5FDJA

Hen egg lysozyme at room temperature solved from datasets acquired by ultrasonic acoustic levitation method and processed by crystfel
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Ultrasonic acoustic levitation for fast frame rate X-ray protein crystallography at room temperature.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5fdjA00
1B2KA 1H6MA 1FLQA 4B4IA 5LIOA 3HBDA 1CKHA 1NDGC 1HMLA 2D4IA 1NWGA 4N1EI 1J1PY 4NFVA 1IP3A 5KXTA 1GB6A 5FHWA 5HMVA 3QE8A 1C7PA 2FYDA 5LAGA 1HEWA 5F81A 1ALCA 1HEMA 3LYZA 3AW6A 1CKCA 1O23A 4ET8A 5KXKA 3OJPA 4KL7A 1IOQA 1GE2A 1BGIA 1CKFA 4GN4A 4H1PA 2I6ZA 1GF8A 4BAPA 1GF4A 1LZBA 1GE3A 5I53A 1FKVA 3A6CY 4NSIA 4A7DA 1LZTA 4B1AA 1LSMA 5KXXA 193LA 4O34A 2LYMA 1WTNA 1GB3A 2XBRA 1J1XY 4J0LA 1JKCA 3RU5A 3ZEKA 2FBDA 5KXZA 1NBYC 1EQ5A 1FLUA 1LYOA 1GE1A 1LSAA 1BWJA 1B7RA 3TXKA 1WQPA 3W6BA 1LZDA 1FLWA 3KAMA 4H9FA 5APEA 1JHLA 1GE0A 4YOPA 1UA6Y 2GV0A 3EMSA 2BQAA 3AW7A 1ZV5L 1D0LA 4WM3A 1UIAA 1VFBC 1UICA 153LA 2W1XA 2BQHA 3WUMA 4NGKA 1OP9B 4N9RA 1OUCA 3SP3A 3CSZA 3VWOA 2ZYCA 4EMNA 1D9UA 1IC5Y 1JPOA 4WM6A 2PC2A 4GLVA 4WG1A 4P2EA 5ILCA 5LVGA 3P4ZA 5E9RA 2I25L 4ETBA 1LSDA 4ZEEA 3LHMA 4DYGA 5LVHA 2FBBA 4EOFA 5KXNA 3TXEA 1LJNA 3W6AA 1IO5A 1KIQC 1GBXA 4CGEA 4HP0A 207LA 1ZVHL 4HPEA 4NGLA 3F6ZA 1KXYA 2EPEA 4GCFA 1Z55A 3T6UA 3WW6A 4FJRA 5LVIA 4OWEA 1LSYA 3M18B 1GBZA 1IP1A 2B5ZA 3CT1A 4LYTA 3N9AA 5D5FA 1UIHA 3LYMA 4LYMA 3W3EA 2Z19A 2F4GA 5HNLA 1IWZA 2I26L 1LYYA 3HFMY 4WMGA 4XJBA 2YBMA 2LZTA 1BB4A 1JTTL 3OK0A 4LYBA 4BADA 5KXWA 3LZTA 3TMUA 1LAAA 2EQLA 1DI4A 2G4NA 1I1ZA 4XJDA 1LZCA 1LJGA 1J1OY 5A3EA 5KXLA 5D5CA 1HFYA 1IR9A 1LZYA 1AZFA 2BQGA 4DD2A 1GEVA 5M1YA 1DQJC 4OWHA 1IOSA 2XTHA 1IC7Y 4MCKA 4ML7A 1LJKA 3CQLA 3GXRA 4H8XA 1B7QA 1LHIA 1LZ6A 5FELA 1V7TA 3WPJA 5IELA 1GFUA 1OQMA 1RFPA 1GBYA 4GCCA 1A4VA 4Z3MA 1GBOA 4LT1A 1IR7A 5C6JA 1LSFA 1YIKA 4GN3A 1BB5A 4R6CA 1CJ7A 2YSSC 1UUZC 1LHLA 3B0IA 4B4EA 3AYQA 4NHTA 1CJ8A 5F16A 1VAUA 3J4GA 1FDLY 2HU1A 4TUNA 5F14A 2D4JA 1XEIA 3TXJA 4KPMA 2XBSA 1LSCA 3TMVA 2Z38A 2HU3A 4NGWA 4WM2A 1DKKA 