5FEPA

Hyde from t. maritima in complex with (2r,4r)-metda
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
346
structure length
345
Chain Sequence
TGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKISVFEKDTASIPSVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Carbon-sulfur bond-forming reaction catalysed by the radical SAM enzyme HydE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermotoga maritima
total genus 141
structure length 345
sequence length 346
ec nomenclature ec 1.8.-.-:
pdb deposition date 2015-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5fepA00
4LRTA 4WJEA 3N14A 1FCUA 1XUUA 2LLEA 3WJYA 2ATSA 2B7OA 2OMAA 5DY3A 3RF9A 2E5DA 4OV9A 2PCQA 4HNUA 1IXNA 3Q37A 2RHGA 3MI6A 1H61A 2O7SA 2A2IA 5CZTA 2B7QA 4LNYA 5EMUA 3S1XA 2ISVA 3NR0A 4Y90A 4FIRA 3UQNA 5AB3A 1THFD 3N9SA 4RKAA 5AHNA 5DBUA 5LZLA 4K8HA 3FYOA 1GTHA 2ZA3A 3NOEA 3NPWA 4R7JA 2JGYA 1K02A 4JTEA 3P81A 3W2JA 5C6MA 4LOCA 2GQ9A 2WPBA 2VEIA 2ISSA 2YXGA 1KV8A 3DZ1A 2V2HA 4IMEA 4ZVJA 3R13A 3M6YA 1XC4A 3M43A 5K4ZA 1QOPA 5FI8A 1K7XA 2C16A 3CEPA 2DP3A 1LLWA 1SW7A 1JRCA 1AMKA 2ZCGA 3LLFA 3DGRA 4AF0A 1LM1A 4HNNA 2CLHA 3UPBA 3LHZA 4LT9A 4IGHA 3EWBX 4IX2A 1RPXA 1LBLA 3C2VA 4LVBA 3QZEA 3FLUA 3I7SA 3HOJA 1OFAA 1JRBA 2CZEA 1H62A 3PAJA 2G95A 1DL3A 3NYZA 3SW6A 3NPXA 4JX6A 5A8GA 4I7WA 4NU7A 4CCCA 2NX1A 3BW4A 2QR6A 3LXBA 3TKFA 1OYCA 2NUXA 3PG8A 4I7UA 3W1LA 4AAJA 3KRZA 2YFOA 1FXPA 4JYFA 1W3IA 3HG4A 3LM7A 5F2MA 3GXPA 3A23A 1Z44A 3INPA 1R2SA 3GDMA 4MFDA 1KFKA 2V82A 2Y70A 1TRDA 1ZCOA 5KZEA 4LC6A 3L5MA 1LDCA 4RZ5A 2ZZ3A 2VFIA 4WOZA 1G69A 1MEIA 3L21A 4QISA 3S42A 1H7OA 1W8SA 3UWWA 1K8XA 3IIZA 5CZSA 1BKSA 2VFHA 1VLIA 1OYBA 1SSDA 1TPC1 4X3ZA 4WY0F 2W6RA 4TR9A 1L6WA 1YXDA 3CTLA 5KITA 1VCGA 2Y88A 3HJZA 4CQ8A 4XBSA 3WJXA 3CQ0A 3NDOA 5KZDA 3TQ0A 5FEXA 3S0CA 1W3NA 4DO5A 2TRSA 5HINA 3VKJA 2V30A 4GXMA 1UASA 3LCIA 4NJHA 1ZAJA 3CHVA 3UY7A 3PSWA 1HO4A 3SR7A 5ABTA 4Y8FA 5I3JA 3OG3A 3LERA 3ELFA 5J5RA 4AF0B 4JTHA 2AAMA 1NSJA 1ZY9A 3CWNA 4X9SA 