSTVFEDLVLSILGPKGYHAAFVDLDEKTLTGPQMTEAFATLKRLGTYMDPNRAGRDWNIAAAEVINGKAGMQIMGDWAKSEWSAAGKVAGKDYQVAFPGTQGSFAYNIDSLAMFKLKDANDIKAQNDLAKVALEPEFQTVFNQNKGSLPVRQDMDMSKFDACTQKSAADFKEAAKGDGLQPSMAHNMATTLAVQGAIFDVVTNFLNDPQAEPATAVKQLNAAIKAAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High Resolution Structures of Periplasmic Glucose-binding Protein of Pseudomonas putida CSV86 Reveal Structural Basis of Its Substrate Specificity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Binding protein component of ABC sugar transporter
source organism Pseudomonas putida csv86
molecule tags Transport protein
total genus 142
structure length 395
sequence length 396
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dviA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dviA02
4RPNA 1B40A 1QJMA 4ISUA 1IXIA 3RT8A 3ODBA 3OO8A 4GIZA 1R9QA 1N7XA 2NWJA 2F6PA 3FUZA 3KBRA 3WAEA 3TTNA 5EHMA 4NF6B 1MY2A 4MH5A 2O7IA 2ZNTA 2V84A 1I6QA 3O6GA 3A3CA 3DP4A 3IAZA 1SBPA 4LZ8A 3K1NA 5DTBA 5AA2B 3B6QA 2PX1A 4OXVA 4TLLB 3V8XB 3SESA 1AH5A 2I48A 1JQFA 2DOJA 2RCBA 4ELPA 4QF9A 1FTLA 4QFLA 2Y7KA 5I59B 5HBCA 3M3LA 3KN8A 3K6XA 3H6UA 3H06B 4QSCA 4XTCQ 4G68A 1P1NA 2UVHA 1MY4A 4F22A 3AXFA 2YPNA 4R9FA 4P0GA 3OENA 2QPQA 3A3UA 3PMXA 5TPAB 3IB2A 3MW0A 4I62A 3FXRA 4BDMA 1OVBA 3C33A 3K00A 2QS2A 4QRZA 4P11A 2UYFA 3FJ7A 5I2NA 1HSJA 2ESNA 3HCQA 1B5JA 4ESWA 4F3BA 4XIGQ 1T0KA 2XXRA 1B9JA 1US5A 5ITOA 3KEIA 3G3FA 4KI0E 1PB8A 3KSXA 3SETA 1NKXA 2B65A 1FTMA 1FQDA 3MVXA 1URGA 5EYFA 3S9NC 2I4CA 1OQGA 1RYXA 4R2FA 5B70A 4WXJA 4OERA 2V3UA 3EPEA 1SW5A 1VE4A 5TP9A 4R2BA 4LQ2A 4EUOA 3HHFA 1Q1KA 2XXVA 1AMFA 3ZS6A 1PDAA 3JYRA 1BIYA 3LSFB 1QKBA 4NMYA 1M5FA 3P7IA 3BBRA 4U1ZA 5FTIA 3FXUA 4ZE8A 2OBGA 1B32A 1Y1ZA 2A5TA 3CSBA 3MBPA 1EU8A 5DVFA 4N6PA 3ZSFA 