5F1QA

Crystal structure of periplasmic dipeptide transport protein from yersinia pestis
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
KTLVYCSEGSPEGFNPQLFTSGTTYDASSVPIYNRLVEFKIGTTEIEPSLAERWEVSEDGKTYTFYLRKGVKWQDNKDFKPTRDFNADDVIYSFMRQKDDKNPYHKVSGGSYEYFQGMGMGDLITNVVKVDDNTVRFELTRPESPFLADLAMDFASILSAEYADNMLKAGTPEKVDLNPIGTGPFQLQQYQKDSRILYKAFPGFWGTKPKIDRLVFSITPDASVRYAKLQKNECQIMPYPNPADIARMKEDKTINLMEQPGLNVGYLSFNIEKKPLDNLKVRQALTMAVNKDAIIDAVYQGAGQAAKNLIPPTMWGYNDDVKDYAYDPAKAKELLKEAGLPDGFSIDLWAMPVQRPYNPNARRMAEMIQSDWAKIGVKAKIVTYEWGEYLKRAKDGEHETVMMGWTGDNGDPDNFFATLFSCDAAKQGSNYSKWCYKPFEDLIQPARAEADHDKRVALYKQAQVVMNEQAPALIIAHSTVYEPVRKEVKGYVVDPLGKHHFDNVSLDAGENLY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Yersinia pestis
publication title Crystal Structure of Periplasmic Dipeptide Transport Protein from Yersinia pestis
rcsb
molecule keywords Periplasmic dipeptide transport protein
total genus 157
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5f1qA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5f1qA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5f1qA02
4H6DA 1LFHA 2OJTA 3FGSA 1B2HA 1FQAA 4KI0E 2HZKA 4C1UA 5CM6A 3TTLA 4QFKA 5I57B 2Z8EA 2XD2A 4F3PA 5HM4B 4NE4A 1WDNA 4QSDA 1POY1 4HTGA 5EYFA 3PUWE 4GWOA 4H5GA 1GVCA 1QUJA 1Y3PA 1XT8A 3H4ZA 3ILTB 5L9SA 4F39A 3SERA 4RK9A 3MBPA 1VSOA 3RGYA 3N6TA 2V93A 3OMBA 1SVXB 4ZEIA 1MPBA 3PAMA 1BP5A 4GF8A 2UVIA 1JW5A 1SD3A 1JW1A 5I84A 4Q8RA 4F3SA 1IXIA 2PT2A 1PBPA 1UTHA 4G68C 3K1NA 4TOZA 2XXVA 4ESXA 5FHNA 1B4HA 2UXAA 2P2AA 5J1DA 5M2VA 3Q29A 3K4UA 3PMWA 3K02A 1Q35A 3MVWA 1R6ZA 4QRZA 3DRJA 3TQLA 4ZE8A 4IB2A 1MQDA 3PGFA 1B5IA 3I3VA 4OEVA 4F1VA 4I9DA 4JWXA 1MXYA 2KLFA 1B5HA 3LSXA 5F1QA 1MY0A 2WOKA 5ITOA 3OO6A 3HHFA 4LONB 2H98A 2Z8FA 2RKMA 1ZJLA 1P1QA 2GRVA 3PUXE 3VVDA 3MP1A 2XX9A 5CMKA 3CR9A 1H3DA 1O63A 5TP9A 3SEUA 4C1TA 4HW8A 