5E0RA

Crystal structure of the first bromodomain of brd4 in complex with ayc
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/transcription inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal Structure of the first bromodomain of BRD4 in complex with AYC
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5e0rA01
2LSPB 4TS8A 2R0VA 3S92A 5C89A 4UYFA 4PKLA 2OSSA 4HXOA 5H85A 4CL9A 4YH4A 4QC3A 5CQ6A 5ENGA 4O7BA 5H1VA 2RNWA 4QSSA 4YBSA 5DKDA 4HXNA 4MR3A 2YELA 3P1FA 3U5LA 3SVGA 3UW9A 5II1A 4NYXA 5ENEA 1JSPB 4QEVA 5DW2A 4LYIA 4LR6A 5CUDA 3DAIA 5HEMA 4BW4A 5F62A 5KTXA 5FE0A 5DBMA 3P1DA 4YAXA 4NYWA 4O76A 5I80A 5FB0A 4TTEA 5LJ1A 4XUAA 4YYGA 5I29A 1N72A 2WP2A 4N4GA 5FE6A 4YH3A 5IGNA 4KV4A 5DW1A 4A9NA 5DFDA 3LXJA 5F3AA 5DX4A 3UV2A 2L84A 4YC9A 4J1PA 4Q0NA 4HBYA 3U5MA 3I3JA 4O7FA 3RCWA 3O33A 3UVXA 5LVRA 4CUUA 5KU3A 4HBWA 5HM0A 4QEWA 4NR4A 5LKUA 4UYHA 2DVRA 4Z6HA 4O75A 5HRVA 5F36A 4NRAA 5HRXA 5EU1A 3SVHA 4QR4A 4O7EA 4QSQA 4ALGA 5A5SA 5IG6A 4QZSA 3AADA 4YYMA 5DLXA 4IR5A 4QSVA 5EWHA 4A9HA 4BJXA 4NR8A 4QSPA 4J0RA 4O74A 5E9MA 2G4AA 2YW5A 2WP1A 4CUSA 5TB6A 4YBMA 5LJ2A 4HXPA 5D3LA 5L97A 5EI4A 4O78A 5E3GA 5TCMA 3O34A 5FBXA 5CU8A 5DKHA 4QYLA 3JVLA 5A5QA 3U5JA 4NR9A 5EGUA 3MB4A 5CUEA 4N4IA 4QB3A 4MEPA 5DLZA 4UIXA 5FE2A 3P1CA 3G0LA 5F2PA 5E73A 5E9IA 5FE3A 5A81A 4CURA 5A85A 5FE5A 5FE1A 4O72A 5HENA 4UYEA 5I1QA 2YEKA 4OGJA 4UIUA 4NRBA 4HXRA 2F6NA 2DWWA 4PCIA 5FH7A 5C85A 5FDZA 3LQIA 1EQFA 4HXMA 5HFQA 5CQ8A 4NRCA 5CQTA 4TT2A 3LQJA 4CUPA 3FKMX 3QZVA 4OUFA 4Q0OA 3Q2EA 2E7OA 2DVQA 5F1LA 4QUUA 4NUCA 4MEQA 5LKZA 3ZYUA 4A9IA 3LQHA 5FE8A 5ENJA 5I7XA 4YABA 4O70A 4UIVA 5FFYA 5L8UA 4J3IA 2RO1A 4YYKA 4XY8A 5F1HA 4Y03A 5C7NA 4QYDA 5F61A 2NXBA 3HMFA 4C66A 4PCEA 3NXBA 4TT4A 3IU6A 4C67A 4BHWA 