5EZXA

Crystal structure of bace-1 in complex with {(1r,2r)-2-[(r)-2-amino-4-(4-difluoromethoxy-phenyl)-4,5-dihydro-oxazol-4-yl]-cyclopropyl}-(5-chloro-pyridin-3-yl)-methanone
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
390
structure length
374
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title A Real-World Perspective on Molecular Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 374
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ezxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ezxA02
5P4VA 5CONA 5P2CA 4S1GA 4J1CA 5ENKA 4GJ7A 2VIEA 3NU5A 4Y47A 5C9DA 4Y5LA 5OZEA 4WY6A 3KFSA 2I4QA 4H1EA 5P8MA 3IAWA 3NDUA 4Y36A 5OZ4A 3QS1A 1BIMA 5P34A 5P25A 5P8JA 3OQDA 2O4PA 3VYEA 2PH6A 2FLEA 2QI1A 3DK1A 4H3JA 2XYEA 1ENTE 1LV1A 4RGHA 2BPVA 5COKA 5P2KA 1ZSFA 4KE1A 4BFDA 1B5FB 3EKTA 1BVGA 5P62A 1BDQA 4D89A 5P88A 5HCOA 4PYVA 2A4FA 2FNSA 2HB3A 1DAZC 2P83A 5P08A 1GNNA 3AUPA 3SPKA 5ISJA 4I0FA 1ODWA 5OZKA 5JFPA 1RQ9A 5HU1A 4J17A 3ER5E 5P6GA 5BRYA 3SACA 1M0BA 2Q11A 3UFNA 5P4OA 5P5OA 4I0ZA 2XYFA 3INEA 5OYYA 3S43A 3TPPA 3UDRA 1NPWA 3EKWA 4YOBA 5C9FA 2IGYA 3MSKA 5HE4A 1WBMA 5P70A 3CKRA 4L1AB 3QBHA 5TOLA 3QRVA 2QK5A 2VIZA 4Y44A 5P3UA 5SY3A 1RPIA 5P1AA 1HIIA 1HSHA 2WEAA 2FMBA 4L6BA 1K2CA 3HD8A 4YCYA 5IVTA 5P35A 2QNNA 3O9EA 5P6KA 1A94A 4Y45A 5OZTA 5OYXA 5P5DA 1PSAA 3NWXA 2BB9A 5P4HA 1G2KA 4JPEA 5P6FA 1HPOA 4B77A 1ZSRA 3OADB 4CPUA 5P8OA 4DJXA 4ZLSA 4IVTA 5P8NA 5P5EA 5P3DA 5P6NA 5P29A 2SAMA 5P23A 5OZCA 5P8LA 3KMYA 5P4BA 5P0TA 1EPLE 2OHUA 2QZKA 4MC2A 3VF7A 4R95A 3WB4A 4LXMA 5P5MA 3QPJA 2J9JA 4RCEA 2ANLA 4Y4AA 5HDUA 3L5EA 4B0QA 1BV7A 5P5CA 3KT5A 3T7QA 4DQGA 3CKPA 1OEWA 4Y3YA 5OZPA 4FAFA 1D4IA 4MC6A 1PFZA 1YM4A 4FCOA 5P11A 3UDHA 4R8YA 4RROA 1FMBA 5P8UA 3SFCA 2QI5A 5OYRA 1APWE 5IVQA 4AA9A 1FG6C 1M4HA 2WF0A 1EPRE 1WKRA 3RTHA 4OBFA 5P4IA 3PMYA 5P18A 4X2LA 5P7IA 4OBJA 1ZBGA 2H6SA 2I4XA 2AVOA 5OZ5A 1HPSA 3OQ7A 3SA4A 3OGPA 3RTNA 3B7VA 5P7QA 2NPHA 2RKGA 5P4LA 1K6TA 3CYXA 4NJVA 4HVPA 1B6LA 1KJHA 4I11A 4ACXA 4YDFA 4YD6A 