5HULA 1B4KA 2VXNA 3IIOA 4JTJA 4TO8A 4EF8A 1U5JA 3NQDA 5H91A 4O1CA 3LBCA 2QCFA 2ZA2A 3QH2A 5G1YA 3UZ5A 3I6RA 3QEZA 4S1FA 2OT1A 3O6CA 4JNMA 5TIMA 3G1HA 3DFQA 3UPWA 4O14A 3TROA 3TE9A 1LORA 3HGOA 3LLDA 5KZMA 2V8ZA 5F2IA 4FX7A 2WSYA 3W2UA 2ABAA 4HIBA 5IBXC 5I3FA 4BFAA 1DVJA 2ZZ1A 3HB9A 5G2WA 4ZQMA 1S5WA 1PE1A 1KFBA 3LRLA 2TYSA 1TTPA 1CX9A 1SZGA 4TU1A 1FCBA 2DZSA 4O11A 1H7WA 5LHEA 3TDFA 4KKXA 1EP2A 1DKWA 1ICQA 3D0CA 2QKFA 1ME9A 5DXXA 3G0SA 3NVTA 2OZ0A 4IQLA 3FKRA 2VEKA 4LS2A 2TPSA 1GYNA 5FEPA 3ZWTA 1SO5A 3QC3A 5AYZA 3MW7A 4S2BA 2VEPA 1KM4A 5C55A 2A7RA 2J24A 3HIJA 3PWAA 4FX8A 1GQNA 5J5DA 1OX6A 1JJKA 4CCEA 3VCRA 1SZFA 4UMAA 3W72A 4Q4KA 1P4CA 2ABBA 4BR1A 5I3IA 5L6UA 2BTMA 2WSRA 1TB3A 3W86A 2CLLA 3TQVA 1S3HA 4FF7A 3B04A 1PCKA 1TPH1 2RFGA 5D37A 3S5ZA 1VCVA 4PEKA 1O95A 1SFLA 3JR2A 1J4EA 4KFNA 5EBUA 5HUOA 3EEGA 2A6LA 4M19A 5CPLA 4PA8A 3EWYA 4AB4A 3Q2DA 5L9FA 1SSGA 2ZRVA 3MUXA 1KFEA 1L2UA 2FTPA 2G96A 1QMLA 2FLIA 3DHDA 1TV7A 3EWZA 1KBJA 4EOUA 4TMBA 2EAWA 2ALDA 4WXZA 2A1YA 3HG5A 4RLIA 4NUWA 2RKXA 1C29A 4QSHA 1D3HA 1N7KA 5FF3A 3T44A 2E68A 3NA8A 5MHBA 1ADOA 4DF1A 3P74A 5D2XA 4GNJA 3H54A 5LNWA 4FNSA 1VH7A 3QRHA 2YGYA 3AJXA 3NG3A 2QAFA 4O12A 5F2LA 1HTIA 3GR8A 1RD5A 1W31A 3IEBA 4D2JA 3W2NA 2E6FA 4CNPA 2PE4A 1QCWA 5DY2A 5FESA 3NZRA 2RDWA 1LP6A 3ZFHA 3C6CA 4LU0A 1YXYA 2EF9A 2VELA 5DCEA 2QUTA 4EVZA 4IPJA 4CQAA 4FNRA 3G1XA 4K7VA 3DI1A 4N2YA 3VE7A 4UTWC 3STEA 4A21A 3FKKA 3DENA 1GPWA 2ZRUA 2X1SA 4NNCA 1EEPA 1TMHA 2V2DA 2BWGA 2ZA1A 2QJGA 4QNEA 1P0KA 4IWWA 3IV3A 1OF6A 3M1ZA 1H1ZA 2BX7A 1RR2A 5DELA 4UR8A 5AHIA 3FA5A 3O16A 1C9DA 2FB3A 3LCLA 1HL2A 4ADSA 1I2RA 1KV5A 1HUVA 4GFSA 2ISWA 2J27A 1OFEA 2E09A 4RR4A 1ME7A 2ZBTA 3RMJA 2QJHA 5D30A 3NQFA 4OQVA 2E77A 5LGZA 3N3MA 4RJEA 4YWIA 4HHPA 2YFNA 2NV1A 1TV8A 4JTSA 4NJGA 1GVOA 4PC8A 4JR5A 1RQBA 3S5OA 1EUAA 1LRQA 4GUIA 2OX1A 1WQ5A 2NUWA 1SFJA 5BMXA 1MSSA 1W5PA 3E96A 1TREA 2XN2A 3T78A 3YPIA 5G2IA 5FF4A 2YW3A 1AL7A 2DZVA 4ZZ9A 2BZNA 1LRTA 4O1AA 1D9EA 4GC4A 5HWNA 1IIHA 2H6RA 