5E9YA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with mpd
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
b'SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 39
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5e9yA00
4X2IA 3HMFA 4UIWA 5FB0A 4PCIA 5J0DA 5DLXA 4UYHA 4CURA 5FE3A 5G4SA 5F2PA 5FB1A 5E0RA 3UVDA 4YBSA 4LYWA 4N4HA 5DLZA 4HXKA 4CFKA 5JI8A 5L99A 4TTEA 5EWVA 1X0JA 2DATA 4WIVA 4Y03A 4YYDA 4HXOA 1F68A 3U5JA 3HMHA 5CS8A 4HBXA 5G4RA 5HM0A 5A81A 5DFCA 5E9LA 4LZSA 5I86A 4UYGA 5A85A 5LKZA 4NQNA 3MQMA 5F36A 4HXPA 5D3SA 1ZS5A 5ENFA 4J0SA 2L85A 5FE9A 3TLPA 4LDFA 5IGLA 5DX4A 5E7DA 5CFWA 5F62A 4UIZA 4O78A 4CLBA 2DVQA 4TZ8A 5A5NA 4IORA 5EPRA 2KTBB 4BJXA 5DYUA 2DKWA 2YW5A 4YYKA 4HBVA 5FG4A 2OO1A 4NR9A 3MB4A 4NR4A 4LZ2A 4E96A 5EISA 4IOOA 2YYNA 4NQMA 4BW2A 4O7AA 2OSSA 4YADA 5FE2A 3UVWA 3U5MA 4N4GA 5HRVA 5EV9A 5HJCA 5C85A 5F5ZA 3FKMX 4XYAA 3MB3A 2WP2A 5CPEA 5CY9A 3LQIA 5EK9A 4A9NA 4PCEA 2E3KA 5ENCA 3MULA 4CUSA 4CFLA 5CUAA 5C89A 3ZYUA 5L97A 5DKCA 5CUDA 2DVRA 2LSPB 2FSAA 4ZW1A 5EWHA 5D0CA 5CQTA 5FE1A 5I88A 5C8GA 5IG6A 5EP7A 5LKUA 5I1QA 5HQ7A 2DWWA 4O75A 4QSWA 4TZ2A 4XY9A 5LJ1A 5EWCA 3AQAA 2GRCA 5CTLA 2H60A 4TYLA 5ENJA 4HXSA 3G0JA 5EQ1A 5KTXA 4DONA 5ETDA 4RVRA 3LJWA 5DW1A 4YYIA 4TU6A 4MR4A 4O7FA 3D7CA 3QZTA 5KTWA 2NXBA 3UV4A 4QNSA 4UIXA 5HQ5A 4QB3A 5F60A 2DVVA 5FFYA 3U5PA 5A5RA 4C66A 5CUCA 5D26A 5CQ4A 5DFDA 4BW1A 3IU6A 2I7KA 5I83A 4HXLA 5DKHA 5HELA 5FG5A 2RFJA 5A5QA 4CL9A 1EQFA 4MR5A 4HXRA 5LVRA 4UIUA 4CUTA 4O7BA 3DAIA 4QYDA 5ENBA 5EU1A 4QC3A 3U5OA 5ENEA 5E9YA 4TU4A 4A9JA 2YDWA 3LXJA 2YEMA 5TCMA 4QR3A 4NRCA 4QEWA 5E3DA 4YYMA 5H1UA 4J0RA 4NYXA 1JM4B 2RI7A 4O74A 5BT5A 2R10A 1WUGA 4NUEA 4PTBA 4QSTA 5K29A 2F6NA 5D3TA 5I89A 5IIDA 5KTUA 5AMEA 