The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
103
|
structure length |
103
|
Chain Sequence |
MFISRHSGEGKFLFIDQRATLVIGFLPQEILGTSFYEYFHNEDIAALMESHKMVMQVPEKVTTQVYRFRCKDNSYIQLQSEWRAFKNPWTSEIDYIIAKNSVF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Circadian clock protein
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
|
| publication title |
WT Drosophila Melanogaster Cycle PAS-B with Bound Ethylene Glycol
rcsb |
| molecule keywords |
Protein cycle
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| total genus |
30
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| structure length |
103
|
| sequence length |
103
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3LI8 A; 4EEU A; 4LPZ A; 3EWK A; 4GW9 A; 3VE4 A; 4HH2 A; 4L9F A; 1D06 A; 4BBV A; 4PKY G; 1DP8 A; 3IS2 B; 4I38 A; 2V0U A; 1KOU A; 4R70 A; 4WLA A; 3VE3 A; 5HDC A; 3A0S A; 2P7J A; 3SW1 A; 2V0W A; 4L9G A; 1OT9 A; 1T1B A; 2QWS A; 1T18 A; 2VEA A; 2WKR A; 1T1A A; 3KX0 X; 3D72 A; 1TS7 A; 5IS1 A; 4WN5 A; 3A0V A; 3H7W B; 3VOL A; 3HJK A; 4NXE A; 3GEC A; 1S4S A; 3MQO A; 4HHD A; 1S1Z A; 1G28 A; 2PHY A; 4I3I A; 3K3D A; 1WA9 A; 1S4R A; 4H6J A; 2KX6 A; 1LT0 A; 3MQQ A; 1N9L A; 3FG8 A; 3NOP C; 4DJ2 A; 3F1O A; 3NOU C; 3E4Q A; 1UWP X; 4H6J B; 2A24 B; 5EFW A; 3ZQ5 A; 1F9I A; 4YWZ A; 4I5S A; 1GSX A; 2KDK A; 1D7E A; 2YKF A; 2K7S A; 3F1O B; 1XJ3 A; 3UB9 A; 4JGR A; 2PD7 A; 3MR0 A; 4HIA A; 1OTB A; 5HWW A; 2OWH A; 4WF0 A; 3RH8 B; 2JN7 A; 1N9O A; 3H9W A; 1DP6 A; 4KUK A; 4JGQ A; 4K08 A; 2CMN A; 3CAX A; 2JHE A; 3E4O A; 5J4E A; 3PYP A; 4GS9 A; 2PR5 A; 4NXG A; 4XT2 A; 2PYP A; 4L9E A; 5F5Y A; 3LIE A; 4R3A A; 5HD5 A; 3NJA A; 2BAS A; 5F69 A; 3P7N A; 3UMD A; 4EW7 A; 3HJI A; 5AVE A; 4HH3 A; 4EQ1 A; 2ZOH A; 3LIC A; 1UGU A; 4GS9 B; 3LID A; 3OLO A; 4XT2 B; 2PYR A; 3BY8 A; 4WL9 A; 5G4Y A; 4HOI A; 2QJ7 A; 2J80 A; 2M1C A; 1T19 A; 4BBT A; 4PKY A; 4EEP A; 5DKL A; 2PDR A; 4LLO B; 2V1B A; 2EA9 A; 1EW0 A; 3F1N A; 1OJ5 A; 3FC7 A; 1OTD A; 2WKQ A; 1TS8 A; 3CLO A; 3F1P A; 2V9A A; 