5EXWA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with 7-deaza-atp
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
VGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 118
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5exwA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5exwA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5exwA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5exwA04
2E8AA 3WXKA 4FL9A 5BPLA 3VGKA 1Z05A 2P9UB 1NGHA 1S22A 1XUPO 2GTDA 2Q1NA 1NLVA 1Z6RA 1X3MA 5AQQA 5EOYA 2D0PA 3CI5A 3O1WA 3L6QA 3LL3A 4PKGA 3U9ZA 2P9PB 2QM1A 4C23A 3WXJA 3OHRA 4BC4A 2D4WA 3IDHA 3MCPA 2NLXA 5KQDA 2V7YA 3R9PA 3RSEB 1WOQA 2PBDA 1QQNA 4M7XA 3CHWA 3D2EB 3VENA 3ENOA 4BC3A 3BEXA 3O1BA 4XH4A 4CZIA 2FSNA 3IFRA 1YUWA 3B8AX 2GUPA 3A5MC 3WXIA 4K43A 1Q18A 1NGDA 1MA9B 4AM7A 4B1UB 2BTFA 2QWLA 3EL2A 3QB0A 4CBUA 3L4IA 3VF2A 4XH5A 1T44A 3DJCA 5AZJB 3VERA 3TU5A 4NB4A 2ZWHA 2VYPA 1BO5O 1E4FT 4B1VA 2HF3A 2HF4A 1DGKN 1BG3A 1KAYA 2P9UA 4B1ZA 3MN9A 4BRMA 2QWMA 3VGLA 3O80A 5BN8A 1S3XA 1U2VB 1P8ZA 4H0OA 4BGBA 1GLBG 3IUCA 4EAHD 3A5NC 4BRPA 3WQTA 2P9PA 1SAZA 5F2RA 2GELA 3MN7A 3QFPA 3H1QA 1BA1A 5E84A 2ASPA 3RSEA 5LJVA 4BG8A 3D2EA 4DQ8A 4FWSA 4FOIA 3ZX2A 2CGLA 5AZIB 5KPZA 1MWMA 4BRLA 1ZBSA 3A8YA 3O8MA 2QW9A 5AZJA 5FPMA 3LDLA 3EN9A 4F9OA 3C0BA 3A5OC 5ADXH 3WQUA 4B9QA 4BRFA 3FE1A 3O5BA 3AARA 3BP8A 4JAXA 5AQYA 3CJCA 5AQZA 4QS7A 1U2VA 3R8EA 2OANA 1NGFA 2FSJA 4GNIA 1QZ6A 3GOIA 3EO3A 4BR2A 5BRDA 4FWLA 4H0PA 1SQKA 2VCPA 3GBTA 2E2PA 3H46O 2AP1A 3HTVA 4B1YB 2ASMA 5ELZA 2ITMA 4A61A 4B1XB 5AFUA 2AA4A 1RGIA 3ENHA 3LDOA 1NGBA 5JLHA 5AZIA 4H5VA 1T6CA 1E4GT 5AQXA 1K8KB 1T6DA 4CZEA 5BRHA 2YI1A 1HUXA 5EXWA 4H0VB 5F1XA 5I9EB 1YXQA 2A6AA 2FF3B 4ISEA 3MN5A 4L3QA 4FPAA 3FZMA 3JS6A 3TPQA 3UE5A 5AQVA 3QBXA 1V4TA 5BPMA 3ZEUB 1DKGD 4H5TA 