5DVJA

Crystal structure of galactose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. putida csv86
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
NPGTVDVLHWWTSGGEAKAVETLKQQIQKDGFIWKDNAVAGGGGAAAMTVLKTRAISGNPPSAAQIKGPDIQEWGALGLLTELDDVAAANKWDDLLPRQVADIMKYDGHYVAVPVNIHRVNWLWINPQVFDKAGAKVPTTLDELFAAADKLKAAGFIPLAHGGQPWQDSTVFEDLVLSILGPKGYHAAFVDLDEKTLTGPQMTEAFATLKRLGTYMDPNRAGRDWNIAAAEVINGKAGMQIMGDWAKSEWSAAGKVAGKDYQCVAFPGTQGSFAYNIDSLAMFKLKDANDIKAQNDLAKVALEPEFQTVFNQNKGSLPVRQDMDMSKFDACTQKSAADFKEAAKGDGLQPSMAHNMATTLAVQGAIFDVVTNFLNDPQAEPATAVKQLNAAIKAAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High Resolution Structures of Periplasmic Glucose-binding Protein of Pseudomonas putida CSV86 Reveal Structural Basis of Its Substrate Specificity
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas putida csv86
molecule keywords Binding protein component of ABC sugar transporter
total genus 151
structure length 396
sequence length 396
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dvjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dvjA02
2DYXA 4EQBA 3PUWE 4NF6A 1MQJA 4QHQA 4XKPA 3QAXA 3H06B 4RXLA 1MQHA 4LZ7A 2RC7A 4OEUA 2V84A 3FGSA 1IEJA 5I57A 1B6HA 1LCTA 4BDOA 2B3BA 1II5A 4QFNA 1N3XA 5FHNA 5TPAA 4DIGA 4I9DA 2VOZA 4NF8A 1FQBA 2ZNTA 1FW0A 2ZYMA 3MUQA 3G3GA 1ZBMA 1USYH 2UYEA 1B40A 3MVXA 2LAOA 4IY6A 4FEBA 3B6QA 4PE5B 1IXIA 3PMXA 3CG1A 4DXBA 3K6XA 3ZSFA 4RPNA 1MDP1 4N07A 1VFDA 1H76A 2Q9TA 2DSFA 2QL3A 2QSXA 4EQ7A 1IXHA 4O3AA 2CZLA 1MH4A 5I59B 5H8FB 1LGBC 1MM6A 1QKAA 5AA1A 1IXGA 2E0SA 3VXCA 2F6GA 1JNFA 4OETA 3VLVA 3IOWA 3I3VA 1FQDA 4OTEA 1JW1A 3PPNA 4F39A 3EN3A 1P99A 1M5EA 1EZOA 4XTCQ 5ELVA 3IL1B 1NH7A 1VFEA 3MP8A 1SYHA 4JWXA 3PGFA 1HSJA 1LFIA 3PU5A 3CIJA 2I6EA 1FTJA 3MQ9A 2O1LA 3G3HA 2GFEA 1NNFA 4OVJA 2H5YA 4U22A 3K1NA 3PMVA 4Q0CA 5AE4A 3VLWA 2ALUA 2B3FA 4NE4A 1YCJA 1QVSA 4R75A 3M3KA 4U4XA 2THIA 4OENA 2RC8A 2DQVA 4LQ5A 1H3DA 4PFUA 1RYXA 4QSCA 5H8NB 1ZKBA 3VVEA 3RUMA 3Q27A 3OEMA 5I2KB 4RY1A 5H8SA 2UYFA 4PQJA 4GLIA 3TUSA 5DEXB 1TT1A 2Q8JA 4G68C 