The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
103
|
structure length |
103
|
Chain Sequence |
MFISRHSGEGKFLFIDQRATLVIGFLPQEILGTSFYEYFHNEDIAALMESHKMVMQVPEKVTTQVYRFRCKDNSYIQLQSEWRAFKNPWTSEIDYIIAKNSVF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
WT Drosophila Melanogaster Cycle PAS-B with Bound Ethylene Glycol
rcsb |
| molecule keywords |
Protein cycle
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
|
| molecule tags |
Circadian clock protein
|
| total genus |
30
|
| structure length |
103
|
| sequence length |
103
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VE4 A; 5DKL A; 3GDI A; 4HH2 A; 2PYP A; 5I5L A; 2W0N A; 4EER A; 1VB6 A; 4GCZ A; 3LIF A; 4GS9 B; 3LI9 A; 4JGQ A; 1S67 L; 1OJ5 A; 3LI8 A; 3F1P B; 1T18 A; 3BY8 A; 5J4E A; 2A24 B; 2KX6 A; 1T1B A; 3T50 A; 4KUK A; 2OWJ A; 5A8B A; 3EEH A; 2H28 A; 4WF0 A; 4M4X A; 3CWF A; 3RTY A; 5J7E A; 2PDR A; 2WKP A; 5F68 A; 1DP6 A; 4H6J A; 3PYP A; 1LT0 A; 3MR0 A; 1UWN X; 2KDK A; 4I3I A; 4I3J A; 2M1C A; 3E4P A; 2WKQ A; 3H9W A; 2OOL A; 2K7S A; 2HV1 A; 3LID A; 4EQ1 A; 1OTI A; 3H7W A; 3LIA A; 1DP8 A; 2QJ7 A; 3ICY A; 3SW1 A; 1OJG A; 1XFQ A; 3FC7 A; 3NJA A; 1TS6 A; 1OTB A; 5AVF A; 4XT2 B; 1S4R A; 3LYX A; 2J80 A; 4EW7 A; 4RQ9 A; 3LIC A; 3K3D A; 3F1N A; 3H7W B; 5HSQ A; 4HHD A; 1X0O A; 5HWW A; 1OTA A; 2D01 A; 3IBR A; 2PR6 A; 4HI4 A; 1XFN A; 3IS2 B; 4L9G A; 4WN5 A; 1GSX A; 4NXE A; 4DJ3 A; 4EEU A; 2V0U A; 1V9Y A; 1WA9 A; 2QJ5 A; 3LIE A; 2Z6D A; 3F1N B; 1S4S A; 5G4Z A; 5KIZ A; 4HJ4 A; 4HJ6 A; 3VE3 A; 2VV8 A; 2R78 A; 5IU1 A; 1N9L A; 4BBV A; 2OWH A; 4L9F A; 2ZOI A; 3A0R A; 3K3C A; 4EEP A; 3PHY A; 1UWP X; 3UMD A; 4GW9 A; 4E04 A; 2QWS A; 4MN5 A; 3P7N A; 3ZQ5 A; 4EXO A; 5AVE A; 4BBU A; 5TBM A; 4HY8 A; 3D72 A; 1XJ2 A; 2VV7 A; 3A0V A; 3H82 A; 4NXG A; 4F3L A; 4GHI A; 4NXF A; 3CAX A; 5DKK A; 1S1Y A; 3LIB A; 1F98 A; 1LL8 A; 3UB6 A; 4R70 A; 2PD8 A; 4HP4 A; 2ZBB A; 1XJ6 A; 5TBM B; 3BWL A; 5F5Y A; 4LLO B; 4H6J B; 1Y28 A; 5F6A A; 1XJ3 A; 2L1M A; 2VLG A; 3CLO