5EX5A

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-adp and inorganic phosphate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 123
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5ex5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ex5A04
3WQUA 1HX1A 4EHUA 3UKUB 4CZKA 3ATVA 3ENOA 5BPLA 4RCHA 3D2EA 2DPNA 3GOIA 4FPBA 5JICA 3KZBA 2AP1A 5AZIA 4BREA 3VPZA 1GLBG 2Q31A 3F9MA 5KPZA 2ZGYA 3VETA 3JS6A 3O80A 3QDKA 4H5VA 4Z94A 3ZETB 1HUXA 4K42A 5AQKA 1K8KB 1T44A 1S22A 3H1VX 5AQFA 4XH4A 1BU6O 1NWKA 3H1QA 4XH1A 2Q1NA 1X3MA 3BF1A 3A5LC 4BR5A 2NLXA 2P9PA 2P9UA 4BROA 3BEXA 1DKGD 1NGHA 4IJAA 1E4FT 3EO3A 5F0XA 1WUAA 4HWIA 2NRHA 4O5FA 1RGIA 4FOEA 1HKCA 4F9OA 3SLCA 1ZBSA 1C0GA 3G25A 1U2VB 3QICA 4HTLA 5LJVA 1BOTO 4M7YA 3SK3A 2GWKA 1BA0A 4FWQA 3VOVA 3FFKB 2NZTA 3GBTA 2Q0RA 1H1VA 4MO5A 3EL2A 4FWNA 3LDPA 5EY4A 5FPNA 1HPMA 4MO4A 1X9JA 5AZIB 3GE1A 1SZ2A 3MK6A 1NGBA 3TPQA 3VGMA 3ULEA 2E1ZA 2H3GX 4WQ4C 1SQKA 1ATSA 2F9WA 3VEZA 2W40A 3H3NO 3QBXA 4DCHA 4BR0A 2ZGZA 5F1XA 5CE3A 3I33A 3U8XA 2P9PB 3UE5A 5AQRA 1HKBA 2P9UB 2CGJA 4BG9A 5FPEA 4IJNA 1DGKN 4WQ5C 4IO8A 1BG3A 4XH5A 3C0BA 4BRDA 4FWRA 4M63C 4DB3A 2V7YA 2QWLA 3VERA 4FWKA 4PL7A 2IVNA 3MN5A 3FZFA 4ISGA 4JN4A 1KXPA 3EZWA 3LL3A 2YJEA 1KAXA 1OKJA 1GLFO 2V7ZA 3M3ZA 2I7PA 2ZF5O 3A5OC 4FPAA 3UKRA 4RTFD 3CQYA 5E84A 2E2OA 5AQQA 3VEOA 5AZJA 5AQOA 1LCUA 3HM8A 3A5NC 3ZX3A 3BF3A 3J8AA 3QMLA 3C7NA 3BP8A 2F9TA 2QM1A 5KQDA 2Q36A 3HI0A 3IFRA 3DXKA 1JCEA 3CERA 5BRFA 5AQNA 3ULEB 3LM9A 4CZIA 4BRIA 2IVPA 3MDQA 4QS7A 2E2NA 2Q97A 3ZEUA 4BR2A 3QFUA 5JMVA 4BVOA 3H6EA 1ATRA 4H0XB 3I8BA 4PKIA 1QQOA 3LDOA 3CQXA 1HKGA 4BQLA 2BUPA 3R6MA 4BG8A 3O6WA 3MCPA 1V4TA 5BRDA 1Q18A 3GG4A 4JHDB 5TKYA 2ASOA 4QS9A 4C23A 1R59O 5EXWA 4H0PA 3ZX2A 3ATUA 3UKRB 4FWLA 4CZLA 2P9SA 2FF3B 