2V51B 2YHXA 4IJNA 1KAXA 3HZ6A 2FF6A 4GY2B 1YVNA 4BRIA 2HMPA 1NBWA 4K42A 4CI6A 3VEWA 4BRCA 4H0YB 1QHAA 3DWLA 3I33A 3QDKA 3VEVA 1BDGA 4CZGA 1IG8A 1JCGA 1H1VA 2FLOA 5FPEA 2E2QA 1HKCA 5AQIA 3SMPA 5BR9A 1RDWX 1K8KA 4PL7A 4BVPA 1TYQB 2F9TA 2I7PA 3WUHA 4EFHA 3U4LA 5AQJA 4LC9B 1XC3A 5AQTA 3F9MA 3ULEB 2I7NA 3S41A 2P9LB 3VGMA 4IWVA 4M63C 5LJWA 1ATNA 3VF6A 1NM1A 3SMSA 4WQ5A 3ZEUA 3H1VX 4DCHA 1NGJA 4B1WB 2YHYA 5AQSA 2KHOA 4BREA 1BA0A 2F9WA 3EKUA 3M1FA 3BUZB 4EHUA 4PKHA 1JCFA 2GWKA 4BQLA 4BROA 1GLLO 5AQPA 4FWQA 3FFKB 4K41A 3HI0A 2FSKA 1BWFO 4CD1A 4H03B 4AM6A 2GWJA 1TYQA 4ISGA 2E88A 1HLUA 1GLAG 4CZJA 3AAPA 2P9IB 4MLEA 2QWQA 3ULEA 2P9LA 2YHWA 3MN6A 5BPNA 4NO7A 2Q36A 1LCUA 3CIPA 4H0XB 1X3NA 4H0TB 4FWNA 4HWIA 2W40A 3HM8A 2Q31A 5F0XA 3H6EA 3FZHA 5B8HA 3CERA 2H3GX 4CZKA 1Y64A 4RWTA 1NGAA 4BRAA 1QQOA 3VEZA 2IVOA 4CZFA 5JICA 4FOEA 4BC5A 3J8AA 4IXCA 3FLCO 2W41A 3IMXA 3W0LA 4XEIA 4HTLA 4FPBA 3CJAA 5JLFA 3VEXA 5FPNA 2UYTA 3D2FB 5TKYA 3DXMB 5CE3A 3MK6A 1HJOA 1IJJA 3QBWA 4IJAA 2P9IA 4BR7A 2IVNA 4PKIA 3GG4A 4FWMA 4PL8A 4BR0A 4JN4A 3AY9A 3A5LC 3VESA 4WQ4C 1BU6O 1OKJA 4JD2B 3DXKB 3JXUA 5AQMA 1GLJO 3H3OB 1TUYA 3ZX3A 1BUPA 3KVGA 2FXUA 2QWOA 2ZF5O 3VETA 3C7NB 3HBTA 2QWRA 1NGEA 4I6MB 2A40A 2IIRA 2CH6A 1LOTB 3WXLA 3H3NO 5EX5A 3G25A 3QICA 4EIAA 2CGKA 2BUPA 1GLDG 2V52B 1HKGA 3LM2A 3CJBA 1HX1A 2WUSA 3CQXA 5ADXA 4H5WA 5AQNA 3MMVA 3SK3A 3FZFA 2J4RA 5AQFA 3D2FA 3DXMA 2QWPA 3H45C 1YAGA 4BRGA 1EQYA 4H5NA 3WT0A 5KPTA 4QS8A 1SZ2A 2ASOA 1C0GA 2D1KA 3DAWA 1G99A 1MDUB 1U6ZA 5BRFA 3WEEB 3BF3A 3M3ZA 2CH5A 4BQZA 3LDPA 1DEJA 1CZAN 3ATUA 5BN9A 3DXKA 4JD2A 4XH1A 3P4IA 3ATVA 3UKRB 4A2BA 3U9DA 3C7NA 2EWSA 3FR0A 4BRKA 4I6MA 2YCHA 4CZHA 2PAVA 5KPRA 3ZETB 4E1JA 1RFQA 3KZBA 3LDQA 1BOTO 1ATSA 3FZKA 5AQHA 2VWBA 4ISFA 2QXLA 4BVOA 4MLHA 3VF4A 1QZ5A 5E26A 1GLCG 2Q2RA 1ESVA 