5EZZA

Crystal structure of bace-1 in complex with (4s)-4-[3-(5-chloro-3-pyridyl)phenyl]-4-[4-(difluoromethoxy)-3-methyl-phenyl]-5h-oxazol-2-amine
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
390
structure length
379
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title A Real-World Perspective on Molecular Design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 379
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2015-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ezzA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ezzA02
3UHLA 2OF0A 1M43A 4OBJA 3BRAA 1TW7A 4J1EA 4GJ9A 2BPWA 5P5YA 5KR2A 2WEZA 3T11A 5OZQA 1ENTE 1YM2A 4LXMA 2HPFA 3O9BA 3OXVA 5B18A 1EBYA 5DR7A 1ZSFA 3GGVA 4OBFA 2V13A 3IN4A 3OUCA 3ZKSA 4MC9A 5P3ZA 4Y56A 5P3XA 2QI3A 1XN2A 4KB9A 1VIJA 4Q1NA 1K6VA 5P44A 1UH7A 2I4QA 2VKMA 1ZPKA 4Y3DA 4B1CA 4Y5CA 3BVBA 3RSXA 1BDRA 4GIDA 3EM4A 2ER9E 4YCYA 1D4HA 4IVSA 5P1RA 4OC6B 3O9AA 2R43A 3NDUA 1F34A 5P7UA 4DV9A 4JP9A 1BWAA 1HEGE 2A4FA 2NXMA 3OQDA 3ZMGA 2XYFA 5P0VA 5JFPA 5P0FA 5C9BA 2AOIA 3M9FA 5EZZA 3VEUA 2NPHA 5HDXA 3LITA 3Q3TA 1NPVA 3IVHA 1MT8A 2G1YA 4GJCA 3BUGA 3SPKA 4N00A 4FM8A 5P7MA 5P22A 2QHYA 4B05A 5P02A 5OZHA 2OHMA 3OAGA 5P4TA 3OQ7A 3APRE 5OYSA 5ENMA 2AOCA 5P6FA 5P2YA 5ER2E 3BUFA 5P1TA 5P63A 5ISJA 3PMUA 3SM1A 2WECA 3SABA 1D4JA 1KJ4A 4R92A 2G27A 4HA5A 5P6RA 3QBHA 4H3GA 5P0IA 3PB5A 4Y5NA 3OADB 2QZKA 1NPWA 1BBSA 2QI1A 1SDVA 3VYEA 1G6LA 3KDBA 2ANLA 5P4GA 4Y3WA 5P61A 4NJTA 5HE7A 4I8ZA 4DQEA 1ZTZA 5P7YA 5P3PA 5P5SA 1YTGA 4ZSPA 3B7VA 4ZLSA 5I3XA 5P74A 2QK5A 3EKWA 2WF4A 4NPUA 5P0PA 5P1SA 3EL9A 1TSQA 1K6PA 2NMZA 4LAPA 2ER6E 1W5YA 1T7JA 3R2FA 5P4AA 2ZHRA 2H6SA 2QMFA 5P72A 3QI1A 5P35A 1FLHA 4E43A 3QIHA 1MVPA 5F01A 2QI0A 2QI4A 1EC0A 3UDYA 4HDFA 5P4YA 1HTFA 2CENA 3QVCA 5KR1A 3FV3A 5OZ2A 