5E3GA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed8
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5e3gA00
4A9HA 4ALGA 5FH6A 5DYAA 4LRGA 3UVXA 5ACYA 5HJCA 1F68A 5CQ8A 4O75A 5FG5A 5HLSA 2L84A 4LYWA 5E7DA 5AMEA 5HENA 5ETBA 5ENCA 5I89A 5A7CA 4J0RA 5FB1A 5CUCA 4TU6A 4UYHA 4ZW1A 5EWCA 5D3LA 5HQ5A 4MR4A 5IGLA 4NUDA 4UIUA 5CRMA 2DVVA 5A81A 5K29A 4UIXA 5E9IA 4HBVA 5C87A 5CQTA 3HMEA 5HFRA 4YATA 5COIA 4N4HA 2L5EA 5LJ0A 4YBSA 4QSWA 3UV4A 4UIVA 5EA1A 4NQNA 3Q2EA 5HRWA 4QSXA 5A83A 5I86A 5DKHA 5D3NA 3QZVA 4QC1A 5CQAA 2DVSA 3AQAA 4A9LA 5EV9A 4CUSA 4BW1A 4TYLA 4NXJA 4PY6A 4MEQA 5F3AA 4A9MA 5EI4A 5L8TA 5FDZA 4UYFB 5I83A 4Z1SA 5HRVA 5CUBA 2RFJA 4WHWA 5CQ3A 5I88A 4HXOA 5IGMA 5CPEA 5CUDA 5D3HA 5EPRA 2D9EA 3JVLA 5L96A 4YY6A 3P1FA 4CUTA 5CRZA 4Z6HA 5HELA 4UYDA 5F5ZA 4QSTA 4TT6A 5HM0A 2DWWA 2L85A 4HBYA 3MB3A 4J3IA 4Q0NA 4E96A 4O7BA 5EWDA 4KV4A 3MUKA 4UYEA 5G4SA 3UVYA 5I40A 5KTUA 5FE0A 5E73A 4OGIA 4QSQA 4NYWA 4QC3A 2RNYA 5E3DA 4TZ8A 5DW1A 5DY7A 4CUQA 3MQMA 4QSUA 5CUAA 5ETDA 5HEMA 4C67A 4LZRA 5E3GA 3UVWA 5LUUA 4QEVA 4QSVA 3RCWA 2WP2A 5E9YA 3AADA 4KCXA 5CFWA 5FE7A 2F6NA 3I3JA 4IR6A 4QR4A 2OO1A 5A5QA 4NRAA 5L98A 2FSAA 4NR7A 4LR6A 4N3WA 4QEUA 5TB6A 3SVHA 3O35A 4NQMA 4UIWA 4AKNA 4IOOA 5KO4A 4UIYA 2YEMA 4O7CA 2R0YA 4O72A 2KTBB 5I29A 4PKLA 1N72A 4DONA 5CU8A 3LXJA 4CL9A 3MB4A 4MEPA 4O74A 4ALHA 4BW4A 3P1DA 5F36A 4XYAA 5LVRA 5F25A 4A9IA 5CGPA 5EVAA 3DAIA 4TTEA 4NR9A 5CZGA 3K2JA 4HXKA 4QNSA 5A85A 5L97A 5CUGA 5AMFA 5DBMA 5CS8A 3UVDA 4QR5A 5AD2A 3U5LA 4PS5A 3HMHA 5DFCA 4HXNA 3U5OA 2OSSA 4HXMA 2D82A 1EQFA 5KHMA 4YABA 5FFWA 3P5OA 4UYFA 2MJVB 4O71A 5FB0A 5IIDA 1WUGA 5A5SA 4CFKA 5CQ5A 4XUAA 5ENEA 5D3SA 5A82A 4YBTA 4UITA 5LKZA 4QUUA 5CQ4A 5FH8A 5II1A 5BT3A 3SVFA 4O77A 5LKUA 4O7EA 5KU3A 3D7CA 4NR8A 5EWWA 5LKTA 5E9LA 4BW3A 3LQIA 1X0JA 5F61A 2E7NA 5D24A 5D3PA 5EISA 4TZ2A 5FE9A 4LZ2A 4YC9A 5HQ6A 4QB3A 5E74A 4BW2A 