5DVIA

High resolution crystal structure of glucose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. putida csv86
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
396
structure length
395
Chain Sequence
NPGTVDVLHWWTSGGEAKAVETLKQQIQKDGFIWKDNAVAGGGGAAAMTVLKTRAISGNPPSAAQIKGPDIQEWGALGLLTELDDVAAANKWDDLLPRQVADIMKYDGHYVAVPVNIHRVNWLWINPQVFDKAGAKVPTTLDELFAAADKLKAAGFIPLAHGGQPWQDSTVFEDLVLSILGPKGYHAAFVDLDEKTLTGPQMTEAFATLKRLGTYMDPNRAGRDWNIAAAEVINGKAGMQIMGDWAKSEWSAAGKVAGKDYQVAFPGTQGSFAYNIDSLAMFKLKDANDIKAQNDLAKVALEPEFQTVFNQNKGSLPVRQDMDMSKFDACTQKSAADFKEAAKGDGLQPSMAHNMATTLAVQGAIFDVVTNFLNDPQAEPATAVKQLNAAIKAAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High Resolution Structures of Periplasmic Glucose-binding Protein of Pseudomonas putida CSV86 Reveal Structural Basis of Its Substrate Specificity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Binding protein component of ABC sugar transporter
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas putida csv86
total genus 142
structure length 395
sequence length 396
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dviA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dviA02
3PUXE 3VDFA 1OQHA 1DSNA 2OWSA 1QW0A 1JVXA 1D3KA 3H4ZA 3M8UA 2REJA 2PBWA 3UORA 1A55A 3V89B 4OMBA 4JXIA 3T96B 4DXCA 5FHNA 3TEPA 1LCFA 4XXUA 2PMSA 3IO4A 2ZXTA 2RCBA 5CBSA 2NUVA 1SW4A 1EH3A 2F97A 1MM7A 3GBAA 4XKPA 1H3DA 5FHOA 4G8HA 1B3FA 1QKAA 4XIGQ 5LOMA 1RYOA 3H3GA 2BJJX 4FIMA 4G8MA 3CFLA 3USDA 3QUFA 1EZOA 1SBPA 4DIGA 5AA1A 2E1SA 3L6HA 4KCDA 4GRKA 3LSWA 5L8DA 4NWDA 1QUIA 4ELOA 1MXUA 1HSJA 2GFEA 3V8XB 3G3GA 3OD7A 3IORA 5K2XA 4I62A 4U1ZA 4XTCQ 2O68A 4YAHX 4R6KA 3CFZA 4F3BA 3FV1A 4LZ7A 2E0SA 2QSXA 2V93A 2X26A 2Z23A 1GTKA 4EXLA 4KR5A 4DCXA 1OQGA 4ND9A 4OQOA 4L17A 1PC3A 4WEDA 2I4CA 4F3PA 3WAEA 3K1NA 3TTKA 2X7PA 1CB6A 3MQ9A 3HO7A 3PUZE 3MZ1A 4AB6A 4X9TA 4GQOA 4QFKA 3U8QA 2XD3A 1ZMGA 1N84A 3KOTA 4QFLA 3I5OA 5ITPA 3PGFA 3TELA 4OZ9A 3D4CA 4QSDA 2GHAA 1JW4A 2Z8DA 4YMAA 3ZSFA 3PMWA 3VXCA 3FVNA 3O6IA 5J1DA 1LAXA 2AL5A 4KD5A 1MPCA 5L9SA 3UGWA 3MUQA 