5E4WA

Crystal structure of cpsrp43 chromodomains 2 and 3 in complex with the alb3 tail
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
DKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANLAGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Thioredoxin-1
publication title Structural basis for cpSRP43 chromodomain selectivity and dynamics in Alb3 insertase interaction.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli o157:h7
total genus 26
structure length 109
sequence length 109
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5e4wA00
1PQNA 1K0DA 3WGEA 3KTLA 4K2DA 4J56E 4V2LA 1K0AA 1WPIA 3IK9A 2J9HA 3D6IA 4I5QA 3FR3A 2LJKA 2FA4A 3G7JA 3UARA 4OMVA 5CAXA 1SJ6A 2N5BA 4HOJA 1OYJA 2YWMA 2EC4A 4IJIA 1EEMA 4EVMA 4MH3A 5DALB 3RAZA 3VWVA 2FLSA 1C72A 1GSUA 1YEXA 3KXOA 5IO2A 4MP4A 2OJLA 2YOIA 5J4UA 2GSTA 4CW9A 4PUAA 2B5XA 1JZRA 5A4VA 3ZVJD 3SWLA 1TKDB 2BJXA 3VPTA 3ERWA 4RI6A 1XW9A 3MSZA 4IP6A 4MF6A 3KJYA 1FAAA 1TOFA 3N5OA 1URMA 3HZ4A 4MK3A 4P3YB 4LL4B 4PGTA 3EMXA 2RM5A 3KMNA 2I81A 2WJUA 2XHFA 4PNGA 4N10A 2WRTA 1ERTA 2JACA 1X5CA 5IMDA 1WMJA 1SK1A 2L6CA 4JE1A 2V6KA 5C00A 2FD3A 1XOAA 2VLVA 2E2GA 5ECRB 1RQMA 3BJ5A 4TVEA 1BEDA 4EDZA 3UBLA 2GS3A 1FVKA 1EV4A 2A4VA 3HVVA 4JEDA 1DBYA 4ZBBA 3WGDA 4ZBAA 4MLYA 1TDIA 3LFLA 3Q19A 1A8YA 3L9UA 4GWRA 3EWLA 1V57A 4GSTA 2G2QA 3HJPA 2L4QA 3TOTA 1EGOA 4POBA 3DRNA 1XXUA 4TXOA 1EP8A 1GTBA 3CRTA 1H75A 1GP1A 3DEXA 5F0GA 4K0GA 1XVWA 5FWGA 3VLNA 4DSSA 2LSTA 1R5PA 4HU7A 2P5RA 3I69A 2F9SA 3ERGA 1F6MC 1JZDA 5D9WA 4O32A 1SK2A 3H4KA 1XCCA 2JU5A 3CRUA 1GWCA 5CRWA 1S3AA 2HZFA 2GLRA 4EUYA 8GSSA 2GZZA 2WFCA 3NZNA 3WGXA 3QAWA 2F51A 3TRPA 3P90A 2GTUA 2XPDA 14GSA 3GYKA 4OO4A 3KMOA 1DSBA 3L9VA 2XBQA 2DJ3A 5FHIA 1KNGA 3VI7A 2H75A 1NHYA 2O89A 2YZHA 5IMAA 2PMTA 2OBIA 2V1MA 5GSTA 1F3AA 3TKSC 3KH9A 1YEPA 4NXIA 2IMEA 1YDKA 3HDCA 2H19A 4X1UA 1T4ZA 3F3QA 5IIZA 5EL8A 2VCXA 1BJXA 2ZUPA 2TRXA 5IQYA 1PMTA 5ENUA 3Q6OA 4ILFA 4DSQA 2CX4A 2K18A 2LRTA 4KW6A 2RIIA 4K9ZA 2CZ2A 2MMZA 4ISDA 