5EK9A

Crystal structure of the second bromodomain of human brd2 in complex with a tetrahydroquinoline inhibitor
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
107
structure length
107
Chain Sequence
EQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Exploiting a water network to achieve enthalpy-driven, bromodomain-selective BET inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 37
structure length 107
sequence length 107
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ek9A00
5CFWA 5J0DA 4QSTA 4KCXA 5HQ5A 5DX4A 4TS8A 4UYEA 5KU3A 2RNXA 3Q2FA 2YEKA 5I7XA 5FE3A 2RNYA 5CRZA 5HFRA 4J3IA 4UIYA 4CUPA 4FLPA 4PCEA 5EU1A 4YYKA 4Z6IA 3S92A 4UITA 5CGPA 3U5LA 5G4RA 5ENHA 1ZS5A 4NR7A 3SVGA 4LYSA 4A9FA 5EP7A 5AD3A 2OUOA 2KTBB 4UIZA 4HBWA 2DVSA 5E9MA 3ZYUA 4YYMA 2E3KA 5LVQA 4QUUA 3DWYA 4XUAA 5ENIA 5HELA 5FBXA 4NYXA 5IIDA 5E9IA 5BT4A 4BW4A 4UIWA 5CQ8A 5C4QA 4UYGA 4QYDA 4Z93A 4XY8A 4J1PA 4UIVA 3U5OA 5FE0A 5ENFA 3P1FA 3O36A 4OGIA 5I1QA 5TCMA 4AKNA 4UYHA 3UV4A 5E73A 4QSXA 5H1TA 2DVRA 2I7KA 4CUSA 3P1EA 5HQ7A 3UVYA 5LJ2A 4NUCA 4YYNA 4Z1SA 5I83A 5F3AA 5EWVA 3MUKA 4IR6A 4UYFB 2WP1A 4N4FA 5F62A 5E9YA 2D82A 5A5PA 5DBMA 4CUQA 5CPEA 5A82A 4Z6HA 4O7FA 5IGNA 5ETBA 3QZVA 4C66A 4QC1A 5IGMA 5E3DA 3ONIA 4DONA 5EPBA 4O72A 4O71A 5EGUA 5DKDA 4BW1A 4YYHA 4Q0OA 5F1HA 4O7BA 5CUDA 5I80A 3U5NA 5CZGA 4QC3A 5H1UA 5CUAA 3UV5A 1WUGA 4A9MA 4CLBA 2L5EA 4LYWA 4QB3A 4TT2A 5CQTA 4N4HA 3U5PA 5CQ6A 4QR5A 5FH6A 3HMFA 4PKLA 5CUEA 4MEPA 4CUTA 5BT5A 5FE9A 5CUGA 4A9OA 5A83A 4PY6A 5E74A 2WP2A 5L96A 4LC2A 5LKXA 2E7NA 5A5NA 4NRAA 5ENGA 3G0LA 4O77A 5F1LA 5ETDA 2DWWA 4YH4A 3I3JA 4YBMA 5C89A 4WHUA 4QSUA 4QR3A 2D9EA 2E7OA 3JVLA 5CQAA 4ZQLA 5FFYA 3HMHA 1N72A 4LDFA 3UVWA 5IBNA 3U5JA 3P1CA 4HXPA 4LYIA 5EQ1A 5DYUA 4J0SA 5ENJA 4NYVA 3LXJA 5A5OA 2G4AA 3G0JA 2OSSA 4HBVA 4LRGA 5D3RA 5CUCA 4UIXA 4HXRA 2R0YA 5FH8A 4YAXA 5TB6A 5KTWA 5DW2A 5DW1A 4A9LA 5K29A 4A9KA 5JWMA 5FFWA 2YYNA 5HJCA 3JVJA 4QSWA 2YW5A 5L8TA 4WHWA 5EA1A 5FE4A 