5EX5A

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-adp and inorganic phosphate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 123
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5ex5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ex5A04
1NBWA 4CZGA 4Z94A 4BRLA 1QHAA 3LL3A 3FZKA 1E4FT 4FWNA 1YUWA 3EKSA 1ATSA 4FWOA 4WQ5C 4IWVA 5BPMA 1U2VA 1JCFA 1IJJA 1Y64A 2P9PB 2FSJA 3MN6A 1HPMA 3I8BA 4QS8A 1C0FA 4HWIA 1E4GT 5AQOA 1BUPA 5AZIB 4H0XB 3ID8A 3H1QA 3S41A 3GL1A 2P9KA 4F9OA 1CZAN 1DGKN 3G25A 3C7NA 3P4IA 1ZBSA 2E88A 3ATVA 3FGUA 3FR0A 3H6EA 1S22A 2P9LB 1TYQB 2CH6A 4CI6A 3CJBA 3AY9A 3DXMB 3W3DA 4H0OA 5AQQA 4L3QA 2QM1A 2QW9A 1NMDA 4XH5A 1KAYA 3L0QA 1U2VB 3VEXA 1EQYA 3GE1A 4BRPA 4CBUA 5KPTA 3TU5A 4A2AA 4CJ7A 4FWQA 4HTLA 3UKRA 4PL8A 4PL7A 4BRCA 4EIAA 5AZJA 2VCPA 5FPDA 1NGFA 1K8KA 5ELZA 2E8AA 2Q1NA 3CJ7A 5AZIA 5BRHA 2GEMA 3U8XA 4BRFA 3H46O 4A61A 2KHOA 4C23A 2QXLA 3QFPA 1HLUA 2P9NB 1X9JA 4CBWA 3R9PA 3CJAA 3VEZA 5AQVA 1WUAA 3ZETB 3DWLA 4FOIA 3CIPA 5AQHA 5AQWA 2FF6A 2Q97A 1HKCA 3SJHA 1Q18A 4QS7A 5AFUA 3OHRA 2W40A 2QWPA 3A5OC 3UKRB 1KAZA 3IUCA 3L6QA 2P9LA 4A2BA 2GWKA 1NWKA 2ASMA 2WUSA 4BRKA 4B1XB 2CGKA 4BR7A 2ITMA 1BA1A 3QICA 3M3ZA 2P9IA 4B1YB 4BRIA 2Q0RA 1QQNA 5BN8A 1IG8A 5I9EB 4IJNA 5AQZA 1V4TA 4JAXA 2E1YA 3MMVA 3FZMA 3O80A 2A42A 2QWLA 5E26A 3AARA 2FXUA 5F2RA 4CBXA 3O1BA 4BR9A 1V4SA 3QDKA 3VEOA 3H3OB 3IMXA 1NGJA 3UB5A 1TYQA 2QWRA 4CZLA 3FFKB 1NGGA 2P9PA 2UYTA 3CHWA 3R6MA 4WQ5A 2P9SA 3U9DA 3VEYA 2A40A 1GLAG 1LOTB 4BQLA 5KQ8A 2I7NA 1HX1A 1GLLO 5AQUA 1SAZA 2E20A 4RWTA 5AQTA 3GBTA 4FPAA 2ZGYA 1SQKA 5F1XA 5BRDA 2A5XA 4CZFA 5FPMA 3J8AA 1HUXA 4FPBA 4FSVA 2Q2RA 1GLCG 4H0VB 2ASPA 1NGBA 3ZEUA 5AR0A 2J4RA 3FZHA 5BN9A 2VWBA 4FWPA 4CZJA 4B1UB 1MA9B 3DXMA 3UKUB 4CZKA 4FL9A 3SMSA 4CD1A 