A; 5IS1 A; 2L0W A; 4BBT A; 4PKY G; 3A0S A; 4I5S A; 4JGO A; 4HNB A; 1S66 L; 4WL9 A; 3VOL A; 2V0W A; 4L9E A; 5HD5 A; 2PD7 A; 3G6O A; 1NWZ A; 4MN6 A; 3E4O A; 5EFW A; 2QHK A; 1V9Z A; 3C8C A; 4HJ3 A; 1F9I A; 2P7J A; 2PYR A; 4PKY A; 2BAS A; 3LUQ A; 3BY9 A; 4R6L A; 4NXB A; 2B02 A; 2V1A A; 5HZH A; 1N9N A; 1LSX A; 1N9O A; 1D7E A; 3MQQ A; 5HDS A; 1T1A A; 2W27 A; 3KX0 X; 3MFX A; 1ODV A; 4HH3 A; 4GS9 A; 3F1O A; 3F1P A; 4I38 A; 1MZU A; 1GSV A; 2JN7 A; 4YWZ A; 4EET B; 2JHE A; 3NOP C; 2A24 A; 1GSW A; 4I39 A; 4WUJ A; 3MQO A; 5F69 A; 1OTD A; 1TS8 A; 1P0Z A; 2VEA A; 4R3A A; 2YKF A; 1T19 A; 4K08 A; 3F1O B; 2INW A; 5DJT A; 4HQA A; 3GEC A; 3UB9 A; 2CMN A; 3E4Q A; 3NOT C; 4DJ2 A; 1TS7 A; 1S1Z A; 1T1C A; 4JGR A; 2D02 A; 2ZOH A; 4HIA A; 3MXQ A; 3HJK A; 1DRM A; 5G4Y A; 1XJ4 A; 3FG8 A; 4LRX C; 3EWK A; 2PR5 A; 4KQD A; 3RH8 B; 3ULF A; 5DJU A; 5HD3 A; 1TS0 A; 3B33 A; 4KUO A; 5J3W A; 1OT6 A; 2WKR A; 4WLA A; 3H82 B; 4LRY C; 5HWV A; 4R38 A; 1OTE A; 4F3L B; 2EA9 A; 1UGU A; 4GHI B; 4HP9 A; 2GJ3 A; 1G28 A; 4JGP A; 2VV6 A; 4XT2 A; 1DP9 A; 5HDD A; 3NOU C; 2I9V A; 2YKH A; 4EES A; 3OLO A; 1P97 A; 3UME A; 2Z6C A; 3MJQ A; 4LRZ E; 3IS2 A; 3NHQ A; 1LSW A; 3C2W A; 2L4R A; 4HOI A; 5HWT A; 3UB7 A; 2QKP A; 2PHY A; 1BYW A; 1LSV A; 3UB8 A; 4B9O A; 1EW0 A; 1KOU A; 1OT9 A; 4LPZ A; 1JNU A; 2V1B A; 3HJI A; 3UE6 A; 4I3A A; 1D06 A; 5HDC A; 2V9A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GL9 A; 3VE4 A; 2H0Y A; 3GDI A; 5I94 A; 2GNX A; 4UAA A; 4DRT A; 5F1G A; 5M1A A; 3A3I A; 5DF7 A; 3A3E A; 5I5L A; 2P9V A; 4QJG A; 1SKO B; 2W0N A; 4KZ4 A; 3GMW A; 3KYQ A; 5K5B A; 3LIF A; 3PAE A; 4ZRR A; 3LI9 A; 5E2H A; 2EX9 A; 1DJC A; 1T18 A; 3BY8 A; 2WAF A; 3CHW P; 2HDQ A; 3IQA A; 1K4E A; 4R23 A; 1DJA A; 4WEL A; 1W63 M; 1HLU P; 3RXX A; 4MNR A; 3PBS A; 5M18 A; 2PU4 A; 2WGW B; 3KSG A; 2DNS A; 3RTY A; 2HP9 A; 1H5X A; 4D60 A; 2H5S A; 4IVK A; 4WZ5 C; 3S7N A; 5FDH A; 1FCN A; 2J8Y A; 5IHV A; 2O99 A; 4N1H A; 1KDW A; 5J8X A; 1KGF A; 4FH4 A; 2HDR A; 3K2N A; 4R3B A; 1VM1 A; 