5F1XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with atp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
382
structure length
380
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 117
structure length 380
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f1xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f1xA04
2PBDA 3DXKB 2ASPA 4JD2A 1MWMA 3UKRA 3L4IA 2QM1A 2P9KB 3C7NB 3EL2A 3QB0A 2P9PA 4FWKA 5AZJA 3WXKA 2E8AA 2HF3A 4XH4A 4BG9A 4AM7A 2ZGYA 1NWKA 5AQNA 2ASOA 1ZC6A 5KPTA 4WQ4C 5JICA 2YCHA 4FSVA 3AARA 1HX1A 4MLEA 3MCPA 3CJBA 4EAHD 1GLAG 1WOQA 2H3GX 2A3ZA 4ISEA 4M7YA 1QQNA 2NRHA 3CQYA 2FSNA 3A8YA 5F2RA 3R8EA 4CBUA 1HPMA 3FZMA 2Q0RA 4EIAA 3DXMA 3LDOA 5I9EB 1NM1A 1CZAN 1NGEA 1DGKN 5E84A 4FWPA 1E4FT 3L6QA 3RSEB 3UE5A 4H0YB 3H1VX 1NGBA 5AQUA 3CETA 1NGHA 1Y64A 1YUWA 3M1FA 3OHRA 3VESA 4CBXA 3W0LA 1HLUA 5AQSA 5BPLA 2P9NA 3MDQA 3AY9A 4YDUA 3G25A 3HTVA 5EOYA 2GWKA 5BN9A 5AZIB 2ZGZA 2E88A 1GLCG 3VGKA 4CZMA 4E1JA 3SK3A 4CJ7A 3D7EO 2AA4A 5AQYA 1TYQB 4FWRA 5AR0A 3UB5A 4CBWA 4H5RA 1J6ZA 3F9MA 4Y0WA 2GTDA 4BRKA 4XH1A 3WXIA 1BA0A 1QQOA 3EO3A 1S3XA 4FOEA 2P9PB 4JN4A 1ATNA 5ADXA 2P9SA 5AZJB 1NBWA 2QWOA 3J8AA 5LY3A 3WEEB 5AQKA 2QWNA 4WQ4A 1C0FA 1HKGA 2GEMA 1X3NA 1GLLO 4H5TA 1BUPA 2YI1A 2I7PA 2E2NA 2W41A 3L0QA 5BR9A 3O5BA 2Q0UA 3M3ZA 3R6MA 4H0TB 3O80A 3ZETB 3A5OC 1U2VB 5AQJA 3FZFA 5AQRA 2YHXA 1Z6RA 4A2BA 4K41A 2YHWA 2HF4A 3H1QA 4EHUA 4RTFD 3O8MA 3TPQA 5FPMA 2FF3B 4MO4A 4C23A 5AQFA 4IXCA 2QWMA 4QS7A 3JS6A 4FWSA 1NGDA 1SAZA 2VYPA 3MMVA 4NO7A 3D2FA 2WUSA 3QMLA 1JCFA 2V7YA 4JHDA 3I8BA 2EWSA 2BTFA 4FWQA 2FF6A 5KQDA 2V52B 4H0OA 3HBTA 3HM8A 5FPNA 3BP8A 3ZX3A 2E2PA 2D1KA 5FPEA 3A5LC 4O5FA 2Q36A 4IJNA 1BWFO 1R59O 3IDHA 3JXUA 2CH5A 3D2EA 4EHTA 4B1XB 5CE3A 5BRHA 2P9SB 3O08A 4BRCA 5AQXA 2ZWHA 