5EK9A

Crystal structure of the second bromodomain of human brd2 in complex with a tetrahydroquinoline inhibitor
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
107
structure length
107
Chain Sequence
EQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
publication title Exploiting a water network to achieve enthalpy-driven, bromodomain-selective BET inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 37
structure length 107
sequence length 107
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ek9A00
4Z93A 5D7XA 5II2A 5JWMA 4O7AA 4YYNA 2DVVA 5L8TA 5CRZA 4Q0NA 4CUUA 5H85A 4CURA 4NR6A 4UYHA 5FG6A 1EQFA 4YAXA 4BJXA 5IGKA 4ZC9A 3QZVA 3QZTA 4LYSA 4O70A 4A9OA 4BW4A 3UVWA 5FG4A 4KV1A 2L5EA 5EWCA 5DX4A 5HRXA 5FBXA 5A5NA 5LKTA 5D24A 1E6IA 3UVDA 5LVQA 5BT3A 3RCWA 4LYWA 5A83A 3O36A 4NR4A 5KTWA 5CUGA 2YDWA 4YADA 4NQNA 2RNWA 4HBXA 4QC1A 2L84A 5EWVA 4HXSA 4PKLA 4QNSA 2YEKA 3HMEA 2OSSA 5D3LA 4HBWA 5CUDA 4CFKA 4O71A 4AKNA 5C7NA 3LQJA 2N9GA 2L85A 3U5KA 3LQHA 5I88A 5IGMA 5I89A 4LDFA 4Q0OA 4NUEA 5E9IA 4XY8A 5A85A 4CLBA 4IR3A 2YEMA 5FE1A 4QSVA 2R0VA 4QR5A 2RNYA 5I86A 3U5LA 4O74A 2DWWA 3P5OA 5EWDA 5CUBA 4PCIA 4UYFB 2NXBA 2MJVB 4BW1A 5HFRA 4YYJA 5A5QA 2OO1A 4YH3A 4QUUA 5IGNA 5DY7A 4HBVA 4TT6A 4A9JA 2E7NA 5EV9A 4TU4A 5G4RA 5EPBA 5I29A 3UW9A 1N72A 5E7DA 2DVSA 5CQAA 3FKMX 4A9HA 4LC2A 4IOQA 4C67A 5LJ2A 4CUPA 4HBYA 2H60A 4TU6A 4YY6A 3Q2FA 4O7FA 5C8GA 5F5ZA 1F68A 5EPSA 5D0CA 5EP7A 5A5OA 3O37A 5D3NA 4QSQA 5LKXA 5CUEA 3JVMA 5DKCA 3S92A 3ONIA 5ENCA 5A5RA 5CS8A 4O72A 5DKHA 4TZ2A 4UIYA 3LQIA 4QEUA 5IGLA 4O77A 5TCMA 5E0RA 5LVRA 4HXNA 4Z1QA 2RO1A 4LZSA 5EM3A 2RNXA 3P1DA 2DVQA 4X2IA 4QSUA 3U5PA 4NR9A 4QEVA 4TQNA 5L98A 5TB6A 4OUFA 3QZSA 4GPJA 5AMFA 5HEMA 3HMHA 3Q2EA 4ALGA 3UV2A 5A7CA 3UVXA 5CQ5A 3S91A 4UIVA 5DYAA 3MULA 2R0YA 4A9IA 5LKZA 2D9EA 5E9YA 4NR8A 5ENJA 5ACYA 3MXFA 5CQTA 5FE9A 2YQDA 5A5PA 5D3JA 4A9KA 5D3SA 2WP1A 4NR7A 5C85A 4J0SA 4NYVA 4QSXA 4Y03A 3DAIA 4LRGA 5F60A 4NYXA 2E3KA 5IBNA 3NXBA 2DATA 