5E9RA

X-ray structure of the complex between lysozyme and the compound fac, cis-[ruii(co)3cl2(n3-mbi), mbi=n-methyl-benzimidazole
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title {Ru(CO)x}-core Complexes with N-Methylbenzimidazole (MBI) and 5,6-Dimethylbenzimidazole (DMBI) as Possible Metal Based Drugs and CO Release Materials. Synthesis, X-ray Structure and Evaluation of Cytotoxic Activity against Human Cancer Cells
rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5e9rA00
1DI5A 1LSDA 1HMKA 1KIRC 1WQOA 3KAMA 6LYTA 1B7MA 2D4IA 3TXDA 5KXTA 2MEEA 1C10A 1HEPA 1J1OY 1YL0X 3WL2A 1LHHA 2DQEY 1GDWA 4LYCA 5B1GA 3D9AC 5DLAA 1IWYA 1DQJC 1UCOA 4LYBA 3W6BA 4N8ZA 4N1EI 2H9KA 2ZQ3A 3A95A 4WL6A 4ZFPA 1IOSA 5HNCA 1LZEA 1LZDA 4ETBA 5DL9A 2MEFA 1V7SA 2MEDA 4GCCA 3E3DA 5APFA 1LJIA 3A91A 2AUBA 3WYHA 4CHXA 1LSFA 5LXWA 4I0CA 4LZTA 5F81A 5F9XA 4CFPA 5LVHA 1OUEA 1B5VA 1TAYA 4G9SA 2ZWBA 1Z55A 1KXYA 1YANA 2EQLA 1IC7Y 4XJGA 2YDGA 5E9RA 5D5FA 1F6SA 1RFPA 1QTKA 1UC0A 2DQDY 2ZNWY 4WM1A 1D0LA 2HEBA 2LYMA 2HEDA 1LCNA 1WTMA 1XEKA 1YKZX 5B05A 133LA 4W94A 5KXZA 3EBAB 3IJUA 4Z46A 4D9ZA 2XJWA 1FKVA 1HERA 3ATOA 4NSHA 1LJ4A 2F30A 4NG8A 1GB6A 2LYZA 4L41A 3CSZA 1ZMYL 1YIKA 1T3PA 4HJVA 3W6EA 4RLNA 1IORA 5F14A 1GF8A 1GXV2 1WVVA 4PPOA 3WVYA 1LHIA 3AGIA 3LYOA 1XFPL 2BQFA 4FDYA 1VFBC 1VATA 2H9JA 3G3AB 4OWBA 3A8ZA 1IEEA 1LZSA 5FELA 1DZBX 1QDRA 4NGWA 4TWSA 1CJ6A 1REXA 2Z37A 5C6LA 1IWVA 4OWEA 1UIHA 1CJ9A 1JJ3A 4WM5A 4XJHA 4QEQA 153LA 1VDTA 2A7DA 2CDSA 1NBZC 2C8OA 1JSEA 2B5ZA 1IWUA 1IIZA 3WW5A 4NG1A 1XSFA 3GXKA 4LYMA 1DPXA 4WO9A 3WUAA 1H87A 3RU5A 1J1PY 1JIYA 1NWGA 4WM3A 3A90A 4XJIA 3W6FA 4P2EA 1CJ8A 5M1YA 1C46A 1JTOL 1FN5A 1GXXA 1LKRA 5IELA 4DDAA 1HELA 4DYGA 1WTNA 2D91A 2XTHA 4H9CA 5II3A 2Z2FA 1QSAA 2HEAA 5FDJA 4LYZA 5FHWA 5LYZA 1LZGA 4N5RA 1NKHA 2MEBA 4N1CC 1INUA 5F16A 3W3EA 1WQMA 5KKIA 1CKCA 4H94A 4B1AA 1GF0A 3P64A 1DI3A 207LA 5AMYA 1GFHA 3CB7A 3WULA 1W6ZA 2VB1A 2EIZC 4HTQA 3F6ZA 5KXOA 1NBYC 4YF2A 1HSWA 1LZNA 193LA 3A3RX 3HBDA 4NGYA 3WMKA 1VDSA 4X3BA 3TXBA 1YAOA 1IOTA 1N4FA 3ATNA 1QIOA 1LYYA 1GBXA 3HBHA 