4TT4A 2R10A 4ZC9A 4QSQA 5IGLA 4N4IA 5ENEA 5I88A 4WIVA 5IG6A 5KHMA 4QR4A 2DATA 3LQIA 3MB3A 2F6NA 5EVAA 2YELA 4YBTA 5DKCA 5FG6A 5CQ4A 4UYFA 5HCLA 5DYAA 4Z1QA 5F36A 3MULA 5FDZA 4NR4A 5KTXA 5DFCA 1E6IA 5AMFA 3UW9A 4BW3A 5LKUA 5LJ1A 4YYGA 4NR8A 5D3HA 4QSRA 4TU6A 5H85A 4NQMA 4QZSA 4GPJA 4KV1A 2L85A 4NRCA 4QNSA 4E96A 1EQFA 2OO1A 4Q0NA 5A81A 2H60A 5D24A 2RNWA 5DYXA 4YYIA 4BJXA 3TLPA 5FB0A 5I86A 3GG3A 3MQMA 4NR5A 5LUUA 5HFQA 4HXOA 4XYAA 2R0VA 5HLSA 3U5MA 4PS5A 3P5OA 5EISA 2FSAA 5CP5A 2GRCA 3O37A 5E9LA 5A5SA 4YABA 5EM3A 5E0RA 4YY4A 5HEMA 5EPRA 5D25A 5EI4A 2DVVA 3UV2A 4PCIA 5COIA 5A85A 4HXKA 3O35A 4NR9A 3DAIA 3U5KA 4YYDA 4IOQA 4LZ2A 4HXSA 4A9EA 3K2JA 4QYLA 5D0CA 5D3TA 5CUBA 4NQNA 5CRMA 5DLXA 5HRXA 4NRBA 5A5QA 4O74A 4OUFA 5IGKA 4YK0A 5FG4A 2I8NA 4CL9A 5AMEA 5I40A 5CQ7A 5ACYA 5I7YA 5L99A 2YDWA 3QZSA 5D26A 5FFVA 2NXBA 4MEOA 3MB4A 2YQDA 4IORA 5CU8A 5DYCA 5F25A 5FE1A 4TZ2A 4CURA 5F2PA 4QY4A 3LJWA 5E7DA 5EWHA 4HBYA 5FE7A 1WUMA 5F60A 3SVFA 4O78A 4MR5A 2DKWA 4N3WA 4O70A 1F68A 4UYDA 5EV9A 2RI7A 5JI8A 3QZTA 4RVRA 5L8UA 4IR3A 2DVQA 5C7NA 3LQJA 5LJ0A 4KV4A 5HRVA 2N9GA 4MR4A 3UVDA 5FE5A 5FE2A 4NUEA 5HRWA 4MEQA 2RFJA 5FB1A 3FKMX 4A9NA 2YEMA 4QSSA 4YYJA 5HM0A 4TQNA 5HENA 4N4GA 5H1VA 4BW2A 5F63A 5FH7A 2L84A 4YY6A 5EICA 5I29A 4BHWA 4O7EA 5II2A 4TYLA 5BT3A 5F5ZA 4QSVA 3Q2EA 4TTEA 2RO1A 4A9HA 5A7CA 5D3JA 5FE8A 4Y03A 4MR3A 5D3SA 4A9JA 3AQAA 4QBMA 5EK9A 3IU6A 4OGJA 5EWCA 5CY9A 5AD2A 4O7AA 3AADA 4MR6A 5LKTA 5E3GA 3MXFA 5CTLA 5EPSA 4NXJA 4A9IA 2MJVB 4TZ8A 5DFDA 5LKZA 3JVKA 3S91A 3IU5A 4MENA 3O33A 5E9KA 4ALHA 4QEVA 4XY9A 4YBSA 4CFLA 4F3IA 4HXMA 4QUTA 4TU4A 5E9VA 4ZW1A 4O76A 3JVMA 4O75A 4HXNA 3NXBA 4YC9A 4YH3A 4X2IA 4CFKA 5I89A 4LZRA 5II1A 1JSPB 4NS5A 3P1DA 4ALGA 5C8GA 1X0JA 4CUUA 3RCWA 2R0SA 5CQ5A 3LQHA 5C87A 5D3NA 4IR4A 4YADA 5EWWA 5C85A 4C67A 4XUBA 5L97A 4YATA 4IR5A 4HXLA 4HBXA 5F61A 5D7XA 5FE6A 5G4SA 5D3PA 5LVRA 3SVHA 4PTBA 5EWDA 4NYWA 5DKHA 5CS8A 5ENCA 4O7CA 2LSPB 5DY7A 5KTUA 4QSPA 5ENBA 1JM4B 4LZSA 4LR6A 