4FWPA 3MDQA 3HSCA 1WUAA 3QFUA 3UKUB 4DHYA 2P9KB 1R59O 3L0QA 2P9SB 3WEEA 4KBOA 5AQWA 4O5FA 1XQSC 3A0IX 3BF1A 3GE1A 4QS9A 4Y0WA 3KHYA 3UKRA 4CBXA 3GDQA 4BRDA 5AR0A 2ZGYA 2HOEA 1TUUA 2A42A 3O08A 5AQRA 4BRHA 4A62A 4CZLA 4JHDB 1NGGA 3ZETA 4MO5A 4A2AA 3CJ9A 1GLFO 2E2OA 4BC2A 4CBWA 2ZGZA 4FWOA 4YDUC 1NMDA 4RCHA 4DB3A 3GL1A 3W3DA 3FZLA 3I8BA 4WYBA 3SLCA 3SJHA 2P9NB 4FSVA 1J6ZA 2E1YA 5JMVA 2Q0UA 4BRNA 5LY3A 3FGUA 4CJ7A 4BRQA 5BREA 2E2NA 4FWKA 1V4SA 3UKUA 2P9KA 1QQMA 4JNEA 2P9SA 1D4XA 2D0OA 5KQ8A 3CJ7A 3EZWA 4BG9A 2E20A 3LM9A 3U8XA 3AAQA 4FO0A 5EY4A 2GEMA 3O6WA 4JHDA 3EKSA 4BR9A 4RTFD 1JCEA 1KAZA 3VEOA 1MWKA 4O8KA 1NGCA 1C0FA 3CJ1A 5AQKA 4FWRA 5AQOA 5FPDA 2CGJA 3VEYA 3VPZA 4YDUA 2A3ZA 3CQYA 2IVPA 4BR4A 4IO8A 1HPMA 2V7ZA 2YJEA 5AFUH 2P9NA 3M6GA 2NRHA 4MO4A 3VOVA 2A5XA 2DPNA 4Z94A 2E1ZA 3CETA 4IZ9A 5EVZA 1NWKA 1ZC6A 3ZX0A 1HKBA 2Q97A 4CD3A 3LDNA 2NZTA 2A41A 4J8FA 4M7YA 1ZXOA 4BGAA 4K25A 1X9JA 2YJFA 1NGIA 4EHTA 4BR5A 5AQGA 5AQLA 4CZMA 3ID8A 3O4WA 4WQ5C 3UB5A 1ATRA 2QWNA 4H5RA 1KXPA 3D7EO 5AQUA 1GLEG 3R6MA 2Q0RA 3QMLA 4WQ4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E8AA 4FL9A 4CJLA 3OW2M 1BISA 4ZTJA 3VGKA 1NGHA 1S22A 2Q1NA 1Z6RA 3NVKA 3TARA 2D0PA 4DS4A 3O1WA 4PKGA 3ZLJA 3AGKA 2QM1A 4C23A 3SUPA 1T05A 1T03A 3OHRA 3QERA 4BC4A 1L3UA 2D4WA 1SS6A 4FZZA 4N41A 2NLXA 4F4KA 3E9LA 3L4QA 1RILA 1WOQA 3DM2A 1QQNA 4KTZA 2VG5A 2HHQA 3OYCA 3BEXA 2VG6A 1VSHA 2VQEK 1YUWA 3F2KA 2GUPA 3WXIA 1NGDA 1MA9B 2A1SA 1XC9A 4KTWA 3DLLL 1QE1A 5AZJB 3DJCA 1VQ9N 4B08A 2ZWHA 2UXDK 5MLCQ 5C0YA 2HBJA 2BANA 2HF3A 1DGKN 4XJXA 1KAYA 2P9UA 3LWMA 3MN9A 1DJTA 3VGLA 3O80A 2LN8A 4H0OA 3TAFA 3A5NC 3WQTA 2P9PA 2VY6A 3MN7A 2RPIA 4OPHA 3BZCA 3H1QA 4J2DA 4YOXA 4M3YA 4AB0A 3ENBA 3ISNC 3K9JA 1T0ZA 3RSEA 4BG8A 1IKYA 4DQ8A 2CGLA 5AZIB 4BRLA 4U67L 1SL0A 2QW9A 4F2SA 3T3FA 