5F2PA

Crystal structure of the brd9 bromodomain in complex with compound 3.
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSKERLLALKRSMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords BRD9
publication title Structure-Based Design of an in Vivo Active Selective BRD9 Inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5f2pA00
5I83A 4YY6A 3MUKA 4O74A 5DYAA 3DAIA 4YYJA 5FE6A 4NR8A 4CURA 2OO1A 5D7XA 2RO1A 5DBMA 5DKCA 4HXLA 5KTWA 5EWVA 3QZTA 4IR5A 5D3JA 4WHWA 2E7OA 4HXNA 3HMFA 5CQ8A 5EWDA 4HBXA 4IR6A 5TB6A 3JVLA 5EWCA 5FE8A 4NRAA 5EGUA 4O76A 5KO4A 3UVWA 5IGMA 5ETDA 4CFLA 1JM4B 5DLXA 4QUUA 4J0RA 2G4AA 4XUAA 5C87A 5H1UA 5EV9A 4IR3A 4CUPA 4NRBA 5F3AA 3LJWA 5ENGA 4YATA 4UYHA 4CLBA 2GRCA 5EPRA 5IIDA 5EPSA 4YY4A 5G4SA 5D3HA 3MB4A 4ALGA 5BT3A 4NUCA 4UIYA 4QY4A 4N4IA 3LQHA 3LXJA 4O7FA 5E9IA 5JI8A 5ENIA 5F25A 4HXKA 4Q0NA 4NR6A 5HCLA 4BW4A 4IOOA 5ENHA 2KTBB 4TU6A 5G4RA 3JVJA 4TT2A 5ENCA 3IU6A 2L5EA 4BW3A 5FB0A 4A9KA 4LZSA 4O7AA 4QEVA 4A9IA 5CUGA 4TQNA 4BJXA 4YBSA 5AMFA 4J1PA 4MR5A 4LDFA 5DYCA 5C4QA 5L96A 5CRMA 5D3NA 5CP5A 5E7DA 4XY9A 4Y03A 4IORA 3QZVA 3ZYUA 5HRWA 3IU5A 3AADA 1EQFA 4A9MA 5F60A 2RI7A 4QZSA 4CUSA 4BW1A 4YAXA 4TZ8A 4QYDA 3G0JA 4NR4A 4XY8A 5C8GA 3G0LA 4Z6HA 4AKNA 5HQ6A 5IG6A 3P1DA 5LJ0A 4NQMA 2DVQA 4O71A 3HMHA 4ZW1A 3I3JA 4HXOA 5IGLA 5LJ2A 4MR4A 5A81A 3Q2EA 5F61A 5E73A 4J3IA 5A7CA 4Z93A 5EQ1A 5ETBA 4A9HA 4KCXA 5E9YA 3U5KA 4YYMA 5LJ1A 4NYWA 5FB1A 4ZC9A 5H1VA 4A9LA 2F6JA 3JVKA 5L8TA 4N3WA 5HRVA 5E9MA 5FE1A 4F3IA 5D3TA 2DVVA 4O70A 4HBVA 4OUFA 5D3SA 2DVRA 5DYUA 4KV4A 5I88A 4BW2A 4QEUA 1WUGA 5I1QA 4NUEA 4TU4A 4YBMA 4LYWA 1JSPB 5FH6A 5EP7A 2F6NA 2R0YA 2RS9B 5DX4A 2H60A 3U5NA 4UIXA 4UYFB 4PCIA 4TYLA 5F63A 4CUQA 5CQ7A 4LR6A 4O7CA 4TTEA 2RNWA 5A5RA 5A5NA 5CS8A 5A5SA 4CFKA 5FG5A 3O36A 4HXMA 5ENBA 5HM0A 2LSPB 4A9OA 4IOQA 2MJVB 5AD2A 5FH7A 4QSSA 4A9FA 4CUUA 2YEMA 5CQAA 5FG4A 5FH8A 5C89A 5IGKA 4O72A 2DKWA 3K2JA 3S91A 1E6IA 4YK0A 3U5PA 