5E9VA

Crystal structure of brd9 bromodomain in complex with an indolizine ligand
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSKERLLALKRSMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with an indolizine ligand
rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 9
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5e9vA00
5D24A 2WP1A 5IIDA 5I40A 4YK0A 4O74A 4PTBA 5A5OA 5AMFA 4QR5A 4A9OA 4IR6A 2KTBB 5IGNA 4TYLA 2L5EA 3LQHA 4IOQA 3MQMA 4YBSA 5IGKA 4AKNA 4O7AA 4QSPA 5D3JA 5FE6A 4YABA 5ENGA 5LKTA 4CURA 5FE4A 3FKMX 1E6IA 5A85A 4BW4A 4MEOA 4YAXA 4O78A 4NRBA 1EQFA 4QUUA 3MB4A 3QZSA 4A9FA 5II2A 4LYIA 5JI8A 4X2IA 3O36A 5EICA 3O37A 4UIYA 3UV2A 3DWYA 3G0LA 3IU6A 4BW1A 4QBMA 4C67A 4MEQA 4QNSA 5DYAA 5I1QA 3MXFA 5CZGA 4IR5A 4QSXA 5AD3A 2MJVB 5E9YA 4CUUA 4PS5A 4NQMA 4NUCA 4MR4A 5EPSA 5ENJA 5EWVA 5HQ6A 5H1TA 5K29A 5CTLA 4J1PA 5DLZA 5LKXA 3QZVA 5ETDA 5A5RA 5COIA 5HFRA 4UIZA 4UYGA 5D3RA 4O7BA 3P1FA 4TQNA 3TLPA 5FG4A 3UVXA 4J0RA 5KTXA 4KV4A 5FFYA 2YEMA 4YADA 4NS5A 5FFVA 5E9MA 4O70A 5FE2A 4XY8A 5A5NA 5A83A 5G4RA 3MULA 5F36A 3S92A 4A9LA 4PKLA 5E7DA 2RI7A 5ENBA 4QC1A 4BW2A 4UIVA 5DKHA 5KTUA 3UVWA 5CGPA 5C8GA 2R0VA 5F60A 2YELA 4NYVA 5ENHA 5E9VA 5EQ1A 4O75A 2YDWA 4WIVA 2YEKA 4XYAA 4QB3A 5HRWA 2R10A 4MR6A 5I29A 5L98A 5CU8A 5ETBA 4XY9A 5KU3A 4OGIA 3HMFA 5EM3A 5FE3A 4Y03A 5KTWA 4CFKA 2DWWA 5I86A 2DVQA 4HBWA 4O72A 5DY7A 4QZSA 5TCMA 5DLXA 4HXKA 5D3SA 2GRCA 1JSPB 4PY6A 5CUEA 5CQ5A 4ZW1A 5LJ2A 4KV1A 5F63A 5C7NA 4YYGA 4ZQLA 4O76A 5D7XA 5TB6A 2YQDA 5HRXA 5LVQA 4CUTA 5D3HA 5JWMA 4Z6IA 4LYSA 4TT2A 1N72A 4YYMA 3U5MA 5DFCA 4BJXA 5CP5A 2F6NA 5CRZA 2N9GA 4QSVA 4IR3A 3LQJA 5LJ1A 4HXPA 3K2JA 4CL9A 5EPRA 4KCXA 4N3WA 5CQ4A 4IOOA 4PCEA 5I80A 3UW9A 4A9MA 2DKWA 4YYHA 4UYDA 5CFWA 5FH6A 4HBXA 2R0SA 4YATA 3O33A 5KO4A 5DKCA 5E9IA 5FB0A 5DYCA 4Z6HA 5DYXA 3QZTA 5CQTA 4UIWA 2D9EA 4QEVA 5CQ6A 4RVRA 4CLBA 4PCIA 5CUAA 2G4AA 5LUUA 5L96A 4CUSA 5CUCA 3MB3A 3I3JA 5C85A 3U5LA 