5EX5A

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-adp and inorganic phosphate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 123
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5ex5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ex5A04
3BUZB 3HM8A 1BA0A 1BG3A 3VETA 4FWRA 3MN7A 2NLXA 2P9LB 4JD2A 4BG8A 4JHDB 4M7XA 2VYPA 3ATVA 4EHUA 1BA1A 3ZX3A 3QFUA 3FR0A 4H03B 2GUPA 1SQKA 2P9NB 4ISEA 1R59O 5B8HA 3LDLA 2PBDA 4A2AA 4ISGA 1QHAA 4BC5A 4GNIA 3VENA 2P9UA 2I7NA 4CZKA 4EHTA 3MN9A 3O80A 5CE3A 4E1JA 1RGIA 3FZMA 1H1VA 3W0LA 1IJJA 2YHWA 3BP8A 5EVZA 3LM9A 4DHYA 4BREA 2ASPA 1T44A 2P9LA 4MLEA 2W41A 1GLEG 5F0XA 3LM2A 2AP1A 1BDGA 3BF3A 3A5MC 1YVNA 3A8YA 2H3GX 2ZGYA 1ATRA 1NGIA 1NLVA 4A2BA 3DJCA 3A5LC 4FPBA 2P9PA 2ZF5O 3ENHA 4YDUA 3CHWA 3FE1A 3ULEB 3ZETA 5ADXA 2A41A 5AQMA 3UB5A 2FSJA 5EOYA 5FPEA 2FF3B 2FSNA 1QQMA 4YDUC 1GLBG 1E4GT 1QQOA 4FO0A 3G25A 3VEWA 4CJ7A 2QWMA 3CJAA 3AARA 2Q97A 2CGLA 3M6GA 3D2EB 3HI0A 3SMPA 2HOEA 4PKGA 4FWMA 1V4SA 1Z05A 5AQIA 3CETA 4C23A 2E1ZA 3D2FA 4IJNA 5JLHA 5AQNA 3SK3A 4IO8A 2YHXA 3WXJA 2CGKA 1OKJA 3WXKA 3VF4A 5AQOA 1HLUA 3H1VX 4CZFA 3QFPA 5KPZA 5LJWA 5AQQA 4CZGA 4BGBA 4BVPA 3CJ1A 4JAXA 1NGEA 5ADXH 5AQHA 3UKUA 1HPMA 3C7NB 2P9IB 3UKRB 5BN8A 1GLCG 4K43A 3I8BA 1NGBA 5BRHA 4WQ5C 3QICA 4IWVA 4Z94A 2FXUA 2E1YA 1NM1A 2A6AA 4JD2B 3L0QA 4H5VA 3WQUA 3TU5A 3DWLA 3O5BA 4KBOA 3JS6A 4BRIA 4BRLA 1YUWA 4BRAA 1TUYA 4RTFD 3H6EA 4FPAA 3EL2A 4DQ8A 2P9SB 3DXKB 2YHYA 2P9UB 5JMVA 5TKYA 4NO7A 3SJHA 5E84A 4M7YA 3FLCO 5AR0A 1NGJA 2ZGZA 1DGKN 3MDQA 2QWPA 4B1ZA 5F1XA 3WXIA 3C7NA 3VERA 4EIAA 5LY3A 4H5RA 2NZTA 4HTLA 3UE5A 3HBTA 1Y64A 3VF2A 4L3QA 3A0IX 3VGKA 3KVGA 3FZLA 3J8AA 2E2QA 5KPTA 2A5XA 1E4FT 1BO5O 5KQDA 1T6CA 2D1KA 2BUPA 2QM1A 2QWRA 2A42A 2P9PB 1NBWA 4CZIA 2V7YA 2P9SA 