2AHEA 3H8QA 5DALA 4OFNA 4AJ8A 2A2RA 5AGYA 2FHEA 3F4RA 3Q18A 2V6OA 6GSVA 1SL0B 2AB6A 1SD9A 3CBUA 5J9BA 4ZL9A 3ZIJA 2H71A 4J2FA 4OFTA 1UC7A 4WF5A 1UVZA 2WDUA 3KCMA 2YPMA 4GF0A 2WS2A 4I8BA 4X0XA 3LSZA 4KDUA 3ZZXA 3WYWA 3UVTA 6GSSA 3M9JA 2LJAA 1W89A 3EVIA 5C04A 1VGLA 3ZMLA 9GSSA 5DJLA 1PX7A 2PPTA 2HE3A 3KD0A 3GKMA 4EKZA 4WBJA 3C73A 3FEUA 1TXXA 2H72A 3VPQA 1I9DA 1M2AA 1AQWA 4BVXA 4GSSA 5G2ZA 1V98A 2VM1A 1TTZA 1K0CA 5ECPB 5CP1A 4HZ4A 2HZEB 4EL1A 1NM3A 3US3A 1U3IA 4IHUA 4Q5QA 1AIUA 2GZYA 3KIJA 2OE1A 3L4NA 4V1Ap 1USBA 1ZCPA 1AQXA 20GSA 3K8NA 2HSYA 3O76A 1SK0A 3J7Yk 2H73A 1EWXA 1ML6A 3IV4A 1GNEA 1M9AA 1G0TA 2EIOA 2REMA 1A8LA 2ON5A 2ALBA 4KUNA 3IA1A 1F2EA 4ID0A 3PINA 2K8VA 2AYTA 1JLWA 3UVHA 2DMLA 5DBQA 4JZQA 4IP1A 1SKWB 4POKA 1PD21 3UBKA 4V2MA 1YQ1A 3FR6A 1OKDA 2TIRA 1F37A 2HI7A 4KB3A 3I6AA 5CYYA 1XWGA 2O8VB 2VLUA 1SD8A 4HDEA 3DKSA 3DVWA 3H1NA 4ZB6A 5KN1A 5IMFA 2CAIA 3IC4A 3IBHA 5HR0A 4CHSA 1XWBA 1VRSD 4KDYA 3LG6A 2C3NA 2P31A 3ZLPA 4PUFC 2LEGA 1YZXA 2XPEA 2E2MA 22GSA 3DXBA 2C0DA 1R4WA 1GSSA 2FGXA 1WOUA 3GKKA 3HVSA 4ZBDA 2OKAA 4HUAA 2IL3A 1TW9A 2YJ7A 13GSA 2ZNMA 4L0UA 1FB0A 2GGTA 2YCDA 4HU9A 4OD7A 3N9JA 2GSSA 3WD6A 1SJZA 1NSWA 1EOGA 4YQVA 2PN8A 2X8GA 3IR4A 5F07A 2HT9A 4HQZA 3GTUB 5IMZA 3D21A 1DE2A 2IJYA 2C1YA 5JCWA 1N8JA 4YQMA 1ZOFA 4Q5FA 4GXZA 4BWSA 1Y25A 3HVXA 3RDWA 3DMLA 1OVNA 5IO0A 1TI1A 3IRAA 1N2AA 4TR0A 2DJ1A 4GTUA 2M46A 3HJMA 18GSA 2O85A 3C1RA 1TRUA 2F8AA 1F3BA 1W4VA 4KCAA 2MMOA 5GSSA 3GH9A 1PGTA 4G2EA 2LQQA 4IS0A 1S3DA 4IBPA 4ULXA 3FY7A 7GSSA 1YKAA 4O7HA 1A2LA 4HEA2 1XIYA 2DSAA 4K7IA 1PX6A 2E7PA 2H6YA 1KEBA 4NHWA 2CA8A 4D73B 4MCUA 2VL2A 2H0GA 3NOFA 5ECHB 1AQVA 3UOMA 3O6TA 1G7EA 3IPZA 1QXHA 2HZEA 3U6VA 2C3QA 1EP7A 2DJJA 3QPMA 4IN0A 3VWUA 3KGKA 2B1LA 2VCWA 3F9UA 3A2XA 5IPGA 10GSA 2LNSA 2DJ2A 4XS1A 2VCQA 2WZ9A 4N0ZA 1GNWA 4OCFA 3GSTA 2IFQB 3FRCA 5DVBA 2MYGA 2V2GA 3EINA 1OC3A 2RM6A 3G7IA 3IDVA 2H01A 1GSYA 4XRAA 3GA4A 3A5WA 2VD1A 3A3TA 2RUFA 4TR3A 4V2NA 4ECCA 2YJHA 1SL2B 4XTSA 3UAPA 6GSXA 2VO4A 1TP9A 