5A5SA 5CTLA 4XYAA 3G0JA 3SVGA 5D26A 5DFDA 5HM0A 3P1CA 4IOOA 4N4GA 5DKDA 4PTBA 4Z6IA 5E9MA 5EQ1A 3U5MA 4QSPA 3O35A 4QEWA 5FFWA 5HRVA 2DVRA 5FE3A 4LYIA 5E3GA 5A82A 5FE8A 5IIDA 4A9FA 4IR5A 5FB0A 5FE2A 4RVRA 2YW5A 2R0SA 4YC9A 3LXJA 5F2PA 5HQ5A 5F3AA 4UYFA 4YK0A 5EISA 5DBMA 3AADA 5LJ1A 1JM4B 5EI4A 4QYLA 2FSAA 3K2JA 4YYMA 3JVKA 4UIUA 5I7YA 4OGIA 4UYGA 5CPEA 4HXMA 4TTEA 5AD3A 4UIZA 5CQ6A 4TYLA 5CY9A 4YABA 4QB3A 4CUSA 4IORA 4XUBA 3O33A 4YBSA 3MB4A 4YY4A 5KTUA 3ZYUA 5H1TA 4QBMA 4FLPA 3DWYA 5H1UA 5FB1A 4UIWA 5DFBA 4O78A 4QSRA 4XUAA 5ETBA 5HELA 4O7CA 4E96A 5HJCA 5CGPA 4MR3A 5L96A 5KHMA 5F25A 5CRMA 5C87A 4NUCA 4TS8A 3TLPA 5AD2A 5HQ6A 4MR4A 5E9KA 3U5OA 3JVLA 5FFVA 5I1QA 4PCEA 3U5JA 4IR4A 2DKWA 5C4QA 5BT4A 5I80A 5CUCA 4MEQA 5L99A 4MR6A 4YBTA 3JVJA 4QR4A 4QR3A 5DYXA 5F61A 4QSSA 5KTXA 5J0DA 4OGJA 3U5NA 5C89A 5D3PA 4TT2A 3UV4A 3O34A 5DLXA 5E9LA 3D7CA 5D3RA 3MUKA 4A9MA 5E9VA 5F36A 3P1EA 4YYHA 5II1A 2F6JA 4TT4A 1WUGA 5FE5A 4CUTA 4WIVA 2YELA 5HFQA 5L8UA 5H1VA 4NYWA 5I83A 2I8NA 4YYIA 2E7OA 4BHWA 4O75A 4QZSA 5L97A 4KCXA 5I7XA 5G4SA 5K29A 5FE6A 4PY6A 4NRBA 5LKUA 4YH4A 1WUMA 4N4HA 4IR6A 5F63A 4J0RA 5COIA 4ALHA 5CQ4A 5DLZA 5CUAA 4PS5A 4HXOA 5E73A 5DYCA 4NS5A 4LR6A 3IU5A 5DYUA 4NRCA 4C66A 4UITA 3I3JA 5ENHA 3IU6A 5CQ3A 4KV4A 4N3WA 5FH8A 5FFYA 4CUQA 4BW2A 4NXJA 4ZW1A 4UYEA 5DW1A 5DW2A 5E3DA 5D3TA 3HMFA 4YATA 5FDZA 2LSPB 3P1FA 5HRWA 5CP5A 5A81A 5DFCA 4NR5A 5FE7A 5F1HA 4YYGA 4HXPA 4HXRA 5ENEA 5HLSA 1ZS5A 4XY9A 4Z6HA 4O76A 5CQ8A 3LJWA 5LUUA 4N4IA 5ENIA 5ENGA 5EU1A 2KTBB 3AQAA 4O7BA 5ENBA 2OUOA 4NUDA 5E74A 4NQMA 4BW3A 5CZGA 4O7EA 3G0LA 4LZ2A 4TZ8A 3MQMA 4UYDA 5HQ7A 5FE4A 5CQ7A 5EICA 4WHWA 4ZQLA 4J1PA 2WP2A 4QY4A 5FH7A 5FE0A 2RS9B 5EA1A 5EK9A 4CFLA 3UVYA 5F62A 4YBMA 3UV5A 4CL9A 2R10A 5KU3A 2RI7A 3GG3A 5EVAA 5EWHA 2RFJA 4HXLA 4N4FA 4HXKA 4UIXA 5I40A 2GRCA 4QSWA 2I7KA 2G4AA 2YYNA 2D82A 4QUTA 2F6NA 5EWWA 5IG6A 4F3IA 5HCLA 4QSTA 4A9NA 5LJ0A 4A9LA 1X0JA 4QYDA 4MR5A 4MENA 5ENFA 5CFWA 4QC3A 1JSPB 5BT5A 5EPRA 5FG5A 