5EX5A

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-adp and inorganic phosphate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
382
structure length
382
Chain Sequence
b'DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 123
structure length 382
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5ex5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ex5A03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ex5A04
3ZX0A 4I6MB 2I7NA 3C7NB 4H0OA 1NMDA 5AZIA 4RCHA 4H0YB 3I8BA 3ZX3A 4B1WB 4FO0A 2P9IB 1KAXA 2E20A 3DJCA 3MK6A 4J8FA 1GLEG 4FWSA 3CQYA 3W3DA 3FZMA 4H5RA 2EWSA 5AQLA 3ZEUA 4AM6A 4BGBA 4E1JA 4FPBA 3O4WA 2A42A 3LM9A 3SLCA 1LCUA 4XEIA 2YI1A 5JMVA 4BRKA 4DB3A 3WQTA 2FSKA 2A6AA 1RGIA 2IVOA 1OKJA 3EKUA 3VGMA 3U9DA 4CD3A 1K8KB 3HTVA 4YDUC 3VETA 1HX1A 3VEZA 3VOVA 3UKRB 5BRDA 4BRQA 5JICA 3H1QA 2UYTA 4CZKA 3W0LA 5F2RA 2A3ZA 1TYQB 4A2AA 3WXJA 4FOEA 1NGAA 3R9PA 3BF1A 4BR4A 4LC9B 3UKUB 1XQSC 2VWBA 1C0GA 2FSNA 4YDUA 4IZ9A 4FSVA 4BR7A 3HM8A 5AQVA 1QQMA 2QWNA 3JS6A 3WXIA 1TUUA 3QB0A 1JCGA 4M7YA 4BRMA 3O8MA 3F9MA 4BR0A 1YXQA 2NLXA 4MO5A 4BRFA 4MLHA 2YJFA 2P9SA 4DCHA 4BRLA 2QWPA 5KQDA 1NGHA 5AQPA 3TU5A 4FPAA 3A5OC 3O1WA 2QWQA 5BR9A 1T6DA 2ASPA 2HF3A 3LDNA 3L0QA 3H46O 4K43A 3VEVA 4B1ZA 1ZBSA 5AFUA 5BRFA 4FWRA 3JXUA 2P9LB 3UB5A 3MCPA 5AQUA 3A5NC 2P9UB 1SZ2A 4IJNA 1NGDA 3LDQA 3ULEB 1BUPA 5AQTA 3EL2A 1X3MA 4ISEA 5FPEA 1JCEA 3QBXA 2Q97A 3B8AX 4JHDA 3TPQA 3FZKA 3CERA 1E4GT 3M3ZA 1T6CA 4BR5A 3ZETB 2DPNA 5FPDA 2PAVA 1Z6RA 5ELZA 3WT0A 2V51B 1GLBG 4EIAA 3CJCA 3DXKB 2PBDA 2E8AA 3LDPA 4MO4A 1HPMA 4CZEA 5EXWA 3FZFA 4KBOA 1MWMA 3GE1A 3KVGA 3MN9A 3H1VX 3MN7A 4BRNA 4PKIA 3GDQA 5AQNA 3O80A 5AQSA 1YUWA 4H0TB 1CZAN 4EAHD 3UE5A 3IMXA 4Z94A 2YHWA 4GY2B 2CH6A 4FWMA 2GWJA 4IO8A 3DXMA 1S3XA 2HOEA 4BRCA 2CH5A 4H0PA 5JLHA 