1MXYA 1LFIA 3O29A 1FQFA 2FA7A 1IXHA 1TFAA 4LUBA 1N04A 4OVJA 2OCUA 2DS9A 4OFJA 2OJTA 4DCYA 3C34A 4MLVA 1B7UA 4RJZA 1AMFA 4NF8A 4YB7A 4YICA 3IB1A 3TCHA 4F39A 4POXA 3I6VA 1B3GA 2DP8A 2XXWA 5I56A 3U92A 4P11A 3TQLA 1B52A 2O6AA 5DVFA 3FVGA 3PUWE 2UVHA 1KWHA 1WVJA 2OLBA 3OEKA 3MP6A 2WKYA 3CFXA 2XXIA 1MQIA 3MVWA 4RY1A 4FEBA 4LATA 1FTKA 1BTJA 2THIA 1A8EA 1USYH 3MZBA 2Z8EA 1Y3PA 3IAZA 4KYEA 4ZECA 1YTVA 2DQVA 4U1OA 5I57A 3ECRA 2D3IA 1R1NA 4GF8A 4OYVA 2ESNA 3KN8A 5AA4A 4R6YA 3CR9A 3TPAA 2I3WA 1MH3A 1PBPA 1ZJLA 1GV8A 4OWDA 2P0SA 1OLAA 4KHZE 1P1OA 3UP9A 3UA8A 3TKDA 2I48A 5BUUA 3TTRA 1XHYA 2REGA 1SI0A 1NMUA 3ZKLA 4ZDMA 4WKMA 4Q30B 4YKPA 2ZNUA 4AB5A 1L5TA 1ZIUA 4ESWA 4U4XA 3N6TA 3U1OA 1YPNA 3OO7A 1JEVA 4BDRA 4YB6A 2I49A 2A5TB 5A5XA 3IJOB 3N26A 2VHAA 1SQYA 1Y3NA 1UTBA 4O3CA 4ZZAA 1AH5A 3U93A 3B6TA 4GFRA 4RA1A 1B5IA 3P7IA 2H5YA 2V3TA 3OO8A 1DOTA 2VP1A 1M5DA 4H5FA 1SW2A 2DWAA 1VFDA 5M2VA 2QMXA 4TQUQ 1VR5A 5IKBA 2XX9A 3N94A 3RQTA 2Q89A 4QFNA 3MW0A 4F29A 2Y7WA 4F22A 2XXRA 5AA2B 3RN8A 4EF1A 3SETA 2NWJA 1B40A 3GLBA 2HXWA 1URDA 5KZTA 1YCJA 2I58A 1B0HA 1SVXB 4IB2A 5ICQA 5CMMA 1MXVA 4KFQA 3CG3A 4RPOA 1JNFA 2F8DA 4R75A 3CVGA 2G93A 3PPOA 1OVTA 3LSFB 2VOZA 3FXUA 3K01A 4H0WA 4OEUA 4OETA 4KQPA 4ONYA 3Q27A 4H8JA 1MY1A 2O7UA 3QXMA 3TTMA 1MQHA 2O1MA 3IOWA 3CRBA 4THIA 1N0TA 4F2QA 4ZE9A 1II5A 3Q26A 4HS7A 3MBPA 4OFOA 5BWJA 3G3KA 4ZZEA 3IL1B 5H8QA 2HEUA 1RYXA 2QRYA 2FYIA 3KGCA 4N07A 2HCAA 3TCGA 1IXGA 4LZ5A 2XXTA 4G4PA 5H8NB 3RT8A 3EHUA 4DLDA 2M8CA 4FE8A 1IXCA 5I2NB 1MS7A 4OTEA 2QS2A 4ECFA 1US4A 1NNFA 4JWYA 4PFUA 3T22A 3JV9A 4NF4B 3W9VA 4IGRA 1Y3QA 3B6WA 4R2BA 3CI8A 4JBZA 1QUJA 3EPEA 1DTGA 3QYTA 3I3VA 5CM6A 2YLNA 1OIBA 4NF6B 1WODA 2P1SA 5B70A 4ZEFA 4C0RA 1ZTYA 5AE4A 5KCJA 4G68B 1B4HA 2QPQA 1IIWA 4R9GA 4OENA 1GGGA 3H6TA 1B05A 3H03A 4M1VA 4F3SA 4XKNA 3O6GA 3HHGA 4LA9A 1SYIA 1NKXA 2DWHA 1ZLQA 4RK2A 3BBRA 2B3FA 5H8FA 5DTBA 1GVCA 3PPPA 4KPTA 2AYSA 1T0KA 1B5HA 1USYE 3SERA 3KOSA 1PB8A 2QMWA 3SEYA 1B5JA 2VD3A 3CSBA 2YPNA 3TTLA 2DOJA 3OO6A 1MY0A 1D9VA 5CI5A 2F6GA 2D21A 5I2KB 5I58A 1NNKA 2A5TA 2F5XA 1QULA 2UVGA 