3MN9A 3IDHA 2V7ZA 3HBTA 4FOEA 2E1ZA 5AQRA 2CGLA 5JLHA 3TPQA 1QZ6A 4CZIA 4ISEA 1BA0A 1RFQA 2F9TA 3ZX0A 3MN7A 2BUPA 2IIRA 1D4XA 2D0OA 3ZX3A 3FZFA 4NB4A 5BR9A 2AA4A 3D2FA 1BOTO 2QWMA 3BF3A 4EAHD 5LJVA 3ENOA 2YJFA 4XH1A 3LM9A 4IJAA 4FWSA 3WUHA 4H5NA 4BR2A 3H45C 3WEEA 4K43A 5LJWA 1K8KB 4WQ4A 3AAPA 3CETA 3C7NB 5JICA 5AQFA 2W41A 3O6WA 4FWRA 2P9IB 1LCUA 5BPLA 2IVNA 4J8FA 4BRMA 2NLXA 3WXKA 1GLDG 4EHUA 2P9SB 2GELA 3UKUA 3QFUA 4WQ4C 2P9UA 3VOVA 1GLJO 5KPZA 2ASOA 3U4LA 3JS6A 4BC4A 5AQXA 3RSEA 2ZF5O 4H0YB 5FPNA 4K42A 4WYBA 5AQNA 1NGAA 4BRAA 2HMPA 3QBXA 4BQZA 5EVZA 1GLEG 2FLOA 2A6AA 3KHYA 1ATRA 1RDWX 1QQOA 1DEJA 3D7EO 3M1FA 2Q36A 3WXIA 3SK3A 4I6MB 5BRFA 3VF4A 4K25A 4XEIA 5AQJA 4B1VA 3ENHA 3CI5A 4BR5A 1TUYA 2YI1A 4CD3A 4CZMA 4DB3A 4BC5A 1XUPO 4AM7A 2YHXA 1T6CA 2GUPA 3WEEB 4MLHA 4BRGA 2FSNA 2I7PA 3HTVA 1QQMA 3WXJA 3ZEUB 3WT0A 1T44A 4BC3A 3BUZB 5FPEA 4BVPA 3VPZA 2CGJA 4CZHA 2NRHA 1XC3A 1HKBA 3D2FB 4MO4A 3FZLA 3SMPA 4H0PA 1NLVA 4JNEA 1KXPA 3WXLA 2BTFA 1C0GA 2A41A 2QWQA 3GDQA 5EXWA 1MWKA 5AQIA 3VERA 4BRNA 5EY4A 3VENA 3CJ9A 3VETA 1P8ZA 5AFUH 5JMVA 3JXUA 5AQGA 3A5LC 4EHTA 4BRDA 1T6DA 4BG9A 1ZC6A 2FF3B 3ULEA 2CH5A 5TKYA 3GOIA 3O1WA 2GWJA 4JD2B 5EX5A 1DKGD 2D1KA 4MLEA 1BO5O 4H5RA 4H5WA 2D4WA 3MK6A 3LDLA 3A8YA 3EO3A 5BREA 1G99A 2GTDA 4BR0A 5KQDA 3ATUA 2YHWA 4QS9A 1HKGA 3O5BA 4FWLA 1Z6RA 3CQXA 3EKUA 1HJOA 1BWFO 1NGEA 4FO0A 4DQ8A 3HI0A 3LM2A 4XH4A 3CJCA 5AQMA 2E2PA 3VEVA 2VYPA 5ADXA 4JN4A 3CJ1A 1BG3A 4DCHA 2ZGZA 1NGHA 3SLCA 3O8MA 3DXKA 3EN9A 2V51B 4O8KA 3WQUA 1NGCA 4IXCA 4JD2A 4A62A 4BRHA 4IO8A 2YHYA 4IZ9A 3VGLA 3I33A 2YCHA 1H1VA 4LC9B 3H3NO 1NGDA 3DJCA 3ZX2A 2P9UB 3EZWA 5EOYA 1SZ2A 4YDUA 3ZETA 3A5NC 3WQTA 1X3NA 3MCPA 2P9KB 4M7XA 3A0IX 2NZTA 2E2QA 4M63C 3MDQA 3BEXA 2HF4A 4K41A 3HZ6A 4H5VA 2D0PA 2PAVA 4EFHA 