5F1XA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with atp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
382
structure length
380
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Probing the ATP Site of GRP78 with Nucleotide Triphosphate Analogs.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 117
structure length 380
sequence length 382
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-11-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 5f1xA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5f1xA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5f1xA04
3FZKA 2QM1A 1IJJA 1KAXA 2E2OA 3HBTA 3GL1A 3VGLA 5AQRA 2QWPA 1HJOA 1T6CA 4B1UB 2E2QA 2GWKA 4BGBA 2Q2RA 5BPLA 2FSKA 3MN6A 3EZWA 2P9SA 1CZAN 3WXKA 4BRQA 3WXIA 1MA9B 2D0OA 2WUSA 4BQZA 1Y64A 4PL8A 3CJ9A 4FWSA 1NGHA 4IO8A 3WXJA 4O8KA 3VF2A 4CZJA 4EAHD 4B1VA 4B1WB 4NO7A 2PBDA 3C0BA 3VEZA 2Q31A 4H5VA 5BPNA 3C7NA 3I8BA 3LDNA 2IIRA 3FZHA 1SZ2A 2IVPA 4BRMA 4B1XB 4F9OA 5AQPA 2I7PA 1QHAA 5ELZA 1JCFA 3ZX0A 3KVGA 3EO3A 4BRAA 1NGJA 1X3MA 2QWNA 4IJNA 1XQSC 3CQXA 4FWQA 2FF3B 1QZ5A 4XH4A 3TPQA 1HUXA 3UKRA 1NMDA 4FPAA 4HTLA 3UKUB 4BC2A 2A6AA 4DB3A 5KPRA 2HF3A 5BPMA 4HWIA 1E4FT 2UYTA 3OHRA 3U9DA 2F9WA 3O6WA 4LC9B 5TKYA 5AQMA 2A3ZA 4DCHA 5FPDA 1BG3A 3CETA 1TYQB 3LM9A 3U9ZA 4XEIA 4JD2B 3GDQA 3ZEUA 5CE3A 3VGKA 2V7ZA 3H1VX 5AQJA 4BROA 4BR2A 1X9JA 4I6MB 3RSEB 5ADXA 1MDUB 1KAYA 2VWBA 1U6ZA 3JXUA 2E1ZA 5AZIB 3VEOA 3FE1A 4E1JA 4Z94A 2FSNA 4MO4A 1D4XA 2QW9A 1WUAA 2VYPA 1K8KA 4JNEA 5AZIA 5EX5A 2P9IB 5AR0A 3QBXA 2E20A 3WT0A 4FL9A 4RCHA 3WUHA 4DQ8A 2A42A 4BRGA 3QB0A 4QS9A 3D2EA 3L0QA 1BA1A 2GUPA 2W41A 3MN7A 3R8EA 1GLLO 2FLOA 4H0OA 2Q0UA 4FWNA 4JD2A 4L3QA 4CI6A 3SJHA 4RWTA 5AQZA 2P9KB 2P9LB 5I9EB 2A5XA 3JS6A 4RTFD 1DKGD 1LOTB 1Q18A 2ZF5O 4BC5A 4BRIA 2P9IA 2ASPA 2BTFA 3IMXA 4BGAA 4BR4A 1YXQA 