5F1XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with atp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
382
structure length
380
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 117
structure length 380
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f1xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f1xA04
5AQKA 2PBDA 2Q0UA 1TUUA 2AA4A 2P9SB 3ZX0A 5TKYA 4XEIA 5FPNA 5FPDA 3EKUA 3HZ6A 2P9NA 4JN4A 4H0YB 2DPNA 1NGGA 1BA0A 3QBXA 4BR0A 3MN6A 1YAGA 3FLCO 2VCPA 4AM6A 2FSKA 3EKSA 3D2EA 3KHYA 3EN9A 4MO5A 1ATNA 4AM7A 3LDPA 2KHOA 3M6GA 4YDUA 3FZKA 1ATRA 1C0GA 2YJEA 3FR0A 3FGUA 3WQTA 2Q1NA 2QM1A 5AQYA 3J8AA 4BC5A 1NGIA 2GWKA 4Z94A 3CJ9A 1HJOA 2V7ZA 2P9SA 3H1VX 1C0FA 1MA9B 2QXLA 1BWFO 3O08A 5B8HA 4J8FA 1RDWX 2NZTA 4DCHA 1GLLO 1D4XA 4CD1A 4BR7A 5AQUA 3FFKB 1DKGD 2ASPA 3HTVA 3CERA 1QZ6A 3U4LA 4B1UB 4MO4A 2E2OA 2F9TA 4IJNA 2E2NA 1QZ5A 1WOQA 4CZEA 4BRQA 3OHRA 3O5BA 4FL9A 2ASMA 2GELA 3VGKA 4EAHD 5FPEA 4ISFA 5LJWA 1EQYA 3RSEB 1OKJA 4DB3A 4PL7A 1H1VA 4M63C 5E26A 4FWPA 1MDUB 5AQMA 5I9EB 3I33A 2D0PA 3CHWA 3SMSA 3BEXA 4FPBA 4K25A 3O1BA 3MN7A 3D2FA 1NGBA 3IUCA 2VWBA 4BRDA 1MWMA 2D0OA 4H0OA 5KQ8A 3CJBA 2P9LB 2V52B 1NGJA 4B1ZA 4FPAA 1CZAN 4CBUA 5KPZA 4BRMA 2E88A 5LY3A 3LM2A 4CZLA 5KPTA 4B9QA 2ZGZA 3GOIA 2A3ZA 1GLDG 4B1WB 1K8KB 2IVNA 2YCHA 3RSEA 1KXPA 3EL2A 2YJFA 2BTFA 3WXJA 4C23A 3CETA 4WQ5C 4F9OA 2J4RA 2Q36A 3SMPA 2H3GX 1DEJA 1TYQB 2A5XA 1T6CA 4MLEA 2WUSA 5F1XA 3B8AX 2W40A 3S41A 2QWOA 3JXUA 3WQUA 3EO3A 2GEMA 3FZMA 2P9LA 3LDLA 5F0XA 1BU6O 3HI0A 1YXQA 1NGHA 4H5NA 1Q18A 4FWRA 4H5RA 4FOIA 1GLFO 3CQXA 3FZFA 4FWNA 4JNEA 4BRFA 5AQZA 3ATUA 5ADXH 3U8XA 2GWJA 1BUPA 2NRHA 3DAWA 4QS9A 3WUHA 3H6EA 4CZFA 2ITMA 5AQNA 4CD3A 3CJ1A 4PKGA 1TYQA 3ZX3A 3A8YA 5EVZA 1G99A 3CJCA 5AQHA 3FZHA 1U2VB 1QHAA 1R59O 3QFUA 