5EX5A

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-adp and inorganic phosphate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 123
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5ex5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ex5A04
4BREA 1HPMA 1BA1A 3VOVA 3W3DA 5LY3A 3GG4A 3FR0A 1HJOA 2A41A 3FZKA 4FWQA 1X3MA 1X9JA 1BUPA 3GL1A 5AZJB 4MO4A 3VGLA 4H5RA 5E26A 2V52B 4MLEA 4CD3A 3CJCA 3I8BA 4CZHA 1NGHA 5AQRA 3I33A 2P9PA 3CETA 3VESA 1S3XA 1P8ZA 1H1VA 2P9PB 3F9MA 2GWJA 2FLOA 1NLVA 4IXCA 3UKRB 3R9PA 2P9KB 4WQ4C 4CZLA 1XC3A 1K8KB 2E20A 2P9IA 5LJWA 1GLJO 5EY4A 1QZ6A 4BROA 2P9IB 3LDPA 5F1XA 2D0PA 3O5BA 3VEXA 5AQFA 1KAZA 3ATUA 2GWKA 5AQNA 5LJVA 4FWLA 3DXKB 2FXUA 3LM2A 2VYPA 3CJAA 2GEMA 3JS6A 4B1ZA 1GLEG 4RCHA 4BRPA 1LOTB 3HTVA 1ATRA 5EX5A 2QWQA 1S22A 3FZLA 2QM1A 2NLXA 4GY2B 4B1WB 4BRAA 5AQLA 3TU5A 1NGEA 3CERA 4WQ5C 1TUUA 5BPLA 3GE1A 1GLAG 4B1UB 3MK6A 4GNIA 4FWSA 3LL3A 2FF6A 4FWPA 1RDWX 2OANA 3A5NC 3MDQA 3AARA 3WT0A 2QWMA 4JAXA 3U9ZA 1LCUA 2YJFA 3JXUA 5F2RA 3EKSA 3H1VX 4I6MB 1V4TA 3LDNA 4H0PA 1ATNA 1GLLO 1QQOA 2FSNA 4C23A 3FZFA 4ISGA 3BF3A 4AM7A 4B1VA 5KPZA 1MDUB 1CZAN 2IVOA 2WUSA 3FFKB 1TUYA 1ZBSA 2AA4A 4CBUA 2A42A 2D4WA 5AQZA 3J8AA 1NGGA 2A6AA 2DPNA 4XH1A 3ZEUA 4K41A 3FZMA 3ZEUB 3CJ9A 5AQVA 3O1BA 1YXQA 4Y0WA 3RSEA 3M3ZA 3D2FB 1G99A 4H5VA 3CQYA 3RSEB 3B8AX 3BP8A 2CH5A 2ZF5O 4BR4A 1JCFA 4DHYA 1ZC6A 1Q18A 3O80A 5FPEA 4IWVA 1BOTO 4BRFA 3VEWA 1NMDA 4F9OA 3BUZB 1J6ZA 3AY9A 4DCHA 1NGJA 4Z94A 3AAQA 3SJHA 2GTDA 4CBXA 3IMXA 2FSKA 4BRKA 1NWKA 4EIAA 3AAPA 5ELZA 4M63C 3A5LC 2YHXA 1XUPO 4M7YA 1QQNA 5AQUA 4ISFA 3LDQA 4NO7A 3HZ6A 3S41A 3A0IX 4BC2A 2QWNA 3FE1A 1D4XA 3VF6A 4A2AA 4BGBA 4BG8A 4CZMA 3VEVA 2I7PA 4H0TB 4FWRA 1E4FT 1BO5O 5F0XA 1BDGA 2YHWA 1DEJA 3D7EO 5AQJA 3ZX0A 1SQKA 