5E0RA

Crystal structure of the first bromodomain of brd4 in complex with ayc
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Crystal Structure of the first bromodomain of BRD4 in complex with AYC
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5e0rA01
4UYDA 4OUFA 5F61A 5D3SA 2YYNA 1JSPB 4IR5A 4GPJA 5ENIA 5CQ3A 5D24A 3IU5A 5CRMA 4UITA 5A7CA 2E3KA 4YAXA 5DW1A 4Z6HA 3MQMA 5HRWA 4O7AA 4RVRA 5D3TA 3U5OA 4YYDA 4TT6A 4TU6A 5HLSA 2RO1A 5I89A 5FH7A 4XYAA 4NR7A 3UVWA 4IOOA 1WUMA 4MR5A 4UIYA 3Q2EA 4N4HA 5DY7A 5EU1A 5F1HA 5FFVA 5FB0A 5CQ8A 4QUUA 4TYLA 4QC1A 5F36A 5COIA 3JVJA 4YYMA 5CUCA 5E9LA 4F3IA 4HXKA 5I83A 3LJWA 4QSVA 4QUTA 4QSPA 4HXLA 5FE7A 4HXSA 5KTXA 4MEPA 5L99A 4HBVA 3LQHA 5DYUA 5E9KA 5HENA 3LXJA 4NYVA 5E3GA 4LR6A 5FG4A 5FE6A 4WHWA 5EWWA 5I29A 5LJ2A 4DONA 5EVAA 3ZYUA 5D3PA 5LKXA 5KU3A 5CUBA 2OSSA 4A9LA 4J1PA 4J0SA 4MR3A 5A85A 5D3HA 4QSUA 4ZQLA 2I8NA 5C4QA 4QY4A 2G4AA 5KHMA 5DYXA 5I7YA 5KTWA 5FFYA 4Y03A 4A9JA 5HELA 5F25A 4CURA 4HBWA 4Z1SA 5LKTA 3MUKA 5FE0A 5E9VA 5FE9A 5H1UA 4NR6A 4NYXA 4YYIA 4YY4A 4HBYA 1ZS5A 2DVRA 5ETDA 4Q0OA 5FFWA 4O76A 2WP2A 4NR4A 4C66A 4OGIA 4QZSA 4YY6A 4ZC9A 2DVSA 4O78A 5AD2A 1JM4B 5A81A 3JVKA 4BJXA 5CP5A 5HQ5A 5EK9A 5F60A 5FDZA 5EPSA 5E9MA 5D0CA 4QSXA 3P1EA 4UIVA 2D82A 3U5JA 4NQNA 5CGPA 3UVXA 3ONIA 5CQTA 4YYHA 4O77A 5CS8A 3HMEA 5L8UA 3JVLA 4YK0A 3UV4A 5IGLA 2DATA 4MENA 4LYWA 4NS5A 4IOQA 3DAIA 5EWHA 4QEWA 4CUTA 4A9KA 4FLPA 2L85A 3GG3A 4WIVA 5ENEA 4IR4A 4YYJA 5A5QA 4YC9A 2RNWA 5E0RA 4YBTA 3UVYA 5DW2A 3U5KA 3P1DA 5DKDA 5LVQA 5F63A 4TZ8A 4NUCA 5ACYA 4A9EA 5E7DA 5LVRA 5DLZA 4YATA 4TT2A 4BW4A 5DFBA 1E6IA 1X0JA 2OO1A 2D9EA 3DWYA 3U5MA 5HEMA 4N4FA 5CFWA 4TS8A 5A5RA 2R10A 5CU8A 4YADA 5IIDA 3P1CA 5CUDA 4MEQA 4YABA 5D7XA 5FE3A 5LKZA 5EICA 4J3IA 4O70A 3G0LA 2F6NA 4KCXA 4CFLA 5EPRA 5CUEA 5C85A 4UYFA 1N72A 4NXJA 4NR5A 5FH8A 4Q0NA 3HMFA 3SVHA 4UYHA 4HBXA 3S92A 5G4RA 5CY9A 3P5OA 4QYDA 5JWMA 4CFKA 2N9GA 