The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Macromolecular diffractive imaging using imperfect crystals.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| total genus |
24
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-10-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3A0H Z; 5GTI Z; 4IL6 Z; 4UB8 Z; 4UB6 Z; 5B66 Z; 3WU2 Z; 3A0B Z; 4PJ0 Z; 5H2F Z; 2AXT Z; 1S5L Z; 3KZI Z; 5B5E Z; 5E79 Z; 5GTH Z; 5KAF Z; 5TIS Z; 5KAI Z; 3JCU Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 5LA6 A; 3CE2 A; 4UB8 Z; 4I0X B; 2W6I G; 4HNA B; 5IY5 C; 2E3C A; 2XAS A; 1RPR A; 3CJH A; 3F7V C; 3VQX A; 1CP9 A; 1CPY A; 3JAK A; 4LCU C; 5GON B; 1BT8 A; 3MHS C; 4ZOL A; 5IJ9 A; 4X65 B; 1JA8 A; 2Q5Z A; 5EIB D; 3TXQ A; 3RBZ A; 4X8A A; 1K8A W; 1EZJ A; 1VF6 C; 1TVK B; 3VQW A; 3CC2 V; 4B3R B; 1SRY A; 3G67 A; 2Y48 A; 2LO1 A; 1S72 V; 4BIU A; 4F4L A; 2DW4 A; 3WB2 A; 3K5M A; 1BHB A; 2ETN A; 3E86 A; 1QLE C; 4UCV A; 1DLB A; 3ZN1 A; 3ETD A; 3CCL V; 2ZNI A; 1WA8 B; 1Y76 B; 4LF9 B; 1AJP A; 1WLE A; 1CEZ A; 3GWK C; 3ZRV A; 3ETQ A; 5B1O A; 3O65 A; 3O9O A; 1N32 O; 2AZ0 A; 3ZJZ A; 4QIW F; 5B3S B; 2IU3 A; 1WPB A; 2FTK A; 5L3E A; 2HVK C; 2QA4 V; 4JI2 B; 3E35 A; 4RAI A; 1JR9 A; 1D5N A; 4FFB B; 1FXV A; 2RNB A; 3EHB B; 3KG2 A; 5FNV B; 4OX9 B; 1V55 C; 4DK0 A; 4I55 A; 4FIP C; 3CCU V; 2YXL A; 2AHZ A; 4DR5 O; 5EBL C; 4B3S B; 4BIZ A; 4EFE A; 3ABM B; 2IM9 A; 4PI0 A; 4X20 A; 3AEI A; 2BOB C; 1XMQ O; 2ZDI C; 1Q6H A; 3K58 A; 2A79 B; 1Q90 D; 2WLI B; 4ZHQ B; 3C90 A; 2ZE6 A; 4XDK A; 1K5S A; 2JRI A; 1MSD A; 3BY6 A; 3OTO B; 4DV6 B; 1IBL O; 4G2K A; 1K33 A; 3OD4 A; 2B1G A; 3E8G A; 5D5Q A; 4X1Y B; 4ZBM A; 4TV9 B; 4PV1 B; 5LYJ B; 1RM1 C; 1BL8 A; 1KKC A; 4RWU A; 2LJ2 A; 1FFX B; 1SQV H; 2QKA A; 2KQX A; 1WN7 A; 4DV4 B; 3D3I A; 1GKF A; 3UQ8 A; 1MOF A; 4DR6 O; 4KHP O; 1AI5 A; 2A9H A; 1YEW A; 4PDR A; 3JAR B; 1IUR A; 1GTO A; 2P67 A; 1US6 A; 2P06 A; 3ZX6 A; 3ZS8 C; 3E22 B; 3FFQ A; 1JCH A; 