5DW1A

X-ray crystal structure of human brd2(bd2) in complex with rvx297 to 1.55 a resolution
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
111
structure length
111
Chain Sequence
KLSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Protein binding/inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title RVX-297- a novel BD2 selective inhibitor of BET bromodomains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
total genus 43
structure length 111
sequence length 111
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dw1A00
4QSXA 5D3LA 4YBMA 4MENA 5IGLA 4O7FA 4CL9A 5F60A 5C8GA 5ENJA 5CQ7A 4NUDA 5HM0A 4QR5A 4UYDA 5BT5A 5LJ1A 5L96A 5HQ5A 4LC2A 5CUDA 3O35A 5KTUA 4PTBA 5ETDA 4YC9A 4GPJA 5DKHA 4WIVA 4QSQA 5HQ7A 4ALHA 2DWWA 5CU8A 5F25A 4TU6A 4UIYA 5C4QA 4QY4A 3UV5A 5CQ5A 4CUQA 3JVKA 4TT6A 4MR4A 5DKCA 4A9NA 3GG3A 3LQIA 4MEPA 2DVSA 4NRAA 5DFDA 5ENFA 3HMHA 4QUUA 3U5JA 2YW5A 4HXKA 4CFKA 4NRBA 4YYNA 5I86A 3UVXA 3AQAA 5AMFA 1JM4B 4YYKA 4IR3A 3ONIA 5E9KA 4MEOA 2R0VA 5EPSA 4IORA 2D9EA 3UVWA 5LVRA 2DVRA 4LZSA 2L85A 5A5OA 2H60A 5BT3A 4NYXA 4YBSA 5ENEA 4HBWA 4QSWA 5FFYA 2RI7A 5FE3A 4CLBA 4C67A 5I83A 4Z6IA 3Q2EA 3ZYUA 4O7AA 3AADA 4UIVA 4Q0NA 3U5OA 3HMEA 3S92A 4A9OA 5EP7A 5ENHA 5A5PA 4IOOA 5CS8A 2MJVB 5FE7A 2I8NA 2KTBB 3SVGA 2OO1A 5L97A 4YYIA 5L8TA 4XUBA 5D24A 4Z1SA 4YADA 4XY8A 5HELA 5EVAA 5FH6A 5FH7A 5LKXA 4LZRA 4NR9A 5L98A 4XUAA 4PY6A 2WP1A 5C87A 5IIDA 4PCIA 2RFJA 4TT2A 5CUAA 5EWCA 4UYFB 2E7OA 4QUTA 3HMFA 2L84A 2YQDA 3P1DA 5DYCA 2F6JA 4YYGA 5E3GA 1WUMA 4QC1A 4A9JA 4QEWA 4YH3A 5E73A 4LYIA 4NR5A 4HXRA 4A9KA 3IU5A 5CRZA 5F1HA 3O37A 2E3KA 4HBXA 4Z93A 4O72A 3DWYA 4PS5A 3Q2FA 5DYAA 5A5QA 4O74A 5I80A 5IGNA 4YH4A 4TU4A 3MXFA 5F63A 5ENCA 2R0SA 4A9FA 5FE4A 2GRCA 5I89A 4UYHA 5FE9A 3RCWA 3IU6A 2F6NA 4PKLA 5DLZA 5H1TA 5I88A 5ENGA 4IR4A 5F5ZA 4NQNA 5JWMA 3SVHA 4IR5A 4QSUA 5HQ6A 4ZW1A 4TZ2A 5CRMA 3K2JA 5CUEA 5HENA 3MUKA 4N4HA 5A82A 5DFCA 5ENIA 2DATA 5G4SA 3FKMX 5G4RA 3O34A 5IGKA 5KTXA 3QZSA 4C66A 