3AY8A 3QAGA 4ZIJA 2B5YA 4KDXA 1Q4JA 2AAWA 1AXDA 4BL7A 4PQHA 1XWKA 3FR9A 1A0RP 1A2MA 2YZUA 2B1KA 3HJOA 2LRCA 11GSA 1R5AA 4MJAA 2FUG2 1TRVA 3E0UA 2DLXA 4KGIA 4CDOA 4MJEA 3TKSE 5B6NA 4MJCA 3RBTA 4AF2A 2LRNA 4YAVA 5DCGA 3GRXA 4K0NA 2PVOC 3I43A 5AIXA 4Z7XA 2IMFA 3GN3A 1OC9B 4TOPA 1U6TA 3GTUA 4NAXA 1YF1A 1Z9HA 3PR8A 5ECMB 4MZCA 2LJRA 5B8BA 1YKCA 5FT3A 3D5JA 1AUCA 1V2AA 4WEYA 1WWJA 5EPFA 4XIHA 1R7HA 3ISOA 2VCTA 3TCOA 2H70A 19GSA 1G7OA 1AW9A 2HSHA 2V32A 3FKFA 3P8WA 3EURA 5ELAA 4TN8A 3HY2A 1JLVA 6GSTA 4V1Ag 3ZVJA 3O3TA 3QFBC 2F8FA 4BA7A 5LNKe 2QGVA 2DC5A 4N0VA 3C71A 2YV9A 3M9KA 4GLTA 3CMIA 4PQ1A 3UEMA 5HR2A 2GSQA 3S9FA 4KE3A 5A4UA 2H1AA 1XW5A 4RQRA 4DVCA 5G5EA 4ML1A 3MAKA 4D73A 2BMXA 3QOUA 5J41A 3HCZA 2R5GA 2VLTA 4F03A 1PKZA 4QQ7A 6GSUA 2L4CA 3DWVA 2AUVA 5CNWA 4MZWA 3FK8A 1A23A 1NW2A 3H79A 5LCZA 5CO3A 1F9MA 3LGCA 2AV4A 4K7NA 3TDGA 1PSQA 4F0CA 4NHZA 2IFQA 1T3BA 5DJMA 3BCIA 1T8EB 5D93A 1ILOA 5G5FA 3GL5A 2B5EA 3EYTA 3M1GA 1A24A 2TRCP 4O92A 1TRWA 1ZYQB 1ZL9A 2DJKA 2CT6A 1V40A 1O8WA 3M0FA 3F8UA 3FZ9A 1M0UA 4MPFA 3ZREA 2MBTA 4NV2A 2LV3A 1AC1A 3GIXA 3VI5A 2OADA 3QFAC 2KP2A 1GRXA 4KX4A 2YWOA 2E0QA 4AJ6A 4ZB9A 3GX0A 5E4WA 3FW2A 3UIWA 3BOAA 5DQYA 2OE0A 2JSYA 2LNTA 5ECKB 4GQFA 3LORA 4K6XA 5ECSA 2WCIA 2VD0A 3ZFLA 2PVQA 3IOSA 3HHVA 3CSJA 1O73A 2X64A 2H30A 4FYUA 2H76A 2GT5A 5ABRA 2FWEA 2B7JA 1TK5B 2H1BA 3EMPA 1SYXA 1FOVA 4N11A 2GQLA 1BYEA 1O6JA 1OC9A 5A4WA 4AJ7A 4FYCA 2K8SA 2H66A 2WGRA 2NDOA 1HNBA 1FB6A 3ZFBA 4EXJA 4L5OA 4TW5A 1T00A 2CV4A 3ME7A 1H4OA 4TXVA 3H93A 3GFKA 5IPHA 2L59A 5G1LA 4MF5A 2G0FA 2M72A 4KH7A 2DJ0A 2WULA 2GT6A 2Z9SA 3TRXA 1U88A 4ZXGA 1U87A 2QKEA 2H0HA 3D0ZA 3TJKA 4F82A 2IMIA 3F4SA 3KM6A 3P7XA 2C3TA 5GAND 2VM2A 1WP0A 2R6KA 3TOUA 4G19A 4IQ1A 5ECQB 3BCKA 2EIRA 1JHBA 1HQOA 2FCHA 1TK0B 2K6VA 4HZ2A 2CAQA 4K8MA 3F0IA 5D8IA 1VF3A 4IVFA 4Q5RA 1SKSB 3L78A 4KAEA 1FHEA 3CXGA 1LU4A 5F05A 3C8EA 3APOA 1GUMA 5KN3A 1SENA 1ERWA 3ZL5A 3VWWA 2R4VA 2YWIA 2P5QA 2VL3A 4DEJA 1YJ6A 1B9YC 1WRYA 1NHOA 5ECNB 2DBCA 2GQMA 4MH2A 