4HJYA 1JKDA 1LHMA 1BVKC 2BQNA 4GCDA 2FBBA 1UUZC 5L9JA 3AZ4A 5HMJA 3TXKA 4TSCA 1LZ1A 3K3TA 4OW1A 4NHPA 4NHTA 3T6UA 1BQLY 1BWIA 2DQIY 4LT2A 1ALCA 1HNLA 3EXDA 4DDBA 3QE8A 1GF6A 2Z18A 2ZNXY 1JTPL 4RW2A 2I6ZA 2YVBA 2DKVA 4R0FA 3T36A 1IY4A 4E3UA 2DQHY 5B59A 5LVJA 1BHZA 1CKGA 3B0OA 3TMVA 4TX7A 5EBHA 3TMWA 1JEFA 1YAMA 1UBZA 4WL7A 1REMA 5KXKA 4WM4A 1OUIA 3LYTA 2I26L 1HFXA 5I5QA 1CKFA 1JHLA 1RJCB 4LYTA 5L3HA 3SP3A 1LZAA 1UIAA 5LVGA 4H8ZA 2W1MA 1BB6A 1IP7A 1GAZA 2ZQ4A 1WQRA 1LSEA 1LJEA 1LJNA 2YBLA 1YAPA 4CJ2A 1GB5A 4NWHA 4ZEEA 1HEOA 4C3WA 1RI8B 4C5FA 4H8YA 4I8SA 3AGGG 3CT0A 4LT1A 4ML7A 4NHIA 4BADA 1IY3A 4NSGA 4WLYA 3OJPA 3WPKA 1GAYA 5KXMA 4XENA 4B0DA 1O23A 4HSFA 5I4YA 3TXIA 1OUCA 4MSTA 1HEMA 3M18B 1LSYA 2ZILA 1DI4A 1HENA 2MECA 4ZIXA 3FI7A 1NF5A 4WG7A 3TXHA 1BB4A 4Z3MA 1HSXA 4UWNA 2ZIKA 5HMVA 1UICA 4NSIA 4WLTA 1GBOA 1LJHA 1BVXA 5E4PA 2D6BA 1LTMA 1IP5A 2CJLA 5DN5A 1PS5A 5C6IA 5K7OA 4PRQA 3A3QA 2BQMA 1GFTA 3P66A 5J7CA 3CSRA 3B72A 4WM2A 1LSBA 1QDTA 1AT5A 3LYZA 1JKCA 3QNGA 3LZ2A 1UIFA 3AZ6A 5LVIA 1YROA 4DC4A 4W96A 1KIQC 2D4KA 1IP1A 1EQ4A 4NY5A 4WG1A 4XJDA 1GFAA 4WMGA 1LZ6A 1LMQA 4H9HA 3AW7A 1LZ5A 2F4AA 2Z12A 1EL1A 132LA 3WU8A 1LZBA 1IVMA 2YBHA 4ETCA 1OP9B 2LZTA 1GHLA 1KXWA 1NDGC 4MCKA 4TTDA 4UWVA 2BQCA 1YAQA 5LIOA 4ETAA 5HQ1A 3RZ4A 3CSQA 3P65A 1VAUA 3IWRA 1A4VA 1C08C 1D9UA 1B7PA 4KPMA 4ANRA 2DQCY 4H91A 1C7PA 2MEAA 5A3EA 5KXWA 2BQBA 2EKSC 4J7VA 4AXTA 1G7MC 3A6BY 1B7LA 4H9BA 1XGRC 3AYQA 3CT1A 2Z38A 1LZTA 1B7QA 1FDLY 1HEQA 2YBMA 1B5YA 1GPQC 1MLCE 4AGAA 5A3ZA 1D0MA 5KXXA 1GF4A 3B0IA 5I54A 3ZVQA 1HF4A 4WLXA 4DD3A 1NDMC 2DQAA 4WOAA 3TXGA 1CKHA 1LJFA 4KL7A 4H90A 2A7FA 1D6QA 1NMMA 1XGQC 1GFUA 4H1PA 5B1FA 4DD1A 1JUGA 1QUTA 1VDPA 1LPIA 2N5ZA 1GF3A 2LHMA 2HEEA 4GN4A 4WO6A 3ZEKA 3LN2A 1IP3A 4NHSA 5IHGA 1GFVA 5LVKA 1FLUA 1D6PA 2ZYCA 3WH1A 3AZ5A 1B7OA 1AKIA 1TEWA 4NGIA 2Z19A 1IWZA 1LSAA 5D5CA 3HFMY 1UIBA 208LA 2F4GA 2FYCA 2G4PA 5KXSA 2LZ2A 1KXXA 4CGEA 4H9EA 1BWJA 3N9EA 4DD9A 1E8LA 4B4IA 2MEGA 5LINA 4YEMA 1REYA 1CNSA 4NGLA 3N9AA 1LMOA 1ZV5L 4NGKA 135LA 2MEHA 1D0KA 1V7TA 3WU7A 3WPLA 4WM6A 6LYZA 4U3XB 