4J3IA 4QZSA 5FH7A 5HLSA 4NUCA 5F1LA 3O35A 4QR5A 3S91A 5D7XA 4Q0NA 4LC2A 4LZRA 3UV5A 2G4AA 5EVAA 5DY7A 4QSQA 5A5PA 4LR6A 2I8NA 3Q2FA 4A9FA 4Z93A 5I7YA 2RO1A 4IR3A 4J1PA 4IOQA 4QEVA 4QSRA 5HQ6A 5LKTA 2YELA 5EA1A 3MXFA 4QSXA 5A5SA 4Z1QA 4NYVA 5E9IA 5ENIA 5LJ0A 4KV4A 5F25A 5DYCA 4PS5A 4KV1A 5CP5A 5E9VA 2R0YA 3QZSA 5CQ7A 5D3HA 1N72A 4YY4A 3MUKA 4QUTA 4NR6A 5IBNA 5ENHA 2D9EA 5A82A 2RS9B 2RNYA 5FDZA 2E7NA 3RCWA 3SVFA 3S92A 5FE4A 4XY8A 1JSPB 5E9MA 5A5OA 5DFBA 4O7CA 3JVMA 5E9KA 4Z6HA 5HFQA 3P5OA 5FFWA 5DBMA 5DYAA 2E7OA 5E74A 5KO4A 2MJVB 5A7CA 5CU8A 4A9IA 4YBMA 4QC1A 4BW4A 5FE8A 5D3NA 4F3IA 3G0LA 3GG3A 3U5KA 2DVSA 2N9GA 5FFVA 2R0VA 4MR6A 5HRXA 5DW2A 3P1CA 4OGJA 4BHWA 2YQDA 4A9EA 4QSPA 5EI4A 3UVYA 1E6IA 5F61A 5CUGA 3UVXA 2F6JA 4A9HA 3O36A 4GPJA 5CQ3A 4MR3A 5KHMA 5A83A 4MEQA 5FE5A 4NS5A 5EWWA 4UYDA 3LQJA 4CUUA 5H1TA 5HENA 3O33A 3UV2A 4YATA 5ENGA 5F3AA 4ALHA 4PKLA 5EM3A 4YYGA 5FE7A 5IGKA 4UIYA 4HXMA 4YH3A 5L8TA 5LUUA 4N3WA 4TT2A 5H1VA 4O70A 4YABA 4OUFA 4NRAA 5II2A 3SVHA 5C7NA 2OUOA 5EWDA 4C67A 5JWMA 4UYEA 3UW9A 4UYFB 5LKXA 4NYWA 1WUMA 4YK0A 5COIA 5C4QA 4IR5A 4O71A 4LYIA 4OGIA 4HBWA 4Q0OA 4A9OA 4YYHA 5HRWA 5FG6A 3U5NA 4QUUA 4N4IA 3O37A 5I80A 2L84A 4TT6A 5AD3A 4YYNA 3HMEA 4WHWA 4KCXA 5BT3A 5ETBA 3I3JA 5ACYA 5CQ8A 2RNWA 5BT4A 5IGMA 3U5LA 5CRZA 3SVGA 4PY6A 4FLPA 5D3PA 5F63A 4NR7A 5CGPA 4UYFA 4TT4A 4AKNA 4Z6IA 4O72A 4QEUA 4NR5A 4YC9A 5HCLA 5C87A 4A9MA 4NRBA 4TS8A 5KU3A 4HBYA 5HEMA 3O34A 5CUEA 5FBXA 4ZQLA 5E73A 5DKDA 5L98A 4ZC9A 4MENA 4BW3A 5I7XA 2YEKA 4TQNA 5AD2A 4O77A 5L96A 5D25A 3QZVA 3DWYA 4QY4A 5H85A 4A9KA 5D3JA 4O7EA 5IGNA 5LVQA 5L8UA 4YY6A 4YH4A 4IR4A 5D3LA 5I29A 4QSSA 4MEPA 5II1A 3LQHA 4A9LA 5FH8A 4HXNA 3JVKA 4NUDA 5EGUA 4IR6A 4UITA 5AMFA 4UIVA 4LYSA 5EICA 