4N3WA 5E73A 5FH6A 1EQFA 5AD3A 5FE4A 5TCMA 4QYLA 4YH4A 5DYCA 5D25A 5D3JA 2R0SA 3LQJA 2DKWA 5E9IA 5LKUA 3UVDA 5FG5A 5A5SA 4NUEA 2DVQA 3AQAA 4O72A 4LYSA 4YBSA 4Z1QA 5A82A 3D7CA 5EI4A 5F1LA 5EV9A 5F62A 4E96A 5FB1A 4O7FA 5DX4A 4HXMA 2DWWA 3NXBA 3U5NA 5FE8A 3MXFA 4YBMA 4UIXA 5C89A 4TTEA 5H1VA 5EISA 3O36A 3IU6A 5A83A 2KTBB 5BT4A 5I1QA 4HXRA 5CZGA 5HJCA 5F5ZA 4KV1A 5DFCA 4O74A 5HRXA 4O71A 4Z6IA 4HXNA 5E74A 4O7CA 4IORA 5J0DA 4WHUA 4HXPA 4ZW1A 5C7NA 4QSQA 2E7OA 4LYIA 2I7KA 5EWVA 5ENBA 2R0YA 4QSTA 3I3JA 4LZ2A 2YEMA 5ENHA 4QSRA 4CUUA 4XY8A 3QZSA 4ALHA 5F2PA 4NYWA 3TLPA 2L5EA 4OGJA 2MJVB 5ENCA 5AMEA 2OUOA 5FE1A 5LJ0A 5FE2A 2E7NA 5D3RA 4XY9A 5EPBA 5C87A 2YEKA 5DFDA 4CUSA 4PTBA 4LC2A 5IGNA 3O33A 5L96A 4NRAA 5DKCA 5HRVA 4TZ2A 4NRCA 3SVFA 4CUQA 4O7BA 4BW3A 4C67A 4PY6A 4A9NA 2YDWA 4PS5A 4QR4A 4UIUA 4UYFB 5IGMA 2RI7A 5CTLA 3O34A 4CUPA 2DVVA 3AADA 4BHWA 5A5PA 4NR9A 4X2IA 4A9IA 5L98A 5E9YA 2F6JA 5F3AA 4KV4A 4A9HA 3MB4A 3U5PA 2H60A 5FBXA 5EA1A 4ALGA 5BT3A 5DLXA 2NXBA 4LZSA 4Z93A 4QSSA 5LJ1A 4N4IA 5LUUA 4YYNA 4NRBA 5II2A 2RS9B 5E3DA 3SVGA 4BW2A 5CPEA 4UYEA 3K2JA 5EWCA 4NUDA 5IBNA 5DBMA 5II1A 3MB3A 4YYKA 3O35A 4QB3A 4UYGA 5L8TA 3HMHA 2RNYA 4TQNA 3UV2A 5I40A 5EQ1A 3G0JA 3S91A 4CL9A 5IG6A 4QBMA 3U5LA 4XUBA 4MR6A 4A9MA 5EGUA 4MR4A 4LZRA 3QZTA 5HFRA 5CQ7A 5AMFA 5FE5A 4NQMA 5CUGA 4QC3A 4N4GA 4IR3A 3UW9A 5H1TA 2LSPB 5I7XA 4HXOA 3P1FA 5FG6A 3FKMX 3O37A 4TU4A 2L84A 3UV5A 2RNXA 1WUGA 3LQIA 4O7EA 2FSAA 2WP1A 4MEOA 5ETBA 4QNSA 5I88A 4QEUA 5DYAA 3MULA 5EWDA 5HQ6A 4YH3A 4YYGA 5HQ7A 5I86A 5G4SA 2RFJA 4O75A 5JI8A 5EM3A 5A5NA 2GRCA 4UIWA 4QSWA 4QR3A 3RCWA 4PCIA 5ENFA 4CLBA 4XUAA 3Q2FA 5ENJA 5C8GA 4NR8A 4QEVA 5CQ4A 5TB6A 5HM0A 2YQDA 5I80A 4UIZA 5HFQA 4IR6A 5D3NA 5HCLA 4TT4A 4LDFA 5D26A 4QR5A 4A9OA 5KO4A 5CUAA 5H85A 5CQ5A 3QZVA 5EP7A 5CRZA 1F68A 4BW1A 5IGKA 5D3LA 4J0RA 2YW5A 5A5OA 5CQAA 5BT5A 4AKNA 2YELA 4A9FA 4PKLA 3JVMA 5L97A 5K29A 5DKHA 4PCEA 5KTUA 5CQ6A 