1BWFO 5AZIB 3DXKA 3ZETB 1NGGA 2E2PA 3GE1A 3O8MA 3R8EA 2QXLA 2V7ZA 4FL9A 2VWBA 4NB4A 3QBWA 4FWQA 4LC9B 4PKHA 5AQXA 1HKCA 5JLFA 3MCPA 1WOQA 4K25A 3O6WA 1Z6RA 1BOTO 1ZC6A 3C0BA 3CJ7A 5BREA 2IIRA 2D4WA 1GLJO 4AM7A 4ISFA 3LDOA 4WQ4A 4BRKA 3L4IA 1NGCA 3D2FB 5AQPA 4H5WA 2Q1NA 2IVOA 2Q36A 3R6MA 4WQ4C 5ELZA 2QWNA 5AZIA 4PL7A 1X3NA 1TUUA 4FWLA 3ZEUA 3O1WA 4B1VA 1BUPA 3GL1A 1CZAN 1YXQA 3ENOA 2AA4A 3UKUB 3WUHA 1X9JA 3GOIA 4PL8A 3P4IA 3CQXA 5EXWA 1C0FA 3EKSA 1XUPO 1ZBSA 2OANA 2ASMA 3ZX2A 3MMVA 3FZFA 5AQTA 4BRNA 1Q18A 3VGLA 2V51B 4QS9A 1C0GA 2NRHA 4BRPA 3SMSA 4BRDA 2QWQA 2ASOA 3LDQA 1JCGA 1RDWX 4IJAA 2I7PA 2P9KB 3LDNA 1HUXA 3WXLA 4CI6A 4WQ5A 3CJ9A 3EZWA 4FWNA 2IVPA 1QZ6A 3RSEB 3VESA 5AQUA 3AY9A 1X3MA 1GLAG 3FZKA 4FWOA 1HKBA 4FOEA 4BC3A 3DXMA 1RFQA 3IDHA 2YJFA 4EAHD 4MO5A 4CD3A 2F9WA 2GEMA 3QB0A 1KAXA 1GLFO 1ZXOA 4CZMA 3VOVA 3IFRA 4BG9A 5I9EB 1KAYA 2VCPA 3OHRA 3WQTA 5AFUA 1HJOA 4JNEA 2DPNA 1U6ZA 1SAZA 2EWSA 1BU6O 3U4LA 3SLCA 2E20A 4H0OA 4BR4A 1NGFA 3WEEB 1NMDA 2IVNA 4H0XB 3M1FA 4BR0A 3LDPA 4RWTA 2P9KA 2CGJA 3U9DA 2QW9A 2Q31A 2HF3A 3H3NO 3RSEA 2A40A 3VEYA 3AAQA 4CZEA 3O08A 3O4WA 3EO3A 4H0VB 1QQNA 5AQVA 2Q2RA 3QDKA 5AQLA 4H0TB 3VEXA 3B8AX 1DEJA 2A3ZA 4AM6A 2ITMA 3CJBA 2UYTA 4FWPA 3GG4A 4I6MA 3R9PA 1MWKA 1MA9B 5AFUH 4CZLA 4BC2A 2HMPA 4BQZA 3WEEA 3ZEUB 1HX1A 1J6ZA 5FPDA 1GLDG 1KXPA 2E8AA 2YJEA 4BQLA 4FOIA 4H0PA 1MWMA 4M63C 5F2RA 3BEXA 2GWJA 4XH1A 2J4RA 1K8KB 2QWOA 3VEVA 3M3ZA 4BR7A 5BPNA 3AAPA 4CBWA 3VPZA 3CERA 3VF6A 3I33A 1ATNA 5EY4A 4BROA 3KZBA 1XC3A 1TYQB 1MDUB 3H1QA 5KPRA 4XH4A 5BN9A 1EQYA 3ID8A 4CBXA 4JN4A 2YI1A 1LOTB 3DAWA 1D4XA 4O8KA 4A62A 3A5NC 3U9ZA 4RCHA 3VGMA 4BRQA 3TPQA 2YCHA 3KHYA 1G99A 4BRGA 2CH6A 3CJCA 4BRFA 2GELA 1LCUA 2ZWHA 4BRCA 2D0OA 5AQRA 5FPNA 1ESVA 3QBXA 4H0YB 4JHDA 4K41A 3DXMB 