5H9C A; 3P3N A; 2EIJ C; 2YI8 A; 2XTA A; 3JD2 A; 4FFK A; 2OIG A; 2JJ2 G; 2ZIN A; 3A0B Z; 1S5H C; 2EIM B; 2AXT Z; 1RPO A; 1AP5 A; 2Y0I A; 4JTC B; 3CPW U; 1F23 A; 3JD1 A; 5JCO A; 1R6T A; 4U7N A; 2EIL B; 4KXR A; 3Q4H A; 2F23 A; 4H44 B; 1XMO O; 3WG7 C; 3NXS A; 1AI7 A; 1LUW A; 4J9Z B; 3GWO A; 4O4L B; 4NXN O; 2R9A A; 3OUF A; 1RSO A; 1F7Y A; 4U3J B; 1NTZ H; 1HR0 B; 3AG3 C; 3E8H A; 4BAY A; 5EIB C; 4DUY B; 4TUY A; 4U7O A; 4WFB V; 4O4J A; 3N2G B; 4IIJ A; 5B1B B; 3E8B A; 1Y74 A; 4DV3 O; 3JAS B; 4DV1 O; 3QO8 A; 2E76 B; 2RCV A; 4MTG A; 2N04 A; 1RP3 B; 3CRR A; 3B4S A; 3K5L A; 4IT5 A; 4LC1 A; 2L6L A; 2KB1 A; 1D2D A; 3JD4 A; 2JIZ G; 5J2T B; 3GB7 C; 1ZL8 B; 3ABK C; 1O9H A; 2EIK B; 3B09 A; 4PA3 A; 2VS0 A; 5CBH A; 1E79 G; 2FYU H; 4CS4 A; 4DR2 O; 2HG5 C; 1FFT B; 2NR5 A; 2P7T C; 1K73 W; 1MZF A; 2QWO B; 2Z5U A; 3SPH A; 3ZMZ A; 1P7G A; 2DE0 X; 4IHJ B; 4X1K A; 5IY5 B; 3WFV A; 5B1A C; 3L9D A; 3SYC A; 1BGY H; 4JYA O; 5LOV B; 4J80 A; 5EZY A; 1VEW A; 5IYC O; 4WBN A; 1AIL A; 2IJI A; 4LH7 A; 3K08 A; 4LF5 B; 4Z1V A; 3M8A A; 3E2E A; 2UU9 B; 1P49 A; 4JI6 B; 1YJN V; 2YIA A; 4DR1 B; 2GTA A; 3FKS G; 4CC5 A; 1SQQ H; 3CCS V; 1FXK A; 2LW1 A; 1ZSP A; 1NZ6 A; 2WLL A; 3LDC A; 3HKB A; 5GTH Z; 1X59 A; 4X64 O; 1YCI A; 1M5I A; 2EJ7 A; 1KMI Z; 3R65 A; 5ITZ A; 3G80 A; 1GN4 A; 3ABU A; 3TXS A; 3EFF K; 3OEH G; 3JD3 A; 4D7S A; 2XUM A; 1GK9 A; 2YDE A; 3I55 V; 3PJS K; 4LFB O; 3ZMU A; 1M9N A; 2Q7H A; 3STZ C; 3DC5 A; 1V55 B; 1Q8I A; 3JAW B; 5E79 Z; 1Q81 W; 3SGI A; 4P9O A; 4HYO A; 2X6C A; 5C8Y A; 2P5O A; 1XNQ O; 3CS5 A; 5JH7 B; 1BCC H; 3AG1 B; 1HNW B; 1VF5 B; 2BTQ B; 4KP4 A; 1Q43 A; 2B5U A; 1I94 B; 4JI4 O; 5KUK A; 1NH2 B; 4FPP A; 2JGD B; 4DUZ O; 3MDS A; 2UXC O; 4GX1 A; 1Q7Y W; 3B8N A; 3JYC A; 1M1K W; 4JZG A; 2ZQM A; 1H2M A; 5L3B A; 5JCO C; 4I9Q A; 1OCC C; 4DRX B; 3UT5 B; 2YIC A; 2VQE O; 3JSL A; 4CBC A; 3ZRW B; 3G4S V; 1NJI W; 1XL4 A; 1SC5 B; 3M7M X; 4I50 B; 5B1N A; 4OX9 O; 3OFN G; 3H1J H; 2PYL A; 