5EXWA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-atp
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
VGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5exwA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5exwA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5exwA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5exwA04
4H5VA 2GTDA 2Q2RA 3UKUB 4L3QA 2YI1A 3ENOA 3EKUA 2GWKA 2IIRA 1XUPO 5AQZA 2CGJA 2QWOA 3O1BA 3C7NA 1EQYA 4I6MA 4PKGA 2P9KA 4IO8A 5EXWA 3MK6A 3UKRB 4AM6A 2HF4A 3D7EO 4JAXA 3A5NC 3WQUA 3WQTA 1KAZA 3D2FA 2Q36A 1ZXOA 2HF3A 1WOQA 3GOIA 1GLBG 3KVGA 2AA4A 1BO5O 4EFHA 1OKJA 3ENHA 2GELA 5BRHA 5BN8A 2A5XA 3DXKB 1SZ2A 3H1VX 3U4LA 1NMDA 2QWQA 3FZMA 1U2VA 4BG8A 1J6ZA 3BUZB 3WXKA 1NM1A 4WQ4A 1BDGA 2D1KA 2HMPA 3EN9A 3AY9A 4BRDA 4BRIA 5F2RA 3ZETA 4IXCA 3VENA 2AP1A 5AQJA 4A2BA 2A42A 2QWRA 1G99A 4MLEA 3ZX2A 2VWBA 3A5OC 3LDNA 1NGAA 3VF6A 3A0IX 4BC5A 4BRLA 4FWQA 5KQDA 1HUXA 5AQIA 2P9NA 4Y0WA 1NGGA 1U2VB 2P9IB 4FOIA 3SMPA 1RDWX 4BGBA 4BRNA 4CZIA 3FZKA 3LDQA 4HTLA 2PAVA 3M3ZA 2BUPA 4CZGA 2ZGZA 3VEVA 2P9PB 3TU5A 2YHYA 3A5MC 3FFKB 3QICA 1BU6O 4XH4A 2FF6A 5AQNA 5F0XA 3M6GA 4IJNA 4BRQA 4E1JA 3VEYA 1KXPA 2D0OA 2P9SA 3B8AX 4FPBA 4H0OA 3LM2A 2YHWA 3R8EA 3AAPA 5AQUA 1JCGA 1Z05A 2E1ZA 3L6QA 4IJAA 2FF3B 4J8FA 1X3NA 4H03B 1XQSC 3H46O 3D2EA 1NWKA 3FLCO 2W41A 4QS8A 3O80A 3U9DA 2F9WA 4B1UB 1JCEA 4M63C 5E26A 3MDQA 3U9ZA 3VEOA 1NGFA 4F9OA 3FZFA 4FWLA 3WT0A 2HOEA 3ULEB 5AFUA 4ISEA 1LOTB 4M7XA 4YDUC 2Q0RA 3MN6A 4JHDB 2E8AA 3IUCA 3FZLA 2ASMA 1QQOA 2NZTA 1RFQA 4KBOA 3GE1A 5E84A 3JS6A 3WEEA 5KPZA 5AQFA 4AM7A 3IMXA 2QWMA 5AQKA 1TYQA 4H5RA 5EOYA 3KHYA 4BREA 4BVPA 3VPZA 5JMVA 1S3XA 3VF2A 4BC3A 5B8HA 5CE3A 3W3DA 1HKCA 2I7PA 1SQKA 2P9UB 4RTFD 5I9EB 3ATUA 1LCUA 1QHAA 1YAGA 2ASPA 2IVNA 2ZWHA 