2Q0UA 5AZJB 4Y0WA 1K8KA 2FSKA 3U8XA 4CZJA 5BPMA 5BPLA 3D7EO 2P9NA 1V4TA 1QZ5A 3L6QA 5JICA 4CBUA 2D0PA 2E2NA 3H3OB 5AQZA 1DKGD 1TYQA 3HZ6A 5FPMA 4XEIA 3IUCA 1T6DA 5BRDA 1NGHA 4FWKA 4WYBA 1JCEA 1SZ2A 1JCFA 4B1WB 1U2VB 4BR9A 3O1BA 4XH5A 3LL3A 4CZHA 1GLLO 1YAGA 4H5TA 5BRFA 4MO4A 3H45C 4H5NA 4K42A 4BGAA 2KHOA 5KQ8A 1NWKA 3H46O 4MLHA 1P8ZA 2BTFA 4QS7A 4HWIA 4QS8A 3FZHA 1WUAA 4EFHA 5LJVA 3MN6A 3F9MA 2QWLA 5AZJA 3W3DA 5AQGA 3ATUA 5AQKA 1KAZA 1NGDA 2HF4A 4GY2B 4O5FA 5AQYA 3CQYA 1NGAA 3HSCA 3FFKB 2E2OA 4I6MB 3ULEA 2GWKA 5AQSA 5BR9A 5AQJA 3VEZA 3MN5A 4FSVA 4F9OA 4BRMA 3WT0A 3IMXA 5E26A 3CIPA 4CD1A 4J8FA 4B1YB 3MK6A 5AQFA 3CI5A 3S41A 1U2VA 4B1UB 2Q0RA 2WUSA 4B9QA 4IXCA 4DCHA 3FGUA 4A61A 3ZX0A 1HKGA 3D2EA 3A5OC 4BC4A 2FLOA 3EN9A 3GDQA 2PAVA 4BRHA 2F9TA 1ATSA 4IZ9A 2FF6A 5AQWA 2W40A 3VEOA 3QMLA 3HTVA 4FWSA 1XQSC 4BVOA 2GTDA 1S22A 1S3XA 4BR5A 4BR2A 1IG8A 3JXUA 3GBTA 4B1XB 3BF1A 3EKUA 2E88A 5EX5A 2V52B 4PKIA 4DB3A 2P9IA 3UKRA 2CH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BG3A 1KC8O 2JLEA 2P9LB 5K14A 2JWKA 5IWAK 1XRSB 4BG8A 3CMAN 4ZTFA 1C1CA 1WSFA 1BA1A 2B4JA 4C1NI 3QFUA 4H03B 1MYNA 2ITGA 3F5TA 4FXDA 1SQKA 2P9NB 4ISEA 4JKAA 4A2AA 4KHNA 4YHHK 4GNIA 4AAZA 1K6YA 4IEIA 5JVHL 2FBTA 1TAUA 2HVIA 4PA1A 4EHTA 4YOVA 3FFIA 4CK2A 2Z1IA 4FZZA 3NHGA 3ALYA 1NMNA 3P5JA 1TV6A 4FJ7A 4KPYA 2RE2A 4M3YA 2ASPA 1T44A 4MLEA 1YJNN 1Q8IA 2W41A 1GLEG 4B8AB 2LY6A 3BF3A 4B9VA 3PY8A 1ZU3A 3A8YA 1NGIA 4DV3K 3TANA 4JRQA 4WF9L 3EE8A 3BGRA 2E3GA 3A5LC 5KTQA 2ZF5O 4JKDA 1PTXA 2N2QA 4RG8A 2HBJA 3CG7A 3ULEB 5J2NA 1IKXA 2PY5A 3UB5A 4RW9A 2FSNA 2B3CA 1GLBG 4YDUC 1VQ5N 3PO4A 2IS3A 5CZ2A 2GX9A 3TSQA 3D2EB 5DM7L 3SMPA 1P0AA 4PKGA 4CHOA 3S5TA 4FYDA 4FK0A 2DFEA 4OLBA 1EETA 2E1ZA 3D2FA 3M8SA 4V1DC 3PUFA 4IJNA 3NH2A 4DWIA 4LFCK 2HHIA 