4PTBA 4NRCA 3ONIA 5EICA 5EGUA 5BT4A 4OGJA 4HXPA 5DKCA 5FE2A 4HXLA 5FE1A 3NXBA 4O76A 5LJ2A 4ZC9A 4NRBA 4GPJA 4MR6A 5F63A 3SVGA 5H85A 3O37A 4QY4A 5D3RA 3U5PA 5LKXA 5IGNA 5H1VA 3DWYA 3ZYUA 3FKMX 4YH4A 2I7KA 4FLPA 5KTXA 4CURA 5DYCA 5A5NA 5H1UA 5A5OA 3P1CA 3JVMA 4N4GA 3U5KA 4QUTA 4XY8A 5F62A 4TT4A 4O7FA 4TS8A 5C8GA 5FG6A 4BHWA 5AD3A 3LJWA 5DKDA 4CUUA 2YW5A 2YQDA 4NUEA 4QYDA 3GG3A 5CY9A 2R10A 4IR4A 5DFBA 4QR3A 5ENHA 3G0JA 5E9KA 4Q0OA 5D0CA 4XUBA 3JVJA 4PCEA 5EWHA 3G0LA 5HFQA 4O78A 2E7OA 3MXFA 4QBMA 4XY9A 5FE3A 4TT2A 3U5MA 2DKWA 2LSPB 4HXRA 4UYGA 5HRXA 4IR3A 4TQNA 4LDFA 4CUPA 4WIVA 5CTLA 2WP1A 4HXSA 3QZSA 5C89A 4Y03A 4YYDA 4YH3A 5EP7A 2OUOA 4A9KA 5II2A 5ENFA 4PCIA 3JVKA 5EK9A 4YAXA 5FE6A 4YYIA 5F1HA 5IG6A 2YELA 5DX4A 5EU1A 5BT5A 5I1QA 5C85A 3P1EA 3U5NA 5LJ1A 2NXBA 4Z6IA 4YYJA 2G4AA 5JI8A 4N4FA 3UV5A 5ENJA 4QSPA 4MENA 4TU4A 4YADA 5FE4A 5HCLA 4Z93A 3HMFA 3Q2FA 5C4QA 5F60A 4QSSA 5G4RA 5C7NA 5I80A 3UW9A 4KV1A 4UIZA 5DLXA 5A5RA 4F3IA 3S92A 4CFLA 2DVRA 2RS9B 2H60A 3LQJA 4NUCA 5E9MA 4YY4A 4NS5A 4YYMA 5FG4A 3S91A 4RVRA 3LQHA 2R0VA 5DYUA 5A5PA 5F1LA 4Z1QA 5H1TA 1WUMA 5FE5A 5JWMA 4HBXA 5EPBA 5D26A 4NR4A 4ZQLA 4MEOA 5FFYA 5CQ6A 4A9FA 4QYLA 5IBNA 2YEKA 3UV2A 4WHUA 4HBWA 4A9EA 4J0SA 4A9NA 5D3TA 5EM3A 4MR5A 4LC2A 5LVQA 5J0DA 1ZS5A 5I7XA 1JM4B 4IORA 4YK0A 4LZSA 5ENBA 5EPSA 4NYVA 5I7YA 3O36A 4IOQA 4X2IA 4QEWA 1JSPB 3O34A 5EWVA 4BJXA 2YDWA 4OUFA 5CUEA 4A9JA 5D25A 4YYKA 1E6IA 4O7AA 4O70A 5CP5A 5IGKA 4YYHA 2DVQA 5EQ1A 5ENGA 5FFVA 3IU5A 2RO1A 4YYGA 3QZTA 2YYNA 4NYXA 3U5JA 5E0RA 3MULA 3IU6A 2RI7A 2R0SA 4C66A 5KTWA 3TLPA 5L99A 5DW2A 4LYSA 4YYNA 5D3JA 2F6JA 4NR6A 5DLZA 2DATA 5F2PA 5ENIA 5FE8A 4J1PA 5L8UA 2I8NA 3O33A 5E9VA 2RNWA 4N4IA 4NR5A 2N9GA 4QSRA 2RNXA 5D7XA 5CQ7A 5FH7A 4IR5A 4MR3A 4LYIA 2E3KA 5DFDA 4A9OA 2GRCA 5FBXA 5TCMA 4CLBA 5DYXA 4QZSA 5HQ7A 4YBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A9HA 