1YUWA 3SMSA 3HBTA 3VERA 4H0YB 2VYPA 4QS7A 1CZAN 4RWTA 2ASOA 4CZKA 1C0FA 4FWSA 1ATRA 2Q31A 5AZJB 1TYQB 3VF4A 4ISFA 2QWNA 3L4IA 3RSEA 1NLVA 5AQWA 1Q18A 3AAQA 5EY4A 1KAYA 5AQHA 4BRFA 3DJCA 3H45C 4EHUA 1NGCA 1GLAG 4IZ9A 4K25A 3ZX0A 4CZLA 1QQMA 3QMLA 4CBUA 1GLJO 3O4WA 3P4IA 4O5FA 5BPMA 3O6WA 4Z94A 1Z6RA 4FWMA 4JNEA 2GEMA 4K43A 1WUAA 4A61A 3LDLA 4BQZA 5AQTA 2IVOA 1NGJA 3VGMA 3C7NB 1GLDG 4I6MB 4FWNA 4PKHA 3HSCA 4BG9A 4FWRA 2P9KB 4NB4A 5AQVA 5AFUH 5BRFA 1IJJA 4BROA 4BRGA 5EX5A 3DXMA 4CZMA 3D2FB 3O1WA 4MO5A 3J8AA 4CZFA 4BR7A 3HZ6A 4BGAA 1NGIA 3H6EA 5KPRA 3A5LC 2V51B 4MO4A 1BG3A 3WXJA 3IFRA 4BC2A 3VESA 3GBTA 3VEZA 5F1XA 1HPMA 4H0TB 4QS9A 3ID8A 5LJVA 1HX1A 3CJ1A 3W0LA 4FSVA 3LL3A 2UYTA 1RGIA 4C23A 3MMVA 4CZJA 1JCFA 5BRDA 3O08A 3ZETB 5BPLA 1YXQA 3DXMB 1NBWA 4H5WA 1NGDA 2ZGYA 3MN5A 1HKBA 2CGLA 4BR2A 2IVPA 5TKYA 5AQXA 3VOVA 3QB0A 4LC9B 4JN4A 3CJAA 3WXLA 4CBWA 3DAWA 3CJ7A 3LM9A 2A41A 3EL2A 3G25A 4FWPA 3ZEUA 1BA0A 1BOTO 2P9LA 1HKGA 4FWKA 4DCHA 2P9NB 1R59O 4XH5A 1ATSA 3FE1A 1T44A 3M1FA 2QM1A 2H3GX 1P8ZA 4H0XB 4B1WB 2E2QA 1NGEA 3I33A 1ZBSA 2FSNA 2QWPA 4NO7A 1MWKA 3U8XA 3OHRA 3DWLA 3A8YA 3GDQA 5LY3A 3QDKA 1DEJA 1NGHA 5AZIA 1GLLO 4BRKA 4IWVA 3QFUA 4BRCA 2P9SB 3HM8A 2YCHA 5KPTA 2YJEA 2E1YA 3SJHA 5AQGA 1X9JA 4PKIA 2I7NA 4WQ5C 2BTFA 3D2EB 1HLUA 4CD1A 3CQYA 3CJ9A 3ZX3A 4FO0A 1MDUB 2Q0UA 3UKUA 2V7YA 3MCPA 4WYBA 1Y64A 5AZIB 1KAXA 3VGLA 3VEWA 4BC4A 1QQNA 4A62A 1GLCG 4XH1A 2OANA 1U6ZA 2FSJA 3WEEB 2GWJA 4FPAA 1HJOA 4EIAA 3UKRA 4PL7A 3F9MA 1V4TA 3CETA 3GG4A 3ATVA 2FSKA 5JLHA 2KHOA 5BR9A 4BRMA 3EO3A 2Q97A 4RCHA 4K42A 4B9QA 4MLHA 3DXKA 1GLEG 4ISGA 4B1XB 3QBWA 5FPDA 3FGUA 2V7ZA 3QFPA 3UE5A 4B1VA 3KZBA 1DGKN 4DB3A 3R9PA 2E2NA 5EVZA 1X3MA 2CGKA 2QW9A 5AQQA 4H5TA 4BRHA 3S41A 3EKSA 2NRHA 4WQ4C 4EHTA 4CD3A 3CIPA 4GNIA 5AQRA 5FPEA 