4CBWA 2P9NA 2E2QA 2CH6A 1BUPA 4BVPA 2Q0UA 2FSJA 3MMVA 3AARA 3WEEB 5LY3A 1YXQA 2CGKA 2QWMA 5BN9A 1ESVA 1XUPO 2W41A 3EKUA 4H5WA 3HTVA 3DXKB 5ADXH 4K43A 3GDQA 3ENHA 3VEVA 3DWLA 4EFHA 2QXLA 3FE1A 4H5NA 2D0OA 2YJFA 3A5MC 3UB5A 3SMSA 2J4RA 3FZKA 4MLHA 2VYPA 4B1WB 4CD3A 1EQYA 2ASMA 2P9KA 3A0IX 3ZEUB 4BRCA 3DAWA 4I6MA 2HF4A 3W0LA 1NGDA 4MLEA 4PKHA 3R9PA 2A6AA 4FWOA 4H0YB 5AFUH 2YI1A 3D2EB 4BRMA 2IVOA 2AA4A 1GLEG 3VEYA 5BPNA 5AQYA 3O4WA 2E1YA 4CD1A 5AQJA 2D4WA 1BWFO 5BREA 4BRFA 4LC9B 3CJAA 3KHYA 3L4IA 1U6ZA 5JLFA 1NM1A 2QW9A 5F2RA 4FSVA 3WT0A 3L6QA 3O1WA 1ATNA 4AM7A 4JAXA 3CJ1A 1J6ZA 2A40A 2CH5A 1CZAN 3U9DA 4CZMA 1NGAA 3FLCO 3AAPA 3EN9A 1G99A 3BUZB 4CZFA 4E1JA 1XC3A 5AR0A 2GEMA 2P9LA 3CI5A 3RSEA 4BGAA 1GLDG 3W3DA 2A3ZA 1QQNA 1YUWA 2IIRA 3H45C 4L3QA 3VENA 1NLVA 2ZWHA 2YHXA 4H5RA 2FSNA 4JD2A 3DXMA 1V4SA 4FWMA 4ISEA 3WXKA 3D2FA 1E4GT 3U9ZA 2FLOA 1TUUA 1JCGA 1P8ZA 5E26A 4B1XB 4NB4A 3FR0A 1T6CA 5AQXA 3CJCA 3VF2A 1MA9B 1MWMA 2ASPA 3A8YA 2CGLA 4ISFA 5AQSA 4YDUA 2Q2RA 2QWOA 1MDUB 1SAZA 2I7NA 4H0VB 1QZ5A 4J8FA 4H5TA 5FPDA 3OHRA 3VF4A 1KAYA 2OANA 5ADXA 1TYQA 3TU5A 2QWNA 4BRNA 1GLLO 4IWVA 4CBUA 5KPRA 3O1BA 2KHOA 4H03B 3WXJA 4Y0WA 4K41A 3M1FA 1NGFA 5AQHA 1Y64A 3S41A 2GUPA 5I9EB 1TUYA 4AM6A 2FF6A 4FWSA 1MWKA 4IZ9A 3RSEB 1C0FA 3CETA 5AQTA 1LOTB 1GLJO 4KBOA 4NO7A 3VGKA 2P9IA 4BR7A 4BRGA 2QWQA 4DQ8A 4EIAA 5AFUA 4FL9A 4BC2A 4JD2B 2WUSA 5AZJB 2VCPA 1X3NA 3HZ6A 3B8AX 3C7NB 2FSKA 4BRLA 3AY9A 4BC5A 2D1KA 2YHYA 1BA1A 4JNEA 3HBTA 4B1UB 1T6DA 2YCHA 5BR9A 1HLUA 4BRPA 1NGIA 4BQZA 3WUHA 1D4XA 3CJ7A 3VEXA 5AQGA 1TYQB 3L0QA 4H0TB 3H46O 2E2PA 3M6GA 3WQTA 1HJOA 1NGGA 3FGUA 3CHWA 4EHTA 1BO5O 5KQ8A 4PKGA 4A62A 3VF6A 1Z6RA 1IG8A 4B1ZA 3H3OB 5JLHA 3FZMA 2P9IB 3CJ9A 3ID8A 4BC3A 1XQSC 3QBWA 1QQMA 2VWBA 1Z05A 4BGBA 2A42A 1GLAG 