4OERA 2ONRA 4FIMA 3N94A 4FE8A 4YZZA 2A5SA 3QUFA 4PQJA 3TZAA 4RJZA 4ZEKA 3O29A 3DP4A 1MDP1 2ZYOA 3K1PA 1LFIA 5B70A 3UN6A 3IOTA 4H8IA 1NNTA 1FTKA 3KN3A 3PU5A 1N84A 1JW4A 1FTMA 3P7IA 3ECRA 2DWAA 4GD5A 2V25A 3CFLA 2B3FA 4ZEFA 5AA4A 3G3GA 3DRGA 3Q25A 5KDTA 2NVUB 4ZECA 3SDFA 1Y9UA 5I2KA 4G4PA 4PP0A 3H6VA 4O3CA 2W7YA 2XXQA 1TFDA 2ZYNA 4YKIA 2F97A 2PYYA 1MH3A 4OFLA 5ICTA 3EHUA 3JV9A 2OCUA 4H67A 4PETA 4G8HA 4G2ZA 3V8XB 4OTEA 2Y84A 3M3KA 3W15C 5I56A 2QJEA 4RNSA 3K6VA 2QL3A 4JWOA 5CMMA 1Y1MA 1A99A 4U21A 2HQ0A 4DXBA 3TTMA 1Y4TA 4OEUA 1ANFA 4GOTA 3VFJA 1OQGA 1B40A 2X7PA 1B4ZA 2DWHA 3DRIA 3TELA 3FJMA 1DTGA 2E1SA 3FIRA 2AIXA 4HCWA 4EF2A 3PUZE 5H8FB 3USDA 4YKPA 2ZNUA 1D9VA 1EZOA 5ITPA 4F19A 3ZS6A 2Y7KA 2B4MA 2DP8A 1AMFA 2H5YA 2F8DA 1J1NA 5EHMA 1IUDA 1XC1A 1QKAA 4NF8B 4U23A 1H45A 4WXJA 3SESA 3W9WA 3TCFA 5H8QA 5TPAA 4POWA 1LGBC 4IY5A 3RPWA 1URGA 4GXAA 3MAMA 4FEBA 5JTYB 3MPLA 2Y7IA 4BDRA 2R6GE 4KYEA 4NF5B 2VD3A 2QRYA 2F34A 4KQPA 3G7WA 5AA2B 3PD8A 2OBGA 3TAJA 4EDPA 3RLFE 1LB9A 4RYAA 4LP2B 3TODA 3MJNA 2V3QA 2NWJA 5IKBA 4U1ZA 1IXGA 1OMPA 5LOMA 3SEWA 1IITA 1MY2A 1QUIA 2Q2CA 2ANJA 2PBWA 1A40A 3K6XA 4OVJA 1O64A 2RC9A 1Z7NE 1MM7A 3DLNA 3HV1A 4NF4B 2NOOA 4XXUA 2GHAA 1JVXA 1B32A 1AH5A 4P0GA 3IK6B 1MM6A 1FTLA 3V89B 4IO4A 1N0TA 1D3KA 4PFUA 2O84X 5H8NB 3EQ1A 3N6UA 1ELJA 3FVOA 2XD3A 2O51A 2WOLA 4YAHX 2XXUA 1QW0A 3DRHA 3KFMA 3CIJA 4Q0CA 3A3CA 4Z7EA 5IAIA 1ZLQA 3R26A 4YB5A 4G8MA 1N7WA 1FTOA 5I2NA 4LQ5A 1PC3A 1D4NA 3G3JA 4AQ4A 4R75A 3LSWA 3ZKKA 1Y20A 1Z7ME 4POXA 2A5TA 4FORA 4AB6A 2G29A 4F2OA 2P0SA 2DE3A 3UP9A 1SI0A 3FXUA 3EHSA 3BBRA 5H8HB 4I8CA 4O3BA 2IEEA 1NH8A 4TLMB 1IQ7A 3IB1A 1MQIA 3MW0A 1P99A 3O6HA 2Q9TA 3OO8A 1SW2A 2ZNSA 4QSCA 4QFPA 3BFTA 3IOVA 1NL5A 1UTBA 4RY1A 2DVZA 3PPRA 1R9QA 4UA8A 1NKXA 5KCJB 3QK6A 1DTZA 2QS1A 4IO6A 4EUOA 3RY3A 4RXLA 4F3BA 2V84A 3G3HA 4OYVA 4IGTA 1UIVA 3DP6A 4OHNA 2I3WA 1N7XA 