3P1EA 3Q2EA 5FH6A 5FE6A 3P1FA 5E3GA 5CZGA 4XUAA 4LRGA 4QSUA 4Z1SA 3NXBA 4ALGA 4MEOA 2R0SA 5CQ5A 2D82A 4NXJA 3IU5A 3ONIA 3JVLA 5DYXA 5I40A 3AADA 4NR8A 4N4FA 4QBMA 5FE0A 5F1HA 4O76A 5EPSA 3JVJA 4CUQA 4YAXA 5CRMA 4QYLA 5CQAA 4WHUA 3P1DA 4QSVA 4QR4A 5CUBA 2WP1A 4XUBA 3K2JA 5D3RA 4YYJA 5EPBA 5LJ2A 2L5EA 5D24A 2RNXA 5HFRA 4CUPA 5CQ6A 4YBTA 5TB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X2IA 3HMFA 4UIWA 5FB0A 4PCIA 1ZKRA 5J0DA 5DLXA 4UYHA 4CURA 5FE3A 5G4SA 5F2PA 5FB1A 5E0RA 3UVDA 4YBSA 4LYWA 4N4HA 5DLZA 4HXKA 4CFKA 5JI8A 5L99A 4TTEA 5EWVA 1X0JA 2DATA 4WIVA 4Y03A 4YYDA 4HXOA 1F68A 3U5JA 3HMHA 5CS8A 4HBXA 5G4RA 5HM0A 3VKHA 5A81A 5DFCA 5E9LA 4LZSA 5I86A 4UYGA 5A85A 3D1DA 5LKZA 4NQNA 3MQMA 5F36A 4HXPA 5D3SA 1ZS5A 5ENFA 4J0SA 2L85A 5FE9A 3TLPA 4LDFA 5IGLA 5DX4A 5E7DA 5CFWA 5F62A 4UIZA 4O78A 4CLBA 2DVQA 4TZ8A 5A5NA 4IORA 5EPRA 2KTBB 4BJXA 5DYUA 2DKWA 2YW5A 4YYKA 4HBVA 5FG4A 2OO1A 4NR9A 3MB4A 4NR4A 4LZ2A 4E96A 5EISA 4IOOA 2YYNA 4NQMA 4BW2A 4O7AA 2OSSA 4YADA 5FE2A 3UVWA 3U5MA 4N4GA 5HRVA 5EV9A 5HJCA 5C85A 5F5ZA 3FKMX 4XYAA 3MB3A 2WP2A 5CPEA 4AKIA 5CY9A 3LQIA 5EK9A 4A9NA 4PCEA 2E3KA 5ENCA 3MULA 4CUSA 4CFLA 5CUAA 5C89A 3ZYUA 5L97A 5DKCA 5CUDA 2DVRA 2LSPB 2FSAA 4ZW1A 5EWHA 5D0CA 5CQTA 3VKGA 5FE1A 5I88A 5C8GA 5IG6A 5EP7A 5LKUA 5I1QA 5HQ7A 2DWWA 4O75A 4QSWA 4TZ2A 4XY9A 5LJ1A 5EWCA 3AQAA 2GRCA 5CTLA 2H60A 4TYLA 5ENJA 4HXSA 3G0JA 5EQ1A 5KTXA 4DONA 3ERRA 5ETDA 4RVRA 3LJWA 5DW1A 4YYIA 4TU6A 4MR4A 4O7FA 3D7CA 3QZTA 5KTWA 2NXBA 3UV4A 4QNSA 4UIXA 5HQ5A 4QB3A 5F60A 2DVVA 5FFYA 3U5PA 5A5RA 4C66A 5CUCA 5D26A 5CQ4A 5DFDA 4BW1A 3IU6A 2I7KA 5I83A 4HXLA 5DKHA 5HELA 5FG5A 2RFJA 5A5QA 4CL9A 1EQFA 4MR5A 4HXRA 5LVRA 4UIUA 4CUTA 4O7BA 3DAIA 4QYDA 5ENBA 5EU1A 4QC3A 3U5OA 5ENEA 