5DVJA

Crystal structure of galactose complexed periplasmic glucose binding protein (ppgbp) from p. putida csv86
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
NPGTVDVLHWWTSGGEAKAVETLKQQIQKDGFIWKDNAVAGGGGAAAMTVLKTRAISGNPPSAAQIKGPDIQEWGALGLLTELDDVAAANKWDDLLPRQVADIMKYDGHYVAVPVNIHRVNWLWINPQVFDKAGAKVPTTLDELFAAADKLKAAGFIPLAHGGQPWQDSTVFEDLVLSILGPKGYHAAFVDLDEKTLTGPQMTEAFATLKRLGTYMDPNRAGRDWNIAAAEVINGKAGMQIMGDWAKSEWSAAGKVAGKDYQCVAFPGTQGSFAYNIDSLAMFKLKDANDIKAQNDLAKVALEPEFQTVFNQNKGSLPVRQDMDMSKFDACTQKSAADFKEAAKGDGLQPSMAHNMATTLAVQGAIFDVVTNFLNDPQAEPATAVKQLNAAIKAAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High Resolution Structures of Periplasmic Glucose-binding Protein of Pseudomonas putida CSV86 Reveal Structural Basis of Its Substrate Specificity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Binding protein component of ABC sugar transporter
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas putida csv86
total genus 151
structure length 396
sequence length 396
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dvjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5dvjA02
3RGYA 4NTLA 2RC9A 4BDRA 2VP1A 5ITPA 3HV1A 4G77A 1I6AA 2A5TB 1Y3QA 1SI1A 2I4CA 1GV8A 3WAEA 1QUJA 4XKQA 2BJJX 1SYHA 2QS4A 1LAGE 5J1DA 1B4HA 4H8IA 4KD5A 1MXXA 1GTKA 1PDAA 1RYXA 2RINA 4OQOA 2I58A 2DOJA 4YB6A 2AL5A 4RA1A 4U1OA 1MH3A 4OVJA 5TU0A 2RC8A 4JBZA 2QSXA 4RXLA 4ESWA 5HM4B 1SBPA 2H4IA 4X9TA 4P0GA 2O51A 5CBRA 4Z7EA 4Q30B 1USYE 4H67A 1N84A 1D3KA 4RY1A 4DZ1A 2YPNA 4WKMA 2XHDA 2I3VA 4OXVA 4KQPA 3OELA 1JW5A 1NNKA 4KFQA 5L9SA 3BFUA 3TZAA 2OWTA 3PGFA 4IO5A 4OWDA 4UA8A 1QUKA 3VLUA 4R6KA 3S9LC 3M3FA 1AL3A 1PB9A 1CE2A 5I2KB 1ZKBA 5DTBA 4EQBA 4BLAA 3PMXA 4IGTA 4GQOA 3GZGA 2HAVA 4G8HA 1SW2A 2QPQA 2H99A 2O1LA 1IIWA 5LOMA 1B0HA 3T9VA 4H1XA 1ZU0A 2O84X 2HCAA 3TPAA 1LB9A 2XD3A 