5KINA 3LI1A 1ZENA 2GQAA 2P10A 1QWGA 3F4WA 4QNWA 1TTJA 1TJRA 1QPQA 2ZZ6A 3IVSA 1EA0A 3PBUA 1OX5A 1QO5A 5G5IA 3W7NA 1YTDA 1K8YA 3OA3A 1GTEA 2X1UA 4IJBA 2Z0IA 4QM1A 4YCOA 1A5SA 3HF3A 1TQJA 3O6DA 1TCDA 5E1QA 1DOSA 3HPSA 1O5XA 1VLWA 5DCDA 1JCMP 2C3ZA 2WNZA 4LWWA 2HS8A 3FIGA 1X1ZA 4AMAA 3W74A 4JX4A 4OE7A 2R8WA 4OT7A 2EKCA 4O16A 3NZ1A 5D05A 5D33A 2QUVA 5CPOA 1PS9A 3O6YX 1OFPA 1ZALA 4QAIA 1W5QA 1H7PA 3GB6A 2R14A 4C1KA 2GJNA 3W1PA 4S2CA 4JN6A 1VQTA 3QW3A 3WJWA 4RXFA 3PBWA 3L66A 2A7NA 1K8ZA 4HPJA 1FWTA 4JEQA 5HQEA 1XCFA 2H90A 3RFAA 1AG1O 2QF7A 3Q58A 2P0OA 1UBSA 3TC7A 3GNNA 4IXXA 1YPFA 4GE8A 3I7QA 3EX6A 5HJLA 4MUZA 5AC8A 4ZQPA 4L4LA 3L5AA 3E0IA 1ML1A 1ZJIA 1KFLA 2NUYA 2D73A 1LOQA 1JCXA 3NL3A 2CZFA 4GJ1A 1FWWA 5BOOA 2NWSA 3MMTA 1DHPA 1EWEA 4RX0A 3TW6A 1FUYA 1L6SA 2RDUA 4KWVA 1WOAA 3MI3A 5D03A 2I9EA 5AN7A 3EKZA 4P61A 4LVGA 3A24A 3TU9A 1RQHA 3C2FA 2RDTA 3ANYA 5AHLA 3PY2A 4BWLC 2Y61A 4TX9A 2E6AA 3CLMA 3PM6A 1OK6A 4HN4A 2QCCA 3PSVA 4PFMA 1OYAA 1QPNA 4KWWA 5LGXA 4GUJA 2C6QA 5T26A 3KVMA 4R34A 4DEFA 3PBVA 1GVRA 4RV8A 1VPXA 3L0GA 3WK3A 3L9CA 1O60A 3PVFA 2C1HA 5HR7A 4O4WA 1XDLA 1MEWA 3DAQA 2GPTA 2Z2UA 2PRLA 1G67A 4WQ6A 4NJJA 3KXQA 3LBMA 4I7VA 4UTUA 1HG3A 1T0OA 3NO5A 4O0KA 3NPVA 4XWUA 6TIMA 2ZZ7A 2PURA 1XKYA 1EP1A 4NX5A 5D38A 1A50A 3UY8A 4DO4A 4H4IA 5CZ0A 2BXVA 3VI2A 2Y7DA 3MYPA 4PTNA 3EX4A 1ZHAA 1VGAA 2A0NA 1XBYA 3HO8A 5AHMA 3M0ZA 4N9DA 3LV6A 4UMBA 1XFBA 2Y85A 2J6XA 5EA9A 2X16A 3IGUA 4OHQA 3TFCA 4K37A 3FEMA 3W1QA 3A21A 1FY6A 3C56A 4ZQNA 5FF2A 4O4VA 3GYEA 5BW6A 2E5BA 4JY9A 1BTMA 3I65A 4MKNA 5KTLA 3GVGA 1LOSA 3NL6A 1F76A 4TMCA 3BG9A 1F7BA 4HT3A 5U7SA 3IVUA 3TSMA 4DF2A 2Y7EA 3QMRA 2G97A 4NJKA 4JGDA 1JVNA 3PUDA 2WSQA 4DBEA 2ZRYA 3KX6A 3IVTA 5K9CA 1I2PA 1EUNA 2OT0A 1VHNA 2JBMA 2PRHA 3W73A 4NX0A 3RU6A 3ZS4A 2OJPA 3NQEA 4JIPA 3L0KA 3K30A 3UD6A 3M9YA 4FB7A 3W7IA 2GVGA 1GOXA 3SJ3A 4BK9A 4AHOA 5F4WA 1P1XA 4NVTA 3LOTA 3DKJA 1Y0EA 2CWNA 2NX9A 1QFEA 3TA6A 3GNDA 3P5ZA 3FS2A 3LXCA 2XN1A 4JS3A 1IXQA 1SW3A 4YXGA 2DZWA 4POCA 