3Q70A 3NDTA 5P1JA 3CICA 5P25A 5P3LA 2IQGA 4DI2A 1YTJA 3EC0A 5HDVA 5P8FA 3SA6A 2I1AA 3PBZA 5P8NA 1FGCC 3IXOA 2F8GA 4JPCA 4FGXA 5P8TA 1XS7D 2XFJA 5P7JA 3TH9A 3N4LA 3VG1A 4DJVA 5P7HA 1HVIA 2AOGA 5P6YA 1GKTA 4FIVA 4J1CA 3INEA 1EPOE 2AZ9A 1MIQA 2PK6A 1QS8A 4Y47A 5P1WA 1MUIA 3LZSA 5P6BA 5OYYA 4ZPFA 2B60A 3KFNA 4QJ7A 1MSNA 1D4YA 5P3JA 4GJ5A 1C70A 2WEAA 3EXOA 3SA5A 1E5OE 4Y4UA 3VFBA 1HTGA 1LF3A 4LBTA 4QGIA 3OOTA 5P88A 2FIVA 5P7DA 1BVGA 1BXQA 5P79A 9HVPA 3R4BA 1B6KA 2QI6A 3I8WA 4FRKA 5P4MA 4RVXA 2RMPA 5P51A 5P4NA 3S45A 2FXDA 5P6LA 3OQAA 1LYAA 5P5EA 3TPJA 3ER5E 4DFGA 1HRNA 4Y4JA 2P3AA 4FM6A 2FGUA 4Z4XA 1LYWA 3BC4A 4LC7A 5P11A 3O9DA 5P7IA 1B11A 3CKPA 5OYVA 3UDRA 2WF1A 2WHHA 5P8MA 2QHCA 3GGUA 2FDEA 2UXZA 2G26A 4Y57A 1OHRA 2AOHA 3QRMA 2F3EA 5PEPA 5P6WA 2OHPA 5OZ9A 2PSGA 5I70A 2I4XA 5P09A 3BGBA 3OWNA 5IVSA 5P32A 4Y37A 5P0NA 4L1AB 2VIYA 2O4NA 3QN8A 1QBSA 3H5BA 3O9HA 4DQBA 3INFA 5AH7A 1SGZA 4MC1A 3OUDA 1HBVA 5P41A 4J1HA 5P8VA 3AIDA 5P7CA 1EPLE 5P71A 5P5UA 5P26A 4Y3NA 3TOHA 2AZBA 2P3BA 4D85A 2HPEA 1KJFA 2AOJA 2JXRA 2ZJIA 5P6SA 1PSOE 4TRYA 1WBKA 5P0BA 4ZPEA 4HDPA 4Y54A 3LHGA 3NXNA 4Y5LA 5P1CA 5P5HA 1LF2A 5CLMA 3S7MA 8HVPA 2IS0A 5P1VA 3PRSA 4YBFA 2JJJA 5P4LA 2G20A 2IENA 2Q64A 2BJUA 3FX5A 5OZUA 3LPKA 3LIXA 4Y3QA 3OY4A 5OZYA 5DQCA 4Q1XA 4QJ9A 3PI5A 5P2SA 4Y3XA 4BEKA 3VCMA 5KR8A 1G0VA 1FG8C 5P2AA 3S43A 1IVPA 5P8AA 5ISKA 3NU5A 3IA9A 1E80E 3K5CA 2OAHA 5P76A 4ER2E 1MT9A 1B5FA 5P36A 2QAKA 1JLDA 4F75A 3UDPA 1HXBA 5P5KA 2FGVA 1UH9A 3TOFA 3IXJA 4J17A 5P4OA 2AZCA 2V0ZC 4GMIA 5P6QA 4OBZB 5P8GA 6APRE 3QBFA 1LF4A 4RVIA 5P01A 3HW1A 2UPJA 2QZWA 2O4LA 5OZ8A 4M8XA 1EPRE 4FE6A 5P7ZA 3KDDA 2APRA 3URLA 3UQPA 2BKSA 2ZJMA 3LIYA 5P5BA 3SA9A 2HB4A 3O99A 1BAIA 3O9GA 1HHPA 3PVKA 4B0QA 2CEJA 1PPLE 4GYEA 2QD7A 5P73A 3SA7A 3OK9A 3FKTA 1EC2A 1RL8A 5OZRA 3SQFA 