2JS5 A; 1BMF G; 1SQG A; 1V54 C; 2GBO A; 1ENV A; 4CH5 A; 1NR7 A; 3MAQ A; 3CYO A; 2QTS A; 1N4C A; 2Q7E A; 2EIJ B; 4J10 A; 3IC9 A; 1AJQ A; 5B5E Z; 1XOU A; 2PI5 A; 4CS2 A; 4KL1 A; 4WF9 V; 3N2K B; 4I4T A; 1N34 O; 2M7W A; 1SQX H; 4MVO A; 1BQZ A; 3RYF A; 1YXB A; 2MW2 B; 2VQF O; 5KA6 A; 2DYR C; 4CZZ A; 4UVC A; 4LR3 A; 4FZ0 A; 5IT9 N; 1O9G A; 1XL6 A; 2Q0A A; 4PA9 A; 2VWJ A; 3WG7 B; 4TQF A; 4D7T A; 2ZE5 A; 2CGO A; 4AHC A; 2UXN A; 4MVM A; 3RVY A; 3IGA C; 4FLT A; 5LA6 B; 1N33 O; 2UXD B; 1X4T A; 2LW7 A; 2PUS A; 3DC6 A; 4PA4 A; 1AJN A; 1J5E O; 1M56 C; 1N0N A; 5IJ0 A; 3CJH B; 4UFZ A; 4HBN A; 1GN2 A; 5A2Q N; 3LNN A; 3BCC H; 4K8Z A; 5LXT A; 2OWO A; 3G6E V; 1JPX A; 4YJ3 B; 3CEI A; 4LFC B; 1U97 A; 4MVR A; 5CN0 A; 2JDI G; 4NYK A; 4JI3 O; 4LWS B; 1EZV H; 2QJ1 A; 5K1X A; 3CXH F; 3HKC A; 3OE7 G; 4GLX A; 4K3A A; 3VQY A; 3IAY A; 3G71 V; 1IDS A; 1FPO A; 1NVP D; 5AG2 A; 5KUM A; 1FXK C; 4R6Z A; 4O2B A; 4B3M O; 1EFR G; 1MMM A; 4J41 A; 2QTO A; 4X89 A; 5CMU A; 1SQB H; 2P22 C; 2HVJ C; 2IH1 C; 1GAX A; 1K4D C; 1PD3 A; 1KP2 A; 2IU0 A; 5L3F A; 4JI8 O; 4U3F H; 1OCZ C; 1S5L Z; 3ASN C; 4X66 B; 2ILM A; 5B1A B; 1XHZ A; 2Q0O C; 4YHH O; 2UXB B; 4GT1 A; 4GKJ B; 2ZNJ A; 2UUA B; 4LF6 O; 2DN9 A; 3H1I H; 4I55 B; 1EN4 A; 2F1M A; 3OT7 A; 1GH6 A; 2VWK A; 2YEV B; 4UUJ C; 1KKD A; 2GUZ B; 1DF4 A; 1WB8 A; 3KKY A; 4Z1M G; 5E1A C; 4D6T H; 4UCT A; 4FLY A; 3CB2 A; 3MHH C; 1IXB A; 4EB6 B; 3ZMT A; 3W7S A; 2CTP A; 3E89 A; 1P84 F; 3LUT B; 2PY5 A; 4NTX A; 4PA7 A; 1DK1 A; 3EXA A; 5KHK A; 2QWP B; 3QG5 A; 5FPO A; 4PA6 A; 5JJJ B; 3RYC A; 2Z0A A; 2R72 A; 3B77 A; 1SER A; 4LNU B; 4UCU A; 1VQL V; 2X0L A; 1WPX A; 2WSS G; 4PEL A; 2QWQ B; 1R73 A; 4PHZ A; 2W0X A; 5JQG A; 3AG4 C; 1FJG B; 3CMA V; 1UPG A; 2ZE8 A; 5LGT A; 4N21 A; 2K9P A; 1ZWI C; 2CTW A; 4LF5 O; 5H6R A; 1FAF A; 2UU9 O; 2DWD C; 3ZHR A; 5KMG A; 4WCE V; 2IH3 C; 2YS8 A; 3JAL A; 4RQF A; 2DYS B; 5J9P C; 4L87 A; 1KBH A; 2Y0P A; 4RO2 A; 1OZ0 A; 3QO5 A; 1L1F