5DX4A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with benzo[cd]indol-2(1h)-one ligand
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
GSNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of Benzo[cd]indol-2(1H)-ones as Potent and Specific BET Bromodomain Inhibitors: Structure-Based Virtual Screening, Optimization, and Biological Evaluation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5dx4A01
5JWMA 4UIYA 3Q2EA 5EQ1A 4A9IA 5E9MA 4N4GA 4UITA 4NYWA 4HXMA 3UVDA 4YBTA 4HBVA 4YYNA 4HXNA 4Z6HA 2DVSA 4IR3A 5I40A 4TU4A 4O70A 5A5RA 4NR7A 5FE2A 5DX4A 4RVRA 5FE6A 5CY9A 4NRAA 4NUDA 4MR6A 4WHWA 5FE9A 5EWDA 2YDWA 5ENHA 4YBMA 4HBXA 5AD2A 4A9KA 5LJ1A 5I89A 5A5QA 5CUGA 5C4QA 3MULA 1WUGA 4QSTA 5BT5A 3JVKA 4LZ2A 5TCMA 2OSSA 5CUEA 4LR6A 5E74A 5F63A 5FB1A 4NQMA 4NR9A 3NXBA 4J1PA 5E9IA 5HQ7A 5A5OA 5HRVA 4PCEA 5ENBA 2OUOA 2DVRA 2RNXA 2LSPB 4QSQA 5F3AA 5F60A 4HXRA 3P5OA 4MENA 3AADA 5EWWA 5I29A 5I86A 5CUAA 4QC3A 3IU5A 4NYXA 4NRBA 5DFBA 5H1TA 5L8UA 5A85A 4NUCA 4N4IA 5EA1A 5H1UA 3UV5A 3UW9A 4QNSA 5JI8A 5KTUA 1EQFA 4QEVA 5AMFA 4O75A 4UYEA 2L5EA 4TTEA 4UIZA 3MB4A 4UIUA 4Q0NA 5IIDA 4BHWA 5D7XA 4KV1A 5HRWA 4NS5A 4O76A 4QC1A 4OGIA 4XY9A 5D3TA 5IG6A 3S91A 5DLZA 4CUTA 5A82A 5L97A 5CUBA 4N4HA 5F25A 5L99A 5D25A 5I7XA 3TLPA 5FG6A 4CUUA 2R0YA 5ETBA 4N3WA 4O7AA 5CQ6A 5FE7A 4NRCA 4TT6A 3I3JA 2E7OA 2RNWA 5FG4A 5II1A 4BW2A 1WUMA 4QR4A 5A5SA 4HXLA 1E6IA 4N4FA 5D3LA 5DYCA 5A83A 4QYDA 3JVMA 5HEMA 4Z93A 1ZS5A 4UYDA 4YBSA 4XUBA 5A7CA 4CLBA 4KCXA 5DLXA 5HFQA 5A81A 5DFDA 5DYXA 5EWHA 5D26A 5AMEA 3G0JA 3UVXA 2WP1A 5E9VA 3K2JA 4QSVA 5BT3A 4UYFB 5IGMA 1JM4B 5I1QA 5HJCA 5FBXA 4PY6A 5CP5A 3MXFA 4BW3A 3LJWA 5CTLA 5CQ8A 5FE0A 4PCIA 5TB6A 3HMEA 5D3NA 4NR8A 5H1VA 4BW4A 5CQTA 5J0DA 4HXOA 4QSWA 4PKLA 4YYKA 4KV4A 5ENIA 4LZRA 2YW5A 4O7CA 4MR4A 3JVLA 4O74A 5IBNA 4UIVA 5EISA 4A9MA 5C87A 5G4RA 5FFWA 4FLPA 3P1DA 5DYAA 5HLSA 2G4AA 4QR5A 4WIVA 4QR3A 4O72A 4QSPA 5LKUA 4ALGA 5BT4A 4YAXA 5E9LA 2RI7A 4YH4A 