3QDKA 1U2VA 4CZGA 3CJ7A 2VCPA 5BREA 1U2VB 5AQKA 5FPDA 1GLDG 3FLCO 4PL7A 5TKYA 1HUXA 1U6ZA 3A5OC 5BRFA 2HF4A 1YVNA 5AQPA 4QS7A 3R6MA 5EVZA 5KPTA 3SLCA 1Z6RA 3WXIA 4RWTA 2ITMA 5BN8A 5AQQA 2ASPA 5BPMA 4JN4A 3R8EA 3CJBA 1Z05A 4YDUC 4IZ9A 4K43A 4BRIA 1NGFA 2EWSA 1C0GA 4CJ7A 5AQSA 1XQSC 4H0OA 4JNEA 4BQLA 3O08A 3WQUA 3A8YA 4FWOA 4EHUA 4CZJA 1HX1A 3G25A 3FZHA 2ZGYA 5E84A 5EOYA 5KQDA 3DXMA 1KAYA 4JD2A 4CZEA 4ISEA 4BR5A 4JD2B 4PKHA 3HM8A 2H3GX 4BR2A 4CZIA 4FSVA 3ENHA 3FGUA 5AZIA 1ZXOA 3ATVA 5AZIB 3UKUA 3CJ1A 3CQXA 1YAGA 2Q2RA 2UYTA 2ASOA 4BR7A 2Q0UA 4CZKA 2W40A 1TYQA 3LDLA 1TYQB 1SZ2A 3CI5A 3WXLA 4EHTA 1GLFO 3O8MA 4JHDA 4BRDA 2J4RA 3WXKA 5AFUA 1BG3A 2F9TA 3A5MC 2NRHA 3SMPA 1RFQA 4CBWA 4H0XB 5KQ8A 5BPNA 5AQWA 3M1FA 4DB3A 3VEYA 5AFUH 5AQGA 2P9NA 1OKJA 3KHYA 2I7NA 4K25A 3GBTA 5BR9A 5FPNA 2P9SA 2ZWHA 4FWKA 3SMSA 2P9SB 1ATSA 2A5XA 4FO0A 3WXJA 3DWLA 5BRDA 5FPMA 2HMPA 1NM1A 5AQOA 3VGMA 2P9LA 3VETA 1T44A 1E4GT 4BG9A 1EQYA 4WQ4A 4BGAA 2ASMA 3LM9A 3H1QA 3ULEA 3DJCA 4FPBA 3ULEB 3H45C 3MN9A 2Q1NA 3O4WA 5AQIA 3WEEA 4H03B 4QS8A 4H0VB 3WEEB 3VENA 5ADXA 2Q97A 2E88A 4WQ5A 2E2QA 1HKCA 4BRLA 1MA9B 3P4IA 3CHWA 3O6WA 1SAZA 4FWMA 5BN9A 2P9UA 1JCEA 2FSJA 3GOIA 3H3OB 2BUPA 2BTFA 2Q36A 2KHOA 1RGIA 2QW9A 3QICA 4BC5A 4MO5A 3EO3A 1V4SA 4XH5A 4B1XB 1X3NA 2E1ZA 3CIPA 4QS9A 4H5NA 4FOIA 1DGKN 2E1YA 3MN6A 2ZGZA 3H3NO 2W41A 5AR0A 4BR9A 5CE3A 3IFRA 4IJAA 3BF1A 2CGJA 3D2EA 4HWIA 1IJJA 2V51B 3VGKA 3D2EB 1QQMA 3KVGA 1NGIA 3MN5A 2IVPA 1MWKA 3M6GA 5AQMA 5I9EB 5JLFA 2CH6A 2VWBA 2CGLA 2YHYA 3L0QA 4A62A 5AQHA 4AM6A 1IG8A 1KAXA 3H46O 4BRNA 4IO8A 3VF2A 2AP1A 3ID8A 5AQYA 5AZJA 1T6DA 2PAVA 3QFPA 2E2PA 3VPZA 1DKGD 4BRHA 4IJNA 3QMLA 3EZWA 3ZX3A 4BVOA 5AQTA 3L4IA 1GLBG 4BC3A 3VEZA 2V7YA 3UKRA 4BQZA 4WYBA 4XEIA 2P9KA 2A3ZA 1K8KA 2Q31A 3DXMB 