4B1XB 4FWLA 2QW9A 3VPZA 5AQQA 2D1KA 3DJCA 5AQVA 2OANA 1MWKA 4WQ4A 3GDQA 3L4IA 2CH5A 4CZGA 2Q97A 3L0QA 1IG8A 4CZKA 1YVNA 1WUAA 1NWKA 4E1JA 4BC2A 2QWNA 1RFQA 4I6MA 3H1QA 3M3ZA 1BDGA 3I8BA 2BUPA 1GLBG 2I7NA 4FWQA 4CBWA 1NBWA 1E4FT 1KAXA 4A62A 3WXIA 5BREA 3QMLA 4BR9A 1Z6RA 5BRDA 2P9KB 4FOEA 1ZBSA 2YI1A 4H0VB 3QBWA 3SJHA 5JICA 2FXUA 1X9JA 5AQGA 3ZEUB 3VETA 5BPLA 3WEEB 4K42A 2QWRA 4H03B 4IWVA 1NMDA 1U6ZA 3O1WA 3ZETB 4BC4A 4K43A 3G25A 1XQSC 1ATSA 3BP8A 3W3DA 3U9DA 3BF1A 2IVPA 5BPNA 4MLHA 3SLCA 4CZJA 3R8EA 3VF2A 2IVOA 3CQYA 1S3XA 3VEWA 5BR9A 4IO8A 1HKCA 1SAZA 3MK6A 4GNIA 4WYBA 1HUXA 4A2BA 2E20A 5E84A 1S22A 4XH4A 2W41A 4BROA 4BRPA 2E2PA 3GG4A 1T44A 2V7YA 4RCHA 4ISGA 1V4SA 2Q31A 1DGKN 4BR5A 4O5FA 4EIAA 4H0TB 1E4GT 2QWMA 2E1YA 4CJ7A 3WEEA 5AR0A 3BF3A 2E8AA 3MN5A 2F9WA 2YHWA 3LM9A 4BRGA 2FF6A 4BRKA 3ZETA 5EY4A 2FSNA 3H3OB 3W0LA 2ZWHA 4PL8A 3UE5A 4JHDB 3MMVA 2HF3A 3VGMA 1ESVA 3LL3A 2A42A 3ENHA 3O6WA 2P9UB 1J6ZA 3R9PA 3C0BA 5AQSA 2GTDA 3ID8A 5AQTA 4BR4A 2YHXA 2V51B 4BRCA 4H5TA 4DQ8A 4JD2B 3L6QA 1SZ2A 3F9MA 2AP1A 1IJJA 1X3MA 2P9IB 4GY2B 5AQOA 5AQRA 5FPMA 1QQNA 4A2AA 3VF4A 3D7EO 3FE1A 3VEVA 4FSVA 3SK3A 1K8KA 4JHDA 4BR2A 3GL1A 2QWLA 4BRIA 2P9NB 4WQ5A 3KVGA 4XH1A 2P9UA 1LOTB 5F2RA 2YHYA 3LDOA 3R6MA 4BVPA 2GUPA 4H0PA 2D4WA 4FWMA 2CGKA 5AZIB 5KPRA 4XH5A 4BGAA 3MCPA 2P9PB 4BVOA 4JD2A 3D2EB 2ZGYA 3EZWA 4CZHA 3H46O 4YDUC 5AQFA 1KAYA 1HKGA 4RTFD 4M7YA 1HLUA 4H0XB 4CBXA 4HTLA 1NM1A 3IFRA 2CGJA 3A5MC 1TUYA 5EX5A 5JLFA 3HBTA 2VYPA 5AFUA 5AQJA 1GLJO 4BG9A 3GE1A 4DHYA 3H3NO 3DXMB 5KQDA 2A40A 4BQZA 3QB0A 4ISEA 3WXKA 5JLHA 1NGCA 3ENOA 4BRAA 1HPMA 4LC9B 3O8MA 3QICA 4BC3A 1Z05A 5AFUH 5EOYA 5AZIA 2QWPA 2FSJA 4B1VA 1U2VA 1ZXOA 2P9PA 4NO7A 2ZF5O 5AQIA 4K41A 2ASOA 4EFHA 3LDNA 3IMXA 4H5WA 2FLOA 3WT0A 3BUZB 2IIRA 5JMVA 4L3QA 4Y0WA 