3KN8A 3RLFE 2BJJX 2PBWA 3VVFA 4MBPA 1SI1A 1IZ1A 4POXA 3TKDA 1A99A 4NF4A 1J1NA 3L6HA 1P1UA 3IX1A 3S4UA 3T9XB 3MJNA 3IOUA 1N7WA 1NMUA 3MBPA 3OO6A 4I8CA 2DOJA 1TFAA 1GR2A 3FIRA 4RNSA 3EQ1A 1SQYA 1A54A 2VD2A 3SKPA 1RKMA 4G8HA 1WODA 1JW4A 2I4BA 4F1VA 1CB6A 4PFTA 2PYYA 4BDNA 4QFLA 3VVDA 4DDDA 3T9VA 1L5TA 5DEXA 2OZZA 3HO7A 4KPTA 2QJEA 3TMGA 4F3BA 2Y7RA 1POTA 2B65A 1B3HA 3H03A 1DSNA 4POWA 1B5IA 3HHGA 1LB8A 3C31A 3U1OA 1B52A 2RINA 3O66A 3MP1A 2P2AA 3B7DA 1MRPA 3WAEA 3MC2A 3PD9A 3LR1A 3UIFA 3H6UA 4YKIA 2VGQA 1AL3A 1JEVA 3N94A 2GHBA 3DELB 4X1BA 4ZEFA 1YPNA 4GL8A 3TFLA 4YZZA 4C0RA 3K1MA 3K6VA 1UTHA 4DE8A 4KYSA 1MPCA 1N76A 4KR5A 3C34A 3KN3A 3GBBA 5LOMA 1AMFA 3LUYA 4LONB 3ILUB 3N26A 4BDMA 4C1TA 3ZKLA 4FATA 3K2DA 2V3UA 2ZYNA 1LSTA 4OERA 1M5DA 3RNNA 4ELRA 4H67A 2YJPA 5CBRA 1M5FA 1B4ZA 4RK9A 1S50A 1PBPA 3OENA 1MH3A 4DZ1A 3O28A 1UIUA 2OK2A 5BWJA 1QW0A 3BFTA 4JWOA 3RGYA 2DXYA 5H8QA 3K6UA 1FTMA 3TCHA 1MQGA 5DVIA 1I69A 4F3SA 1B3EA 3S9LC 1B5HA 3C35A 2V25A 4TLLB 4ZDMA 2Z8EA 3KBRA 1B0LA 3A09A 5ITOA 2Y7IA 5DTBA 3N5LA 3RN8A 4HCYA 1OQHA 2HAUA 3G3IA 2QMXA 4ONYA 3T66A 2F78A 3KGCA 5CRYA 2XXIA 1RYOA 4M1VA 3T9HB 3S9NC 2D21A 4WXJA 2HAVA 3T96B 3FXUA 4WEPA 3RT6B 1FQCA 4QSEA 3IB1A 3SEYA 3CG3A 1MXYA 4KYEA 4OFLA 2O7UA 4KHZE 2F7BA 3H6VA 3Q28A 3THIA 5CMMA 1GGGA 3M3FA 4I1DA 2VD3A 5AA2B 1B7HA 1LAHE 1B0HA 3FD3A 3FVGA 3U72A 1SW4A 1MXVA 1MM7A 4U23A 3R26A 4PFWA 5B70A 2PT2A 4XKRA 4RYAA 3RQTA 2YLNA 2UVGA 1LBCA 1BP5A 2HZKA 3S2VA 4H65A 1PDAA 4LZ5A 4M4GA 5AA4B 4ISUA 4ZEBA 4IO7A 4H8IA 4NEDA 1NNKA 4NF6B 4GFRA 3TYHA 1B2HA 2ZXTA 4QF9A 5I2NA 3A3CA 4OFOA 2O7IA 5TP9A 5F1QA 3HV1A 5CBSA 4YB7A 2A5TA 1H45A 4JSOA 5AA2A 5JK4A 5I58A 3OSRA 4O3BA 2F7AA 4FECA 4U1ZA 1NH8A 5I57B 3OO7A 1OLCA 4R6YA 1HSEA 5TPAB 2X7QA 2R71A 1MY4A 2F6PA 4NF8B 1URGA 4GQOA 3PPRA 1XVYA 1MY0A 1Y9UA 3SEXA 3BBRA 1R6ZA 3DLNA 4R9GA 4QFOA 3TTKA 2XXHA 1ZTYA 5L9MA 3TDJA 4IO3A 1MDQA 4EXLA 1EZPA 5CMCA 3HSTA 3UA8A 2I4CA 3IK6B 4YMAA 3EHTA 4KQPA 1QUJA 2XX8A 1DMBA 1LLSA 2I48A 1O63A 3A3UA 2ZMBA 1XC1A 4X1DA 5DVJA 2D5WA 3C9HA 3FUZA 4YB6A 4GXAA 1Y3NA 4BDLA 