3QBWA 5AQXA 2E2NA 2HF3A 3VERA 4CI6A 1WUAA 3L6QA 2GUPA 1NGAA 1QHAA 1ESVA 3ZX2A 3DXKA 2Q0RA 1NBWA 3C7NA 3MMVA 3UKUB 3W0LA 1NGCA 3C7NB 1GLCG 4PKIA 2QWLA 2QWPA 3WUHA 2YJEA 4A61A 4CZFA 4H5WA 2YI1A 2E2OA 3MCPA 5B8HA 1WOQA 1BA0A 1BWFO 5JLHA 4J8FA 3IUCA 3U8XA 3UE5A 3MN7A 4B1YB 1HLUA 4JHDB 2A40A 3ENOA 3VEOA 3GDQA 4BRMA 4FWNA 3QB0A 3HI0A 3O1WA 3WQTA 3QFUA 4FPAA 3KZBA 2QWOA 4L3QA 4BR0A 2P9NB 4H0YB 4I6MA 4BVPA 5JICA 2IVNA 4NB4A 2NZTA 4PL8A 5JMVA 4BRCA 1HKGA 2D1KA 4MLHA 1Y64A 4O5FA 4A2BA 3U9DA 2GELA 1C0FA 4BRGA 2CGKA 1NGDA 3C0BA 2HOEA 5EXWA 2E8AA 2P9LB 3HBTA 3EN9A 2YCHA 4FOEA 1QZ5A 2PBDA 2D0OA 4LC9B 1YUWA 2FF3B 4XH4A 4RTFD 4YDUA 3DAWA 4E1JA 3D2FA 4M7XA 4DQ8A 1JCGA 3H6EA 1HKBA 2V7ZA 1T6CA 4BC4A 3QBXA 4B9QA 5ADXH 5KPRA 3EL2A 3OHRA 2P9UB 3EKUA 4BRQA 4EAHD 3BEXA 2QWRA 4FL9A 2QXLA 5BRHA 4EFHA 3TPQA 3HSCA 1R59O 4KBOA 3U4LA 4PKGA 3SK3A 3ZETA 4CD1A 3ZETB 1BU6O 3IDHA 1MWMA 3UB5A 2IIRA 4H5TA 4HTLA 3LDOA 1KXPA 2F9WA 4K42A 1NGBA 4O8KA 3VF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W3DA 5LY3A 1NK6A 4GV3A 3BDPA 3TR8A 1D9FA 3KHWA 2FC0A 4B9NA 3TAGA 3RMBA 4JKGB 4KI4A 3P5JA 1BUPA 1I6FA 5E26A 4E7KA 3CJCA 3I8BA 2YNIA 1VK0A 2GWJA 4I9LA 4IO9L 1NLVA 4IXCA 2VY6A 3CPWM 1TKDA 2P9KB 4WQ4C 3NH0A 4DU4A 4CZLA 4JK8A 1XC3A 4XIUA 1GLJO 1QZ6A 5CY4A 4HUGA 5HLFA 2D0PA 1RT7A 4JEPA 4ZTFA 5GINA 5AQNA 3L2QA 3LM2A 3OYAA 4CK3A 1IKYA 2JLEA 4CK2A 1GLEG 1F21A 1LOTB 5EX5A 3CC2N 4B1WB 2NLXA 3IKMA 1FW6A 2C1IA 3OS2A 3TU5A 3TI0A 1TUUA 4KTWA 1GLAG 1RBUA 1T05A 3DLEA 3LL3A 3F73A 4FWPA 1W9HA 2OANA 1CXQA 4CJFA 1LW0A 3AARA 3PV8A 3U9ZA 5CY0A 4DSLA 1LCUA 3G10A 3TAPA 3EEQA 3MECA 3H1VX 4CEFA 2OTLN 3QEVA 4QOZB 3LDNA 4B9SA 1ZYQA 1ATNA 4J2EA 1QQOA 2O8BB 3FZFA 4ISGA 4AM7A 4B1VA 4E0DA 3C6HA 4DQSA 4IDHA 4WFBL 1I39A 4CF0A 4DTPA 1ZBSA 2AA4A 4CBUA 3QETA 