1QQOA 5AQZA 4BC2A 2P9NA 4FL9A 5AQKA 3QFUA 2VYPA 1R59O 3EO3A 2H3GX 4BC4A 3CJ9A 3WUHA 4FOIA 3WEEA 5BN8A 4DHYA 2HF4A 1S22A 3ZX2A 4BG8A 4H03B 2QM1A 1NGIA 1BWFO 3RSEA 4BQZA 3HBTA 2A40A 4BC3A 1KAYA 3CJ1A 2QWLA 5LJWA 1V4SA 4B1XB 3MDQA 2YJEA 4O8KA 4FWPA 3FZLA 5JLFA 3FE1A 2HMPA 5BPLA 4H5VA 4BVPA 4CBXA 4M63C 3LDLA 3D2EB 2CGLA 3BP8A 2CGJA 3BF3A 1X3NA 5TKYA 3S41A 2A5XA 3D2FA 5EY4A 2YHYA 3CETA 4BQLA 4CI6A 2E2NA 2VCPA 2QXLA 5E84A 4IWVA 2I7PA 4BR2A 5AZJA 2Q0UA 4A62A 3FZHA 4AM7A 3IDHA 2ASMA 4PL7A 4I6MA 5B8HA 3VEYA 3C7NA 2GEMA 2P9PB 3LDOA 2D4WA 2E1ZA 3BUZB 3C0BA 3AAPA 2FXUA 4JD2B 5KPRA 2P9KB 2P9IA 1DEJA 3P4IA 1NGGA 1U2VB 4HTLA 3VF6A 2Q0RA 4ISGA 4JN4A 5AQGA 1DKGD 1GLCG 3ENOA 3ATVA 2QWMA 4CZJA 4BRGA 5BPNA 4K42A 1V4TA 1ESVA 4A61A 1ZXOA 1DGKN 3CHWA 3L4IA 4MLEA 4B9QA 3A8YA 3DWLA 4CJ7A 3IUCA 3HI0A 4EHTA 4WQ5C 2FF3B 3WXLA 4BRHA 3ATUA 1QQNA 5F0XA 1K8KA 4XH4A 3UKRA 4CBWA 4JAXA 2FF6A 1D4XA 4BRPA 2GELA 3M1FA 1J6ZA 4CZHA 5BN9A 1RDWX 1GLFO 1XC3A 2W40A 1TYQA 5ADXA 3KZBA 4K25A 4K41A 2D0PA 4CZLA 2ZGZA 4BR9A 1HUXA 4WQ5A 5AZIB 3UKUA 5AQQA 2GTDA 3H6EA 4DQ8A 4CZGA 3VEXA 3U4LA 3SMPA 4CZIA 4B1YB 2Q36A 3VGKA 3GOIA 3H3OB 3ZEUB 2D1KA 1BA0A 3CJBA 3QDKA 4GNIA 1IG8A 4C23A 2ZF5O 3MN5A 3VGLA 2QWRA 5AQYA 1Q18A 2D0OA 5AFUH 1X9JA 2Q31A 1GLDG 4QS7A 1NM1A 2V7ZA 2W41A 1NGCA 4B1VA 1MDUB 1MA9B 4BVOA 5CE3A 4JNEA 4FWLA 1ZC6A 2FSJA 3MN6A 4PL8A 5ADXH 5LY3A 3FR0A 1C0FA 1NGEA 3H45C 4IJAA 3HZ6A 1HLUA 4BREA 1HJOA 3FGUA 1G99A 2YHXA 4NO7A 1NBWA 2P9LA 4WYBA 2P9UA 4RTFD 5AQHA 2V7YA 3ULEA 1HKBA 3VPZA 2J4RA 4H0VB 3GBTA 3R8EA 2F9TA 5AQMA 4H5TA 4BRIA 1T44A 4CZFA 3FLCO 2E88A 4BGAA 1JCFA 3ZETA 1QZ6A 1BG3A 3L6QA 5AR0A 4FWQA 1BOTO 2AA4A 3EZWA 3DXKA 4EFHA 1SAZA 5AQWA 1Z05A 3ENHA 4BRAA 1TUYA 3QICA 3R6MA 3VF4A 1NGBA 2IVNA 3U8XA 3O5BA 3VF2A 2E1YA 5AQJA 1NLVA 4CD1A 1XUPO 2P9SB 3CJAA 