1G2KA 5P78A 5P14A 5P3MA 1MRXA 2PQZA 5P86A 5P54A 5P5VA 5P0CA 3HBOA 2FS4A 4AA8A 5P8UA 1BDLA 5P3EA 5P77A 1DMPA 5P6OA 2HB3A 4QJ8A 4NKKA 3ECGA 4Y5KA 4AUCA 1HVJA 5P4XA 3NWXA 1B6PA 1E81E 2IKUA 2ZE1A 3DM6A 1APTE 3INDA 1FG6C 5P2ZA 1HIVA 3D3TA 5OZEA 4KE0A 4EP3A 4WTUA 5P6MA 1GVUA 3QP0A 3JVWA 3T3CA 1D4SA 1SBGA 5P7LA 4L7GA 1GVWA 1K6TA 4J0TA 1PPKE 3NU9A 2O40A 3U7SA 3CYWA 2P3DA 3B80A 4DVFA 3OUAA 4Y51A 1HTEA 5OYWA 2VIJA 1T3RA 5P7OA 3PLDA 4WY1A 3TLHA 5OZ3A 4NJVA 5P5NA 5P8SA 1BV7A 3UDNA 3PCZA 4EWOA 2PSUA 5P28A 4DJUA 1MTBA 4CPXA 3N3IA 5P0JA 1EPQE 4F74A 3MSLA 4OBHA 1BV9A 2J9JB 5OZMA 1LYBA 4YA8A 1GVVA 3EBZA 3ZPUA 4Y53A 2Q5KA 5CONA 5E5KA 2AVVA 5P8HA 5P82A 4A6BA 2OHUA 3D91A 2ZJNA 5AH8A 2ZJHA 4YHQA 4EJDA 3PMYA 3OXCA 5OZXA 3UPJA 1YX9A 3R0YA 1BIMA 2HB2A 5UPJA 5P19A 3VUCA 2IGXA 4GB2A 3SM2A 5OZ5A 3L59A 4PEPA 5P4JA 1OEXA 3O9LA 1FQ5A 4Y38A 4CMSA 1FFIC 4J1KA 4YE3A 5P5GA 3ZPTA 3UDQA 1PSAA 5P4WA 3IVIA 2ZDZA 3C9XA 3MSKA 3ZPSA 2BKTA 4TVHA 2VIZA 5P07A 4DJWA 2Q11A 1BWBA 1WKRA 2WEDA 3G6ZA 1T7IA 5OZOA 1Z1HA 5P6XA 3S8IA 3OTYA 4I1CA 1CZIE 4TRWA 5P6VA 1Z1RA 1W5VA 4Y3EA 1ME6A 3NUJA 4I0GA 3RTMA 5P6IA 3KF0A 4OBGA 3UQWA 1LS5A 5P2LA 2PYNA 6FIVA 3D1XA 5P7KA 3RTNA 3T7QA 3OQKA 1BILA 2P83A 5P23A 2I4UA 5P18A 5OZ1A 5JODA 5P60A 1MESA 3Q4BA 2PC0A 5OZKA 2G69A 4HEGA 4K4PA 3ER3E 4Y5AA 5P40A 5P3WA 5P58A 4EJKA 5P5XA 5JFUA 4CPWA 1D4IA 2ASIA 1XN3A 5IVQA 4I12A 1MPPA 4APEA 1FB7A 4BFBA 4FM7A 5KQYA 3SKGA 4I0EA 2QD6A 4CPUA 2QHZA 1G35A 2AOFA 2R3WA 3OAGB 5P5ZA 5P3YA 4Y3LA 1NPAA 5P2TA 1HPXA 5P4VA 4ZIPA 4Y6MA 5P3SA 3VV6A 4GJ8A 3OXWA 2V16C 4CPRA 1SDUA 1W6HA 5P3IA 2Q63A 4FL8A 3LZYA 5P1MA 1AXAA 2NNPA 5P0WA 1QBTA 5P2JA 2Q3KA 3VLBA 5P20A 3OU4A 5P0RA 3PGIA 3A2OA 3DJKA 5P15A 5OZWA 4IVTA 3INHA 4OD9A 1EBZA 5P0QA 1HOSA 4HE9A 1RPIA 5P0EA 3OHFA 3Q6YA 3HZCA 2RKFA 5P83A 1NH0A 2NXLA 3O9FA 5OZDA 