4BRHA 4K42A 1NBWA 5BRHA 2IVNA 1K8KB 3CQYA 2A41A 3AARA 4YDUC 3FZLA 1H1VA 2GELA 5BRFA 4EHTA 2D0PA 3W3DA 2V52B 3MCPA 3UKRB 3ZX2A 2D4WA 3ENHA 1U2VA 1SAZA 3MN5A 5JLHA 4H5NA 2YJFA 4CJ7A 4I6MA 3RSEA 5E84A 5BREA 3WEEA 5AQFA 4BR7A 4KBOA 3FGUA 4H5TA 3MMVA 3HSCA 3UB5A 2P9UB 3A5OC 1HLUA 4J8FA 2YJEA 3QMLA 4CD3A 1QQNA 3FZFA 4M63C 3QDKA 5BN9A 1MWKA 5AZJA 2E2NA 5AQGA 4PL7A 2E8AA 1TUYA 4A2AA 2QWOA 3CJAA 5AQWA 2ZGYA 4BG8A 4FSVA 4EHUA 4CZFA 1HX1A 4XH1A 5AQHA 1JCEA 3MDQA 1C0FA 1BO5O 3AAQA 1ATSA 4FWMA 3O8MA 5EVZA 3H1QA 3DXKB 5KPZA 3O1WA 3DJCA 3H3OB 1P8ZA 2A40A 2E1YA 4CZLA 2GTDA 2HOEA 4CZGA 2QXLA 1R59O 3VENA 3O5BA 4K41A 3CHWA 1IG8A 3VEXA 4BRNA 3BF3A 5AQNA 2P9LA 3O08A 2P9KA 3QFUA 2PAVA 4FWKA 3QBWA 5AQKA 3D2FB 1ATNA 3BP8A 1GLDG 2NRHA 3D2FA 3WQUA 4XH5A 1TYQA 5LY3A 4AM6A 3M3ZA 3R9PA 1ESVA 1DGKN 1T6DA 5AFUH 4CZMA 4BR9A 3VERA 1GLJO 3VEVA 3MN9A 4CZIA 1J6ZA 2FF6A 5FPMA 4FWLA 3J8AA 2P9SB 1ATRA 1V4SA 3H3NO 1KXPA 5AQVA 1GLBG 4JAXA 3U4LA 4BVOA 2CGJA 1MWMA 3FLCO 4BR0A 4FPBA 4A62A 3HTVA 4CZKA 3ZX3A 5F2RA 5KQ8A 1NGDA 3M1FA 4CZEA 5E26A 3O4WA 5AZJB 1T44A 5AQLA 3C7NB 5AQYA 1NGBA 5JICA 3QICA 2EWSA 3VPZA 4K43A 1KAZA 1BU6O 3ZEUB 4FOEA 3EN9A 2YHYA 1NGAA 3IDHA 5KPTA 4B9QA 1GLEG 3ZETA 3GOIA 4M7YA 3CJ7A 4ISEA 3LDQA 3BF1A 3EL2A 2P9PA 1NWKA 1XC3A 3A5MC 4AM7A 4WYBA 4A61A 2KHOA 1QQMA 5AQQA 2W40A 3FZMA 5F0XA 3EKUA 4MLHA 4O5FA 3ATVA 3W0LA 4CD1A 3ATUA 5AQOA 3O80A 2OANA 4ISGA 4CZHA 2J4RA 1ZBSA 4WQ5C 4WQ4A 2QWRA 2Q1NA 5AQIA 1G99A 5JLFA 2E88A 4H0VB 3GG4A 3LDPA 4IXCA 2V7YA 3VEWA 3AAPA 2F9TA 1E4GT 3DXMB 3CIPA 3ID8A 1SQKA 4JHDA 2AP1A 4M7XA 2YCHA 4NB4A 3S41A 1NGCA 1S3XA 5B8HA 4H0PA 4BRDA 4EFHA 3O1BA 3ENOA 4BRFA 4H5WA 3UE5A 4DHYA 1NGIA 3BUZB 2CH5A 1QQOA 4K25A 3F9MA 2P9NA 4MO5A 4B1YB 1Z05A 3U8XA 1U2VB 4CBWA 4H5RA 3DXMA 5AQUA 2V51B 2D1KA 1YVNA 3SK3A 5LJWA 2FXUA 4H0YB 3LDLA 3VOVA 2ASMA 2ASOA 3KHYA 2Q97A 2YHXA 