3VENA 4CI6A 3VOVA 2HF4A 5AZJB 4FWSA 4IJAA 3CIPA 3M1FA 4NB4A 1LCUA 3H45C 4BG8A 1QQOA 4RWTA 3TU5A 1KAZA 2NLXA 3DXMA 3LDQA 3D2FB 3UKUB 2Q2RA 1P8ZA 4FWOA 3VEYA 4B1YB 3FZLA 5BRFA 3QFPA 3WXLA 1HX1A 2P9KA 3VEXA 4BRLA 1NGDA 3A5NC 3HSCA 2E2QA 4QS7A 2UYTA 2E1ZA 3TPQA 1NGFA 1QQMA 1JCEA 3VEOA 4QS8A 1NLVA 3AARA 3ZEUA 1GLEG 1NGEA 3ULEB 1JCFA 1V4TA 2I7PA 4BRNA 3C7NB 3VF6A 5AZJA 2PAVA 3JS6A 1XC3A 3VEZA 5AQLA 4EHUA 3MDQA 1XUPO 1ZC6A 4M7XA 2Q0RA 1GLCG 1Y64A 1GLAG 4IZ9A 4A61A 5BPMA 2A6AA 3CJAA 3VGLA 3CI5A 5AQXA 3UKUA 3P4IA 3A5LC 5BN9A 3UKRB 5AQWA 3VESA 1BOTO 3CJ7A 3AY9A 1T6DA 4IXCA 3KZBA 3DXKB 3GBTA 4CZMA 5LJVA 3VERA 5EXWA 3ULEA 4JAXA 4FWKA 4KBOA 4EHTA 3C7NA 2CH6A 3A0IX 4O8KA 4FO0A 3ATVA 5ELZA 1HKBA 5BN8A 2EWSA 5BRHA 3QDKA 3MN9A 3UB5A 5AQPA 2CGLA 3IDHA 1YUWA 2FF3B 3A5OC 4BQLA 2HOEA 3AAQA 1BA1A 4PKHA 2A41A 3UKRA 1BO5O 1RGIA 3HM8A 4CZIA 5CE3A 2HMPA 4BREA 1JCGA 5ADXA 1X3NA 4BRHA 1SQKA 4WQ4C 3O4WA 3ZX2A 3DXKA 2QWQA 4HWIA 3O80A 4H5VA 3DWLA 4I6MB 2P9IA 1BG3A 3AAPA 4PKIA 3U9ZA 1NGAA 4BGBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGFA 2AA4A 2LY5A 2NRXA 2P9SB 3HPGA 5TKYA 2LJMA 1HJRA 3EKUA 3HZ6A 1LWCA 1ASUA 4ELUA 3NAEA 4EP4A 4BR0A 2E4LA 3MN6A 1WMTA 1OH5A 3KK1A 1YAGA 1AYJA 2D0CA 3V81A 3OYJA 3BDPA 4FJLA 4CFCA 4KPYA 4KFBA 2B4JA 3V9WA 3EKSA 3OYEA 4FCYA 1J5OA 4AM7A 1RDCA 3QESA 2ITGA 3M6GA 2G8VA 3FZKA 4DSEA 3FGUA 4OPJA 1TV6A 2Q1NA 4KB1A 3TAFA 1ASWA 3J8AA 1KVAA 3CCMN 5FRMA 1HJOA 3CF5L 2N66A 3AO3A 1S9GA 4NXMK 3H1VX 1WT7A 3MCAB 2LSNA 3LPTA 3S9HA 1VSMA 3OYIA 4DCHA 4CD1A 4KHQA 3CERA 2IOCA 4DQQA 4DV2K 3NH2A 1SL1A 1IH7A 4CJPA 4JI0K 4CGGA 2DFEA 4PWDA 1OZZA 4CZEA 4CQKA 1KTQA 3VGKA 4CGJA 5FPEA 4PY5A 1OKJA 4GMJB 2HVIA 5E26A 4FWPA 1ZYQA 4C8KA 4O5BA 3SUNA 3NVKA 4UY8O 4FJ5A 3CHWA 3SMSA 1WBBA 3MN7A 3D2FA 1JKHA 1ASVA 2D0OA 3CD6N 3U3GA 