3UQPA 4ZIPA 2HPEA 1NPAA 2QNPA 3OU3A 5KR1A 4J54A 4I0HA 5P4EA 5HDZA 2QU3A 3K5GA 1FQ7A 2UPJA 4JECA 5P4UA 5P8EA 2VJ7A 1DIFA 3FIVA 5P2WA 5P8QA 5P7ZA 5P3OA 3SA3A 5P1WA 1DW6C 4FRKA 2NXLA 1QS8A 4QJ9A 2VA6A 5IE1A 3NUJA 2HB4A 3S43B 1TZSA 4GJAA 5P5NA 4RVIA 2A1EA 5P71A 2V00A 4TRYA 4A6CA 2WF2A 4DJQA 3UQXA 2QHYA 3PJ6A 4DJUA 1K1TA 1HXBA 5P1RA 3INHA 2FDPA 1EPOE 1F34A 4HZTA 3VCMA 3VUCA 1IDBA 2PWRA 2IRZA 2P8HA 3PVKA 1AJXA 3GI0A 3LIZA 2I1AA 5P0UA 5P2NA 4U7QA 2AVSA 5P8DA 1K6VA 1E82E 5P1VA 4HDPA 4EQ0A 6FIVA 2J9KA 4TVGA 5BS4A 5P84A 5P57A 2G26A 5P8TA 1PSOE 3TH9A 3ZPUA 5OZ2A 5P32A 1ER8E 2WF1A 2ZHRA 1T7IA 3NU9A 4YD5A 5P86A 2FNTA 2P3AA 2O4NA 1GNMA 3VG1A 5P1MA 3NU4A 3QVIA 3ZMGA 2J9JB 4BEKA 5P6WA 5P8GA 2QMFA 2BPWA 5KR8A 2P4JA 3L5BA 1DP5A 4YHQA 1BBSA 4EWOA 1QRPE 4PHVA 4H3IA 3ZL7A 2ZHTA 1QDMA 4Y9WA 5P10A 3LNKA 2G24A 5P02A 5P3XA 4LL3A 3N3IA 5KOQA 5P72A 5P1DA 1IZIA 5P03A 5P83A 2I0DA 3DUYA 5P3FA 1QBTA 1MTBA 3PMUA 2AIDA 3GGAA 4Y5CA 5OZNA 5P3PA 2NXMA 3QAAA 4Y3DA 3UDNA 4DJOA 1B6JA 4Q1NA 4J5JA 5P6XA 3UQRA 4B72A 5P0NA 1MERA 3S54A 5IVSA 4GJ5A 4RRSA 3QP0A 3T11A 4K4RA 1HIVA 4Y3QA 1YTJA 5KQFA 1TCXA 5P38A 3EKYA 2ZHVA 4TRZA 3TNEA 1AM5A 1EAGA 4BFBA 2WKZA 4H3FA 1RV7A 4Y4ZA 2B60A 1PPKE 1EC1A 4QJAA 3UDPA 5AGZA 4Y3XA 4Y3TA 1C6ZA 3O9LA 1KJ4A 3CKTA 5P8HA 4LXKA 1IVPA 3FV3A 3EMYA 4L7HA 3R0WA 2ER0E 2UXZA 5P5FA 5COOA 3VYDA 5P0JA 4J1IA 3EM4A 1ZP8A 2CEJA 3O9IA 4ER4E 5E5KA 4MC9A 5P61A 3FX5A 3MSLA 5P6SA 4YBIA 4YCTA 4MC1A 4Q5MA 2Z4OA 5OZ7A 5ENMA 5OYTA 2F3KA 3L58A 3KDDA 2AVMA 4A6BA 5P4CA 1D4HA 1YTGA 3TKGA 2AOJA 3G72A 2G1OA 5OYSA 2OHSA 5HD0A 5P1QA 2WHHA 4Y38A 3PM4A 2HS1A 4FM6A 1HVHA 3ZLQA 1NH0A 1W50A 5P6UA 5IS4A 1HPXA 4D85A 4J0TA 2FXEA 4FL8A 4Y41A 5P2JA 1BDRA 4OBHA 1LYWA 3WSJA 1HVKA 2Q55A 3D1ZA 2QD7A 2WEBA 5P4NA 4OBKA 4FIVA 3ZKSA 5P4GA 4YOAA 5ER1E 3K4VA 1APVE 5P6JA 1K1UA 1Z8CA 5KR2A 4CPQA 4Y4GA 4RVJA 4EPJA 2V12C 5P3GA 4Y6MA 1F7AA 4I0DA 5FIVA 5JG1A 5OZ1A 3D91A 3EM6A 5OZSA 5P07A 3UQUA 1C70A 5P63A 4Y56A 5P0IA 5P6QA 4F75A 4Y3AA 5P8BA 5P1YA 5OZGA 5P3WA 3IA9A 3O9BA 5P69A 5P6AA 