1J08A 1GSDA 2GDRA 3MDKA 3KH7A 4FYBA 3ZIVA 1M99A 1M9BA 3GMFA 1GSQA 2JADA 2L6DA 1IYHA 1EEJA 3E9JB 1J0FA 1QMVA 1OKTA 5G31A 2VIMA 1O7UA 4RQXA 3TJBA 2H74A 4LMVA 4TR1B 4RUVA 1TK8B 4K1FA 1ACVA 2FA8A 5INYA 4L8EA 1KBNA 2NPBA 4IJ3A 1OC8A 3A2WA 4BVYA 2VL9A 1MDJA 2IMKA 3TJFA 3D22A 4IQAA 4MPGA 2VOCA 4EF0A 2VL2C 2YNXA 3PGTA 2C0GA 3ZYWA 1Z6NA 4XHMA 3ED3A 5A5KA 1GSEA 1M7TA 4ECBA 4MA9A 4LA1A 2O87A 3DIEA 1B48A 2YV7A 4IW9A 3CTGA 4WXTA 3HKRA 5H5RA 4ZILA 17GSA 4JRRA 3GNJA 2R2JA 1ERVA 1Z6MA 3GSSA 1GLPA 2CQ9A 2HLSA 4I2UA 3V1WA 3GX8A 5HR1A 1PL1A 1T4YA 4MF7A 3IXRA 5ID2B 1K0MA 1J9BA 4N30A 1TRSA 4KA0A 3MNGA 4TXOB 3VK9A 2JZSA 1BX9A 3LXTA 4JR6A 2JSZA 4WR4A 1PKWA 5ECOB 2YP6A 5D9XA 3RHCA 3F4TA 2VAFA 4PNFA 3TUEA 4HS1A 4X43A 5DDLA 4TR4A 3W8JA 5B8AA 3TJGA 3IHQA 2VCVA 5E59A 5ELGA 3ZRDA 5B6MA 2PERA 2FY6A 4XCSA 2KP1A 2AJQB 4AGSA 1Z7PA 1BAYA 3KZQA 5JWOB 4POMA 1PRXA 3UMAA 2HRNA 5ECLB 3PH9A 1G6WA 2OA7A 2QC7A 2ON7A 1X5DA 1JFUA 3CYNA 5CRHA 1ERUA 1CQGA 1QUWA 4ZL8A 1B9XC 2KUCA 1XFLA 4EE0A 1RW1A 16GSA 4F2IA 1XPVA 1MDIA 4LMWA 3WT2A 2C8UA 1VF4A 1XZOA 2CZ3A 4K7OA 5J5NA 2H8LA 2HRFA 1FVJA 4QL7A 2NBSA 2JZTA 5D9VA 1X5EA 3F3RA 2OACA 2NTOA 5AIVA 3RPPA 1HNAA 4YQUA 2NVLA 3FZAA 2CVKA 4F9ZA 1M2DA 1K0BA 2LUSA 1SYRA 4TR1A 4WKWA 4QL9A 2H1GA 2R3XA 4FIWA 3CSHA 2KOKA 4MZBA 1TU8A 2FWGA 2B6MA 2YN1A 1K0OA 3QAVA 3M8NA 1VF1A 1HYUA 3LYPA 1Z3EA 3BBYA 1EZKA 3G7YA 4XS4B 5IOXA 1FO5A 2CVBA 1GSFA 1THOA 2L5OA 4ECIA 4NPBA 5KN0A 3LWAA 3GHAA 5H5SA 2CX3A 3G9BA 3W6GA 1K3OA 2IMDA 1QGVA 2MBSA 4NV5A 2BTOT 1DE1A 3CTFA 5D9TA 5IMVA 3FZ4A 1BQ7A 3TJJA 1WJKA 2XC2A 3HA9A 2WB9A 4XRDA 4MABA 3LYKA 3ERFA 1QFNA 2IPAA 1CQHA 3FZ5A 5ID2A 1ZZYA 1B4PA 3ZMKA 3GKXA 4OO5A 3F63A 4GCIA 2LQOA 4PX1A 1XVQA 4IKHA 1JZWA 2X8HA 1TU7A 1PA3A 4NWYA 3GV1A 2C0EA 1QK8A 2VCZA 1IYIA 2GQKA 3JCML 2I9HA 2CVDA 1GLQA 12GSA 3TRQA 3QDNA 1O81A 2IIYA 3U5RE 3CSIA 1E2YA 2RLIA 1EV9A 3I9V2 4GSNA 2XBIA 2H0IA 1MD3A 2PUKC 2H1DA 1SU9A 2RUEA 4HI7A 5H5QA 3TKQA 2J23A 2DMMA 1EGRA 1M2BA 1LJRA 3UL3A 4I97A 1MDKA 3KTBA 3DGQA 2KHPA 3BD2A 