5F2PA

Crystal structure of the brd9 bromodomain in complex with compound 3.
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSKERLLALKRSMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-Based Design of an in Vivo Active Selective BRD9 Inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords BRD9
total genus 41
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5f2pA00
4QR3A 4A9NA 3HMEA 3IU5A 5EP7A 3O33A 5D3HA 4TZ8A 5FB0A 4HXNA 4YYNA 4ZQLA 4A9LA 5HRWA 4IOQA 4A9JA 3U5KA 5EVAA 5TCMA 5EWDA 1WUGA 5DYCA 4HXLA 5L97A 2DATA 4ZC9A 4A9EA 3JVJA 4NR4A 4XUBA 5IGKA 5L98A 4PTBA 5FH6A 3ONIA 5AMFA 3LQHA 4C67A 4A9OA 4YYMA 3SVHA 3U5NA 3SVGA 5EPRA 4N4GA 5L8TA 4QSPA 4LYSA 5EICA 4LZRA 5I40A 3I3JA 5EA1A 5I1QA 5E9LA 4LRGA 5DY7A 4O74A 2I8NA 2KTBB 5CRMA 5E3DA 3LXJA 5EPBA 5CY9A 5A7CA 5AMEA 4NYXA 5EWWA 5CQTA 4YY4A 4LR6A 4AKNA 4QR5A 4O70A 4TQNA 5H85A 5CRZA 4O78A 4Z6IA 5BT4A 4TT2A 3G0LA 4NUCA 4MR6A 4QSWA 2R10A 4YYDA 4HXMA 5LJ1A 3MB4A 4O7BA 5IGLA 5DLXA 3P1DA 4LYIA 5C4QA 2YW5A 4WHUA 4YATA 3D7CA 4N4HA 5DKDA 4NUDA 3HMFA 5L8UA 5FG5A 3AADA 4Z1SA 4LDFA 5F61A 2YYNA 5HCLA 5HRXA 2RS9B 3GG3A 4PY6A 3UVWA 5K29A 4UIYA 4YYGA 4O71A 3UV2A 4MR4A 5FBXA 4Y03A 5II1A 4J0RA 4MR3A 4O7EA 5ETDA 4QB3A 5E9VA 2F6NA 4BHWA 5KHMA 4UYEA 4N3WA 4YC9A 5FE0A 5BT3A 5F5ZA 4DONA 4QNSA 4NRAA 5E74A 5CUEA 5LKXA 4NR6A 4QYLA 5BT5A 2DVRA 4YYJA 4QSVA 2YELA 5ENGA 3O37A 4YYKA 4QEUA 4QBMA 4XY8A 5C7NA 5KTWA 4Q0OA 4KV4A 5D3PA 5F1LA 5HQ6A 5IIDA 4C66A 5FE4A 5HENA 4A9HA 5I80A 5ENJA 1E6IA 4HBWA 5ENEA 4YBSA 4XYAA 3HMHA 2MJVB 4TYLA 3P1FA 3MQMA 2FSAA 2YEMA 5DBMA 2DWWA 2RO1A 5HELA 4HXOA 4YADA 3LQIA 5FH7A 1EQFA 3Q2FA 5CFWA 5CQ5A 5DX4A 4E96A 4KCXA 5H1UA 5LJ2A 4Z6HA 4NUEA 5CTLA 5DYXA 4O75A 5FE8A 4O7FA 4QSTA 4Q0NA 4QSXA 4ALGA 4CFLA 4UIVA 4O76A 2E7OA 3NXBA 5FB1A 5E73A 1WUMA 5I29A 4UYHA 5CQ8A 4CUUA 3FKMX 4NYVA 2GRCA 4HXPA 5D3NA 5DKCA 2RFJA 5CUBA 2DVQA 4BW3A 4YYHA 2R0SA 4QUTA 5EWHA 5EK9A 3LQJA 5E9IA 5D24A 4QR4A 3UVYA 2NXBA 4LC2A 