5F9UA

X-ray structure of the adduct between hen egg white lysozyme and cisplatin upon 24 hours of incubation at 20 degrees
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Effect of temperature on the interaction of cisplatin with the model protein hen egg white lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5f9uA00
4HPEA 1IP5A 1CKHA 3LN2A 3AZ4A 4GN5C 1LZ9A 4NSIA 1BB3A 1D0LA 1FLWA 1GHLA 132LA 1LSNA 1G7JC 4WO9A 1NMMA 1UIAA 5I54A 2G4PA 4WLXA 5C6IA 1HENA 1DPXA 4RDSA 3TXGA 4LYOA 5FSTA 4U3XB 1GF6A 5F16A 3M3UA 3P66A 4TTDA 1GF8A 2BQEA 4WM2A 3LZTA 1UICA 2BQCA 4TUNA 1D9UA 4UWVA 3AW6A 5I4XA 1GB0A 1RJCB 3BKHA 4IATA 1FBIX 4BAFA 1LYSA 1F6RA 1HSWA 2ZQ3A 1JIYA 1G7HC 1YAQA 1I56A 3GXRA 1C45A 1G7MC 3WULA 4B4JA 4C3WA 2XBSA 4XYYA 4YOPA 1REMA 1EQEA 2BQKA 1VATA 5KXPA 2W1MA 2LYZA 1HEPA 1VDPA 3CSZA 4B4IA 4RW2A 1DI5A 4LT0A 1B9OA 3ZVQB 1JHLA 3B0IA 4H9HA 4RLMA 2EQLA 4CGEA 1LJKA 2CGIA 4WL7A 3CT1A 1WQNA 3TXBA 1C46A 1BWIA 1B7LA 2W1XA 1OUGA 4DDAA 8LYZA 5LA5A 1IOSA 2GV0A 3A94A 1UC0A 4AGAA 2YBLA 4DD1A 3A91A 4GLVA 3W6AA 1GE2A 1DI4A 1JKAA 4ETEA 2Q0MX 2Z12A 2Z19A 1CKCA 3WU7A 1UIEA 4TWSA 4NGZA 5KXKA 1LZ8A 1C08C 1HHLA 1LJIA 4H91A 2F30A 7LYZA 3WXUA 1CJ7A 1LMOA 4Z3MA 2ZQ4A 5F14A 4OWBA 1LSDA 4BADA 1GBWA 1GDXA 1NBYC 1YKXX 4DDBA 1IOQA 1GE3A 1AM7A 4WOAA 4HJVA 1WQRA 5AMYA 3P68A 4GN3A 1REXA 4Z41A 208LA 4UWNA 5L3IA 3W6DA 9LYZA 1O23A 1OUFA 1BQLY 1C7PA 3W6EA 1GEZA 4O34A 1G7IC 1LJGA 1YQVY 3N9EA 3RZ4A 1BB7A 2MECA 2BAAA 3WW6A 3N9CA 4PJ2C 4NGLA 1LJEA 4BAPA 1PZYA 4NIJA 3HFMY 1GB5A 2HUBA 4G9SA 5KXNA 4GCEA 1QTKA 1DQJC 1GB3A 1BB5A 1IWYA 2DQHY 2I26L 4NGVA 2PC2A 3TMWA 1IP6A 1GXXA 4J1AA 1IR8A 4QY9A 5HNCA 1UIBA 4WO6A 1QQYA 1JUGA 4OWAA 1LZBA 5I4YA 2HEDA 4DD2A 1CKGA 1LSAA 2IFFY 4YEMA 4LGKA 1LZEA 1HEOA 1LZTA 2D4KA 1XGRC 1VDTA 1LOZA 5KY1A 1QDTA 1UIHA 2BQDA 1GDWA 4OWEA 1WTNA 2Z2EA 2BQAA 5LA8A 2W1LA 1RE2A 2VB1A 3IJUA 1B5VA 2HECA 1XGPC 1SLYA 4H9CA 2ZIKA 6LYZA 5JENB 1TEWA 2DQEY 2YBJA 1LMQA 1IWWA 4G4CA 3WVXA 4NHSA 1H87A 1EL1A 1YILA 2ZILA 3QE8A 4H9FA 1BB4A 1D0MA 4HV1A 5KXRA 1ZMYL 5I53A 1CKFA 1LSBA 