3D1DA 4ALGA 5FH6A 5DYAA 4LRGA 3UVXA 5ACYA 5HJCA 1F68A 5CQ8A 4O75A 5FG5A 5HLSA 2L84A 4LYWA 5E7DA 5AMEA 5HENA 5ETBA 5ENCA 5I89A 5A7CA 4J0RA 5FB1A 5CUCA 4TU6A 4UYHA 4ZW1A 5EWCA 5D3LA 5HQ5A 4MR4A 5IGLA 4NUDA 4UIUA 5CRMA 2DVVA 5A81A 5K29A 4UIXA 5E9IA 4HBVA 5C87A 5CQTA 3HMEA 5HFRA 4YATA 5COIA 4N4HA 2L5EA 5LJ0A 4YBSA 4QSWA 3UV4A 4UIVA 5EA1A 4NQNA 3Q2EA 5HRWA 4QSXA 5A83A 5I86A 5DKHA 5D3NA 3QZVA 4QC1A 5CQAA 2DVSA 3AQAA 4A9LA 5EV9A 4CUSA 4BW1A 4TYLA 4NXJA 4PY6A 4MEQA 5F3AA 4A9MA 5EI4A 5L8TA 5FDZA 4UYFB 5I83A 4Z1SA 5HRVA 5CUBA 2RFJA 4WHWA 5CQ3A 5I88A 4HXOA 5IGMA 5CPEA 5CUDA 5D3HA 5EPRA 2D9EA 3JVLA 5L96A 4YY6A 3P1FA 4CUTA 5CRZA 4Z6HA 5HELA 4UYDA 5F5ZA 4QSTA 4TT6A 5HM0A 2DWWA 2L85A 4HBYA 3MB3A 4J3IA 4Q0NA 4E96A 4O7BA 5EWDA 4KV4A 3MUKA 4UYEA 5G4SA 3UVYA 5I40A 5KTUA 5FE0A 5E73A 4OGIA 4QSQA 4NYWA 4QC3A 2RNYA 5E3DA 4TZ8A 5DW1A 5DY7A 4CUQA 3MQMA 4QSUA 5CUAA 5ETDA 5HEMA 4C67A 4LZRA 5E3GA 3UVWA 5LUUA 4QEVA 4QSVA 3RCWA 2WP2A 5E9YA 3AADA 4KCXA 5CFWA 5FE7A 2F6NA 3I3JA 4IR6A 4QR4A 2OO1A 5A5QA 4NRAA 5L98A 2FSAA 4NR7A 4LR6A 4N3WA 4QEUA 5TB6A 3SVHA 3O35A 4NQMA 4UIWA 4AKNA 4IOOA 5KO4A 4UIYA 2YEMA 4O7CA 2R0YA 4O72A 2KTBB 5I29A 4PKLA 1N72A 4DONA 5CU8A 4AKHA 3LXJA 4CL9A 3MB4A 4MEPA 4O74A 4ALHA 4BW4A 3P1DA 5F36A 4XYAA 5LVRA 5F25A 4A9IA 5CGPA 5EVAA 3DAIA 4TTEA 4NR9A 5CZGA 3K2JA 4HXKA 4QNSA 5A85A 5L97A 5CUGA 5AMFA 5DBMA 5CS8A 3UVDA 4QR5A 3D1BA 5AD2A 3U5LA 4PS5A 3HMHA 5DFCA 4HXNA 3U5OA 2OSSA 4HXMA 2D82A 1EQFA 5KHMA 4YABA 5FFWA 3P5OA 4UYFA 2MJVB 4O71A 5FB0A 5IIDA 1WUGA 5A5SA 4CFKA 5CQ5A 4XUAA 5ENEA 5D3SA 5A82A 4YBTA 4UITA 5LKZA 4QUUA 5CQ4A 5FH8A 5II1A 5BT3A 3SVFA 4O77A 5LKUA 4O7EA 5KU3A 3D7CA 4NR8A 5EWWA 5LKTA 5E9LA 4BW3A 3LQIA 1X0JA 4AKGA 5F61A 2E7NA 5D24A 5D3PA 5EISA 4TZ2A 5FE9A 4LZ2A 4YC9A 5HQ6A 1ZKRA 4QB3A 5E74A 4BW2A 4PTBA 4NRCA 3ONIA 5EICA 5EGUA 5BT4A 4OGJA 4HXPA 5DKCA 4AKIA 5FE2A 4HXLA 5FE1A 3NXBA 4O76A 5LJ2A 