2DVSA 3QZSA 5KTUA 2OO1A 3IU5A 3U5OA 5D3TA 5CQ3A 4Z6IA 4N4HA 4BW3A 5FFWA 5DYCA 3G0JA 5DY7A 5II2A 5D3HA 4LZ2A 4HXLA 5EVAA 4A9LA 5EQ1A 5H1UA 2D9EA 4A9KA 5FE9A 4LRGA 1F68A 3DWYA 4LDFA 4LZSA 4HBVA 5I88A 4QC1A 5FFVA 4QUTA 5D26A 5I7YA 1E6IA 4NYVA 5EICA 5C4QA 4NUDA 3MQMA 5HRWA 4IR3A 4NR5A 4OGIA 5DFBA 2E3KA 5C8GA 4MR5A 3O35A 4UIWA 5A7CA 4NR6A 3K2JA 5CY9A 4QBMA 4LYSA 5EP7A 5A5OA 4CFKA 5CS8A 4YYJA 5IGLA 4UYFB 5HLSA 4CUTA 4LYWA 5AMFA 5HCLA 2GRCA 4QNSA 2E7NA 4CUQA 5CRZA 5J0DA 5KHMA 3JVKA 4A9EA 3QZTA 5DYUA 5G4SA 2RI7A 4MENA 5D3SA 2I7KA 5ETDA 5DFCA 4UYDA 4A9FA 5EV9A 4QSUA 4PS5A 5FG4A 4ZW1A 3JVJA 5F60A 4MR6A 5CFWA 5C87A 4YADA 4HBXA 5HJCA 4IR6A 4GPJA 3UV5A 5IGMA 5FE7A 5I83A 5HELA 3Q2FA 3JVMA 5A5PA 3U5KA 2MJVB 4Z1SA 5AD3A 4TU4A 4TT6A 2DATA 5LJ0A 3O36A 3UVWA 4BW1A 5BT5A 5CQ5A 5D3NA 4BW2A 5CQAA 4QY4A 5FH6A 4TZ8A 5LUUA 5LKXA 5A83A 1WUMA 5L99A 2YYNA 1ZS5A 3UV4A 3O37A 4IOQA 5L8TA 5CUCA 1X0JA 4O7CA 2YEMA 4YY6A 4IR4A 5ENFA 2RNXA 5K29A 4UYGA 4O77A 5CQ4A 4TZ2A 5L96A 5EA1A 4XUBA 4UITA 5FB1A 4KCXA 5CUAA 4KV1A 2DVVA 4CLBA 5F63A 4QSWA 5DYXA 4CFLA 4A9OA 1JM4B 4FLPA 5HQ6A 5EPSA 4MEOA 4MR4A 4F3IA 4PTBA 5E3DA 4YK0A 5E74A 5DYAA 4IOOA 5E0RA 4YYNA 5I40A 4PY6A 4WHUA 5CUGA 5E9LA 2D82A 4A9JA 3D7CA 3P1EA 5CTLA 5IBNA 4YBTA 5A5RA 4NQNA 3HMEA 3AQAA 4YYHA 2KTBB 5HQ7A 5ACYA 5D0CA 2RNYA 5FG5A 5COIA 5E9YA 5FH8A 2RS9B 3SVFA 5CRMA 5EISA 5D3RA 4UIZA 3TLPA 5ENCA 4WHWA 4LC2A 4TU6A 5JI8A 5HQ5A 4ZQLA 5BT3A 5A82A 2FSAA 4XY9A 4NXJA 4YATA 5IGKA 4N4FA 3MXFA 5AD2A 4QSTA 5EK9A 4YY4A 5ENHA 4NQMA 4NR7A 4HXKA 4A9MA 5I89A 4QEUA 5EWVA 4ZC9A 4NS5A 5EWCA 2R0YA 2L85A 4UIYA 5AMEA 1WUGA 5JWMA 5CZGA 4YYIA 5CP5A 5IIDA 4IORA 3MULA 5CQ7A 5G4RA 5ETBA 4NUEA 4TQNA 3GG3A 5L98A 5D24A 5EWDA 2R10A 3UVDA 4N3WA 5E7DA 5E9VA 2I8NA 3MUKA 5CUBA 5CGPA 