5DW1A

X-ray crystal structure of human brd2(bd2) in complex with rvx297 to 1.55 a resolution
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
111
structure length
111
Chain Sequence
KLSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title RVX-297- a novel BD2 selective inhibitor of BET bromodomains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
source organism Homo sapiens
molecule tags Protein binding/inhibitor
total genus 43
structure length 111
sequence length 111
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dw1A00
4UIXA 3LQHA 4UIYA 4YYNA 3SVGA 5CQ5A 4MR6A 2DKWA 4QBMA 4A9HA 4NR9A 3K2JA 5DBMA 2YEMA 2RI7A 5J0DA 2R10A 4CUUA 4HXPA 4XY8A 5FH8A 5LKZA 4O71A 5LKXA 5L8TA 5KHMA 4TQNA 5ENGA 2OO1A 4RVRA 3P1FA 5CRZA 3Q2FA 3UV4A 5DLZA 4HXOA 2I8NA 4LC2A 5KTXA 4BW3A 3UW9A 3MB3A 4UYGA 3GG3A 2RNXA 4J3IA 4NS5A 5KO4A 4UIVA 5H1VA 4OGIA 3HMHA 4NYXA 5E3GA 4A9NA 5C7NA 5E9IA 4ALHA 5I88A 5C8GA 2LSPB 4CFLA 3P5OA 4N4GA 5HFRA 3LXJA 5I89A 2NXBA 4NR5A 4LZRA 5E0RA 4LR6A 4O75A 4LYWA 5HM0A 4CUPA 5FE2A 2R0SA 5LKTA 5FE1A 2L5EA 5DKCA 4YH4A 5EWHA 5CUEA 3O34A 2WP1A 5JWMA 4YYMA 4NRAA 4X2IA 4F3IA 5I7YA 3MULA 4OGJA 5HQ7A 3G0JA 5E74A 5DY7A 5EWDA 4KCXA 4YY6A 1JM4B 5BT4A 3UVDA 2DATA 4TT4A 5ENIA 5L96A 4MR3A 2H60A 5CQ3A 5K29A 4NRCA 1F68A 3HMFA 4QR3A 4ZC9A 5HENA 5CQ6A 5I86A 4WHWA 4O78A 5EK9A 5EVAA 4HXLA 5CS8A 1JSPB 4J0RA 4IORA 5EA1A 4QSUA 5F61A 4Z1SA 2L84A 4O72A 5EPRA 2DVVA 4N3WA 5EQ1A 5IIDA 2L85A 3P1EA 4Y03A 4N4FA 4QSQA 4J0SA 4HXKA 4LZ2A 3RCWA 4Q0OA 3U5LA 4MENA 3MXFA 5A7CA 5ENEA 3O37A 5AMFA 5LUUA 5EU1A 4A9MA 4YATA 5DW1A 4O7FA 5LVRA 5HRVA 4NRBA 4TZ8A 4NR4A 3O36A 5DYCA 4A9EA 4O77A 5CTLA 3S92A 5CRMA 5IGNA 3U5MA 5EISA 4IOOA 5IG6A 5D26A 1E6IA 4A9FA 5F60A 5EM3A 4BHWA 4YYKA 3P1CA 4NUEA 4QYDA 5D3JA 4NR7A 4PS5A 5FH7A 2RNWA 4BJXA 4A9KA 5L98A 4QEUA 4QEVA 5F1LA 2DWWA 3DAIA 5II2A 5A5PA 5JI8A 4NUCA 5EWVA 4QNSA 5FDZA 4NYWA 4HBXA 5D3LA 4QEWA 5D3RA 4ALGA 5L99A 4XYAA 4CURA 5FG6A 5HCLA 4O70A 5F2PA 2GRCA 5DYXA 4MEOA 5E9VA 