3R6MA 5BR9A 3WQTA 1ZXOA 2I7NA 1BOTO 3LDOA 4A2BA 2H3GX 4CBUA 4PKIA 4BREA 3D7EO 3L4IA 4FWOA 3MK6A 2Q36A 1BA0A 4IWVA 5EOYA 4C23A 4H0TB 4ISFA 2CH6A 5AFUA 2HMPA 3D2EB 2IVOA 3IUCA 1Z6RA 3DAWA 4IZ9A 2YI1A 3LM2A 2GEMA 3SMPA 1HKGA 3ZETB 3CJ1A 5BRDA 4BQLA 4BRKA 1S22A 1QZ6A 1WOQA 2QWLA 1C0GA 3EKSA 4BRPA 2AA4A 2E2PA 4IJAA 5FPEA 3UKUA 3L6QA 3ULEA 3TU5A 2CGLA 3QFPA 2BUPA 3BEXA 1RGIA 4QS7A 1BDGA 1NGGA 3IFRA 3VF4A 3VF6A 1HKCA 5BN8A 3ULEB 3WXLA 4BC3A 5AQXA 4GY2B 3SLCA 1ZC6A 2Q0RA 1X3NA 1NLVA 4H03B 2YHWA 5LJVA 1YAGA 3VETA 4H0XB 2QWMA 4BR5A 4WQ4C 4WQ5A 3A8YA 3HZ6A 3P4IA 3H46O 4BRLA 1HPMA 1JCGA 3CI5A 1RFQA 3I33A 3M6GA 5EXWA 4JHDB 1GLFO 1DEJA 1NGEA 4QS8A 5F1XA 5FPNA 1RDWX 1V4TA 1YUWA 2ZWHA 4Y0WA 3KZBA 1HKBA 3VESA 4MLEA 1TUUA 4PKGA 4PKHA 3G25A 1GLAG 3GE1A 3H6EA 3FFKB 3DXKA 3GBTA 1XUPO 1EQYA 4GNIA 2FSJA 2CGKA 1NM1A 3FR0A 5KQDA 2ITMA 2ZGZA 5AQSA 3HM8A 2DPNA 4BVPA 3H45C 3SMSA 3B8AX 4FO0A 2HF4A 2P9NB 4B1ZA 5ADXH 5EY4A 3CERA 1BWFO 1OKJA 4BRCA 2P9PB 3A5LC 5AQTA 2GWJA 3LL3A 4JN4A 3VGMA 3A5NC 4FWPA 1NGFA 3CJCA 4BG9A 3DWLA 2VCPA 2NZTA 4BC4A 1BUPA 1LCUA 2NLXA 4YDUA 3CJBA 2P9UA 4FOIA 4CBXA 3HI0A 4EIAA 4FWRA 3VEYA 3AY9A 2QWQA 3A0IX 3WEEB 5JMVA 1GLCG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GL1A 1TI5A 2HHIA 1WLJA 1LQQA 2E2OA 4CGJA 1ZYWA 4LF9K 4NCGA 4JS4A 4HUGA 3HBTA 1RTDA 5AQRA 2GV9A 2GWKA 5J1EA 1WSGA 1RDDA 3TAPA 2FSKA 3ZSZA 4ILHA 2P9SA 3WXKA 3O3GA 2JDQD 2WUSA 1BL3A 4A5BA 1Z25A 1LW0A 4DV6K 4DKWA 2DFFA 3THYA 4FWSA 4IO8A 3O9RA 5KGWA 4N41A 3OYLA 4I9QA 4C8KA 1ZVGA 4B1VA 4B1WB 1RBTA 2PBDA 3HOTA 2Q31A 4H5VA 3P39A 2KPYA 5BPNA 1BHLA 2I7PA 3ZX0A 5I42A 1N32K 4IJNA 3IG1A 4CEZA 4WE1A 1VQPN 4FWQA 3UKRA 1NMDA 4FPAA 3UKUB 1JJ2M 3NF6A 3AO1A 4CW7B 4YNQA 4MDAA 5KPRA 2HB5A 3TTFA 5BPMA 4HWIA 2UYTA 3NGIA 1VQNN 2E2FA 5TKYA 3VA0A 4DCHA 4DFPA 3P83D 1TYQB 4ZTJA 4JKEA 5FLXO 3ULDA 3G0ZA 5GIOA 3AVMA 