A; 4J7K A; 4IYH A; 4MVS A; 1IXM A; 1VQO V; 4Z2W A; 4X62 O; 2HR3 A; 4JI5 B; 4FMT A; 3F7Y C; 1TAE A; 3FB6 C; 2OTJ V; 1GN3 A; 2XND G; 2IJK A; 2X6A A; 4ZI7 B; 2BSK A; 3BEH A; 5KAI Z; 2HKO A; 2ZXW C; 1QNM A; 2Y69 C; 4AQY O; 3SJC C; 4B3T O; 1VQM V; 4NXM B; 2XOK G; 4EFB A; 3HKE A; 2BE3 A; 5DED A; 1HNX O; 4DR3 O; 4X1I A; 2EIN C; 2OTL V; 2R9R B; 3CME V; 5TIS Z; 1JMK C; 2HJD A; 5LHH A; 1JVM A; 2QM8 A; 4O4J B; 1PL4 A; 1I94 O; 3CHX A; 3HKD B; 4OPH A; 1FXH A; 1YHQ V; 4YJ2 B; 1N36 O; 5KHJ A; 1AI4 A; 4H13 B; 4HZ3 A; 2M6Y A; 4P9P A; 3J80 N; 2F93 B; 5JWP A; 3BFR A; 2E75 B; 3RYH B; 1JX9 A; 3QF7 A; 4DR4 B; 3K79 A; 2DQ3 A; 4JI0 O; 5FL7 G; 2DYR B; 2AZ2 A; 3ETE A; 3TET A; 1SF9 A; 2QDO A; 2A3Q A; 2HP8 A; 3T1H B; 4HNA A; 3K5N A; 1AVM A; 4I5S A; 1W59 A; 3OAA G; 4JAA A; 5KHG A; 5GON A; 3OW2 U; 5DM6 V; 1XHX A; 1K92 A; 5KHI A; 3K06 A; 2N05 A; 3LSQ A; 4YY3 B; 4X1K B; 5H5N A; 5BR8 B; 3T1Y B; 3LSS A; 4OXS A; 1TVK A; 1XDC A; 4DV0 O; 2KSD A; 1QBZ A; 3ZHT A; 2GHY A; 4BW9 A; 1FKA O; 4WBN B; 4ZIB A; 4LF8 O; 2RJZ A; 4UV8 A; 1AR4 A; 1NTM H; 3FD9 A; 3L72 H; 2CGN A; 1VQ4 V; 1Y76 A; 3JAT B; 2HEP A; 1S77 D; 4NR1 A; 1AB3 A; 1XNR O; 3DTU B; 3W7X A; 5J2U A; 4QGP A; 4PI2 A; 1I5Y A; 2EZP A; 3SDL A; 4TQD A; 4DR7 O; 1HNZ B; 4GKK B; 4DV2 B; 3SYQ A; 5HFM A; 2N74 A; 1FXK B; 4JPR A; 1BQ0 A; 1D5A A; 1VIB A; 4PD4 F; 2Q73 A; 1IBM B; 3L74 H; 1R3J C; 2AW9 A; 3ZIA G; 4XDL A; 2UUB O; 2RMK B; 2C2A A; 4K0K O; 3ASN B; 4FM2 A; 3JD0 A; 4DXW A; 1ORQ C; 1G8M A; 1SA0 B; 5CA0 B; 3E83 A; 2P90 A; 4PDV A; 4LFC O; 2WLI A; 5JJN B; 1VQ6 V; 4X88 A; 1J95 A; 4FLX A; 2QEX V; 2XT9 A; 2XAJ A; 5C8Y B; 1MSW D; 1ZLZ A; 4JI1 O; 1P4R A; 2D2C B; 2OCC C; 3AK3 A; 1QVG U; 2LFR A; 3SYP A; 4FVM A; 1WP7 A; 3HB3 B; 3A8T A; 3N27 A; 4J9Y B; 4X1Y A; 3D3Q A; 4TV9 A; 4X9Q A; 4TWK A; 1EN5 A; 2QWN B; 2ZM6 B; 1JOY A; 4DV5 O; 1SZX A; 4RUE A; 4TV8 A; 2IJJ A; 1FFX A; 3GVM A; 3PN1 A; 1EM1 A; 1B04 A; 5BMV A; 4UCO A; 3HR0 A; 1ZUQ A; 1VQN V; 3K0D