5D0CA 5LKTA 5D26A 5ENHA 5EISA 4CURA 4HXRA 4A9IA 5CU8A 3MB3A 5EPSA 5KU3A 4NR5A 4N4IA 5COIA 4Z93A 3MUKA 4QUUA 4TS8A 4UIXA 5KO4A 4TZ2A 4KV1A 4HBYA 4UIUA 5HLSA 5DW1A 5CZGA 4A9KA 3O35A 3QZVA 4PCIA 3SVFA 4RVRA 5I83A 5FDZA 4YBTA 5FE1A 4YABA 2RNXA 5A82A 2D82A 5LVRA 4HBVA 1N72A 4NQMA 3Q2EA 4GPJA 2OO1A 4ZW1A 4MEQA 5LJ0A 5J0DA 4J3IA 5KTUA 2G4AA 4QSRA 3UVDA 3U5MA 4MEOA 5DYUA 4UIWA 5FE7A 5ENCA 5DYAA 5A5OA 5I86A 3P1EA 4QC1A 4WHWA 4J0SA 5F25A 5HQ7A 4IORA 4QEVA 5HQ5A 5FH8A 3AQAA 2N9GA 5HM0A 5EM3A 3JVKA 5CUAA 4J1PA 3UVXA 3RCWA 3IU6A 4N4FA 4XUAA 5EU1A 3S91A 4O7AA 5E9YA 4PKLA 5FFYA 2L85A 4YYIA 5CQ6A 2YDWA 4NR8A 4NR9A 5I89A 5HJCA 5DW2A 4QSUA 4HXSA 4NXJA 4TT6A 5A5SA 1ZS5A 3U5OA 4O77A 5CQAA 5F36A 3K2JA 4OGJA 4OUFA 2YEKA 2R0VA 2E3KA 4NS5A 5A5QA 4XY9A 2L5EA 5ENIA 4MR5A 3ZYUA 3DWYA 3MXFA 5I88A 5F1HA 4LZ2A 5L99A 5LVQA 4IOOA 5FG6A 4IR4A 5II2A 4YK0A 2DVSA 5CQ4A 4BW4A 4QY4A 3JVLA 3O36A 5FG4A 5AD2A 5D3JA 5FE9A 4TT4A 5EGUA 5IBNA 5IG6A 4CUQA 5F60A 4HXKA 4BJXA 5HFQA 5CQ7A 5D25A 1F68A 2E7NA 5LKZA 5FFWA 3G0JA 5E9MA 3QZTA 5D7XA 5G4SA 4O7CA 4QSSA 4BW2A 3P1CA 5D3TA 1JM4B 5F62A 5D3RA 5C89A 4TU6A 5CP5A 5EWVA 3U5LA 1JSPB 2D9EA 4QC3A 5LUUA 4O72A 5HEMA 5D3LA 3QZSA 4CUSA 5DFCA 5AD3A 2R0YA 5CUCA 4UYDA 4F3IA 3U5PA 4A9FA 4UYFB 2OSSA 3JVMA 2WP2A 4UITA 4LZSA 4ALHA 4CLBA 5IGMA 3UW9A 5DLZA 5C87A 4NYWA 5DKHA 5FE3A 5EQ1A 2I7KA 2LSPB 5IGNA 4CL9A 4MENA 4NRBA 4PCEA 5ETBA 2RNYA 4UYGA 5FFVA 4CFKA 4CUPA 5EWCA 4QYDA 4YY6A 4IR5A 4QEWA 1X0JA 5A81A 4WIVA 4YH3A 5A83A 5A85A 2L84A 5F2PA 5CUGA 2RI7A 5FE6A 5E3GA 5ACYA 3LJWA 5HRVA 5G4RA 5FE5A 5E0RA 4QZSA 5ENFA 4FLPA 4NRCA 4BW1A 3UV4A 4Z1QA 5A5RA 5C85A 5JWMA 5H1TA 4OGIA 2F6JA 5DFDA 5LKUA 4IR6A 4TU4A 4UIZA 2WP1A 5FE2A 4YAXA 3U5JA 4TTEA 4IR3A 5A5PA 4NQNA 3UV5A 5F63A 3P5OA 5F3AA 5H1VA 4QSQA 5C8GA 5EV9A 5DFBA 4NR7A 4X2IA 2RNWA 2DVVA 2DKWA 3DAIA 2H60A 3S92A 2OUOA 4LYWA 5CQ3A 4HBXA 5HFRA 4A9MA 5CGPA 5CS8A 3MULA 4MEPA 4YH4A 5L96A 5JI8A 5EI4A 3O34A 4YBMA 5CUDA 2YQDA 5E9KA 