1SQKA 4WQ4C 3O08A 5AQXA 1NGJA 3A5LC 1GLAG 3VERA 4Y0WA 3J8AA 3SMSA 5EOYA 3A0IX 3O1BA 2QWOA 5FPMA 2Q2RA 1MWKA 5AQFA 1WUAA 3QFPA 3EN9A 1Y64A 2NRHA 4CZMA 5BRHA 4BC5A 3U9ZA 2FLOA 3EKSA 1HKCA 2YCHA 4WQ4A 3GG4A 4RWTA 3LL3A 5EX5A 4JHDB 2A41A 2OANA 3LM2A 1E4FT 2WUSA 5KPZA 3ID8A 1QZ5A 1RFQA 3IFRA 4O5FA 1GLJO 4M7XA 4XH5A 3AARA 4PKGA 2F9WA 5BREA 5EVZA 5I9EB 5E26A 4CBUA 4L3QA 2GUPA 1BU6O 1U6ZA 4PKHA 2ZGYA 1ATRA 2Q1NA 2KHOA 1BO5O 2ITMA 2E2QA 3D2EA 3SK3A 3CIPA 3WQUA 1NWKA 3SJHA 5AQOA 2BTFA 3QBWA 3VENA 4NB4A 4QS9A 3CQXA 3A5MC 4BG9A 2E2PA 4IXCA 1BDGA 3VEWA 4H5WA 5LJVA 3I33A 3DXMB 4ISFA 5AQRA 4QS8A 3AY9A 3VEOA 5KPTA 2P9NB 2ZWHA 3QMLA 3BEXA 2GWKA 3HSCA 2P9PA 4BRDA 1H1VA 1ATNA 3VESA 4XH1A 3OHRA 3WEEB 3FFKB 2QW9A 4JD2A 2P9KA 3KHYA 1ATSA 3GL1A 3H3NO 3RSEB 1LOTB 4FWKA 1U2VA 4HWIA 3DAWA 4H5NA 3WXKA 3G25A 5F1XA 4FWOA 4H0XB 1IJJA 2AP1A 1YAGA 2E2OA 1P8ZA 5AQIA 1WOQA 4F9OA 4FWNA 1GLLO 1YVNA 2IIRA 2NZTA 4B1UB 5BPMA 4BROA 3O6WA 4A2BA 2V52B 3MMVA 4EHUA 5FPNA 2CGKA 1QHAA 3CI5A 2ASOA 1HKGA 3D7EO 3D2FB 1EQYA 5KQ8A 2IVPA 2BUPA 3M6GA 1KAZA 1BA1A 1KXPA 5AZJB 1NGFA 3AAQA 3CJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZX0A 5I3UA 2KGQA 3QERA 4CJVA 1NMDA 1DTTA 3I0RA 4RCHA 3J80O 4M3UA 2LR3A 1YJNN 1HNZK 3HM9A 1IBMK 2WBNA 4W5OA 3I55N 3KJVA 4FO0A 1HPZA 2YHBA 4CHQA 4B9NA 4UY8O 1AHOA 4J8FA 3ZSXA 3CQYA 3V9WA 3O9RA 3FZMA 4H5RA 4DV0K 1JXCA 4AM6A 4N56A 4BGBA 2HHHK 1I2UA 3E9OA 4FPBA 3THWB 3O4WA 4B9VA 2A42A 2HNYA 2JWKA 2C1GA 4E1MA 3SAGA 1T03A 2OTJN 3P83D 1BRZA 2A1SA 4BRKA 4DB3A 4OVLA 1HJRA 4I7FA 2FSKA 1OVQA 4DR7K 5FDLA 4ZTFA 2X74A 3EKUA 2OCEA 3VGMA 3U9DA 1NJZA 5GIPA 3IAYA 3VOVA 4B3TK 1ZYWA 4BRQA 5C2FA 3E01A 1IKVA 4A2AA 5KRTA 4FOEA 1NGAA 4UADE 1HYSA 4BR4A 4KAZA 4KTQA 4BWJA 3CCUN 3R2VA 1B9FA 4CJPA 1YHQN 2O4IA 2MN5A 3LZJA 1J54A 4DLGA 4CFAA 4BR7A 3QLHA 