5F1QA

Crystal structure of periplasmic dipeptide transport protein from yersinia pestis
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
KTLVYCSEGSPEGFNPQLFTSGTTYDASSVPIYNRLVEFKIGTTEIEPSLAERWEVSEDGKTYTFYLRKGVKWQDNKDFKPTRDFNADDVIYSFMRQKDDKNPYHKVSGGSYEYFQGMGMGDLITNVVKVDDNTVRFELTRPESPFLADLAMDFASILSAEYADNMLKAGTPEKVDLNPIGTGPFQLQQYQKDSRILYKAFPGFWGTKPKIDRLVFSITPDASVRYAKLQKNECQIMPYPNPADIARMKEDKTINLMEQPGLNVGYLSFNIEKKPLDNLKVRQALTMAVNKDAIIDAVYQGAGQAAKNLIPPTMWGYNDDVKDYAYDPAKAKELLKEAGLPDGFSIDLWAMPVQRPYNPNARRMAEMIQSDWAKIGVKAKIVTYEWGEYLKRAKDGEHETVMMGWTGDNGDPDNFFATLFSCDAAKQGSNYSKWCYKPFEDLIQPARAEADHDKRVALYKQAQVVMNEQAPALIIAHSTVYEPVRKEVKGYVVDPLGKHHFDNVSLDAGENLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of Periplasmic Dipeptide Transport Protein from Yersinia pestis
rcsb
molecule keywords Periplasmic dipeptide transport protein
source organism Yersinia pestis
molecule tags Hydrolase
total genus 157
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5f1qA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5f1qA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5f1qA02
3G3JA 2OLBA 3ZS6A 4JDFA 2ZNSA 1D4NA 5I58B 2DE3A 4IGTA 1IXCA 2Z8DA 4GXAA 3MPLA 3TELA 3K1NA 1FTMA 4QRZA 3OO8A 2ZYNA 1M5DA 4C0RA 1O64A 5TPAA 3M3LA 4RY1A 4QFOA 2RF1A 4GQOA 3EQ1A 4IGRA 1TFAA 1R1NA 2R71A 3C33A 3GXAA 4PP0A 1GTKA 2VHAA 1MXXA 5I57A 1N7XA 4QFNA 4BLAA 3T9UA 4IO4A 4GIZA 3RT6B 5AA2B 5KZTA 1P1UA 3LSLA 3TTRA 3CG1A 2QS3A 1POTA 3E3KA 3IJXB 5L9MA 2X26A 4ELOA 3QAXA 2UVIA 4MLQA 3PD9A 3TCHA 3OXNA 2OWSA 5CC2A 4G77A 4THIA 1MPCA 5IKBA 4YKIA 3ODBA 3PUXE 3CFXA 3L6GA 5HM4B 3MBPA 1B4ZA 3VVFA 2X7PA 3U92A 1IIWA 2Y7KA 4NF6A 4LUBA 5CMMA 1S50A 2DWAA 2Q9TA 3B6QA 3F11A 1TXFA 2GFEA 4QF9A 5A5XB 1LFIA 