5CGPA 5D3SA 4ZW1A 5F5ZA 5EWVA 5CPEA 4LYWA 5LJ2A 4UIXA 3HMFA 5C7NA 4ZQLA 3G0LA 2GRCA 5FG5A 5FH7A 3DAIA 4UYGA 1N72A 4TT4A 5L98A 5CUDA 5A5PA 5A5NA 5LVQA 5FH8A 5KO4A 5DYUA 5CQAA 4QYLA 4O78A 5F36A 4QUUA 2RO1A 5HCLA 2NXBA 2R0VA 3IU6A 5LKTA 5FH6A 5H85A 4A9LA 5DW1A 4YY6A 5IGNA 2D9EA 4XUAA 5EM3A 2E7NA 3ZYUA 4X2IA 4A9HA 4ZC9A 5CRZA 3U5MA 5C89A 5I80A 2H60A 4F3IA 3UVYA 3ONIA 4Z1QA 4HBWA 5FFYA 5C85A 4YYDA 5E73A 4YK0A 2RFJA 1X0JA 4J3IA 3U5LA 2RS9B 5F1HA 5FDZA 5DKDA 4MEPA 4OUFA 5F62A 5I7YA 3P1EA 3SVFA 2R0SA 4CUQA 5ENFA 5CZGA 4PS5A 4LRGA 4TYLA 4NYVA 4YH3A 5FB0A 4TS8A 5EK9A 2R10A 4CUSA 4NR6A 3MUKA 4GPJA 4HXKA 4YYGA 2DWWA 4LZSA 5EGUA 3O36A 5E0RA 5HQ6A 3QZSA 3LQIA 3P1FA 4HBYA 4QSSA 5EP7A 4A9EA 5E9KA 5FE5A 4A9JA 2FSAA 4BJXA 4A9OA 4LDFA 5ENJA 5DFCA 4CFLA 4YY4A 4Y03A 4CURA 4O71A 2L84A 5K29A 3U5KA 5LJ0A 5E7DA 4NR5A 4NXJA 4NUEA 5ENGA 2OO1A 4CUPA 4QB3A 2F6JA 5E9YA 5AD3A 5CU8A 4YATA 4IOQA 5EWCA 4YYJA 4QSRA 5I83A 5ENEA 4MR5A 5EPRA 5F1LA 5C8GA 3MQMA 5HM0A 2I8NA 3O35A 4TU6A 4MEQA 5FE8A 4DONA 4QSUA 5FE4A 4LC2A 4LYIA 5ETDA 4IR6A 2DATA 2DKWA 4J0RA 4YYHA 3AQAA 4QUTA 5EICA 4XY8A 4YC9A 5LUUA 5CS8A 3FKMX 4IORA 4MR3A 4PTBA 5EPSA 5CQ4A 5D3PA 3MB3A 2KTBB 2YELA 3GG3A 3O37A 5KU3A 5FFVA 5COIA 3UV2A 3O33A 4HXPA 5E3GA 5FE3A 3DWYA 4C67A 5LKZA 2RNYA 5CRMA 5HRXA 5KHMA 4HXSA 5D3RA 5L96A 2YQDA 5CQ5A 4Q0OA 4NR4A 3SVHA 4XYAA 1JSPB 4QSXA 2YYNA 5E3DA 3LQHA 5ENCA 3U5NA 2DVQA 2N9GA 5IGLA 4TZ8A 5EPBA 3U5OA 4LYSA 5II2A 4O7EA 5CFWA 3D7CA 3UV4A 4CFKA 5IGKA 5EVAA 3RCWA 4A9FA 5HELA 2YEKA 3P1CA 3U5PA 4YADA 4E96A 5DBMA 4UYHA 3JVJA 5ACYA 2MJVB 4WHUA 5G4SA 4UYFA 3LXJA 5L8TA 2E3KA 4O77A 2I7KA 4A9NA 4ALHA 2YEMA 5DY7A 5LVRA 3O34A 3LQJA 3UVWA 2WP2A 5DKHA 5F2PA 5HFRA 4AKNA 4QEWA 5FE1A 4IR4A 4QBMA 5D3HA 4QY4A 3S92A 2DVVA 4Z1SA 4IR5A 5KTXA 5KTWA 4J0SA 5EV9A 4UIWA 2D82A 2F6NA 4TZ2A 4O7BA 4YYMA 4YYIA 5LKXA 5DKCA 4CL9A 3SVGA 5HQ5A 5CUCA 3QZVA 4QZSA 4QEUA 4Z6IA 2L85A 4C66A 5DW2A 3HMHA 4NQNA 4O7FA 4OGJA 5D24A 5CQ7A 1F68A 4IOOA 