5EHSA 5AA2B 3B6WA 5I2NB 3G3FA 1DPPA 1OLCA 5DEXB 2FNCA 4OESA 4H6DA 1LFIA 5CC2A 4NF8A 2VD3A 2PYYA 3ECRA 1MQIA 4X1BA 3TCGA 5KCJB 2ZYNA 3G3GA 1MPCA 3U8QA 2PVUA 4F39A 5B70A 1ELJA 3CG3A 1NL5A 3CRBA 2Z8EA 5CM6A 5I56A 3E4RA 4IO2A 4BDLA 2B3FA 4POXA 4LZ7A 2RF1A 3QYTA 2NVUB 2DE3A 2F34A 1Y20A 4NE4A 4R73A 1D4NA 4R6YA 3Q25A 2GFEA 4RNSA 1HSEA 4PETA 1Y4CA 1D9VA 3U92A 1TFDA 4EQ7A 3QK6A 1MH4A 4HTGA 1ATGA 5JTYA 3C32A 3K1PA 4GL0A 1MQHA 2E1SA 3LSLA 1UTHA 2OWSA 4EF1A 1A55A 4WEDA 4YKKA 1NMUA 5IAIA 2QS3A 2X7PA 4MLVA 3TQWA 1MXUA 4RYAA 1VFDA 2HAUA 2Y7KA 4O3AA 4YKPA 5H8FA 3FJMA 3KSXA 3OSQA 3IOUA 2X26A 3S9NC 1O63A 2XXIA 4KCCA 1NFTA 1B46A 1OVBA 4GLIA 4O3CA 2D3IA 3IOWA 1B9JA 3C33A 4F3GA 4ZE8A 1EH3A 2XXTA 2R9JA 3OEKA 5I59B 1H44A 1H76A 4OYVA 4G8MA 2DWIA 4R9FA 4FAJA 4LVQA 2F6GA 5CMKA 5TPAB 1GVCA 1Y4TA 1B7UA 1PEBA 3RNNA 3O6HA 4F22A 1NNFA 2F7AA 5F7VA 3TCHA 1O7TA 4XKPA 4AB6A 4PQJA 1MY1A 1MQDA 3O97A 1USYH 1MXZA 1B0LA 4YB5A 3T9XB 4LZ8A 4HW8A 1YAEA 1MDQA 2REGA 2A5SA 4M1VA 1B58A 3JV9A 4IO4A 4PFUA 3VXCA 1HSLA 4MH5A 2CMOA 3ZS6A 3PUYE 1BTJA 1DPEA 3Q26A 5CRYA 3T9UA 1A54A 1HSJA 2GHBA 4KPTA 3S4UA 2F8DA 3EHTA 3CIJA 3TELA 2P1SA 3UORA 1UIVA 3TDJA 3T93B 4JWOA 1JW1A 3SEWA 4IGRA 3RLFE 2XXUA 5AE4A 1LGBC 5I2NA 4JWXA 4I62A 2HZKA 4NWCA 4F2QA 1D9YA 2AYSA 1TFAA 3MP6A 4F2OA 3FVKA 4JB7A 5KCJA 4R72A 2QJEA 3GBBA 1FQEA 1URDA 1FTKA 3EF7A 4GIZA 2IEEA 2OZZA 5L9MA 2H98A 1B3FA 4FATA 2ONRA 5I58A 3A3UA 1EZPA 2G93A 4Q5TA 1OMPA 3Q28A 4MLQA 1QKAA 3OO7A 2I3WA 2ANJA 1SYIA 3FZVA 4PP0A 4X1DA 1NNTA 2ABHA 2UYFA 4ONYA 3IOVA 4U4XA 1A7LA 3PU5A 2ESNA 4GWOA 3ZSFA 4C1UA 1URGA 2E0SA 4XTCQ 3H6WA 4XKNA 1NNPA 5I57B 1OIBA 4Q8RA 1BKAA 2Z23A 5AA1A 3TODA 2DYXA 3I6VA 3RT6B 4EUOA 1DTZA 2NOOA 4EF2A 4NF8B 2F36A 1M5DA 4H8JA 2H25A 4RK9A 1BP5A 4N07A 2F5XA 3CFXA 3E3KA 3CG1A 2ZNUA 1POY1 1B5JA 1EZ9A 3TTMA 3IO4A 4DXBA 5FTHA 2F6PA 4R2FA 1VE4A 2ZYOA 2P2AA 