3OYEA 1Z26A 3C6AA 4FXDA 4Q5VA 5CE3A 4CFDA 4E7LA 3LALA 4DV0K 5AQJA 1W9HA 4CEFA 2OTJN 2KZZA 4K8XA 3RSEB 1KAYA 2LN8A 1PTXA 3ZYYX 3VEOA 3IRXA 2FSNA 4IEIA 4ICLA 3PIPL 2QW9A 2QKKA 2WC9A 2W6LA 1K8KA 4JNEA 3P5JA 4M3TA 5EX5A 2IS3A 4CEDA 4CJEA 3V9XA 2XRIA 3O3HA 2YKNA 4CJTA 3WUHA 1SN1A 3L0QA 3R8EA 2KFZA 2KGQA 1HRHA 5CZ1A 5HBMA 5J2PA 3AO4A 2HHUA 1B9FA 3KD1E 4L3QA 5C15A 2RKIA 3VQDA 4CEEA 4CI6A 3VQ8A 2P9KB 4RWTA 2P9LB 2XHBA 1S72N 2NUBA 2ZF5O 4KB0A 2P9IA 3JSMA 2ASPA 1LWFA 3IMXA 2NRWA 4K42A 4WF9L 2IVNA 3TAGA 1HNZK 4KHYA 4YDUC 1T7EA 3FZLA 1H1VA 1JXCA 5BRFA 4EHTA 3W3DA 2V52B 3DRPA 1C1AA 4XIUA 3PSMA 3AA3A 3HO1A 1IKWA 1U2VA 3J7YP 1NH5A 2E0HA 4O8UA 1XHXA 3AV9A 3MX2A 3HK2A 4ID1A 2HVHA 1RNHA 3ZSRA 5HRPA 2XY7A 3HSCA 1EWRA 2XY8A 1C0TA 1OH5A 2YJEA 3HOSA 4DTNA 1QQNA 3CC4N 3G71N 4G9ZA 3NE6A 1KLNA 2LJ7A 5BN9A 1RTJA 1NG9A 4PL7A 1LV5A 3KK3A 1TUYA 2VG7A 4IBNA 2QA4N 3OYAA 3KOZA 5AQWA 4BG8A 5C10A 1YJWN 1NK8A 1JLBA 4XH1A 5AQHA 1JCEA 3F5TA 4FWMA 3O8MA 2XY5A 3H1QA 3DXKB 4F2RA 3O1WA 2KZMA 1P8ZA 2E1YA 2IDOA 1TKZA 4AAZA 3GKUA 1RDUA 1IH7A 1CN2A 2OTLN 3VENA 3O5BA 1LQIA 2ITGA 3CHWA 2C1GA 1VQ9N 4CJRA 2IGIA 3SQ0A 5AQNA 3QFUA 5HLFA 4YORA 1GLDG 1K8AO 4AM6A 3M3ZA 3R9PA 5FROA 1ESVA 3NGZA 4JRPA 3M5RA 1GOCA 1T6DA 4CZMA 3T1YK 4ZHRA 4HCBA 1GLJO 2GX9A 4CZIA 3KOXA 5FPMA 4FWLA 3TSQA 3L8BA 4FLYA 4JAXA 3VQ7A 3FLCO 4BR0A 4CZKA 3HTVA 4N5SA 1HNWK 4IEEA 1NGDA 1C1BA 3M1FA 1P90A 3OBWA 3P1GA 1MYNA 1NJWA 3WNGA 4HUFA 3IAYA 1RILA 4PUOA 3HVRA 3MEDA 4JLHA 1SEGA 1VSIA 1OVQA 1GOBA 5HL7L 1KAZA 2B68A 4JK8A 3EN9A 1RDBA 4DQIA 3TANA 1C6VA 1GLEG 3ZETA 3GOIA 1VQON 3NF8A 3LDQA 4DTPA 1HJRA 1FKPA 3QNOA 2RF2A 1FKOA 3O9UA 4AM7A 5KTQA 3V81A 5HRRA 4MQ3A 4WYBA 1FJGK 3PY8A 1BI4A 5M1QA 5AQQA 2W40A 4OKEA 5F0XA 3LAMA 3W0LA 4ELUA 4CD1A 3CCLN 2J4RA 4E1MA 2UUCK 4C8OA 1HNIA 2QWRA 4E19A 1G99A 4N56A 3E7RL 3AVAA 2E88A 4H0VB 3CCQN 3GG4A 2V7YA 