2D4WA 4B8CA 1Z26A 1NGGA 4W5QA 1T7AA 4F2RA 2E4LA 4KHPK 3AGKA 3ZEUB 5AQVA 4FLUA 3LWMA 3PUFA 3VQEA 1I94K 4FJNA 1JZAA 4WE1A 4DUZK 3AVGA 2KZZA 4A5BA 4DHYA 3ZSWA 5T7BA 1Q18A 4KH4A 2O8EB 4LF6K 4ICLA 4IWVA 3VQ7A 4KI6A 4LF8K 3Q7CA 1LAWA 4F9OA 3S3MA 1J6ZA 3AY9A 3OS1A 2HBKA 5SZTA 3TWHA 3M8RA 3SJHA 2GTDA 5TKWA 4CBXA 2FSKA 4CHYA 3ZCMA 4EIAA 3OYFA 1E3MA 4DFJA 2N2RA 2HB5A 3TTDA 3V9ZA 4YOWA 2G8KA 4LFAK 5DK5A 1TK5A 4ISFA 3P31A 3S41A 2QWNA 3VF6A 4DFPA 1X9MA 5KI6A 3VEVA 1M1KO 4YOXA 4FM2A 1WSJA 4BACA 3ENBA 3V9UA 4GKKK 1XMQK 1WBDA 2F4VK 5BREA 1GLDG 3NGIA 4PQUA 2ZJRL 1HUXA 4E7IA 3RWUA 5E41A 1CXUA 4MFBA 3QERA 2QI2A 4UAEF 5A2QO 2ASPA 3PLAA 2HBLA 3ZSVA 3KJVA 2OZSA 1Z05A 1TAUA 4YDUC 4BRIA 2EWSA 1VRTA 3HT3A 4BE1A 1N33K 4JNEA 1VQNN 1LQIA 5E84A 4ELTA 4YOUA 2LY5A 4BE2A 4CZEA 1IKWA 1KSPA 4EZ6A 5JENA 1YTAA 4CQKA 4CZIA 5KGXA 4FSVA 1SKSA 4DTJA 3ATVA 5AZIB 3UKUA 4HCCA 3CQXA 1ZUTA 1YAGA 3QEWA 3NF8A 3LDLA 1SZ2A 3MAQA 3WXLA 4EHTA 3KWIA 3LANA 4JHDA 1VQMN 4Z4CA 1MYNA 3WXKA 3SQ1A 2F9TA 3SMPA 4Q5VA 4CBWA 4AHCA 1JL1A 4H0XB 1WLJA 4NYFA 3S9HA 4KREA 2UUAK 1RCHA 3DLRA 2GUIA 1JLEA 3LPTA 4DR7K 1LW2A 2JWLA 2P9SA 3SAGA 3RVCA 3WXJA 3E7UX 3AVNA 1X9WA 5JVHL 2P9LA 1E4GT 4BE7B 1EQYA 1Q9YA 2UXCK 4B8AB 2HSTA 2NY9X 4G1QA 3VA0A 4HHFA 4B3TK 1VQ6N 3SV3A 5IWAK 3ITHA 3HM9A 1WT7A 3OYNA 4HUEA 1NKCA 4LSLA 1EETA 3VQ4A 1DLOA 4H0VB 4QS8A 3WEEB 5M1OA 4DV6K 4B9LA 4OLBA 5FRNA 3AA5X 5ADXA 2Q97A 1NK7A 3M8PA 2E88A 3SQ2A 4BWJA 4WQ5A 1NOZA 3OTOK 3P4IA 2HHVA 2WC9A 1FJGK 3MX2A 4FLZA 4JK9A 4RW9A 1I3AA 1S1XA 2BTFA 3AVFA 1HNZK 3CC4N 4BC5A 5JVGL 1WSHA 4F3OA 3TTCA 3K58A 1ZYWA 1V4SA 3AGRA 4B1XB 1VQLN 2WFBA 3WXMB 3RMDA 4BDZA 1DGKN 3MN6A 4DTMA 3H3NO 4LF7K 4JKDA 4BR9A 2YIPA 4UAFE 3VQ8A 2CGJA 3ZSZA 1IJJA 2V51B 1QQMA 2JWKA 3NHGA 4CEDA 4FK0A 2LJMA 3AO1A 1T7EA 4R5PA 