4Y5EA 5P6BA 5P01A 2AOCA 4NPTA 1EPME 3BXRA 3ZPSA 2Z54A 3PBDA 3NLSA 3L59A 2QD8A 5P42A 5P6OA 2OHTA 4GZFA 3U7SA 2FDEA 5P7OA 1MVPA 1TW7A 3K5CA 1APTE 2RMPA 5HCTA 2HPFA 1E81E 3APPA 2WEDA 4HLAA 4LC7A 1XDHA 5P6YA 5J25A 3LINA 1WBKA 1A8KA 1GVWA 6APRE 3IGBA 5P4TA 3O9HA 3GGXA 1B6KA 3EC0A 3NUOA 4AZYA 2WEZA 4U8WA 2HC0A 4Q1WA 5P3CA 3S7MA 5P5JA 3HLOA 3T6IA 4EQJA 2V13A 1HVSA 3KMXA 2CEMA 1DPJA 2XFIA 4RRNA 5I70A 5P0PA 4CMSA 1RNEA 7UPJA 3O9LB 4B00A 1HTRB 2AOEA 4Y5BA 4K8SA 5AH6A 2VJ6A 1HRNA 5P75A 2VNNA 3VLBA 5EZXA 4DJWA 5P09A 2QI0A 5OZXA 2Q15A 3TL9A 4E43A 4FM7A 5P5KA 4DJPA 1W6IA 3OXXA 4AA8A 5OZBA 5P3NA 8HVPA 1IZHA 5P40A 5B18A 3IXOA 5P6DA 3EM3A 3GGVA 1J71A 3R1GB 5P0EA 3HVGA 2ER9E 3HW1A 4Y4DA 5P47A 1OD1A 1SIVA 2BBBA 1HSIA 4OBGA 4CPXA 2QP8A 2VA5A 3UDMA 5P52A 2V0ZC 3KDCA 3TOFA 5SZ9A 2P3BA 1GNOA 1LYWB 4J1EA 5APRE 4YCKA 5OZYA 5OZWA 2PK5A 5P3HA 5P6TA 2B7ZA 5P1CA 1HVJA 3O9DA 2UY0A 1FQ6A 4B70A 3PSYA 4YD3A 5I3YA 5P2ZA 3JVWA 2IENA 5P22A 1HXWA 3UCBA 5SXNA 3KT2A 1SIPA 5P1EA 3VSXA 1TCWA 1GVTA 5OZHA 2QAKA 4IVSA 4BELA 5P3BA 4ZE6A 3NSHA 5P2UA 5P0VA 4Y5AA 3LIXA 5AH7A 1LF4A 1W51A 3UTLA 5C9BA 1LF2A 5KQXA 4Y3RA 5P77A 3SA6A 7HVPA 5P67A 1TQFA 3L38A 2ZJIA 5P7HA 3N4LA 2PK6A 4I0IA 3EL1A 1IVQA 4NJTA 3EBZA 1W5WA 3HZCA 2VIJA 4ZPFA 2JJIA 2O4LA 5P0ZA 5P16A 3SAAA 5P04A 3WZ8A 3OOTA 2QHCA 2AODA 2AOIA 4Y53A 5DR8A 4ZPGA 2PC0A 5JFUA 5P0XA 5P2RA 5P26A 5ISKA 4RLDA 5KQYA 4FSLA 2NXDA 2V11C 5P1OA 2FGVA 5P30A 1AJVA 4Y5KA 3CIBA 3RSVA 5P1TA 2OHQA 1YTIA 3TPJA 3Q5HA 4M8XA 5P6HA 4CPWA 5P2IA 5T4SA 3SA7A 4L7GA 4TRWA 1FFFC 4RYGA 3Q70A 1EBKC 4Y3FA 4FE6A 3BHEA 2Q5KA 4DV9A 2QMDA 5OZUA 4DFGA 4ZSMA 1G0VA 4CPSA 2PWCA 5P3ZA 3Q3TA 5OZQA 2PH8A 3JW2A 3T3CA 4OC6A 1ZPKA 5P1HA 1BAIA 5P6ZA 5HDXA 2QU2A 3LITA 4Y3GA 1ME6A 4QGIA 5OZ0A 4I8ZA 3EKQA 5P7YA 2AZ8A 5DR1A 3GI6A 2QZWA 4D88A 3O9AA 5P76A 5OYWA 5P7VA 4CPTA 1EBYA 4ZSRA 5KAOA 4CPRA 4FS4A 3IXJA 1HBVA 5OYZA 2FXDA 2ZYEA 4QJ8A 5P7LA 1XL5A 4J0PA 1VIJA 5P3VA 3LIYA 3QVCA 1HPVA 3SM1A 1ODXA 3TTPA 5P53A 3SM2A 3O99A 2OHPA 3PWRA 2VA7A 4U7VA 3FKTA 3UPJA 1EC0A 