5BT4A 5EWWA 4QSRA 4YYDA 5H1TA 3P5OA 2YDWA 4QR5A 5HFRA 5ENIA 2OUOA 5KTWA 2YQDA 5FG6A 4DONA 5CPEA 5FE4A 2R0SA 5A5NA 2F6JA 4LZRA 3LJWA 3MB3A 5I86A 5LVQA 5E9KA 3U5NA 2L5EA 2RFJA 4O71A 4Z1QA 5LKTA 4QSXA 3ONIA 5D3PA 5KO4A 2H60A 4X2IA 4XYAA 5F5ZA 4O7AA 4Z93A 4E96A 4HXSA 5EM3A 3S91A 5DKCA 5D7XA 5F25A 3UVYA 4ALHA 3U5PA 4QR3A 5EPBA 3HMHA 2DKWA 4RVRA 5D25A 4TYLA 4WIVA 5ENBA 2N9GA 4AKNA 5D3JA 5EPRA 4J0SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LSPB 4TS8A 2R0VA 3S92A 3D1BA 3D1DA 4UYFA 5C89A 4PKLA 2OSSA 4HXOA 5H85A 4CL9A 4YH4A 4QC3A 5CQ6A 5ENGA 4O7BA 5H1VA 2RNWA 4QSSA 4YBSA 5DKDA 4HXNA 4MR3A 2YELA 3P1FA 3U5LA 3SVGA 3UW9A 5II1A 4NYXA 5ENEA 1JSPB 4QEVA 5DW2A 4LYIA 4LR6A 5CUDA 3DAIA 5HEMA 4BW4A 5F62A 5KTXA 5FE0A 5DBMA 3P1DA 4YAXA 4NYWA 4O76A 5I80A 5FB0A 4TTEA 5LJ1A 4XUAA 4YYGA 5I29A 1N72A 2WP2A 4AKGA 4N4GA 5FE6A 4YH3A 5IGNA 4KV4A 5DW1A 4A9NA 5DFDA 3LXJA 5F3AA 5DX4A 3UV2A 2L84A 4YC9A 4J1PA 4Q0NA 4HBYA 3U5MA 3I3JA 4O7FA 3RCWA 3O33A 3UVXA 5LVRA 4CUUA 5KU3A 4HBWA 5HM0A 4QEWA 4NR4A 5LKUA 4UYHA 2DVRA 4Z6HA 4O75A 5HRVA 5F36A 4NRAA 5HRXA 5EU1A 3SVHA 4QR4A 4O7EA 4QSQA 4ALGA 5A5SA 5IG6A 4QZSA 3AADA 4YYMA 5DLXA 4IR5A 4QSVA 5EWHA 4A9HA 4BJXA 4NR8A 4QSPA 4J0RA 4O74A 5E9MA 2G4AA 2YW5A 2WP1A 4CUSA 5TB6A 4YBMA 5LJ2A 4HXPA 1PUOA 5D3LA 5L97A 5EI4A 4O78A 5E3GA 5TCMA 3O34A 5FBXA 5CU8A 5DKHA 4QYLA 3JVLA 5A5QA 3U5JA 4NR9A 5EGUA 3MB4A 5CUEA 4N4IA 4QB3A 4MEPA 5DLZA 4UIXA 5FE2A 3P1CA 3G0LA 5F2PA 4AI6A 2EJNA 5E73A 5E9IA 5FE3A 5A81A 4CURA 5A85A 5FE5A 5FE1A 4O72A 5HENA 4UYEA 5I1QA 2YEKA 4OGJA 4UIUA 4NRBA 4HXRA 3VKHA 2F6NA 2DWWA 4PCIA 5FH7A 5C85A 5FDZA 3LQIA 1EQFA 4AKIA 4HXMA 5HFQA 5CQ8A 4NRCA 5CQTA 4TT2A 3LQJA 4CUPA 3FKMX 3QZVA 4OUFA 4Q0OA 3Q2EA 2E7OA 2DVQA 5F1LA 4QUUA 4NUCA 4MEQA 5LKZA 3ZYUA 4A9IA 