3QBXA 4FWLA 2W40A 1NMDA 2HMPA 4B1ZA 2A40A 1BDGA 3AAPA 4H0VB 2P9LA 1NGCA 5AFUH 4H0PA 1WUAA 4CZHA 1GLFO 5AQOA 1T6CA 4M63C 5TKYA 4CZJA 3H6EA 1HUXA 3VOVA 2ZF5O 3BF1A 4IZ9A 2ASMA 3U9ZA 3CI5A 2P9IB 3KVGA 3VF2A 3ZEUA 4BR4A 2KHOA 4BR0A 5LJVA 1DEJA 2A41A 4A62A 4IO8A 3ULEA 3GBTA 2J4RA 3QICA 4B1WB 3LDNA 3IUCA 3QFUA 4K42A 5FPDA 1ESVA 2ITMA 3MN6A 1T44A 3MN7A 4FWNA 1QHAA 2E1YA 4PL7A 4B1UB 4BR9A 1HKCA 1BA1A 1BG3A 1K8KB 3GG4A 2E20A 5F0XA 3HZ6A 4AM6A 3VEVA 3CJCA 4CI6A 4BRAA 3ATUA 4BVPA 2A5XA 3UKUB 3ZX0A 2IVPA 5AQHA 1EQYA 4JD2B 4CZGA 3UKRB 4BGBA 5LJWA 4BQZA 2BUPA 3LM2A 3LDLA 3EKSA 3QFPA 1GLBG 3FE1A 3M6GA 2Q2RA 3MN9A 3KHYA 3CHWA 5BREA 2A42A 4CZFA 1GLJO 2NLXA 2VWBA 1NGGA 1MDUB 3H3OB 3DXKA 3VETA 4BRNA 3ENOA 4M7XA 2IIRA 3LDQA 1ATRA 2P9KA 3C7NA 4BRLA 3U9DA 2D0OA 1BU6O 4J8FA 1SQKA 2CH6A 2GELA 2AP1A 3HI0A 1NGFA 2V51B 4H03B 3VEYA 3CERA 4FL9A 1KAYA 2QWLA 3LL3A 4H5VA 4WQ5A 3DXMB 3QBWA 4XEIA 3SJHA 5AFUA 3DWLA 1Z05A 1V4SA 4WYBA 1DKGD 3QDKA 1HKBA 4HWIA 3A5NC 4FWOA 2D0PA 2F9TA 4B9QA 1HJOA 4K25A 2I7NA 4BR5A 1YXQA 2HOEA 3FLCO 2P9NB 3VENA 1XUPO 5BN8A 2CGKA 3IFRA 3O1BA 5E26A 3R9PA 5EX5A 3FZLA 3KZBA 4HTLA 4NB4A 4H5NA 3WQUA 1TUYA 4CD3A 2GUPA 3RSEA 5AQQA 1YAGA 1H1VA 4BRQA 5JMVA 4MLHA 4O8KA 1TUUA 2F9WA 3BEXA 3H45C 5AQVA 4F9OA 1G99A 3GE1A 1LOTB 1C0GA 4I6MA 3SMSA 3P4IA 5KQ8A 3FGUA 1TYQA 5ELZA 4B1YB 1ATSA 3WXJA 3CQXA 4IWVA 1BOTO 4BGAA 2YHYA 1QQMA 2GWJA 2A6AA 2YJFA 3U4LA 4XH5A 4BC2A 4DB3A 5AQLA 3DAWA 4MO5A 2CGLA 3VPZA 4CZLA 1MWKA 5AQZA 3H3NO 3WEEA 4WQ5C 2Q1NA 4CZEA 5BRDA 3I33A 2CGJA 3VEWA 5AQWA 3CJ7A 1NLVA 3EN9A 1SZ2A 4A2AA 3TU5A 3DJCA 3FR0A 3W3DA 1ZBSA 4H0XB 4FOIA 2D4WA 1GLEG 5BRFA 1QZ5A 3C0BA 3CJ1A 3IMXA 2PAVA 3EKUA 4BRPA 1RFQA 4ISGA 1NGAA 4CZKA 4PKGA 3ZETA 1U2VA 4BRHA 3ATVA 3WXLA 3VEOA 3D2FB 2QWPA 1KXPA 3CIPA 4JHDB 2P9UA 4FPBA 