5EX5A

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-adp and inorganic phosphate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 123
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5ex5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ex5A04
4H0YB 1NGAA 2E2PA 4CD3A 5EXWA 3O08A 1GLEG 3BF3A 2Q0UA 4XH5A 1XUPO 1BA0A 5FPDA 4Y0WA 3U9DA 3SMSA 5B8HA 3QBXA 1BOTO 5AQKA 4H5TA 3M1FA 2V51B 5AZIA 3QFPA 1BU6O 1T6CA 1V4SA 3P4IA 2QXLA 3CJ9A 3EKSA 3KZBA 3A8YA 3ZX3A 4B1VA 4BRFA 5BRHA 3QBWA 1BG3A 2VYPA 5KPTA 1RFQA 1MDUB 3J8AA 1XC3A 2UYTA 2FF3B 1R59O 4IXCA 4BRIA 3EN9A 4CZFA 3LDOA 5ELZA 1GLDG 3ZX2A 3HTVA 3MN7A 3L0QA 4ISGA 4EAHD 4IO8A 1NGFA 1D4XA 3W3DA 4CZJA 3C7NB 5KPZA 3WXKA 3VF4A 3LL3A 5FPNA 2D4WA 1U6ZA 5AQRA 2D0OA 1QQNA 1NGIA 2P9PA 4JHDA 3LDQA 4FL9A 5AQMA 1BO5O 2Q0RA 1TUUA 3FR0A 2HF3A 3H45C 1NGJA 3KHYA 4A2AA 3L4IA 2FLOA 2IVOA 1JCGA 3O80A 4CBXA 5EY4A 1GLFO 3AAQA 1GLAG 2E2QA 3UKRA 4IJAA 3ZETB 2WUSA 1YXQA 3VESA 4WYBA 5E26A 3RSEA 2D0PA 3O1BA 1QZ6A 2GWKA 3IFRA 4BC5A 3F9MA 3VEYA 1ZC6A 2A3ZA 4I6MB 2V52B 3EL2A 4K41A 1MWKA 1NGDA 2P9PB 3SK3A 4L3QA 1G99A 3SJHA 5AQLA 4BREA 2ZGZA 2IIRA 5AQVA 3WEEA 4EHTA 3ENOA 2EWSA 4WQ4A 2FF6A 3R8EA 5FPEA 2CH5A 1SQKA 5F1XA 1CZAN 2Q36A 4LC9B 5AQSA 4AM6A 3CJCA 3ATUA 3FE1A 3UE5A 1WUAA 4IJNA 4XH1A 2E20A 4FPAA 4WQ4C 2FSJA 2NLXA 4BR2A 2GEMA 3O6WA 4QS7A 3LM9A 5AQYA 4FWRA 1ATSA 3TU5A 2QWOA 3D2EB 3FLCO 4B1WB 2KHOA 3U4LA 1SAZA 2I7NA 3EO3A 1HUXA 4BR0A 3LM2A 2Q31A 4BRPA 3BUZB 3ATVA 1Q18A 2P9SA 5EX5A 1HX1A 1T6DA 2E1ZA 4DHYA 3VGMA 5LJWA 3FFKB 3DXKB 1LOTB 3FZLA 4FWOA 3U9ZA 4H5WA 3ZETA 2E2OA 1OKJA 3KVGA 5I9EB 4XEIA 4CZMA 2GWJA 1Z05A 4ISEA 2E2NA 5AZJA 2P9KB 3B8AX 4FPBA 2A41A 1BDGA 3VEWA 4MLHA 5AFUH 3A5MC 1IJJA 4EHUA 5EOYA 4BRMA 3ENHA 2GUPA 2I7PA 4ISFA 3MMVA 3WQUA 