3U5LA 5FE2A 5DBMA 5EM3A 4QSVA 4X2IA 4N4GA 5I1QA 4NYWA 4TYLA 5EWWA 5CQTA 5K29A 2YEKA 5FB1A 4A9IA 5EICA 4YYHA 5KHMA 3NXBA 4QBMA 5CPEA 4A9EA 4KV4A 4A9HA 2N9GA 3P1EA 3P1FA 4UIZA 4BW4A 4Z1QA 4AKNA 5E9VA 5F3AA 4QEVA 5LUUA 1JSPB 4QR4A 5CQ6A 5HFRA 5AMEA 5A5SA 4CUUA 5E3DA 5FFVA 4ZC9A 4UIWA 4UIUA 4YBTA 5EA1A 5E74A 5II2A 5KO4A 5FG5A 2YYNA 5E9YA 1ZS5A 4YYMA 5FH8A 5D3SA 3O36A 4YK0A 5DX4A 5CP5A 2DKWA 5HFQA 5D3RA 3UVDA 5F2PA 2YELA 4NRCA 4IR6A 4O7CA 4NUEA 5ACYA 4OGIA 4O7BA 3P5OA 4QC3A 5LVQA 4YYDA 2DVQA 3MQMA 5CQ4A 2R10A 3U5MA 4BHWA 5D3PA 5D3TA 3S91A 1F68A 2FSAA 4QYLA 5FE6A 2D82A 3UV2A 5F36A 3MB3A 4YATA 3SVFA 2RS9B 5D3JA 4MR3A 5KTWA 5CZGA 5FE5A 4MR5A 3DAIA 1X0JA 5H1VA 2OUOA 4QR3A 1EQFA 5JI8A 4HBYA 5CTLA 2L5EA 3QZVA 3U5KA 5D3NA 4J1PA 5FBXA 4QB3A 1E6IA 4O7EA 4XYAA 5D25A 5CQ3A 5E0RA 3JVJA 5CGPA 4HXSA 2YEMA 5AD3A 4NUCA 3LJWA 4HXNA 5HCLA 2DVVA 5LJ2A 3JVLA 4O78A 3LXJA 4CUPA 4LYWA 5I40A 5EWHA 4Y03A 5LKTA 4BJXA 4NR8A 4BW1A 5I29A 5LJ0A 5CQAA 4O76A 5FG4A 2NXBA 4NYVA 5E9MA 5FE0A 5F61A 4KV1A 4MR6A 4NQMA 4NXJA 4QYDA 5HEMA 4HXLA 4N4FA 4O70A 4NR6A 5EQ1A 4QNSA 3UW9A 5EGUA 2YDWA 5EV9A 5AD2A 5TCMA 4UYEA 5FDZA 5ETBA 4A9LA 4TQNA 5DFBA 4CUSA 4PCEA 5F1LA 5DY7A 4XY9A 5LKZA 2WP2A 5EPRA 4UIXA 4HBVA 5IGMA 5EWDA 5DLXA 4HXMA 5DYUA 3TLPA 3MULA 5I7XA 4HXPA 4NR7A 4OUFA 4KCXA 5BT4A 3I3JA 4J3IA 5C89A 5I7YA 2RO1A 5CUCA 3UV4A 5J0DA 4ALGA 3LQHA 4Q0OA 4J0RA 5DYXA 4LRGA 5TB6A 4O77A 3U5NA 1WUGA 2R0YA 4QSSA 5HRVA 3UVYA 5A7CA 5CFWA 4MEQA 4UYFA 5FE1A 4N4IA 5HRWA 5EISA 4FLPA 2E7NA 4J0SA 5EK9A 5A81A 4LYSA 4QEUA 4YAXA 4CFLA 5DW1A 4QZSA 4F3IA 5EWVA 5CUGA 3D7CA 5FB0A 4LZ2A 3MB4A 4BW3A 5COIA 4NS5A 4OGJA 5KU3A 1N72A 4O71A 4HXOA 2RNXA 5H1UA 4BW2A 2LSPB 4WHWA 5HLSA 5IG6A 2I7KA 4UITA 5L99A 3G0LA 5L8UA 3QZTA 5A5NA 5E9LA 5ENBA 5C7NA 5EU1A 4RVRA 5IBNA 4TZ8A 5FG6A 3U5PA 5CY9A 5C85A 4NR4A 4YYJA 3JVMA 2RNWA 2RNYA 5CUBA 4A9MA 4LDFA 3P1CA 5CQ8A 5E7DA 5D26A 4WHUA 3G0JA 5D3HA 5D7XA 5II1A 4O75A 3O33A 2G4AA 4LR6A 5A5RA 4N3WA 4YY6A 4E96A 4YABA 4QSPA 2OSSA 4QSTA 4TS8A 