4EC0A 3LJRA 4ECJA 5GAPD 2DIZA 2PGTA 3GH6A 3RPNA 3OR5A 2IN3A 3HZ8A 1UA5A 1K3LA 4JR4A 4ZL7A 5HFGA 1V58A 1K0NA 1YF0A 5DQSA 5F06A 5HFIA 5G30A 4FO5A 4OWYA 2H6XA 3TGZA 4GRFA 2JL4A 2A2SA 3D4TA 5L71A 5KN2A 4JBBA 1Q98A 2I4AA 2YWNA 3SBCA 1ON4A 3FYGA 4KNDA 4E8EA 3EU3A 3DYRA 3MWHA 2X8CA 5LD0A 3UJ1A 2EIQA 3R2QA 1WE0A 2C4JA 2QSIA 2HXKA 3KP9A 1KTEA 3DD3A 3HD5A 2GSRA 5J9CA 3M3MA 3VFIA 5AISA 4PXOA 3TKSA 4TKYA 2FNOA 2PWJA 2O7KA 2I3YA 3F6DA 2FWFA 1XWAA 3A2VA 4NMUA 3APSA 2KLXA 1X9SB 1Z7RA 1SL1B 4O5RA 5DCHA 4EDYA 4XS4A 3ZTLA 4WBRD 2PU9C 1PL2A 1QQ2A 4OFMA 1ST9A 3VWXA 3GURA 1A2JA 3F6FA 1MD4A 2MZCA 5B7CA 2L57A 4G9HA 1HNCA 2F3MA 2L5LA 1X0RA 5GZZB 5IMCA 1AAZA 5DAKB 2MMNA 4H86A 1T1VA 4MMMA 4BPYA 1K3YA 4WF4A 1GULA 4I6XA 4IGJA 3KEBA 1I5GA 4IELA 3LQ7A 5EVOA 2N5AA 1O8XA 4EO3A 5JCUA 4PQIA 4OCEA 1Y6EA 5IM9A 5D96A 1E6BA 3D4MA 1SKRB 4GQCA 1PN9A 1S3CA 2P0GA 5G1KA 4E8HA 2R37A 1GTUA 2V41A 4J57E 1B8XA 1THXA 2I1UA 4FH8A 5F8BA 1ZGNA 1XWCA 1OE7A 4WR5A 3E3EA 1MTCA 2B3SA 4KCEA 3KP8A 3QCPA 2FWHA 6GSWA 5J3RA 1T7PB 2HYXA 4JU5A 2GVPA 3HXSA 3WT1A 1X9WB 3L0HA 4ACSA 4L5LA 5HR3A 2VUPA 4ML6A 1G6YA 4LLRA 2JZRA 2C80A 3W8SA 5KEJA 1VF2A 2H6ZA 3EC3A 1V9WA 1GH2A 4PURA 4MDCA 1LBKA 4MJBA 3APQA 4XS6A 3L9SA 3QR6A 4BWQA 5IOWA 1GL8A 4LL1B 3IAM2 4YAPA 4HJMA 3LEFA 2MMAA 1GUKA 2HNLA 1XW6A 4WETA 1ZYEA 3DVXA 3IE3A 2PBJA 1TJDA 4KSMA 2ES7A 2X99A 2OBKA 2LTKA 2M80A 4F0BA 1X9MB 1HD2A 5JWQB 3LXZA 1YY7A 3VURA 6GSYA 4KSOA 3TB2A 5HQPA 2IWTA 3J7Yb 3GKNA 1SJIA 5ECIB 2OE3A 2LS5A 5HFKA 1JZOA 3ME8A 4DSRA 1XBSA 1BG5A 2HFDA 3ZITA 5JWRB 1EOHA 1GTIA 4YH2A 1FG4A 1FW1A 4L0WA 1DUGA 3EE2A 1ABAA 4HJ2A 3GL3A 4HQSA 5CRDA 1U3AA 4POLA 5COHA 3P2AA 5AN1A 3IAS2 5EY6A 5JCGA 3TKPA 3TKRA 4DSSB 1A0FA 1ZMAA 2K9FA 3IK7A 2D2ZA 5DAKA 3RHBA 5D73A 3Q74A 4I2TA 5CREA 1GTAA 1Z5YE 2N5FA 3FHKA 1O85A 1GUHA 2B7KA 1OAZA 5CRGA 3QD9A 4ZB8A 2ZCTA 3C7MA 3HYPA 1WIKA 1TI3A 1MEKA 1R26A 3NIVA 4RI7A 3QMXA 3EU4A 2LKUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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