5E5KA

Joint x-ray/neutron structure of hiv-1 protease triple mutant (v32i,i47v,v82i) with darunavir at ph 4.3
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Long-Range Electrostatics-Induced Two-Proton Transfer Captured by Neutron Crystallography in an Enzyme Catalytic Site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 group m subtype b
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5e5kA00
1PPKE 1BDRA 2WF4A 5P8FA 3EL5A 1ODYA 3JVYA 5E5JA 2G24A 2QHYA 4MC2A 3GI5A 1A30A 5P1MA 4LC7A 3LITA 4APEA 1BV7A 5P2EA 5P0LA 3VLBA 5P85A 3OTYA 5P5HA 4FM6A 5HCTA 3KDDA 2BPYA 3HDKA 2RENA 2G27A 3TOHA 1YX9A 1AVFA 3CIDA 3OUCA 4Y35A 2OHKA 3ZKMA 5P1GA 2BQVA 1HEGE 2J9JB 3BXSA 3KFPA 3S43B 3LIQA 4Y5PA 3CKTA 3SA9A 1B5FA 1GVVA 5P4MA 4Y36A 5P8QA 4N00A 5P7MA 5P0BA 3ZLQA 4R5NA 3RTMA 4YDFA 1MVPA 2AZCA 3OWNA 4Y3EA 2VA5A 5P1HA 5P6JA 3S2OA 3IN4A 5P0HA 3NU3A 4L7GA 3VSWA 4Y9WA 5P89A 3NUOA 2IGYA 2HB3A 3QRVA 1G6LA 2A4FA 1K6VA 4FAFA 2QHZA 5P7KA 2AOEA 2O40A 5OYXA 3PSUA 4EJDA 5AHAA 1APTE 2B7ZA 2G69A 1TZSA 1BVEA 3WZ8A 3NWQA 1PROA 2V11C 4I0GA 2PSGA 2QI5A 1MESA 1UPJA 4Y3PA 3WB5A 3ZKXA 1DPJA 3TL9A 4Z22A 3SA7A 2J9JA 2NTRA 5P51A 3S43A 4GJCA 2O4NA 1FMXA 4Y3DA 1EC0A 2BKSA 1MSNA 4CPTA 4EYRA 1NPVA 1APWE 5P7ZA 3UCBA 3SO9A 4CPSA 1KJ7A 4FM7A 4DJQA 5HDXA 5P06A 4DJWA 4B77A 4WY1A 1W5YA 3EM3A 3HBOA 4GJ7A 1FMBA 1YTHA 4LHHA 5P36A 3L5EA 3PHVA 3BXRA 4JECA 5P0IA 4Y5GA 1HVJA 5P4OA 3FNUA 1AM5A 2JJIA 2FDPA 1OHRA 4QJAA 5P09A 3UDMA 4DFGA 4DJVA 5DGUA 5P4JA 5JG1A 4YD4A 5P84A 5IVQA 3KMXA 2QI3A 1FEJC 5P5XA 2ANLA 5DGWA 1HPXA 2AIDA 3APPA 4RYGA 4I1CA 4Y43A 4J55A 5P6EA 3OOZA 1PSNA 1BVGA 3GGVA 5P0EA 3ZPSA 2NNPA 4YA8A 1VIJA 4QJ6A 3BGBA 5KR8A 5P18A 4F74A 3O9IA 5OZRA 3EKQA 2HPFA 5AH6A 5P0OA 2OF0A 4J1EA 5OZ5A 5P02A 2NXLA 3SLZA 5P6NA 4APRE 5P03A 1MEUA 1VIKA 1YTGA 5OZAA 5OZ0A 3OADB 5P7BA 4JPCA 1FKNA 3BHEA 3L5DA 4H3JA 5P7IA 3EKXA 1EC3A 4L1AB 1UH9A 1META 4HDFA 4QGIA 2FXDA 1KJHA 1C6YA 4NJSA 3ZKQA 5P6XA 3L5FA 1ZP8A 1T7JA 5P3YA 4Y51A 4PZWA 5P42A 1QBRA 5P6PA 