4BC2A 2QWNA 1U2VB 3QICA 1JCFA 5JLHA 4FWSA 4KBOA 3O4WA 5AQJA 1V4TA 2D1KA 4H0XB 4AM7A 3VEVA 3H3OB 3O8MA 3H6EA 1GLJO 2DPNA 1MA9B 2OANA 3FZHA 1HKGA 3JS6A 4H5NA 4BGAA 3CI5A 4BC3A 3MN9A 4XH4A 2P9SB 3WXIA 4BRNA 2P9UB 1NMDA 2W41A 3L6QA 3H3NO 5AQGA 5EVZA 3S41A 4BVOA 2ASPA 1S3XA 4BRQA 4JHDB 2P9NA 2HF4A 4Z94A 3D2EA 3LDLA 2P9LB 1YAGA 4HTLA 5AQNA 1SZ2A 3A5OC 4BG8A 2YI1A 3DWLA 4FO0A 3ULEB 2P9UA 3C7NA 4FOEA 4PL7A 4BRCA 4CBWA 3QMLA 4CZHA 1IG8A 1HKCA 2QWQA 1Y64A 3VF2A 2GTDA 2IVPA 1NGCA 3LDNA 5BN9A 1BA1A 1GLLO 5JICA 2CGLA 4H0OA 1HPMA 2F9WA 3C0BA 5F2RA 5F0XA 2P9KA 2BTFA 1MWMA 4CJ7A 2QWMA 4NO7A 2YHWA 4J8FA 5AR0A 5AQTA 5ADXA 3QDKA 1S22A 5BPNA 3VPZA 2PBDA 3MDQA 2Q97A 4RCHA 1NGBA 4GY2B 3CETA 3U8XA 4DCHA 1HKBA 4BRGA 5KQDA 4WQ5A 4B1YB 4DB3A 5ADXH 2HOEA 4RWTA 3HSCA 1TYQA 5AFUA 5JMVA 1QQOA 1TUYA 1X3NA 1HJOA 3GDQA 3CJAA 3IDHA 4FWNA 5AQFA 3WXJA 3H1QA 4B1XB 3ZX0A 1GLBG 2E1YA 1BWFO 4QS8A 2YHXA 3WUHA 1H1VA 4A2BA 3LDPA 2QWPA 3VETA 3QFUA 3EKUA 3CJ1A 3IMXA 2YJFA 1KAYA 3I8BA 4FWLA 1JCEA 3GG4A 3VEXA 2FXUA 5LJVA 4H0PA 2F9TA 4K43A 2VWBA 1RDWX 5AQIA 2A40A 5AQZA 3DXKA 4WQ5C 4NB4A 4O8KA 1LCUA 1T44A 4BR9A 3MN6A 3A5LC 3ULEA 1P8ZA 3VEZA 5LY3A 3CIPA 2A5XA 3FGUA 1NGEA 3MCPA 2ASOA 1C0GA 4MO4A 5AQPA 4HWIA 4PKHA 5AZIB 4H03B 2HMPA 4FSVA 2AA4A 5KPRA 4A61A 3CJBA 4BR7A 4K42A 4A62A 3RSEB 2P9IB 2FSKA 3CQXA 4YDUA 4CZIA 5JLFA 1QZ5A 4JD2B 5BREA 1TYQB 4MLEA 3MN5A 3GL1A 3CHWA 3R9PA 4BROA 4BGBA 2YCHA 3VGKA 1X9JA 1NLVA 2ITMA 3GE1A 3TPQA 2ASMA 1E4FT 2QM1A 4CBUA 3GBTA 3WT0A 4CD1A 1ZBSA 1RGIA 1KXPA 3WEEB 1DKGD 4I6MA 2VCPA 4IWVA 4JAXA 5FPMA 4JN4A 3UKUB 4B1UB 4PL8A 4BQZA 3UKUA 2YHYA 2PAVA 5BRDA 4FWPA 4O5FA 3VENA 3DXMB 1GLCG 4H5RA 2FSNA 2QWRA 3IUCA 3D7EO 4BRLA 1Z6RA 1QQMA 2NZTA 1NWKA 3D2FA 1E4GT 2ZGYA 4CI6A 3WQTA 4JD2A 3HM8A 4BQLA 3JXUA 