5DW2A 4QY4A 5BT5A 4YH3A 4QYDA 1X0JA 5IGMA 2I7KA 4O7CA 4O7FA 4LR6A 4TU4A 5L8UA 5E73A 5DX4A 4MR3A 4QC3A 5FH7A 5IBNA 5FE1A 4TU6A 3G0JA 5EK9A 5CQAA 3P5OA 5FG6A 4J3IA 4J0SA 5EWHA 4YC9A 5I7YA 4A9HA 4NR5A 4HXMA 5C89A 5ACYA 2FSAA 5HRVA 4LRGA 5A5PA 5F25A 5HQ7A 3U5KA 3DAIA 2I8NA 3P1DA 3U5NA 5HJCA 4CUPA 5J0DA 2RFJA 5FFWA 4Z1SA 4NYWA 4YYNA 5FE5A 3MUKA 5DFDA 5C4QA 3JVLA 4TTEA 3RCWA 3ONIA 4UIXA 5DYUA 4TT4A 4NUDA 5CPEA 4YYDA 2E3KA 5KHMA 4LDFA 4QSWA 4C66A 2DVRA 5L8TA 4YBTA 5BT4A 2OSSA 4YBMA 4GPJA 5ENIA 5CS8A 5II1A 5C87A 3S91A 2RNWA 4O77A 4OGJA 4O7EA 4ALGA 4UYFA 4BHWA 4HXRA 5E0RA 4N4GA 4Z1QA 2D82A 3ZYUA 2DVSA 3AADA 3U5PA 5CQ7A 5EISA 4CFLA 2RS9B 4QSQA 5EI4A 4BW3A 5DKDA 2WP2A 4F3IA 5EVAA 5L97A 5I83A 5A81A 5FE7A 5H85A 2RNXA 5EU1A 5EP7A 4YH4A 2OO1A 5I89A 4YYJA 3P1CA 4ZC9A 2R0YA 4Z93A 4OUFA 5AMEA 2L84A 5LVRA 1F68A 5CRMA 5EV9A 5CY9A 4NYXA 5D25A 5HM0A 2NXBA 3SVHA 3JVJA 3UV4A 4A9EA 4YY4A 4WHUA 5D3TA 3SVFA 4HXSA 2F6JA 4UIUA 5FE8A 3IU5A 4HXNA 5CQ8A 2YYNA 3JVKA 5A5QA 4O71A 5FBXA 5E3DA 5F3AA 4QSSA 3U5JA 3UV5A 4NR9A 5A5SA 2OUOA 5HCLA 5F1HA 4LZ2A 5EWDA 5LJ0A 5LKUA 3AQAA 4QSTA 5D3LA 4UYHA 4NUEA 4LC2A 4N4IA 5EPBA 4HBYA 5I88A 4NR8A 4DONA 5H1UA 4TT6A 5E9KA 5HELA 4XUBA 2RO1A 5CUDA 4ALHA 2E7NA 4QEUA 4N4FA 5DBMA 5FDZA 5ENEA 5D0CA 4NR6A 5FE0A 5E9LA 1ZS5A 5DW1A 4CUQA 2E7OA 5HLSA 3O34A 4XUAA 4QUTA 4TZ2A 5ENFA 3LJWA 4HBVA 3U5OA 5CQ3A 2RNYA 4FLPA 4TZ8A 5E74A 5D3NA 5FE9A 3UVYA 2H60A 4IR4A 4UYFB 4NR4A 4NRCA 4UYEA 4YYIA 4HXLA 4MENA 5LKZA 4LYWA 3HMEA 3P1EA 4QYLA 5AD2A 4QSRA 3Q2EA 5HENA 4Q0OA 3JVMA 3NXBA 2DATA 3SVGA 4HXOA 3HMHA 5H1VA 3LXJA 4A9KA 5EGUA 4MEPA 2DVVA 5I7XA 4LZSA 5ENCA 5EWWA 3D7CA 4A9IA 3LQIA 2L85A 4LZRA 5CUBA 4NQNA 4Q0NA 5HEMA 2LSPB 5G4SA 5EA1A 4A9JA 5F2PA 5BT3A 1WUMA 4MR5A 5FB1A 3O35A 3GG3A 5D3PA 4TS8A 5EWCA 5L99A 5FH8A 4NRAA 5DFBA 4NXJA 5HFQA 4NR7A 3Q2FA 4QR4A 5F61A 5FG5A 4QR3A 5F1LA 4A9NA 4N4HA 4YYKA 5A7CA 5IG6A 1JM4B 5D26A 5E3GA 5F5ZA 4QSUA 4IORA 5CUGA 4QEWA 2YW5A 