5P8GA 4Y4BA 5F00A 1W6HA 5P25A 3Q3TA 4I8WA 1WBMA 4FLGA 5ENMA 2WHHA 5P4FA 2F80A 2HB4A 5P8NA 5KQXA 5OZHA 5P1EA 4K4RA 4Y5AA 5BS4A 3VSXA 1MTRA 5P2YA 5P5TA 4XX3A 2APRA 3OADA 1XDHA 3HZCA 4GJ5A 4K4QA 4YD5A 1D4KA 4DQCA 3PSYA 4YCKA 5HVPA 1GKTA 3Q6YA 2V13A 4FIVA 4L1AA 5P80A 5P8HA 3KFRA 4Y3ZA 4R92A 5P38A 3S54A 5HDZA 5OZFA 1GNMA 4LL3A 4GJDA 3UDQA 3I2LA 2PC0A 3QVIA 4Y41A 4Y3TA 1MUIA 1IDBA 6APRE 3L3AA 2G1NA 4GJAA 4NJVA 5KQFA 5P8LA 4FRSA 4Y4GA 5P8UA 4AUCA 4KUPA 4Y44A 4YCTA 3VF3A 5HE5A 2QU3A 5P27A 1GNOA 2AQUA 3LHGA 3DM6A 3K5FA 5P0FA 5P0SA 2EWYA 3PEPA 4OBGA 4I0FA 3PBDA 5AH7A 1ZPKA 4DUSA 1QBSA 2CEJA 3TPJA 2ASIA 2BPZA 5P8TA 5P0NA 3URIA 3R1GB 4DH6A 1B6JA 5P4GA 4ACXA 2QMFA 1MT8A 5P4TA 4J0TA 5KR1A 1LYWB 3F9QA 5P1IA 1FFFC 5P7LA 5P05A 1K1TA 4J54A 2G94A 2JYSA 3SA5A 5P6QA 1OEWA 3L58A 3KM4A 4RZ1A 3SAAA 3VV6A 3MXEA 4J1CA 5P08A 4BFDA 1T7KA 4YD6A 2AOGA 1HXBA 3VV7A 5CONA 2NNKA 1FIVA 2AVSA 5P0TA 1D4LA 5P0KA 3QRMA 4HEGA 4ZPGA 1BXQA 5IE1A 1LF2A 5HE4A 5BRYA 4FRKA 4PEPA 1LYAB 2WF0A 3SPKA 3T6IA 1XN2A 3UDNA 2Q54A 5P3PA 1KZKA 1E5OE 5P60A 3BUGA 1HVIA 3ER3E 5DR1A 1YT9A 2ZJJA 3OTSA 2AOFA 5OZ3A 5P7QA 5OZZA 5P47A 5P8IA 3O9HA 2WEBA 2JE4A 3NLSA 4IVSA 5P7AA 2QP8A 2P3CA 3NSHA 5P5SA 3L59A 3KT2A 1LYWA 1MT7A 1ZJ7A 3VUCA 4EHCA 2QI1A 4Y4ZA 4B05A 2QZXA 4J5JA 3ECGA 2AOHA 3RSXA 1ZAPA 2G20A 4HDBA 1IZIA 5P1VA 1DW6C 1F7AA 4ZLSA 3CICA 5P5WA 4Y3HA 4Y4XA 5P1LA 3LZUA 3O9GA 4GJ8A 5ISKA 2J9KA 5P1UA 3K5GA 3CYXA 5T4SA 2PYMA 1WBKA 1HWRA 1LYAA 3UF3A 6UPJA 3PVKA 1TQFA 2OAHA 5COPA 1FG6C 5P39A 3UDJA 2ZDZA 4FCOA 4I0IA 5P8JA 5P79A 3VYDA 1YG9A 3UQRA 1HIIA 1ZSRA 4Y5KA 3ZMGA 2A1EA 2R38A 2QI4A 4Z4XA 3KYRA 3APRE 3T3CA 1PFZA 5P6WA 4Y4AA 4A4QA 3I8WA 5DQ1A 1BILA 3RTNA 5P7YA 1B6PA 9HVPA 5OZ6A 4BELA 5P5BA 2P4JA 2PQZA 3TOGA 3AIDA 2ZHUA 5P7VA 5P5DA 4DJXA 3PRSA 1BWBA 3PGIA 5P1FA 5P3FA 1U8GA 2IL2A 5P3EA 1G35A 4CPUA 3D1ZA 3QP0A 1IZHA 3BVBA 3LIYA 5HDVA 2Z54A 5P2MA 2R3WA 4FSLA 3AUPA 1FQXA 3TKGA 4DI2A 1HSHA 5FIVA 4ZSRA 5P14A 5P69A 5P0CA 5OZUA 5P54A 1BIMA 3OHFA 3FSMA 2AOCA 2HIZA 