3UVXA 3HMEA 5A5RA 5DFBA 5HQ6A 2RS9B 4J0RA 2F6JA 4QEUA 5FG5A 4NR6A 4UIUA 4QEWA 3O34A 5DLZA 4IOOA 5KO4A 5D3LA 5CQ3A 4NUDA 3D7CA 5L98A 4TT6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CFWA 5J0DA 4QSTA 4KCXA 5HQ5A 5DX4A 4TS8A 4UYEA 5KU3A 2RNXA 3Q2FA 2YEKA 5I7XA 5FE3A 2RNYA 5CRZA 5HFRA 4J3IA 4UIYA 4CUPA 4FLPA 4PCEA 5EU1A 4YYKA 4Z6IA 3S92A 4UITA 5CGPA 3U5LA 5G4RA 5ENHA 1ZS5A 4NR7A 3SVGA 4LYSA 4A9FA 5EP7A 5AD3A 2OUOA 2KTBB 4UIZA 4HBWA 2DVSA 5E9MA 3ZYUA 4YYMA 2E3KA 5LVQA 4QUUA 3DWYA 4XUAA 5ENIA 5HELA 5FBXA 4NYXA 5IIDA 5E9IA 5BT4A 4BW4A 4UIWA 5CQ8A 5C4QA 4UYGA 4QYDA 4Z93A 4XY8A 4J1PA 4UIVA 3U5OA 5FE0A 5ENFA 3P1FA 3O36A 4OGIA 5I1QA 5TCMA 4AKNA 4UYHA 3UV4A 5E73A 4QSXA 4AKHA 5H1TA 2DVRA 2I7KA 4CUSA 3P1EA 5HQ7A 3UVYA 5LJ2A 4NUCA 4YYNA 4Z1SA 5I83A 5F3AA 5EWVA 3MUKA 4IR6A 4UYFB 2WP1A 4N4FA 5F62A 5E9YA 2D82A 5A5PA 5DBMA 4CUQA 5CPEA 5A82A 4Z6HA 4O7FA 5IGNA 5ETBA 3QZVA 4C66A 4QC1A 5IGMA 5E3DA 3ONIA 4DONA 5EPBA 3VKHA 4O72A 4O71A 5EGUA 5DKDA 4BW1A 4YYHA 4Q0OA 5F1HA 4O7BA 5CUDA 5I80A 3U5NA 5CZGA 4QC3A 5H1UA 5CUAA 3UV5A 1WUGA 4A9MA 4CLBA 2L5EA 4LYWA 4QB3A 4TT2A 5CQTA 4N4HA 3U5PA 5CQ6A 4QR5A 5FH6A 3HMFA 4PKLA 5CUEA 4MEPA 4CUTA 5BT5A 5FE9A 5CUGA 4A9OA 5A83A 4PY6A 5E74A 2WP2A 5L96A 4LC2A 5LKXA 2E7NA 5A5NA 4NRAA 5ENGA 3G0LA 4O77A 5F1LA 5ETDA 2DWWA 4YH4A 3I3JA 4YBMA 5C89A 4WHUA 4QSUA 4QR3A 2D9EA 2E7OA 3JVLA 5CQAA 4ZQLA 5FFYA 3HMHA 1N72A 4LDFA 3UVWA 5IBNA 3U5JA 3P1CA 4HXPA 4LYIA 5EQ1A 5DYUA 4J0SA 5ENJA 4NYVA 3LXJA 5A5OA 2G4AA 3G0JA 2OSSA 4HBVA 4LRGA 5D3RA 5CUCA 4UIXA 4HXRA 2R0YA 5FH8A 4YAXA 5TB6A 5KTWA 5DW2A 1PUOA 5DW1A 4A9LA 5K29A 4A9KA 3ERRA 5FFWA 5JWMA 2YYNA 5HJCA 3JVJA 4QSWA 2YW5A 5L8TA 4WHWA 5EA1A 5FE4A 4TT4A 2R10A 4ZC9A 4QSQA 5IGLA 4N4IA 5ENEA 5I88A 4WIVA 5IG6A 5KHMA 3VKGA 4QR4A 2DATA 3LQIA 3MB3A 2F6NA 5EVAA 2YELA 4YBTA 5DKCA 5FG6A 3D1BA 5CQ4A 4UYFA 5HCLA 5DYAA 4Z1QA 5F36A 3MULA 5FDZA 4NR4A 5KTXA 1E6IA 5DFCA 5AMFA 3UW9A 4BW3A 5LKUA 5LJ1A 4YYGA 4NR8A 5D3HA 4QSRA 4TU6A 5H85A 4AKIA 4NQMA 4QZSA 