4FVUA 3HP6A 3BY5A 1OH8A 3CJBA 1Z26A 2V52B 3AGKA 1NGJA 4B1ZA 4FPAA 2VWJA 3CFRA 1CZAN 4B3MK 1C1CA 1I94K 4ZTJA 1HNWK 5GIOA 2OTLN 4CEBA 4FW2A 2ZGZA 2AJQA 2A3ZA 4HCBA 1O13A 1GLDG 2QI2A 5C42A 1K8KB 5FLXO 4DF4A 3CYGA 4F9OA 3AVLA 4ID5A 3SMPA 1DEJA 4NXNK 4DU4A 1NG9A 2M8BB 4R79A 3PY8A 4F3OA 5E41A 2UXCK 3E1YA 3JXUA 1L5UA 3EO3A 1JXCA 2P9LA 2RPIA 4HHFA 1JLFA 1SL0A 4H5NA 1Q18A 4B9UA 1T3VA 4FOIA 1GLFO 3FZFA 1EXQA 1KCFA 4FWNA 4Y1DA 3TTFA 4JNEA 1JXBA 1TKDA 4DR5K 1NJYA 4CEAA 1BQNA 5ADXH 4PA1A 3NCIA 2E6LA 3WUHA 4BY9C 1WAJA 5AQNA 1RBSA 1TYQA 4CEFA 3MEDA 1G99A 3NVMA 4KH6A 4M45A 1I3AA 1T03A 1ZBFA 4FWLA 1WSGA 4DTPA 1U4BA 1SN1A 2D1KA 3DJCA 2VY6A 2ZJRL 4WQ4A 3SPZA 1YI2N 1A5WA 3LP1A 3KHWA 3NFAA 4RW6A 4AHUA 4BECA 2QWNA 3AVNA 4I6MA 1R0AA 1WAFA 3H1QA 3M3ZA 2QXFA 2BUPA 1S5JA 4J2DA 2WFBA 4FJJA 4FK4A 1CLQA 5HRNA 4X66K 3SF4D 3WXIA 1VQ8N 1BIZA 2ZD1A 1MYNA 1E3MA 1W9HA 2JLEA 5BRDA 3K5LA 1NKCA 2ATQA 3P38A 1U48A 4RG8A 4DR3K 2YNFA 3P31A 3ZSVA 3L56A 4IEIA 4GV3A 1EWQA 4K42A 2QWRA 4W5TA 4NYNA 3O9SA 5C15A 4B9SA 1U6ZA 3THXB 3ZETB 4K43A 3CCRN 3G10A 3BP8A 2GMOA 1NH5A 5BPNA 3AVBA 3K5OA 3DYAA 3QLHA 3VF2A 1S3XA 3VEWA 3DOLA 4C1NI 4IO8A 4JKDA 3KK2A 4DTSA 5HOOA 4WYBA 4A2BA 4CHPA 2QKKA 5E84A 3NDKA 1J9AA 1RILA 1SL2A 3RMDA 2Q31A 1QVFM 3OW2M 2ATBA 1JJ2M 1K9MO 3SUPA 2E1YA 1VQPN 4CJWA 2FF6A 4AHVA 3CFOA 5EY4A 2HB5A 4DG1A 4DR7K 2KTQA 1K8AO 1TGOA 4YY3K 3OYGA 1XI1A 3DLRA 3SPYA 1RBUA 3M8PA 3ENHA 4CHQA 1T7EA 3AVIA 3O6WA 3QIPA 3PO4A 4MDAA 3C0BA 3AA4A 5J2MA 3EE9A 4CHYA 3HRGA 3L6QA 1SZ2A 3SQ2A 3G0ZA 1EETA 3CC7N 4IG0A 1I39A 4W5OA 3V9UA 1WNSA 3MEEA 5AQOA 2DFHA 4C8OA 1VQLN 2WONA 2HHVA 3HXMA 4HHTA 4KTZA 3O4NA 4H0PA 3NGZA 3R2VA 5KPRA 4BGAA 4M41A 3RR7A 3ZT2A 1C56A 2P9PB 1LV5A 2X74A 2ZGYA 2VQFK 5J2PA 4BE1A 1WSEA 1SUQA 5AQFA 2IC3A 1ZUTA 3QO9A 1DQ7A 1LAVA 1HKGA 1QQCA 4RTFD 