3WXIA 4B1VA 2P9SB 3LM2A 3FZLA 2HF3A 2P9NB 5FPMA 3GL1A 3IUCA 2GTDA 1S3XA 1WOQA 1NGEA 5EX5A 2GELA 2GWJA 4BR4A 3LDLA 3HSCA 2QWPA 4RWTA 3WXLA 2PAVA 3CJBA 3R8EA 2ITMA 1QZ6A 4B1YB 1GLCG 2E8AA 3MN9A 4A61A 5AQIA 1DEJA 5BRHA 1NBWA 4BRAA 3P4IA 1KAZA 5KPTA 5LJWA 2PBDA 3EKSA 2V51B 4YDUC 3VESA 2P9KB 4CBXA 4GY2B 3CIPA 4I6MB 4H0OA 2D0PA 4A2AA 3FZHA 5EVZA 3VGLA 3ZX0A 4A2BA 3JXUA 5ELZA 4FOIA 5AQUA 4PL8A 4QS8A 5EOYA 1IJJA 3UKUA 2BTFA 5BN8A 1YAGA 1ZXOA 4BR9A 4JHDA 4WYBA 3O8MA 3QB0A 5AQWA 4CZEA 4DHYA 1BDGA 4WQ4A 2HOEA 1RDWX 3MN7A 2YHWA 4IXCA 5AQZA 3VEWA 2V52B 1RFQA 3LDQA 3O5BA 2E20A 3MN6A 3D7EO 3ZETA 4CZGA 4CJ7A 3DJCA 1K8KA 4BC4A 4BRHA 4WQ5A 3U4LA 4B9QA 2EWSA 3IMXA 5B8HA 2E88A 3SMPA 4BRQA 3WEEA 5AQLA 4XEIA 1JCFA 2A5XA 5BPMA 2QWRA 2A41A 5AQVA 4FO0A 1QHAA 3O08A 3KVGA 2P9LB 3QFPA 3LDNA 1NGCA 4CZHA 5AQMA 4M7XA 4BRKA 5AQPA 4GNIA 2HMPA 4K25A 4FWPA 1YVNA 3SJHA 4O8KA 1ZC6A 4EAHD 2FXUA 3DXMB 1U2VA 3IDHA 2UYTA 1NMDA 3D2FB 4CZJA 3AAQA 4CI6A 1NGJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WBBA 3NF6A 1T3VA 3UKUB 4CZKA 3M8QA 4Z4FA 3ATVA 3ENOA 4NCGA 5GAGP 3KHWA 5CHIA 1IG9A 3D2EA 1KSPA 1HYSA 4OKEA 4Z4HA 4FPBA 3ZLJA 3C94A 2ZGYA 4N5SA 3JS6A 3QDKA 1WSEA 1KCFA 1NJYA 2KZZA 1POIA 1T44A 5AQFA 1K8BA 3KLFA 1EO1A 3H1QA 3NFAA 3D0PA 4Q0BA 4G1QA 2B3CA 1DKGD 1NGHA 1P90A 5LMUK 4AHSA 4Z4EA 4TSXA 3R3LA 1WUAA 1VRTA 3L2VA 1RGIA 2KBHA 4F9OA 3SAGA 4H4MA 3LP1A 1ZBSA 3G25A 1VQKN 3THYA 5D3GA 1IKWA 3C6UA 3O9RA 4W5TA 2P5GA 3LDPA 4MO4A 5AZIB 1Q7YO 3SZ2A 1RBVA 3HL8A 3SQ1A 3VGMA 2PY5A 2D0AA 3TWHA 3PX6A 4BY9C 4JK9A 2NNWA 3VQ5A 3QBXA 3SI6A 2Z1GA 4X65K 3PX0A 3K5MA 3VQ9A 3CCRN 5A2QO 3SQ4A 2X6SA 3KK2A 2P9UB 4F3TA 2CGJA 3CPEA 3TAFA 1BG3A 3M5RA 4XH5A 4FWRA 1S1XA 4FWKA 4JI0K 4C8LA 1YF5L 1EETA 4IOXA 2JLEA 4HHFA 2V7ZA 2ZF5O 1RT5A 3P38A 3IS9A 3TAGA 