4MH5A 2DWJA 1D4NA 2V3QA 2UYFA 4ZEKA 3PPNA 3IOUA 1ELJA 3G3HA 4NF5B 3TZAA 5I59B 4TLMB 3IJXB 4GOTA 3EF7A 3LSXA 3FV2A 2AL4A 3FATA 3C35A 3IOVA 1MXZA 2Q8JA 4LP2B 5DT6A 1LAGE 3HSTA 5TPAB 4IO2A 1MY3A 1Y1ZA 2XX8A 1MY2A 4WEPA 3OEMA 1MG1A 1MH4A 4TOZA 5JEIA 1UTHA 3A09A 4FJPA 1R6ZA 1US5A 1JW1A 4H65A 3IO6A 4IY5A 2V3UA 5AA3A 3ODBA 1MDP1 2P2AA 3VLUA 3S9NC 4DDDA 1O64A 5DEXA 1MXXA 2ONKE 3RPWA 4KYDA 2I0BA 3KG2A 1HSLA 1LFHA 3O2AA 2PT1A 4HCYA 4MF3A 1PDAA 2O51A 3KJ7A 1BKAA 4YZZA 1SW5A 4R2FA 4O3BA 3TQWA 3H6WA 4RXLA 4ESXA 3KSXA 3S9LC 1AIVA 3HHFA 3Q25A 5KDTA 1IQ7A 1MQJA 1A99A 4ZEIA 4GXSB 3MPLA 4BDOA 3DELB 3DP4A 4FORA 3MVYA 3V5AA 3BKIB 3FZVA 3MVZA 1R9LA 3VXBA 4GD5A 5ISUA 4EUOA 1MRPA 1UIVA 4YB5A 3M3FA 3RLFE 1S7YA 3FXRA 5TP9B 3N5LA 4ZE8A 2DE2A 1URSA 3K1PA 4U21A 3KJTA 2Q88A 4BDLA 4OEVA 1FQDA 2B3BA 1B4ZA 3KFMA 1FQCA 1QVSA 4ZEBA 3VV5A 4FEDA 3EHSA 5H8HB 1A7LA 4DE8A 3T9XB 5FHMA 3ZS6A 3OELA 2Y7IA 4DXBA 5H8SA 3E13X 3BFTA 1B7ZA 4F2OA 3HCQA 1M5FA 2RC9A 3EN3A 3PUYE 4X1DA 2DSFA 1SW1A 1Y1MA 5ELVA 3TYHA 3K00A 3H6UA 4EQ7A 1I69A 4H67A 1I6BA 3CSGA 3ILUB 3K0VA 3RUMA 3PUVE 3E9XA 3SESA 1DMBA 2HFBA 1URGA 3DP8A 5EYFA 3PMVA 3BFUA 1B0LA 4P0IA 2XXQA 4X1BA 3M3LA 1R9QA 1B32A 4E0WA 4HCWA 1Y4TA 3S9EA 4LQ2A 1OMPA 3KEIA 1N3WA 1VE4A 4ZS9A 3Q29A 1Z7ME 1N7WA 2I0CA 4OXVA 4R9FA 4NE4A 4C1TA 1A54A 4NWCA 1M5BA 4RK9A 1LFGA 2DXYA 3T9UA 5IAIA 4K3FA 4R6HA 4UACA 3C9HA 4POWA 1BP5A 4ISUA 3B6QA 1Z7NE 2Q2CA 2R9JA 1POY1 2RC8A 1IZ1A 4OERA 1SYHA 2ZYNA 4DZ1A 4OESA 3TFLA 1FW0A 3EHTA 1O7TA 4I1DA 1XVXA 3RY3A 4TLLB 2R71A 3TODA 1LB9A 4PQJA 4GL0A 2IEEA 2X7QA 5DYHA 2XD2A 3PD9A 4DXUA 4PETA 4QFOA 1FTLA 1IITA 1WDNA 1P1QA 1JQFA 3R6UA 3OSQA 4AQ4A 2ALUA 5CMKA 1H43A 3G3IA 4QSCA 3DLNA 1B2HA 4YU0A 3TAJA 3S2VA 3FJ7A 2D5WA 4Q0CA 4ELPA 3MAMA 3ILTB 1PB7A 2ABHA 1ZU0A 2Q2AA 3K4UA 3LC8A 3UIFA 2F36A 2H99A 1QJMA 2A5SA 4PFWA 3U72A 3FJGA 4F31B 3F11A 5ICTA 2ZMBA 5JTYB 1CE2A 2CZLA 4O3AA 1FTOA 4WXJA 2QS3A 4GL8A 4H6DA 3C4MA 4IO3A 5DVIA 5TP9A 1UQWA 3QIMA 1OVBA 1B7HA 1DPEA 3HPIA 2ANJA 3C36A 1EU8A 4PP0A 4NEDA 3U94A 5CC2A 4BDMA 2H9BA 4QRZA 5JK4A 4F3GA 2PT2A 2OBGA 4YKJA 4U4SA 