1EQYA 1ATNA 3ZEUA 4BRAA 4CZKA 3AAPA 2E8AA 2YJEA 3AY9A 2AP1A 1ZXOA 1NGGA 2Q2RA 3R6MA 1KAXA 4RTFD 3HBTA 4GNIA 1DGKN 4PKGA 3A0IX 1C0FA 3UB5A 1WOQA 1K8KB 5TKYA 2QWLA 3CQYA 5AZJB 4F9OA 4K25A 3FZMA 5BPMA 1HLUA 1DEJA 4YDUC 1BUPA 1YVNA 5AQOA 5BN8A 1NBWA 4H0TB 1NGHA 2QW9A 3FZFA 3BF1A 4CZEA 1U2VA 2P9IA 2CGJA 3G25A 4BR4A 4CZGA 1K8KA 3M6GA 3AARA 4BR5A 3MK6A 4MO5A 2P9LA 1NM1A 3CJ7A 4FWMA 1QHAA 2P9NB 5E84A 5AQXA 4E1JA 4M7XA 2IVNA 2CH6A 3EZWA 2Q1NA 4BRKA 4BVPA 3CERA 3ZEUB 5CE3A 3FZKA 3W0LA 4BRDA 3VGLA 3OHRA 2E88A 1J6ZA 2J4RA 2GELA 3M3ZA 3BEXA 1ESVA 3ID8A 3D2FB 3QB0A 3SMPA 4FOIA 1X3MA 5KQ8A 3VERA 3H1VX 4C23A 3HI0A 3SLCA 1ATRA 5AQUA 3VF6A 3DXMA 5AQHA 2H3GX 3O1WA 2CGKA 4M7YA 2W40A 3A5NC 4EFHA 2NRHA 3I33A 3HZ6A 4EIAA 2V7ZA 4M63C 3DJCA 2ZWHA 2ZF5O 4BG9A 1YUWA 2A42A 3O5BA 4JNEA 3VOVA 1KAZA 1XQSC 2A6AA 4H0VB 4B1ZA 3VEOA 4FWQA 4H5VA 5BPLA 4PKIA 5BRFA 4QS9A 3DAWA 3BP8A 5BR9A 3GOIA 4IZ9A 4CZLA 2V7YA 4FWKA 2BUPA 3H46O 5AQQA 5AQWA 3WXLA 4BRHA 4BC4A 4DQ8A 3UKRB 4B9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0YB 4LH5A 2E2PA 5GAHP 2I61A 1RDCA 3ZCMA 3ZSZA 4CF0A 3NMUA 4CCHA 4XH5A 4CE9A 1IKWA 4Y0WA 2YHBA 4WFNL 2VWKA 3KP1A 4HUGA 1BOTO 3CG7A 1ASWA 3MX5A 4CJVA 1NU0A 1OH6A 1NE5A 1TV6A 5CY4A 1KVCA 2QXLA 4JLHA 3CJ9A 4BRFA 4B1VA 4WF9L 4DLEA 3OS0A 3RVCA 5KPTA 4FJIA 3OYNA 2UYTA 4KKOA 4KHYA 3CD6N 4IXCA 4M3WA 1DT9A 4Y1DA 4CIEA 1WAFA 1GLDG 3V81A 4IO8A 1BRZA 3NGIA 3VF4A 4ZTFA 1L3VA 3LL3A 2D4WA 5AQRA 4JHDA 5AQMA 1RBUA 1TUUA 1VSDA 3H45C 3CCEN 4BDPA 4CJ5A 1U48A 4Z4CA 2OPRA 4CF8A 2O8EB 4W5NA 4CFAA 1GLAG 2E2QA 3IS9A 5HL7L 5KTQA 4JI0K 2WUSA 1C0TA 1G15A 3ITHA 2ZJRL 1RNHA 1VQ5N 4Y1CA 1C55A 5E26A 4G9ZA 3SYZA 1JLQA 3TI0A 1R0AA 3O1BA 1QZ6A 2GWKA 4JI7K 3F9MA 2E5LK 4I6MB 3KLEA 2PY5A 1T7BA 1MWKA 1NGDA 5HOOA 4FW1A 1C6VA 1KVBA 