3CQYA 1ZFUA 2PYJA 2E2OA 3NH2A 4WCEL 4BDPA 4OKKA 3AGKA 3ZX3A 2ITGA 5C25A 4DTUA 4FZYA 1VQLN 3QMLA 3CQ8A 4JV5K 4JKBA 3ZT0A 1NK8A 4NCAA 4A5AA 3I0SA 3SBGA 1CXUA 3OYMA 3HI0A 5BRFA 4JKCA 3CERA 3ULEB 2OZMA 2E6LA 4UY8O 2F8TA 2IVPA 2FBVA 3MDQA 2E2NA 4IOAL 3CYGA 2KW4A 4J2DA 3QFUA 5JMVA 3SNNA 3H6EA 3WXMB 1W9HA 4CFBA 4IKFA 5HRSA 5I3UA 3MCPA 3KOYA 2VG7A 3AA4A 1KLMA 2BANA 2UU9K 1CN2A 2ZM6K 1SN4A 4CGFA 1JZAA 2Q3SA 4CE9A 4CHYA 1GPTA 3U6FA 4FWLA 5CYQA 1X9MA 2OPRA 1S1VA 2P9SA 3RMDA 4KH5A 4FLTA 2CH6A 1BUPA 2YC1C 4O0JA 3MMVA 3KKRA 3WEEB 4YOYA 1T03A 3HP6A 5LY3A 4DQQA 1YXQA 2QWMA 2W41A 1XUPO 4CF1A 5C0YA 4JYAK 4K43A 4CJ4A 4EFHA 3P39A 2FC0A 1VSHA 2YJFA 2HBMA 3VQDA 4CK2A 4CD3A 4IDKA 3CMAN 2LY6A 4M3XA 4E1MA 3DAWA 3HYFA 4K0KK 3BGRA 5GAHP 4MLEA 4CJVA 3AO3A 3WNGA 2A6AA 3PUFA 4H0YB 5AFUH 2E6MA 3P5JA 3D2EB 3DLKA 2HVIA 4FLXA 3NF8A 5BPNA 3CF5L 4ELVA 2JWKA 4DS5A 3LALA 1CZBA 2E1YA 1BQMA 4KB1A 5AQJA 1EXQA 2D4WA 4YNQA 1HYZA 4LC9B 3CJAA 3CFRA 3L4IA 1U6ZA 2YV0X 5JLFA 1NM1A 4LFCK 3C95A 4DTOA 3LWLA 4FJNA 1N8RO 3CMEN 1WSJA 3O9QA 4EZ9A 3LP2A 1OVQA 2NRVA 4JRQA 3MXJA 3FLCO 1G99A 4QAGA 1XC3A 2Z1JA 1GLDG 3W3DA 3RR7A 4AHCA 1GPSA 2A3ZA 3JAMO 3THYB 3HOSA 1NLVA 4FLWA 2ZE2A 2ZWHA 3LZJA 4RW7A 4GV9A 2VY6A 1ASWA 2P1JA 3WXKA 3MAQA 1E4GT 2FLOA 1T7EA 1P8ZA 4M45A 1ICAA 5FROA 4DTSA 5I42A 1MA9B 1MWMA 2ASPA 2WONA 1YTUA 5HP1A 2Y1IA 3LDSA 1SAZA 4DR6K 1X1PA 2I7NA 1RDCA 1ZBHA 4DF8A 4KHQA 4DUYK 3KD1E 2A7TA 2GBZA 1JLGA 4X64K 3L56A 1BQNA 2YNHA 3AVGA 2Z1IA 4L8RB 3O1BA 1VRUA 2HHXA 4CJ3A 4WFNL 3JSMA 1NGFA 5AQHA 2G8VA 4CFAA 1TUYA 2XHBA 2UUCK 1ITGA 2UUBK 4KBOA 4BR7A 4FJIA 2QWQA 4M3RA 4FL9A 4BC2A 2WUSA 2HNYA 1S1WA 3Q7BA 1JKHA 4CK1A 3G0ZA 2E3GA 3HK2A 3KK7A 1X9WA 2D1KA 3QINA 2YHYA 4JK8A 1BA1A 4B9VA 2HHSA 3O9TA 2MN5A 3HOTA 4BE2A 1HLUA 4FZZA 3AA3A 4M42A 1LQHA 