A; 1VQ5 V; 2YIB A; 2ADP A; 1QQC A; 5IYD O; 4PJ0 Z; 3ML0 A; 3JAR A; 1KB9 F; 4BIO A; 1KQS U; 2P4V A; 2YIB D; 5EK0 A; 2E5L B; 2E74 B; 5BZB A; 4GKJ O; 3JAM N; 2PYJ A; 1EBO A; 4ZKI A; 3FYI B; 3H1H H; 3CCJ V; 3B8M A; 2ITD C; 3RYI B; 2QM7 A; 4FM0 A; 4MSW C; 3QO7 A; 3B40 A; 1QLE B; 4JI7 O; 2V7Q G; 2DWE C; 1BHA A; 4NKG B; 4PDL A; 4BWA A; 4LF4 O; 3QVN A; 1VQP V; 1YSC A; 2NLJ C; 4I4T B; 5KLV H; 3FB7 C; 2P6J A; 1F51 A; 2YID A; 4IGG A; 4O4L A; 1M93 A; 2ZIO A; 1GM7 A; 1VF7 A; 2MK3 A; 4O2A A; 2R70 A; 2BOC C; 2YXY A; 1M90 W; 4X65 O; 2V1D A; 1N32 B; 3THO A; 2ZXW B; 5A9G A; 1H2S B; 2IW5 A; 1Y4M A; 1QU7 A; 4B3R O; 5IE9 A; 4MW8 A; 3FAV A; 1NR1 A; 4F6R B; 1Q5O A; 1S5J A; 1GM8 A; 1YTF D; 4ASU G; 4O4H B; 1HWY A; 1PP9 H; 2EIN B; 5IJ0 B; 3JAS A; 4DR5 B; 1T5E A; 3C3S A; 1L8D A; 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3EVK A; 5JQG B; 5LMN B; 1QR8 A; 4JV5 B; 3ZHU A; 3G6B A; 2JGD A; 5JVD A; 1OV9 A; 3K3W A; 4MT8 A; 5KMG B; 1IX9 A; 4DV3 B; 4DV1 B; 3CD6 V; 1G1X B; 3CP1 A; 3ABK B; 1H8E G; 2H94 A; 3JCU Z; 2WLM A; 1UJW B; 4O4I A; 4WFG A; 4K35 A; 4DRX A; 2Q9L A; 1PNL A; 1HNZ O; 4GKK O; 1OCO C; 3UT5 A; 3AG7 A; 2JJ1 G; 1OCR C; 1HR0 O; 3ZRW A; 2FL4 A; 1IBM O; 3IJ4 A; 3ETG A; 4DUY O; 4LF7 B; 4I50 A; 5CBF A; 4FLW A; 2FML A; 2XHB A; 3OGI B; 2HLD G; 3K9A A; 2BSK B; 4GZR B; 3CRA A; 3JSN A; 5IDJ A; 3CCQ V; 2A0L A; 3IC7 A; 5CB4 A; 1BSM A; 1AR1 B; 2OCH A; 4JAS A; 2ZD9 A; 4DW0 A; 1H2N A; 3M99 B; 2KG7 A; 3RWR D; 1AR5 A; 1M57 C; 4JYA B; 4X20 B; 2Q67 A; 1H38 A; 4DV7 B; 4X1I B; 4WFA V; 1R3L C; 2K1E A; 3K57 A; 3W7W A; 1S3J A; 2Q7G A; 3U11 A; 1H2K A; 2GTS A; 4LFA B; 2CTR A; 1DTO A; 5FPR A; 1KU9 A; 5H6Q A; 3JCZ A; 1F4M A; 1I0H A; 4GX2 A; 2L35 A; 2EIK C; 3LDD A; 5CA1 A; 2OYQ A; 2XAH A; 3ABL C; 3ZBH A; 4R7C A; 1MZE A; 4NTW A; 1PNM A; 1JJO A; 2CDY A; 3AK2 A; 4BW5 A; 4P2Z A; 3LDE A; 1FYJ A; 4X64 B; 3CC7 V; 2PF4 E; 3CCE V; 1S0V A; 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