4M7YA 2KZMA 5GADP 4FJMA 1ILYA 3VQ4A 3TAGA 3MECA 4NLCA 1SEGA 5AFUA 2VYPA 3VA0A 4CJUA 1A5XA 5KQDA 1FKPA 2WC9A 3E9OA 3QB0A 4ISEA 4RW9A 4BDPA 1TK8A 1SNBA 3NGIA 4KI4A 5AFUH 2ZJQL 4Z4EA 4AHSA 1I2UA 3TSUA 2FLOA 4HVJA 1RDDA 3OVNA 4EZ6A 1IKXA 3VOVA 3VQCA 4GV9A 2E6MA 2HF4A 4CEZA 1SN4A 4A5BA 5FROA 3M1FA 1ZYVA 3HOSA 5HL7L 1OMYA 2K35A 1KAZA 2PY5A 1VNBA 3D2FB 2NRVA 4KREA 4HUGA 4QAGA 4B1YB 1VSKA 1KVBA 3CPWM 3WXLA 1RBRA 4NCGA 3TAQA 3VEXA 3WXMB 4BRLA 4KI6A 1RT1A 4CGHA 5T7BA 1S1XA 3VEOA 3ZEUA 2JGUA 3ULEB 1JCFA 1C0TA 1V4TA 4YFUA 2I7PA 3P39A 3ASMA 1EX4A 1M90O 4M7XA 3MDQA 1LAWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CGF A;  2AA4 A;  2LY5 A;  2NRX A;  2P9S B;  3HPG A;  5TKY A;  2LJM A;  1HJR A;  3EKU A;  3HZ6 A;  1LWC A;  1ASU A;  4ELU A;  3NAE A;  4EP4 A;  4BR0 A;  2E4L A;  3MN6 A;  1WMT A;  1OH5 A;  3KK1 A;  1YAG A;  1AYJ A;  2D0C A;  3V81 A;  3OYJ A;  3BDP A;  4FJL A;  4CFC A;  4KPY A;  4KFB A;  2B4J A;  3V9W A;  3EKS A;  3OYE A;  4FCY A;  1J5O A;  4AM7 A;  1RDC A;  3QES A;  2ITG A;  3M6G A;  2G8V A;  3FZK A;  4DSE A;  3FGU A;  4OPJ A;  1TV6 A;  2Q1N A;  4KB1 A;  3TAF A;  1ASW A;  3J8A A;  1KVA A;  3CCM N;  5FRM A;  1HJO A;  3CF5 L;  2N66 A;  3AO3 A;  1S9G A;  4NXM K;  3H1V X;  1WT7 A;  3MCA B;  2LSN A;  3LPT A;  3S9H A;  1VSM A;  3OYI A;  4DCH A;  4CD1 A;  4KHQ A;  3CER A;  2IOC A;  4DQQ A;  4DV2 K;  3NH2 A;  1SL1 A;  1IH7 A;  4CJP A;  4JI0 K;  4CGG A;  2DFE A;  4PWD A;  1OZZ A;  4CZE A;  4CQK A;  1KTQ A;  3VGK A;  4CGJ A;  5FPE A;  4PY5 A;  1OKJ A;  4GMJ B;  2HVI A;  5E26 A;  4FWP A;  1ZYQ A;  4C8K A;  4O5B A;  3SUN A;  3NVK A;  4UY8 O;  4FJ5 A;  3CHW A;  3SMS A;  1WBB A;  3MN7 A;  3D2F A;  1JKH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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