3TMGA 3G3FA 5H8HA 1F9BA 1I6QA 4GLIA 4NF8B 4JDFA 2UVIA 3MWBA 5I56B 3IX1A 3OMBA 4XKQA 2I6EA 4GXAA 2DVCA 3HN0A 2GRVA 4Q5TA 3RTWB 3IK6B 1N7XA 2F6PA 1IEJA 3H7MA 3VVEA 3SEVA 5FTIA 4QFPA 1TXFA 3MJNA 2ONSA 3W15C 4YKIA 3H6VA 2XXPA 1B3HA 4ELRA 1LCTA 3OO9A 4I8CA 1P99A 2KLFA 1B9JA 4JB7A 3QK6A 1DTZA 4EXKA 5AA4B 1H45A 5F7VA 2ZYKA 3R26A 5CMCA 5I84A 4IY6A 1N76A 4EQBA 3O66A 2F7AA 2H25A 3PV0E 3RTFB 4JSOA 1P1WA 2G29A 1J1NA 4HW8A 1FTMA 4MFIA 1AOVA 3C31A 2DWIA 1JETA 2O1LA 1FQEA 3FXQA 2RKMA 3KZGA 4PE5B 3LBSA 3GZGA 2Y7PA 1Y4CA 3L6GA 4KCCA 1LSTA 2XXYA 1JVYA 2XXUA 4U22A 3FGSA 2O69A 1H44A 1OLCA 3VVDA 1TFDA 4E0XA 2V84A 2DVZA 5A5XB 2NVUB 2RINA 4IO7A 3VLVA 1Q35A 5AA2A 1UTBB 2UXAA 4NMYA 4H8IA 2Z22A 3K6WA 1NH7A 3B7DA 5HPQA 2ONRA 1A40A 2QL3A 2UYEA 3THIA 1ATGA 4QSEA 2XXXA 2FNCA 5HM4B 1XC1A 3T9HB 4RPNA 2YJPA 3VVFA 4ELQA 4N6PA 3FVKA 3SEWA 3FVOA 3K02A 5HBCA 1IUDA 3IB2A 4LONB 4PFTA 1O63A 1P1NA 1QUKA 3MC2A 3K6VA 1JEUA 1D9YA 2HZKA 2OWTA 3AXFA 4F19A 1MY4A 3LUYA 3SEXA 1SI1A 2ZYOA 1I6AA 4LZ8A 3DM0A 3C32A 3MVXA 2O7IA 1MPDA 3DP6A 1ANFA 2XX7A 1IXIA 1Y9UA 3G7WA 2HQ0A 3MP8A 2F34A 3G3JA 4EDPA 3PD8A 5JTYA 3O9PA 3PPQA 1LAFE 1B46A 1GR2A 4G8NA 5H8NA 4F1VA 1S9TA 2H4IA 1B6HA 2VD2A 1XVYA 1LLSA 2HAUA 1AL3A 2XXVA 5I2NA 2OZZA 4U2RA 5EHSA 2DXRA 3V83A 5H8QB 2ZNTA 4KYSA 3VE1B 1LBCA 4NF4A 2VGQA 3W9WA 3K6XA 5B7DA 4BDQA 1FQBA 1TWYA 2NXOA 1NFTA 1LGBC 4JSDA 2XXHA 4XKRA 2IA4A 3T66A 4R74A 3K6UA 2R6GE 4NF6A 3MPKA 1NNTA 2OK2A 2F7CA 4G68A 1TT1A 2HAVA 3N6UA 4FATA 5EHMA 1PB9A 3A3CA 4FECA 4EQ9A 3OENA 1MXWA 2DE3A 4FAJA 3VLWA 1S50A 2V25A 4N13A 1VSOA 4PFYA 3SEUA 3WAFA 1EZ9A 3T9VA 3CIJA 4I9DA 5KCJB 3D4GA 1JW5A 3KSJA 4UA8A 1XS5A 4HTGA 4C1UA 5CBRA 4IO5A 1Y20A 2CMOA 1B3LA 2LAOA 4F1YA 3ZKKA 5I2KA 3FIRA 2I4BA 3TTNA 5H8FB 4F18A 2ZYMA 1POTA 1PEBA 1ZBMA 3KBRA 1N3XA 2RC7A 3RNNA 1MQDA 4MLQA 4H1XA 2W7YA 3QSLA 4NF5A 3RGYA 4JWXA 3SDFA 2GHBA 5L9OA 5I59A 4LVQA 4Z7EA 2I3VA 2QS4A 3H06B 5I58B 3TUSA 4OHNA 1FQAA 3LR1A 1MM6A 3M3KA 1SD3A 4GIZA 3RT6B 1B51A 5TPAA 1A8FA 2Y7RA 4U23A 1ZKBA 2HZLA 1B1XA 1M5CA 2Y7KA 2PYYA 4GWOA 1P1UA 1MPBA 2QS1A 3K1MA 4YKKA 3E3KA 1FCKA 