1GA9 A; 1L0E A; 3L7H A; 2K7S A; 1PZO A; 2Y2O A; 2JKG A; 2HGV A; 3T4J A; 4MBK A; 1YSQ A; 2WGI A; 2M7V A; 2JKF A; 2QJ7 A; 1BZA A; 3VP1 A; 3QP1 A; 4OQI A; 2VZW A; 1OJG A; 3DBA A; 3M2J A; 4FSF A; 5DF9 A; 1XFQ A; 2P08 A; 2XFT A; 3LO7 A; 3Q7Z A; 1OTB A; 4ZJ2 A; 3MXS A; 5CGX A; 1GHP A; 1BUL A; 4RQ9 A; 3LIC A; 3H7W B; 1E4D A; 1XGI A; 4MCW A; 2VGL M; 1BLC A; 1K4F A; 3ZG7 B; 4S2P A; 3ZYT A; 2XD5 A; 3QNC A; 3IS2 B; 1SDE A; 4L9G A; 4NXE A; 4EEU A; 2V0U A; 3IWO A; 3U4L P; 1ONG A; 1WA9 A; 1N4O A; 2W1T B; 4JBF A; 1CEG A; 2RL3 A; 3G32 A; 1YSP A; 2Z6D A; 4IJG A; 3S7O A; 1H0M A; 4ESP A; 4KZA A; 3VE3 A; 1KE0 A; 2VV8 A; 4X69 A; 4YOF A; 5FEG A; 3WS2 A; 1N9L A; 2XGN A; 1NYM A; 2OWH A; 5IT5 A; 2ZOI A; 1JTG A; 1K25 A; 3UMD A; 1K6S A; 3E2K A; 3FYZ A; 3ZVW A; 2ZQA A; 3P7N A; 4MMN A; 4BBU A; 1IOU A; 3G2Z A; 3LCE A; 1XJ2 A; 1Z6F A; 4C3Q A; 4HBU A; 3IF6 B; 4LV3 A; 4X1M A; 3OCL A; 3CPT B; 4OPZ A; 3KSF A; 3C7V A; 4MEZ A; 4UEY A; 4Y5F A; 3E98 A; 4NXF A; 1H8M A; 3FZC A; 3A3F A; 1BSG A; 5KZH A; 1TVF A; 1FR1 A; 4QU3 A; 2OAQ 1; 3UB6 A; 2PD8 A; 3R4K A; 4N1X A; 2FZ0 A; 5TBM B; 4P87 A; 1O7E A; 1YQS A; 1Y4O A; 2B5R A; 2WKE A; 5JYP A; 4OLD A; 1PWC A; 1PFL A; 5IS1 A; 1ZTU A; 3B47 A; 4CLC A; 5F1F A; 1H8Z A; 4RYE A; 1PYY A; 3FKW A; 2JKT I; 3EQU A; 4L9E A; 3ITB A; 1MWS A; 3T1X A; 4CLC E; 4GD6 A; 1GCE A; 2QHK A; 2XEP A; 4HJ3 A; 2P7J A; 3Q07 A; 3MMH A; 5HAR A; 1M6K A; 4OKP A; 4A5R A; 2PRF A; 3BY9 A; 4R6L A; 2M7U A; 5HZH A; 5HDS A; 3R7W A; 2ZQC A; 3BLM A; 4Q0I A; 4CPK A; 4GD8 A; 3LEQ A; 2Z2L B; 3MXR A; 2WGV A; 2KOI A; 3JVU A; 3DWK A; 1F2K A; 4YWZ A; 1ACF A; 4S2O A; 1HZO A; 5GHY A; 3NOP C; 1Q2P A; 5F82 A; 4FH2 A; 4WEJ A; 4NET A; 4OOY A; 1QMF A; 4FD8 A; 5EVI A; 2BTF P; 4DE3 A; 1PI5 A; 2JKT M; 2XSS A; 3MZE A; 1ALQ A; 3G4P A; 1TS8 A; 4ID4 A; 4C75 A; 2VJW A; 2VKS A; 4X53 A; 1L0F A; 3S7P A; 4P85 A; 1MKM A; 4HQA A; 3C30 A; 3GEC A; 4JXG A; 1LI9 A; 2Y55 A; 3ZGA B; 5HAP A; 2G2W A; 1NYY A; 4FTX A; 1TDL A; 4CQH A; 2WYX A; 3HJK A; 4KQO A; 2X02 A; 1QME A; 