1JLCA 3KWGA 2F9TA 4LF6K 4CGFA 4F3TA 3DXMB 2W42A 3I55N 2P51A 3ID8A 1QSYA 1SQKA 4JHDA 2AP1A 4M7XA 2G8HA 2UU9K 1NGCA 1ZFUA 1C0MA 5B8HA 4DU4A 4QAGA 4LH4A 4JRQA 4BRFA 3UIQA 4H5WA 4YOUA 1BIZA 4KTQA 4MO5A 3D0PA 1U2VB 1BCMA 4FJ7A 5CYQA 1T7PA 4ILGB 4C1NK 4OPHA 1KV0A 3OYIA 1UOCA 5GADP 3N4QA 4IKFA 4M3YA 1NOZA 2D1KA 3SK3A 5LJWA 3HP9A 1VQ6N 1L3TA 1CLQA 3KHYA 4GMJB 4CJWA 2F4VK 2E3FA 3S5TA 3QLHA 4B3RK 3WQTA 4DTXA 4PA1A 3PSIA 3D7EO 1WBBA 3L4IA 1M90O 3HPGA 2P5GA 1L3SA 4IWVA 4C23A 1SN4A 2CH6A 2UUAK 3VQ9A 4A57A 1O1WA 4AHRA 4IZ9A 1WAFA 2YI1A 3LM2A 5GIPA 3AO2A 1HKGA 4C8LA 3CJ1A 5M1PA 4HVJA 4BRKA 4JI7K 1IO2A 1WOQA 1HR0K 4DSKA 4PY5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2GL1 A;  1TI5 A;  2HHI A;  1WLJ A;  1LQQ A;  2E2O A;  4CGJ A;  1ZYW A;  4LF9 K;  4NCG A;  4JS4 A;  4HUG A;  3HBT A;  1RTD A;  5AQR A;  2GV9 A;  2GWK A;  5J1E A;  1WSG A;  1RDD A;  3TAP A;  2FSK A;  3ZSZ A;  4ILH A;  2P9S A;  3WXK A;  3O3G A;  2JDQ D;  2WUS A;  1BL3 A;  4A5B A;  1Z25 A;  1LW0 A;  4DV6 K;  4DKW A;  2DFF A;  3THY A;  4FWS A;  4IO8 A;  3O9R A;  5KGW A;  4N41 A;  3OYL A;  4I9Q A;  4C8K A;  1ZVG A;  4B1V A;  4B1W B;  1RBT A;  2PBD A;  3HOT A;  2Q31 A;  4H5V A;  3P39 A;  2KPY A;  5BPN A;  1BHL A;  2I7P A;  3ZX0 A;  5I42 A;  1N32 K;  4IJN A;  3IG1 A;  4CEZ A;  4WE1 A;  1VQP N;  4FWQ A;  3UKR A;  1NMD A;  4FPA A;  3UKU B;  1JJ2 M;  3NF6 A;  3AO1 A;  4CW7 B;  4YNQ A;  4MDA A;  5KPR A;  2HB5 A;  3TTF A;  5BPM A;  4HWI A;  2UYT A;  3NGI A;  1VQN N;  2E2F A;  5TKY A;  3VA0 A;  4DCH A;  4DFP A;  3P83 D;  1TYQ B;  4ZTJ A;  4JKE A;  5FLX O;  3ULD A;  3G0Z A;  5GIO A;  3AVM A;  3OYE A;  1Z26 A;  3C6A A;  4FXD A;  4Q5V A;  5CE3 A;  4CFD A;  4E7L A;  3LAL A;  4DV0 K;  5AQJ A;  1W9H A;  4CEF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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