1Q18A 2IVOA 5JLFA 4RCHA 2QXLA 3S41A 1NGIA 3GDQA 3ENHA 3EZWA 4PL8A 3HSCA 4FPAA 3LM9A 4BC4A 1S22A 5JLHA 2VCPA 4DCHA 3B8AX 3D2EB 3MN5A 2QW9A 5F1XA 2YJEA 3BUZB 1T6DA 2Q97A 4H5WA 4EFHA 4QS9A 4BRDA 5AQGA 1XC3A 4L3QA 4I6MB 1E4GT 4JAXA 3WUHA 5EXWA 4GY2B 4Z94A 2FLOA 5KPZA 2QWRA 3FZHA 3VEXA 2P9LB 2NZTA 4FO0A 4PKHA 4LC9B 4GNIA 3O4WA 4JNEA 4PKIA 3CJAA 5BPMA 1GLDG 3SLCA 2OANA 4BROA 4BR7A 1QZ6A 3GL1A 1ZXOA 2V7ZA 2IVNA 2FSJA 3VF4A 2Q31A 1JCEA 3AAQA 5AQMA 3MK6A 5AQIA 3LDPA 5AQTA 1KAZA 4DHYA 3ZEUB 3GOIA 1IG8A 1U6ZA 4BRIA 1RGIA 2E1ZA 1IJJA 3O1WA 4FWMA 2UYTA 3ID8A 3ULEB 4BC3A 2QWQA 1MA9B 2E2OA 5AQPA 4RWTA 1NGJA 4KBOA 4BRMA 1D4XA 1OKJA 4BR2A 4ISFA 3VGLA 3BF3A 2FSKA 3ZX2A 5B8HA 1P8ZA 3SMPA 4CD1A 5KPRA 2P9IA 5EVZA 4BQLA 3A0IX 1YVNA 3VF6A 2FXUA 3VEZA 2P9UB 3VERA 2E2QA 3FZKA 4QS8A 3A5MC 4K43A 4A61A 5EY4A 4CZIA 3WT0A 3CJ9A 1X3MA 4B1VA 4YDUC 5BPNA 1K8KA 4BRGA 1BO5O 4DQ8A 3H46O 4BC5A 1V4TA 1XQSC 4BRFA 4BREA 5AZIA 1LCUA 4BG8A 1RDWX 3U8XA 1KAXA 4BVOA 5ADXH 4IJAA 3FFKB 3UKUA 3WQTA 1JCGA 3VGMA 2DPNA 1X9JA 3O6WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E41A 4FLVA 4FJMA 3SJJA 3UKRA 3C7NB 1K8BA 3C6TA 3HPOA 2D56A 4OLAA 2P9PA 3SBTA 1NK4A 1I2UA 5AZJA 3KD5E 3WXKA 4XH4A 4KB0A 3VTHA 2ZQBA 2ZGYA 5AQNA 1ZC6A 5KPTA 3AV9A 3HP9A 4FSVA 5KTQA 1N34K 3U3YA 1VQ4N 4NCAA 1NRBA 3LPTA 4N76A 1CHZA 4HUEA 3HPGA 4ISEA 4IFVA 4BE7B 2KGQA 3T3FA 1K9MO 2ZE2A 5HRSA 3A2FA 3FZMA 2Q0RA 4LSLA 1S1TA 4EIAA 4ELUA 1LWCA 1BRZA 1NM1A 4F3TA 4OPKA 3KLEA 1MR4A 5FRMA 1DGKN 5E84A 1EXQA 2OPRA 3UE5A 4H0YB 4EZ9A 5AQUA 4BE2A 3M1FA 3VESA 4HUFA 1JXEA 3ZSZA 4E89A 4ZHRA 3SNNA 4YDUA 2KW4A 3J7YP 4V1DC 3VGKA 4E1JA 3CCUN 1KSPA 1CXUA 3CMEN 4IG0A 4Y0WA 4M3YA 1T03A 1JLBA 2ZJQL 3PO4A 3PSFA 2O8DB 4FOEA 4NXMK 3V1OA 1B3CA 3QIOA 3J8AA 3WEEB 3V1QA 5AQKA 5JVGL 2YNHA 1UAXA 4WQ4A 