5DW1A

X-ray crystal structure of human brd2(bd2) in complex with rvx297 to 1.55 a resolution
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
111
structure length
111
Chain Sequence
KLSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Protein binding/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
publication title RVX-297- a novel BD2 selective inhibitor of BET bromodomains.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 111
sequence length 111
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dw1A00
5H1VA 1WUMA 2RNWA 4QSXA 5C89A 4QSSA 5CQ3A 5A5QA 5D3TA 2DKWA 4LYSA 4LYIA 5EPBA 4ZW1A 3UV2A 5AMFA 5CRZA 5BT4A 4UIWA 2R0VA 5LJ0A 4UYEA 5IGLA 3U5KA 2GRCA 4TZ2A 4C67A 5HQ7A 3QZVA 4MR3A 5FE5A 4N3WA 4LZSA 4YADA 3SVFA 5EICA 3Q2EA 2LSPB 3MXFA 5LVQA 3G0JA 5C7NA 5HCLA 5EV9A 3UVYA 4A9NA 4MEOA 5HQ5A 5CTLA 5I88A 3QZTA 4XUAA 4BHWA 2L5EA 2RS9B 5EGUA 5F62A 4A9JA 5JI8A 4QSQA 5II1A 5E73A 4QUTA 4YATA 3U5PA 4IR5A 4MR6A 4GPJA 5AD3A 4KV4A 4CLBA 5D26A 4IORA 4AKNA 5C4QA 5L8TA 5F63A 3P1EA 4HXPA 4QSPA 4HBYA 4O7EA 2E7NA 5LKUA 2OO1A 5A82A 3O37A 2MJVB 5D3SA 4XUBA 4UYHA 4HXRA 4CUPA 4BJXA 5FE3A 4O7FA 5ENEA 5HRWA 4PCEA 4UYFA 4UIVA 4A9MA 4BW3A 5CRMA 2H60A 4RVRA 5E3GA 4LRGA 4CURA 5HENA 5E3DA 5A85A 4PS5A 4YC9A 4Y03A 2DVVA 3O36A 4TTEA 2F6JA 2I8NA 5LKXA 2DVSA 5COIA 5LKZA 5D3HA 1EQFA 4A9FA 4UIZA 5FB0A 5DBMA 5F2PA 2E7OA 4NYXA 4LYWA 5HFQA 4PCIA 4QUUA 5ENIA 3UVXA 4O74A 5G4SA 5ACYA 5DLXA 3MULA 4QY4A 2WP1A 4YK0A 4LR6A 5A5OA 4NUEA 5I83A 5CQ8A 3DAIA 5D3LA 4YYIA 5EWVA 5H85A 3MQMA 5CUEA 2YDWA 4LZ2A 3U5MA 5FE1A 5HRVA 5F25A 5CY9A 4CUSA 5F60A 4YY6A 3O34A 4HBWA 5ETBA 5AD2A 4O75A 2D9EA 3I3JA 5EP7A 2R0SA 1X0JA 5LJ2A 4QYDA 4Q0OA 4ZC9A 3NXBA 3JVJA 5I29A 5L8UA 4NR8A 5TB6A 5EWWA 4NS5A 5HFRA 3MUKA 4TT2A 4QR5A 5LUUA 4YYGA 3RCWA 5CUGA 3LQHA 4XYAA 5HJCA 5C8GA 4O78A 4MR5A 5LKTA 2F6NA 5KHMA 5FB1A 5CQ6A 5IGKA 5F61A 4QB3A 2YQDA 4HXNA 3LQIA 2R10A 4BW2A 3UW9A 4QC3A 4YY4A 4YAXA 4CFLA 3JVLA 5FFVA 5DFCA 4O7AA 5FE8A 2D82A 3UV4A 4NQNA 