5P0HA 5P7EA 2P3BB 5P0QA 2BJUA 3SLZA 5E5JA 2IKUA 4K4PA 1AVFA 1FF0C 2PQZA 3PBZA 3RU1A 4Y3JA 3NXEA 1FQXA 3HDKA 3R2FA 2G1YA 4XXSA 5P2LA 3MXDA 5P27A 5P7TA 4I0GA 3S7LA 3RVIA 5P2VA 5OZVA 4DJYA 5P3SA 3HVPA 1FQ4A 4Y5GA 4Y4TA 1BWBA 5P58A 4B1CA 5P2QA 4LAPA 3HBOA 4EP2A 3OUDA 4GJCA 2IKOA 1HOSA 5P60A 5P3AA 3VF3A 5UPJA 3OQFA 3FNSA 5PEPA 5CLMA 1HTEA 1QBUA 5P0RA 5P5VA 4F73A 5P65A 4N00A 4NKKA 4Y39A 5P7KA 5OZ9A 1XE5A 5P7JA 3OOZA 2G1RA 4Z50A 4Y4UA 5P1BA 3TPLA 2ZHSA 5P5YA 3ZPTA 1MPPA 1HIHA 5P55A 2ZJMA 4DPFA 3INFA 2QCIA 1RL8A 1D4KA 1CPIA 5DQ1A 5P3MA 3S8IA 2R38A 1W6HA 2G1NA 3ZKGA 1FEJC 2IEOA 2NMZA 3BVBA 5P4YA 5P7SA 4ER2E 5I3XA 2ZJJA 4DVFA 3G6ZA 4J0VA 5P6EA 2NNKA 5P39A 4NJUA 2BPZA 3BRAA 2FIVA 1EEDP 3NDXA 4K4QA 5IVRA 2QI6A 1MSNA 3QRMA 5OZ6A 5P7FA 4DPIA 2HAHA 1FG8C 3PHVA 1YT9A 3PGIA 2G69A 3DCKA 1SMEA 1GVXA 2I4WA 3OU1A 5P8VA 2IL2A 5P3IA 3VYFA 1HSGA 1MRXA 3I7EA 1FKNA 5P7NA 4PPHA 2B42A 1ZAPA 2XFKA 4Y4EA 5P2SA 4GJDA 4OC6B 3DV5A 2OHKA 2AOGA 5P20A 5P3QA 3DV1A 5P0LA 4J55A 2I4UA 5P82A 2RKFA 3PLDA 1D4JA 4I12A 4EJ8A 2ZGAA 2AZ9A 3GGUA 3OAGA 4Y54A 1PPLE 4QJ6A 5P49A 3OTSA 5P5AA 3BUHA 5P6LA 1EBZA 1T3RA 1BXQA 1E5OE 5OZFA 3I2LA 2QMGA 2XFJA 2JYSA 1Z1RA 4Y3HA 5P5TA 3TOHA 4Y3WA 5P6IA 1HWRA 4GB2A 5P78A 4Z22A 5P74A 2BPXA 3T7PA 1NSOA 4APRE 2B8VA 4FRJA 2Q3KA 3U6AA 2WF3A 4I10A 4GJ8A 5P4MA 3NU6A 5P1IA 5P1LA 4GMIA 1QBRA 3OUBA 3M9FA 1KJ7A 4GYEA 5P59A 2ZDZA 2F8GA 3PWWA 3VFBA 4PEPA 1G35A 1W5YA 4RVXA 2Q63A 1SGUA 1TSQA 2QI7A 3FSMA 4Y3LA 5P0DA 1ZJ7A 1MT7A 1OEXA 4FLGA 5P00A 5P68A 5P45A 1CZIE 3DJKA 1BWAA 3LIQA 3ER3E 1FFIC 1XS7D 5P4WA 5P0BA 2G94A 4L1AA 1T6EX 3ZKNA 3NDWA 4A4QA 1SH9A 3KFNA 2AQUA 4D83A 1T7JA 1HHPA 3O9CA 5P4PA 2O4KA 5OZ3A 1EPQE 3S2OA 4HA5A 3LPIA 4Y35A 5DQ5A 1W5VA 5I3VA 4QJ7A 2APRA 3PRSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4V A;  5CON A;  5P2C A;  4S1G A;  4J1C A;  5ENK A;  4GJ7 A;  2VIE A;  3NU5 A;  4Y47 A;  5C9D A;  4Y5L A;  5OZE A;  4WY6 A;  3KFS A;  2I4Q A;  4H1E A;  5P8M A;  3IAW A;  3NDU A;  4Y36 A;  5OZ4 A;  3QS1 A;  1BIM A;  5P34 