1OUIA 2WARA 5KXXA 1VFBC 4XADA 4XJHA 1LZDA 1A2YC 1XFPL 2EKSC 4NSGA 2LYOA 4OWCA 4M6DA 2DBTA 3WUAA 4DD3A 1JJ3A 1IY4A 5ILFA 4WMGA 1GF7A 4FJRA 2ZIJA 2Z39A 1JKBA 4XJDA 2HEAA 4NSHA 1NQIA 4DT3A 3LYTA 2YSSC 1B5ZA 2ZYPA 4NGYA 1B5UA 1LKSA 1LPIA 1TCYA 1B5WA 1FLQA 1NDGC 1E8LA 4WG7A 1NDMC 2BQFA 4NY5A 5FEKA 3IWRA 4IASA 5T3FA 1LHLA 3OJPA 4HPIA 1BWHA 1IC5Y 1UUZC 5LAGA 1IX0A 1DKJA 3MGWA 2D91A 4II8A 5IDDA 3ULRA 2BLXA 4H9BA 1TAYA 1LSMA 4YM8A 3AB6A 5LXWA 135LA 1GPQC 1HFXA 1YKZX 1JEFA 5FELA 1QSWA 5FCPA 4GN4A 3TMVA 1I1ZA 1LYOA 5HMJA 1GB6A 2YBIA 1JTOL 1GF9A 1UIDA 2F2NA 2ZNWY 1NKHA 1GBOA 1YROA 1V7TA 2A7FA 4DD0A 4WM1A 134LA 4NG8A 1MELL 4L41A 4QEQA 5LVHA 1IC4Y 1LHIA 1LSPA 1UA6Y 3AJNA 4NHQA 2Z37A 4EOFA 2HU1A 1LTMA 4BS7A 1GAYA 2DQIY 5J7CA 1HC0A 4LYZA 2A7DA 2DQDY 3HBHA 1MLCE 3RW8A 4XJBA 2DQGY 4NHIA 4XJIA 4R0FA 5M1YA 3CSRA 1G7LC 2F4AA 1QIOA 1UBZA 4QDNA 1N4FA 2G4QA 4WL6A 1W08A 3AW7A 3B0OA 1CKDA 1GBSA 3M18B 4NGWA 4DYGA 3W6BA 1IWTA 2DQAA 1REZA 1XEKA 4ML7A 1GFEA 2BQHA 5FHWA 1B5YA 1YKYX 5IHGA 1YL1X 1LHMA 1GXV2 4FDYA 4OWHA 4H8XA 5KXWA 2IHLA 1FDLY 2H9KA 4NWEA 5KXZA 4DD9A 1LZNA 153LA 3T36A 5ILCA 3AGGG 2XJWA 1NF5A 3ATNA 1LSEA 1T6VL 4HP0A 2CWIA 2BPUA 2YDGA 3LYZA 2DQCY 1XEIA 1HFZA 4J7VA 3QNGA 1XGTC 4Z98A 4ZFPA 2C8OA 4P2EA 1LMAA 2AUBA 4GCFA 3WUNA 1IWVA 1IO5A 1LJ3A 4WM6A 4XN6A 3ZVQA 3LYOA 1W6ZA 1VDQA 3A3RX 1GB7A 1QUSA 2HU3A 4GCBA 1RCMA 5DN4A 4GCCA 4PPOA 4OOOA 3OK0A 3CT5A 5KXMA 1B7MA 1HEWA 3AYQA 1JJ1A 1LZCA 1LJNA 2CDSA 1KXYA 4KPMA 4LYBA 5F81A 4N9RA 5L3HA 4WM3A 5II3A 1QDRA 4H1PA 1REYA 4TSCA 3AGHA 1GBXA 1GB2A 2MEHA 3W3EA 1IIZA 1IP4A 1YAPA 4NWHA 4YENA 3WH1A 5B07A 3WYHA 5APCA 3WPJA 1YANA 1V7SA 4RW1A 1LCNA 5APEA 2D6BA 1IOTA 3SP3A 3A93A 5A3ZA 5LAFA 3EMSA 2DQFC 2Y8PA 1ZVYB 4IJ4A 4XJGA 5KXLA 4A7DA 1GFTA 2FYDA 1QUTA 2MEEA 2F4GA 2Z18A 4NHPA 4NGOA 4QGZA 1B7RA 3A6BY 5LVGA 1DZBX 1KXXA 1ZVHL 1LZ6A 1GF4A 3RNXA 5FDJA 1LSFA 1LMCA 1IP2A 1OP9B 1GFAA 2NWDX 3B72A 4NGIA 3TXIA 3WXTA 3A6CY 3T6UA 3FI7A 3GXKA 1YL0X 4RLNA 1FKQA 1RI8B 2W1YA 1LSGA 3FE0A 4H90A 1GF0A 4LT1A 4HJZA 5LYMA 1LHHA 1IVMA 3P4ZA 1GWDA 