5AQNA 3SK3A 4IO8A 2YNGA 4DG1A 3WXJA 3G71N 3AGKA 1TKXA 4FM0A 3WXKA 5AQOA 3H1VX 5KPZA 3QFPA 3NGIA 4JAXA 3U6FA 1TK0A 2E2FA 1Q81O 1KD1O 1VQMN 4K43A 5KRTA 4JKGA 4WQ5C 2FXUA 2E1YA 3CD6N 1HNVA 3HT3A 4CEQA 4LSNA 4H5VA 2DFHA 1L3VA 5JENA 3TU5A 3VQ5A 2OTLN 4OGEA 4BRIA 1TUYA 4RTFD 4FPAA 3EL2A 4FJ9A 4LF9K 2KW4A 3NGZA 1YIJN 1NGJA 3I56N 1R0AA 1TKZA 4B1ZA 4FVMA 4G9ZA 1B7DA 4M3UA 1EO1A 1HNZK 3WXIA 3C7NA 5CYQA 4EIAA 4LF6K 4FVUA 4HCBA 1SN4A 1BMRA 3DLBA 1E4FT 3OYDA 4KHPK 1VQ6N 1T6CA 1I39A 4KKOA 2QM1A 2QWRA 3NDKA 2P9PB 4CZIA 1LQHA 2HNYA 1UAXA 4IBNA 3HYFA 2E2PA 2VWBA 4NB4A 3E9PA 4DQSA 2D0CA 3TR8A 5AQXA 4IO9L 4DQRA 3OBWA 1U4BA 1WOQA 4MFBA 4EZ6A 1HNXK 3ZLJA 1Z6RA 4CJVA 1BOTO 1SV5A 5LL6Z 3IS9A 2IIRA 1NNEA 3HM9A 4KAZA 1GLJO 4AM7A 1WSGA 3LDOA 1KFSA 2E0HA 3HXMA 4DS4A 3L4IA 1Q7YO 4FJJA 4F4KA 4H5WA 1HYVA 3SV4A 2VWKA 4W5NA 3R6MA 1EKEA 5AZIA 1X3NA 3OS0A 3O1WA 4B1VA 3OJSA 1NJWA 2DTUA 3R2VA 3RR8A 3ENOA 3UKUB 1VQ7N 3GOIA 3MECA 3WXMB 3TAPA 2XY5A 2HHHK 1W9HA 2ASMA 2OANA 3ZX2A 3RWUA 5AQTA 4IEEA 5MLCQ 3KD1E 2V51B 4BRPA 1JXBA 3S3NA 4J2BA 3DYAA 2N69A 4BRDA 1BI4A 4DUZK 3CCQN 1LWCA 2P9KB 4AB0A 1HUXA 5C24A 1QS4A 1EX4A 2KZMA 3VESA 3NVMA 1B92A 1WSIA 4DR7K 3SQ0A 4KFBA 3DXMA 3V9ZA 1RFQA 1SN1A 3IDHA 3DLKA 3NF6A 2F9WA 4CJEA 3K5OA 4I9QA 2O4GA 3VQAA 1QE1A 3V4IA 5I9EB 1KAYA 1C1BA 3AA5X 4OX9K 3OY9A 4CF9A 2HHUA 1U6ZA 4I9LA 1SAZA 3AO1A 3J81O 4DV6K 1CLQA 4DFJA 3TAEA 2O8DB 2IVNA 4H0XB 3LDPA 4DTUA 3K2PA 2Q31A 3ASMA 2HF3A 4JI6K 3NH0A 4ELTA 1T0ZA 1CZBA 1S6QA 3K5MA 3OYAA 1ASVA 3O08A 1JLQA 1VSEA 1RT4A 2OA8A 4W5TA 4CIFA 4H0TB 1RTJA 1DEJA 1B3CA 3KK2A 3L2WA 3AVBA 4DFMA 3DLLL 4M41A 4MQ3A 3GG4A 2KSKA 1MWKA 1SL2A 3LWLA 4BC2A 4DSJA 3DLRA 4BQZA 1RT5A 1KFDA 3IKMA 1XMOK 1KXPA 3O9SA 3OS2A 3TARA 3CPEA 2FBXA 4BQLA 3SJJA 2DY4A 3KJVA 1TGOA 5F2RA 3CF5L 1U45A 