5E9KA 5FE5A 1WUMA 4OGJA 4Z1SA 5II2A 5HLSA 4NUDA 4NR7A 4O75A 4QSRA 4QSVA 5FFVA 4YBTA 5CY9A 4HXRA 4PY6A 5DKDA 5CGPA 2FSAA 5FE4A 5TCMA 4QSWA 4IR4A 5DW1A 5CQ4A 5FE2A 5KTUA 5E3GA 5L97A 4MEOA 5D26A 4YYGA 5E0RA 2R0VA 3QZSA 5KHMA 5CUBA 3UV4A 5FE7A 5DFDA 4E96A 2YW5A 5F1HA 3RCWA 4WIVA 5ENFA 4MR3A 4YH3A 4N4GA 5H85A 4HXPA 5FBXA 5I80A 4QB3A 4CL9A 4YYKA 3U5JA 5BT5A 5CPEA 4YYHA 3P1FA 5LUUA 5HENA 5LKTA 5D3RA 4NR9A 5HQ7A 4N4FA 3UV2A 4A9NA 4J0SA 5AMEA 5A5OA 5A82A 2DATA 3U5OA 5FE0A 3ONIA 5A85A 4XYAA 4BHWA 5CQ6A 5D3PA 5HFRA 4NRCA 4WHUA 3MXFA 2YQDA 5A5PA 4GPJA 5HEMA 4YYNA 1ZS5A 4O77A 4C66A 5LKXA 4NYVA 5BT4A 4HBYA 4ALHA 4NR5A 5CQ3A 4DONA 2E7NA 2I8NA 5FE3A 5L8UA 5EM3A 3UW9A 4QYLA 5CZGA 5EISA 5HQ5A 5F2PA 4UIVA 5LVRA 2E3KA 4QR3A 3SVGA 4LC2A 4LYIA 5LKUA 4UYDA 4O78A 4O7BA 3TLPA 5I86A 4YYIA 4LRGA 2DWWA 5L98A 3P1EA 5E9VA 5LVQA 4HBWA 1X0JA 5A83A 3UVYA 4PS5A 4NQNA 5ACYA 3UV5A 2YDWA 4TT6A 4PCEA 5F1LA 3UVDA 4QSQA 3AQAA 3MULA 5CFWA 4UYFA 1F68A 4A9JA 4C67A 5A5QA 3GG3A 3U5MA 4KV1A 4QSUA 2RNXA 5DY7A 5HELA 4HXSA 5DYXA 3MQMA 4MEQA 5EI4A 4YYDA 2OUOA 2RFJA 5DKHA 3SVFA 2WP1A 4UIZA 2WP2A 3HMEA 5COIA 3O33A 3LQJA 2L85A 4UIWA 5L99A 4UYGA 5D24A 4X2IA 4QSXA 5CUAA 4XUBA 5E74A 2NXBA 3UVXA 4Z1QA 2D9EA 5EA1A 4CUTA 4PKLA 3NXBA 2D82A 5C85A 5HRXA 5IBNA 4QEWA 5CUCA 5IGNA 5D25A 4NXJA 5DFBA 3P5OA 5LKZA 5KTXA 2YEKA 4N4HA 4LZ2A 5EICA 5II1A 4QR5A 3JVMA 5DFCA 4Z6IA 5CQTA 2N9GA 5DLZA 5E3DA 3U5LA 4YABA 4NYXA 4ZQLA 4A9EA 5AD3A 5I7XA 4NS5A 5FFWA 3O37A 5I7YA 5EPBA 3O35A 5D0CA 2OSSA 5ENJA 5EWWA 3DWYA 4MEPA 4YC9A 5J0DA 1N72A 5EWHA 4QC1A 5I40A 3SVHA 2YYNA 5CU8A 4PTBA 3P1CA 5I89A 5CRZA 4UYEA 4MENA 5D3LA 5H1TA 2L84A 5FFYA 2DVSA 4QNSA 4QR4A 5FDZA 4LYSA 5CTLA 4TZ2A 4RVRA 4QC3A 5CUEA 2I7KA 5FE9A 4MR6A 4Q0OA 3Q2FA 3S92A 3FKMX 5ENEA 4QSPA 5EVAA 5EU1A 4UIUA 4LZRA 5FG6A 2RNYA 4QSTA 4QUTA 4UITA 5CUDA 4FLPA 2R10A 2R0SA 5K29A 4TS8A 5C7NA 5CQ5A 4YADA 5F36A 4TT4A 5EK9A 3O34A 5HJCA 3MB3A 5DW2A 2YELA 5I29A 5E9LA 3D7CA 