5KTWA 5E73A 5L8UA 5DFCA 3G0LA 3QZSA 1EQFA 5ENFA 5ETDA 5ETBA 2YQDA 5FE0A 5HQ5A 5II1A 4NYVA 5FH6A 5IGKA 2DVSA 5HELA 5FE5A 4YABA 2E7OA 4KV1A 4NUDA 5A83A 3JVMA 4ZQLA 4N4IA 4BW2A 5I40A 5LKUA 4TT2A 3MUKA 4MR4A 5CQTA 5A81A 5F3AA 4PTBA 2YYNA 5FBXA 1N72A 5E9LA 5FG5A 5D7XA 5FB0A 5I1QA 5IBNA 5FFWA 3D7CA 4Z93A 4ZW1A 4KV4A 4BW4A 4QSTA 3DWYA 3I3JA 4A9LA 5E9YA 5EWWA 5CP5A 3U5OA 5D24A 5A5OA 4QC1A 5I29A 2R0VA 5F5ZA 2DVQA 2E3KA 5F25A 3ZYUA 1X0JA 5H85A 4HXMA 4LYSA 3MB4A 4NXJA 1WUMA 5HLSA 4LYIA 4MR5A 4YC9A 4QC3A 5ACYA 2R0YA 2RFJA 4YYDA 3O35A 5FFYA 3Q2EA 5BT5A 4QUUA 5F1HA 5CFWA 4YYGA 5ENBA 5C85A 5CUDA 2OUOA 4YADA 3P1DA 4LDFA 4CFKA 3MQMA 5CUBA 4A9JA 4UYHA 4HXSA 2G4AA 3UV5A 2N9GA 5EI4A 4BW1A 5ENJA 4HXNA 2RNYA 2DVRA 4Z6HA 4QY4A 4WHUA 5I7XA 2YELA 4C66A 5E9MA 5KTUA 5FE4A 4IR4A 3LQIA 5HRWA 3AQAA 3TLPA 4CUSA 5LJ2A 4QSRA 4AKNA 3IU6A 5FE3A 5C4QA 3QZVA 5CQAA 4QSVA 4Z1QA 4O7AA 4YYHA 5D0CA 3UV2A 4NR8A 4O74A 3SVHA 5CGPA 4CUQA 5DFDA 2RS9B 3ONIA 3U5JA 4CL9A 4NQMA 4TU4A 4QSXA 4IOQA 4YBMA 4FLPA 5COIA 4PCEA 5CUGA 5E9KA 5F62A 2OSSA 5AD3A 4QSSA 4Z6IA 5DYAA 4C67A 4LZSA 4TT6A 3SVFA 5FE8A 4CLBA 5AD2A 2KTBB 4QYLA 4A9IA 2F6NA 5EPBA 5FG4A 4IR6A 5AMEA 5DW2A 3U5NA 4UIUA 5CQ4A 5LVQA 5A5RA 4TU6A 5CU8A 5E3DA 4WIVA 5FE7A 4HBVA 4UYFB 5HEMA 4TYLA 4MEQA 4QSWA 4CUTA 2RO1A 5HRXA 5H1UA 3U5PA 5I83A 5D3NA 5FB1A 5A5SA 3LQJA 5E7DA 4HBWA 4DONA 5ENHA 5CQ8A 5HFQA 4OUFA 5EICA 4O7CA 4PY6A 3S91A 2WP2A 4QZSA 5CQ7A 5DYUA 4A9OA 4QB3A 4QR4A 5FFVA 4YH3A 5A82A 1ZS5A 5C87A 5G4SA 4YBSA 4YY4A 4IR3A 3JVLA 4N4HA 2YDWA 4O7BA 4UIWA 4YBTA 4YAXA 5TCMA 5DKHA 5CZGA 4PKLA 2D82A 4YYJA 5IGLA 5EV9A 5D3PA 5D3SA 3IU5A 4YK0A 4IR5A 5EPSA 5G4RA 5LJ1A 2D9EA 3U5KA 4E96A 5H1TA 2YW5A 5CPEA 3UVWA 5DX4A 4XUAA 5D25A 2E7NA 3QZTA 3AADA 2MJVB 4PCIA 4NQNA 3LJWA 4GPJA 5EGUA 3FKMX 4HBYA 1WUGA 5EWCA 5F63A 5FE9A 4HXRA 2I7KA 5IGMA 4TS8A 5A5NA 4NR6A 5EP7A 4J1PA 3HMEA 5C89A 3JVKA 4QR5A 4LRGA 5A5QA 5DKDA 2F6JA 3O33A 4UYEA 4UYDA 4Q0NA 3JVJA 5L97A 4O76A 4UIZA 5HQ6A 5FE6A 2FSAA 4QSPA 4TZ2A 4UITA 2YEKA 