4L3QA 1NRBA 3QI7A 1C1AA 1J54A 2WONA 4EZ6A 2NNWA 3R8EA 5FPEA 5KRSA 1CZAN 4DSFA 3P38A 2VQEK 1OVQA 4WQ4C 1S9EA 4CHOA 3LALA 2G8UA 3S3MA 1RDBA 4MDAA 4BACA 3RMAA 1D9FA 4QS7A 4FYDA 2HBMA 4FWRA 4DQPA 4EZ9A 2KHOA 1SAZA 4DFKA 2YNHA 3TAEA 4CGJA 1LQHA 4AHVA 1A5VA 2XY6A 3ATVA 2VG5A 3BUZB 2HBJA 4AHRA 3TSUA 1T6DA 5LJWA 4FWOA 3V9UA 3ZETA 3QEXA 4LFAK 3KVGA 5I9EB 2NRTA 4F2RA 3RRHA 4H4MA 3T1YK 1L4VA 3LDSA 4B3OA 4LFCK 2DY4A 4YFUA 1WBBA 4DSJA 5AFUH 3A5MC 3HVTA 1S6QA 5EOYA 4BRMA 2GUPA 3PIPL 2I7PA 3WQUA 5K14A 3OS1A 1U2VB 1Q8IA 1ASUA 4NXMK 1T05A 3DLHA 5AQJA 3MEEA 2D1KA 3T1AA 4FM1A 3AVHA 3VQCA 4OGCA 4WCEL 1VQ7N 5E41A 4B9UA 2G8FA 3MN9A 2RPIA 3IAYA 2P9SB 2LY5A 1OVYA 4KI4A 4BRNA 1JXCA 3SZ2A 5EVZA 4BVOA 3DRRA 5MLCQ 4GMJB 4JHDB 1XNRK 1OH7A 4Z94A 4BE0A 4DF4A 4DSLA 2G8IA 1SL1A 4DF8A 5LL6Z 3A5OC 1U4BA 2YI1A 2WTUA 4O8UA 1SNBA 2O8BB 3C6AA 4PL7A 3RMDA 4BRCA 2DFHA 4CBWA 3KJVA 1U45A 1SV5A 2IS3A 3E66A 2IVPA 5BN9A 1HPMA 5HRSA 1ZYQA 2D0BA 2NRXA 1ZBLA 3ZT0A 1KLMA 3PO5A 1XNQK 4J8FA 2E6MA 1ZVGA 3SPYA 2Q3SA 4NCBA 3QDKA 1K8BA 1TK8A 4B9MA 3T69A 5AJ3K 3CETA 3U8XA 1DTQA 3ASMA 4DCHA 3ISNC 1CLQA 1HYZA 4NCGA 1ICAA 4GVEA 4CJFA 5C10A 4DB3A 5ADXH 3O3HA 5AFUA 1QQOA 4RW7A 1IG9A 3MXMA 1O13A 3ZX0A 4GV3A 1VSHA 3TTCA 3OTOK 4WFBL 1QE1A 2E1YA 1KCFA 1WAJA 3AVCA 1SKRA 3O4NA 3WUHA 1T3VA 3TAGA 2QWPA 4CJLA 5GAEP 1HNXK 3EKUA 1YIJN 3IMXA 4FZZA 1NKEA 1KAYA 5CY0A 4FWLA 2KBJA 2IGIA 3GG4A 2VWBA 1RDWX 5AQZA 2DFFA 3AO5A 4F8RA 3L3VA 3KWIA 4B9QA 3O4QA 2YBRC 3VEZA 1P8ZA 5LY3A 1VQ8N 3MXIA 3K57A 1WSFA 4E72A 2ZJQL 1RBSA 1C0GA 4MO4A 3J7ZO 2HBLA 4CHYA 1WSEA 3DLKA 3CQ8A 4PWDA 4KHSA 2QI2A 1BL3A 4K42A 2E3GA 4A62A 3SUQA 1Q82O 3EEQA 3L56A 1EKEA 4CZIA 5JLFA 1IBLK 1E3MA 3MN5A 3AO1A 4DTMA 4KYPA 3R9PA 4H8KA 3AVNA 4JS5A 1NLVA 4C8KA 2ASMA 4IEIA 1TK5A 4XIUA 4CBUA 