3O29A 3SETA 4EXKA 3G7WA 3PUZE 4F3PA 3MVYA 4KYEA 4GF8A 1FTLA 1UQWA 4GFRA 4ZEFA 1R1NA 5B7DA 3TUSA 5JTYB 4XKRA 3CVGA 1JW4A 1UTHB 2QS2A 3T66A 4DCYA 1GR2A 2LAOA 4QSDA 2NUVA 3FD3A 3KGCA 4YMBA 1IQ7A 1FQFA 3IK6B 3FJGA 4BDQA 2H9BA 2VGQA 4KYDA 5H8FB 4ZZEA 2RCBA 2QMXA 4H65A 2O7IA 4ZEKA 3TQLA 1P1OA 1VFEA 4R75A 1H3DA 4R9GA 5TP9B 3MVWA 3U1OA 2DVCA 2Q2AA 1ANFA 1IXIA 4KYSA 3CI8A 2OJTA 2THIA 4JSDA 3DP4A 3N5LA 1A8FA 4YB7A 3QAXA 4OHNA 3PMWA 2REJA 4OFOA 3DELB 2Y84A 3OMBA 2RC7A 4LQ2A 2XD2A 3R7XA 4OENA 1GGGA 3PUWE 3TFLA 2WKYA 2ZXTA 4NF6A 4ZDMA 4AB5A 3FVOA 4QFLA 3RUMA 1MPBA 1FW0A 4FEDA 1QUIA 1P1QA 3MZ9A 4U21A 3LR1A 3C35A 3B6TA 3M3LA 2UVIA 3O6GA 4P11A 3BFTA 3K6UA 1SD3A 1H45A 1B5IA 2B3BA 2GHAA 4TLMB 3M3KA 4ELRA 4E0WA 1P1UA 2D21A 1N3WA 3IB1A 4QSCA 3UIFA 2KLFA 4R2BA 4OTEA 1ZMGA 3O6IA 4LONB 1B1HA 2XXPA 5L9OA 5FHNA 3MZBA 3IAZA 3H3GA 2ZYMA 1OLAA 5I57A 1M5BA 3UN6A 1MXYA 1SW5A 1WDNA 2Q88A 3K01A 3E9XA 4ZE9A 1YCJA 2ONKE 3L6GA 2DWJA 3MPKA 5A5XA 2OBGA 4DDDA 1MS7A 4TLLB 1B4ZA 3M8UA 4OZ9A 2D5WA 5I58B 4MF3A 1N3XA 2CZLA 3CFZA 3KOSA 4NF4B 1MG1A 5ICTA 2XXQA 4GL8A 3H6UA 2P0SA 1LBBA 3MVZA 3L6HA 3LC8A 4N6PA 1MY2A 1RYOA 4GXSB 2DSFA 3MPLA 3K4UA 5FHOA 1QULA 4BDMA 4H0WA 1XOCA 3U94A 1SQYA 4BDOA 1Y1MA 2V84A 3SEYA 2O7UA 3P7IA 3BBRA 3RY3A 3O28A 1ZBMA 3QIMA 3FGSA 1T0KA 3RQTA 1EZOA 3V8XB 3TTNA 1PB7A 5TP9A 4F1UA 2QS1A 3C31A 2VOZA 2ONSA 3O66A 3FATA 3N94A 3MAMA 3H06B 3HO7A 4R6HA 1Y3NA 1AIVA 3K2DA 3KBRA 3K6VA 5F1QA 3S2VA 1M5FA 1LB8A 4F1VA 2GH9A 3OSRA 1N04A 4H5FA 4U22A 4ZECA 1PC3A 1LCFA 2M8CA 2IA4A 4RPNA 3K1MA 1XC1A 1UIUA 2Y7RA 5CBSA 3LSXA 2O6AA 3HCQA 2OK2A 3ZKKA 3KN3A 3RT8A 4FJPA 3H03A 2UXAA 3SKPA 4WEPA 3F11A 5DT6A 2FA7A 4LATA 1LFHA 1RKMA 4I1DA 1FTJA 1Y1ZA 2Y7PA 3KOTA 2I6EA 4IY5A 3PPQA 3HN0A 3KG2A 5KZTA 1XS5A 3TTRA 1OQGA 3A09A 2UVGA 3RN8A 2Y7IA 3O9PA 3RTFB 3I3VA 3KN7A 5I84A 5EYFA 4ELQA 3C34A 1B3HA 3DP8A 3VV5A 