4QSEA 3QUFA 2DP8A 2UVIA 3VXBA 2Z8FA 1LCTA 2F97A 1B46A 4R6HA 4R6YA 1ZJLA 3KOSA 3C36A 5H8QA 1RYOA 3S2VA 4OFOA 3MPLA 3TTLA 1SD3A 1BTJA 5JK4A 4Q30B 4F31B 4OHNA 4YICA 1B3LA 4LZ7A 3VDFA 4Q5TA 4C1TA 5I2KA 1QULA 3FV2A 2VD2A 3EHSA 2UVGA 1B7ZA 1M5CA 4PFUA 4IY5A 3VLWA 2H98A 3PMWA 2VGQA 2QMWA 5LOMA 1N7WA 3HN0A 1YCJA 3MAMA 3PPNA 4OFJA 5FHNA 4GL8A 1D4NA 3FATA 4FEBA 2I6EA 3C9HA 3RUMA 2DWJA 4GF8A 2HAVA 3OMBA 2XXYA 2Y7PA 4Z7EA 3KJTA 2I0CA 2ANJA 2NOOA 1URSA 4X1BA 4OESA 2F35A 3O66A 3PD9A 1MM6A 3FVOA 3TMGA 2GFEA 4ZZEA 2Y7IA 3VE1B 3GZGA 1LCFA 5AA2D 4AQ4A 3MVYA 4YKIA 5H8NA 3HPIA 4NF5B 2I3WA 1UTBA 2RC9A 3G3GA 1ZIUA 4WEDA 2I49A 3ILUB 4KHZE 4NF4A 2O68A 3IJXB 5CM6A 1N76A 3VVDA 3LUYA 5ICTA 2DE3A 4JB7A 3O29A 4M1VA 1CE2A 4U4XA 3ZKLA 3RT6B 4OWDA 3E3KA 3GXAA 4IO3A 2UYEA 5FHMA 2I58A 4ZEBA 3UGWA 1BKAA 1MXVA 2V25A 3QK6A 3DLNA 3N6TA 2E1SA 3N94A 3FIRA 4Q0CA 4F18A 2D21A 4DXCA 4JWOA 1DPEA 2XXTA 2XXWA 3G3HA 1B58A 1ZKBA 1FW0A 5I58A 1IITA 2F8DA 5L9MA 3FVKA 3H6TA 3DP6A 4GLIA 4KYDA 1PBQA 4ZE9A 2O69A 3CFLA 2XX7A 5KCJB 4GFRA 4F19A 3C35A 3JZJA 4RK9A 4NF8B 1A7LA 1BLFA 1GV8A 2DQVA 1FQFA 2O1LA 2XX8A 4ZDMA 1ELJA 1XC1A 1B3EA 1A54A 4HS7A 4PQJA 3T66A 2XXIA 5AA4A 3DP8A 2F34A 5K2YA 1A99A 2ONSA 1P1QA 2YJPA 1XOCA 4O3CA 5DEXB 3W9WA 5CBSA 5JTYB 2RC8A 4H5GA 4ZEFA 1Y9UA 4H67A 1R9LA 4OFLA 4UACA 2FA7A 3TODA 5A5XB 4KD5A 3UK4A 2VOZA 1YAEA 2GH9A 5L9OA 1FTKA 3O6HA 4DDDA 5AA3A 1S9TA 1LBCA 3H03A 3USDA 1Y3PA 1XHYA 3VXCA 3CIJA 1AOVA 1LB8A 3TCGA 3S9EA 1P1UA 4JWYA 1UIUA 3RGYA 5DVIA 4X48A 1OQHA 4ZZAA 1A8EA 3IL1B 4OYVA 2OWTA 4LVQA 4NWCA 1SW1A 2O84X 1QUIA 3C31A 3TTKA 2Z22A 1IZ1A 3TELA 4F1VA 3IORA 4JDFA 1GR2A 2Q2CA 2ZXTA 3PUWE 4GXSB 2HXWA 3CG1A 3K6WA 1MY0A 2XXPA 1GTKA 3OD7A 3OO9A 4XKNA 5IAIA 5I56A 3EQ1A 1LAXA 2PT2A 3PD8A 3OXNA 2HZKA 3FASA 3O9PA 2XXQA 3HSTA 3RTFB 