4UITA 4QSUA 5FE9A 5KTUA 1E6IA 4UYGA 3O33A 5D3PA 3Q2FA 4LDFA 4J0SA 1JM4B 4UYDA 5F1HA 2DWWA 5DX4A 5KU3A 5A5RA 3HMHA 4NUCA 3AQAA 4WHWA 5CQAA 5BT5A 3K2JA 5F5ZA 4KCXA 1JSPB 5E7DA 5CQ7A 4DONA 5A5SA 5C85A 2NXBA 3LQJA 5D7XA 5A81A 5CZGA 4N4FA 5CUCA 5J0DA 3P1DA 4NUDA 4HXKA 3IU5A 4J3IA 5I1QA 4LC2A 4TU6A 4YYMA 4MEPA 4QSTA 4O71A 4YABA 5EPRA 4HXLA 4IR6A 4PKLA 4X2IA 5E9LA 2R0YA 4QSRA 4J0RA 5ENGA 3U5LA 4UIXA 5AMEA 4QR4A 5IIDA 2L85A 4TS8A 4NR9A 2L84A 2YEMA 4O76A 4YYKA 3UVDA 5E9MA 5IGMA 2KTBB 5FFYA 4A9OA 5CFWA 4NR4A 4QEWA 4QYLA 4NR6A 5HELA 5DYCA 4QEUA 4XY9A 4QBMA 3O35A 5E9IA 4YYDA 5K29A 5DYXA 4O70A 2RI7A 5CS8A 5L96A 5F3AA 4CUUA 1ZS5A 4YYJA 5HLSA 4YH3A 4NYVA 5F1LA 5CQ4A 4E96A 4F3IA 4CL9A 3U5OA 4QEVA 3DWYA 1F68A 3LXJA 4O77A 4TZ8A 4OGIA 4Z6HA 4J1PA 4YBMA 1WUGA 3ONIA 5I7YA 3D7CA 3IU6A 2DVRA 5CP5A 5EWDA 4C66A 5CQTA 5L98A 2G4AA 5L99A 4Q0NA 4ALGA 5FDZA 5DKHA 5HQ6A 4TT6A 5EWCA 5FE4A 4TQNA 5A5PA 3UVWA 3P5OA 5D3RA 5HEMA 4PTBA 5A5NA 4BW1A 4OGJA 2RNXA 3P1FA 4YH4A 4HXSA 5EISA 3QZSA 4XY8A 3ZYUA 4NYWA 4N4GA 5HM0A 5BT3A 3JVMA 5E9YA 4HXOA 2I7KA 5CPEA 5I40A 4NQMA 2RNYA 5A7CA 5FBXA 5D0CA 4A9LA 4N4HA 3UV5A 4TT4A 5DW2A 5H1UA 5FH6A 5ENFA 5DLZA 2E3KA 4WIVA 5CU8A 4IR3A 4A9KA 4NXJA 5FE6A 3TLPA 5CUAA 4QZSA 5FG4A 5II2A 5HRXA 4HXMA 5FG6A 5EA1A 4A9HA 5TCMA 4IOQA 3HMEA 2RFJA 5DW1A 5FG5A 5D25A 5CUDA 3S91A 4A9EA 4UYFB 5ENBA 1N72A 4UIYA 2YYNA 5EVAA 3MB3A 4QNSA 2N9GA 4Z1SA 5KO4A 2OUOA 5A83A 3U5NA 4NRBA 5I80A 4CFKA 4ALHA 5E74A 2YEKA 5EPSA 5E9KA 5L97A 5D3NA 3SVHA 4CUTA 5LVRA 5D3JA 4FLPA 4O72A 5E9VA 2FSAA 5DKCA 4YBSA 5CUBA 5H1TA 4PY6A 3U5JA 4NRAA 4QSWA 4YYHA 5LJ1A 5IG6A 5FH7A 3AADA 4KV1A 4YYNA 4OUFA 4NR5A 5G4RA 4NRCA 2WP2A 3P1CA 2DVQA 5I89A 5EI4A 5EQ1A 5ENHA 5FE2A 5ENJA 5ETDA 4QR3A 4A9IA 3SVGA 5IGNA 4IOOA 5I7XA 3HMFA 4TYLA 5EM3A 4Z6IA 5FFWA 4Z93A 4NR7A 4MR4A 5FE7A 5DY7A 5FH8A 5C87A 2DATA 4O7CA 5DYUA 5DFDA 3FKMX 5EU1A 5IBNA 4YBTA 2YELA 5DFBA 3G0LA 2OSSA 5D24A 5ENCA 5DYAA 4LZRA 5E0RA 4O7BA 2YW5A 3LJWA 3S92A 2RO1A 3MB4A 4BW4A 3JVKA 4QC1A 