5F5ZA 5F62A 4O7EA 5HFQA 4OGIA 4YH4A 3LQIA 5JWMA 4QBMA 5KU3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I83A 4YY6A 3MUKA 4O74A 5DYAA 3DAIA 4YYJA 5FE6A 4NR8A 4CURA 2OO1A 5D7XA 2RO1A 5DBMA 5DKCA 4HXLA 5KTWA 5EWVA 3QZTA 4IR5A 5D3JA 4WHWA 2E7OA 4HXNA 3HMFA 5CQ8A 5EWDA 4HBXA 4IR6A 5TB6A 3JVLA 5EWCA 1ZKRA 5FE8A 4NRAA 5EGUA 3D1DA 4O76A 5KO4A 3UVWA 5IGMA 5ETDA 4CFLA 1JM4B 5DLXA 4QUUA 4J0RA 2G4AA 4XUAA 5C87A 5H1UA 5EV9A 4IR3A 4CUPA 4NRBA 5F3AA 3LJWA 5ENGA 4YATA 4UYHA 4CLBA 2GRCA 5EPRA 5IIDA 5EPSA 4YY4A 5G4SA 5D3HA 3MB4A 4ALGA 5BT3A 4NUCA 4UIYA 4QY4A 4N4IA 3LQHA 3LXJA 4O7FA 5E9IA 5JI8A 5ENIA 5F25A 4HXKA 4Q0NA 4NR6A 5HCLA 4BW4A 4IOOA 5ENHA 2KTBB 4TU6A 5G4RA 3JVJA 4TT2A 5ENCA 3IU6A 2L5EA 4BW3A 5FB0A 4A9KA 4LZSA 4O7AA 4QEVA 4A9IA 5CUGA 4TQNA 4BJXA 4YBSA 5AMFA 4J1PA 4MR5A 4LDFA 5DYCA 5C4QA 5L96A 5CRMA 5D3NA 5CP5A 5E7DA 4XY9A 4Y03A 4IORA 3QZVA 3ZYUA 5HRWA 3IU5A 3AADA 1EQFA 2EJNA 4A9MA 5F60A 2RI7A 4QZSA 4CUSA 4BW1A 4YAXA 4TZ8A 4QYDA 3G0JA 4NR4A 4XY8A 5C8GA 3G0LA 4Z6HA 4AKNA 5HQ6A 5IG6A 3P1DA 5LJ0A 4NQMA 2DVQA 4O71A 3HMHA 4ZW1A 4AKIA 3I3JA 4HXOA 5IGLA 5LJ2A 4MR4A 5A81A 3Q2EA 5F61A 5E73A 4J3IA 5A7CA 4Z93A 5EQ1A 5ETBA 4A9HA 4KCXA 5E9YA 3U5KA 4YYMA 5LJ1A 4NYWA 5FB1A 4ZC9A 5H1VA 3D1BA 4A9LA 2F6JA 3JVKA 5L8TA 4N3WA 5HRVA 5E9MA 5FE1A 4F3IA 5D3TA 2DVVA 4O70A 4HBVA 4OUFA 5D3SA 2DVRA 5DYUA 4KV4A 5I88A 4BW2A 4QEUA 1WUGA 5I1QA 4NUEA 4TU4A 4YBMA 4LYWA 1JSPB 5FH6A 5EP7A 2F6NA 2R0YA 2RS9B 5DX4A 2H60A 3U5NA 4UIXA 4AKGA 4UYFB 4PCIA 4TYLA 5F63A 4CUQA 5CQ7A 4LR6A 4O7CA 4TTEA 2RNWA 5A5RA 5A5NA 5CS8A 5A5SA 3VKGA 4CFKA 5FG5A 3O36A 4HXMA 5ENBA 5HM0A 2LSPB 4A9OA 4IOQA 2MJVB 5AD2A 5FH7A 4QSSA 4A9FA 4CUUA 2YEMA 5CQAA 5FG4A 5FH8A 5C89A 5IGKA 4O72A 2DKWA 3K2JA 3S91A 1E6IA 4YK0A 3U5PA 5E9KA 5FE5A 1WUMA 4OGJA 4Z1SA 5II2A 5HLSA 4NUDA 4NR7A 4O75A 4QSRA 4QSVA 5FFVA 4YBTA 5CY9A 4HXRA 4PY6A 5DKDA 5CGPA 2FSAA 5FE4A 5TCMA 4QSWA 4IR4A 5DW1A 5CQ4A 5FE2A 5KTUA 5E3GA 5L97A 4MEOA 5D26A 