4E1JA 2PBDA 1KAXA 4JHDA 4MO5A 2E2NA 1BU6O 3DXKB 4BC2A 3F9MA 3EL2A 3O4WA 3LDOA 1JCGA 4FWMA 4GY2B 3VEWA 4BRQA 1YVNA 5B8HA 1MDUB 1QZ5A 2H3GX 4BGBA 1YAGA 2HF3A 2V7YA 3KVGA 1YXQA 1R59O 2HOEA 2IVPA 4H03B 1WOQA 3ULEB 5AQKA 4KBOA 2A3ZA 5JLFA 1S3XA 3L4IA 1NGIA 4I6MA 4FWKA 5BPNA 1X3MA 3FE1A 5LY3A 2DPNA 3D2EB 4GNIA 5AQPA 2YJEA 3O08A 4BROA 4JHDB 2OANA 4PKGA 2F9WA 2V52B 2ZWHA 3R8EA 3RSEB 3U9ZA 4ISFA 1XQSC 3UE5A 3VF2A 4RTFD 3LDQA 3FLCO 4BREA 3HSCA 3CERA 3VGMA 3CQYA 3QMLA 5AQYA 2Q31A 1ESVA 1U6ZA 3DAWA 1JCEA 2IVOA 1GLBG 4PKHA 5AQSA 2Q0UA 1ATNA 4BR4A 5CE3A 4BVOA 3QB0A 4BGAA 3BF1A 3B8AX 3BP8A 2AP1A 1GLFO 4Y0WA 2QWNA 3H1VX 4DHYA 3LDPA 2QWOA 4B1ZA 3MN5A 3VESA 4YDUC 3VGKA 2EWSA 3VF6A 1OKJA 5KPRA 1RGIA 4B9QA 1ZXOA 3KZBA 4O5FA 5AQLA 5ADXH 2E2OA 3A5MC 1J6ZA 3HM8A 2FSKA 4ISGA 4M7YA 2P9NA 3C0BA 3IFRA 4NO7A 1TUUA 3M6GA 4H5TA 4AM6A 4B1WB 3LDNA 5E84A 3D2EA 4RCHA 1MWMA 1Z05A 3AAQA 4PKIA 3GG4A 5F0XA 4CZEA 4H0TB 1NM1A 4BG8A 1BDGA 3W0LA 5AZJB 3QBWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JS1A 4FLUA 4ILJA 4FVMA 1VNAA 4FZYA 3KD1E 4WQ5C 4IWVA 4B9VA 4IDHA 2A7TA 4BDPA 2O8DA 1IV0A 2LY6A 2P9PB 5J2NA 3PSIA 4CK1A 1HPMA 3RMAA 2HBMA 4FJLA 1AHOA 4M3RA 1C0FA 1IG9A 5HBMA 1WNSA 2VQEK 1N5YA 1ASVA 1KVBA 5AZIB 4JI0K 4LFCK 1IBMK 3S41A 2MN5A 4ICLA 3HT3A 2JWKA 3RR7A 3ZT0A 4B3OA 5HOOA 1ZBSA 4DWIA 3H6EA 3CFRA 1S22A 3QESA 1TYQB 3AY9A 2F96A 4L3QA 3N4PA 4FJ5A 2QW9A 3NF9A 4YOTA 3ZT4A 1KAYA 5C10A 3C6TA 1TKXA 1SL1A 1YJ9N 1KQSM 5J2PA 1JLAA 4G9ZA 1BCGA 1TAQA 4DFKA 5KPTA 3AO3A 3QEPA 4CJ7A 1WLJA 1YITN 3KWGA 4RW9A 4BRCA 3BK3C 5M1PA 5AZJA 3L2RA 2G8FA 4J2AA 2LN8A 4I7FA 3THYA 3DLEA 4MDAA 2Q1NA 1QS4A 4KHQA 3H46O 4A61A 1ZUTA 4B3TK 2KHOA 2QXLA 1FXXA 5D3GA 4KV8A 3T1AA 5IWAK 4B8CA 5AQVA 2O8BB 1YJNN 5J1EA 4LD0A 3DWLA 1BI4B 1F21A 4DLGA 5M1OA 5AQHA 