4UITA 4YY6A 1WUGA 5F62A 4E96A 3UVDA 5HQ5A 4WHWA 5IGLA 5A82A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5D24A 2WP1A 5IIDA 5I40A 4YK0A 4O74A 4PTBA 5A5OA 5AMFA 4QR5A 4A9OA 4IR6A 2KTBB 5IGNA 4TYLA 2L5EA 3LQHA 4IOQA 3MQMA 4YBSA 5IGKA 4AKNA 4O7AA 4QSPA 5D3JA 5FE6A 4YABA 5ENGA 5LKTA 4CURA 5FE4A 3FKMX 1E6IA 5A85A 4BW4A 4MEOA 4YAXA 4O78A 4NRBA 1EQFA 4QUUA 3MB4A 3QZSA 4A9FA 5II2A 4LYIA 5JI8A 4X2IA 3O36A 5EICA 3O37A 4UIYA 3UV2A 3DWYA 3G0LA 3IU6A 4BW1A 4QBMA 4C67A 4MEQA 4QNSA 5DYAA 5I1QA 3MXFA 5CZGA 4IR5A 4QSXA 5AD3A 2MJVB 5E9YA 4CUUA 4PS5A 4NQMA 4NUCA 4MR4A 5EPSA 5ENJA 5EWVA 4AKGA 5HQ6A 5H1TA 5K29A 5CTLA 4J1PA 5DLZA 5LKXA 3QZVA 5ETDA 5A5RA 5COIA 5HFRA 4UIZA 4UYGA 5D3RA 4O7BA 3P1FA 4TQNA 3TLPA 5FG4A 3UVXA 4J0RA 5KTXA 4KV4A 5FFYA 2YEMA 4YADA 4NS5A 5FFVA 5E9MA 4O70A 5FE2A 4XY8A 5A5NA 5A83A 5G4RA 3MULA 5F36A 3S92A 4A9LA 4PKLA 5E7DA 2RI7A 5ENBA 4QC1A 4BW2A 4UIVA 5DKHA 5KTUA 3UVWA 5CGPA 5C8GA 2R0VA 5F60A 2YELA 4NYVA 5ENHA 5E9VA 5EQ1A 4O75A 2YDWA 4WIVA 1PUOA 2YEKA 4XYAA 4QB3A 5HRWA 2R10A 4MR6A 5I29A 5L98A 5CU8A 5ETBA 4XY9A 5KU3A 4OGIA 3HMFA 5EM3A 5FE3A 4Y03A 5KTWA 4CFKA 2DWWA 5I86A 2DVQA 4HBWA 4O72A 5DY7A 4QZSA 5TCMA 5DLXA 4HXKA 5D3SA 2GRCA 1JSPB 4PY6A 5CUEA 5CQ5A 4ZW1A 5LJ2A 4KV1A 5F63A 5C7NA 4YYGA 4ZQLA 4O76A 5D7XA 5TB6A 2YQDA 5HRXA 5LVQA 4CUTA 5D3HA 5JWMA 4Z6IA 4LYSA 4TT2A 1N72A 4YYMA 3U5MA 5DFCA 4BJXA 5CP5A 2F6NA 5CRZA 2N9GA 4QSVA 4IR3A 4AI6A 3LQJA 5LJ1A 4HXPA 3K2JA 4CL9A 5EPRA 4KCXA 4N3WA 5CQ4A 4IOOA 4PCEA 5I80A 3UW9A 4A9MA 2DKWA 4YYHA 4UYDA 5CFWA 5FH6A 4HBXA 2R0SA 4YATA 3O33A 5KO4A 5DKCA 5E9IA 5FB0A 5DYCA 4Z6HA 5DYXA 3QZTA 5CQTA 4UIWA 2D9EA 4QEVA 5CQ6A 1ZKRA 4RVRA 4CLBA 4PCIA 5CUAA 2G4AA 5LUUA 5L96A 4CUSA 5CUCA 3MB3A 3I3JA 5C85A 3U5LA 5DW2A 4QY4A 5BT5A 4YH3A 4QYDA 1X0JA 5IGMA 2I7KA 4O7CA 4O7FA 4LR6A 4TU4A 5L8UA 5E73A 5DX4A 4MR3A 4QC3A 5FH7A 5IBNA 5FE1A 4TU6A 3G0JA 5EK9A 5CQAA 3P5OA 5FG6A 4J3IA 4J0SA 3ERRA 5EWHA 4YC9A 5I7YA 4A9HA 4NR5A 4HXMA 