1GB3A 194LA 1IC4Y 1GB7A 1IP6A 1LJKA 1TDYA 1IOQA 3A96A 1BB5A 3G3BB 3AJNA 3D3DA 1FKQA 1GD6A 5APDA 3WUNA 5FEKA 5KXYA 4YOPA 1OUGA 1B0DA 4DDCA 4LFXA 4H9AA 3A93A 2W1YA 2FYDA 4GLVA 5L3IA 5I53A 5LAGA 1IO5A 1OUAA 2HU3A 4ETDA 1F6RA 4YEOA 1B7SA 3GXRA 1XGPC 1C45A 4M6DA 1LJ3A 4LFPA 1WQQA 1LZ4A 5I4WA 4XADA 2BLXA 2IHLA 1LOZA 9LYZA 1IR9A 154LA 2D4JA 1DPWA 1T6VL 5KKJA 1LZ8A 3BKHA 3TXEA 1KIPC 4LT0A 2CGIA 2DQJY 3RNXA 1GEVA 4G4CA 1OQMA 3LZTA 4XN6A 3TXFA 3WXUA 5B06A 1FBIX 5LYMA 4RDSA 3A34A 1QSWA 2X0AA 4N0JA 4NSJA 1FLWA 4DD7A 3WUMA 1OUBA 4OOTA 4KXIA 3W6CA 1VEDA 2I25L 1FLQA 5FCPA 1LYSA 1EQ5A 2IFFY 4NWEA 4HPEA 4GN3A 4DD0A 4DWXA 3AB6A 134LA 1YQVY 4RLMA 2MEIA 1UIGA 1JJ1A 1GBZA 4OWHA 4XJBA 1REZA 5APCA 1JISA 3P4ZA 1HFZA 3WU9A 5HLLA 4DD2A 5C6JA 5I4XA 1AT6A 4H92A 1GF5A 2YBNA 4HTNA 1DKKA 1GB0A 1CKDA 2LYOA 4HJZA 4ETEA 3HBEX 1I1ZA 2HECA 2Z2EA 1IWWA 1SQ2L 5ILFA 1GF7A 4YENA 1JWRA 4NFVA 2BQAA 1OUJA 1JKAA 4GCBA 3TMXA 1F10A 3B6LA 3LHMA 1XEIA 1UA6Y 2BQEA 1IWXA 5LA5A 3BKVA 5KXPA 4H9FA 3RT5X 3A67Y 1LSGA 4J0LA 5FSTA 1LAAA 4R6CA 1IP4A 1IC5Y 4GCEA 4TUNA 3WW6A 1B7NA 1LSNA 1XGTC 2BQJA 3QY4A 4HV1A 4G49A 3B0KA 4YM8A 3W6AA 1EQEA 2WARA 4CFOA 1SLYA 2BQHA 4MR1A 1MELL 4PRUA 1IX0A 3IJVA 1LSPA 2Z39A 1IOCA 2XBSA 1A2YC 4LGKA 4NGOA 1GFJA 1HC0A 1B5ZA 1YKYX 4IASA 1LMCA 5LA8A 3WVXA 1HEWA 1GFGA 3N9CA 1JTTL 1IP2A 1FLYA 1ZVYB 1B9OA 1AZFA 1G7IC 2BQKA 1J1XY 2GV0A 1OUHA 3AGHA 4II8A 3OK0A 1GE1A 1LJGA 4OWCA 5IDDA 5ILCA 4G4BA 1GEZA 1GB2A 1B5UA 4DT3A 1LHKA 2BAAA 5KXRA 1LZYA 4PHIA 1BGIA 1BB7A 1GFEA 2YSSC 1TBYA 4QDNA 1GBSA 4LYOA 1YL1X 1NHEA 1UIDA 2ZIJA 1VDQA 1B2KA 2BLYA 3FE0A 1LSCA 4OWAA 5LAFA 1RE2A 4UWUA 4OOOA 1GBWA 4N9RA 1GE2A 4Z41A 1GE4A 4B4EA 1JITA 1TCYA 3M3UA 1IR7A 4G4HA 4J1AA 2PC2A 1LZRA 1QQYA 2NWDX 3AW6A 2ZYPA 4GLAA 1LHJA 4LT3A 4NGZA 3ZVQB 3WXTA 1GE0A 4QGZA 1B7RA 4QY9A 2W1LA 4PGJB 4M4OA 1GWDA 5F9UA 1WVUA 3J4GA 1GFKA 1WQPA 4PJ2C 1UACY 3A92A 4IATA 3AZ7A 4HV2A 5DN4A 2H5ZA 3TXJA 5KY1A 4J1BA 4A7DA 1YILA 2YBIA 5T3FA 1G7JC 5LYTA 1IR8A 2Y8PA 1B5XA 1LYOA 1PZYA 5APEA 4H9IA 4B49A 4EOFA 1XEJA 2BQIA 3CT5A 1GB9A 2HEFA 3A94A 3WPJA 1LYZA 1LMAA 2BPUA 