3LQHA 5FE8A 5ENJA 5I7XA 4YABA 4O70A 4UIVA 5FFYA 5L8UA 4J3IA 2RO1A 4YYKA 4XY8A 5F1HA 4Y03A 5C7NA 4QYDA 5F61A 2NXBA 3HMFA 4C66A 4PCEA 3NXBA 4TT4A 3IU6A 4C67A 4BHWA 2DVSA 3QZSA 5KTUA 2OO1A 3IU5A 3U5OA 5D3TA 5CQ3A 4Z6IA 4N4HA 4BW3A 5FFWA 5DYCA 3G0JA 5DY7A 5II2A 5D3HA 4LZ2A 4HXLA 5EVAA 4A9LA 5EQ1A 5H1UA 2D9EA 4A9KA 5FE9A 4LRGA 1F68A 3DWYA 4LDFA 4LZSA 4HBVA 5I88A 3ERRA 4QC1A 5FFVA 4QUTA 5D26A 5I7YA 1E6IA 4NYVA 5EICA 5C4QA 4NUDA 3MQMA 5HRWA 4IR3A 4NR5A 4OGIA 5DFBA 2E3KA 5C8GA 4MR5A 3O35A 4UIWA 5A7CA 4NR6A 3K2JA 5CY9A 4QBMA 4LYSA 5EP7A 5A5OA 4CFKA 5CS8A 4YYJA 5IGLA 4UYFB 5HLSA 3VKGA 4CUTA 4LYWA 5AMFA 5HCLA 2GRCA 4QNSA 2E7NA 4CUQA 5CRZA 5J0DA 5KHMA 3JVKA 4A9EA 3QZTA 5DYUA 5G4SA 2RI7A 4MENA 5D3SA 2I7KA 5ETDA 5DFCA 4UYDA 4A9FA 5EV9A 4QSUA 4PS5A 5FG4A 4ZW1A 3JVJA 5F60A 4MR6A 5CFWA 5C87A 4YADA 4HBXA 5HJCA 4IR6A 4GPJA 3UV5A 5IGMA 5FE7A 5I83A 5HELA 3Q2FA 3JVMA 5A5PA 3U5KA 2MJVB 4Z1SA 5AD3A 4TU4A 4TT6A 2DATA 5LJ0A 3O36A 3UVWA 4BW1A 5BT5A 5CQ5A 5D3NA 4BW2A 5CQAA 4QY4A 5FH6A 4TZ8A 5LUUA 5LKXA 5A83A 1WUMA 5L99A 2YYNA 1ZS5A 3UV4A 3O37A 4IOQA 5L8TA 5CUCA 1X0JA 4O7CA 2YEMA 4YY6A 4IR4A 5ENFA 2RNXA 5K29A 4UYGA 4O77A 5CQ4A 4TZ2A 5L96A 5EA1A 4XUBA 4UITA 5FB1A 4KCXA 5CUAA 4KV1A 2DVVA 4CLBA 5F63A 4QSWA 5DYXA 4CFLA 4A9OA 1JM4B 4FLPA 5HQ6A 5EPSA 4MEOA 4MR4A 4F3IA 4PTBA 5E3DA 4YK0A 5E74A 5DYAA 4IOOA 5E0RA 4YYNA 5I40A 4PY6A 4WHUA 5CUGA 5E9LA 2D82A 4A9JA 3D7CA 3P1EA 5CTLA 5IBNA 4YBTA 5A5RA 4NQNA 3HMEA 3AQAA 4YYHA 2KTBB 5HQ7A 5ACYA 5D0CA 2RNYA 5FG5A 5COIA 5E9YA 5FH8A 2RS9B 3SVFA 5CRMA 5EISA 5D3RA 4UIZA 3TLPA 5ENCA 4WHWA 4LC2A 4TU6A 5JI8A 5HQ5A 4ZQLA 5BT3A 5A82A 2FSAA 4XY9A 4AKHA 4NXJA 4YATA 5IGKA 4N4FA 3MXFA 5AD2A 4QSTA 5EK9A 4YY4A 5ENHA 4NQMA 4NR7A 4HXKA 4A9MA 1ZKRA 5I89A 4QEUA 5EWVA 4ZC9A 4NS5A 