5CQ3A 4MEOA 4TQNA 5EU1A 3QZTA 3U5JA 5F61A 4TT2A 3Q2FA 5EI4A 4BW1A 5D3JA 5D0CA 5HENA 4YABA 5I88A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JWMA 4UIYA 3Q2EA 5EQ1A 4A9IA 5E9MA 4N4GA 4UITA 4NYWA 4HXMA 3UVDA 4YBTA 4HBVA 4YYNA 4HXNA 4Z6HA 2DVSA 4IR3A 5I40A 4TU4A 4O70A 5A5RA 4NR7A 5FE2A 5DX4A 4RVRA 5FE6A 5CY9A 4NRAA 4NUDA 4MR6A 4WHWA 5FE9A 5EWDA 2YDWA 5ENHA 4YBMA 4HBXA 5AD2A 4A9KA 5LJ1A 5I89A 5A5QA 5CUGA 5C4QA 3MULA 1WUGA 4QSTA 5BT5A 3JVKA 4LZ2A 5TCMA 2OSSA 5CUEA 4LR6A 5E74A 5F63A 5FB1A 4NQMA 4NR9A 3NXBA 4J1PA 5E9IA 5HQ7A 5A5OA 5HRVA 4PCEA 5ENBA 2OUOA 2DVRA 2RNXA 2LSPB 4QSQA 5F3AA 5F60A 4HXRA 3P5OA 4MENA 3AADA 5EWWA 5I29A 5I86A 5CUAA 4QC3A 2EJNA 3IU5A 4NYXA 4NRBA 5DFBA 5H1TA 5L8UA 5A85A 4NUCA 4N4IA 5EA1A 5H1UA 3UV5A 3UW9A 4QNSA 5JI8A 3D1BA 1EQFA 5KTUA 4QEVA 5AMFA 4O75A 4UYEA 2L5EA 4TTEA 4UIZA 3MB4A 4UIUA 4Q0NA 5IIDA 4BHWA 5D7XA 4KV1A 5HRWA 4NS5A 4O76A 4QC1A 4OGIA 4XY9A 5D3TA 5IG6A 3S91A 5DLZA 4CUTA 5A82A 5L97A 5CUBA 4N4HA 5F25A 5L99A 5D25A 5I7XA 3TLPA 5FG6A 4CUUA 2R0YA 5ETBA 4N3WA 4O7AA 5CQ6A 5FE7A 4NRCA 4TT6A 3I3JA 4AKIA 2E7OA 2RNWA 5FG4A 5II1A 4BW2A 1WUMA 4QR4A 5A5SA 4HXLA 3VKGA 1E6IA 4N4FA 5D3LA 5DYCA 5A83A 4QYDA 3JVMA 5HEMA 4Z93A 1ZS5A 4UYDA 3D1DA 4YBSA 4XUBA 5A7CA 4CLBA 4KCXA 5DLXA 5HFQA 5A81A 5DFDA 5DYXA 5EWHA 5D26A 5AMEA 3G0JA 3UVXA 2WP1A 5E9VA 3K2JA 4QSVA 5BT3A 4UYFB 5IGMA 1JM4B 5I1QA 5HJCA 5FBXA 4PY6A 5CP5A 3MXFA 4BW3A 3LJWA 5CTLA 5CQ8A 5FE0A 4PCIA 5TB6A 3HMEA 5D3NA 4NR8A 5H1VA 4BW4A 5CQTA 5J0DA 4HXOA 4QSWA 4PKLA 4YYKA 4KV4A 5ENIA 4LZRA 2YW5A 4O7CA 4MR4A 3JVLA 4O74A 5IBNA 3VKHA 4UIVA 5EISA 4A9MA 5C87A 5G4RA 5FFWA 4FLPA 3P1DA 5DYAA 5HLSA 2G4AA 4QR5A 4WIVA 4QR3A 4O72A 4QSPA 5LKUA 4ALGA 5BT4A 4YAXA 5E9LA 2RI7A 4YH4A 5CGPA 5D3SA 4ZW1A 5F5ZA 5EWVA 5CPEA 4LYWA 5LJ2A 4UIXA 3HMFA 5C7NA 4ZQLA 3G0LA 2GRCA 5FG5A 5FH7A 3DAIA 4UYGA 1N72A 4TT4A 5L98A 5CUDA 5A5PA 5A5NA 5LVQA 5FH8A 5KO4A 5DYUA 5CQAA 4QYLA 4O78A 5F36A 4QUUA 2RO1A 5HCLA 2NXBA 2R0VA 3IU6A 5LKTA 