4F3L A; 4BBU A; 1F98 A; 1LSW A; 1N9N A; 5TBM A; 4GCZ A; 1BYW A; 3UE6 A; 4LRX C; 3NHQ A; 2QHK A; 1P97 A; 1NWZ A; 1LL8 A; 1XJ2 A; 4GHI A; 3GDI A; 4WUJ A; 3LUQ A; 4EES A; 4R38 A; 4JGP A; 2INW A; 3MFX A; 5HD3 A; 4KQD A; 3MXQ A; 1JNU A; 3NOT C; 3LI9 A; 3F1N B; 2I9V A; 1GSV A; 4NXB A; 3LYX A; 1MZU A; 3UME A; 4MN6 A; 3F1P B; 4EET B; 4F3L B; 5J3W A; 1X0O A; 3A0R A; 4I3A A; 5TBM B; 3C8C A; 2VV8 A; 4HQA A; 4DJ3 A; 3EEH A; 4HJ4 A; 3H82 A; 4GHI B; 1VB6 A; 5J7E A; 1DP9 A; 2D01 A; 1LSX A; 5HZH A; 5F6A A; 3LIB A; 3B33 A; 2V1A A; 5G4Z A; 3PHY A; 3BY9 A; 4MN5 A; 1OTA A; 1T1C A; 5HWT A; 2VLG A; 1UWN X; 3H7W A; 4HJ3 A; 3H82 B; 1S1Y A; 2R78 A; 4E04 A; 1OTI A; 1V9Y A; 4KUO A; 1GSW A; 2YKH A; 5IU1 A; 2L0W A; 1XFQ A; 4HI4 A; 2ZOI A; 3LIF A; 4R6L A; 1OTE A; 3ICY A; 5DJU A; 3T50 A; 2L4R A; 4JGO A; 3MJQ A; 5HSQ A; 1V9Z A; 2ZBB A; 2PR6 A; 1S66 L; 2QKP A; 2GJ3 A; 2W0N A; 3UB7 A; 2H28 A; 1TS0 A; 2VV6 A; 5DJT A; 4HNB A; 2B02 A; 1Y28 A; 2HV1 A; 3UB6 A; 2A24 A; 1DRM A; 2PD8 A; 4NXF A; 5A8B A; 3BWL A; 3UB8 A; 2OOL A; 2VV7 A; 2Z6D A; 1XFN A; 5HDS A; 3K3C A; 3ULF A; 3RTY A; 3LIA A; 1OJG A; 3C2W A; 4RQ9 A; 1S67 L; 4B9O A; 5HDD A; 3E4P A; 3IBR A; 1ODV A; 5DKK A; 4LRY C; 4M4X A; 2Z6C A; 2QJ5 A; 4HJ6 A; 4I3J A; 5HWV A; 1XJ4 A; 5F68 A; 5AVF A; 1TS6 A; 1XJ6 A; 2WKP A; 5KIZ A; 3IS2 A; 2D02 A; 4LRZ E; 4EXO A; 1P0Z A; 3CWF A; 2OWJ A; 4EER A; 4HY8 A; 4HP9 A; 1LSV A; 2W27 A; 4HP4 A; 5I5L A; 3G6O A; 2L1M A; 4I39 A; 1OT6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EEU A; 3HCY A; 4XUX A; 3EWK A; 3VE4 A; 3JPU A; 3CI6 A; 2IA2 A; 1KVL A; 4BBV A; 2Y2H A; 4JBF A; 3IS2 B; 4HES A; 5EVL A; 3P98 A; 3A0S A; 2P7J A; 2LB5 A; 5TFQ A; 3BLS A; 2JBF A; 4L9G A; 2A3U A; 4OQ0 A; 3CUE C; 5EOE A; 5MC7 A; 1K4F A; 3KX0 X; 1K57 A; 3HVF A; 1TS7 A; 4DF6 A; 1ES5 A; 5CTM A; 1DJA A; 1W8Q A; 4JXW A; 2PBY A; 4NXE A; 2XGN A; 3OPH A; 2X01 A; 3G2Z A; 4KZ4 A; 5L10 A; 1E3U A; 4I3I A; 1CF0 A; 2ZM2 A; 3K3D A; 3MXR A; 2XEP A; 3K2N A; 2G2W A; 1WA9 A; 2DMW A; 3LFV A; 1KGG A; 5CER A; 3N7W A; 3MQ0 A; 