3NH2A 4JRPA 3ZT1A 4HUGA 5DM7L 3WXIA 1JCGA 3TAFA 3AVKA 1YXQA 2NLXA 4MO5A 3VQ7A 1CLQA 3DLEA 5FLXO 2EX3A 4CF1A 3IRXA 4JKEA 4CFCA 1T0ZA 1NGHA 1D8YA 4FPAA 3A5OC 3O1WA 2NUBA 2IDOA 3H46O 4GVEA 4NCGA 3VQCA 3OYLA 3ZSOA 1SZ2A 3ZT4A 3CYGA 4ELTA 3CXCM 2X78A 1NG9A 3ULEB 1BUPA 1YVUA 1NK8A 1HNXK 3QBXA 4JHDA 1VQ7N 3CERA 1XMQK 1E4GT 4FZYA 3HPGA 4FLWA 2O8BB 2PFUA 3F2KA 5DMRA 3V9XA 4FJLA 2DPNA 1NK9A 4IG3A 3CJCA 4OPAA 4MO4A 2LY5A 4TSXA 5EXWA 4KBOA 3GE1A 3KVGA 3MN9A 4PKIA 1I6FA 1KTQA 2BRZA 3O80A 5AQSA 2JGUA 4J2AA 3MECA 3UE5A 4BE0A 4E7HA 2LY6A 2IAJA 1YJ9N 4JLHA 2CH6A 3MEDA 3THXB 2CH5A 5JLHA 1NMNA 3QFUA 1R59O 4A57A 3LP0A 1W9HA 3HJFA 4BC4A 3CJ9A 3WUHA 2BANA 5BN8A 3PIPL 4DHYA 1T7AA 3ZX2A 3SI6A 3THYB 1NJYA 2HHSA 2HHUA 4BC3A 1B9DA 4PUOA 4IOXA 4JKBA 3AO1A 2HMIA 3TTCA 2KFNA 4KPYA 3P31A 2YC1C 1FKOA 1WBBA 4ELUA 3PUFA 3CCEN 2RHKA 2HB5A 4DUYK 4H5VA 5IWAK 4CBXA 2AJQA 1BI4A 4M63C 2G8IA 2P1JA 3NF6A 4HUFA 3HYFA 4A5BA 1WMTA 4G1QA 3CC2N 3AO2A 1TKTA 5TKYA 4CEBA 2A5XA 1T7EA 2BE2A 4JI2K 5E84A 4IWVA 2HSTA 2I7PA 3CMEN 2Q0UA 4A62A 3WNGA 2ASMA 4NCAA 3C7NA 2P9PB 4PQUA 2D4WA 3BUZB 4JI0K 4DSJA 5KPRA 2P9KB 5C2DA 1SEGA 3E9PA 3MWPA 1NGGA 1U2VB 4CK3A 4F2RA 1C0UA 1Z26A 2KZZA 2Z1IA 1VSDA 1DKGD 1QSLA 5D3GA 3DM2A 1V4TA 3OYKA 2HHVA 4W5NA 3J81O 4A61A 3KP0A 3L4IA 4FJXA 4CHPA 4M3TA 3DWLA 2X6SA 2BDPA 3S3OA 1RBRA 4RW7A 5F0XA 3C94A 3SAHA 4JI7K 5HRNA 3BZKA 3KWIA 4BRPA 1D4XA 3LAMA 3NGYA 4FM2A 4KI4A 5BN9A 3T1YK 4C8MA 1DLOA 3L8BA 3C6TA 4RG8A 2D0PA 4CZLA 1S5JA 5SWMA 3CFPA 1HUXA 4AF1A 4CGFA 3OBYA 1OVYA 3RVCA 3H6EA 3UKUA 4OPJA 4DQ8A 4JS5A 2ZJRL 4Z4HA 4LFBK 1BHLA 4B1YB 2Q36A 5CR4A 2ZE2A 1N33K 3GOIA 4YFUA 1Q82O 4JKCA 4AHSA 3CJBA 5HRPA 4IDHA 4M3YA 5FROA 2ZF5O 2DFEA 4CW7B 2Q31A 2V7ZA 4H4OA 3G4SN 4BVOA 4MQ3A 4FWLA 4JI8K 2KBJA 5LY3A 4KREA 3NFAA 2XO7A 3V1RA 1X9SA 3EZ5A 2D56A 3HP6A 