4B9MA 1ITGA 2UXDK 5I42A 4NYNA 4EP5A 1E3MA 3DLHA 5DM6L 3MEGA 1GLLO 3PIOL 4CEEA 2YI1A 3L2UA 1AYJA 3THYA 2W41A 4FJXA 3M3ZA 4H0TB 1WSIA 4KHQA 4EZ6A 1U2VB 3ZSVA 5CYQA 4JI5K 3N4QA 5AQJA 1RTHA 4CGIA 4CGJA 4DSKA 1U48A 1Z6RA 3DOLA 3VQ5A 3J7ZO 5J2QA 3DMJA 3SAGA 4CF0A 4IXCA 4QS7A 4RW7A 5HRPA 2F8TA 3NDKA 4JHDA 2GUIA 4CCHA 2BTFA 3L3UA 3LP3A 4FWQA 4Y1DA 4H0OA 4YOWA 5C0YA 5FPNA 2UUBK 2E2PA 2D1KA 3ZSQA 5C2FA 4Q0BA 4O5FA 2Q36A 4IJNA 5C12A 1BWFO 1R59O 3IDHA 2QTDA 1DLOA 3L8BA 5TKWA 2M8BB 2P9SB 3OW2M 2BRZA 4J2AA 1KD1O 4FWLA 1XMQK 2Z1HA 1RBUA 3CW4A 4IO9L 2G8KA 3AAPA 2B4JA 3CCMN 2P9LA 2YKMA 4JYAK 4H0PA 4LY7A 4Z4CA 3I56N 3NAEA 3THXB 4OX9K 3Q7BA 4CZHA 3F2KA 1T6CA 4M63C 2DFFA 4CZJA 2XHBA 3H6EA 1JLEA 4PWDA 1HUXA 4CECA 3NF9A 2VG5A 3VOVA 1F21A 2N2QA 4IZ9A 1HNVA 1HNZK 2ASMA 3U9ZA 3K57A 4CK2A 1HQUA 2P9IB 4BR4A 2BGGA 2KHOA 3OYNA 1Q86O 3C95A 1XI1A 4A62A 2A1SA 4IO8A 1W2BM 3J80O 4DS5A 4LF8K 5JS1A 1POIA 1D9DA 2N69A 2NRXA 1N6QA 4GV3A 5FPDA 1TV6A 1YF5L 3MN6A 3KKSA 4FWNA 3J81O 1NK9A 3HZ6A 3V9UA 3KOZA 3CJCA 3G4SN 4QOZB 2X78A 3U3GA 3ZT3A 2HHHK 4JKEA 3EE9A 5K14A 1TAQA 3ZX0A 4JEPA 3OS2A 4JD2B 1EQYA 4CZGA 4DFJA 5CYMA 4KHPK 4X64K 4Y1CA 3LDLA 1QE1A 1ZFUA 1U04A 3M6GA 4JI3K 4NXNK 4CZFA 2N2RA 1HYZA 2YC1C 1L3SA 4JI0K 2NLXA 1NGGA 3WNHA 4FLTA 2BE2A 4BRNA 3ENOA 4M7XA 4LH4A 1ATRA 1QS4A 3C7NA 3AVFA 3U9DA 2HHWA 5C24A 4KI4A 2YEOA 4AHVA 3K9JA 2CH6A 3CERA 1SKRA 2UXCK 2QWLA 4H5VA 3ZSYA 3SJHA 2GMOA 5LMUK 1B9DA 3QDKA 3VQ8A 2QA4N 4X66K 1HKBA 1BIZA 4NLCA 4BWMA 3MWTA 3KK3A 2GV9A 1D8YA 2F9TA 4K25A 1BQNA 3P1GA 2FC0A 3HPHA 1VSJA 1N33K 1KLMA 4C1NK 2HOEA 4JI6K 1N8RO 5C10A 4BE1A 4DTSA 2WTUA 1XUPO 4QAGA 3TTFA 3E01A 4AHSA 2FBYA 4DTMA 1IKVA 4KH5A 3KOWA 1TUYA 3WQUA 1SN1A 1H1VA 3KLFA 1VSDA 1LW0A 4FVMA 3OYMA 4O8KA 1TUUA 3VMFB 3OYCA 4A57A 3BEXA 4KB1A 5AQVA 