1I5Q A; 5FA7 A; 3FG8 A; 4EWF A; 4OLG A; 4JXS A; 3NOP C; 3WRZ A; 4Q8I A; 1ZHH B; 3GSG A; 1NZU A; 1BZA A; 5JYO A; 4X1L A; 4FH4 A; 2ZQD A; 4E3J A; 4N92 A; 4B4Z A; 4FTX A; 3UO9 A; 2VGL S; 1UWP X; 3IHB A; 2VGL M; 3UNW A; 3SH7 A; 3Q81 A; 1F9I A; 1NRF A; 4YWZ A; 4EUV A; 3LCE A; 2PU2 A; 4OP5 A; 2EX9 A; 3QP5 A; 1YLZ A; 3C4P A; 2MJ6 A; 1VEU B; 1NYY A; 3RFB A; 3SOI A; 3MR0 A; 1MWT A; 4HIA A; 3LY3 A; 1OTB A; 4OKP A; 1PWD A; 1WYC A; 3NC8 A; 1IKG A; 5C5K A; 4Y0O A; 4MDZ A; 3FPV A; 4LV2 A; 1SDN A; 3H9W A; 5GLB A; 2JKT M; 4S2P A; 1L0G A; 4JGQ A; 5FI2 A; 4PM7 A; 4K08 A; 4E3L A; 2R9X A; 4IBX A; 1TD5 A; 1FCM A; 3WS4 A; 1XGI A; 2Y2M A; 3W2Z A; 4PM9 A; 3LEZ A; 4OVD A; 2JC7 A; 2WAD A; 3NUL A; 1ESI A; 2XSS A; 3QP6 A; 3BFE A; 4EQ1 A; 1W63 M; 4ARZ A; 2ZOH A; 1KE3 A; 4WMC D; 2W3D A; 3QP8 A; 5DTT A; 4RYE A; 1KVM A; 1LL9 A; 4BBT A; 5KSH A; 5EV0 A; 3IBJ A; 4PKY A; 3D3O A; 2IWD A; 3G35 A; 2LB9 A; 4LLO B; 2V1B A; 2E8J A; 4EV4 A; 1EW0 A; 3ZGA B; 3G2Y A; 1D1J A; 5BOH A; 3OCN A; 3MXS A; 1TS8 A; 4ARZ B; 4E6X A; 1ES3 A; 2UV0 E; 5L2F A; 4EQI A; 3UDI A; 2J3T D; 3WS0 A; 3PAG A; 4UEY A; 1FSW A; 4Y7P A; 4FUW A; 3DTM A; 4LRX C; 2ZQ7 A; 3NHQ A; 5KZH A; 1P97 A; 1SZV A; 4GOG A; 2XD5 A; 3PBS A; 4P85 A; 2JCH A; 3IXG A; 1MWS A; 4E6W A; 3UE1 A; 4R38 A; 3BJN A; 2JKR M; 3ZCZ A; 5EM0 A; 4BLM A; 1A0K A; 3DTE A; 4KQD A; 3MKF A; 3NOT C; 3LI9 A; 3OCL A; 4WM9 A; 4MN6 A; 2O99 A; 4NG2 A; 3U2A A; 3KSH A; 1F2K A; 2BG1 A; 3Q7V B; 2WZX A; 4ZJ3 A; 2XA7 S; 4HQA A; 4DJ3 A; 4MBH A; 3EEH A; 4CLC D; 3WRT A; 2XA7 M; 1KDS A; 1AXB A; 4S2M A; 3N8L A; 2D01 A; 2KOI A; 2P74 A; 4P6Z M; 1LSX A; 5F6A A; 1HZO A; 3S1Y A; 3BFD A; 4EU0 A; 5FSR A; 3PR6 A; 3B33 A; 1AWI A; 2V1A A; 1ZKJ A; 1GHP A; 3JYI A; 5D3O A; 4DE3 A; 2VLG A; 1JWV A; 3BFC A; 1UWN X; 2ZMF A; 1W63 Q; 5CEB A; 2GNX A; 1S1Y A; 2ACG A; 4E04 A; 5CTN A; 3S22 A; 1J3W A; 2M7U A; 4KG5 A; 3JVU A; 2RCX A; 1GSW A; 4KZ7 A; 1MPL A; 2YKH A; 4LV1 A; 1K56 A; 5IU1 A; 3NDG A; 1OTE A; 3ICY A; 2W3F A; 3A3I A; 3UN7 A; 3VP0 A; 1MKM A; 4ETZ A; 1I2S A; 1V9Z