3VLUA 4ZEIA 4YB5A 5FTHA 1TT1A 1MPDA 2ZYNA 2QJEA 2I0BA 2RKMA 4RPOA 3JV9A 4NF6A 4IGTA 3VFJA 2QS3A 1B05A 4ZEKA 1OLAA 2RCAA 4FEDA 1P1WA 2V93A 2REJA 5ISUA 4P0IA 1NH8A 3PUZE 4U2RA 4F3GA 1XS5A 1PBPA 3KG2A 4OEUA 5CRYA 3TCHA 3CFZA 1B3GA 2Y84A 5F7VA 5AA2A 1MM7A 1B6HA 2REGA 1PC3A 2M8CA 2QRYA 3CG3A 4E0WA 2HFBA 4DE8A 2BJJX 3U1OA 1SDXA 3MVZA 4YZZA 1JW5A 3DM0A 2E0SA 3G3JA 4TQUQ 3CR9A 3SKPA 3FV1A 1LAFE 3RTWB 4POWA 2DSFA 3A09A 1NH7A 1EZ9A 5CMCA 2UXAA 3LSXA 5EHSA 2RINA 5TPAA 2Q88A 4ZS9A 1IEJA 2P2AA 4G68B 3ONMA 5J1DA 3IOTA 4RYAA 1URDA 3KN3A 3MWBA 2R9JA 1MPCA 1AIVA 4OQOA 3TCFA 4U23A 2O1MA 3QSLA 1PB9A 1FQBA 5BWJA 1QUJA 4U21A 2R6GE 4C0RA 4YKKA 4LONB 3LSWA 3RNNA 3PPQA 3G3KA 3K1PA 3M8UA 3LBSA 1A55A 5HPQA 1XT8A 1OMPA 4EF1A 1J1NA 4GD5A 3L6HA 1MXWA 3RN8A 4NE4A 2DE2A 4UA8A 3V89B 3MP1A 2PMSA 2P1SA 3MP8A 2OLBA 1NL5A 4F3PA 4DIGA 4IO7A 1ZMGA 4I1DA 3SEVA 3TDJA 3IOVA 3Q25A 4IO6A 4QSDA 3MJNA 2IA4A 1N84A 1OLCA 3QXMA 4WKMA 3IB0A 1B3HA 3W15C 4H0WA 3B7DA 1D9VA 1EZPA 3MUQA 4ESXA 5ICQA 4Z0IA 1VR5A 1P99A 1F9BA 4IGRA 3T9HB 2WKYA 1VFEA 1DMBA 1JW1A 1N3XA 4IO5A 2DYXA 1ZLQA 2HQ0A 1DSNA 1FCKA 2A5TB 2DXYA 4YKPA 1B0LA 4R9GA 4AB5A 3Q27A 4GVOA 1I69A 2H4IA 3SERA 3S9MC 1B3FA 1O64A 3TEPA 3H4ZA 1MXXA 3UA8A 3T22A 2AL4A 2DWHA 2OWSA 4OMBA 2ZYMA 4H1XA 3OEMA 1B7HA 5H8FA 1MDQA 3QYTA 4X1DA 2QMXA 4F1YA 4QFPA 2I4BA 4LUBA 2DE4A 3OSQA 5L9SA 1MH3A 2V3TA 3VVEA 4MLVA 4FE8A 1FQEA 3SDFA 1US4A 3H6WA 2QL3A 1A8FA 4ZEDA 4EF2A 2HEUA 1MY3A 4BLAA 1FQCA 3C34A 3KJ7A 3RPWA 2V3QA 1B4ZA 2FYIA 3ECRA 1Y3QA 1M5EA 3TAJA 1Y4TA 1MQJA 1R6ZA 1PB7A 2F6GA 3IO6A 3BFUA 3M3FA 4U22A 4R75A 3SEWA 4FATA 4GWOA 3S4UA 2ABHA 1JNFA 4ELRA 3TYHA 1NFTA 4NF5A 3DELB 1QKAA 4RXLA 1B5HA 2OCUA 4HCYA 3TPAA 1B2HA 3IB1A 3D4GA 3TUSA 4QHQA 1POTA 1PEBA 2ZYKA 1MS7A 2I3VA 1SI1A 2CMOA 4YAHX 3UP9A 3SEYA 1DPPA 