4S2K A; 3ZG5 A; 3JPU A; 4PHT A; 1VEU B; 4ZTK A; 3L9K A; 3RFB A; 1CI8 A; 1K56 D; 5DJU A; 3M6B A; 3EQV A; 1KGE A; 1TS0 A; 4OPY A; 4KUO A; 1OT6 A; 2WAD A; 4LFU A; 3H82 B; 3S4X A; 3GSG A; 4G3K A; 4GHI B; 3UB5 P; 3N4I A; 4R4R A; 1MWR A; 2WAE A; 3Q81 A; 3W4P A; 2B18 A; 2GJ3 A; 4K0X A; 4EWF A; 3GTC A; 3ZHH A; 4DXB A; 1IYO A; 4WZ5 A; 2WZX A; 1DP9 A; 2ZC5 B; 4WEK A; 4X25 A; 3PBR A; 3OLO A; 4QD4 A; 4KZ8 A; 2A3U A; 3HLB A; 2Z6C A; 1NXY A; 1ZG4 A; 4C6Y A; 4LRZ E; 2Y2G A; 5HW3 A; 4GNU A; 3OOV A; 3C2W A; 1NRJ A; 4MLL A; 5HL1 A; 1E3U A; 2W3E A; 3GRJ A; 1H8Y A; 4II7 A; 3T4Q A; 1ZG6 A; 4P6Z S; 3NBL A; 2GX5 A; 3PR6 A; 1JWV A; 1XKZ A; 1BUE A; 4KEN B; 5DF8 A; 4EBL A; 1VET B; 1OT9 A; 3CIT A; 1JNU A; 4OLG A; 4EQI A; 2ZC7 A; 2BG1 A; 4NKP A; 1D06 A; 3NY4 A; 1S6R A; 1YT4 A; 1G68 A; 5FDS A; 5HPF A; 4BL3 A; 3ITA A; 1Y54 A; 5DFX A; 4IVI A; 3UE0 A; 1L3L A; 4Y0O A; 4EER A; 1NJ4 A; 3A3J A; 4Z9Q A; 4F94 A; 4ZJ1 A; 4GS9 B; 1ES5 A; 2EXB A; 1PW1 A; 1W5D A; 1ESI A; 4JGQ A; 4UA9 A; 1OJ5 A; 3LI8 A; 4E3J A; 1HD8 A; 5J4E A; 3IH8 A; 3WS5 A; 2KX6 A; 2HDS A; 2ZQ9 A; 2OWJ A; 3O5Y A; 2O9A A; 5EE8 A; 3AGE A; 3EEH A; 1XX2 A; 2XF3 A; 2WZZ A; 3CWF A; 3BJN A; 4G3W A; 3BFE A; 2PDR A; 5AJG A; 4QPR A; 3GVB A; 3MR0 A; 4K0W A; 5FL3 A; 3ZVT A; 3WWX A; 3UDX A; 4I3J A; 3P01 A; 4CJN A; 3HUN A; 3KSI A; 3ZNT A; 4E6X A; 3ZCZ A; 1STZ A; 1L0D A; 3CI6 A; 4LCL A; 4ZAM A; 3HVF A; 1VHM A; 2HV1 A; 3BFG A; 3LIA A; 1MPL A; 1Z09 A; 5CTM A; 4ARZ B; 1I5Q A; 5CEB A; 4JLF A; 4PAU A; 5FQ9 A; 5M19 A; 2V1Z A; 1NLY A; 2P74 A; 4LV0 A; 2DRW A; 2ZL1 A; 3LR0 A; 3SOI A; 4E3L A; 3BFF A; 1FIK A; 3NJA A; 5AVF A; 4XT2 B; 2EWV A; 2P04 A; 3QP5 A; 2NUP C; 5CTN A; 4EW7 A; 4KZ6 A; 4IED A; 3G2Y A; 2JE5 A; 4WZ4 A; 1ESU A; 5BOH A; 4HHD A; 3BQA A; 1PZP A; 2D01 A; 2PR6 A; 3IBR A; 3DTK A; 3C38 A; 4KZ7 A; 1FOF A; 3HLG A; 1ONH A; 2Y2N A; 2VGJ A; 3IF6 C; 1KGG A; 3LIE A; 1S4S A; 2RCX A; 2ZMV A; 4X56 A; 4Y13 A; 5IU1 A; 3OCN A; 2J3T C; 3CUE C; 4BBV A; 4OON A; 5CHJ A; 3W4O A; 1LLB A; 4LEN A; 1ERQ A; 