4LYCA 5HQ1A 2YBMA 1BB6A 1LJFA 3E3DA 4PHIA 4TSBA 1B7PA 3P64A 1D6PA 1D0KA 2XTHA 1LSYA 4H92A 1AT5A 1BGIA 2BQMA 1KIPC 3LYMA 5E9RA 5B1FA 3TMXA 4YF2A 1IR9A 4MCKA 1XSFA 4H9EA 1LMPA 4N1CC 1YAOA 1Z55A 3G3AB 4GCDA 1GFKA 4NSJA 1OUHA 4OW1A 5HLLA 5KXOA 5HMVA 4M4OA 4CFPA 1OUDA 1GFHA 1LSCA 2DQJY 1RFPA 1OUJA 3W6FA 4LT3A 3A96A 2MEGA 5KKJA 1JWRA 5B05A 2D4IA 1YAMA 3A34A 1IEEA 5A3EA 194LA 4AXTA 1XEJA 4J0LA 1LHJA 5HNLA 4HTNA 3CT0A 2HEBA 1UACY 2XBRA 3J4GA 1IP7A 2BQJA 1JKDA 1HF4A 2BQGA 5KXYA 3WUMA 3W6CA 1XGQC 1JITA 2HTXA 5LYZA 2LHMA 5DL9A 2BQOA 1ZV5L 5LINA 5APDA 1LKRA 1YIKA 5APFA 1T3PA 3N9AA 1AZFA 1JISA 1F6SA 1GFVA 1F0WA 1LZYA 4WM5A 4C5FA 2X0AA 3AGIA 4I8SA 4ETBA 2FBBA 5EBHA 4LYMA 4PGJB 1NWGA 3HBEX 1OUCA 1QTEA 1OQMA 1UIFA 5B06A 1BVXA 1GBZA 3AZ6A 4GLAA 3TXDA 4Z46A 5E4PA 5DLAA 3TXFA 133LA 1LMNA 2H9JA 1LZRA 2Z2FA 4ZEEA 1GF3A 2YVBA 3ATOA 4R6CA 1AKIA 1GD6A 1H6MA 4ET9A 1XGUC 4PRUA 1LYZA 1NBZC 4G4HA 3WL2A 2D4JA 3WU9A 1IP3A 1LZAA 1WQPA 2I6ZA 3D3DA 4KL7A 1DPWA 5B1GA 1KIRC 4NEBA 3WPKA 1GEVA 2G4NA 4N5RA 2LZTA 3LHMA 3ZEKA 1FLUA 2HEFA 4E3UA 4ET8A 1JSEA 1J1OY 1SQ2L 4YEOA 1VEDA 1QSAA 4HJYA 1B5XA 1HSXA 3A8ZA 4G49A 1HFYA 2LYMA 5K7OA 5LYTA 1C43A 1WTMA 1HELA 1GFGA 2EIZC 4H94A 2BQIA 1GE0A 3CB7A 3EXDA 4H8ZA 1B7SA 1TDYA 4DWXA 3WU8A 4N0JA 1IWXA 4HTKA 2MEBA 4B49A 1LZ4A 1LZ5A 3AZ7A 4LFXA 5DN5A 3F6ZA 1WVUA 3VWOA 1IWZA 3WMKA 4J1BA 5I4WA 1LAAA 1BVKC 2MEFA 1KIQC 2YBNA 1P2CC 5KXSA 4N8ZA 3WPLA 4ANRA 1C10A 4HTQA 3A90A 4KXIA 4H8YA 4W96A 5I5QA 4ZIXA 5KXTA 1EQ5A 1JTPL 1B7OA 1FKVA 4NGJA 1CNSA 1D6QA 1JSFA 4XENA 3RT5X 1CJ8A 1IWUA 1IC7Y 4NG1A 1WQOA 1TBYA 1NHEA 4XJFA 4B1AA 3TXEA 5IELA 1WVVA 3KAMA 4NHTA 1GF5A 1B0DA 1GB8A 1GB9A 1BWJA 4MR1A 4ETCA 3RU5A 3TXJA 1WQQA 5F9UA 4LZTA 4ETAA 1LSZA 2MEAA 1B7QA 1F10A 3A95A 1A4VA 4NFVA 6LYTA 207LA 4OOTA 1CJ9A 3A92A 1LJHA 1LZ1A 3P65A 5F9XA 1INUA 1ALCA 1JTTL 2DKVA 2FBDA 4WM4A 1GFJA 3WVYA 1BHZA 1HERA 5L9JA 5D5FA 3BKVA 3B6LA 1LMTA 4ETDA 3EO5A 1OUAA 5D5CA 1HNLA 1HEQA 3TXHA 4WLTA 2N5ZA 1JJ0A 5LVKA 1I20A 3HBDA 4TX7A 4H9AA 4LFPA 4DDCA 1IOCA 2YBHA 1KXWA 4WG1A 5C6LA 4DC4A 5KJ9A 