4LFPA 3LYOA 5L3HA 2CGIA 3A34A 2EKSC 1OUEA 1UBZA 1XGUC 1XGQC 3FI7A 1REZA 3RT5X 1YROA 4Z46A 1FLYA 1EL1A 2DQGY 2DQJY 4HJYA 4PJ2C 2YBJA 4WL6A 1GBWA 2LYOA 1LYSA 1VEDA 4WM5A 4RW1A 4WO9A 1F6SA 1P2CC 3RNXA 1IWVA 1IWWA 2BQOA 1QDTA 4XJHA 5B06A 2Z12A 2Z37A 1LPIA 1W08A 1JKDA 4NWEA 3W6DA 1LMOA 4WL7A 2BPUA 3D3DA 2LYZA 1PS5A 1GF9A 1NKHA 3IWRA 4LT3A 1BB7A 2BLYA 5LA5A 3TMWA 1IEEA 1JSFA 1OUGA 2BQJA 3A94A 4ZFPA 5A3ZA 5LXWA 4NGOA 1GB7A 3ATNA 3IJVA 4Z98A 1CKDA 1D6PA 4PRQA 5KY1A 1B7NA 4HTNA 3AJNA 1FBIX 1LMPA 1LKSA 1D6QA 4TSCA 3N9EA 4WG7A 2BQFA 1XFPL 5FEKA 1LMAA 1OUFA 5L3IA 4WO6A 4C3WA 1BVKC 3A3RX 2G4QA 4DT3A 1IY4A 4G4HA 1XGPC 133LA 1JIYA 3ZVQA 1WQMA 4OOOA 1TAYA 2IHLA 4YM8A 5F9XA 3A93A 4DD9A 2D6BA 1ZMYL 1WTMA 1H87A 2BQNA 1REYA 4DD7A 1XEJA 1GB8A 4HV1A 3CT5A 2Z18A 1LZNA 4YEOA 3A96A 1LZRA 3RZ4A 4LT2A 4WLYA 9LYZA 1UCOA 1IIZA 1PZYA 1JJ1A 1IOTA 1GFEA 1SLYA 1IP2A 1B5YA 2XJWA 3IJUA 3FE0A 4X3BA 5KXPA 1OUHA 3M3UA 1B5UA 4D9ZA 2HEEA 1BVXA 2DQEY 1AT5A 1B5WA 3TXGA 1DPWA 3WH1A 1IORA 1ZVYB 1HELA 2ZIJA 4WM1A 1GB0A 4NIJA 5DM9A 4TTDA 4MSTA 3WVXA 4PHIA 3ULRA 4DDBA 2DQIY 3E3DA 4NG1A 4ETAA 4IATA 2MEFA 2MEAA 5KXSA 1GB9A 1HEQA 1NBZC 1QUSA 1C08C 5B1FA 3WU8A 1IY3A 4OWAA 1WQOA 4OWCA 2NWDX 1REMA 1LSGA 3A95A 2BQDA 1HSXA 4CFOA 1YKXX 1RJCB 1I20A 1GFRA 1JTOL 4TX7A 4HJZA 1IR8A 3G3AB 1QSWA 1IWYA 1LZAA 1HEOA 1B9OA 1HFZA 1IC4Y 1HERA 1VATA 3A91A 1IP6A 1DI3A 5I4WA 2HEDA 2Z2FA 5KXMA 1GFGA 1LZ9A 3T36A 4J1BA 5L9JA 2MEGA 2WARA 1QTEA 4KT3A 1TEWA 1I56A 1LJJA 1LSEA 4XJGA 3WXTA 1GDWA 1LZ4A 4DWXA 4ZIXA 1DZBX 1JJ3A 4NY5A 2ZYPA 5LAFA 1HMKA 2BQLA 5APDA 3TXIA 1LZGA 3AGHA 4LT0A 4AGAA 4QY9A 2YBLA 3B72A 2MEBA 1LZEA 3AZ4A 1YILA 3MGWA 1GFTA 2ZILA 2DQCY 1YL0X 4HPIA 3WYHA 1LSBA 2BQEA 4QEQA 5ILFA 5IDDA 1YKYX 1GB2A 4Z41A 2A7DA 3AZ7A 4N5RA 1N4FA 1LMNA 1LYZA 3AB6A 1JWRA 3CB7A 4HSFA 2BQCA 4NEBA 1IWTA 1YL1X 4HJVA 2MEIA 4G9SA 1GDXA 4H93A 3TXFA 1QSAA 1QIOA 1VDTA 4GCDA 4N1CC 3HBHA 4YEMA 5LYZA 4QGZA 3BKHA 1WVUA 3WULA 1IWXA 2BQBA 3LZ2A 4XN6A 4LYCA 1WQRA 2LHMA 4R0FA 1UIFA 5B07A 1JKAA 1LHMA 1GBSA 1IOCA 2G4PA 6LYZA 2YVBA 1LMCA 1REXA 1NHEA 