2WF2A 2AOEA 3TTPA 4I0DA 1EPPE 3OGPA 5COKA 5KQXA 1META 5KQZA 2HC0A 4RROA 5P8PA 2R38A 3EKPA 3S53A 1XL5A 2AODA 1UH8A 3LZUA 4I0JA 1SGUA 4DJPA 3R0WA 5P8BA 1W51A 3VFAA 3HVGA 1D4LA 2QMGA 2QZXA 2G1OA 3QRVA 3UDJA 1BDQA 5AHBA 3Q5HA 2XFKA 3PWRA 4I10A 5P0ZA 5SZ9A 3TPLA 1EPNE 1MT7A 4LHHA 5AHCA 5P4ZA 5P5DA 3IN3A 1IVQA 1MERA 1EC3A 5AH9A 2WF3A 3NU3A 5P2RA 4S1GA 3FIVA 3K4VA 2VNMA 3GW5A 4DJQA 4DQGA 5KAOA 1APVE 4I0HA 1KJGA 5P53A 4BELA 1MRWA 1FQ8A 2WKZA 1W6IA 5P3KA 4H3IA 5P52A 3EMYA 1A94A 4Y41A 3ZKMA 4YDFA 2HS2A 5HD0A 3VV8A 3VSWA 4EPJA 2RENA 4HVPA 5P8LA 4Y5MA 5P68A 4Y50A 2O4KA 3PJ6A 5P7EA 4B00A 5P5JA 2AVMA 3OU1A 3WZ7A 2UY0A 3NSHA 4DJOA 4U7VA 3PI0A 1B6LA 4Y44A 3NYGA 3CKRA 5P2XA 3WZ8A 5P49A 1QDMA 5P5WA 5P30A 1ER8E 4YD6A 4ER1E 1ZBGA 1ZJ7A 1FQXA 5P5LA 2NNKA 3O9IA 1W5XA 4Y3JA 3UFNA 1LYAB 5P7GA 2OHTA 5P2EA 3SAAA 4ZSRA 5OZFA 2OHSA 5P6ZA 4Y4XA 4B78A 5P3RA 1LYWB 1YTIA 5P6PA 5DR0A 3HVPA 1ZSRA 3PSUA 4AA9A 3EKTA 5OZZA 1FEJC 1ODYA 3EL0A 4JECA 2JJIA 5P2WA 5P5PA 5P1OA 5T4SA 2IEOA 4GJDA 4JOOA 3UF3A 3U6AA 3L5DA 4Y36A 4XXSA 3L5FA 5P59A 3LIZA 4DH6A 2G24A 3L5CA 3TL9A 5P5MA 4PYVA 1PPME 5P3QA 4M8YA 1IIQA 3WB4A 4B1DA 2QU3A 5P48A 5DQ1A 3OUDB 1CMSA 2OHKA 2WJOA 5OZTA 2P3BB 2ZHUA 5P1QA 5OZBA 3T7PA 1GNOA 1QRPE 2HM1A 3CIDA 2R5QA 4YBIA 1HVKA 1RV7A 3LPIA 4YD4A 1AVFA 5APRE 5DGUA 2BB9A 5P1DA 5P0UA 3S85A 5P45A 4R8YA 4Y3SA 1E82E 5DR4A 5OZIA 5P3AA 4Y4TA 2J9KA 4R5NA 1OEWA 2ER7E 5P0YA 1K6CA 1Q9PA 5DGWA 3PWMA 5P3UA 4KUPA 5F00A 4ACXA 3SACA 3HDKA 2I0DA 5P6CA 2B8LA 4B1EA 1AM5A 5OZNA 3DV1A 3S43B 3QS1A 3JW2A 3D20A 3VYFA 4DUSA 3UQXA 5P7SA 5OZJA 7UPJA 3QRSA 5AH6A 5KR0A 1B5FB 3CMSA 3TKWA 5KQFA 3VV7A 5OYRA 2AIDA 5J25A 2QNQA 2B42A 4Z50A 1RNEA 3TOGA 1T6GA 3OTSA 2F3FA 2MIPA 1AJVA 2SAMA 5P00A 4D88A 3S7LA 5P1LA 5P56A 1W5WA 1SMEA 5P1IA 5P2BA 3SFCA 1XDHA 5HCTA 5IVTA 3WZ6A 3TPPA 