4J3IA 3SVHA 4MEOA 4YYDA 4MEPA 4Z1SA 4LZRA 5CU8A 5D25A 4A9EA 5EGUA 5FH6A 5ETDA 3MB3A 4WHUA 5KO4A 5HENA 4DONA 3SVFA 5JI8A 4NRAA 5D3HA 4YYKA 5F1LA 5AMEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z93A 5D7XA 5II2A 5JWMA 4O7AA 4YYNA 2DVVA 5L8TA 5CRZA 4Q0NA 4CUUA 5H85A 4CURA 4NR6A 4UYHA 5FG6A 1EQFA 4YAXA 4BJXA 5IGKA 4ZC9A 3QZVA 3QZTA 4LYSA 4O70A 4A9OA 4BW4A 3UVWA 5FG4A 4KV1A 2L5EA 5EWCA 5DX4A 5HRXA 5FBXA 5A5NA 5LKTA 5D24A 1E6IA 3UVDA 5LVQA 5BT3A 3RCWA 4LYWA 1PUOA 5A83A 3O36A 4NR4A 5KTWA 5CUGA 2YDWA 4YADA 4NQNA 2RNWA 4HBXA 4QC1A 2L84A 5EWVA 4HXSA 4PKLA 4QNSA 2YEKA 3HMEA 2OSSA 5D3LA 4HBWA 5CUDA 4CFKA 4O71A 4AKNA 5C7NA 3LQJA 2N9GA 2L85A 3U5KA 3LQHA 5I88A 5IGMA 5I89A 4LDFA 4Q0OA 4AI6A 4NUEA 5E9IA 4XY8A 5A85A 4CLBA 4IR3A 2YEMA 5FE1A 4QSVA 2R0VA 4QR5A 2RNYA 5I86A 3U5LA 4O74A 1ZKRA 2DWWA 3P5OA 5EWDA 5CUBA 4PCIA 4UYFB 2NXBA 2MJVB 4BW1A 5HFRA 4YYJA 5A5QA 2EJNA 2OO1A 4YH3A 4QUUA 5IGNA 5DY7A 4HBVA 4TT6A 4A9JA 2E7NA 5EV9A 4TU4A 5G4RA 5EPBA 5I29A 3UW9A 1N72A 5E7DA 2DVSA 5CQAA 3FKMX 4A9HA 4LC2A 4IOQA 4C67A 5LJ2A 4CUPA 4HBYA 2H60A 4TU6A 4YY6A 3Q2FA 4O7FA 5C8GA 5F5ZA 1F68A 5EPSA 5D0CA 5EP7A 5A5OA 3O37A 5D3NA 4QSQA 5LKXA 5CUEA 3JVMA 5DKCA 3S92A 3ONIA 5ENCA 5A5RA 5CS8A 4O72A 3D1BA 5DKHA 4TZ2A 4UIYA 3LQIA 4QEUA 5IGLA 4O77A 5TCMA 5E0RA 5LVRA 4HXNA 4Z1QA 2RO1A 4LZSA 5EM3A 2RNXA 3P1DA 2DVQA 4X2IA 4QSUA 3U5PA 4NR9A 4QEVA 4TQNA 5L98A 5TB6A 4OUFA 3QZSA 4GPJA 5AMFA 5HEMA 3HMHA 3Q2EA 4ALGA 3UV2A 5A7CA 3UVXA 5CQ5A 3S91A 4UIVA 5DYAA 3MULA 2R0YA 4A9IA 5LKZA 2D9EA 5E9YA 4NR8A 5ENJA 5ACYA 3MXFA 5CQTA 3ERRA 5FE9A 2YQDA 5A5PA 5D3JA 4A9KA 5D3SA 3VKHA 2WP1A 4NR7A 5C85A 4J0SA 4NYVA 4QSXA 4Y03A 3DAIA 4LRGA 5F60A 4NYXA 2E3KA 5IBNA 3NXBA 2DATA 5A5SA 5CTLA 4XYAA 3G0JA 3SVGA 5D26A 5DFDA 5HM0A 3P1CA 4IOOA 4N4GA 5DKDA 4PTBA 4Z6IA 5E9MA 5EQ1A 3U5MA 4QSPA 3O35A 4QEWA 5FFWA 5HRVA 2DVRA 5FE3A 4LYIA 5E3GA 5A82A 5FE8A 5IIDA 4A9FA 4IR5A 5FB0A 5FE2A 4RVRA 2YW5A 2R0SA 4YC9A 3LXJA 5F2PA 5HQ5A 5F3AA 4UYFA 4YK0A 5EISA 5DBMA 3AADA 5LJ1A 