1VDQA 5KXOA 1E8LA 4HTKA 4HTQA 4J7VA 1GEZA 1DI5A 1GF6A 3HBEX 4H9EA 2HTXA 3CSQA 2YDGA 4NGYA 3EXDA 1F10A 1QQYA 3W6FA 4NHPA 5FCPA 1LJIA 1QUTA 208LA 3AZ5A 1T6VL 4LFXA 1GWDA 3WXUA 4TWSA 1A2YC 1IX0A 3A6BY 3P68A 4AXTA 5J7CA 4XJFA 1RI8B 1C46A 4CFPA 5FSTA 1KXXA 1LMTA 4RW2A 1AKIA 4ET9A 1B7OA 1HF4A 1VDPA 4H94A 4C5FA 2F4AA 4NGZA 5DN4A 4XENA 1LKRA 3W6CA 2W1YA 154LA 4H9CA 1LZSA 2HUBA 1GPQC 4RDSA 2DKVA 4G4BA 4GCBA 1GF5A 4XYYA 2C8PA 4OWBA 4GCEA 1DKJA 1LZ5A 2ZQ3A 5LINA 1FN5A 1KXWA 3RW8A 4ETDA 5C6IA 5LA8A 5HMJA 8LYZA 3AGGG 2LZ2A 2N5ZA 1BWHA 1B5ZA 3WUNA 1IVMA 1GAZA 2BQMA 2A7FA 1HFXA 1W6ZA 1GXXA 2DBTA 4B0DA 1LZ8A 4MR1A 3WPKA 4LGKA 1LSZA 3WU7A 5KXRA 1JJ0A 2DQDY 1DPXA 2MEEA 4OOTA 4L41A 1LSNA 1XSFA 2F30A 3G3BB 5B1GA 4NHSA 4ETCA 3BKVA 4KXIA 4LZTA 4CJ2A 2ZIKA 5DN5A 4FDYA 1BWIA 135LA 2H9JA 4IASA 1MLCE 1QTKA 1JKBA 1RCMA 1NF5A 4G49A 1IP4A 2BQKA 4NGIA 1BB6A 5II3A 1UIGA 3K3TA 1YAMA 3A3QA 3LYTA 4N8ZA 1B7MA 2BLXA 4XJIA 5B05A 1OUDA 1OUBA 1WQQA 1XGTC 1LHJA 1G7LC 4DDCA 1JEFA 1LJHA 1GAYA 1LMQA 2H5ZA 4BS7A 1YQVY 1LOZA 1F0WA 1OUAA 2ZNWY 2X0AA 3QNGA 5KJ9A 1VDSA 1UIEA 1JUGA 1TDYA 1B7LA 4H9AA 4BAFA 4DD0A 1KIRC 4H8ZA 1G7IC 1BQLY 3B0OA 5DLAA 4PGJB 4LYZA 5E4PA 1HNLA 4QDNA 4DD3A 3CSRA 1G7JC 3W6EA 2ZNXY 1KIPC 1UC0A 2Z39A 1HC0A 2IFFY 5KXYA 4W96A 2C8OA 2YBIA 3A67Y 4IJ4A 1GFVA 2W1MA 4ETEA 3WVYA 1CJ9A 1LZ1A 4HV2A 1D0MA 1HENA 4J1AA 4NGVA 3P65A 4RLMA 2EIZC 1GHLA 1F6RA 4UWNA 5IHGA 2Z2EA 2CDSA 2HECA 1HHLA 1C43A 1GE4A 1GF0A 4DD1A 7LYZA 1B0DA 5APCA 1IP5A 5I4YA 1LJEA 1LSPA 1GXV2 2MEDA 3A92A 1AT6A 1WVVA 4NSHA 5HNCA 1GFJA 3WL2A 1G7HC 3EBAB 1HEPA 132LA 1D0KA 2RSCA 2VB1A 4LYOA 4NG8A 134LA 4H9HA 5HLLA 2AUBA 4WLTA 5APFA 2YBNA 2D91A 1GB5A 4GN5C 3J6KA 1UIBA 3P64A 1CKGA 3B0KA 1BHZA 1YAQA 4PPOA 4GLAA 2ZQ4A 4II8A 5DL9A 4G4CA 1LJ4A 1TCYA 2YBHA 1B5VA 3WU9A 1FKQA 4E3UA 5I54A 5LYMA 4ANRA 1LTMA 3ZVQB 1LCNA 1GD6A 4UWUA 3TXDA 4N0JA 1YKZX 2CJLA 4WLDA 5F9UA 2HEBA 3GXKA 4WOAA 3D9AC 1TBYA 2BAAA 1YAOA 1JSEA 4H9BA 4OW1A 1DXJA 194LA 1MELL 2MECA 2DQHY 1EQEA 2F2NA 4NSGA 1GFHA 2D4KA 1WQNA 1CNSA 5LYTA 1UACY 2ZWBA 2FYCA 1OUJA 