4JKBA 4NCGA 5FDLA 4Z4GA 2HSTA 1K8KB 1G15A 3M3ZA 5BPNA 3L3UA 1JKZA 2KJAA 1NOYA 5KK4A 4KO0A 1C0UA 5M1NA 4JI0K 2JGUA 1TYQB 1SUQA 1VHXA 4CGJA 4DU4A 1HMVA 3DLGA 5C2FA 1RDCA 4DTXA 5KPRA 1JL1A 5LMUK 4KI6A 5KI6A 1D4XA 2X74A 1ZBHA 3A5NC 4RCHA 4BRQA 5HBMA 4C8KA 4B9TA 1G99A 4FJMA 3CJCA 4BRFA 3VQPA 4NCBA 5AQRA 2O8CA 4JHDA 4K41A 1ZYWA 1IH7A 3WNEA 2UXDK 1HNWK 1RTIA 4DV5K 4F3TA 1ICAA 4KHSA 4AEIA 1T7BA 2WFBA 4E7IA 2E2NA 3H3OB 5AQZA 1S1XA 1NGHA 1GOCA 1AYJA 1IBMK 2NRXA 3DRRA 4WYBA 3E9OA 2BRZA 3G4SN 2LKBA 3AVKA 3O1BA 3G6EN 4N76A 4WFBL 2NRWA 4XH5A 3TAMA 1W2BM 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BG3 A;  1KC8 O;  2JLE A;  2P9L B;  5K14 A;  2JWK A;  5IWA K;  1XRS B;  4BG8 A;  3CMA N;  4ZTF A;  1C1C A;  1WSF A;  1BA1 A;  2B4J A;  4C1N I;  3QFU A;  4H03 B;  1MYN A;  2ITG A;  3F5T A;  4FXD A;  1SQK A;  2P9N B;  4ISE A;  4JKA A;  4A2A A;  4KHN A;  4YHH K;  4GNI A;  4AAZ A;  1K6Y A;  4IEI A;  5JVH L;  2FBT A;  1TAU A;  2HVI A;  4PA1 A;  4EHT A;  4YOV A;  3FFI A;  4CK2 A;  2Z1I A;  4FZZ A;  3NHG A;  3ALY A;  1NMN A;  3P5J A;  1TV6 A;  4FJ7 A;  4KPY A;  2RE2 A;  4M3Y A;  2ASP A;  1T44 A;  4MLE A;  1YJN N;  1Q8I A;  2W41 A;  1GLE G;  4B8A B;  2LY6 A;  3BF3 A;  4B9V A;  3PY8 A;  1ZU3 A;  3A8Y A;  1NGI A;  4DV3 K;  3TAN A;  4JRQ A;  4WF9 L;  3EE8 A;  3BGR A;  2E3G A;  3A5L C;  5KTQ A;  2ZF5 O;  4JKD A;  1PTX A;  2N2Q A;  4RG8 A;  2HBJ A;  3CG7 A;  3ULE B;  5J2N A;  1IKX A;  2PY5 A;  3UB5 A;  4RW9 A;  2FSN A;  2B3C A;  1GLB G;  4YDU C;  1VQ5 N;  3PO4 A;  2IS3 A;  5CZ2 A;  2GX9 A;  3TSQ A;  3D2E B;  5DM7 L;  3SMP A;  1P0A A;  4PKG A;  4CHO A;  3S5T A;  4FYD A;  4FK0 A;  2DFE A;  4OLB A;  1EET A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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