2FF6A 1NKCA 2O8FA 3AA5X 3OHRA 4F8RA 4FJNA 2QWPA 1IKWA 3A5OC 4DUYK 1KAZA 3IUCA 3L6QA 4UAEF 1HQUA 3H08A 4A2BA 2GWKA 4EZ6A 1LQHA 4R5PA 2WUSA 4BRKA 1AYJA 1RBTA 4HUEA 2WTUA 1VSLA 2P9IA 3KKRA 4B1YB 5BN8A 4DV5K 3K5MA 5I9EB 5CHIA 2N69A 5AQZA 3MCAB 3F73A 1W2BM 5M1NA 3FZMA 4ELVA 3PO5A 4FJKA 5E26A 2FXUA 3SQ2A 3V1OA 2HSTA 4FM1A 5F2RA 1HYZA 2OPSA 3O1BA 4E7LA 3QDKA 3VEOA 3H3OB 3IMXA 1NGJA 2X74A 2QWRA 1RT7A 4A59A 2UYTA 3CHWA 3U9DA 3V6DA 2P9SA 1NK5A 3NVMA 2PZSA 1VSHA 3OJSA 3AVCA 4YOVA 5AQUA 5AQTA 1JKZA 4KAZA 5C25A 3THXA 2YHBA 5F1XA 1RDAA 1K6YA 1M90O 3K9JA 1HUXA 3KHWA 1C0UA 1YF5L 1VQON 4ID1A 4DFMA 1GLCG 2ASPA 3LP3A 4DKWA 4E7KA 3FZHA 2BGGA 4CGJA 4FWPA 4DR4K 3CCLN 5CYMA 4J2EA 4FJMA 3E9OA 1SEGA 3ISNC 4B1UB 1RBVA 2ZD1A 4WFNL 1SS6A 5KTQA 2YIOA 4FL9A 2ZE2A 3MN9A 3VQ8A 1VSJA 4CFCA 2KW4A 4FOEA 5AQRA 4PHTX 1WBBA 3R1XA 3KOYA 1BA0A 1VSEA 1RFQA 3ZX0A 3MN7A 1D4XA 2D0OA 4OGCA 3ZX3A 3M8PA 3FZFA 4NB4A 3UIQA 3CC4N 4Z4FA 4FJ8A 1EX4A 2ZJRL 4HCBA 2QWMA 1VQLN 2OTJN 2YC1C 4XH1A 4I9QA 3LM9A 1WAJA 3K5OA 1VSDA 3H45C 1W97L 1LAVA 2UUAK 3TAFA 3T19A 4CHZA 1JLEA 4CJEA 3Q7CA 3EE9A 2N66A 1LCUA 2IVNA 3NDKA 1U47A 2GELA 4EZ9A 4JI7K 1GPTA 4E0DA 4B9UA 3B6PA 5GAHP 2P5OA 3U4LA 3JS6A 4BC4A 3MX5A 3RSEA 1HJRA 5FPNA 4K42A 1FKPA 4K8ZA 4BQZA 4LH5A 3M5RA 2IS3A 4CK3A 1GLEG 2A6AA 1ATRA 1RTDA 1DEJA 3AVBA 1VNBA 4NYNA 3HVRA 3MXIA 4CIFA 4CQKA 3OYNA 3V4IA 1VRTA 1LQIA 4KFBA 4WCEL 1WSEA 3WXMB 1TUYA 2YI1A 4CD3A 4YOWA 4HUGA 4BC5A 2DY4A 1B9DA 4AM7A 4TSXA 2YHXA 4MLHA 4DQSA 3HTVA 2F4VK 4KKOA 4EP4A 3ZEUB 4H4MA 1EXQA 3BUZB 2YV0X 1KD1O 2LJMA 3KK3A 4FM0A 4DU4A 4CZHA 5GAEP 2NRHA 3WNEA 2I61A 1VK0A 3NF7A 4MO4A 3FZLA 1VQPN 2O8EB 4JK9A 1BMRA 3WXLA 1C0GA 3M8RA 3OYGA 3D0PA 5EY4A 1WT7A 1QSSA 2E3FA 2OPRA 5AQGA 4EHTA 4CCHA 2G8UA 1ZC6A 3SJJA 2N2QA 2OZSA 4DTMA 5HRNA 