3OQAA 4PYVA 4EJKA 3EM6A 5P3WA 4J1HA 3T7QA 4RYCA 1AXAA 5DPZA 2Q63A 3ER5E 5P71A 1GVWA 1EC1A 2PH8A 3UQXA 5P0PA 3IN3A 1SDTA 5P75A 3OK9A 5OZLA 2IDWA 1HHPA 4EXHA 4D89A 3TPPA 1QBTA 4Y3RA 4K4PA 3HVPA 1SBGA 4Z50A 5P44A 3LINA 1LV1A 2V0ZC 3GI6A 5P2UA 4KE0A 2XFIA 5HD0A 5OZPA 2VJ6A 5P2LA 2ZHTA 3PWMA 1RNEA 1PSAA 4J0ZA 5P4BA 1XL2A 3ZOVA 3IVHA 5AH9A 5P2VA 4H1EA 5P00A 1FQ8A 2CEMA 4I0DA 5P4SA 1OD1A 1A8GA 5P2GA 5P5JA 5ISJA 5J25A 5P0GA 5P1NA 1HVCA 2ZE1A 1T6GA 5P62A 5P7EA 3D3TA 5P5QA 5P1QA 5HU1A 4QJ9A 4I0JA 3KN0A 2QAKA 2F3EA 3QAAA 2QI6A 1FQ5A 2VA6A 3O9LB 2O4KA 2WF1A 5HTZA 4EJLA 1GVTA 1M4HA 4R8YA 1IBQA 1SIVA 1YM4A 4R91A 5DR8A 4FAEA 3SKGA 2RMPA 4UPJA 5P82A 4EXGA 5P01A 2IKUA 3UQPA 5P2TA 1HPSA 2FNTA 5I3VA 4J1IA 1EPRE 5P3AA 5P7UA 3GGXA 2UY0A 2VIEA 4YOAA 4E43A 1F34A 4D85A 3FKTA 1HTFA 3EBZA 2V12C 5P2JA 3A2OA 1DMPA 5P4KA 2OHQA 3TTPA 3K5CA 3IXKA 2WL0A 2NR6A 4ZSPA 1GNNA 2XFKA 4TRYA 3MXDA 5P16A 4Y57A 3ZPTA 3O9DA 4CMSA 5DQCA 5P43A 3MSLA 5P04A 5P61A 1MERA 2OHSA 1BV9A 5P7TA 1HPOA 1XE6A 1ZBGA 1N49A 4RVJA 3TKWA 5P6DA 5P7GA 1LS5A 2I0DA 1FQ7A 3O9LA 4GIDA 5AH8A 1FGCC 1Z8CA 5SY3A 4Y3WA 1W51A 4S1GA 4WY6A 3ZKGA 4DPFA 2H6TA 3VYFA 2RKFA 2V16C 5P3GA 1NH0A 2MIPA 5OZ9A 4Y3QA 3IXJA 2HM1A 4BEKA 4B70A 2ZJNA 3FIVA 4XX4A 2QHCA 3I7EA 4LAPA 5P88A 4RVXA 1SGUA 5P5PA 5SZ9A 5P4CA 5P3KA 4YBIA 4CKUA 3KFNA 1W5XA 5OZ8A 2RSPA 2VS2A 5P5VA 2G22A 5P5OA 3GW5A 5I70A 3PCWA 2Q64A 5P83A 4GJ9A 3O99A 4H3GA 5P73A 5P68A 5P6FA 1QBUA 3K4VA 1CPIA 5P1DA 1LZQA 5P1WA 2ZGAA 4BFBA 5KQZA 3G6ZA 5P2CA 5OZCA 4EP2A 1APVE 4LXKA 2G1RA 4JP9A 3SFCA 4Y39A 3OU3A 3FNSA 5P8RA 1LF4A 3RSVA 5P37A 4JPEA 2P3AA 2AVVA 3ZPUA 5P6BA 1IVPA 3LNKA 4HE9A 1EBZA 3EMYA 2Q3KA 5P6SA 3IAWA 5E5KA 5P2KA 4J17A 5P23A 5JFPA 2V00A 2PK5A 4LP9A 4Y6MA 5P3MA 3EKTA 3OU1A 4IVTA 1HEFE 2FDEA 4RCDA 5P3SA 5P5MA 3EKPA 3TLHA 2HS1A 2WEDA 2F3FA 3LZSA 4OD9B 5P46A 3H5BA 1UH7A 4DQFA 4D8CA 2ZJMA 3UDYA 3NDXA 5OZMA 4Y56A 4Q5MA 3SKFA 4ACUA 5SY2A 3BVAA 3K4VC 2PWCA 4FRIA 4LBTA 1LF3A 5OZGA 4YE3A 3OOTA 5P40A 2HC0A 2VA7A 4R93A 3NXNA 