4UIUA 4TU4A 5I86A 5DKDA 5KTWA 5JWMA 3GG3A 4ZQLA 5FE0A 4HBVA 5EWHA 5F36A 4HBXA 4CUQA 4QSVA 5KTXA 5CGPA 4N4IA 4WHUA 5CQ5A 4MEQA 5EK9A 4Z1QA 4MENA 4IR4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5H1VA 1WUMA 2RNWA 4QSXA 5C89A 4QSSA 5CQ3A 5A5QA 5D3TA 3D1BA 2DKWA 4LYSA 4LYIA 5EPBA 4ZW1A 3UV2A 5AMFA 5CRZA 5BT4A 4UIWA 2R0VA 5LJ0A 4UYEA 5IGLA 3U5KA 2GRCA 4TZ2A 4C67A 5HQ7A 3QZVA 4MR3A 5FE5A 4N3WA 4LZSA 4YADA 3SVFA 5EICA 3Q2EA 2LSPB 3MXFA 5LVQA 3G0JA 5C7NA 5HCLA 5EV9A 3UVYA 4A9NA 3VKGA 4MEOA 5HQ5A 5CTLA 5I88A 3QZTA 4XUAA 4BHWA 2L5EA 2RS9B 5EGUA 5F62A 4A9JA 5JI8A 4QSQA 5II1A 5E73A 4QUTA 4YATA 3U5PA 4IR5A 4MR6A 4GPJA 5AD3A 4KV4A 4CLBA 5D26A 4IORA 4AKNA 5C4QA 5L8TA 5F63A 3P1EA 4HXPA 4QSPA 4HBYA 4O7EA 2E7NA 5LKUA 2OO1A 5A82A 3O37A 2MJVB 5D3SA 4XUBA 4UYHA 4HXRA 4CUPA 4BJXA 5FE3A 4O7FA 5ENEA 5HRWA 4PCEA 4UYFA 4UIVA 4A9MA 4BW3A 5CRMA 2H60A 4RVRA 5E3GA 4LRGA 4CURA 5HENA 5E3DA 5A85A 4PS5A 4YC9A 4Y03A 2DVVA 4AI6A 3O36A 4TTEA 2F6JA 2I8NA 5LKXA 2DVSA 5COIA 5LKZA 5D3HA 1EQFA 4A9FA 4UIZA 5FB0A 5DBMA 5F2PA 2E7OA 4NYXA 4LYWA 5HFQA 4PCIA 4QUUA 5ENIA 3UVXA 4O74A 5G4SA 5ACYA 5DLXA 3MULA 4QY4A 2WP1A 4YK0A 4LR6A 5A5OA 4NUEA 5I83A 5CQ8A 3DAIA 5D3LA 4YYIA 5EWVA 5H85A 3MQMA 5CUEA 2YDWA 4LZ2A 3U5MA 5FE1A 5HRVA 5F25A 5CY9A 4CUSA 5F60A 4YY6A 3O34A 4HBWA 5ETBA 5AD2A 4O75A 2D9EA 3I3JA 5EP7A 2R0SA 1X0JA 5LJ2A 4QYDA 4Q0OA 4ZC9A 3NXBA 3JVJA 5I29A 5L8UA 4AKIA 4NR8A 5TB6A 5EWWA 4NS5A 5HFRA 3MUKA 4TT2A 4QR5A 5LUUA 4YYGA 3RCWA 5CUGA 3LQHA 4XYAA 5HJCA 5C8GA 4O78A 4MR5A 5LKTA 2F6NA 5KHMA 4AKHA 5FB1A 5CQ6A 5IGKA 5F61A 4QB3A 2YQDA 4HXNA 3LQIA 2R10A 4BW2A 3UW9A 4QC3A 4YY4A 4YAXA 4CFLA 3JVLA 5FFVA 5DFCA 4O7AA 5FE8A 2D82A 3UV4A 4NQNA 4UITA 4QSUA 5FE9A 5KTUA 1E6IA 4UYGA 3O33A 5D3PA 3Q2FA 4LDFA 4J0SA 1JM4B 4UYDA 5F1HA 2DWWA 5DX4A 5KU3A 5A5RA 3HMHA 4NUCA 3AQAA 4WHWA 5CQAA 5BT5A 3K2JA 5F5ZA 4KCXA 1JSPB 5E7DA 5CQ7A 4DONA 5A5SA 5C85A 2NXBA 3LQJA 5D7XA 2EJNA 5A81A 5CZGA 4N4FA 5CUCA 5J0DA 3P1DA 4NUDA 4HXKA 3IU5A 4J3IA 5I1QA 4LC2A 