4LRGA 2R0VA 5ENGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UYDA 3ERRA 4OUFA 5F61A 5D3SA 2YYNA 1JSPB 4IR5A 4GPJA 5ENIA 5CQ3A 5D24A 3IU5A 5CRMA 4UITA 5A7CA 2E3KA 4YAXA 5DW1A 4Z6HA 3MQMA 5HRWA 4O7AA 4RVRA 5D3TA 3U5OA 4YYDA 4TT6A 4TU6A 5HLSA 2RO1A 5I89A 5FH7A 4XYAA 4NR7A 3UVWA 4IOOA 1WUMA 4MR5A 4UIYA 3Q2EA 4N4HA 5DY7A 5EU1A 5F1HA 5FFVA 5FB0A 5CQ8A 4QUUA 4TYLA 4QC1A 5F36A 5COIA 3JVJA 4YYMA 5CUCA 5E9LA 4F3IA 4HXKA 5I83A 3LJWA 4QSVA 4QUTA 4QSPA 4HXLA 5FE7A 4HXSA 5KTXA 4MEPA 5L99A 4HBVA 3LQHA 5DYUA 5E9KA 5HENA 3LXJA 4NYVA 5E3GA 4LR6A 5FG4A 5FE6A 4WHWA 5EWWA 5I29A 5LJ2A 4DONA 4AKGA 5EVAA 3ZYUA 5D3PA 5LKXA 5KU3A 5CUBA 2OSSA 4A9LA 4J1PA 4J0SA 4MR3A 5A85A 5D3HA 4QSUA 4ZQLA 2I8NA 5C4QA 4QY4A 2G4AA 5KHMA 5DYXA 5I7YA 5KTWA 5FFYA 4Y03A 4A9JA 5HELA 5F25A 4CURA 4HBWA 4Z1SA 5LKTA 3MUKA 5FE0A 5E9VA 5FE9A 5H1UA 4NR6A 4NYXA 4YYIA 4YY4A 4HBYA 1ZS5A 2DVRA 5ETDA 3VKHA 4Q0OA 5FFWA 4O76A 2WP2A 4NR4A 4C66A 4OGIA 4QZSA 2EJNA 4YY6A 4ZC9A 2DVSA 4O78A 5AD2A 1JM4B 5A81A 3JVKA 1PUOA 4BJXA 5CP5A 5HQ5A 5EK9A 5F60A 5FDZA 5EPSA 5E9MA 5D0CA 4QSXA 3P1EA 4UIVA 2D82A 3U5JA 4NQNA 5CGPA 3UVXA 3ONIA 5CQTA 4YYHA 4O77A 5CS8A 3HMEA 5L8UA 3JVLA 4YK0A 3UV4A 5IGLA 2DATA 4MENA 4LYWA 4NS5A 4IOQA 3DAIA 5EWHA 4QEWA 4CUTA 4A9KA 4FLPA 2L85A 3GG3A 4WIVA 5ENEA 4IR4A 4YYJA 5A5QA 4YC9A 2RNWA 5E0RA 4YBTA 3UVYA 5DW2A 3U5KA 3D1DA 3P1DA 5DKDA 5LVQA 5F63A 4TZ8A 4NUCA 5ACYA 4A9EA 5E7DA 5LVRA 5DLZA 4YATA 4AI6A 4TT2A 4BW4A 5DFBA 1E6IA 1X0JA 2OO1A 2D9EA 3DWYA 3U5MA 5HEMA 4N4FA 5CFWA 4TS8A 5A5RA 2R10A 5CU8A 4YADA 5IIDA 3P1CA 5CUDA 4MEQA 4YABA 5D7XA 5FE3A 5LKZA 5EICA 4AKHA 4J3IA 4O70A 3G0LA 2F6NA 4KCXA 4CFLA 5EPRA 5CUEA 5C85A 4UYFA 1N72A 4NXJA 4NR5A 5FH8A 4Q0NA 3HMFA 3SVHA 4UYHA 4HBXA 3S92A 5G4RA 5CY9A 3P5OA 4QYDA 5JWMA 4CFKA 2N9GA 4N3WA 5E73A 5FH6A 1EQFA 5AD3A 5FE4A 5TCMA 4QYLA 4YH4A 3VKGA 5DYCA 5D25A 5D3JA 2R0SA 3LQJA 2DKWA 5E9IA 5LKUA 3UVDA 5FG5A 5A5SA 4NUEA 2DVQA 3AQAA 4O72A 