5CY9A 5LJ0A 5ENCA 5D3HA 5CUCA 4XUBA 5CUAA 4QUTA 4O7EA 4MEPA 5TB6A 4TTEA 4UYFA 5F36A 5BT3A 5KU3A 3UVXA 5A85A 5DFBA 4YYIA 4XY9A 5I80A 5DLXA 3NXBA 5D3TA 5HJCA 3UVYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UIXA 3LQHA 4UIYA 4YYNA 3SVGA 5CQ5A 4MR6A 2DKWA 4QBMA 4A9HA 4NR9A 3K2JA 5DBMA 2YEMA 2RI7A 5J0DA 2R10A 4CUUA 4HXPA 4XY8A 5FH8A 5LKZA 4O71A 5LKXA 5L8TA 5KHMA 4TQNA 5ENGA 2OO1A 4RVRA 3P1FA 5CRZA 3VKGA 3Q2FA 3UV4A 5DLZA 4HXOA 2I8NA 4LC2A 5KTXA 4BW3A 3UW9A 3MB3A 4UYGA 3GG3A 2RNXA 4J3IA 4NS5A 5KO4A 4UIVA 5H1VA 4OGIA 3HMHA 4NYXA 5E3GA 4A9NA 5C7NA 5E9IA 4ALHA 5I88A 5C8GA 2LSPB 4CFLA 3P5OA 4N4GA 5HFRA 3LXJA 5I89A 2NXBA 4NR5A 4LZRA 5E0RA 4LR6A 4O75A 4LYWA 1PUOA 5HM0A 4CUPA 5FE2A 2R0SA 5LKTA 5FE1A 2L5EA 5DKCA 4YH4A 5EWHA 5CUEA 3O34A 2WP1A 5JWMA 4YYMA 4NRAA 4X2IA 4F3IA 5I7YA 3MULA 4OGJA 5HQ7A 3G0JA 5E74A 5DY7A 5EWDA 4KCXA 4YY6A 1JM4B 5BT4A 3UVDA 2DATA 4TT4A 5ENIA 5L96A 4MR3A 2H60A 5CQ3A 5K29A 4NRCA 1F68A 3HMFA 4QR3A 4ZC9A 5HENA 5CQ6A 5I86A 4WHWA 4O78A 5EK9A 5EVAA 4HXLA 5CS8A 1JSPB 4J0RA 4IORA 5EA1A 4QSUA 5F61A 4Z1SA 2L84A 4O72A 5EPRA 2DVVA 4N3WA 5EQ1A 5IIDA 2L85A 3P1EA 4Y03A 4N4FA 4QSQA 4J0SA 4HXKA 4LZ2A 3RCWA 4Q0OA 3U5LA 4MENA 3MXFA 5A7CA 5ENEA 3O37A 5AMFA 5LUUA 5EU1A 4A9MA 4YATA 5DW1A 4O7FA 5LVRA 5HRVA 4NRBA 4TZ8A 4NR4A 3O36A 5DYCA 4A9EA 4O77A 5CTLA 3S92A 5CRMA 5IGNA 3U5MA 5EISA 4IOOA 4AKIA 5IG6A 5D26A 1E6IA 4A9FA 5F60A 5EM3A 4BHWA 4YYKA 3P1CA 4NUEA 4QYDA 5D3JA 4NR7A 4PS5A 5FH7A 2RNWA 4BJXA 4A9KA 5L98A 4QEUA 4QEVA 5F1LA 2DWWA 3DAIA 5II2A 5A5PA 5JI8A 4NUCA 5EWVA 4QNSA 5FDZA 4NYWA 4HBXA 5D3LA 4QEWA 5D3RA 4ALGA 5L99A 4XYAA 4CURA 5FG6A 5HCLA 4O70A 5F2PA 2GRCA 5DYXA 4MEOA 5E9VA 5KTWA 5E73A 5L8UA 5DFCA 3G0LA 3QZSA 4AKHA 1EQFA 5ENFA 5ETDA 5ETBA 2YQDA 5FE0A 5HQ5A 5II1A 4NYVA 5FH6A 5IGKA 2DVSA 5HELA 5FE5A 4YABA 2E7OA 4KV1A 4NUDA 5A83A 3JVMA 4ZQLA 4AI6A 4N4IA 4BW2A 5I40A 5LKUA 4TT2A 3MUKA 4MR4A 5CQTA 5A81A 5F3AA 4PTBA 2YYNA 5FBXA 3VKHA 1N72A 2EJNA 5E9LA 5FG5A 5D7XA 5FB0A 5I1QA 5IBNA 5FFWA 3D7CA 4Z93A 