4WXJA 1LAFE 4DLDA 1LAHE 4NWDA 2RCAA 4RK2A 4ZEIA 4OMBA 4M4GA 3LSFB 5CMCA 4IB2A 3T9HB 2QMWA 4NF6B 3ZKLA 1JEUA 2HZLA 3K1NA 1FQCA 3QSLA 3W15C 4I9DA 3TYHA 4TQUQ 5L8DA 4TOZA 3MP1A 1R6ZA 1SI0A 3EQ1A 3TEPA 2R6GE 1JETA 3S9MC 3UGWA 4JXIA 2ALUA 5H8SA 1LAXA 2XXVA 3FJ7A 3TMGA 1B3LA 2OCUA 4ELPA 4NF4A 4FE8A 2W7YA 4G68B 2DVZA 3R26A 3JYRA 3D4GA 4HCWA 4IO7A 1LLSA 3LBSA 5DVJA 1OQHA 3Q29A 1MY3A 4ESXA 4RJZA 1ZIUA 3T22A 2I0CA 1DTGA 4QFPA 1NH7A 1B5HA 2NWJA 3TTKA 3OD7A 4QSEA 1B6HA 4IO6A 1IEJA 3FVNA 5H8NA 3H7MA 3C9HA 3PD8A 3OENA 5KDTA 3FASA 4YU0A 3IJXB 5A5XB 4XXUA 1FCKA 3MQ9A 1J1NA 4KCDA 5HPQA 4G8NA 5H8HA 3K00A 3T96B 1UTBB 2G29A 2DP8A 3GLBA 4LZ5A 4QHQA 3VXBA 1QW0A 4BDNA 3FVGA 3CR9A 4X48A 3TTLA 1N0TA 1MQGA 2V93A 2YJPA 3EN3A 1II5A 2XXWA 1FQDA 3I5OA 3PUXE 3K6WA 3IR1A 5AA2D 2F78A 2HXWA 3AXFA 2QL3A 3USDA 5CMBA 3C36A 4LUBA 4R74A 1US5A 1SW1A 3VFJA 4JWYA 4UACA 1POTA 4GVOA 4FORA 4NEDA 1VSOA 4C0RA 3SDFA 4G68C 4EXLA 1JQFA 1JVXA 3RTWB 3V83A 4LA9A 1FTOA 2Q9TA 3TCFA 4C1TA 2VHAA 5BWJA 1MM7A 1B3EA 4QFKA 3MBPA 3CSBA 4F3SA 1Q35A 1S50A 2XXHA 4G2ZA 4POWA 2O69A 3IJOB 4ZS9A 4ND9A 5CI5A 2UVJA 1ZJLA 1MXVA 4PE5B 1YTVA 1BIYA 3SERA 3QUFA 3VLWA 3VVDA 1IZ1A 1MDP1 1FQAA 3MZ1A 1PB8A 3MWBA 4NMYA 4LQ5A 3CSGA 2Z22A 3G3KA 4YKIA 4KHZE 4L17A 5H8QA 5AA4A 2YLNA 3E13X 2VD2A 3JZJA 5DVIA 4ISUA 3PD9A 2Q8JA 3VLVA 1JVYA 2DE4A 3OO9A 3PPOA 4NF5B 4G68A 2V3TA 2PBWA 4YKJA 1B32A 2DQVA 2I4BA 2HQ0A 1TT1A 3VVFA 3ILTB 3HSTA 2UYEA 4QFOA 4ZZAA 1S9TA 2I48A 1L5TA 3MP8A 4HS7A 4OERA 2XX8A 3OO6A 2DWHA 1P1WA 1A8EA 1NH8A 2O68A 3IB2A 2I49A 5ITOA 1ZTYA 1FQBA 3R6UA 1DMBA 4GRKA 3N6UA 2UVHA 3SESA 5AA3A 3EHSA 2R71A 4P0IA 5CMMA 3PUVE 4ECFA 5K2YA 3ODBA 1B51A 3GXAA 3S9EA 3DM0A 3H4ZA 3UK4A 3K0VA 1UTBA 1B40A 4Z0IA 1A99A 2FYIA 2RKMA 1Z7ME 2PT1A 3KFMA 2ZNTA 4G4PA 1N76A 2F7CA 2X7QA 1S7YA 2H5YA 5K2XA 4IO3A 1Q1KA 4E0XA 3V5AA 1B05A 1B3GA 3KJTA 2OLBA 