4GW9 A; 4BMW A; 2VGK A; 4MN5 A; 2ZJ9 A; 1G6A A; 3ZQ5 A; 5AVE A; 1LHY A; 3O87 A; 3OBF A; 3WS1 A; 3BW6 A; 1FCO A; 2VV7 A; 3UNW A; 4F3L A; 1MWT A; 1D1J A; 3HUM A; 4E3I A; 2IWC A; 3MZF A; 5JYO A; 5DKK A; 1IFQ A; 3E2L A; 3T4O A; 1F98 A; 3PBQ A; 5U47 A; 3TE8 A; 1OPX A; 2XA7 M; 4DN0 A; 3BWL A; 1WYB A; 2VA0 A; 3G30 A; 2HF6 A; 4H6J B; 4L0L A; 2K31 A; 1Y28 A; 2DCF A; 1J3W A; 2JBF A; 1XJ3 A; 2VLG A; 4R0Q A; 5EEC A; 4RVA A; 2L0W A; 5AQ7 A; 4YFM A; 3KSH A; 4CLC D; 1YKD A; 2JKR I; 4WYY A; 5DVA A; 4HES A; 4I5S A; 3T4S A; 4JGO A; 1S66 L; 1HTZ A; 4OQG A; 5FQJ A; 3VOL A; 1NLZ A; 1M40 A; 2PBD P; 2Y2Q A; 5CRF A; 3VOZ A; 4XXR A; 3VFF A; 4FCF A; 3G6O A; 1K57 C; 2XQZ A; 1NWZ A; 2Z2M B; 2UWX A; 2HJE A; 3W4Q A; 2XLN A; 3IX3 A; 1V9Z A; 1IEM A; 1F9I A; 3JVV A; 1IYP A; 4PMA A; 5G18 A; 2HPB A; 3V39 A; 2BAS A; 4RX3 A; 5FQQ A; 3LUQ A; 2V2F F; 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4BLM A; 3N7W A; 3PTE A; 3HJI A; 3UE6 A; 5CX7 A; 4I3A A; 4PM5 A; 3IWQ A; 4NEE D; 5A91 A; 3RJU A; 4QY5 A; 4JPM A; 4S2J A; 3UO9 A; 3TRC A; 5GHZ A; 3NC8 A; 3P98 A; 5MC7 A; 3PBO A; 2GDN A; 1VB6 A; 2IA2 A; 1L0G A; 3SH8 A; 1MY8 A; 3IWI A; 4N9L A; 1W8Y A; 3N8S A; 4GJ4 A; 3UPP A; 5GLC A; 3BM6 A; 1S67 L; 4O0P A; 4X6T A; 2FFY A; 3F1P B; 3P09 A; 3IF6 A; 1DY6 A; 4BD0 A; 3CPT A; 4KG5 A; 2A24 B; 2W1R A; 1IKI A; 4KZ9 A; 3T50 A; 4KUK A; 1YPR A; 5L10 A; 2WKH A; 5CEC A; 4S2M A; 3CUE A; 5A90 A; 3OZH A; 4GB7 A; 2H28 A; 4M4X A; 1YLZ A; 2G2U A; 2H0T A; 1DP6 A; 2XRN A; 3NIA A; 5GLD A; 3T1S A; 2VGL S; 1BLS A; 1LT0 A; 3Q7V B; 2KDK A; 2IWB A; 1G6O A; 4I3I A; 2J9O A; 4E3M A; 4OOL A; 5C5K A; 1K55 A; 2ACG A; 1RP5 A; 2XRO A; 3OC2 A; 5FAS A; 4FOF A; 5F83 A; 3T4K A; 1ES3 A; 1FCM A; 4OQ0 A; 2OOL A; 1J9M A; 1ZHH B; 2O9C A; 3FPV A; 3UPO A; 2QZ6 A; 3PXP A; 1DP8 A; 2WK0 A; 5FA7 A; 4O8G A; 3C7U A; 3LEZ A; 4Q0H A; 1A0K A; 1PW8 A; 4D2O A; 1SDN A; 4LV2 A; 1YLP A; 2J80 A; 1XA1 A; 2X71 A; 3F1N A; 3NCK A; 4B4X A; 2ZD8 A; 5HSQ A; 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