1N04A 5TP9A 3TCGA 4DE8A 5B7DA 3G3IA 4KHZE 4ZE9A 4WEPA 5ITPA 2REJA 3H4ZA 4LZ7A 3K2DA 3V8XB 3Q28A 2HZKA 1Y3NA 1I6QA 1B5JA 2DE2A 4HCYA 1O63A 4JBZA 3DRIA 2V84A 4RK2A 2I58A 4IO6A 2A5SA 1II5A 2QS2A 2Z8EA 2NUVA 4Q5TA 4TLLB 5I56A 3ZSFA 5DYHA 3JV9A 2HEUA 1JW5A 4ZEDA 1LAHE 4Q0CA 3PAMA 4DLDA 3Q25A 2O1MA 1A8FA 1XHYA 3C34A 3T9HB 4H65A 4YKJA 2LAOA 4I1DA 1XVXA 2GHBA 4G68C 4YZZA 5B70A 4IB2A 4F29A 5CMKA 2V93A 2XXYA 3KSJA 2O1LA 3TPAA 3N6UA 1XOCA 2WOLA 1BTJA 2YJPA 3IK6B 1B51A 3PMWA 3KG2A 1RYXA 4OFLA 1A7LA 3T93B 2ZYOA 1DPPA 1B3GA 3HSTA 4F3PA 3BBRA 5DVFA 2V3UA 1B5IA 1JETA 5EHMA 3MVXA 3FJMA 2XXXA 3S9LC 3JYRA 2Z22A 4MLVA 3K00A 4Z0IA 3G3HA 2I48A 4KI0E 1BKAA 3IOTA 1IITA 3IAZA 4POXA 4RA1A 3ZKKA 3OSQA 4OESA 3CIJA 5AA4A 1AOVA 1PB7A 3PGFA 4LQ5A 1B3HA 5H8QB 2DVCA 3PPOA 5DEXB 1S9TA 3CRBA 3MVZA 1IUDA 4F2OA 1PBQA 3G3GA 2QS1A 3RUMA 1TT1A 1URSA 3S4UA 3IL1B 4KYDA 1SQYA 1EU8A 4OYVA 4ZE8A 2HAUA 3RYBA 1US5A 1XVYA 4Q8RA 2O68A 4R72A 1I69A 5AA2D 3WAEA 1LGBC 1VFEA 2GRVA 1FQFA 3N5LA 3N26A 1TWYA 2XXWA 1B1HA 3L6HA 2I4CA 2ZNTA 4G4PA 2F78A 4OWDA 2B3BA 2RCBA 5I2NA 4OETA 1LAGE 1ZTYA 4OFOA 3OSRA 1A55A 3DRJA 1D9VA 4KFQA 3PMXA 4LQ2A 2WOPA 4F1VA 3KN7A 3DRKA 1A99A 4EUOA 1ELJA 2P1SA 1MS7A 1M5CA 4GLIA 3RN8A 3DRHA 3SKPA 2F35A 2HZLA 2I3WA 4K3FA 4KQPA 3MZBA 3FATA 2F6PA 1SI1A 4RJZA 1TFDA 1MY0A 1POY1 3N6TA 3UN6A 4ONYA 2REGA 4IY5A 4H1XA 1M5FA 3FVNA 2DWJA 4F31B 3TZAA 5H8NA 3E13X 4FIMA 3USDA 3S9EA 1P1OA 1QKBA 2DSFA 5CMCA 1WODA 1P1QA 4LVQA 4EXLA 3KGCA 3OENA 2DWHA 3PUZE 1N84A 2XX9A 3FXRA 5DTBA 4YB7A 4DXUA 4N07A 3GBAA 5LOMA 1B46A 4GF8A 3IB2A 4IO7A 3H6VA 2XXVA 1ZBMA 3C36A 4EXKA 3KJ7A 5JTYB 1PB9A 3C35A 3W9WA 4X48A 3KJTA 4BDNA 4AB6A 4X9TA 4OZ9A 1F9BA 3BFTA 3PUYE 4XKRA 4IO2A 4NF8A 4G68A 4O3CA 3W15C 4OVJA 3TQWA 4GRKA 