4U4SA 5ICQA 1WVJA 3DLNA 1MY4A 2PX1A 3O2AA 3VVEA 3CFLA 1KWHA 4EDPA 3UA8A 1P1NA 4OFJA 4YMAA 4F29A 5H8NB 1P99A 1DSNA 2ZYKA 2V3QA 2GRVA 3U93A 4XIGQ 1O64A 3N6TA 3W9VA 5KDTB 1IITA 4KI0E 1IXHA 4KR5A 2A5TA 5FTIA 1SVXB 4ZEBA 3VDFA 5H8HB 3A3CA 3OOAA 3HHFA 2HFBA 2Q2CA 2F97A 2Z8FA 4H5GA 1N7WA 3TKDA 2XXYA 2I0BA 1BLFA 4FEBA 1I6BA 4U2RA 1SDXA 5JK4A 2PMSA 1CB6A 1F9BA 4ELOA 1XHYA 1TXFA 1XVXA 3MW0A 1MM6A 4DE8A 2V3UA 3H6TA 4PFTA 1TWYA 1PBPA 4F19A 4MFIA 3MJNA 5FHMA 5ISUA 4OETA 1MRPA 4K3FA 1R9QA 3OO8A 2ZMBA 4PFYA 2XXXA 4GD5A 2HEUA 3FUZA 1AMFA 1XVYA 1LCTA 2Q89A 4IY6A 3W9WA 3FXUA 4OFLA 3PPRA 1IUDA 1VR5A 4U1ZA 3U72A 4GXAA 1QKBA 5DYHA 3BKIB 4ZEDA 2PT2A 4NF5A 2ZNSA 3HHGA 3MVXA 5HBCA 2AIXA 4DCXA 2QRYA 1B2HA 4LP2B 4F3BA 3FIRA 1URSA 3FV1A 5I2KA 2F7BA 3IX1A 1DOTA 4F31B 3G3HA 4O3BA 3KEIA 3IO6A 3KJ7A 1B7HA 4DIGA 4PFWA 1YPNA 3SEXA 3K6XA 1AH5A 4F1YA 2DXRA 1PBQA 5ELVA 3D4CA 3MC2A 3H6VA 4AQ4A 1IXGA 5IKBA 1AOVA 4OEUA 3B7DA 4OEVA 1MXWA 5AA2A 2XX9A 1B52A 2DXYA 2B65A 1Y3PA 5JEIA 3QXMA 3PPNA 5DEXA 1MQJA 4DXCA 5H8QB 2XX7A 1EU8A 5AA4B 3FXRA 1JEVA 1IXCA 3KSJA 1ZLQA 1WODA 3OXNA 1B7ZA 3V89B 3PPPA 4MBPA 3ONMA 2AL4A 5M2VA 4N13A 3HPIA 3UP9A 1N7XA 5DVFA 1MPDA 3RPWA 3G3IA 4Q0CA 3VE1B 4I8CA 4RPOA 4QRZA 2NXOA 1XT8A 3N26A 3G3JA 1LSTA 3TAJA 4GOTA 3WAFA 3ILUB 4YZZA 2Z8DA 3MUQA 3SEUA 4THIA 3FV2A 3KN8A 5EHMA 4JSOA 3EHUA 4YAHX 1LBCA 4F18A 1I69A 3KZGA 4FIMA 1B1XA 1QJMA 4YICA 3B6QA 3LSWA 3C4MA 4DXUA 3IORA 1R9LA 3DP6A 3LUYA 1Y9UA 3FXQA 4U23A 4JDFA 1LFGA 3QUJA 1I6QA 5BUUA 3K02A 2DE2A 1QVSA 2DS9A 4EQ9A 1SW4A 3EPEA 2V25A 4HCYA 1M5CA 4QFNA 2O1MA 5I56B 2Y7WA 3SEVA 4QF9A 1H43A 1A40A 4FECA 1OVTA 5I59A 1JNFA 3IL1B 2XXRA 1MY0A 1M5EA 1US4A 1Z7NE 3Q27A 5TPAA 1FTMA 2DWAA 3OEMA 2F35A 3GBAA 3THIA 1NKXA 3IB0A 3PMVA 3PV0E 3IOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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