1EH3A 4NMYA 4NEDA 2H25A 4I1DA 2BJJX 4OFJA 1H43A 2UYEA 4IO7A 2VGQA 3KJTA 4FECA 2DQVA 3TEPA 4ZEDA 4OETA 2ZYMA 4ISUA 3LUYA 5L8DA 1MPCA 3SKPA 3T93B 3S4UA 3CSBA 4R6YA 4U1OA 3C33A 1LAFE 3LC8A 3TYHA 4UACA 4YICA 1N04A 2VP1A 3VLWA 4IO2A 1T0KA 4G68A 1XVYA 1IXCA 4M1VA 3FV1A 3L6GA 4YU0A 2FNCA 3HHGA 2F7CA 1H44A 5I58B 1MY4A 3LVUA 4XKNA 4FEDA 2HXWA 2H4IA 4DIGA 3TCHA 1LCTA 3KSJA 2Y7WA 1B7HA 1SYIA 2XXIA 3LSFB 4ZE9A 2O68A 1MXWA 4XKQA 4KCDA 3T66A 1D9YA 4NF6B 5L9OA 4F2QA 4IO3A 3E3KA 4DE8A 1N3XA 1I6BA 2GFEA 3EPEA 3T9XB 1B52A 3IB0A 1AOVA 1LAXA 2XXPA 1R1NA 4U2RA 4XKPA 2I48A 3G3KA 5I59B 4GFRA 4OZ9A 2XXWA 5CMCA 4X9TA 1B7UA 4XIGQ 1LBCA 3MPKA 4YB6A 3SETA 1LSTA 1URDA 1AL3A 2VOZA 4ND9A 3DM0A 1VFEA 4KYSA 3KJ7A 4OESA 3B6TA 3T9UA 5DEXB 4LZ7A 2I4CA 1FW0A 4NTLA 3DELB 2F36A 1BLFA 1TWYA 3FZVA 1ZU0A 4KPTA 5DVIA 3PMXA 4DCXA 3K00A 1S9TA 1A55A 4R9GA 4X1BA 3HSTA 2DSFA 1MH4A 1B3LA 4JXIA 3OOAA 4U4XA 2UVHA 3T96B 1WODA 4GL8A 1IZ1A 1PEBA 3C31A 5HPQA 3O97A 3M8UA 4WKMA 3R7XA 3TTNA 3C9HA 5FHOA 3FASA 1WVJA 4RPOA 5KZTA 3HN0A 3RTFB 2I3VA 3KN7A 4LVQA 1YAEA 4X48A 4GXSB 5A5XB 3OEMA 1ATGA 1B51A 3CG3A 1Y4CA 4LATA 4R74A 4MLQA 3UK4A 4P11A 1MG1A 4GRKA 4WEDA 2CZLA 3S2VA 1I6QA 2NUVA 2O7IA 3S9LC 3KOTA 1O7TA 3KBRA 4JSDA 1JQFA 4KR5A 1BIYA 2AL4A 3MUQA 3UGWA 1MQHA 3RN8A 5CC2A 4ZEBA 5L9MA 5DVJA 3FVKA 4QHQA 3KSXA 1JEUA 1HSLA 2QS4A 4KCCA 3FTOA 3D4CA 3N5LA 3IJOB 2F6GA 1B05A 3VDFA 3UA8A 2O6AA 4F29A 4JSOA 3S9EA 3EF7A 1TT1A 2XXXA 4DXUA 4N6PA 4EF1A 3TTKA 3HPIA 2Z23A 1B3EA 3IOWA 4WEPA 4IGRA 3GBBA 4GLIA 2ESNA 4R2FA 1S50A 3G3FA 2ALUA 1P1OA 3MQ9A 3CFXA 5CRYA 4ESWA 3GXAA 3VXBA 4K3FA 3GZGA 1FQFA 3H3GA 1VE4A 4R6KA 3U72A 4E0XA 3O66A 1URSA 3TKDA 4BDMA 1B0LA 4U22A 2ZYKA 4P0IA 4PFTA 2DS9A 1B3GA 1LAHE 3IO4A 4ELOA 1USYH 1FQDA 3O2AA 3KEIA 1PBQA 2H99A 3TFLA 2DE4A 3RUMA 1FQCA 3OO7A 5DT6A 1MQJA 3RNNA 4OMBA 2ABHA 1EU8A 3OSRA 4QFLA 1OVTA 2FYIA 4QFNA 1NNKA 