1PE4A 3TSPA 4IKFA 4CHZA 3EN9A 3AVCA 4I2PA 4NXNK 4ELVA 5ADXH 2BGGA 3WQUA 3ZSYA 4C1NI 3FE1A 3AARA 4JAXA 4CGFA 4MQ3A 1U2VA 3KKRA 3DLRA 2EHGA 4DFMA 4GNIA 2IS3A 3GOIA 4FJLA 5BRDA 4A57A 1A5XA 2WFBA 4FWLA 4H0PA 3KD1E 5J2PA 3GBTA 3H46O 1NH5A 1J5OA 4GV9A 4I7FA 2W42A 4B1XB 2G2KA 3CPWM 1RGIA 3FFIA 4AHCA 1FXXA 2VGMA 1E4GT 1OH7A 2N69A 2VWJA 2NUBA 2YNHA 4ID5A 4AQYK 1KD1O 2A6AA 4ISEA 1RDDA 4FPAA 2HHIA 2BRZA 4UADE 3TPQA 2GX9A 3QEXA 3J80O 1S1UA 4DTXA 2JGUA 1TV6A 4K42A 3VEWA 3DWLA 3VEVA 4CZGA 4CHNA 4JRQA 1XMOK 1IG8A 1JCGA 1LAVA 4CFDA 4CJKA 5HRNA 5FPEA 3F5TA 2G8KA 4DV6K 2XY6A 4WFBL 1I6FA 4I9QA 4A5AA 1K8KA 2DY4A 2I7PA 4UJ0A 3U4LA 1VNAA 4JI1K 1XC3A 3DLEA 3F9MA 3S41A 3ZSVA 3HOSA 1QTMA 3E7RL 2YNFA 3D0PA 4M63C 4K0KK 3VF6A 4M3ZA 3KLIA 4WQ5A 3ZEUA 4CIEA 3NGZA 1ASVA 1NGJA 5CYMA 3KC6A 4B1WB 3MEEA 1B9FA 2YX6A 4DLEA 1LQQA 4B8CA 3V1QA 2NNWA 4UAFE 2VWKA 3OYIA 3EKUA 1ASWA 4OJRA 4BQLA 1EETA 1RBRA 3EY1A 4BROA 2OZMA 3LZIA 3IRXA 1Z25A 4LF4K 4ISGA 4O4GA 1ZYQA 2P9IB 5KK4A 2XY5A 4KV8A 2QWQA 4KYPA 2P9LA 2HSTA 3AVGA 2GV9A 3VTHA 3C94A 4EP5A 2RN2A 3KLHA 4H0TB 1SKSA 4Z4EA 3HM8A 4M3UA 1BCGA 5F0XA 4EZ6A 3H6EA 4W5OA 3UIQA 3CERA 3SUNA 2K35A 3C6AA 4AHTA 1TVRA 4AAZA 4FLZA 3WNEA 1Q7YO 4BRAA 3S3MA 1ZFUA 3VEZA 4Y1DA 5GAHP 2BH1A 4CFCA 1DT9A 1S6QA 2OPQA 4FOEA 4DV3K 4DTRA 3ZSWA 4XIUA 1QS4A 2HBKA 2EX3A 3N4QA 2YILA 1S9EA 4DSIA 4HTLA 4FPBA 1WB9A 1UOCA 1B92A 2JDQD 4JRPA 5TKYA 4AHVA 3DXMB 1I6GA 3V4IA 1KV0A 4BR7A 1I2UA 4IFEA 4BR0A 4DG1A 4JN4A 3KOYA 1KFSA 1WLJA 1U47A 5KRTA 3A5LC 1N4NA 3PSFA 4WQ4C 5CY0A 4E7HA 3JXUA 3H3OB 1TUYA 3ZX3A 2QWOA 2ZF5O 1JKHA 1X9WA 1N34K 3CD6N 2IIRA 3AV9A 2QA4N 4CGDA 1GOCA 3WXLA 3H3NO 2CGKA 2KYQA 3LM2A 4FJJA 4B3SK 1HX1A 3PLAA 3CQXA 5ADXA 4CFAA 4H5WA 3MMVA 3SK3A 2NY8X 3AO4A 3T19A 4BE1A 2ETJA 5H1SQ 4DTMA 2KFNA 5AQFA 2NRRA 3NMUA 3HSTB 3HP9A 1LV5A 1YAGA 