2GWJA 3EEQA 1UWBA 4LF9K 1VQ8N 4MLEA 2F7TA 3OYKA 4N41A 4H5WA 3AA2A 3HYFA 3V9WA 3HXMA 5KQDA 4QS9A 1HKGA 3O5BA 4DV0K 1C6VA 3CQXA 3NH2A 1JLQA 3EY1A 4FJXA 1NGEA 2YX6A 4FO0A 4DQ8A 3S3OA 2ZQBA 1HQEA 1LQQA 2VYPA 1JXCA 4JN4A 4DCHA 2ZGZA 1KLMA 2R7YA 2RKIA 1NGCA 1VRUA 4F4KA 3O4QA 3J7ZO 4B9MA 3MWPA 4JD2A 5I42A 3OS0A 4IO8A 4IZ9A 1DJTA 4LC9B 3I33A 1EP4A 1H1VA 3DJCA 4YDUA 1SZ2A 4JI2K 2XY8A 3N4QA 1NH5A 4JKBA 3THYB 3MCPA 1XMQK 3LALA 4W5NA 3SBTA 4CEBA 2DTUA 2E2QA 4M63C 5C2DA 3HZ6A 2D0PA 1WSJA 4EFHA 4U67L 3VTHA 1LWEA 4JHDA 3AV9A 1CZ9A 1JZBA 3PV8A 2P51A 4GY2B 1CLQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5JS1 A;  4FLU A;  4ILJ A;  4FVM A;  1VNA A;  4FZY A;  3KD1 E;  4WQ5 C;  4IWV A;  4B9V A;  4IDH A;  2A7T A;  4BDP A;  2O8D A;  1IV0 A;  2LY6 A;  2P9P B;  5J2N A;  3PSI A;  4CK1 A;  1HPM A;  3RMA A;  2HBM A;  4FJL A;  1AHO A;  4M3R A;  1C0F A;  1IG9 A;  5HBM A;  1WNS A;  2VQE K;  1N5Y A;  1ASV A;  1KVB A;  5AZI B;  4JI0 K;  4LFC K;  1IBM K;  3S41 A;  2MN5 A;  4ICL A;  3HT3 A;  2JWK A;  3RR7 A;  3ZT0 A;  4B3O A;  5HOO A;  1ZBS A;  4DWI A;  3H6E A;  3CFR A;  1S22 A;  3QES A;  1TYQ B;  3AY9 A;  2F96 A;  4L3Q A;  3N4P A;  4FJ5 A;  2QW9 A;  3NF9 A;  4YOT A;  3ZT4 A;  1KAY A;  5C10 A;  3C6T A;  1TKX A;  1SL1 A;  1YJ9 N;  1KQS M;  5J2P A;  1JLA A;  4G9Z A;  1BCG A;  1TAQ A;  4DFK A;  5KPT A;  3AO3 A;  3QEP A;  4CJ7 A;  1WLJ A;  1YIT N;  3KWG A;  4RW9 A;  4BRC A;  3BK3 C;  5M1P A;  5AZJ A;  3L2R A;  2G8F A;  4J2A A;  2LN8 A;  4I7F A;  3THY A;  3DLE A;  4MDA A;  2Q1N A;  1QS4 A;  4KHQ A;  3H46 O;  4A61 A;  1ZUT A;  4B3T K;  2KHO A;  2QXL A;  1FXX A;  5D3G A;  4KV8 A;  3T1A A;  5IWA K;  4B8C A;  5AQV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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