5C89A 5ACYA 2FSAA 5HRVA 4LRGA 5A5PA 5F25A 3D1DA 5HQ7A 3U5KA 3DAIA 2I8NA 3P1DA 3U5NA 5HJCA 4CUPA 5J0DA 2RFJA 3D1BA 5FFWA 4Z1SA 4NYWA 4YYNA 5FE5A 3MUKA 5DFDA 5C4QA 3JVLA 4TTEA 4AKIA 3RCWA 3ONIA 4UIXA 5DYUA 4TT4A 4NUDA 5CPEA 4YYDA 2E3KA 5KHMA 4LDFA 4QSWA 4C66A 2DVRA 5L8TA 4YBTA 5BT4A 2OSSA 4YBMA 4GPJA 5ENIA 5CS8A 5II1A 5C87A 3S91A 2RNWA 4O77A 4OGJA 4O7EA 4ALGA 4UYFA 4BHWA 4HXRA 5E0RA 4N4GA 4Z1QA 2D82A 3ZYUA 2DVSA 3AADA 3U5PA 5CQ7A 5EISA 4CFLA 2RS9B 4QSQA 5EI4A 4BW3A 5DKDA 2WP2A 4F3IA 5EVAA 5L97A 5I83A 5A81A 5FE7A 5H85A 2RNXA 5EU1A 5EP7A 4YH4A 2OO1A 5I89A 4YYJA 3P1CA 4ZC9A 2R0YA 4Z93A 4OUFA 5AMEA 2L84A 5LVRA 1F68A 5CRMA 5EV9A 5CY9A 4NYXA 5D25A 5HM0A 2NXBA 3SVHA 3VKGA 3JVJA 3UV4A 4A9EA 4YY4A 4WHUA 5D3TA 3SVFA 4HXSA 2F6JA 4UIUA 5FE8A 3IU5A 4HXNA 5CQ8A 2YYNA 3JVKA 5A5QA 4O71A 5FBXA 5E3DA 5F3AA 4QSSA 3U5JA 3UV5A 4NR9A 5A5SA 2OUOA 5HCLA 5F1HA 4LZ2A 5EWDA 5LJ0A 5LKUA 3AQAA 4QSTA 5D3LA 4UYHA 4NUEA 4LC2A 4N4IA 5EPBA 4HBYA 5I88A 4NR8A 4DONA 5H1UA 4TT6A 5E9KA 5HELA 4XUBA 2RO1A 5CUDA 4ALHA 2E7NA 4QEUA 4N4FA 5DBMA 5FDZA 5ENEA 5D0CA 4NR6A 5FE0A 5E9LA 1ZS5A 5DW1A 4CUQA 2E7OA 5HLSA 3O34A 4XUAA 3VKHA 4QUTA 4TZ2A 5ENFA 3LJWA 4HBVA 3U5OA 5CQ3A 2RNYA 4FLPA 4TZ8A 5E74A 5D3NA 5FE9A 3UVYA 2H60A 4IR4A 4UYFB 4NR4A 4NRCA 4UYEA 4YYIA 4HXLA 4MENA 5LKZA 4LYWA 3HMEA 3P1EA 4QYLA 5AD2A 4QSRA 3Q2EA 5HENA 4Q0OA 3JVMA 3NXBA 2DATA 3SVGA 4HXOA 3HMHA 5H1VA 3LXJA 4A9KA 5EGUA 4MEPA 2DVVA 5I7XA 4LZSA 5ENCA 5EWWA 3D7CA 4A9IA 3LQIA 2L85A 4LZRA 5CUBA 4NQNA 4Q0NA 5HEMA 2LSPB 5G4SA 5EA1A 4A9JA 5F2PA 5BT3A 1WUMA 4MR5A 5FB1A 3O35A 3GG3A 5D3PA 4TS8A 5EWCA 5L99A 5FH8A 4NRAA 5DFBA 4NXJA 5HFQA 4NR7A 3Q2FA 4QR4A 5F61A 5FG5A 4QR3A 5F1LA 4A9NA 4N4HA 4YYKA 5A7CA 5IG6A 1JM4B 5D26A 2EJNA 5E3GA 5F5ZA 4QSUA 4IORA 5CUGA 4QEWA 2YW5A 4AKHA 4UITA 4YY6A 1WUGA 5F62A 4E96A 3UVDA 5HQ5A 4WHWA 5IGLA 5A82A
chains in the Genus database with same CATH topology
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