3CC7N 4FW1A 2LKBA 4J2BA 3E66A 1JKZA 4WYBA 1U45A 1S9EA 2QA4N 1ZUTA 3T7ZA 3C6UA 1S9GA 4OKEA 2YKMA 1ZVGA 2J4RA 3VPZA 1YTUA 4FM0A 4CGGA 3AA4A 1T44A 1JCFA 3CC4N 4FJ9A 1QZ6A 1OH6A 1BG3A 1SAZA 4DFJA 1Z05A 3ENHA 2OZSA 1LWCA 3L4QA 1TUYA 3AVMA 3QEXA 3QEPA 3B6PA 3O5BA 3PSIA 2E1YA 4J2DA 1IKWA 4M41A 1CN2A 1SQKA 4DTJA 3T3FA 1NGJA 3LPTA 2KYQA 1S1VA 3KK3A 3RRHA 2HBMA 4Y0WA 4W5QA 1SL0A 3J8AA 1Y97A 1YTAA 4CE9A 3K0SA 3O1BA 2Q2RA 1L3TA 4CJWA 1WUAA 4NLBA 2IGIA 4OKJA 4BC5A 3O4NA 3OJSA 3TTFA 3VQ4A 3LAKA 3BK3C 1HQUA 4FJ5A 3EKSA 1KFDA 1HKCA 2YCHA 3G0ZA 5GINA 2RF2A 4B3MK 3KWGA 4K8XA 4YY3K 2WUSA 1YI2N 4JK9A 1C1BA 4UQGA 1XNQK 2KTQA 4KHWA 4CBUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ZX0 A;  5I3U A;  2KGQ A;  3QER A;  4CJV A;  1NMD A;  1DTT A;  3I0R A;  4RCH A;  3J80 O;  4M3U A;  2LR3 A;  1YJN N;  1HNZ K;  3HM9 A;  1IBM K;  2WBN A;  4W5O A;  3I55 N;  3KJV A;  4FO0 A;  1HPZ A;  2YHB A;  4CHQ A;  4B9N A;  4UY8 O;  1AHO A;  4J8F A;  3ZSX A;  3CQY A;  3V9W A;  3O9R A;  3FZM A;  4H5R A;  4DV0 K;  1JXC A;  4AM6 A;  4N56 A;  4BGB A;  2HHH K;  1I2U A;  3E9O A;  4FPB A;  3THW B;  3O4W A;  4B9V A;  2A42 A;  2HNY A;  2JWK A;  2C1G A;  4E1M A;  3SAG A;  1T03 A;  2OTJ N;  3P83 D;  1BRZ A;  2A1S A;  4BRK A;  4DB3 A;  4OVL A;  1HJR A;  4I7F A;  2FSK A;  1OVQ A;  4DR7 K;  5FDL A;  4ZTF A;  2X74 A;  3EKU A;  2OCE A;  3VGM A;  3U9D A;  1NJZ A;  5GIP A;  3IAY A;  3VOV A;  4B3T K;  1ZYW A;  4BRQ A;  5C2F A;  3E01 A;  1IKV A;  4A2A A;  5KRT A;  4FOE A;  1NGA A;  4UAD E;  1HYS A;  4BR4 A;  4KAZ A;  4KTQ A;  4BWJ A;  3CCU N;  3R2V A;  1B9F A;  4CJP A;  1YHQ N;  2O4I A;  2MN5 A;  3LZJ A;  1J54 A;  4DLG A;  4CFA A;  4BR7 A;  3QLH A;  3NH2 A;  4JRP A;  3ZT1 A;  4HUG A;  5DM7 L;  3WXI A;  1JCG A; 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