4ZW1A 4KV4A 4BW4A 4QSTA 3DWYA 3I3JA 4A9LA 5E9YA 5EWWA 5CP5A 3U5OA 5D24A 5A5OA 4QC1A 5I29A 2R0VA 5F5ZA 2DVQA 2E3KA 5F25A 3ZYUA 1X0JA 5H85A 4HXMA 4LYSA 3MB4A 4NXJA 1WUMA 5HLSA 4LYIA 4MR5A 4YC9A 4QC3A 5ACYA 2R0YA 2RFJA 4YYDA 3O35A 5FFYA 3Q2EA 5BT5A 4QUUA 5F1HA 5CFWA 4YYGA 5ENBA 5C85A 5CUDA 2OUOA 4YADA 3P1DA 4LDFA 4CFKA 3MQMA 5CUBA 4A9JA 4UYHA 4HXSA 2G4AA 3UV5A 2N9GA 5EI4A 4BW1A 3D1BA 5ENJA 4HXNA 2RNYA 2DVRA 4Z6HA 4QY4A 4WHUA 5I7XA 2YELA 4C66A 5E9MA 5KTUA 5FE4A 4IR4A 3LQIA 5HRWA 3AQAA 3TLPA 4CUSA 5LJ2A 4QSRA 4AKNA 3IU6A 5FE3A 5C4QA 3QZVA 5CQAA 4QSVA 4Z1QA 4O7AA 4YYHA 5D0CA 3UV2A 4NR8A 4O74A 3SVHA 5CGPA 4CUQA 5DFDA 2RS9B 3ONIA 3U5JA 4CL9A 4NQMA 4TU4A 4QSXA 4IOQA 4YBMA 4FLPA 5COIA 4PCEA 5CUGA 5E9KA 4AKGA 5F62A 2OSSA 5AD3A 4QSSA 4Z6IA 5DYAA 4C67A 4LZSA 4TT6A 3SVFA 5FE8A 4CLBA 5AD2A 3ERRA 2KTBB 4QYLA 4A9IA 2F6NA 5EPBA 5FG4A 4IR6A 5AMEA 5DW2A 3U5NA 4UIUA 5CQ4A 5LVQA 5A5RA 4TU6A 5CU8A 5E3DA 4WIVA 5FE7A 4HBVA 4UYFB 5HEMA 4TYLA 4MEQA 4QSWA 4CUTA 2RO1A 5HRXA 5H1UA 3U5PA 5I83A 5D3NA 5FB1A 5A5SA 3LQJA 5E7DA 4HBWA 4DONA 5ENHA 5CQ8A 5HFQA 4OUFA 5EICA 4O7CA 4PY6A 3S91A 2WP2A 4QZSA 5CQ7A 5DYUA 4A9OA 4QB3A 4QR4A 5FFVA 4YH3A 5A82A 1ZS5A 5C87A 5G4SA 3D1DA 4YBSA 4YY4A 4IR3A 3JVLA 4N4HA 2YDWA 4O7BA 4UIWA 4YBTA 4YAXA 5TCMA 5DKHA 5CZGA 4PKLA 2D82A 4YYJA 5IGLA 5EV9A 5D3PA 5D3SA 3IU5A 4YK0A 4IR5A 5EPSA 5G4RA 5LJ1A 2D9EA 3U5KA 4E96A 5H1TA 2YW5A 5CPEA 3UVWA 5DX4A 4XUAA 5D25A 2E7NA 3QZTA 3AADA 2MJVB 4PCIA 4NQNA 3LJWA 4GPJA 5EGUA 3FKMX 4HBYA 1WUGA 5EWCA 5F63A 5FE9A 4HXRA 2I7KA 5IGMA 4TS8A 5A5NA 4NR6A 5EP7A 4J1PA 3HMEA 5C89A 3JVKA 4QR5A 4LRGA 5A5QA 5DKDA 2F6JA 3O33A 4UYEA 4UYDA 4Q0NA 3JVJA 5L97A 4O76A 4UIZA 5HQ6A 5FE6A 2FSAA 4QSPA 4TZ2A 4UITA 2YEKA 5CY9A 5LJ0A 5ENCA 5D3HA 5CUCA 4XUBA 5CUAA 4QUTA 4O7EA 4MEPA 5TB6A 4TTEA 4UYFA 5F36A 5BT3A 5KU3A 1ZKRA 3UVXA 5A85A 5DFBA 4YYIA 4XY9A 5I80A 5DLXA 3NXBA 5D3TA 5HJCA 3UVYA
chains in the Genus database with same CATH topology
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