2X7QA 1UTBB 4BDOA 4NF4B 4DLDA 1EZOA 3UORA 2Z8EA 4DCXA 2RC7A 1Y4CA 4MLQA 4DXUA 3OO6A 3SEUA 1Z7ME 4U4SA 3MZBA 4IO2A 3LC8A 4XKRA 4N13A 1UQWA 5CMBA 4G8NA 3KSJA 2VHAA 1USYH 3I5OA 2NVUB 5KDTB 2XXHA 1VSOA 2AL5A 1SYHA 5TU0A 2O51A 5KCJA 3U93A 4F2OA 2H5YA 1KWHA 4NF8A 3HHGA 1JVYA 2DWAA 1NNTA 5CI5A 4YU0A 1IXHA 3U72A 3THIA 1S7YA 2DVCA 3MC2A 1LAGE 1MPBA 5I57A 3N6UA 2NXOA 3K02A 3RQTA 3K2DA 5DEXA 1WVJA 5JTYA 4YMBA 1FTOA 2XD3A 1R1NA 1N3WA 2XD2A 5AA4B 1MG1A 2ONRA 1NNKA 2Y7RA 5A5XA 4NEDA 1Z7NE 1Y20A 1DOTA 4RNSA 1DTZA 2W7YA 2IEEA 1RKMA 3CFXA 3TKDA 3S9LC 3PU5A 3PPOA 1O7TA 3C32A 4BDRA 4OEVA 1LBBA 3WAFA 3T96B 3TFLA 4DXBA 2F7CA 1ZBMA 3H7MA 3R26A 1B52A 2O7UA 3VLVA 3OO7A 1N04A 4G77A 1B1HA 2R71A 2HZLA 1UTHB 1TWYA 1JETA 3CSGA 5K2XA 5H8HA 3T93B 4EDPA 2Z23A 4LQ5A 3EHTA 4C1UA 3Q26A 2F5XA 2HAUA 2PT1A 3PUXE 4ONYA 5M2VA 4IO4A 2H99A 2FNCA 4JSDA 1I6AA 2D3IA 1MQHA 1IXCA 3V83A 2P0SA 3EF7A 3KOTA 1S50A 1WODA 4MBPA 3U8QA 3E4RA 5IKBA 3B6WA 4G68C 1MQIA 3IR1A 2OK2A 2F7BA 3L6GA 4GOTA 3FXQA 3PV0E 2AYSA 2GHBA 4F1UA 1GGGA 2DXRA 1M5DA 1TFAA 2B3FA 2XX9A 3K1MA 5H8SA 1D3KA 3U92A 2QSXA 1D9YA 1AL3A 3OEKA 1LLSA 3RLFE 3O28A 4JBZA 1SW2A 1H76A 1VFDA 4OVJA 4KQPA 5I59A 3MPKA 1HSEA 1ANFA 1Q35A 1O63A 2B3BA 4OENA 4OTEA 4H8IA 1JVXA 4H65A 2Q9TA 1NNPA 3CRBA 4WEPA 2F7AA 4M4GA 4QFKA 4G8MA 1LFIA 1MDP1 4FAJA 1ZU0A 3OELA 1NMUA 2ALUA 5DYHA 2DVZA 1B7UA 4E0XA 4KCDA 2X7PA 4KFQA 2GRVA 4L17A 4LA9A 2OZZA 4ND9A 5FHOA 5CBRA 1IIWA 4GXAA 4YB6A 5B7DA 1NNFA 3QUJA 2F36A 4FJPA 4OETA 5I2NB 1H43A 1A40A 2HCAA 2DWIA 2G93A 2Q89A 2F78A 4H8JA 2XXXA 1MY1A 2OJTA 2H25A 2RF1A 5JEIA 3ILTB 2DS9A 5F1QA 3FVNA 3FZVA 1II5A 3O2AA 4KPTA 4GL0A 5ITPA 4RK2A 4H5FA 1EH3A 1UIVA 1Y1MA 2YLNA 3IOUA 2ZNUA 1TFDA 4HW8A 4BDNA 4U1OA 4IY6A 4FECA 3Q29A 1IQ7A 4HCWA 5TP9B 3TTRA 2Y7WA 4KYSA 5KZTA 1LAHE 3VV5A 