5E9YA 4TU4A 4A9JA 2YDWA 3LXJA 2YEMA 5TCMA 4QR3A 4NRCA 4QEWA 5E3DA 4YYMA 5H1UA 4J0RA 4NYXA 1JM4B 2RI7A 4O74A 5BT5A 2R10A 1WUGA 4NUEA 4PTBA 4QSTA 5K29A 2F6NA 5D3TA 5I89A 5IIDA 5KTUA 5AMEA 4J3IA 4QZSA 5FH7A 5HLSA 4NUCA 5F1LA 3O35A 4QR5A 3S91A 5D7XA 4Q0NA 4LC2A 4LZRA 3UV5A 2G4AA 5EVAA 5DY7A 4QSQA 5A5PA 4LR6A 2I8NA 3Q2FA 4A9FA 4Z93A 5I7YA 2RO1A 4IR3A 4J1PA 4IOQA 4QEVA 4QSRA 5HQ6A 5LKTA 2YELA 5EA1A 3MXFA 4QSXA 5A5SA 4Z1QA 4NYVA 5E9IA 5ENIA 5LJ0A 4KV4A 5F25A 5DYCA 4PS5A 4KV1A 5CP5A 5E9VA 2R0YA 3QZSA 5CQ7A 1PUOA 5D3HA 1N72A 4YY4A 3MUKA 4QUTA 4NR6A 5IBNA 5ENHA 2D9EA 5A82A 2RS9B 2RNYA 5FDZA 2E7NA 3RCWA 3SVFA 4AI6A 3S92A 5FE4A 4XY8A 1JSPB 5E9MA 5A5OA 5DFBA 4O7CA 3JVMA 5E9KA 4Z6HA 5HFQA 3P5OA 5FFWA 5DBMA 5DYAA 2E7OA 5E74A 5KO4A 2MJVB 5A7CA 5CU8A 4A9IA 4YBMA 4QC1A 4BW4A 5FE8A 5D3NA 4F3IA 3G0LA 3GG3A 3U5KA 2DVSA 2N9GA 5FFVA 2R0VA 4MR6A 5HRXA 5DW2A 3P1CA 4OGJA 4BHWA 2YQDA 4A9EA 4QSPA 5EI4A 3UVYA 1E6IA 5F61A 5CUGA 3UVXA 2F6JA 4A9HA 3O36A 4GPJA 5CQ3A 4MR3A 5KHMA 5A83A 4MEQA 5FE5A 4NS5A 5EWWA 4UYDA 3LQJA 4CUUA 5H1TA 5HENA 3O33A 3UV2A 4YATA 5ENGA 5F3AA 2EJNA 4ALHA 4PKLA 5EM3A 4YYGA 5FE7A 5IGKA 4UIYA 4HXMA 4YH3A 5L8TA 5LUUA 4N3WA 4TT2A 5H1VA 4O70A 4YABA 4OUFA 4NRAA 5II2A 3SVHA 5C7NA 2OUOA 5EWDA 4C67A 5JWMA 4UYEA 3UW9A 4UYFB 5LKXA 4NYWA 1WUMA 4YK0A 5COIA 5C4QA 4IR5A 4O71A 4LYIA 4OGIA 4HBWA 4AKGA 4Q0OA 4A9OA 4YYHA 3D1BA 5HRWA 5FG6A 3U5NA 4QUUA 4N4IA 3O37A 5I80A 2L84A 4TT6A 5AD3A 4YYNA 3HMEA 4WHWA 4KCXA 5BT3A 5ETBA 3I3JA 5ACYA 5CQ8A 2RNWA 5BT4A 5IGMA 3U5LA 5CRZA 3SVGA 4PY6A 4FLPA 5D3PA 5F63A 4NR7A 5CGPA 4UYFA 4TT4A 4AKNA 4Z6IA 4O72A 4QEUA 4NR5A 4YC9A 5HCLA 5C87A 4A9MA 4NRBA 4TS8A 5KU3A 4HBYA 5HEMA 3O34A 5CUEA 5FBXA 4ZQLA 5E73A 5DKDA 5L98A 4ZC9A 4MENA 4BW3A 5I7XA 2YEKA 