4CUTA 5E7DA 5A5NA 4UYFA 5I7YA 5ENBA 5I7XA 3TLPA 5CPEA 5D3SA 5KTXA 4PS5A 5TB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QR3A 4A9NA 3HMEA 3IU5A 5EP7A 3O33A 5D3HA 4TZ8A 5FB0A 3D1DA 4HXNA 4YYNA 4ZQLA 4A9LA 5HRWA 4IOQA 4A9JA 3U5KA 5EVAA 5TCMA 5EWDA 1WUGA 5DYCA 4HXLA 5L97A 2DATA 4ZC9A 4AKGA 4A9EA 3JVJA 4NR4A 4XUBA 5IGKA 5L98A 4PTBA 5FH6A 3ONIA 5AMFA 3LQHA 4C67A 4A9OA 4YYMA 3SVHA 3U5NA 3SVGA 5EPRA 4N4GA 5L8TA 4QSPA 4LYSA 5EICA 4LZRA 5I40A 3I3JA 5EA1A 5I1QA 5E9LA 4LRGA 5DY7A 4O74A 2I8NA 2KTBB 5CRMA 5E3DA 3LXJA 5EPBA 5CY9A 5A7CA 5AMEA 4NYXA 5EWWA 5CQTA 4YY4A 4LR6A 4AKNA 4QR5A 4O70A 4TQNA 5H85A 5CRZA 4O78A 4Z6IA 5BT4A 4TT2A 3G0LA 4NUCA 4MR6A 4QSWA 2R10A 4YYDA 4HXMA 5LJ1A 3MB4A 4O7BA 5IGLA 5DLXA 3P1DA 4LYIA 5C4QA 2YW5A 4WHUA 4YATA 3D7CA 4N4HA 5DKDA 4NUDA 3HMFA 5L8UA 5FG5A 3AADA 4Z1SA 4LDFA 5F61A 2YYNA 5HCLA 5HRXA 2RS9B 3GG3A 4PY6A 3UVWA 5K29A 4UIYA 4YYGA 4O71A 3UV2A 4MR4A 5FBXA 4Y03A 5II1A 4J0RA 4MR3A 4O7EA 5ETDA 4QB3A 5E9VA 2F6NA 4BHWA 5KHMA 4UYEA 4N3WA 4YC9A 5FE0A 5BT3A 5F5ZA 3VKGA 4DONA 4QNSA 4NRAA 5E74A 5CUEA 5LKXA 4NR6A 4QYLA 5BT5A 2DVRA 4YYJA 4AKHA 4QSVA 2YELA 5ENGA 3O37A 4YYKA 4QEUA 4QBMA 4XY8A 5C7NA 5KTWA 4Q0OA 4KV4A 5D3PA 5F1LA 5HQ6A 5IIDA 4C66A 5FE4A 5HENA 4A9HA 5I80A 5ENJA 1E6IA 4HBWA 5ENEA 4YBSA 4XYAA 3HMHA 2MJVB 4TYLA 3P1FA 4AKIA 3MQMA 2FSAA 2YEMA 5DBMA 2DWWA 2RO1A 5HELA 4HXOA 4YADA 3LQIA 5FH7A 1EQFA 3Q2FA 5CFWA 5CQ5A 5DX4A 4E96A 4KCXA 5H1UA 5LJ2A 4Z6HA 4NUEA 5CTLA 5DYXA 4O75A 5FE8A 4O7FA 4QSTA 4Q0NA 4QSXA 4ALGA 4CFLA 4UIVA 4O76A 2E7OA 3NXBA 5FB1A 5E73A 1WUMA 5I29A 4UYHA 4AI6A 5CQ8A 4CUUA 3FKMX 4NYVA 2GRCA 4HXPA 5D3NA 5DKCA 2RFJA 5CUBA 2DVQA 4BW3A 4YYHA 2R0SA 4QUTA 5EWHA 5EK9A 3LQJA 5E9IA 5D24A 4QR4A 3UVYA 2NXBA 4LC2A 5D0CA 5LKTA 5D26A 5ENHA 5EISA 4CURA 4HXRA 4A9IA 5CU8A 3MB3A 5EPSA 5KU3A 4NR5A 4N4IA 5COIA 4Z93A 3MUKA 4QUUA 4TS8A 4UIXA 5KO4A 4TZ2A 4KV1A 4HBYA 4UIUA 5HLSA 5DW1A 5CZGA 4A9KA 3O35A 3QZVA 4PCIA 3SVFA 4RVRA 5I83A 5FDZA 