2DVZA 3K1PA 3LSFB 4XKNA 3FZVA 4LVQA 4EDPA 3MVYA 3JYRA 1JVXA 3CRBA 1Y3PA 3FATA 3C32A 4R6KA 3DP8A 4NF5A 4YKJA 4XIGQ 3I5OA 4UA8A 1MPDA 1OLAA 1MXXA 2F7CA 2R6GE 3G3JA 1SDXA 4KFQA 3KJ7A 2G29A 4QFKA 1JW5A 5CMBA 3U93A 1XVXA 4JWYA 1N0TA 3ECRA 1ZJLA 4XKQA 1LFHA 1NNTA 1Y3QA 3QXMA 4LATA 4HS7A 3UK4A 3B6TA 3GBAA 4KCCA 1AOVA 5CC2A 3AXFA 1SW5A 4X48A 3LBSA 3MVWA 3IB2A 1ELJA 1A55A 4F18A 1TXFA 1R9LA 4FIMA 4HCWA 4IB2A 4GOTA 2XX7A 3O6GA 1N04A 3EF7A 2HCAA 3PPOA 3O6HA 1A7LA 4YKPA 1OMPA 4NF4B 5BUUA 4IY5A 2ZNUA 4U4SA 4ECFA 3H3GA 3JZJA 3C4MA 1D9VA 4ZECA 3T9UA 2GRVA 3U92A 2O1MA 1DTZA 4LUBA 1CE2A 3TQLA 1UQWA 4RA1A 4KD5A 3FJMA 4IO2A 3MPKA 4U1OA 1DOTA 2HEUA 2QRYA 5KDTA 3PUYE 4IO6A 3C33A 1AH5A 3CSBA 1MXUA 4ESXA 4Q5TA 2V3QA 1Y4CA 3HHFA 1LAXA 2Y7WA 4GWOA 3RT8A 1XHYA 4Q8RA 1XS5A 4IGRA 3PMWA 3JV9A 3VE1B 4H6DA 2FYIA 1DPEA 2OLBA 3EHUA 3K02A 3W9WA 4P11A 1Y1ZA 4DCYA 1IXCA 1IUDA 1LAFE 3VDFA 1AIVA 1Y1MA 2RF1A 5HM4B 1LB9A 4NWDA 1B58A 2F5XA 3IOVA 2DWJA 2IA4A 2ONRA 1QUKA 5TU0A 3W9VA 4XXUA 3E9XA 3O9PA 1UTHB 1NNPA 4ZZAA 1ZIUA 4EF2A 4GF8A 4Q30B 3OSQA 1O64A 3QK6A 4MF3A 1SW1A 5ITPA 1P1OA 4DLDA 5J1DA 3MW0A 3RPWA 1N3WA 3D4GA 5FTHA 3CFLA 4YKKA 3FJ7A 1B7UA 1Z7ME 2VP1A 3CSGA 3KSJA 2I49A 4E0XA 4QSDA 3HCQA 4K3FA 2NOOA 5H8QB 1BTJA 3U94A 4ELPA 3FASA 3G7WA 3K00A 4TQUQ 3MZ9A 2QS1A 3SEVA 1HSLA 3KG2A 1SD3A 4TLMB 1VR5A 3TELA 3MAMA 2DP8A 1I6QA 2DVCA 1A8FA 4ZZEA 1PBQA 3SETA 1MQDA 4EXKA 3TTMA 3CR9A 3OELA 5ICTA 1GTKA 5K2XA 3N6TA 3UORA 5IKBA 1B05A 4P0IA 3TQWA 1B5JA 3FXQA 4F29A 4F2OA 2I0CA 3GXAA 3Q25A 4DXUA 4MLQA 4YAHX 1JETA 1MG1A 2WKYA 4YICA 5F7VA 3W15C 2X7PA 1T0KA 4H8JA 5L9SA 1D4NA 2P0SA 2E1SA 2QPQA 4GVOA 1ZMGA 3FV1A 4PP0A 3Q26A 5I56A 1R9QA 1FQEA 1MQIA 1QUIA 2XXQA 1B1HA 2I3WA 3ONMA 3M3LA 4THIA 2H99A 4U2RA 5ICQA 2V93A 1EH3A 3IJOB 1QKBA 3FV2A 4IGTA 5I2NB 4JXIA 1SYIA 4OQOA 3KOSA 5TP9B 4OFJA 5CMKA 4YMBA 1ANFA 2A5TB 3KJTA 2P1SA 4Z7EA 4ELQA 1JQFA 5I58B 1SW2A 5CM6A 2PX1A 5ISUA 3KEIA 1URSA 3ILTB 2FNCA 1P1NA 1WVJA 4F22A 3SDFA 3OMBA 1R1NA 4YU0A 2DE3A 4F1YA 3KZGA 1MXWA 1MY1A 3SESA 4G4PA 3USDA 2RC9A 2XX9A 5KCJB 4WEDA 2ABHA 