3G3KA 4LONB 1PB8A 2UYEA 3SEXA 1MY3A 4GVOA 3S9NC 1L5TA 3HV1A 3UP9A 1Z7NE 5K2XA 3E4RA 4KCCA 4NF4B 1B7ZA 5I2KB 3FZVA 2Q2AA 4QHQA 1NKXA 2AL4A 4QSCA 4RPNA 1MM6A 4F19A 1NMUA 1JEUA 1ZIUA 1MPDA 1FQBA 2O6AA 3UK4A 2PYYA 3RYAA 2VD2A 2ZYKA 4ZS9A 2E1SA 3EHSA 4PQJA 1LFGA 5H8FA 1D9YA 3QIMA 4Q30B 1Y4TA 2Y84A 3CSBA 3FVGA 2I0CA 3GZGA 3EHUA 1PEBA 1DMBA 1VFDA 2HCAA 3A09A 1MQGA 2UXAA 4NEDA 4OEUA 2Y7WA 1A54A 4ND9A 1N3XA 2DXYA 3UGWA 2CMOA 5CRYA 4HS7A 2P2AA 2X7QA 4GFRA 3M8UA 3UA8A 4LZ8A 1Y4CA 4PFYA 1P1WA 3O29A 4RPOA 4YU0A 3I5OA 1NNKA 5TPAB 2Y7IA 5ICTA 1NH7A 3U94A 3RTFB 2A5TA 2W7YA 5I59A 1BP5A 1MY2A 1UTHA 3IO4A 4JSDA 2DE4A 3TMGA 5CBRA 4F3SA 2QS4A 1H43A 3PUWE 2VGQA 4JXIA 1NNFA 2O84X 1GVCA 2NVUB 4AB5A 4PFTA 5I57B 4ISUA 4FORA 3LBSA 3LSFB 4DZ1A 3DP8A 1MXZA 1Q1KA 1QW0A 1FQDA 2RC9A 3PMVA 1UTBA 3A3CA 4U4XA 1B4HA 2B3FA 4F39A 1SDXA 3O2AA 1PBPA 2HAVA 1OMPA 3T22A 3O66A 4G8NA 2VP1A 4ZEBA 3DRFA 1MDP1 5ELVA 2G29A 3OO9A 2F8DA 5M2VA 3THIA 4XKPA 1R9LA 3DRGA 2PBWA 3IOUA 3RQTA 1T0KA 4NF5A 3MZ9A 4M4GA 2AL5A 5CBSA 3O6HA 1JVYA 4NF6B 1GGGA 2QPQA 4QFLA 3LVUA 3I6VA 4P0GA 4JSOA 3FJGA 4XIGQ 1US4A 4UACA 3KBRA 3MC2A 5TP9B 3CG3A 4EQ7A 1QJMA 4QSDA 5JK4A 1B2HA 2D3IA 3UORA 1N7WA 2GH9A 4U2RA 2GHAA 4C1TA 4GOTA 3K6XA 3U8QA 1QUJA 4ZEFA 3MP1A 3G7WA 1H45A 3A3UA 3PD8A 4DXCA 3U1OA 3I3VA 2QRYA 4GL8A 4U1ZA 4N6PA 3TCFA 3R26A 4H0WA 3K1PA 3K01A 2Q2CA 3FUZA 4R2FA 4FEBA 5H8SA 3FTOA 1B3EA 2Z8FA 2H25A 3HPIA 2B4LA 5I56B 4NWCA 3FVOA 4ELQA 2FA7A 4G8HA 1PC3A 3TTKA 3PPQA 1XT8A 3PPPA 2F6GA 2V3QA 4P0IA 3TDJA 2NWJA 4YB5A 1MXYA 3DP6A 4R75A 1J1NA 1OVBA 5TU0A 2XD2A 3SERA 1MY1A 3P7IA 1B7UA 2ANJA 2AYSA 4OENA 1MQJA 3S2VA 4LP2B 4M1VA 3VXBA 5CI5A 2XXQA 1AIVA 3LSXA 3EHTA 3LSWA 4OEVA 2XXUA 1SW1A 1MH4A 4WKMA 2F34A 4KYEA 5FTHA 3MJNA 