4TTEA 5FFWA 5D0CA 4CURA 4TT4A 5DW2A 5EPBA 4CUTA 5FE8A 4IOQA 5HJCA 5F62A 5LKUA 4DONA 4ZQLA 5DKDA 5H85A 4YY4A 4QSRA 5A83A 5EI4A 5A85A 5E9IA 4Z6HA 5HRXA 4UYGA 3LQJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QSXA 5D3LA 4YBMA 2EJNA 4MENA 5IGLA 4O7FA 4CL9A 5F60A 5C8GA 5ENJA 5CQ7A 4NUDA 3VKGA 5HM0A 4QR5A 4UYDA 5BT5A 5LJ1A 5L96A 5HQ5A 4LC2A 5CUDA 3O35A 5KTUA 4PTBA 5ETDA 4YC9A 4GPJA 5DKHA 4WIVA 4QSQA 5HQ7A 4ALHA 2DWWA 5CU8A 5F25A 4TU6A 4UIYA 5C4QA 4QY4A 1PUOA 3UV5A 5CQ5A 4CUQA 3JVKA 4TT6A 4MR4A 5DKCA 4A9NA 3GG3A 3LQIA 4MEPA 2DVSA 4NRAA 5DFDA 4AKHA 5ENFA 3HMHA 4QUUA 3U5JA 2YW5A 4HXKA 4CFKA 4NRBA 4YYNA 5I86A 3UVXA 4AKGA 3AQAA 5AMFA 1JM4B 4YYKA 4IR3A 3ONIA 5E9KA 4MEOA 2R0VA 5EPSA 4IORA 2D9EA 3UVWA 5LVRA 2DVRA 4LZSA 2L85A 5A5OA 2H60A 5BT3A 4NYXA 4YBSA 5ENEA 4HBWA 4QSWA 5FFYA 2RI7A 5FE3A 4CLBA 3VKHA 4C67A 5I83A 4Z6IA 3Q2EA 3ZYUA 4O7AA 3AADA 4UIVA 4Q0NA 3U5OA 3HMEA 3S92A 4A9OA 5EP7A 5ENHA 5A5PA 4IOOA 5CS8A 2MJVB 5FE7A 2I8NA 2KTBB 3SVGA 2OO1A 5L97A 4YYIA 5L8TA 4XUBA 5D24A 4Z1SA 4YADA 4XY8A 5HELA 5EVAA 5FH6A 5FH7A 5LKXA 4LZRA 4NR9A 5L98A 4XUAA 4PY6A 2WP1A 5C87A 5IIDA 4PCIA 4AKIA 2RFJA 4TT2A 5CUAA 5EWCA 4UYFB 2E7OA 4QUTA 3HMFA 2L84A 2YQDA 3P1DA 5DYCA 2F6JA 4YYGA 5E3GA 1WUMA 4QC1A 4A9JA 4QEWA 4YH3A 5E73A 4LYIA 4NR5A 4HXRA 4A9KA 3IU5A 5CRZA 5F1HA 3O37A 2E3KA 4HBXA 4Z93A 4O72A 3DWYA 4PS5A 3Q2FA 5DYAA 5A5QA 4O74A 5I80A 5IGNA 4YH4A 4TU4A 3MXFA 5F63A 5ENCA 2R0SA 4A9FA 5FE4A 2GRCA 5I89A 4UYHA 5FE9A 3RCWA 3IU6A 2F6NA 4PKLA 5DLZA 5H1TA 5I88A 5ENGA 4IR4A 5F5ZA 4NQNA 5JWMA 3SVHA 4IR5A 4QSUA 5HQ6A 4ZW1A 4TZ2A 5CRMA 3K2JA 5CUEA 5HENA 3MUKA 4N4HA 5A82A 5DFCA 5ENIA 2DATA 5G4SA 3FKMX 5G4RA 3O34A 5IGKA 5KTXA 3QZSA 4C66A 3U5LA 5FE2A 5DBMA 5EM3A 4QSVA 4X2IA 4N4GA 5I1QA 4NYWA 4TYLA 5EWWA 5CQTA 5K29A 2YEKA 5FB1A 4A9IA 5EICA 4YYHA 5KHMA 3NXBA 4QBMA 5CPEA 4A9EA 4KV4A 4A9HA 2N9GA 3P1EA 3P1FA 4UIZA 4BW4A 4Z1QA 4AKNA 5E9VA 5F3AA 4QEVA 5LUUA 1JSPB 4QR4A 5CQ6A 5HFRA 5AMEA 5A5SA 4CUUA 5E3DA 5FFVA 4ZC9A 4UIWA 4UIUA 4YBTA 5EA1A 