4G8MA 1B7ZA 1O7TA 4R73A 4RJZA 2XXVA 4G8NA 2DE2A 5FHMA 3TAJA 2ONSA 4G68B 3OXNA 1PB8A 3PUXE 3DP6A 3O97A 5DYHA 1XOCA 1UTBA 3TTRA 4YB5A 4R74A 5H8HA 5B7DA 4OMBA 2NUVA 4IO5A 1SBPA 1DTGA 4I62A 1OVTA 3OD7A 1LFGA 3MVZA 2REJA 5KZTA 5KCJA 3TODA 5JTYB 3QSLA 2DWHA 1OQGA 3R6UA 1BKAA 4NF5B 4N6PA 3TZAA 1B3LA 3DM0A 2XXPA 4TOZA 3I6VA 3UP9A 5CI5A 1D9YA 2Z8DA 3PUZE 5I84A 4G68A 2A5SA 4QFPA 4DCXA 5M2VA 1I6AA 4R72A 1B1XA 1QJMA 1URDA 3MZ1A 1B4HA 3O29A 1POY1 3K01A 2O68A 2F97A 2Q88A 1LCFA 3UN6A 4L17A 4KCDA 1LAGE 2D3IA 1FTKA 3LSLA 1B32A 3GLBA 4NWCA 4F2QA 2QMWA 1MXZA 3G3KA 5A5XB 5JTYA 4FORA 3CFXA 3H6WA 3ZKKA 3RTWB 4IO4A 3P7IA 4G77A 5EHMA 1YTVA 2REGA 1B46A 3L6GA 3IO6A 2R9JA 3IJXB 3QUFA 2ONKE 3HPIA 1LBBA 1PB9A 3K0VA 3IAZA 4U21A 3VLUA 3KN7A 4ZE9A 3T22A 2NVUB 1NFTA 5A5XA 3MP6A 4NMYA 1A8EA 2O6AA 2F36A 3VXBA 4ESWA 2OBGA 3OO8A 2Q89A 5KDTB 3PPQA 2Y7PA 1FCKA 1NL5A 4UACA 2HZLA 2ZYKA 1PC3A 2I0BA 4EUOA 4FE8A 3N6UA 5L8DA 4EF1A 1I6BA 3O2AA 2GHAA 3K4UA 2F35A 2VHAA 3V8XB 4LZ8A 4OEVA 5HBCA 5I59A 3FVOA 4ZS9A 2V3TA 5H8FA 4R6HA 2XXYA 4WKMA 3QUJA 2HXWA 5K2YA 1N7XA 3R7XA 3VFJA 2XD3A 1M5CA 1OIBA 4LP2B 3FJGA 3V89B 2OJTA 1USYE 3MZBA 4KYDA 3H4ZA 1B9JA 3TTLA 2F8DA 4F3GA 3TCGA 2H25A 1EZ9A 4NTLA 5DT6A 4OWDA 1B3FA 1GVCA 1JVYA 4O3CA 4ELOA 4N13A 1P1WA 2Q2CA 1PB7A 3K6WA 3PPPA 1Q35A 3LSXA 4E0WA 2ANJA 4MLVA 3KOTA 3OO9A 4JSDA 2XHDA 3IOTA 3C36A 3H7MA 1XT8A 1SVXB 2XXTA 5H8NA 1S9TA 2NWJA 5HPQA 1EU8A 2Z8FA 3FXRA 1WDNA 3SEUA 2G93A 4KI0E 5I2KA 3F11A 4F3PA 4H5GA 1F9BA 1OVBA 4H5FA 2PMSA 4R9FA 2Z23A 2GH9A 4F1UA 2Y84A 4ZEKA 1VSOA 1GV8A 1H43A 4GD5A 3TTNA 5JEIA 1FQFA 5IAIA 4OHNA 1US4A 4P0GA 1MY2A 3RY3A 4F31B 2ESNA 1ZLQA 2UXAA 4LA9A 1TFDA 3Q29A 2XD2A 2O51A 2DWIA 4MFIA 3QIMA 4F19A 4BDRA 2F34A 2XXXA 2H4IA 4OZ9A 3LC8A 1ZU0A 4FAJA 4G2ZA 4AQ4A 4C1UA 2OWSA 2RKMA 1JEUA 3S9MC 3QYTA 1S7YA 1Q1KA 3VV5A 4RPOA 2AL4A 3SEWA 2DS9A 2FA7A 3RTFB 3EHSA 3D4CA 3TPAA 4H1XA 2CMOA 3E13X 3BFUA 3KFMA 2PVUA 2QS4A 2PT1A 3KSXA 3V5AA 2Y7KA 2DE4A 3SERA 5AA3A 4HW8A 4X9TA 5DVFA 5I56B 3WAFA 3O6IA 4AB6A 4ND9A 3TEPA 3EPEA 2IEEA 1NKXA 3V83A 5L9OA 1M5BA 1B3GA 