A; 3FV7 A; 3MZF A; 1XP4 A; 2PR6 A; 4Y0T A; 2W0N A; 3UB7 A; 1TS0 A; 5DJT A; 4HNB A; 4UHU A; 3TE8 A; 2WK0 A; 2Y8H A; 4N1X A; 5DTK A; 2O9B A; 3FZC A; 2PT7 A; 3CMZ A; 1TDG A; 4GJ4 A; 3T1Q B; 1KE4 A; 3UB8 A; 1L2S A; 1S6R A; 2Z6D A; 3IXH A; 1Q2Q A; 2K2N A; 1ERO A; 5EVE A; 3T4Q A; 3PXP A; 2XK1 A; 3T4O A; 5EVI A; 1FOF A; 5AJG A; 4RQ9 A; 1S67 L; 1HVB A; 4B9O A; 1ONH A; 3E4P A; 3IBR A; 4OPY A; 2ZMA A; 4LRY C; 5DFY A; 5HWV A; 2JE5 A; 1XGJ A; 1PNE A; 3CJM A; 5AVF A; 4PAU A; 4DMZ A; 4C75 A; 1H8Y A; 2ZQ9 A; 1L3L A; 2D02 A; 4LRZ E; 5EVI B; 3IWO A; 3ITA A; 4X55 A; 2OWJ A; 3E2L A; 3S7N A; 1DJB A; 4G3K A; 3T1S A; 4YOF A; 2VGJ A; 3A3F A; 4HP4 A; 5I5L A; 2L1M A; 4I39 A; 4QY5 A; 5FAS A; 1BUL A; 1FCN A; 2PBD P; 4LPZ A; 1YT4 A; 4EBP A; 3Q07 A; 4E3M A; 4L9F A; 1D06 A; 2Q0O A; 2DCF A; 4QD4 A; 2HDQ A; 1DP8 A; 3HLC A; 3HLE A; 4R3J A; 2H10 A; 2J3T C; 4RA7 A; 1KOU A; 3VOZ A; 1BTL A; 1K54 A; 2Q9N A; 3HUN A; 4LFU A; 1YLY A; 2FH5 A; 1OT9 A; 1T1B A; 1Z09 A; 2QWS A; 1W7F A; 1T18 A; 1YLP A; 1T1A A; 3D72 A; 5IS1 A; 4DE2 A; 3VOL A; 4KZ9 A; 3KSF A; 1PZP A; 2Y2K A; 2XQZ A; 3A3D A; 4Y13 A; 3BFF A; 4YFM A; 4S2N C; 4H6J A; 3EQV A; 1PWG A; 2VZW A; 3S7P A; 4WYY A; 1LT0 A; 3MQQ A; 1CEF A; 3KYE A; 1N9L A; 2VK3 A; 1PI5 A; 4CLC C; 4K91 A; 2QYB A; 3PBQ A; 1WE4 A; 2VJW A; 5K5B A; 5EM1 A; 2WZZ A; 1EWZ A; 4GLQ A; 3Q7Z A; 3FWL A; 3SZT A; 3BW6 A; 1TF1 A; 4LCM A; 4H6J B; 2XF3 A; 2EXA A; 2Y59 A; 3BEB A; 1YPR A; 2A24 B; 3ZQ5 A; 2Y2O A; 2W1T A; 3MS6 A; 3GQZ A; 1G6A A; 5DF9 A; 4E3N A; 1IYP A; 3QNB A; 3ZNT A; 4C6Y A; 3KSI A; 1GSX A; 2KDK A; 3T1X A; 4DXC A; 1D7E A; 2YKF A; 3DTK A; 1IEM A; 5L09 A; 4BJP A; 4QY6 A; 3UB9 A; 4JGR A; 2PD7 A; 2BLS A; 4IBR A; 2Z2L B; 3DTI A; 2ZC7 A; 2X71 A; 3IWQ A; 2OWH A; 3L7H A; 4X6T A; 1VET A; 1LLB A; 1N9O A; 2PRF A; 5J8X A; 4R1G A; 4OH0 A; 2W1T B; 5HAR A; 1K55 C; 2CMN A; 2K31 A; 2ZD8 A; 4KZA A; 4OLD A; 3CZD A; 1IYQ A; 3PYP A; 3W4Q A; 3HLW A; 4NXG A; 1Q2P A; 1NXY A; 4L9E A; 3QNC A; 5F5Y A; 4KQO A; 1BT5 A; 5DF8 A; 2JKR I; 3NJA A; 4OPZ A; 4MCW A; 3SS4 