2QJEA 1ZKBA 4KYSA 3OOAA 1NL5A 2VOZA 3SEUA 3TTNA 4Z7EA 4YMBA 4GWOA 5AA3A 3MW0A 4MFIA 4X1DA 4XTCQ 1ATGA 2B4MA 3S9MC 2NXOA 1N0TA 1B5HA 3T9XB 1XC1A 5AE4A 4C1UA 1EH3A 4I9DA 3H6UA 3TQLA 5KCJA 3VVDA 3C9HA 1USYE 3KZGA 4H8JA 3ONMA 1IXIA 3H03A 2YPNA 4R74A 2OK2A 1FQEA 3WAFA 3H6WA 4MH5A 2IA4A 1D3KA 5CMBA 2XXPA 1VR5A 4R6KA 4EDPA 1FTKA 2I6EA 1URDA 3CFZA 2I0BA 4DCYA 2BJJX 5H8HA 3PV0E 4TOZA 1URGA 1MG1A 2HFBA 3W9VA 4JWXA 4F18A 3H6TA 4F3BA 2ALUA 3QSLA 2PVUA 1LCFA 5KDTA 1R9QA 2H4IA 2XD3A 1LBCA 2ESNA 1BLFA 1SD3A 1QULA 4ESXA 4WEDA 4XXUA 4PETA 4FAJA 4X1BA 5I2NB 2V3TA 2HXWA 3DELB 3IX1A 4G8MA 3LUYA 4TQUQ 4MF3A 1Y1ZA 1JNFA 4IO5A 1OLCA 2OBGA 4I8CA 2FNCA 1UIVA 3KEIA 2H99A 4GD5A 1OQGA 1PDAA 4BDLA 1HSEA 3U72A 3DM0A 1OVTA 3M3KA 1IXHA 1B7HA 3FVKA 4XKNA 2M8CA 1B6HA 4F1YA 1B3FA 3OO7A 3O6IA 1FCKA 5FHNA 1Y20A 2Q8JA 1MQDA 3FJ7A 1RYOA 3HCQA 4H6DA 4R73A 2RC8A 3RGYA 4BDOA 1R6ZA 3O6GA 2UVHA 3CFLA 1B0HA 4YKPA 3DLNA 3PPNA 3MP8A 3VXCA 1EZPA 3VDFA 1DOTA 4R9GA 1DPEA 1P99A 5DT6A 3BKIB 4POWA 1BIYA 3VV5A 4GL0A 3VVEA 2Z23A 3N94A 1JVXA 2V25A 1B0LA 5I58A 1OLAA 3TODA 3AXFA 3Q26A 5FTIA 4IY6A 3VLVA 2F7CA 1JW1A 4NF8B 4G68B 4FATA 2Q89A 4F2QA 2PX1A 1B32A 3SEWA 1I6AA 3MVYA 2F7AA 3EF7A 2I3VA 5K2YA 1CB6A 4KD5A 4LZ5A 4HW8A 3GLBA 5L8DA 5AA2A 2PT1A 1B58A 1B3LA 4RNSA 1MPBA 3HHFA 1YAEA 2F7BA 2WOKA 3MAMA 2XX8A 1FTOA 1ZMGA 1SW4A 1Y3PA 4EF1A 2XXRA 2Y7RA 4FJPA 3D4CA 5BWJA 1LCTA 4ECFA 4YAHX 3RTWB 3KN3A 4IO3A 1IEJA 3ILUB 2DVZA 2H9BA 1IZ1A 1YCJA 5H8FB 1LFHA 1LB8A 4BDQA 1USYH 3T9VA 5DVJA 3RPWA 5HPQA 4HCWA 5DVIA 1GV8A 2UYFA 5A5XA 1MH3A 3R6UA 1GR2A 2F5XA 3OMBA 4JWYA 3E9XA 1JQFA 1NFTA 2DWIA 3FIRA 1P1NA 3H3GA 1LSTA 4FEDA 4OTEA 4ZZAA 3KOTA 1Q35A 4ELRA 1DSNA 4EQBA 2F97A 4KPTA 5ICQA 5ITOA 1ANFA 1MXUA 1CE2A 4YMAA 3JZJA 3QXMA 