2PWRA 1ZAPA 3PSGA 5P6UA 5DR8A 4TVGA 5IS4A 4H3JA 1GVXA 5P4IA 1K2CA 5C9FA 1C6XA 3OHHA 1APWE 1CPIA 3ZLQA 6UPJA 4QJAA 5P43A 3EM6A 5IVRA 3OUBA 1HVCA 2O4SA 5P3BA 5P1UA 2ZHSA 2JYSA 1EC1A 3UFLA 5P57A 1XE5A 1BXOA 4EXGA 5P5CA 3PSYA 5DPZA 5HU0A 2WF0A 2V10C 4J0PA 3ZKIA 5OZ6A 4Y4EA 5P4SA 2AQUA 5P4BA 3BVAA 1PSNA 5P67A 4H3FA 5P7BA 5P66A 2V12C 3PCWA 1APUE 5OZLA 5P6NA 5P89A 1HWRA 1ODWA 1T7KA 2ZJLA 3URIA 3OU3A 3L38A 3HLOA 3PWWA 2JE4A 3URJA 3S56A 3L5EA 2AVSA 2AVQA 4AZYA 2VA6A 1HSIA 2IDWA 4HZTA 3R1GB 5P4HA 5FIVA 5OZAA 2VA5A 2P4JA 4QJ2A 5P27A 5P7VA 4J1FA 5DR3A 2VJ9A 1EEDP 5P1NA 3K1WA 2PYMA 2BPVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UHL A;  2OF0 A;  1M43 A;  4OBJ A;  3BRA A;  1TW7 A;  4J1E A;  4GJ9 A;  2BPW A;  5P5Y A;  5KR2 A;  2WEZ A;  3T11 A;  5OZQ A;  1ENT E;  1YM2 A;  4LXM A;  2HPF A;  3O9B A;  3OXV A;  5B18 A;  1EBY A;  5DR7 A;  1ZSF A;  3GGV A;  4OBF A;  2V13 A;  3IN4 A;  3OUC A;  3ZKS A;  4MC9 A;  5P3Z A;  4Y56 A;  5P3X A;  2QI3 A;  1XN2 A;  4KB9 A;  1VIJ A;  4Q1N A;  1K6V A;  5P44 A;  1UH7 A;  2I4Q A;  2VKM A;  1ZPK A;  4Y3D A;  4B1C A;  4Y5C A;  3BVB A;  3RSX A;  1BDR A;  4GID A;  3EM4 A;  2ER9 E;  4YCY A;  1D4H A;  4IVS A;  5P1R A;  4OC6 B;  3O9A A;  2R43 A;  3NDU A;  1F34 A;  5P7U A;  4DV9 A;  4JP9 A;  1BWA A;  1HEG E;  2A4F A;  2NXM A;  3OQD A;  3ZMG A;  2XYF A;  5P0V A;  5JFP A;  5P0F A;  5C9B A;  2AOI A;  3M9F A;  5EZZ A;  3VEU A;  2NPH A;  5HDX A;  3LIT A;  3Q3T A;  1NPV A;  3IVH A;  1MT8 A;  2G1Y A;  4GJC A;  3BUG A;  3SPK A;  4N00 A;  4FM8 A;  5P7M A;  5P22 A;  2QHY A;  4B05 A;  5P02 A;  5OZH A;  2OHM A;  3OAG A;  5P4T A;  3OQ7 A;  3APR E;  5OYS A;  5ENM A;  2AOC A;  5P6F A;  5P2Y A;  5ER2 E;  3BUF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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