2Z6IA 2CLEA 1KBIA 2NX3A 2DZPA 3E12A 3G1SA 1OX4A 5HWMA 3W07A 5I3GA 3BVJA 3W7QA 4IMFA 1GT8A 2CLKA 3H55A 1YDNA 1DORA 3WFAA 4X2RA 3MHFA 1FCVA 3TJLA 4LTSA 4XUGA 1SZEA 1AW1A 1M7OA 5IBXA 2V5LA 2C14A 1G4TA 3TSDA 4HSNA 3MHUA 4RZ4A 2KZHA 3PS7A 3N9RA 3W7CA 4IX0A 1YXCA 3W84A 5AFDA 3P7YA 4MYXA 1I45A 3DH7A 4JD4A 3USBA 3EWWA 1T96A 1GVSA 1YTKA 1G6CA 2VFGA 4UFIA 1AW2A 1DQWA 2J9ZA 4PL2A 2ZFAA 4NQ1A 1IXPA 3DFTA 3DHFA 3TAOA 3TH6A 4Y9AA 2TMDA 5G4WA 4OU1A 2C15A 3G1VA 3JRKA 1H51A 2FFCA 1SR9A 5TQLA 1R30A 3LI0A 1XUZA 3W83A 2WJZA 1YYAA 1GZGA 1DJQA 1SO4A 3UYCA 3WK0A 3UZJA 4HSOA 1W1ZA 2YW4A 2R94A 2Y7GA 2CZDA 2RH9A 5AOUA 1JUEA 1FWNA 4O17A 5CSRA 3IGXA 4UCGA 1UUMA 2ZZ4A 3G24A 1A5AA 2C13A 1I4NA 1N55A 4ORIA 5EPDA 5D09A 1E51A 4BI5A 4YL2A 1H63A 1ZNNA 4LY8A 2IQTA 3CU2A 3M5XA 3C52A 4WOQA 2J9XA 4UMCA 2O7QA 4O8RA 3T55A 1JUBA 1LYXA 3HGJA 1XDMA 3I68A 4M7TA 2WKJA 4AVFA 3HMJG 1TPEA 1WXJA 1OX4B 1LCOA 1FBAA 4MJMA 2JK2A 1XI3A 3NXFA 3NQVA 2X1RA 4BF9A 1VJIA 3R8RA 4O1BA 3OIXA 5D02A 1R46A 1D3GA 1JQVA 4XQ6A 2DZXA 1VYSX 2E5CA 3QMSA 1KW1A 3QPZA 2YYUA 1O5KA 3QW4B 4JY8A 1OVDA 3SZ8A 1PCWA 3EKLA 3QQ1A 3P61A 2GVJA 2JKEA 1RQEA 1I2NA 1OFRA 5G2HA 1F6KA 1QDSA 1H7XA 1KM5A 4LV4A 1O94A 4YCPA 1XXXA 1IF2A 3W2MA 1MZHA 1H60A 1K3UA 3DFPA 4FIQA 3W7HA 4O53A 3EB2A 2DZUA 4UTWA 1NF7A 4LUIA 3CEUA 3OVQA 3W7EA 5FF7A 1VZWA 1XBXA 1K7FA 1NEYA 1XBZA 4M6QA 3UXAA 3W88A 1UB3A 4GUGA 1UCWA 6ALDA 2G5WA 3WK2A 3CPRA 3BG5A 3W7PA 1BEUA 5DXYA 3S6DA 1TJPA 4MFEA 3NQMA 1YDVA 1ZAHA 4GBUA 2PC4A 1V7YA 3OVPA 2F84A 3PUOA 3G1FA 4WY0A 4JTKA 5AC7A 2I14A 1W0MA 5AHFA 5F4SA 2QCLA 4XKYA 2ZTJA 3A9IA 2C0AA 2CLOA 3HG2A 2DORA 2A6NA 3LHWA 3TK7A 4DBDA 5CG7A 2YPIA 3CIWA 4FXRA 3NEVA 4N9BA 4ZMGA 3O06A 1QNVA 4N6EA 3W87A 3C61A 3GK0A 3EWXA 1DBTA 3KHJA 2VFEA 4HNTA 1NAL1 4R53A 1YPIA 4R33A 1PL9A 3SI9A 3ZR4A 3G1DA 1QO2A 3LCXA 3A5VA 1X8FA 4N9EA 1YADA 4UNLA 1OJXA 3NPUA 1U83A 1KM0A 3F4NA 4RXGA 3O15A 2A4AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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