3D1BA 4YBTA 5FE1A 4YABA 2RNXA 5A82A 2D82A 5LVRA 4HBVA 1N72A 4NQMA 3Q2EA 4GPJA 2OO1A 4ZW1A 4MEQA 5LJ0A 5J0DA 4J3IA 5KTUA 2G4AA 4QSRA 3UVDA 3U5MA 4MEOA 5DYUA 4UIWA 5FE7A 5ENCA 5DYAA 5A5OA 5I86A 1PUOA 3P1EA 4QC1A 4WHWA 4J0SA 5F25A 5HQ7A 4IORA 4QEVA 5HQ5A 5FH8A 3AQAA 2N9GA 5HM0A 5EM3A 3JVKA 5CUAA 4J1PA 3UVXA 3RCWA 3IU6A 4N4FA 4XUAA 5EU1A 3S91A 4O7AA 5E9YA 4PKLA 5FFYA 2L85A 4YYIA 5CQ6A 2YDWA 4NR8A 4NR9A 5I89A 5HJCA 5DW2A 4QSUA 4HXSA 4NXJA 4TT6A 5A5SA 1ZS5A 3U5OA 4O77A 5CQAA 5F36A 3K2JA 4OGJA 4OUFA 2YEKA 2R0VA 2E3KA 4NS5A 5A5QA 4XY9A 2L5EA 5ENIA 4MR5A 3ZYUA 3DWYA 3MXFA 5I88A 5F1HA 4LZ2A 5L99A 5LVQA 4IOOA 5FG6A 4IR4A 5II2A 4YK0A 2DVSA 5CQ4A 4BW4A 4QY4A 3JVLA 3O36A 5FG4A 5AD2A 5D3JA 5FE9A 4TT4A 5EGUA 5IBNA 5IG6A 4CUQA 5F60A 4HXKA 4BJXA 5HFQA 5CQ7A 5D25A 1F68A 2E7NA 5LKZA 5FFWA 3G0JA 5E9MA 3QZTA 5D7XA 5G4SA 4O7CA 4QSSA 4BW2A 3P1CA 5D3TA 1JM4B 5F62A 5D3RA 5C89A 4TU6A 5CP5A 5EWVA 3U5LA 1JSPB 2D9EA 4QC3A 5LUUA 4O72A 5HEMA 5D3LA 3QZSA 4CUSA 5DFCA 5AD3A 2R0YA 5CUCA 4UYDA 4F3IA 3U5PA 4A9FA 4UYFB 2OSSA 3JVMA 2WP2A 4UITA 4LZSA 4ALHA 4CLBA 5IGMA 3UW9A 5DLZA 5C87A 4NYWA 5DKHA 5FE3A 5EQ1A 2I7KA 2LSPB 5IGNA 4CL9A 4MENA 4NRBA 4PCEA 5ETBA 2RNYA 4UYGA 5FFVA 4CFKA 4CUPA 5EWCA 4QYDA 4YY6A 4IR5A 4QEWA 1X0JA 5A81A 4WIVA 4YH3A 5A83A 5A85A 2L84A 5F2PA 5CUGA 2RI7A 5FE6A 5E3GA 5ACYA 3LJWA 5HRVA 5G4RA 5FE5A 5E0RA 4QZSA 5ENFA 4FLPA 4NRCA 4BW1A 3UV4A 4Z1QA 5A5RA 5C85A 5JWMA 5H1TA 4OGIA 2F6JA 5DFDA 3ERRA 4IR6A 5LKUA 4TU4A 4UIZA 2WP1A 5FE2A 4YAXA 3U5JA 4TTEA 4IR3A 5A5PA 4NQNA 3UV5A 5F63A 3VKHA 3P5OA 5F3AA 5H1VA 4QSQA 5C8GA 5EV9A 5DFBA 4NR7A 4X2IA 2RNWA 2DVVA 2DKWA 3DAIA 2H60A 1ZKRA 3S92A 2OUOA 4LYWA 5CQ3A 4HBXA 5HFRA 4A9MA 5CGPA 5CS8A 3MULA 4MEPA 4YH4A 5L96A 5JI8A 5EI4A 3O34A 4YBMA 5CUDA 2YQDA 5E9KA 4CUTA 5E7DA 5A5NA 4UYFA 5I7YA 2EJNA 5ENBA 5I7XA 3TLPA 5CPEA 5D3SA 5KTXA 4PS5A 5TB6A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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