A; 1VET B; 4N9L A; 2O9C A; 2G2U A; 4X68 A; 4EW7 A; 5AVE A; 4P0M A; 4B88 A; 3BLM A; 4JF6 A; 2V8F A; 2VX8 A; 1RGZ A; 3LIC A; 1UGU A; 3SH8 A; 3W8K A; 3D9Y A; 5TR7 A; 4M3K A; 3LID A; 4B93 A; 1YSQ A; 3IT9 A; 3Q82 A; 4R23 A; 2GX5 A; 4QB8 A; 3C30 A; 4IHQ A; 3RJU A; 2EXB A; 4DN0 A; 2ZM0 A; 5DFX A; 3DW0 A; 4F94 A; 5DKL A; 2PDR A; 1WYB A; 3P09 A; 2EA9 A; 3BM6 A; 3OBF A; 1OJ5 A; 2ZQA A; 1YLW A; 2WKQ A; 3DWZ A; 3KSG A; 4P6B A; 4LV3 A; 2B5R A; 2EX2 A; 1YSP A; 5FAO A; 3A3J A; 1O07 A; 2KLI A; 3EGD C; 3EGX C; 4JKT A; 5AQB A; 4Q0I A; 5TBM A; 1YKD A; 2ZMV A; 4GCZ A; 1BYW A; 3UE6 A; 1PZO A; 1LL8 A; 5L8M A; 3IXB A; 4WUJ A; 3IH8 A; 3LUQ A; 5FDS A; 4EES A; 4MNR A; 4JGP A; 1C3B A; 3IF6 A; 4K0X A; 3ZDJ A; 3ZVT A; 3NBL A; 3O88 A; 3LYX A; 4HEF A; 4MN7 A; 2Y2G A; 1X0O A; 3A0R A; 4JXV A; 5E43 A; 4U0X A; 5FL3 A; 5TBM B; 2PU4 A; 1QME A; 2VV8 A; 1MKI A; 3VP3 A; 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5KIZ A; 1HD8 A; 5E2F A; 1ZG6 A; 2W3H A; 4EXO A; 4OPR A; 3PBN A; 5M1A A; 3G30 A; 4EER A; 5FEF A; 3BEC A; 5CRF A; 4HP9 A; 2W3G A; 4GKU A; 1N9B A; 5HPI A; 3NY4 A; 1PW8 A; 1NLZ A; 5EOO A; 3LI8 A; 3OOV A; 3WS1 A; 1YM1 A; 3TG9 A; 2WGI A; 3UDX A; 3VFF A; 4BL2 A; 4BL3 A; 1PI4 A; 4CJN A; 3GR2 A; 3UE3 A; 2XH9 A; 3RXW A; 4I38 A; 3LR3 A; 4PPR A; 4WLA A; 3VE3 A; 4OOM A; 3B42 A; 5HAI A; 1K25 A; 1FQG A; 3ZNY A; 3LGO A; 5E2E A; 2IWC A; 4H8R A; 1E4D A; 5GHZ A; 2VEA A; 4WZ5 C; 3V39 A; 3DAV A; 1MC0 A; 1KDW A; 1H8Z A; 3UPN A; 5DF7 A; 1MY8 A; 4Y15 A; 3A0V A; 2V1Z A; 1YQS A; 1S4S A; 1S1Z A; 5DTS A; 1G28 A; 1CK3 A; 4RVA A; 3B3X A; 2FZ0 A; 1G6O A; 4OOL A; 4DDY A; 1YAX A; 1HLU P; 5F83 A; 3F1O A; 2J9P A; 5GHY A; 1ACF A; 1KGF A; 1RGY A; 3E4Q A; 3HUM A; 1CQA A; 2Z2M B; 3MKE A; 2P04 A; 3ZFZ A; 5EFW A; 3IX8 A; 2VA0 A; 3PBO A; 4FOF A; 2K7S A; 4PM8 A; 3F1O B; 2W3E A; 3O86 A; 3EOI A; 4X53 A; 3GRJ A; 3M6H A; 4PHT A; 3LR0 A; 3M2J A; 2RL3 A; 3IH9 A; 4WF0 A; 3RH8 B; 2OAQ 1; 4WEK A; 2JN7 A; 1K57 C; 2EFX A; 4WEJ A; 3A3E A; 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