1PDAA 4H1XA 3THIA 3EN3A 1R9LA 1EZPA 4AB5A 2DXRA 1NNPA 1TXFA 2F35A 1A54A 3H6WA 2THIA 1SDXA 4EQ7A 1RYOA 3R6UA 4GVOA 4N13A 5H8FA 1DOTA 2HFBA 1B58A 3Q27A 4EQ9A 1NH7A 3LBSA 4YMBA 3SEVA 2V3UA 3D4GA 4GQOA 1DPEA 2DE2A 1B1HA 4FATA 2I49A 4BLAA 4N07A 3RT6B 5JEIA 3MVYA 1PB9A 3CRBA 4X1DA 1CE2A 4U4SA 3PPOA 4NF8A 1LFGA 1UTBB 5AA1A 1FQBA 2D3IA 2UYFA 2HAVA 4C0RA 4F1UA 2CMOA 3MZBA 4QSEA 3OELA 3RQTA 2UVGA 2QMXA 5JK4A 4F31B 3SEXA 4BDLA 5AA2D 1MXZA 5JTYA 3K6UA 4JDFA 1QJMA 2QPQA 5ELVA 3KGCA 4NF5A 3KZGA 4F22A 2I4BA 3OEKA 1FQEA 3LSLA 2NXOA 2DWIA 3TMGA 1US4A 1GV8A 4DZ1A 1LCFA 3MP8A 3IR1A 4R73A 3PD9A 1JNFA 5BUUA 2G93A 1SYHA 4F3GA 3CI8A 4H8JA 3C36A 1Y3QA 2B65A 3PUVE 1US5A 4R6HA 2F78A 4KHZE 1MS7A 5B7DA 1EZ9A 1UTHB 2GHBA 2Q8JA 1TFAA 3V83A 2LAOA 3FV2A 2ZNTA 1RKMA 4R72A 3OXNA 4NF4A 5H8SA 1UIUA 3PPNA 4PFYA 3C4MA 1A8FA 4YKKA 3Q28A 1QUKA 4H0WA 4MH5A 5EHSA 3RT8A 3O9PA 5H8NA 4DCYA 3PPPA 5ICQA 3K0VA 1B6HA 4ELPA 1N3WA 4OXVA 5CMBA 2HEUA 2E0SA 3CG1A 2Q88A 2YLNA 1UQWA 1MQGA 1A7LA 2QS2A 3BKIB 2AL5A 1LBBA 3A3UA 1QVSA 1BTJA 1SW1A 1OLCA 2DXYA 2P1SA 5ISUA 1M5EA 3B6QA 2REJA 1QULA 2Q89A 3AXFA 4PE5B 5TP9B 2M8CA 3S9NC 4ZDMA 3N26A 2ZMBA 2WKYA 3O6GA 3QSLA 4ELQA 5F7VA 2XX7A 5H8HA 3GBAA 4ECFA 1MXXA 2D5WA 1M5BA 3DP8A 4KYDA 3QIMA 1GGGA 3FD3A 3V5AA 1MPDA 3CHGA 4DDDA 4IO5A 3UIFA 4DXCA 1ZMGA 3W9VA 1Q1KA 4Z0IA 5AA4B 3CSGA 1B1XA 1PB7A 2XXTA 5KDTB 3FVNA 3IOUA 3CVGA 5I2KB 3DRFA 1MY1A 1DSNA 2YPNA 3H06B 3FVGA 3A09A 3TTRA 4KD5A 3O28A 5KCJA 3H7MA 4BDNA 4ZS9A 2UVJA 4NWDA 4EXKA 4M4GA 5I57A 2DYXA 3B7DA 3RYAA 2RCBA 5I56B 4RA1A 3TUSA 5TU0A 3IX1A 4Q5TA 2XXHA 4LZ5A 1N76A 1CB6A 1FTJA 3RYBA 2QMWA 3FXRA 3SEYA 2Z8DA 1HSJA 2B4LA 4Q30B 2RF1A 2X7QA 2XHDA 2OK2A 1ZKBA 3HCQA 1HSEA 4YMAA 2GH9A 1NNFA 4E0WA 3PMVA 3EHTA 1BKAA 4NWCA 5CBSA 2DOJA 1Y1ZA 1ZBMA 1LLSA 3L6HA 3U92A 2O69A 1IXHA 1SI1A 2VHAA 3IORA 4GIZA 4TLLB 3O6IA 5DVFA 4ZZAA 3GLBA 3K6WA 4FAJA 2O1MA 