2IVPA 1MWKA 1NRAA 1POIA 3PSIA 3T1AA 5I9EB 2KZMA 3HL8A 4B3MK 2CH6A 2CGLA 2YHYA 4B9UA 1NJWA 1IG8A 1KAXA 4IO8A 3VF2A 3L3VA 1B9DA 1HNIA 1WSEA 3VPZA 3CFRA 4BRHA 3QMLA 4BVOA 1RTHA 5M1KA 3VEZA 3HPGA 4DS4A 5C0YA 4BQZA 4DV7K 4E1NA 1DT9A 3SPZA 2X6NA 5AQXA 2F8TA 4RW7A 1WMTA 3VERA 1WUAA 3L6QA 2VG5A 1NGAA 3ZX2A 3DXKA 4LSNA 1M90O 4C8OA 3MMVA 3UKUB 1BRZA 2QWLA 2NRXA 3E01A 2YJEA 5M1QA 4KO0A 3V1QA 2YI1A 1YTUA 1DTTA 2E2OA 3V1OA 1WOQA 4J8FA 3U8XA 2YBRC 4JHDB 2NY8X 3PO5A 1RT4A 3J80O 1VRUA 4DV3K 3DRPA 2PZSA 2BRZA 2IVNA 1WWNA 3OYHA 3K57A 2NRWA 4MLHA 4JRPA 2GELA 1VHXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3W3D A;  5LY3 A;  1NK6 A;  4GV3 A;  3BDP A;  3TR8 A;  1D9F A;  3KHW A;  2FC0 A;  4B9N A;  3TAG A;  3RMB A;  4JKG B;  4KI4 A;  3P5J A;  1BUP A;  1I6F A;  5E26 A;  4E7K A;  3CJC A;  3I8B A;  2YNI A;  1VK0 A;  2GWJ A;  4I9L A;  4IO9 L;  1NLV A;  4IXC A;  2VY6 A;  3CPW M;  1TKD A;  2P9K B;  4WQ4 C;  3NH0 A;  4DU4 A;  4CZL A;  4JK8 A;  1XC3 A;  4XIU A;  1GLJ O;  1QZ6 A;  5CY4 A;  4HUG A;  5HLF A;  2D0P A;  1RT7 A;  4JEP A;  4ZTF A;  5GIN A;  5AQN A;  3L2Q A;  3LM2 A;  3OYA A;  4CK3 A;  1IKY A;  2JLE A;  4CK2 A;  1GLE G;  1F21 A;  1LOT B;  5EX5 A;  3CC2 N;  4B1W B;  2NLX A;  3IKM A;  1FW6 A;  2C1I A;  3OS2 A;  3TU5 A;  3TI0 A;  1TUU A;  4KTW A;  1GLA G;  1RBU A;  1T05 A;  3DLE A;  3LL3 A;  3F73 A;  4FWP A;  1W9H A;  2OAN A;  1CXQ A;  4CJF A;  1LW0 A;  3AAR A;  3PV8 A;  3U9Z A;  5CY0 A;  4DSL A;  1LCU A;  3G10 A;  3TAP A;  3EEQ A;  3MEC A;  3H1V X;  4CEF A;  2OTL N;  3QEV A;  4QOZ B;  3LDN A;  4B9S A;  1ZYQ A;  1ATN A;  4J2E A;  1QQO A;  2O8B B;  3FZF A;  4ISG A;  4AM7 A;  4B1V A;  4E0D A;  3C6H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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