4G8HA 3I3VA 1SW4A 1Y3NA 3FVGA 5CMKA 4O3BA 4X9TA 1HSLA 4EXLA 1FQAA 4N07A 4RJZA 4KYEA 3VVFA 4AB6A 2GHAA 4THIA 5H8QB 4F2QA 3PGFA 4F3SA 3PMVA 3K01A 4FIMA 3K6VA 4G2ZA 3BFTA 1B1XA 4QFNA 3H3GA 5I2KB 1WDNA 2ZNSA 5ELVA 3OSRA 4I8CA 3UN6A 4G4PA 4LZ5A 5H8FB 4K3FA 4PFTA 1MXUA 1POY1 5L8DA 1MXZA 1MQGA 4LATA 1QW0A 4EQ9A 3FJGA 4F39A 3E9XA 4NWDA 1M5BA 3T9XB 3MP6A 3N26A 4EQ7A 4DZ1A 4RY1A 3I6VA 4GRKA 3F11A 2NUVA 3KN7A 3W9VA 3IO4A 1YPNA 1SQYA 4JXIA 2PYYA 4RA1A 1CB6A 1B51A 2QS4A 2KLFA 3LSLA 1QUKA 4YMAA 3EN3A 5HM4B 4PETA 2UVJA 1H45A 1LFHA 3EHUA 1XVXA 1ATGA 5H8NB 2O6AA 2LAOA 3K0VA 2VP1A 3FJMA 3IX1A 1SI0A 2G29A 5CC2A 4TLMB 3R6UA 5DT6A 3PPPA 4EQBA 3PPRA 4POXA 1SYIA 5BUUA 4MF3A 3BKIB 4ELOA 2A5SA 3TZAA 5KDTA 3O97A 1IUDA 1QVSA 1B0HA 3G7WA 1H3DA 4XXUA 4ZECA 2AIXA 2Q2AA 3CVGA 1JEVA 3TQWA 4HTGA 3U94A 5I58B 4R73A 3HO7A 4JWXA 1P1OA 1FTJA 2Q8JA 2ONKE 3MZ9A 1JW4A 3PUVE 2D5WA 3K4UA 4R74A 4IB2A 3OOAA 1MRPA 1TXFA 2CZLA 3MQ9A 5DVJA 3UIFA 1I6BA 4PFWA 1USYE 3K6UA 4DCYA 1JEUA 3LR1A 1LFGA 4OZ9A 4YB7A 4ELQA 1YTVA 4BDQA 3B6TA 5I57B 5AE4A 3GLBA 4EXKA 1B4HA 1BP5A 1IXGA 1MXYA 2PBWA 4Q8RA 3O6IA 4PE5B 2ZYOA 4LP2B 4NTLA 1OIBA 4H6DA 3E13X 3IK6B 3Q28A 2THIA 2PVUA 2XHDA 4PFYA 3IOWA 5CMMA 3D4CA 4GQOA 3M3KA 1XVYA 3IJOB 5AA1A 4BDLA 1L5TA 3KFMA 4PP0A 2QS1A 1H44A 4XKQA 1LGBC 1DTGA 2VD3A 3TQLA 3T9UA 1LB9A 2Z8DA 1OVTA 3KGCA 1MH4A 4TOZA 1B5IA 3H6VA 4R72A 2X26A 3PUYE 1UTHA 1SVXB 3HV1A 4XKPA 4FORA 1ZTYA 3MVWA 3KZGA 4O3AA 1GVCA 4ECFA 1N0TA 2XXUA 4QFOA 4YKJA 4KCCA 1MQDA 3N5LA 3V5AA 4F29A 3CI8A 3GBAA 3R7XA 3T9VA 5I84A 5H8HB 3SEXA 4KR5A 3MZ1A 2ZMBA 5I56B 3QIMA 3G3IA 3RY3A 1LSTA 3TTMA 3C4MA 3GBBA 4MFIA 4R6KA 4JSOA 3FD3A 3ZKKA 3QAXA 4I9DA 2H9BA 3FGSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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