4DXBA 3ECRA 4DIGA 3MP6A 3TYHA 3G3FA 3FASA 4NWDA 4LA9A 2A5TB 5I59B 1UTHB 1YPNA 3OD7A 4EQ9A 2QMXA 2E0SA 3IOWA 1LAFE 1VSOA 1B40A 1SBPA 1Y9UA 2O69A 4ESWA 1NNTA 3MWBA 4QFPA 1MXWA 3IB1A 1RKMA 3QUFA 4R6HA 3TUSA 1JW4A 3B6TA 3LC8A 3PUVE 3IJOB 2ZMBA 2THIA 3RY3A 3PPRA 4EF2A 2OZZA 3K6UA 2KLFA 4FECA 1I6BA 1UTBB 4O3AA 3SDFA 4PFUA 1H44A 3FD3A 2IEEA 3D4GA 4GXSB 4F1UA 3MPKA 4U4SA 2G93A 3IB0A 1FQCA 4E0XA 2DQVA 1H3DA 4BDRA 3SEVA 1B1XA 5L9SA 1FW0A 3CR9A 1QKAA 1IQ7A 2WKYA 3Q29A 1MQIA 4RXLA 4ZECA 4NF5B 1NH8A 1QUKA 3OEMA 3O6PA 3R7XA 2Q88A 3OEKA 2ZNUA 2O7UA 4HTGA 1MQHA 2PT2A 4KR5A 3TKDA 2ONRA 2XX7A 4OHNA 4ZZEA 3TFLA 1OQHA 2Y7PA 3Q27A 3T96B 1MM7A 1SYIA 1SVXB 1YTVA 1WVJA 1A8EA 1NNPA 4H67A 4FE8A 1B05A 4OERA 1FTLA 2XXIA 3TTMA 1UIUA 2XHDA 3HHGA 2RC7A 5L9OA 3H7MA 2QL3A 1MRPA 4PFWA 2UVGA 3SESA 1S7YA 4R6YA 4F22A 1QVSA 4JWOA 5EHSA 4NE4A 1LB9A 4OMBA 2H98A 3VFJA 1MY4A 4YICA 5H8QA 1AH5A 2QMWA 4YB6A 5DEXA 3CSGA 1A40A 1KWHA 3TAJA 1M5EA 4U23A 2ZYMA 3IORA 4KCDA 3CI8A 3PU5A 4ZEIA 4R9FA 4P11A 1B52A 3IR1A 3B6WA 3K4UA 1FQAA 2XXHA 4U1OA 1AMFA 1Y3QA 3SETA 3VLUA 1DTGA 4OFJA 1O7TA 2R6GE 4WXJA 4OQOA 3FV1A 3B7DA 1H76A 2DXRA 1LLSA 3KFMA 3MVWA 2RKMA 3FV2A 1N76A 4LATA 4UA8A 1SYHA 2RINA 2H5YA 2HQ0A 3RT8A 4N13A 2XXTA 1EZ9A 1ZJLA 1QUIA 5CM6A 3C32A 2ABHA 2O7IA 2FYIA 4NMYA 2QSXA 1B9JA 1LBBA 1VE4A 5J1DA 2OJTA 3K0VA 5AA4B 4NTLA 5IAIA 5JEIA 3OELA 3ILTB 2F36A 4L17A 2DP8A 3K1MA 3KSXA 3HN0A 3CVGA 2ZXTA 3C31A 3VLWA 3K6VA 4I62A 4RYAA 3TTLA 5KCJB 3QUJA 3T66A 1DTZA 3EPEA 3C4MA 4TLMB 3K6WA 3HO7A 3M3FA 1OIBA 2D21A 1M5BA 1UQWA 1HSLA 3TEPA 3V83A 2ONSA 1ZU0A 3O9PA 4QFKA 3IO6A 2NOOA 5H8HB 5FHMA 4ZEKA 2UVJA 5JTYA 2DOJA 1LAXA 2VD3A 2ONKE 5ISUA 1Z7ME 2B65A 5KDTB 4ZDMA 5BUUA 3VE1B 1SI0A 1SW5A 2RCAA 3QYTA 3FXQA 1FTJA 1MXVA 