1LJJA 7LYZA 4EMNA 2BQLA 1I20A 2HUBA 4FJRA 4ET8A 1I56A 3J6KA 1GB8A 1G7LC 1GE3A 1UIEA 4HPIA 3EO5A 1LMNA 1QUSA 4GN5C 5KJ9A 1ZVHL 2C8PA 3W6DA 2HTXA 1NQIA 2EPEA 4H93A 1JSFA 5HNLA 4XYYA 1W08A 4BAFA 2YBJA 4NHQA 1C43A 1LSZA 2CWIA 4KT3A 1G7HC 4NGJA 4H8XA 1HFYA 4ET9A 1H6MA 1IWTA 1YKXX 5KXNA 5B07A 2F2NA 1BWHA 4GCFA 1HMLA 1QTEA 3P68A 4TSBA 2RSCA 1GBYA 2DQGY 3MGWA 2BQDA 2G4QA 4Z98A 1DXJA 4NEBA 1LZCA 4RW1A 1BB3A 8LYZA 2BQOA 1HHLA 2G4NA 2XBRA 3LYMA 1GFRA 1XGUC 1DKJA 4NIJA 1F0WA 1B5WA 5JENB 3VWOA 1GDXA 1CJ7A 1OUDA 3A6CY 3EMSA 1JJ0A 1LHLA 1LMPA 1LMTA 4O34A 4HP0A 3ULRA 1AM7A 4NGVA 4BAPA 2HU1A 3TMUA 1JKBA 4WLDA 3RW8A 1P2CC 2BQGA 2Q0MX 2DQFC 4B4JA 2W1XA 5KXLA 1OUFA 1RCMA 5DM9A 1GF9A 1LKSA 1LSMA 1LZ9A 1WQNA 2DBTA 4IJ4A 4HTKA 3CQLA 4BS7A 4XJFA 1JPOA 2FBDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HMKA 6LYTA 1K28A 1J1OY 5LVHA 4LYCA 3HTDA 4I7JA 238LA 1IWYA 1UCOA 2ZQ3A 1P7SA 4WL6A 4ZFPA 159LA 4GCCA 5APFA 4CHXA 4S0WA 160LA 3GUMA 4LZTA 4CFPA 1TAYA 4G9SA 1IC7Y 4XJGA 1L69A 5E9RA 3SB5A 1RFPA 164LA 1QTKA 3CDRA 2ZNWY 1YKZX 1JTNA 4NSHA 1L39A 182LA 1LJ4A 2F30A 1C6IA 4NG8A 1QUHA 1YIKA 4RLNA 1IORA 1WVVA 226LA 1L17A 4PPOA 1LHIA 1L85A 2BQFA 4FDYA 1VFBC 3G3AB 4OWBA 1L88A 1L02A 4W54A 261LA 152LA 1VDTA 146LA 114LA 1JSEA 1IIZA 3WW5A 111LA 1XSFA 1L01A 1JTOL 5IELA 4DDAA 1DYBA 1PQOA 2B6XA 4LYZA 5FHWA 5LYZA 4N5RA 1INUA 1CKCA 1GF0A 165LA 3P64A 1GFHA 5KXOA 1HSWA 223LA 3A3RX 1L40A 1N4FA 1LGWA 1LYYA 3CDOA 1L06A 3HBHA 2FBBA 1C6FA 4TSCA 3K3TA 4NHPA 1DYCA 4LT2A 1HNLA 262LA 3EXDA 1L18A 239LA 2I6ZA 189LA 4R0FA 1IY4A 2DQHY 1L55A 1L29A 5LVJA 3B0OA 1OUIA 3LYTA 5L3HA 1GAZA 2A4TA 1LJNA 2YBLA 4W57A 4ZEEA 4LT1A 1IY3A 4NSGA 4WLYA 3WPKA 1EPYA 1PQKA 4XENA 1CTWA 1L97A 1L71A 1DYFA 1LSYA 1HENA 3FI7A 1BB4A 4Z3MA 4DAJA 1L82A 1L57A 1PS5A 3A3QA 2BQMA 1L0KA 1QDTA 1L86A 168LA 1L67A 4W96A 1IP1A 5FEKA 1B6IA 3AW7A 132LA 1LZBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DI5 A;  1LSD A;  1HMK A;  1KIR C;  1WQO A;  3KAM A;  6LYT A;  1B7M A;  2D4I A;  3TXD A;  5KXT A;  2MEE A;  1C10 A;  1HEP A;  1J1O Y;  1YL0 X;  3WL2 A;  1LHH A;  2DQE