1MWMA 2D0PA 3RSEB 3AARA 2YJFA 3BF3A 4H0VB 4M7YA 2E2PA 4K41A 2ITMA 1E4GT 4CI6A 5AQYA 5JLFA 2FLOA 4A2AA 5ADXA 2F9TA 5ELZA 2P9IA 5FPMA 2YHXA 2V52B 2A3ZA 4H0PA 2P9PA 2EWSA 1GLFO 2CH6A 5AQPA 3O8MA 4H5NA 1D4XA 1YVNA 2J4RA 3HTVA 3I8BA 1SAZA 1TUUA 4BR5A 4FOEA 4BR9A 1V4SA 3CJCA 4O8KA 4B1ZA 3FZHA 3BEXA 3JXUA 3BF1A 3LDPA 2FXUA 3O5BA 4BR0A 5JICA 3VEXA 1DKGD 1BWFO 3SLCA 5AQLA 4CZEA 3ULEA 4BQLA 4CZHA 4JHDA 1K8KA 5BREA 3H3OB 3LDOA 4FWOA 4JD2A 1XC3A 5AR0A 4FL9A 1TUYA 1ATNA 3VETA 1IG8A 3FR0A 3H1QA 2GUPA 1S22A 2Q1NA 3BP8A 4BR4A 3TPQA 4B1YB 4BRPA 1QZ5A 4DQ8A 5BPNA 4GY2B 3L0QA 3UB5A 1BA1A 3ZEUB 2P9LB 2CH5A 2PBDA 2WUSA 1E4FT 5KQ8A 4XEIA 4HWIA 2P9UA 1MA9B 4BRAA 1ESVA 2ZF5O 3IDHA 4CBXA 1QZ6A 3MN7A 4DHYA 3C0BA 3CERA 3WXIA 3SK3A 4YDUA 2E2OA 1K8KB 5ADXH 4JD2B 1C0GA 3R6MA 5BN9A 2A6AA 2QWLA 4CJ7A 1T6DA 4PL8A 2NLXA 4EAHD 5LJWA 1BUPA 3GL1A 4BVOA 2E20A 3VGKA 1T6CA 2VCPA 3QBXA 3CI5A 2A40A 2D4WA 3WUHA 5AZJA 4WQ5A 2DPNA 3MN9A 3CQXA 1H1VA 3CJBA 2QXLA 1ZC6A 3CHWA 1NGBA 5AQOA 5FPNA 3HI0A 3H3NO 5AQMA 3EZWA 2W40A 2E88A 5AQSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TK0A 2GTDA 3UKUB 4DSLA 4L3QA 3L4QA 4M3RA 3KK1A 4B3SK 4F3OA 1ZBUA 1X9MA 5MLCQ 4IG3A 3HVTA 3C7NA 4M42A 3JYTA 1EQYA 4I6MA 3THWB 3EE8A 4IFYA 4OPJA 2NRVA 3AVGA 1NJYA 3WQTA 1KAZA 4CHNA 1ZXOA 4DTMA 1UAXA 3DI6A 2AA4A 1BO5O 4UJ0A 3S5TA 3L2UA 4LF5K 4DKWA 3OYIA 2UXBK 3DOKA 3QO9A 4KHWA 4CIGA 1DTQA 2E4LA 1Z26A 3U4LA 3K5LA 4EZ6A 1WLJA 4PA1A 4FM0A 3FZMA 2C1GA 1YTAA 1U2VA 1J6ZA 2HNZA 5CZ2A 3WXKA 1NM1A 4DV1K 5T7BA 3OYNA 1NK8A 4HCCA 3K5NA 1RNHA 4CFCA 1IKWA 3VENA 2AP1A 5AQJA 2RN2A 4CERA 2A42A 4KFBA 2YILA 3E9OA 3A2FA 2HHUA 3ZSYA 3IG1A 1N33K 3OY9A 2KLAA 2YV0X 1ZVGA 1HUXA 4NYNA 5AQIA 3SV4A 3CCJN 4MDBA 1RDWX 4CHQA 4BRNA 3OYBA 1SL2A 4B3OA 4HTLA 1QS4A 5HOOA 3M3ZA 1VHXA 2ZGZA 3LAMA 