4LYSA 4YBSA 4Z1QA 5A82A 3D7CA 5EI4A 5F1LA 5EV9A 5F62A 4E96A 5FB1A 4O7FA 5DX4A 4HXMA 2DWWA 3NXBA 3U5NA 5FE8A 3MXFA 4YBMA 4UIXA 5C89A 4TTEA 5H1VA 5EISA 3O36A 3IU6A 5A83A 2KTBB 5BT4A 5I1QA 4HXRA 5CZGA 5HJCA 5F5ZA 4KV1A 5DFCA 4O74A 5HRXA 4O71A 4Z6IA 4HXNA 5E74A 4O7CA 4IORA 5J0DA 4WHUA 4HXPA 4ZW1A 5C7NA 4QSQA 2E7OA 4LYIA 2I7KA 5EWVA 1ZKRA 5ENBA 2R0YA 4QSTA 3I3JA 4LZ2A 2YEMA 5ENHA 4QSRA 4CUUA 4XY8A 3QZSA 4ALHA 5F2PA 4NYWA 3TLPA 2L5EA 4OGJA 2MJVB 5ENCA 5AMEA 2OUOA 5FE1A 5LJ0A 5FE2A 2E7NA 5D3RA 4XY9A 5EPBA 5C87A 2YEKA 5DFDA 4CUSA 4PTBA 4AKIA 4LC2A 5IGNA 3O33A 5L96A 4NRAA 5DKCA 5HRVA 4TZ2A 4NRCA 3SVFA 4CUQA 4O7BA 4BW3A 4C67A 4PY6A 4A9NA 2YDWA 4PS5A 4QR4A 4UIUA 4UYFB 5IGMA 2RI7A 5CTLA 3O34A 4CUPA 2DVVA 3AADA 4BHWA 5A5PA 4NR9A 4X2IA 4A9IA 5L98A 5E9YA 2F6JA 5F3AA 4KV4A 4A9HA 3MB4A 3U5PA 2H60A 5FBXA 5EA1A 4ALGA 5BT3A 5DLXA 2NXBA 4LZSA 4Z93A 4QSSA 5LJ1A 4N4IA 3D1BA 5LUUA 4YYNA 4NRBA 5II2A 2RS9B 5E3DA 3SVGA 4BW2A 5CPEA 4UYEA 3K2JA 5EWCA 4NUDA 5IBNA 5DBMA 5II1A 3MB3A 4YYKA 3O35A 4QB3A 4UYGA 5L8TA 3HMHA 2RNYA 4TQNA 3UV2A 5I40A 5EQ1A 3G0JA 3S91A 4CL9A 5IG6A 4QBMA 3U5LA 4XUBA 4MR6A 4A9MA 5EGUA 4MR4A 4LZRA 3QZTA 5HFRA 5CQ7A 5AMFA 5FE5A 4NQMA 5CUGA 4QC3A 4N4GA 4IR3A 3UW9A 5H1TA 2LSPB 5I7XA 4HXOA 3P1FA 5FG6A 3FKMX 3O37A 4TU4A 2L84A 3UV5A 2RNXA 1WUGA 3LQIA 4O7EA 2FSAA 2WP1A 4MEOA 5ETBA 4QNSA 5I88A 4QEUA 5DYAA 3MULA 5EWDA 5HQ6A 4YH3A 4YYGA 5HQ7A 5I86A 5G4SA 2RFJA 4O75A 5JI8A 5EM3A 5A5NA 2GRCA 4UIWA 4QSWA 4QR3A 3RCWA 4PCIA 5ENFA 4CLBA 4XUAA 3Q2FA 5ENJA 5C8GA 4NR8A 4QEVA 5CQ4A 5TB6A 5HM0A 2YQDA 5I80A 4UIZA 5HFQA 4IR6A 5D3NA 5HCLA 4TT4A 4LDFA 5D26A 4QR5A 4A9OA 5KO4A 5CUAA 5H85A 5CQ5A 3QZVA 5EP7A 5CRZA 1F68A 4BW1A 5IGKA 5D3LA 4J0RA 2YW5A 5A5OA 5CQAA 5BT5A 4AKNA 2YELA 4A9FA 4PKLA 3JVMA 5L97A 5K29A 5DKHA 4PCEA 5KTUA 5CQ6A 4LRGA 2R0VA 5ENGA
chains in the Genus database with same CATH topology
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