4LXMA 4DQEA 1AJVA 3TPRA 5ER1E 1GVXA 4NJUA 4NKKA 2UPJA 4TRZA 4Y58A 4PZXA 3LIVA 5KOQA 3PWWA 3VFBA 1D4SA 3LPIA 3G70A 5AHCA 4Y4JA 1B6MA 4FL8A 2VIYA 3T11A 2ZYEA 5P1AA 3OUBA 4Y4WA 4Q1WA 1ME6A 5P0WA 2WF2A 5COKA 2BBBA 2R9BA 5P7JA 1SMRA 5P4DA 3OXVA 5P3OA 4OD9A 5P48A 5P0ZA 4A6CA 2P8HA 4KE1A 4ZSQA 2NMZA 1M43A 2HS2A 2ER7E 4L7HA 5P6KA 5DR3A 5P4NA 5KOSA 1Z1RA 4Y3NA 2F3KA 2R3TA 3DOXA 5TOLA 2R5PA 4DQGA 2I4QA 3BUHA 2I4VA 3FX5A 4FRJA 5P6ZA 4Y3XA 3M9FA 2AODA 3D1YA 3EM4A 1NPWA 3U71A 3OQDA 2Q11A 4Z2ZA 1FB7A 1KJGA 5P0VA 2G21A 3K5DA 2P3DA 4I10A 5P8VA 3NU6A 5EZZA 2NXMA 1GVUA 1DAZC 3KA2A 4B00A 3KFSA 4FM8A 5KQYA 1EAGA 2WECA 5P1YA 2FNSA 4ER2E 3L38A 4RRSA 1W5VA 3UDPA 3NWXA 1OEXA 3VCMA 2P3BB 5OZKA 5P6UA 5P3UA 5P2WA 3UDHA 2VIJA 5HCOA 3D1XA 4I0EA 3URJA 5P2SA 5ER2E 5P2DA 1D4JA 4QLHA 3U7SA 2BB9A 2OHMA 2WKZA 1E81E 5P7SA 4EQ0A 1B6KA 5P8BA 3O9CA 5PEPA 4EP3A 5B18A 1RV7A 2NMYA 3INEA 5P5AA 4HLAA 4B1CA 5P2OA 4DQHA 4AA8A 4D83A 1D4IA 4I12A 3VF5A 2PK6A 1FLHA 3MSKA 4TVHA 3PI5A 3HAUA 5KR0A 2JXRA 5KR2A 4Y5EA 3OAGB 1RPIA 1EBYA 4COEA 2P3BA 3INDA 3QVCA 5P66A 3VLAA 3DUYA 5P5KA 4WTUA 3SQFA 3UHLA 3DV1A 5JODA 1DP5A 3S8IA 3H0BA 3R2FA 4NJTA 4DVFA 2QZLA 1A9MA 2FGUA 2BJUA 3INHA 3FNTA 5P6HA 3TH9A 1BDLA 2ZJIA 5EZXA 1C70A 1BDQA 4U7VA 3SACA 5KAOA 1E80E 1K1UA 2B42A 1EPNE 2ZHRA 4DV9A 1MTBA 4OBJA 1HVLA 4DJUA 4MC9A 5P5IA 4TVGA 5P6IA 5OZYA 3WZ7A 5P2QA 5P5GA 4RVIA 3T7PA 1NSOA 2BPVA 2ER0E 3OXCA 1EEDP 3OAGA 5OZNA 5JFUA 5P7PA 4AA9A 4F75A 1K2BA 3ZKIA 4EWOA 5HDUA 2Q5KA 5P4UA 5AHBA 5P3QA 2QZKA 5DR4A 5P57A 2UXZA 1K2CA 5P17A 5P49A 5P8SA 4EJ8A 3NDUA 1UH8A 1AAQA 3DCKA 5OZIA 4YDGA 5P5LA 3KT5A 5P34A 5OZ4A 3QRSA 5OYSA 3MWSA 2QNNA 5P45A 3LIZA 1HSGA 1C6ZA 5OZOA 3B80A 5P0DA 3NR6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PPK E;  1BDR A;  2WF4 A;  5P8F A;  3EL5 A;  1ODY A;  3JVY A;  5E5J A;  2G24 A;  2QHY A;  4MC2 A;  3GI5 A;  1A30 A;  5P1M A;  4LC7 A;  3LIT A;  4APE A;  1BV7 A;  5P2E A;  5P0L A;  3VLB A;  5P85 A;  3OTY A;  5P5H A;  4FM6 A;  5HCT A;  3KDD A;  