4CZGA 1N34K 3VEVA 3SBGA 4QOZB 4XH4A 3OYCA 1VQNN 2NRRA 3BZCA 1ZFUA 4HHTA 3M6GA 3VEYA 3B8AX 3LM2A 2YHWA 4UADE 3TAGA 4CGFA 5IT9O 4IJAA 3V6DA 4JI2K 3TAEA 1X3NA 4OX9K 1NWKA 2Z1JA 2W41A 4QS8A 1BHLA 4M63C 4B9NA 4BDPA 4FWLA 4JK8A 5AFUA 4ISEA 2YIOA 3VQCA 4YDUC 4LSNA 4DTNA 3KOXA 2KBHA 3KLIA 3ZT3A 4DFPA 1QQOA 1QE1A 1RFQA 4KBOA 3GE1A 4GVEA 3JS6A 5AQFA 4BDYA 3IMXA 2QWMA 5AQKA 4M41A 1S1TA 1TYQA 3KD1E 3KHYA 4BVPA 5JMVA 2FBYA 1K6YA 3AA3A 5B8HA 2M8BB 4YOTA 1KLMA 4RW8A 1HKCA 2I7PA 3DLEA 1SQKA 4RTFD 5I9EB 3ATUA 4ZHRA 4KB1A 1QTMA 1UWBA 1NK5A 1YUWA 1HYVA 2F96A 4KPYA 4QS7A 1JJ2M 3C6UA 3THXB 2ASOA 3C95A 1BQMA 4UY8O 3S3OA 1Q82O 5CHIA 2Z1GA 5I3UA 4GV6A 1ZYVA 1QQCA 1NRAA 4CJ5A 4ISFA 4M3XA 3AVMA 1NNEA 1JXEA 5AQWA 1CLQA 2MZ0A 5TKWA 2OA8A 4K25A 4X65K 4CZLA 3DMJA 4JKBA 4O5FA 2RF2A 3S9HA 4FK2A 1SKSA 3LZIA 3OYFA 3LDLA 4BQZA 2B5JA 3NGYA 4CHYA 1YITN 3VGMA 1E3MA 1GLDG 1RDAA 3HSCA 3CCEN 1RT3A 4NB4A 4MO5A 2W42A 2ZD1A 3MECA 4BGAA 1XMQK 2V51B 4JV5K 3KC6A 4BC2A 3VESA 3GBTA 1VK0A 4CHPA 1T05A 3H08A 3WNFA 1B9FA 2KQ2A 2XY6A 3W0LA 1TI5A 3U3GA 1LWFA 4M3ZA 3S3NA 2HBKA 1JCFA 5BRDA 1RTHA 3ZETB 1YXQA 4F8RA 2KJAA 3AVNA 1Q9XA 1NBWA 1IBKK 4AILC 3R3LA 1NGDA 3MN5A 3ZSWA 4BR2A 3SNNA 3WXLA 1I3AA 4FWPA 1BA0A 1BOTO 4FWKA 4CEQA 1OH5A 2P9NB 3O9QA 5FRMA 2XY8A 2H3GX 3ZLJA 4B1WB 3DRSA 2RHKA 2E6MA 1ZBSA 1K73O 2QWPA 3U8XA 4AB0A 3N4PA 3GDQA 4DSJA 2IC3A 3QDKA 1DEJA 1BI4B 5AZIA 1GLLO 4NCGA 1Q81O 1XMOK 4JKCA 4BRKA 2D0BA 1TKDA 4FJIA 1JLGA 4FJNA 4DV0K 1NOYA 1ZU3A 2LKBA 3KK7A 4X62K 3SAFA 1I94K 1NRBA 4JI3K 4OKJA 4B9MA 2Y1IA 2G2KA 4FJ8A 3CMAN 2Q0UA 3E9LA 1QVFM 3UKUA 4YY3K 2V7YA 2KSKA 1YVUA 3VGLA 1QSSA 4DQPA 4DR5K 1JLBA 1KVCA 5KTQA 3O4NA 3THWA 2OANA 2VWKA 4N56A 3AVBA 3NF8A 4DU4A 4FPAA 3M8SA 4G1QA 4CJSA 2B3CA 5JLHA 3GG4A 2JLEA 4Q0BA 2WOMA 2HHHK 3HYFA 2ITGA 3VTIA 