5E74A 5II2A 5KO4A 5FG5A 2YYNA 5E9YA 1ZS5A 4YYMA 5FH8A 5D3SA 3O36A 4YK0A 5DX4A 5CP5A 4AI6A 2DKWA 5HFQA 5D3RA 3UVDA 5F2PA 2YELA 4NRCA 4IR6A 4O7CA 4NUEA 5ACYA 4OGIA 4O7BA 3P5OA 4QC3A 5LVQA 4YYDA 2DVQA 3MQMA 5CQ4A 2R10A 3U5MA 4BHWA 5D3PA 5D3TA 3S91A 1F68A 3D1BA 2FSAA 4QYLA 5FE6A 2D82A 3UV2A 3D1DA 5F36A 3MB3A 4YATA 3SVFA 2RS9B 5D3JA 4MR3A 5KTWA 5CZGA 5FE5A 4MR5A 3DAIA 1X0JA 5H1VA 2OUOA 4QR3A 1EQFA 5JI8A 4HBYA 5CTLA 2L5EA 3QZVA 3U5KA 5D3NA 4J1PA 5FBXA 4QB3A 1E6IA 4O7EA 4XYAA 5D25A 5CQ3A 5E0RA 3JVJA 5CGPA 4HXSA 2YEMA 5AD3A 4NUCA 3LJWA 4HXNA 5HCLA 2DVVA 5LJ2A 3JVLA 4O78A 3LXJA 4CUPA 4LYWA 5I40A 5EWHA 4Y03A 5LKTA 4BJXA 4NR8A 4BW1A 5I29A 5LJ0A 5CQAA 4O76A 5FG4A 2NXBA 4NYVA 5E9MA 5FE0A 5F61A 4KV1A 4MR6A 4NQMA 4NXJA 4QYDA 5HEMA 4HXLA 4N4FA 4O70A 4NR6A 5EQ1A 4QNSA 3UW9A 5EGUA 2YDWA 5EV9A 5AD2A 5TCMA 4UYEA 5FDZA 5ETBA 4A9LA 4TQNA 5DFBA 4CUSA 4PCEA 5F1LA 5DY7A 4XY9A 5LKZA 2WP2A 5EPRA 4UIXA 4HBVA 5IGMA 5EWDA 5DLXA 4HXMA 5DYUA 3TLPA 3MULA 5I7XA 4HXPA 4NR7A 4OUFA 4KCXA 5BT4A 3I3JA 1ZKRA 4J3IA 5C89A 5I7YA 2RO1A 5CUCA 3UV4A 5J0DA 4ALGA 3LQHA 4Q0OA 4J0RA 5DYXA 4LRGA 5TB6A 4O77A 3U5NA 1WUGA 2R0YA 4QSSA 5HRVA 3UVYA 5A7CA 5CFWA 4MEQA 4UYFA 5FE1A 4N4IA 5HRWA 5EISA 4FLPA 2E7NA 4J0SA 5EK9A 5A81A 4LYSA 4QEUA 4YAXA 4CFLA 5DW1A 4QZSA 4F3IA 5EWVA 5CUGA 3D7CA 5FB0A 4LZ2A 3MB4A 4BW3A 5COIA 4NS5A 4OGJA 5KU3A 1N72A 4O71A 4HXOA 2RNXA 5H1UA 4BW2A 2LSPB 4WHWA 5HLSA 5IG6A 2I7KA 4UITA 5L99A 3G0LA 5L8UA 3QZTA 5A5NA 5E9LA 5ENBA 5C7NA 5EU1A 4RVRA 5IBNA 4TZ8A 5FG6A 3U5PA 5CY9A 5C85A 4NR4A 4YYJA 3JVMA 2RNWA 2RNYA 5CUBA 4A9MA 4LDFA 3P1CA 5CQ8A 5E7DA 5D26A 4WHUA 3G0JA 5D3HA 5D7XA 5II1A 4O75A 3O33A 2G4AA 4LR6A 5A5RA 4N3WA 4YY6A 4E96A 4YABA 4QSPA 2OSSA 4QSTA 4TS8A 4TTEA 5FFWA 5D0CA 4CURA 3ERRA 4TT4A 5DW2A 5EPBA 4CUTA 5FE8A 4IOQA 5HJCA 5F62A 5LKUA 4DONA 4ZQLA 5DKDA 5H85A 4YY4A 4QSRA 5A83A 5EI4A 5A85A 5E9IA 4Z6HA 5HRXA 4UYGA 3LQJA
chains in the Genus database with same CATH topology
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