1G7MC 5AMYA 1CJ6A 1V7SA 2HEAA 1UIDA 3ATOA 1AM7A 3TXHA 1JISA 5C6LA 1XGRC 1RE2A 2CWIA 2Y8PA 5K7OA 1OUIA 4H8YA 5LVKA 3WW5A 1XEKA 1IP7A 2BQIA 4PRUA 4TSBA 6LYTA 4UWVA 4NWHA 2HEFA 4NHIA 4RLNA 4YF2A 4NHQA 4H90A 4H9IA 1LHKA 1GF7A 1LJ3A 3EO5A 5EBHA 1HSWA 1JITA 5LVJA 5B59A 4W94A 4H92A 1BB3A 1IWUA 1LJFA 1B7PA 4U3XB 3AGIA 1INUA 4I8SA 5KKJA 2MEHA 4M6DA 3CT0A 4H91A 1NDMC 3B6LA 3WMKA 4M4OA 1JTPL 5T3FA 3TMXA 1LHHA 1QDRA 4I0CA 3LN2A 4B4JA 4NGJA 3WPLA 3TXBA 3WUAA 5I4XA 1C10A 1C45A 5FDJA 5KKIA 3AZ6A 1EQ4A 1NQIA 1GFKA 1GFAA 4XADA 1B7SA 4WLXA 4YENA 5HQ1A 1SQ2L 2DQFC 4CHXA 5JENB 1NMMA 1YANA 4DDAA 2W1LA 3N9CA 4WM4A 1B5XA 2Q0MX 3A90A 1GF3A 4NSJA 3A8ZA 1T3PA 3P66A 4DC4A 2DQAA 2H9KA 4B49A 1YAPA 5I5QA 3QY4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L17A 1FLQA 1C69A 3PBLA 5LIOA 4B4IA 1CKHA 1HMLA 2D4IA 1NWGA 4N1EI 131LA 1CU5A 3QE8A 1C7PA 1JQUA 2QB0B 1HEMA 1CKCA 5KXKA 1CKFA 4GN4A 2I6ZA 3DMZA 1GF4A 1GE3A 4A7DA 1K28A 1LSMA 1J1XY 3QAKA 2B6YA 1LYOA 214LA 1GE1A 1BWJA 1B7RA 1WQPA 108LA 3W6BA 3CDVA 1FLWA 1QT3A 5APEA 2B75A 3EMSA 1QS5A 2O4WA 1VFBC 1LI2A 2BQHA 200LA 1QUGA 1OP9B 1L95A 4N9RA 3LZMA 5LVHA 2FBBA 3C8RA 1LI3A 3V2WA 1C6FA 4NGLA 1KXYA 2EPEA 5LVIA 3N9AA 1C66A 4LYMA 1LYYA 1JTTL 1L49A 3LZTA 3TMUA 1L0JA 2RAYX 1L51A 1LJGA 1L89A 5A3EA 1HFYA 1IR9A 2BQGA 1GEVA 4AQNA 141LA 1LJKA 1C6MA 5FELA 2LZMA 1GBOA 102LA 1L14A 1LWGA 1G0MA 1BB5A 1C6CA 1CJ7A 4B4EA 3AYQA 3J4GA 1P5CA 4TUNA 1G0GA 1C6QA 5I14A 4LFPA 3SB5A 3DMXA 3D4SA 1XGUC 3FI7A 4HJYA 4WL6A 1GBWA 1L91A 1L60A 4WO9A 1L32A 1L12A 1IWVA 2BQOA 2Z37A 1LPIA 4EKPA 2OE7X 1D3MA 1L20A 3W6DA 4WL7A 2BPUA 3D3DA 1GB7A 1D6PA 175LA 1JTMA 1B7NA 1D6QA 1XFPL 1P56A 2OE9X 5L3IA 1L87A 1TAYA 4YM8A 3A93A 1WTMA 1SWZA 2BQNA 1XEJA 1XJTA 1GB8A 2Z18A 3RZ4A 9LYZA 1UCOA 1JJ1A 4ARPA 2XJWA 1IP2A 1B5YA 3FE0A 2HEEA 1BVXA 2DQEY 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B2K A;  1H6M A;  1FLQ A;  4B4I A;  5LIO A;  3HBD A;  1CKH A;  1NDG C;  1HML A;  2D4I A;  1NWG A;  4N1E I;  1J1P Y;  4NFV A;  1IP3 A;  5KXT A;  1GB6 A;  5FHW A;  5HMV A;  3QE8 A;  1C7P A;  2FYD