4TU6A 4YYMA 4MEPA 4QSTA 4O71A 4YABA 5EPRA 4HXLA 4IR6A 4PKLA 4X2IA 5E9LA 2R0YA 4QSRA 4J0RA 5ENGA 1ZKRA 3U5LA 4UIXA 5AMEA 4QR4A 5IIDA 2L85A 4TS8A 4NR9A 2L84A 2YEMA 4O76A 4YYKA 3ERRA 3UVDA 5E9MA 5IGMA 2KTBB 5FFYA 4A9OA 5CFWA 4NR4A 4QEWA 4QYLA 4NR6A 5HELA 5DYCA 4QEUA 4XY9A 4QBMA 3O35A 5E9IA 4YYDA 5K29A 5DYXA 4O70A 2RI7A 5CS8A 5L96A 5F3AA 4CUUA 1ZS5A 4YYJA 5HLSA 4YH3A 4NYVA 5F1LA 5CQ4A 4E96A 4F3IA 4CL9A 3U5OA 4QEVA 3DWYA 1F68A 3LXJA 4O77A 4TZ8A 4OGIA 4Z6HA 4J1PA 4YBMA 1WUGA 3ONIA 5I7YA 3D7CA 3IU6A 2DVRA 5CP5A 5EWDA 4C66A 5CQTA 5L98A 2G4AA 5L99A 4Q0NA 4ALGA 5FDZA 5DKHA 5HQ6A 4TT6A 5EWCA 5FE4A 4TQNA 5A5PA 3UVWA 3P5OA 5D3RA 5HEMA 4PTBA 5A5NA 4BW1A 4OGJA 2RNXA 3P1FA 4YH4A 4HXSA 5EISA 3QZSA 4XY8A 3ZYUA 4NYWA 4N4GA 5HM0A 5BT3A 3JVMA 5E9YA 4HXOA 2I7KA 5CPEA 5I40A 4NQMA 2RNYA 5A7CA 5FBXA 5D0CA 4A9LA 4N4HA 3UV5A 4TT4A 5DW2A 5H1UA 5FH6A 5ENFA 4AKGA 5DLZA 1PUOA 2E3KA 4WIVA 5CU8A 4IR3A 4A9KA 4NXJA 5FE6A 3TLPA 5CUAA 4QZSA 5FG4A 5II2A 5HRXA 4HXMA 5FG6A 5EA1A 4A9HA 5TCMA 4IOQA 3HMEA 2RFJA 5DW1A 5FG5A 5D25A 5CUDA 3S91A 4A9EA 4UYFB 5ENBA 1N72A 4UIYA 2YYNA 5EVAA 3MB3A 4QNSA 2N9GA 4Z1SA 5KO4A 2OUOA 5A83A 3U5NA 4NRBA 5I80A 4CFKA 4ALHA 5E74A 2YEKA 5EPSA 5E9KA 5L97A 5D3NA 3SVHA 4CUTA 5LVRA 5D3JA 3D1DA 4FLPA 4O72A 5E9VA 2FSAA 5DKCA 4YBSA 5CUBA 5H1TA 4PY6A 3U5JA 4NRAA 4QSWA 4YYHA 5LJ1A 5IG6A 5FH7A 3AADA 4KV1A 4YYNA 4OUFA 4NR5A 5G4RA 4NRCA 2WP2A 3P1CA 2DVQA 5I89A 5EI4A 5EQ1A 5ENHA 5FE2A 5ENJA 5ETDA 4QR3A 4A9IA 3SVGA 5IGNA 4IOOA 5I7XA 3HMFA 4TYLA 5EM3A 4Z6IA 5FFWA 4Z93A 4NR7A 4MR4A 5FE7A 5DY7A 5FH8A 5C87A 2DATA 4O7CA 5DYUA 3FKMX 5DFDA 5EU1A 5IBNA 4YBTA 2YELA 5DFBA 3G0LA 2OSSA 5D24A 5ENCA 5DYAA 4LZRA 5E0RA 4O7BA 2YW5A 3LJWA 3S92A 2RO1A 3MB4A 4BW4A 3JVKA 4QC1A 4UIUA 4TU4A 5I86A 5DKDA 5KTWA 5JWMA 3GG3A 4ZQLA 5FE0A 4HBVA 5EWHA 5F36A 4HBXA 4CUQA 4QSVA 5KTXA 5CGPA 4N4IA 3VKHA 4WHUA 5CQ5A 4MEQA 5EK9A 4Z1QA 4MENA 4IR4A
chains in the Genus database with same CATH topology
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