5FH6A 5H85A 4A9LA 5DW1A 4YY6A 5IGNA 2D9EA 4XUAA 5EM3A 2E7NA 3ZYUA 4X2IA 4A9HA 4ZC9A 5CRZA 3U5MA 5C89A 5I80A 2H60A 4F3IA 3UVYA 3ONIA 4Z1QA 4HBWA 5FFYA 5C85A 4YYDA 5E73A 4YK0A 2RFJA 1X0JA 4J3IA 3U5LA 2RS9B 5F1HA 5FDZA 5DKDA 4MEPA 4OUFA 5F62A 5I7YA 3P1EA 3SVFA 2R0SA 4CUQA 5ENFA 5CZGA 4PS5A 4LRGA 4TYLA 4NYVA 4YH3A 5FB0A 4TS8A 5EK9A 2R10A 4CUSA 4NR6A 3MUKA 4GPJA 4HXKA 4YYGA 2DWWA 4LZSA 5EGUA 3O36A 5E0RA 5HQ6A 3QZSA 3LQIA 3P1FA 4HBYA 4QSSA 5EP7A 4A9EA 5E9KA 5FE5A 4A9JA 2FSAA 4BJXA 4A9OA 4LDFA 5ENJA 5DFCA 4CFLA 4YY4A 4Y03A 4CURA 4O71A 2L84A 5K29A 3U5KA 5LJ0A 5E7DA 4NR5A 3ERRA 4NXJA 4NUEA 5ENGA 2OO1A 4CUPA 4QB3A 2F6JA 5E9YA 5AD3A 5CU8A 4YATA 4IOQA 5EWCA 4YYJA 4QSRA 5I83A 5ENEA 4MR5A 5EPRA 5F1LA 5C8GA 3MQMA 5HM0A 2I8NA 3O35A 4TU6A 4MEQA 5FE8A 4DONA 4QSUA 5FE4A 4LC2A 4LYIA 5ETDA 4IR6A 2DATA 2DKWA 4J0RA 4YYHA 3AQAA 4QUTA 5EICA 4XY8A 4YC9A 5LUUA 5CS8A 3FKMX 4IORA 4MR3A 4PTBA 5EPSA 5CQ4A 5D3PA 3MB3A 2KTBB 2YELA 3GG3A 3O37A 5KU3A 5FFVA 5COIA 3UV2A 3O33A 4HXPA 5E3GA 5FE3A 3DWYA 4C67A 5LKZA 2RNYA 5CRMA 5HRXA 5KHMA 4HXSA 5D3RA 5L96A 2YQDA 5CQ5A 4Q0OA 4NR4A 3SVHA 4XYAA 1JSPB 4QSXA 2YYNA 5E3DA 3LQHA 5ENCA 3U5NA 2DVQA 2N9GA 5IGLA 4TZ8A 5EPBA 3U5OA 4LYSA 5II2A 4O7EA 5CFWA 3D7CA 3UV4A 4CFKA 5IGKA 5EVAA 3RCWA 4A9FA 5HELA 2YEKA 3P1CA 3U5PA 4YADA 4E96A 5DBMA 4UYHA 3JVJA 5ACYA 2MJVB 4WHUA 5G4SA 4UYFA 3LXJA 5L8TA 2E3KA 4O77A 2I7KA 4A9NA 4ALHA 2YEMA 5DY7A 5LVRA 3O34A 3LQJA 3UVWA 2WP2A 5DKHA 5F2PA 5HFRA 4AKNA 4QEWA 5FE1A 4IR4A 4QBMA 5D3HA 4QY4A 3S92A 2DVVA 4Z1SA 4IR5A 5KTXA 1PUOA 4AKGA 5KTWA 4J0SA 5EV9A 4UIWA 2D82A 2F6NA 4TZ2A 4O7BA 4YYMA 4YYIA 5LKXA 5DKCA 4CL9A 1ZKRA 3SVGA 5HQ5A 5CUCA 3QZVA 4QZSA 4QEUA 4Z6IA 2L85A 4C66A 5DW2A 3HMHA 4NQNA 4O7FA 4OGJA 5D24A 5CQ7A 1F68A 4IOOA 5CQ3A 4MEOA 4TQNA 4AI6A 5EU1A 3QZTA 3U5JA 5F61A 4TT2A 3Q2FA 5EI4A 4BW1A 5D3JA 5D0CA 5HENA 4YABA 4AKHA 5I88A
chains in the Genus database with same CATH topology
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