4FJXA 4OVLA 1LQQA 3PO4A 5GIOA 4PQUA 1NGGA 3V9WA 4EHTA 3CFPA 5KQ8A 4CERA 4Z4IA 3R1XA 4YORA 1W7AA 1CXQA 1IG8A 2X6NA 3H3OB 5JLHA 3OJUA 2P9IB 1LAWA 3CJ9A 5CZ1A 1QQMA 3MEGA 1Z05A 1GLAG 1NPIA 2P9SB 3OYAA 1U4BA 4HUEA 1VQNN 1S3XA 1O13A 3N4PA 2GWJA 3QO9A 1NJZA 3DYAA 2QWPA 3K2PA 4BE0A 3V9ZA 2DFFA 1L4VA 3CJBA 3AVLA 3NH1A 2VWKA 1QZ6A 4B1YB 3QERA 4CFDA 1WSFA 1NRAA 1VQ4N 1DEJA 2EHGA 5KPTA 1KAZA 5LJWA 3AVIA 5GAEP 3HPOA 4CVNE 2V51B 3AO2A 2E0HA 4GY2B 3CIPA 1SS6A 4H0OA 2ZQBA 3MCAB 5FDLA 3E9LA 1HYVA 2VWJA 1SL1A 4U7BA 5ELZA 1X9SA 4FYDA 3UKUA 1LW2A 2BTFA 4LFAK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WBB A;  3NF6 A;  1T3V A;  3UKU B;  4CZK A;  3M8Q A;  4Z4F A;  3ATV A;  3ENO A;  4NCG A;  5GAG P;  3KHW A;  5CHI A;  1IG9 A;  3D2E A;  1KSP A;  1HYS A;  4OKE A;  4Z4H A;  4FPB A;  3ZLJ A;  3C94 A;  2ZGY A;  4N5S A;  3JS6 A;  3QDK A;  1WSE A;  1KCF A;  1NJY A;  2KZZ A;  1POI A;  1T44 A;  5AQF A;  1K8B A;  3KLF A;  1EO1 A;  3H1Q A;  3NFA A;  3D0P A;  4Q0B A;  4G1Q A;  2B3C A;  1DKG D;  1NGH A;  1P90 A;  5LMU K;  4AHS A;  4Z4E A;  4TSX A;  3R3L A;  1WUA A;  1VRT A;  3L2V A;  1RGI A;  2KBH A;  4F9O A;  3SAG A;  4H4M A;  3LP1 A;  1ZBS A;  3G25 A;  1VQK N;  3THY A;  5D3G A;  1IKW A;  3C6U A;  3O9R A;  4W5T A;  2P5G A;  3LDP A;  4MO4 A;  5AZI B;  1Q7Y O;  3SZ2 A;  1RBV A;  3HL8 A;  3SQ1 A;  3VGM A;  2PY5 A;  2D0A A;  3TWH A;  3PX6 A;  4BY9 C;  4JK9 A;  2NNW A;  3VQ5 A;  3QBX A;  3SI6 A;  2Z1G A;  4X65 K;  3PX0 A;  3K5M A;  3VQ9 A;  3CCR N;  5A2Q O;  3SQ4 A;  2X6S A;  3KK2 A;  2P9U B;  4F3T A;  2CGJ A;  3CPE A;  3TAF A;  1BG3 A;  3M5R A;  4XH5 A;  4FWR A;  1S1X A;  4FWK A;  4JI0 K;  4C8L A;  1YF5 L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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