3DMJA 3BDPA 3T1HK 3KOWA 4QS8A 3HM9A 3ZCMA 4KHNA 4FLYA 2ATQA 4YOUA 1RBVA 1VRTA 3WNGA 1BRZA 5BRFA 4DV4K 2CH5A 4BE7B 4CF8A 2HHWA 3ATUA 5BN9A 5EU7A 3QESA 1K8BA 2ZE2A 3AVFA 3P4IA 3UKRB 3K5NA 4B3MK 4FK4A 2ATBA 5GAEP 5M1PA 4YOWA 4M3TA 4O8UA 2YCHA 4CZHA 1HQUA 4Y1CA 3K59A 5C10A 4Q0BA 3TTDA 1W0HA 2RF2A 1TK8A 2E6MA 4FJIA 1SN4A 4M3RA 2QXLA 4BVOA 1RTJA 1SUQA 5FRNA 1SN1A 4CJSA 2O8CA 2MZ0A 1GLCG 1VHXA 1J9AA 1ESVA 4FWPA 3VA3A 4C8KA 3QFUA 3LANA 4DHYA 2P9KB 4LD0A 3M8QA 2NRXA 3WEEA 2KFZA 4O5FA 5AQWA 3LP0A 3HL8A 3HK2A 3KHYA 3AA4A 4X64K 5GADP 2HOEA 3O08A 4FYDA 4IOAL 2GUIA 4BRHA 3CFOA 4JHDB 1NGGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E8A A;  4FL9 A;  4CJL A;  3OW2 M;  1BIS A;  4ZTJ A;  3VGK A;  1NGH A;  1S22 A;  2Q1N A;  1Z6R A;  3NVK A;  3TAR A;  2D0P A;  4DS4 A;  3O1W A;  4PKG A;  3ZLJ A;  3AGK A;  2QM1 A;  4C23 A;  3SUP A;  1T05 A;  1T03 A;  3OHR A;  3QER A;  4BC4 A;  1L3U A;  2D4W A;  1SS6 A;  4FZZ A;  4N41 A;  2NLX A;  4F4K A;  3E9L A;  3L4Q A;  1RIL A;  1WOQ A;  3DM2 A;  1QQN A;  4KTZ A;  2VG5 A;  2HHQ A;  3OYC A;  3BEX A;  2VG6 A;  1VSH A;  2VQE K;  1YUW A;  3F2K A;  2GUP A;  3WXI A;  1NGD A;  1MA9 B;  2A1S A;  1XC9 A;  4KTW A;  3DLL L;  1QE1 A;  5AZJ B;  3DJC A;  1VQ9 N;  4B08 A;  2ZWH A;  2UXD K;  5MLC Q;  5C0Y A;  2HBJ A;  2BAN A;  2HF3 A;  1DGK N;  4XJX A;  1KAY A;  2P9U A;  3LWM A;  3MN9 A;  1DJT A;  3VGL A;  3O80 A;  2LN8 A;  4H0O A;  3TAF A;  3A5N C;  3WQT A;  2P9P A;  2VY6 A;  3MN7 A;  2RPI A;  4OPH A;  3BZC A;  3H1Q A;  4J2D A;  4YOX A;  4M3Y A;  4AB0 A;  3ENB A;  3ISN C;  3K9J A;  1T0Z A;  3RSE A;  4BG8 A;  1IKY A;  4DQ8 A;  2CGL A;  5AZI B;  4BRL A;  4U67 L;  1SL0 A;  2QW9 A;  4F2S A;  3T3F A;  1PE4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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