3VKGA 4ZC9A 4NRBA 4GPJA 4MR6A 5F63A 3SVGA 5H85A 2EJNA 3O37A 4QY4A 5D3RA 3U5PA 5LKXA 5IGNA 5H1VA 3DWYA 3ZYUA 3FKMX 4YH4A 2I7KA 4FLPA 5KTXA 4CURA 5DYCA 5A5NA 5H1UA 1PUOA 5A5OA 3P1CA 3JVMA 4N4GA 3U5KA 4QUTA 4XY8A 5F62A 4TT4A 4O7FA 4TS8A 5C8GA 5FG6A 4BHWA 5AD3A 3LJWA 5DKDA 4CUUA 2YW5A 2YQDA 4NUEA 4QYDA 3GG3A 5CY9A 2R10A 4IR4A 5DFBA 4QR3A 5ENHA 3G0JA 5E9KA 4Q0OA 5D0CA 4XUBA 3JVJA 4PCEA 5EWHA 3G0LA 5HFQA 4O78A 2E7OA 3MXFA 4QBMA 4XY9A 5FE3A 4TT2A 3U5MA 2DKWA 2LSPB 4HXRA 4UYGA 5HRXA 4IR3A 4TQNA 4LDFA 4CUPA 4WIVA 5CTLA 2WP1A 4HXSA 3QZSA 5C89A 4Y03A 4YYDA 4YH3A 5EP7A 2OUOA 4A9KA 5II2A 5ENFA 4PCIA 3JVKA 5EK9A 4YAXA 5FE6A 4YYIA 5F1HA 5IG6A 2YELA 5DX4A 5EU1A 5BT5A 5I1QA 3VKHA 5C85A 3P1EA 3U5NA 5LJ1A 2NXBA 4Z6IA 4YYJA 2G4AA 5JI8A 4N4FA 3UV5A 5ENJA 4QSPA 4MENA 4TU4A 4YADA 5FE4A 5HCLA 3HMFA 3Q2FA 4Z93A 5C4QA 5F60A 4QSSA 5G4RA 5C7NA 5I80A 3UW9A 4KV1A 4UIZA 5DLXA 5A5RA 4F3IA 3S92A 4CFLA 2DVRA 2RS9B 2H60A 3LQJA 4NUCA 5E9MA 4YY4A 4NS5A 4YYMA 5FG4A 3S91A 4RVRA 3LQHA 2R0VA 5DYUA 5A5PA 5F1LA 4Z1QA 5H1TA 1WUMA 5FE5A 5JWMA 4HBXA 5EPBA 5D26A 4NR4A 4ZQLA 4MEOA 5FFYA 5CQ6A 4A9FA 4QYLA 5IBNA 2YEKA 3UV2A 4WHUA 4HBWA 4A9EA 4J0SA 4A9NA 5D3TA 5EM3A 4MR5A 4LC2A 5LVQA 5J0DA 4AI6A 1ZS5A 5I7XA 1JM4B 4IORA 4YK0A 4LZSA 5ENBA 5EPSA 4NYVA 5I7YA 3O36A 4IOQA 4X2IA 4QEWA 1JSPB 3O34A 5EWVA 3ERRA 4BJXA 2YDWA 4OUFA 5CUEA 4A9JA 5D25A 4YYKA 1E6IA 4O7AA 4O70A 5CP5A 5IGKA 4YYHA 2DVQA 5EQ1A 5ENGA 5FFVA 3IU5A 2RO1A 4YYGA 3QZTA 2YYNA 4NYXA 3U5JA 5E0RA 3MULA 3IU6A 2RI7A 2R0SA 4C66A 5KTWA 3TLPA 5L99A 5DW2A 4LYSA 4YYNA 5D3JA 2F6JA 4NR6A 5DLZA 2DATA 5F2PA 5ENIA 5FE8A 4J1PA 5L8UA 2I8NA 3O33A 5E9VA 2RNWA 4N4IA 4NR5A 2N9GA 4QSRA 2RNXA 5D7XA 5CQ7A 5FH7A 4IR5A 4MR3A 4LYIA 2E3KA 5DFDA 4A9OA 2GRCA 5FBXA 5TCMA 4CLBA 5DYXA 4QZSA 5HQ7A 4YBMA
chains in the Genus database with same CATH topology
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