5EWCA 2R0YA 2L85A 4UIYA 5AMEA 1WUGA 5JWMA 5CZGA 4YYIA 5CP5A 5IIDA 4IORA 3MULA 5CQ7A 5G4RA 5ETBA 4NUEA 4TQNA 3GG3A 5L98A 5D24A 5EWDA 2R10A 3UVDA 4N3WA 5E7DA 5E9VA 2I8NA 3MUKA 5CUBA 5CGPA 5BT4A 5EWWA 4QSRA 4YYDA 5H1TA 3P5OA 2YDWA 4QR5A 5HFRA 5ENIA 2OUOA 5KTWA 2YQDA 5FG6A 4DONA 5CPEA 5FE4A 2R0SA 5A5NA 2F6JA 4LZRA 3LJWA 3MB3A 5I86A 5LVQA 5E9KA 3U5NA 2L5EA 2RFJA 4O71A 4Z1QA 5LKTA 4QSXA 3ONIA 5D3PA 5KO4A 2H60A 4X2IA 4XYAA 5F5ZA 4O7AA 4Z93A 4E96A 4HXSA 5EM3A 3S91A 5DKCA 5D7XA 5F25A 3UVYA 4ALHA 3U5PA 4QR3A 5EPBA 3HMHA 2DKWA 4RVRA 5D25A 4TYLA 4WIVA 5ENBA 2N9GA 4AKNA 5D3JA 5EPRA 4J0SA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2LSP B;  4TS8 A;  2R0V A;  3S92 A;  5C89 A;  4UYF A;  4PKL A;  2OSS A;  4HXO A;  5H85 A;  4CL9 A;  4YH4 A;  4QC3 A;  5CQ6 A;  5ENG A;  4O7B A;  5H1V A;  2RNW A;  4QSS A;  4YBS A;  5DKD A;  4HXN A;  4MR3 A;  2YEL A;  3P1F A;  3U5L A;  3SVG A;  3UW9 A;  5II1 A;  4NYX A;  5ENE A;  1JSP B;  4QEV A;  5DW2 A;  4LYI A;  4LR6 A;  5CUD A;  3DAI A;  5HEM A;  4BW4 A;  5F62 A;  5KTX A;  5FE0 A;  5DBM A;  3P1D A;  4YAX A;  4NYW A;  4O76 A;  5I80 A;  5FB0 A;  4TTE A;  5LJ1 A;  4XUA A;  4YYG A;  5I29 A;  1N72 A;  2WP2 A;  4N4G A;  5FE6 A;  4YH3 A;  5IGN A;  4KV4 A;  5DW1 A;  4A9N A;  5DFD A;  3LXJ A;  5F3A A;  5DX4 A;  3UV2 A;  2L84 A;  4YC9 A;  4J1P A;  4Q0N A;  4HBY A;  3U5M A;  3I3J A;  4O7F A;  3RCW A;  3O33 A;  3UVX A;  5LVR A;  4CUU A;  5KU3 A;  4HBW A;  5HM0 A;  4QEW A;  4NR4 A;  5LKU A;  4UYH A;  2DVR A;  4Z6H A;  4O75 A;  5HRV A;  5F36 A;  4NRA A;  5HRX A;  5EU1 A;  3SVH A;  4QR4 A;  4O7E A;  4QSQ A;  4ALG A;  5A5S A;  5IG6 A;  4QZS A;  3AAD A;  4YYM A;  5DLX A;  4IR5 A;  4QSV A;  5EWH A;  4A9H A; 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