3EY1A 4CD1A 4OGEA 4FCYA 4DQQA 3WEEB 1B7DA 3U3YA 1JL1A 1ZVEA 4KV8A 3ZT3A 4BQZA 3UKUA 3CCVN 3CPWM 4HCBA 3VENA 3TR8A 3THWA 3DXMB 3AO2A 4H5RA 2FSNA 2QWRA 1IKXA 4JKGB 1NWKA 2XRIA 3HRGA 2QKKA 4OVLA 2F96A 3CXCM 2B6AA 2ZGYA 4C8MA 4CGGA 1TKXA 3WQTA 4JD2A 4BE7B 2ASCA 1RT7A 3E9OA 2LJ7A 1C1BA 4BE1A 1W9HA 4K8ZA 2E8AA 4R79A 2YJEA 2AP1A 1ZXOA 4W5RA 4OKKA 1KAXA 1JXEA 4RTFD 4CF2A 3HPOA 4JRPA 4V19S 1JLCA 1C0FA 4OX9K 4CEBA 4IOXA 4F9OA 3CCUN 2Y1JA 2C1GA 4YDUC 5C2DA 5AQOA 5BN8A 5SWMA 4O0IA 2UXCK 4H0TB 1NGHA 4ZHRA 5HP1A 4CHQA 4IG3A 3V1RA 4DQSA 1J9AA 4CZEA 3CPEA 3OYJA 2YNFA 2CGJA 3OYLA 4PUOA 3AARA 1XHZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H0Y B;  4LH5 A;  2E2P A;  5GAH P;  2I61 A;  1RDC A;  3ZCM A;  3ZSZ A;  4CF0 A;  3NMU A;  4CCH A;  4XH5 A;  4CE9 A;  1IKW A;  4Y0W A;  2YHB A;  4WFN L;  2VWK A;  3KP1 A;  4HUG A;  1BOT O;  3CG7 A;  1ASW A;  3MX5 A;  4CJV A;  1NU0 A;  1OH6 A;  1NE5 A;  1TV6 A;  5CY4 A;  1KVC A;  2QXL A;  4JLH A;  3CJ9 A;  4BRF A;  4B1V A;  4WF9 L;  4DLE A;  3OS0 A;  3RVC A;  5KPT A;  4FJI A;  3OYN A;  2UYT A;  4KKO A;  4KHY A;  3CD6 N;  4IXC A;  4M3W A;  1DT9 A;  4Y1D A;  4CIE A;  1WAF A;  1GLD G;  3V81 A;  4IO8 A;  1BRZ A;  3NGI A;  3VF4 A;  4ZTF A;  1L3V A;  3LL3 A;  2D4W A;  5AQR A;  4JHD A;  5AQM A;  1RBU A;  1TUU A;  1VSD A;  3H45 C;  3CCE N;  4BDP A;  4CJ5 A;  1U48 A;  4Z4C A;  2OPR A;  4CF8 A;  2O8E B;  4W5N A;  4CFA A;  1GLA G;  2E2Q A;  3IS9 A;  5HL7 L;  5KTQ A;  4JI0 K;  2WUS A;  1C0T A;  1G15 A;  3ITH A;  2ZJR L;  1RNH A;  1VQ5 N;  4Y1C A;  1C55 A;  5E26 A;  4G9Z A;  3SYZ A;  1JLQ A;  3TI0 A;  1R0A A;  3O1B A;  1QZ6 A;  2GWK A;  4JI7 K;  3F9M A;  2E5L K;  4I6M B;  3KLE A;  2PY5 A;  1T7B A;  1MWK A; 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