4GPJA 4KV1A 2L85A 4NRCA 4QNSA 4E96A 1EQFA 2OO1A 4Q0NA 5A81A 2H60A 5D24A 2RNWA 5DYXA 4YYIA 4BJXA 3TLPA 5FB0A 5I86A 3GG3A 3MQMA 4NR5A 5LUUA 5HFQA 4HXOA 1ZKRA 4XYAA 2R0VA 5HLSA 3U5MA 4PS5A 3P5OA 5EISA 2FSAA 5CP5A 2GRCA 3O37A 5E9LA 5A5SA 4YABA 5EM3A 5E0RA 4YY4A 5HEMA 5EPRA 5D25A 5EI4A 2DVVA 3UV2A 4PCIA 5COIA 5A85A 4HXKA 3O35A 4NR9A 3DAIA 3U5KA 4YYDA 4IOQA 4LZ2A 4HXSA 4A9EA 3K2JA 4QYLA 5D0CA 5D3TA 5CUBA 4NQNA 5CRMA 5DLXA 5HRXA 4NRBA 5A5QA 4O74A 4OUFA 5IGKA 4YK0A 5FG4A 2I8NA 4CL9A 5AMEA 5I40A 5CQ7A 5ACYA 5I7YA 5L99A 2YDWA 3QZSA 4AKGA 5D26A 5FFVA 2NXBA 4MEOA 3MB4A 4AI6A 2YQDA 4IORA 5CU8A 5DYCA 5F25A 5FE1A 4TZ2A 4CURA 5F2PA 4QY4A 3LJWA 3D1DA 5E7DA 5EWHA 4HBYA 5FE7A 1WUMA 5F60A 3SVFA 4O78A 4MR5A 2DKWA 4N3WA 4O70A 1F68A 4UYDA 5EV9A 2RI7A 5JI8A 3QZTA 4RVRA 5L8UA 4IR3A 2DVQA 5C7NA 3LQJA 5LJ0A 4KV4A 5HRVA 2N9GA 4MR4A 3UVDA 5FE5A 5FE2A 4NUEA 5HRWA 4MEQA 2RFJA 5FB1A 3FKMX 4A9NA 2YEMA 4QSSA 4YYJA 5HM0A 4TQNA 5HENA 4N4GA 5H1VA 4BW2A 5F63A 5FH7A 2L84A 4YY6A 5EICA 5I29A 4BHWA 4O7EA 5II2A 4TYLA 5BT3A 5F5ZA 4QSVA 3Q2EA 4TTEA 2RO1A 4A9HA 5A7CA 5D3JA 5FE8A 4Y03A 4MR3A 5D3SA 4A9JA 3AQAA 4QBMA 5EK9A 3IU6A 4OGJA 5EWCA 5CY9A 5AD2A 4O7AA 3AADA 4MR6A 5LKTA 5E3GA 3MXFA 5CTLA 5EPSA 4NXJA 4A9IA 2MJVB 4TZ8A 5DFDA 5LKZA 3JVKA 3S91A 3IU5A 4MENA 3O33A 5E9KA 4ALHA 4QEVA 4XY9A 4YBSA 4CFLA 4F3IA 4HXMA 4QUTA 4TU4A 5E9VA 4ZW1A 4O76A 3JVMA 4O75A 4HXNA 3NXBA 4YC9A 4YH3A 4X2IA 4CFKA 2EJNA 5I89A 4LZRA 5II1A 1JSPB 4NS5A 3P1DA 4ALGA 5C8GA 1X0JA 4CUUA 3RCWA 2R0SA 5CQ5A 3LQHA 5C87A 5D3NA 4IR4A 4YADA 5EWWA 5C85A 4C67A 4XUBA 5L97A 4YATA 4IR5A 4HXLA 4HBXA 5F61A 5D7XA 5FE6A 5G4SA 5D3PA 5LVRA 3SVHA 4PTBA 5EWDA 4NYWA 5DKHA 5CS8A 5ENCA 4O7CA 2LSPB 5DY7A 5KTUA 4QSPA 5ENBA 1JM4B 4LZSA 4LR6A 3UVXA 3HMEA 5A5RA 5DFBA 5HQ6A 2RS9B 4J0RA 2F6JA 4QEUA 5FG5A 4NR6A 4UIUA 4QEWA 3O34A 5DLZA 4IOOA 5KO4A 5D3LA 5CQ3A 4NUDA 3D7CA 5L98A 4TT6A
chains in the Genus database with same CATH topology
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