3OO6A 3QK6A 2P0SA 2DYXA 3KN8A 3U93A 1ZLQA 3CHGA 3KOSA 2I4BA 4JB7A 2R9JA 4U21A 1JEVA 3H06B 4PE5B 3ZKLA 3FGSA 3IOVA 3O97A 5EYFA 2CZLA 1XS5A 3RNNA 4NF4A 5I2KA 5H8NB 5HBCA 4DDDA 4H5FA 4G2ZA 1IXGA 1WDNA 3LR1A 2O51A 2AIXA 3V89B 3GBBA 3K02A 5AA1A 3RLFE 3EN3A 1N3WA 5FHOA 2YLNA 2I49A 4YKKA 4AQ4A 5F7VA 4ELPA 4R2BA 4QSEA 3FXUA 1EZOA 4MBPA 4E0WA 4DCXA 4BDMA 1MDQA 3SEYA 1Y1MA 2DS9A 1AL3A 1HSJA 4O3BA 4F3GA 4H5GA 3MQ9A 4XKQA 5F1QA 4H8IA 1SW2A 3MZ1A 3V5AA 2OCUA 3BFUA 3O28A 3UIFA 4U22A 2OWTA 3DP4A 2D5WA 3MUQA 2PMSA 4OXVA 4RK9A 5I84A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3JA 2OLBA 5EQ7A 3ZS6A 4JDFA 2ZNSA 1D4NA 3MSTA 2DE3A 5I58B 4IGTA 1IXCA 4XF5A 2Z8DA 4GXAA 3MPLA 4MX6A 3TELA 3K1NA 1FTMA 4QRZA 3OO8A 2ZYNA 1M5DA 4C0RA 1O64A 5TPAA 3M3LA 4RY1A 4QFOA 2RF1A 4GQOA 2Q74A 3EQ1A 4IGRA 1TFAA 1R1NA 2R71A 3C33A 3GXAA 4PP0A 1GTKA 2VHAA 4N17A 1MXXA 5I57A 1N7XA 4QFNA 4BLAA 3T9UA 4IO4A 4GIZA 3RT6B 5AA2B 5KZTA 1P1UA 3LSLA 3TTRA 3CG1A 4N15A 2QS3A 1POTA 3E3KA 3IJXB 5L9MA 5ET5A 2X26A 4ELOA 3QAXA 2UVIA 4MLQA 3PD9A 3TCHA 3OXNA 4LN5A 5J16A 2OWSA 5CC2A 4G77A 4THIA 1MPCA 5IKBA 4YKIA 3ODBA 3PUXE 3CFXA 3L6GA 5HM4B 3MBPA 1B4ZA 1NV7A 3KBZA 3VVFA 2X7PA 2OWZA 3U92A 1IIWA 2Y7KA 4NF6A 4LUBA 5CMMA 1S50A 2DWAA 2Q9TA 3B6QA 3F11A 1TXFA 2GFEA 4QF9A 5A5XB 1LFIA 1N04A 5TP9A 1FPJA 3TCGA 4DE8A 5B7DA 3G3IA 4N81A 4PFRA 4DI4B 4KHZE 4ZE9A 4OVPA 4WEPA 5ITPA 2REJA 3H4ZA 4LZ7A 3K2DA 3V8XB 3Q28A 2HZKA 1Y3NA 1I6QA 1B5JA 2DE2A 4HCYA 1O63A 4JBZA 1NUZA 2CEYA 3DRIA 4GBWA 2V84A 4RK2A 2I58A 4IO6A 5EYHA 2PCRA 2QVVA 2A5SA 1II5A 2QS2A 1NV6A 2Z8EA 4MCOA 2NUVA 4Q5TA 2R8TA 4TLLB 4PF6A 5I56A 3ZSFA 2ZZXA 5DYHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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