2BPY A;  3HDK A;  2REN A;  2G27 A;  3TOH A;  1YX9 A;  1AVF A;  3CID A;  3OUC A;  4Y35 A;  2OHK A;  3ZKM A;  5P1G A;  2BQV A;  1HEG E;  2J9J B;  3BXS A;  3KFP A;  3S43 B;  3LIQ A;  4Y5P A;  3CKT A;  3SA9 A;  1B5F A;  1GVV A;  5P4M A;  4Y36 A;  5P8Q A;  4N00 A;  5P7M A;  5P0B A;  3ZLQ A;  4R5N A;  3RTM A;  4YDF A;  1MVP A;  2AZC A;  3OWN A;  4Y3E A;  2VA5 A;  5P1H A;  5P6J A;  3S2O A;  3IN4 A;  5P0H A;  3NU3 A;  4L7G A;  3VSW A;  4Y9W A;  5P89 A;  3NUO A;  2IGY A;  2HB3 A;  3QRV A;  1G6L A;  2A4F A;  1K6V A;  4FAF A;  2QHZ A;  5P7K A;  2AOE A;  2O40 A;  5OYX A;  3PSU A;  4EJD A;  5AHA A;  1APT E;  2B7Z A;  2G69 A;  1TZS A;  1BVE A;  3WZ8 A;  3NWQ A;  1PRO A;  2V11 C;  4I0G A;  2PSG A;  2QI5 A;  1MES A;  1UPJ A;  4Y3P A;  3WB5 A;  3ZKX A;  1DPJ A;  3TL9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HPV A;  5P5Z A;  5P4X A;  1MPP A;  4J0V A;  3LPK A;  4Y4E A;  5P26 A;  1B11 A;  4Y4D A;  5P5E A;  5P3T A;  3S56 A;  1D4Y A;  5P0R A;  1A8K A;  1XN3 A;  2V10 C;  3NDT A;  4J1F A;  3T7X A;  3URL A;  3PM4 A;  1MRW A;  5P87 A;  4ZSM A;  5P5F A;  5P3R A;  3S7L A;  2WEA A;  4YBF A;  1TCX A;  5P8C A;  3DV5 A;  5HE7 A;  5P86 A;  4K8S A;  1LYB B;  3NU5 A;  4AMT A;  3JVW A;  1HXW A;  5P8D A;  1ODW A;  1Q9P A;  5P33 A;  3VF7 A;  2F81 A;  3GGU A;  5C9B A;  1YTI A;  3R4B A;  5P4Y A;  5P50 A;  3QRO A;  5P1K A;  3Q70 A;  3OQK A;  2NXD A;  4YOB A;  2R8N A;  4LXA A;  4B78 A;  5OZQ A;  5P72 A;  4OBD A;  5P2H A;  7UPJ A;  1EPM E;  1MSM A;  4ZPF A;  3HW1 A;  3OUD B;  5P65 A;  2VJ9 A;  2CEN A;  1MT9 A;  2SAM A;  2Q15 A;  1NPA A;  5OYV A;  3TOF A;  3L5B A;  3OGP A;  5P5N A;  3OQ7 A;  4B1D A;  5P10 A;  5P63 A;  1LYB A;  4CPW A;  5SXN A;  2XYE A;  5P0J A;  3HLO A;  1FMU A;  4B72 A;  3CIB A;  2AZ8 A;  4ZEA A;  5P78 A;  1IIQ A;  1LEE A;  3EL9 A;  5P3V A;  2PMA A;  4QJ7 A;  2FXE A;  2O4P A;  4AZY A;  4CPR A;  5I3Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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