A;  5LAG A;  1HEW A;  5F81 A;  1ALC A;  1HEM A;  3LYZ A;  3AW6 A;  1CKC A;  1O23 A;  4ET8 A;  5KXK A;  3OJP A;  4KL7 A;  1IOQ A;  1GE2 A;  1BGI A;  1CKF A;  4GN4 A;  4H1P A;  2I6Z A;  1GF8 A;  4BAP A;  1GF4 A;  1LZB A;  1GE3 A;  5I53 A;  1FKV A;  3A6C Y;  4NSI A;  4A7D A;  1LZT A;  4B1A A;  1LSM A;  5KXX A;  193L A;  4O34 A;  2LYM A;  1WTN A;  1GB3 A;  2XBR A;  1J1X Y;  4J0L A;  1JKC A;  3RU5 A;  3ZEK A;  2FBD A;  5KXZ A;  1NBY C;  1EQ5 A;  1FLU A;  1LYO A;  1GE1 A;  1LSA A;  1BWJ A;  1B7R A;  3TXK A;  1WQP A;  3W6B A;  1LZD A;  1FLW A;  3KAM A;  4H9F A;  5APE A;  1JHL A;  1GE0 A;  4YOP A;  1UA6 Y;  2GV0 A;  3EMS A;  2BQA A;  3AW7 A;  1ZV5 L;  1D0L A;  4WM3 A;  1UIA A;  1VFB C;  1UIC A;  153L A;  2W1X A;  2BQH A;  3WUM A;  4NGK A;  1OP9 B;  4N9R A;  1OUC A;  3SP3 A;  3CSZ A;  3VWO A;  2ZYC A;  4EMN A; 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 3TXD A;  4N0J A;  1YKZ X;  2CJL A;  4WLD A;  5F9U A;  2HEB A;  3GXK A;  4WOA A;  3D9A C;  1TBY A;  2BAA A;  1YAO A;  1JSE A;  4H9B A;  4OW1 A;  1DXJ A;  194L A;  1MEL L;  2MEC A;  2DQH Y;  1EQE A;  2F2N A;  4NSG A;  1GFH A;  2D4K A;  1WQN A;  1CNS A;  5LYT A;  1UAC Y;  2ZWB A;  2FYC A;  1OUJ A;  1G7M C;  5AMY A;  1CJ6 A;  1V7S A;  2HEA A;  1UID A;  3ATO A;  1AM7 A;  3TXH A;  1JIS A;  5C6L A;  1XGR C;  1RE2 A;  2CWI A;  2Y8P A;  5K7O A;  1OUI A;  4H8Y A;  5LVK A;  3WW5 A;  1XEK A;  1IP7 A;  2BQI A;  4PRU A;  4TSB A;  6LYT A;  4UWV A;  4NWH A;  2HEF A;  4NHI A;  4RLN A;  4YF2 A;  4NHQ A;  4H90 A;  4H9I A;  1LHK A;  1GF7 A;  1LJ3 A;  3EO5 A;  5EBH A;  1HSW A;  1JIT A;  5LVJ A;  5B59 A;  4W94 A;  4H92 A;  1BB3 A;  1IWU A;  1LJF A;  1B7P A;  4U3X B;  3AGI A;  1INU A;  4I8S A;  5KKJ A;  2MEH A;  4M6D A;  3CT0 A;  4H91 A;  1NDM C;  3B6L A;  3WMK A;  4M4O A;  1JTP L;  5T3F A;  3TMX A;  1LHH A;  1QDR A;  4I0C A;  3LN2 A;  4B4J A;  4NGJ A;  3WPL A;  3TXB A;  3WUA A;  5I4X A;  1C10 A;  1C45 A;  5FDJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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