1HMKA 4B0DA 4NGKA 1AT6A 1EQ4A 1DKKA 1GE1A 1LZSA 3CSQA 3IJVA 2BQNA 1DI3A 2CJLA 2MEIA 4KT3A 3A67Y 2RSCA 2Z38A 4H9IA 3TXKA 4D9ZA 1GFUA 1LJ4A 2LZ2A 4PRQA 1VDSA 1OUEA 2FYCA 2ZWBA 3LZ2A 1PS5A 2HEEA 2ZNXY 3CQLA 4W94A 4MSTA 1JPOA 193LA 1IORA 4WLDA 3G3BB 1J1XY 1LJJA 4WLYA 4LYTA 1GE4A 3QY4A 1HMLA 4G4BA 2MEDA 2B5ZA 2ZYCA 4HSFA 4HV2A 1CJ6A 2BQLA 4CFOA 1WQMA 2H5ZA 4EMNA 1LZGA 5B59A 4H93A 2BLYA 1B2KA 3D9AC 1GAZA 1IP1A 1UIGA 3AZ5A 4B4EA 3J6KA 3K3TA 1J1PY 4N1EI 1FN5A 3TMUA 5LVJA 4I0CA 5C6JA 1DXJA 2EPEA 3WW5A 1LHKA 3A3QA 1IR7A 3B0KA 3EBAB 2BQBA 1UCOA 4CHXA 5DM9A 1OUBA 154LA 1JKCA 1VAUA 2I25L 2C8PA 4CJ2A 1GBYA 1HEMA 1LYYA 4DD7A 4X3BA 1GFRA 4LT2A 5LIOA 4UWUA 5LVIA 5KKIA 1FLYA 1B7NA 1IY3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CKHA 102LA 3AZ4A 4GN5C 4EKQA 1BB3A 4WO9A 1NMMA 5I54A 4WLXA 5FSTA 3RZEA 3P66A 1GF8A 237LA 2RAZX 2OEAX 3LZTA 1UICA 2BQCA 3BKHA 1QT3A 4BAFA 1L12A 1HSWA 1I56A 1EQEA 2BQKA 3CSZA 184LA 4B4IA 1DI5A 3ZVQB 1QTDA 3TXBA 1BWIA 127LA 1L38A 1B7LA 2W1XA 4DDAA 8LYZA 1IOSA 2GV0A 3W6AA 1GE2A 1DI4A 4ETEA 2Q0MX 3DNAA 1CKCA 1UIEA 1D3MA 1C6DA 1D2WA 1LZ8A 1C08C 1G0KA 1LJIA 1P2LA 3WXUA 2ZQ4A 1GDXA 1LGUA 1AM7A 4Z41A 1L59A 208LA 1L94A 1C6JA 4UWNA 148LE 3W6DA 1C7PA 1LJGA 3C7YA 3RZ4A 1BB7A 2BAAA 1JTMA 4BAPA 1PZYA 1L06A 1GB5A 1BB5A 5HNCA 4WO6A 1QQYA 1L51A 4OWAA 1LZBA 1XJTA 218LA 1CV0A 1CKGA 1QT7A 2IFFY 1LZEA 3SB8A 1XGRC 1C67A 1LOZA 3HH4A 1UIHA 1GDWA 4OWEA 4DQJA 5LA8A 3NY9A 1XGPC 1SLYA 4H9CA 1LI6A 2DQEY 1LMQA 1IWWA 3WVXA 4NHSA 122LA 1EL1A 4H9FA 1BB4A 109LA 1D0MA 1I6SA 1ZMYL 5KXXA 3GUJA 3WUAA 2EKSC 225LA 2B70A 1JKBA 4EJ4A 4LDLA 1B5ZA 1L88A 4PJZA 1P3NA 5T3FA 4HPIA 1IC5Y 1SWYA 1P46A 2BLXA 2OU8A 3AB6A 5FELA 2IGCA 1I1ZA 2NTGA 1P5CA 134LA 3CDOA 1IC4Y 119LA 4BS7A 1C60A 3SB7A 2A7DA 3PDSA 1L13A 3HBHA 2DQGY 215LA 4XJIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HPE A;  1IP5 A;  1CKH A;  3LN2 A;  3AZ4 A;  4GN5 C;  1LZ9 A;  4NSI A;  1BB3 A;  1D0L A;  1FLW A;  1GHL A;  132L A;  1LSN A;  1G7J C;  4WO9 A;  1NMM A;  1UIA A;  5I54 A;  2G4P A;  4WLX A;  5C6I A;  