1JM4B 5EI4A 4QYLA 2FSAA 3K2JA 4YYMA 3JVKA 4UIUA 5I7YA 4AKGA 4OGIA 4UYGA 5CPEA 4HXMA 4TTEA 5AD3A 4UIZA 5CQ6A 4TYLA 5CY9A 4YABA 4QB3A 4CUSA 4IORA 4XUBA 3O33A 4YBSA 3MB4A 4YY4A 5KTUA 3ZYUA 5H1TA 4QBMA 4FLPA 3DWYA 5H1UA 5FB1A 4UIWA 5DFBA 4O78A 3D1DA 4QSRA 4XUAA 5ETBA 5HELA 4O7CA 4E96A 5HJCA 5CGPA 4MR3A 5L96A 5KHMA 5F25A 5CRMA 5C87A 4NUCA 4TS8A 3TLPA 5AD2A 5HQ6A 4MR4A 5E9KA 3U5OA 3JVLA 5FFVA 5I1QA 4PCEA 3U5JA 4IR4A 2DKWA 5C4QA 5BT4A 5I80A 5CUCA 4MEQA 5L99A 4MR6A 4YBTA 3JVJA 4QR4A 4QR3A 5DYXA 5F61A 4QSSA 5KTXA 5J0DA 4OGJA 3VKGA 3U5NA 5C89A 5D3PA 4TT2A 3UV4A 3O34A 5DLXA 5E9LA 3D7CA 5D3RA 3MUKA 4A9MA 5E9VA 5F36A 3P1EA 4YYHA 5II1A 2F6JA 4TT4A 1WUGA 5FE5A 4CUTA 4WIVA 2YELA 5HFQA 5L8UA 5H1VA 4NYWA 5I83A 2I8NA 4YYIA 2E7OA 4BHWA 4O75A 4QZSA 5L97A 4KCXA 5I7XA 5G4SA 5K29A 5FE6A 4PY6A 4NRBA 5LKUA 4YH4A 1WUMA 4N4HA 4IR6A 5F63A 4J0RA 5COIA 4ALHA 5CQ4A 5DLZA 5CUAA 4PS5A 4HXOA 5E73A 5DYCA 4NS5A 4LR6A 3IU5A 5DYUA 4NRCA 4C66A 4UITA 3I3JA 5ENHA 3IU6A 5CQ3A 4KV4A 4N3WA 5FH8A 5FFYA 4CUQA 4BW2A 4NXJA 4ZW1A 4UYEA 5DW1A 5DW2A 5E3DA 5D3TA 3HMFA 4YATA 5FDZA 2LSPB 3P1FA 5HRWA 5CP5A 5A81A 5DFCA 4NR5A 5FE7A 5F1HA 4YYGA 4HXPA 4HXRA 5ENEA 5HLSA 1ZS5A 4XY9A 4Z6HA 4O76A 5CQ8A 3LJWA 5LUUA 4N4IA 5ENIA 5ENGA 5EU1A 2KTBB 3AQAA 4O7BA 5ENBA 2OUOA 4NUDA 5E74A 4NQMA 4AKIA 4BW3A 5CZGA 4O7EA 3G0LA 4LZ2A 4TZ8A 3MQMA 4UYDA 5HQ7A 5FE4A 5CQ7A 5EICA 4WHWA 4ZQLA 4J1PA 2WP2A 4QY4A 5FH7A 5FE0A 2RS9B 5EA1A 5EK9A 4CFLA 3UVYA 5F62A 4YBMA 3UV5A 4CL9A 2R10A 5KU3A 2RI7A 3GG3A 5EVAA 5EWHA 2RFJA 4HXLA 4N4FA 4HXKA 4UIXA 5I40A 2GRCA 4QSWA 2I7KA 2G4AA 2YYNA 4AKHA 2D82A 4QUTA 2F6NA 5EWWA 5IG6A 4F3IA 5HCLA 4QSTA 4A9NA 5LJ0A 4A9LA 1X0JA 4QYDA 4MR5A 4MENA 5ENFA 5CFWA 4QC3A 1JSPB 5BT5A 5EPRA 5FG5A 4J3IA 3SVHA 4MEOA 4YYDA 4MEPA 4Z1SA 4LZRA 5CU8A 5D25A 4A9EA 5EGUA 5FH6A 5ETDA 3MB3A 4WHUA 5KO4A 5HENA 4DONA 3SVFA 5JI8A 4NRAA 5D3HA 4YYKA 5F1LA 5AMEA
chains in the Genus database with same CATH topology
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