2E6LA 3EO3A 1HYZA 4IEEA 4B9QA 2Y1JA 3TWHA 5GIOA 2NUBA 1GLEG 1ZUTA 4WFBL 3QEXA 2V7ZA 4FLTA 1Q7YO 4LH4A 4CJUA 3UE5A 4KHPK 3KZBA 1LQIA 1XNQK 3SF4D 1JZAA 3K2PA 2NRHA 3KKRA 4FW1A 1NMNA 5HL7L 3RSEB 2OYQA 3OBYA 3BF3A 4H0VB 1G15A 4M7YA 1ZBHA 3E7RL 1E4GT 4CI6A 5AQYA 3TSPA 2FLOA 4A2AA 3RR8A 4DQIA 4NXNK 4B3RK 4FXDA 4JKHA 4YNQA 5HRNA 3ID6A 2YHXA 2V52B 1N8RO 5M1KA 5AQPA 5GINA 1LW0A 1X9SA 1VNBA 1BISA 1OZZA 1D4XA 1GOAA 3AO5A 1TUUA 4BR5A 2D5RA 3ZCMA 4BE2A 1P90A 1DTTA 1RDDA 2YKMA 4W5TA 3MWPA 2I61A 3BEXA 3JXUA 3SUPA 1CHZA 4YHHK 3SQ1A 4IKFA 2FXUA 3O5BA 3WNEA 1QHTA 2NRTA 1NKBA 3MEEA 4PWDA 5BR8K 3B6PA 4ICLA 5H1SQ 2VQEK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TK0 A;  2GTD A;  3UKU B;  4DSL A;  4L3Q A;  3L4Q A;  4M3R A;  3KK1 A;  4B3S K;  4F3O A;  1ZBU A;  1X9M A;  5MLC Q;  4IG3 A;  3HVT A;  3C7N A;  4M42 A;  3JYT A;  1EQY A;  4I6M A;  3THW B;  3EE8 A;  4IFY A;  4OPJ A;  2NRV A;  3AVG A;  1NJY A;  3WQT A;  1KAZ A;  4CHN A;  1ZXO A;  4DTM A;  1UAX A;  3DI6 A;  2AA4 A;  1BO5 O;  4UJ0 A;  3S5T A;  3L2U A;  4LF5 K;  4DKW A;  3OYI A;  2UXB K;  3DOK A;  3QO9 A;  4KHW A;  4CIG A;  1DTQ A;  2E4L A;  1Z26 A;  3U4L A;  3K5L A;  4EZ6 A;  1WLJ A;  4PA1 A;  4FM0 A;  3FZM A;  2C1G A;  1YTA A;  1U2V A;  1J6Z A;  2HNZ A;  5CZ2 A;  3WXK A;  1NM1 A;  4DV1 K;  5T7B A;  3OYN A;  1NK8 A;  4HCC A;  3K5N A;  1RNH A;  4CFC A;  1IKW A;  3VEN A;  2AP1 A;  5AQJ A;  2RN2 A;  4CER A;  2A42 A;  4KFB A;  2YIL A;  3E9O A;  3A2F A;  2HHU A;  3ZSY A;  3IG1 A;  1N33 K;  3OY9 A;  2KLA A;  2YV0 X;  1ZVG A;  1HUX A;  4NYN A;  5AQI A;  3SV4 A;  3CCJ N;  4MDB A;  1RDW X;  4CHQ A;  4BRN A;  3OYB A;  1SL2 A;  4B3O A;  4HTL A;  1QS4 A;  5HOO A;  3M3Z A;  1VHX A;  2ZGZ A;  3LAM A;  4CZG A; 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