5ITOA 3JZJA 5FTHA 2AIXA 2O84X 4OFLA 1EZPA 5AA2D 1B3EA 1NNPA 3UK4A 1H76A 3GBBA 1UTHB 3QUJA 3OSRA 3PPRA 4IO6A 4RYAA 4H5GA 4IGTA 2PVUA 2DE4A 4R73A 1XOCA 5DEXB 4NTLA 1NL5A 2GH9A 3C33A 3T93B 4Q8RA 1RKMA 2RCAA 2UVJA 1VFEA 5K2YA 3PMXA 4F1UA 2F7BA 4QF9A 4M4GA 2Z8FA 4P0GA 4Z0IA 2H98A 3IOTA 4G68C 1YAEA 2ZNSA 3O28A 4KI0E 3K2DA 5DVJA 3FUZA 3CG1A 2F35A 3FD3A 3FJMA 4BDNA 3O6HA 1BLFA 2Q9TA 1LB8A 1NH8A 5KDTB 5CMBA 2DYXA 3IR1A 3OXNA 1B58A 4G77A 4LQ5A 3S4UA 4YMBA 2NOOA 3QAXA 4IO4A 4G2ZA 4MBPA 4BLAA 3KN7A 1FTJA 4EF2A 1PBQA 3OOAA 1BIYA 2B65A 3O97A 3EQ1A 1XT8A 3TDJA 1B1HA 3JYRA 2QJEA 4R72A 4QHQA 1MDQA 2F78A 4ZEDA 2PX1A 5CRYA 2Y84A 4JWOA 3PU5A 4GVOA 3MP1A 1MQGA 5L9MA 3LSLA 4RNSA 3A3UA 1LAHE 3HV1A 5F1QA 3ONMA 3E4RA 3S9MC 3GXAA 5TU0A 3SKPA 3FASA 1DPPA 3KN3A 1QKBA 3IB0A 3TCFA 2XHDA 1LBBA 1UIUA 4X48A 1SDXA 3Q28A 3UN6A 1HSEA 1M5EA 5I57B 1Q1KA 3MZ9A 3R7XA 2RF1A 3VFJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GX4A 4O7MA 3PUXE 3VDFA 1OQHA 1DSNA 4FBPA 2OWSA 1QW0A 1JVXA 4NGUA 1D3KA 3H4ZA 2B4LA 3M8UA 2FIXA 2REJA 2PBWA 1FPKA 3UORA 1A55A 3V89B 4OMBA 4JXIA 1FSAA 3T96B 4DXCA 5FHNA 2HHMA 3TEPA 3NOHA 1LCFA 4XXUA 2PMSA 3IO4A 2ZXTA 2RCBA 1NV2A 5CBSA 2NUVA 1SW4A 3MYUA 1EH3A 2F97A 4MNIA 1MM7A 3GBAA 4XKPA 2WYPA 1H3DA 5FHOA 5EQ9A 4G8HA 1B3FA 1QKAA 4XIGQ 5LOMA 1RYOA 3H3GA 2BJJX 4FIMA 4G8MA 3CFLA 3USDA 3QUFA 1EZOA 3RYDA 1SBPA 1NUYA 4DIGA 5AA1A 2E1SA 3L6HA 4KCDA 4GRKA 1KA0A 3LSWA 5L8DA 4NWDA 1QUIA 4ELOA 1MXUA 4PC9A 1HSJA 1EYIA 2GFEA 3V8XB 3G3GA 4P8BA 3OD7A 3IORA 5K2XA 4I62A 4U1ZA 4XTCQ 2O68A 4YAHX 4R6KA 3CFZA 4F3BA 2GQ1A 3FV1A 3RPLA 4LZ7A 2E0SA 2QSXA 2V93A 1JP4A 2X26A 2Z23A 1GTKA 3EKIA 4EXLA 4KR5A 4DCXA 1OQGA 4ND9A 1QGXA 4OQOA 4L17A 1PC3A 4WEDA 4DI4B 2I4CA 4F3PA 3WAEA 3K1NA 3TTKA 2X7PA 1CB6A 3T0JA 3MQ9A 3HO7A 3PUZE 3MZ1A 4AB6A 4X9TA 4GQOA 4HE0A 4N17A 4QFKA 4MAGA 3U8QA 2XD3A 1ZMGA 1N84A 3KOTA 4QFLA 3I5OA 5ITPA 3PGFA 3TELA 4OZ9A 3D4CA 4QSDA 2GHAA 1JW4A 2Z8DA 1EYJA 4YMAA 3ZSFA 3PMWA 3VXCA 3FVNA 3O6IA 5J1DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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