A;  5P25 A;  5P8J A;  3OQD A;  2O4P A;  3VYE A;  2PH6 A;  2FLE A;  2QI1 A;  3DK1 A;  4H3J A;  2XYE A;  1ENT E;  1LV1 A;  4RGH A;  2BPV A;  5COK A;  5P2K A;  1ZSF A;  4KE1 A;  4BFD A;  1B5F B;  3EKT A;  1BVG A;  5P62 A;  1BDQ A;  4D89 A;  5P88 A;  5HCO A;  4PYV A;  2A4F A;  2FNS A;  2HB3 A;  1DAZ C;  2P83 A;  5P08 A;  1GNN A;  3AUP A;  3SPK A;  5ISJ A;  4I0F A;  1ODW A;  5OZK A;  5JFP A;  1RQ9 A;  5HU1 A;  4J17 A;  3ER5 E;  5P6G A;  5BRY A;  3SAC A;  1M0B A;  2Q11 A;  3UFN A;  5P4O A;  5P5O A;  4I0Z A;  2XYF A;  3INE A;  5OYY A;  3S43 A;  3TPP A;  3UDR A;  1NPW A;  3EKW A;  4YOB A;  5C9F A;  2IGY A;  3MSK A;  5HE4 A;  1WBM A;  5P70 A;  3CKR A;  4L1A B;  3QBH A;  5TOL A;  3QRV A;  2QK5 A;  2VIZ A;  4Y44 A;  5P3U A;  5SY3 A;  1RPI A;  5P1A A;  1HII A;  1HSH A;  2WEA A;  2FMB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1PPM E;  4YDG A;  4DUS A;  2NTR A;  1UH7 A;  4NPU A;  1B6P A;  4ZSP A;  5OZL A;  1EC2 A;  5P8R A;  3PWM A;  5OZM A;  3SA8 A;  5OZ8 A;  3EXO A;  1CMS A;  1K2B A;  3VV8 A;  5P4F A;  5DQC A;  3S56 A;  1HEF E;  3MWS A;  4HEG A;  5P7C A;  4J1F A;  5P5S A;  1SBG A;  1U8G A;  4JOO A;  3PSG A;  4DI2 A;  5P1J A;  2QMP A;  4J0Y A;  1Z1H A;  5P56 A;  2PSV A;  3OHH A;  2I0A A;  5DGW A;  5P51 A;  3OU4 A;  4RYC A;  2OHR A;  3QIH A;  4OBZ A;  3R0Y A;  1HVC A;  4AUC A;  1SP5 A;  1FLH A;  3LZV A;  5P7W A;  4AMT A;  4L7J A;  5DQ4 A;  5P7P A;  4DQC A;  4EXH A;  5P5U A;  5P3Y A;  4RCF A;  1A30 A;  3Q6Y A;  4WTU A;  3D1X A;  5P14 A;  5P46 A;  3PSU A;  2WL0 A;  3NYG A;  3ZKI A;  2B8L A;  4I8W A;  5P4A A;  2P3D A;  5OZA A;  4FRS A;  1SDV A;  2R5Q A;  3D3T A;  3OHF A;  4ZSQ A;  4I1C A;  1SDU A;  4B05 A;  4Y3S A;  1NPV A;  3VEU A;  5P73 A;  4F74 A;  5P5W A;  3QBF A;  1EPP E;  4ZPE A;  2ZJH A;  3AID A;  4APE A;  3CYW A;  1HVL A;  3KA2 A;  3L3A A;  4Y3M A;  3F9Q A;  3PLL A;  5P1G A;  4EJL A;  1B5F A;  5DQ2 A;  1MEU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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