4TQNA 5AD2A 4O77A 5L96A 5D25A 3QZVA 3DWYA 4QY4A 5H85A 4A9KA 5D3JA 4O7EA 5IGNA 5LVQA 5L8UA 4YY6A 4YH4A 4IR4A 5D3LA 5I29A 4QSSA 4MEPA 5II1A 3LQHA 4A9LA 5FH8A 4HXNA 3JVKA 4NUDA 5EGUA 4IR6A 4UITA 5AMFA 4UIVA 4LYSA 5EICA 3P1EA 3Q2EA 5FH6A 5FE6A 3P1FA 5E3GA 5CZGA 4XUAA 4LRGA 4QSUA 4Z1SA 3NXBA 4ALGA 4MEOA 2R0SA 5CQ5A 2D82A 4NXJA 3IU5A 3ONIA 3JVLA 5DYXA 5I40A 3AADA 4NR8A 4N4FA 4QBMA 5FE0A 5F1HA 4O76A 4AKHA 5EPSA 3JVJA 4CUQA 4YAXA 5CRMA 4QYLA 5CQAA 4WHUA 3P1DA 4QSVA 4QR4A 5CUBA 2WP1A 4XUBA 3K2JA 5D3RA 4YYJA 5EPBA 5LJ2A 2L5EA 5D24A 2RNXA 5HFRA 4CUPA 5CQ6A 4YBTA 5TB6A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4X2I A;  3HMF A;  4UIW A;  5FB0 A;  4PCI A;  5J0D A;  5DLX A;  4UYH A;  4CUR A;  5FE3 A;  5G4S A;  5F2P A;  5FB1 A;  5E0R A;  3UVD A;  4YBS A;  4LYW A;  4N4H A;  5DLZ A;  4HXK A;  4CFK A;  5JI8 A;  5L99 A;  4TTE A;  5EWV A;  1X0J A;  2DAT A;  4WIV A;  4Y03 A;  4YYD A;  4HXO A;  1F68 A;  3U5J A;  3HMH A;  5CS8 A;  4HBX A;  5G4R A;  5HM0 A;  5A81 A;  5DFC A;  5E9L A;  4LZS A;  5I86 A;  4UYG A;  5A85 A;  5LKZ A;  4NQN A;  3MQM A;  5F36 A;  4HXP A;  5D3S A;  1ZS5 A;  5ENF A;  4J0S A;  2L85 A;  5FE9 A;  3TLP A;  4LDF A;  5IGL A;  5DX4 A;  5E7D A;  5CFW A;  5F62 A;  4UIZ A;  4O78 A;  4CLB A;  2DVQ A;  4TZ8 A;  5A5N A;  4IOR A;  5EPR A;  2KTB B;  4BJX A;  5DYU A;  2DKW A;  2YW5 A;  4YYK A;  4HBV A;  5FG4 A;  2OO1 A;  4NR9 A;  3MB4 A;  4NR4 A;  4LZ2 A;  4E96 A;  5EIS A;  4IOO A;  2YYN A;  4NQM A;  4BW2 A;  4O7A A;  2OSS A;  4YAD A;  5FE2 A;  3UVW A;  3U5M A;  4N4G A;  5HRV A;  5EV9 A;  5HJC A;  5C85 A;  5F5Z A;  3FKM X;  4XYA A;  3MB3 A;  2WP2 A;  5CPE A;  5CY9 A;  3LQI A;  5EK9 A;  4A9N A;  4PCE A; 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