1OIBA 4F1YA 4KFQA 4PFWA 1F9BA 2DWJA 5I58A 3T22A 1POTA 2PX1A 5FHMA 1FCKA 1SBPA 1II5A 5H8QB 5TPAB 4JWYA 3H03A 4YKJA 2PT1A 2O1LA 1PB8A 3VLUA 5BWJA 2HAUA 2QSXA 1P1NA 3OO9A 3FUZA 1AIVA 2XX8A 3FJ7A 5AA3A 1SQYA 4NF6A 1OLAA 1LAGE 3S9MC 3JYRA 1B7ZA 2HCAA 3VVFA 3DRKA 1B5JA 4G8NA 1JVYA 3CFZA 3MC2A 1XHYA 3MZ1A 5I59A 3WAEA 2ZXTA 4OQOA 3IB2A 3OENA 3TDJA 3ZKLA 5AE4A 4OWDA 4G77A 4MF3A 4HCYA 3B6WA 4ZZEA 3TPAA 3IJXB 3T9HB 3KG2A 1XVXA 2PMSA 2RC7A 1SW5A 1ZIUA 4MBPA 5DEXA 3T9VA 4MFIA 4LQ2A 3H6TA 4RK2A 1IEJA 1KWHA 4OENA 3QYTA 4DLDA 3I6VA 2Z22A 4FJPA 3M3LA 2D21A 4BDQA 3VE1B 1YTVA 5K2XA 1RYXA 4LA9A 3IL1B 3TQWA 1QKBA 3FJGA 3U1OA 4ELRA 1L5TA 4TQUQ 1I6AA 2XXYA 1M5FA 5HBCA 2OZZA 3E4RA 4THIA 2XXRA 5A5XA 1XS5A 2I0BA 1OVBA 3VLVA 5I2NB 3MP6A 3PV0E 3ODBA 3JZJA 1YPNA 1A8EA 1B9JA 3FXQA 2O7UA 3H6UA 1MDQA 3MVZA 2Y7RA 2YJPA 3G3IA 5CBRA 5DTBA 1MRPA 1NMUA 1XOCA 4YB7A 3U8QA 2A5TB 4F18A 3K1MA 2FA7A 2Q2AA 2I6EA 3Q26A 2HZLA 3U94A 3C35A 4HS7A 4LUBA 1MY3A 4XKRA 1H76A 2H9BA 2VD2A 2RC8A 4ONYA 1DMBA 4QF9A 1MXUA 2REGA 3OSQA 3RTWB 2DVCA 3HO7A 5FTHA 4I62A 1GR2A 1P1UA 4H65A 2PVUA 3I5OA 1JETA 2R9JA 3IAZA 3MVXA 4O3AA 1MXVA 3ZSFA 3MZ9A 4XTCQ 2ONSA 1OQHA 1JEVA 3KOSA 3VV5A 2I58A 3F11A 4GL0A 1S7YA 2ONKE 2R71A 3UORA 4R9FA 1I69A 1ZTYA 1NFTA 3PUYE 2OLBA 2OWSA 1VFDA 1YCJA 4LZ8A 3VVEA 4RPNA 4JB7A 3C34A 4BDOA 4R2BA 1USYE 2AYSA 4EQBA 1M5CA 2F7BA 1B3HA 3OD7A 3O6PA 5AA2A 2B3BA 3E9XA 3IO6A 3PPQA 1GTKA 4EXLA 4QFOA 1LB8A 2RCAA 3BFUA 1M5DA 1Y3NA 2QS3A 2F5XA 3MWBA 3M3FA 4L17A 3ILUB 1B3FA 3ONMA 4H5FA 2V3TA 2OWTA 3K01A 3C32A 3E13X 4G68B 2F7AA 3VXCA 1P1WA 4JBZA 2IA4A 1B0HA 1VR5A 2I0CA 3QAXA 2F6PA 4OFOA 1IIWA 4MLVA 2X26A 4IY6A 5FTIA 2WOPA 1SW4A 3U93A 2Y7PA 3WAFA 3QUJA 1B46A 5DYHA 3FATA 2RINA 3KN8A 5K2YA 1DPPA 5CI5A 3QXMA 3LR1A 3K2DA 3TCGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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