4YYGA 5E0RA 2R0VA 3QZSA 5KHMA 5CUBA 3UV4A 5FE7A 5DFDA 4E96A 2YW5A 5F1HA 3RCWA 4WIVA 5ENFA 4MR3A 4YH3A 4N4GA 5H85A 4HXPA 5FBXA 5I80A 4QB3A 4CL9A 4YYKA 3U5JA 5BT5A 5CPEA 4YYHA 3P1FA 5LUUA 5HENA 5LKTA 5D3RA 3ERRA 4NR9A 5HQ7A 4N4FA 3UV2A 4A9NA 4J0SA 5AMEA 5A5OA 5A82A 2DATA 3U5OA 5FE0A 3ONIA 5A85A 4XYAA 4BHWA 5CQ6A 5D3PA 5HFRA 4NRCA 4WHUA 3MXFA 2YQDA 5A5PA 4GPJA 5HEMA 4YYNA 1ZS5A 4O77A 4C66A 5LKXA 4NYVA 5BT4A 4HBYA 4ALHA 4NR5A 5CQ3A 4DONA 2E7NA 2I8NA 5FE3A 5L8UA 5EM3A 3UW9A 4QYLA 5CZGA 5EISA 5HQ5A 5F2PA 4UIVA 5LVRA 2E3KA 4QR3A 3SVGA 4LC2A 4LYIA 5LKUA 4UYDA 4O78A 4O7BA 3TLPA 5I86A 4YYIA 4LRGA 2DWWA 5L98A 3P1EA 5E9VA 5LVQA 4HBWA 1X0JA 5A83A 3UVYA 4PS5A 4NQNA 5ACYA 3UV5A 2YDWA 4TT6A 4PCEA 5F1LA 3UVDA 4QSQA 3AQAA 3MULA 5CFWA 4UYFA 1F68A 4A9JA 4C67A 5A5QA 3GG3A 3U5MA 4KV1A 4QSUA 2RNXA 5DY7A 5HELA 4HXSA 5DYXA 1PUOA 3MQMA 4MEQA 5EI4A 4YYDA 2OUOA 2RFJA 5DKHA 3SVFA 2WP1A 4UIZA 2WP2A 3HMEA 5COIA 3O33A 3LQJA 2L85A 4UIWA 5L99A 4UYGA 5D24A 4X2IA 4QSXA 5CUAA 4XUBA 5E74A 2NXBA 3UVXA 4Z1QA 2D9EA 5EA1A 4CUTA 4PKLA 3NXBA 2D82A 5C85A 5HRXA 5IBNA 4QEWA 5CUCA 5IGNA 5D25A 4NXJA 5DFBA 3P5OA 5LKZA 5KTXA 2YEKA 4N4HA 4LZ2A 5EICA 5II1A 4QR5A 3JVMA 5DFCA 4Z6IA 5CQTA 2N9GA 5DLZA 5E3DA 3U5LA 4YABA 4NYXA 4ZQLA 4A9EA 5AD3A 5I7XA 4NS5A 5FFWA 3O37A 5I7YA 5EPBA 3O35A 5D0CA 2OSSA 5ENJA 3VKHA 5EWWA 3DWYA 4MEPA 4YC9A 5J0DA 1N72A 5EWHA 4QC1A 5I40A 3SVHA 2YYNA 5CU8A 4PTBA 3P1CA 5I89A 5CRZA 4UYEA 4MENA 5D3LA 5H1TA 2L84A 5FFYA 2DVSA 4QNSA 4QR4A 5FDZA 4LYSA 5CTLA 4TZ2A 4RVRA 4QC3A 5CUEA 2I7KA 5FE9A 4MR6A 4Q0OA 3Q2FA 3S92A 3FKMX 5ENEA 4QSPA 5EVAA 5EU1A 4UIUA 4LZRA 5FG6A 2RNYA 4QSTA 4QUTA 4UITA 5CUDA 4FLPA 2R10A 2R0SA 5K29A 4TS8A 5C7NA 5CQ5A 4YADA 5F36A 4TT4A 5EK9A 3O34A 5HJCA 3MB3A 5DW2A 2YELA 5I29A 4AKHA 5E9LA 3D7CA 5F5ZA 5F62A 4O7EA 5HFQA 4OGIA 4YH4A 3LQIA 5JWMA 4QBMA 4AI6A 5KU3A
chains in the Genus database with same CATH topology
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