1IIWA 2ZYOA 4QRZA 1Y4TA 4Z0IA 3CVGA 1MPBA 1H44A 5FTIA 1FTOA 2I58A 4EQ9A 3PV0E 4GXSB 4FJPA 4GRKA 1SI0A 1D3KA 2UVIA 3CI8A 2W7YA 2RCBA 3CFZA 4ZE8A 2DWAA 2O84X 1Z7NE 2XXRA 1IITA 3TCFA 4FEDA 3T93B 1PEBA 3S9EA 2AL5A 2OCUA 2AIXA 3ODBA 1FQAA 1KWHA 3OEKA 2HFBA 2UVJA 2NXOA 3PUVE 4JB7A 1US5A 4GIZA 4H0WA 1N84A 4RK2A 2XXUA 2XXWA 3ZS6A 3IO4A 3IORA 1UTBB 4PETA 1UIVA 2HQ0A 2Q2AA 4OXVA 1ATGA 4JBZA 5EHSA 3FVNA 5H8HB 1MS7A 4HTGA 4GL0A 1Y20A 2QS2A 3OOAA 3PD8A 4R2FA 2H9BA 1A40A 3M8UA 4R2BA 1MY3A 2KLFA 1B51A 2AYSA 4AB5A 2YPNA 5FHOA 5AA2D 1BLFA 1FTLA 3DP4A 2Z22A 3LSWA 4DXCA 3E4RA 2O69A 3BKIB 2RCAA 3GZGA 4LQ2A 2M8CA 2UVHA 4BLAA 1IQ7A 3MWBA 3B6WA 4MH5A 2QS3A 2H98A 2OWTA 1BIYA 3IR1A 3E3KA 1P1QA 1VE4A 4ZEIA 2DXRA 3UGWA 1QULA 1YAEA 3IB0A 2ZNSA 3G3FA 2I3VA 3MPLA 1DPPA 5EYFA 4ZEDA 4PFYA 3FVKA 4OESA 4JDFA 4OYVA 3H6TA 1TWYA 3HN0A 3U8QA 2X26A 4BDQA 5AA4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DYXA 4EQBA 3PUWE 4NF6A 1MQJA 4QHQA 4XKPA 3QAXA 3H06B 4RXLA 2XA5A 1MQHA 1NV1A 4LZ7A 2RC7A 4OEUA 2V84A 3FGSA 4HE0A 1IEJA 2KQZA 5I57A 1XI6A 2VPOA 1B6HA 1LCTA 4BDOA 2B3BA 1II5A 4QFNA 1JP4A 1N3XA 5FHNA 5TPAA 4DIGA 4NAPA 4I9DA 2VOZA 4NF8A 1FQBA 4GWXA 2ZNTA 1FW0A 2ZYMA 3MUQA 3G3GA 1LBWA 1ZBMA 1USYH 4OVSA 2UYEA 5F24A 1B40A 3MVXA 2LAOA 4IY6A 4X8RA 1FPEA 3B6QA 4FEBA 4PE5B 5EYGA 4HXVA 1IXIA 3PMXA 3CG1A 4DXBA 3K6XA 3ZSFA 4RPNA 1MDP1 4N07A 1VFDA 1H76A 2Q9TA 2DSFA 2QL3A 2QSXA 4EQ7A 1FPJA 1IXHA 4O3AA 4PGPA 2CZLA 1MH4A 5I59B 5H8FB 1LGBC 1MM6A 1QKAA 5AA1A 1IXGA 2E0SA 3VXCA 2F6GA 4PF8A 1JNFA 4OETA 3VLVA 3IOWA 3I3VA 1FQDA 4OTEA 1JW1A 3PPNA 4PCDA 4F39A 3EN3A 1EYJA 1P99A 1M5EA 1EZOA 4XTCQ 5ELVA 3IL1B 1NH7A 1VFEA 3MP8A 1SYHA 4JWXA 3PGFA 1HSJA 1LFIA 3PU5A 4AS4A 3CIJA 2I6EA 1FTJA 3MQ9A 2O1LA 3G3HA 2GFEA 1NNFA 4OVJA 2H5YA 4U22A 3K1NA 4Q0CA 3PMVA 4AS5A 5AE4A 3VLWA 2ALUA 2B3FA 4NE4A 1YCJA 1QVSA 3PTYA 4R75A 3M3KA 4U4XA 1NUXA 2THIA 4OENA 2QFLA 2RC8A 2DQVA 4LQ5A 1H3DA 4PFUA 1RYXA 4H45A 5T3JA 4QSCA 5H8NB 5ET6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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