4F9OA 2W00A 3KK7A 4GVMA 4ICLA 4J2DA 1C0GA 4I6MA 1HYSA 1YHQN 4AB0A 3HRGA 3O4QA 4CW7B 4CK3A 4BECA 2A6AA 4BC2A 4DB3A 1XMOK 4JK8A 4MO5A 3AO3A 3DLKA 2QKKA 2O8DA 1TI5A 1IKWA 3VPZA 3ZCMA 4CZLA 3OYFA 3KLHA 1S72N 1ZBHA 4NCGA 3H3NO 3NVMA 3WEEA 4B08A 4WQ5C 4PHTX 3HM9A 4CZEA 5C42A 3I33A 3S9HA 3CJ7A 1CZ9A 3NGZA 1SZ2A 4IG3A 3TWHA 3PSIA 2F4VK 2KJAA 5BRFA 1RBVA 1WSHA 4FCYA 2FBXA 1K6YA 4JI2K 1OH6A 1NKBA 4KRFA 4B3SK 3J7AP 1S1VA 4ISGA 4BDPA 4O55A 4CZKA 2YBRC 4RW6A 1U2VA 1FKPA 3VEOA 5SWMA 1KXPA 5JLFA 2IVOA 3O3GA 3GDQA 4KH6A 1J53A 1J54A 3HSCA 5KI6A 4JRQA 2VCPA 4CEBA 4O8UA 4LF5K 3JAMO 3L2WA 3R2VA 2YIOA 2FBVA 3AVIA 3ULDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5E41 A;  4FLV A;  4FJM A;  3SJJ A;  3UKR A;  3C7N B;  1K8B A;  3C6T A;  3HPO A;  2D56 A;  4OLA A;  2P9P A;  3SBT A;  1NK4 A;  1I2U A;  5AZJ A;  3KD5 E;  3WXK A;  4XH4 A;  4KB0 A;  3VTH A;  2ZQB A;  2ZGY A;  5AQN A;  1ZC6 A;  5KPT A;  3AV9 A;  3HP9 A;  4FSV A;  5KTQ A;  1N34 K;  3U3Y A;  1VQ4 N;  4NCA A;  1NRB A;  3LPT A;  4N76 A;  1CHZ A;  4HUE A;  3HPG A;  4ISE A;  4IFV A;  4BE7 B;  2KGQ A;  3T3F A;  1K9M O;  2ZE2 A;  5HRS A;  3A2F A;  3FZM A;  2Q0R A;  4LSL A;  1S1T A;  4EIA A;  4ELU A;  1LWC A;  1BRZ A;  1NM1 A;  4F3T A;  4OPK A;  3KLE A;  1MR4 A;  5FRM A;  1DGK N;  5E84 A;  1EXQ A;  2OPR A;  3UE5 A;  4H0Y B;  4EZ9 A;  5AQU A;  4BE2 A;  3M1F A;  3VES A;  4HUF A;  1JXE A;  3ZSZ A;  4E89 A;  4ZHR A;  3SNN A;  4YDU A;  2KW4 A;  3J7Y P;  4V1D C;  3VGK A;  4E1J A;  3CCU N;  1KSP A;  1CXU A;  3CME N;  4IG0 A;  4Y0W A;  4M3Y A;  1T03 A;  1JLB A;  2ZJQ L;  3PO4 A;  3PSF A;  2O8D B;  4FOE A;  4NXM K;  3V1O A;  1B3C A;  3QIO A;  3J8A A;  3WEE B;  3V1Q A;  5AQK A;  5JVG L;  2YNH A;  1UAX A;  4WQ4 A; 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