Y;  1GDW A;  4LYC A;  5B1G A;  3D9A C;  5DLA A;  1IWY A;  1DQJ C;  1UCO A;  4LYB A;  3W6B A;  4N8Z A;  4N1E I;  2H9K A;  2ZQ3 A;  3A95 A;  4WL6 A;  4ZFP A;  1IOS A;  5HNC A;  1LZE A;  1LZD A;  4ETB A;  5DL9 A;  2MEF A;  1V7S A;  2MED A;  4GCC A;  3E3D A;  5APF A;  1LJI A;  3A91 A;  2AUB A;  3WYH A;  4CHX A;  1LSF A;  5LXW A;  4I0C A;  4LZT A;  5F81 A;  5F9X A;  4CFP A;  5LVH A;  1OUE A;  1B5V A;  1TAY A;  4G9S A;  2ZWB A;  1Z55 A;  1KXY A;  1YAN A;  2EQL A;  1IC7 Y;  4XJG A;  2YDG A;  5E9R A;  5D5F A;  1F6S A;  1RFP A;  1QTK A;  1UC0 A;  2DQD Y;  2ZNW Y;  4WM1 A;  1D0L A;  2HEB A;  2LYM A;  2HED A;  1LCN A;  1WTM A;  1XEK A;  1YKZ X;  5B05 A;  133L A;  4W94 A;  5KXZ A;  3EBA B;  3IJU A;  4Z46 A;  4D9Z A;  2XJW A;  1FKV A;  1HER A;  3ATO A;  4NSH A;  1LJ4 A;  2F30 A;  4NG8 A;  1GB6 A;  2LYZ A;  4L41 A;  3CSZ A;  1ZMY L;  1YIK A; 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 1YIL A;  2YBI A;  5T3F A;  1G7J C;  5LYT A;  1IR8 A;  2Y8P A;  1B5X A;  1LYO A;  1PZY A;  5APE A;  4H9I A;  4B49 A;  4EOF A;  1XEJ A;  2BQI A;  3CT5 A;  1GB9 A;  2HEF A;  3A94 A;  3WPJ A;  1LYZ A;  1LMA A;  2BPU A;  1LJJ A;  7LYZ A;  4EMN A;  2BQL A;  1I20 A;  2HUB A;  4FJR A;  4ET8 A;  1I56 A;  3J6K A;  1GB8 A;  1G7L C;  1GE3 A;  1UIE A;  4HPI A;  3EO5 A;  1LMN A;  1QUS A;  4GN5 C;  5KJ9 A;  1ZVH L;  2C8P A;  3W6D A;  2HTX A;  1NQI A;  2EPE A;  4H93 A;  1JSF A;  5HNL A;  4XYY A;  1W08 A;  4BAF A;  2YBJ A;  4NHQ A;  1C43 A;  1LSZ A;  2CWI A;  4KT3 A;  1G7H C;  4NGJ A;  4H8X A;  1HFY A;  4ET9 A;  1H6M A;  1IWT A;  1YKX X;  5KXN A;  5B07 A;  2F2N A;  1BWH A;  4GCF A;  1HML A;  1QTE A;  3P68 A;  4TSB A;  2RSC A;  1GBY A;  2DQG Y;  3MGW A;  2BQD A;  2G4Q A;  4Z98 A;  1DXJ A;  4NEB A;  1LZC A;  4RW1 A;  1BB3 A;  8LYZ A;  2BQO A;  1HHL A;  2G4N A;  2XBR A;  3LYM A;  1GFR A;  1XGU C;  1DKJ A;  4NIJ A;  1F0W A;  1B5W A;  5JEN B;  3VWO A;  1GDX A;  1CJ7 A;  1OUD A;  3A6C Y;  3EMS A;  1JJ0 A;  1LHL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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