1HEN A;  1DPX A;  4RDS A;  3TXG A;  4LYO A;  5FST A;  4U3X B;  1GF6 A;  5F16 A;  3M3U A;  3P66 A;  4TTD A;  1GF8 A;  2BQE A;  4WM2 A;  3LZT A;  1UIC A;  2BQC A;  4TUN A;  1D9U A;  4UWV A;  3AW6 A;  5I4X A;  1GB0 A;  1RJC B;  3BKH A;  4IAT A;  1FBI X;  4BAF A;  1LYS A;  1F6R A;  1HSW A;  2ZQ3 A;  1JIY A;  1G7H C;  1YAQ A;  1I56 A;  3GXR A;  1C45 A;  1G7M C;  3WUL A;  4B4J A;  4C3W A;  2XBS A;  4XYY A;  4YOP A;  1REM A;  1EQE A;  2BQK A;  1VAT A;  5KXP A;  2W1M A;  2LYZ A;  1HEP A;  1VDP A;  3CSZ A;  4B4I A;  4RW2 A;  1DI5 A;  4LT0 A;  1B9O A;  3ZVQ B;  1JHL A;  3B0I A;  4H9H A;  4RLM A;  2EQL A;  4CGE A;  1LJK A;  2CGI A;  4WL7 A;  3CT1 A;  1WQN A;  3TXB A;  1C46 A;  1BWI A;  1B7L A;  2W1X A;  1OUG A;  4DDA A;  8LYZ A;  5LA5 A;  1IOS A;  2GV0 A;  3A94 A;  1UC0 A;  4AGA A;  2YBL A;  4DD1 A;  3A91 A; 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 2FBD A;  4WM4 A;  1GFJ A;  3WVY A;  1BHZ A;  1HER A;  5L9J A;  5D5F A;  3BKV A;  3B6L A;  1LMT A;  4ETD A;  3EO5 A;  1OUA A;  5D5C A;  1HNL A;  1HEQ A;  3TXH A;  4WLT A;  2N5Z A;  1JJ0 A;  5LVK A;  1I20 A;  3HBD A;  4TX7 A;  4H9A A;  4LFP A;  4DDC A;  1IOC A;  2YBH A;  1KXW A;  4WG1 A;  5C6L A;  4DC4 A;  5KJ9 A;  1HMK A;  4B0D A;  4NGK A;  1AT6 A;  1EQ4 A;  1DKK A;  1GE1 A;  1LZS A;  3CSQ A;  3IJV A;  2BQN A;  1DI3 A;  2CJL A;  2MEI A;  4KT3 A;  3A67 Y;  2RSC A;  2Z38 A;  4H9I A;  3TXK A;  4D9Z A;  1GFU A;  1LJ4 A;  2LZ2 A;  4PRQ A;  1VDS A;  1OUE A;  2FYC A;  2ZWB A;  3LZ2 A;  1PS5 A;  2HEE A;  2ZNX Y;  3CQL A;  4W94 A;  4MST A;  1JPO A;  193L A;  1IOR A;  4WLD A;  3G3B B;  1J1X Y;  1LJJ A;  4WLY A;  4LYT A;  1GE4 A;  3QY4 A;  1HML A;  4G4B A;  2MED A;  2B5Z A;  2ZYC A;  4HSF A;  4HV2 A;  1CJ6 A;  2BQL A;  4CFO A;  1WQM A;  2H5Z A;  4EMN A;  1LZG A;  5B59 A;  4H93 A;  2BLY A;  1B2K A;  3D9A C;  1GAZ A;  1IP1 A;  1UIG A;  3AZ5 A;  4B4E A;  3J6K A;  3K3T A;  1J1P Y;  4N1E I;  1FN5 A;  3TMU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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