5FF0A

Hyde from t. maritima in complex with s-adenosyl-l-cysteine and methionine
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
TGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKISVFEKDTASIPSVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Carbon-sulfur bond-forming reaction catalysed by the radical SAM enzyme HydE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermotoga maritima
total genus 145
structure length 346
sequence length 346
ec nomenclature ec 1.8.-.-:
pdb deposition date 2015-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5ff0A00
2NXIA 5E0KA 3JS3A 3GR8A 1GEQA 2Z0IA 1KM4A 5D03A 5G1YA 4AH7A 3W2MA 2A4AA 3ABSA 3Q37A 3UPBA 1KFEA 3FKRA 1XBXA 5EPDA 3W7DA 1A53A 2XFWA 3QMSA 3UXAA 2V2DA 1W37A 1GVFA 2HSAA 4O4WA 4K39A 1UASA 2ZZ7A 3M5VA 3G1DA 4ML9A 1P0KA 1W56A 1LOSA 1EA0A 1DV7A 4RZ6A 5E93A 3S5NA 5KZMA 1HO1A 5G2HA 3CWOX 4MUZA 1FCBA 3W2LA 1VGAA 1YTEA 1I2NA 1TPC1 3GYEA 1AW5A 3N9SA 2QJGA 1H51A 3B0PA 1UJPA 4AEOA 4WOZA 2QF7A 4FIQA 4ZQRA 2VXNA 3WJXA 3CM4A 3BGJA 1Q6OA 3NEVA 2CZDA 3M5YA 3PBWA 2OZ0A 3CIWA 1VPXA 3G1YA 4O14A 2V5BA 4PCFA 4FX7A 3FLUA 1X8FA 3M43A 2WPBA 4OQVA 1RQHA 3HG4A 1Z41A 3NR0A 2GPTA 3LTPA 4WD0A 3I7QA 4O11A 1SPQA 4K7YA 5DCEA 1G4TA 1KTBA 3QSRA 4XBSA 3S8HA 5D2WA 2YW3A 4JYEA 1Q6QA 3MBDA 4LRSA 3A24A 1I2QA 1KFLA 2X2GA 4O15A 3W1AA 5EBUA 4AF0B 2ZDRA 4OE7A 4O50A 3NAVA 1DJNA 5CSRA 1O60A 1ZY9A 1PCWA 2WKJA 4TX9A 4WXYA 4FNQA 1M7OA 4P61A 4XWUA 1NSJA 3W85A 3P7YA 3HMJG 3G3MA 4A3UA 3W76A 4S1FA 2UV8G 3LRMA 1C8VA 1VLIA 3GAKA 5LNVA 1OX4B 4UIOA 4DXVA 1SR9A 1B57A 1N7KA 1I8JA 4D2JA 1N8FA 2CZEA 5IBXA 4JTJA 3DAQA 3NOEA 1GVQA 3MI6A 2C1HA 4JTLA 3TAOA 4W9TA 1H7PA 5FEXA 1KFBA 3UXDA 5MHBA 4YL2A 1J2WA 3UPWA 1MEWA 2V81A 1ZJIA 3IVSA 4O53A 3IIZA 1D3HA 1K7EA 3O07A 3OEXA 3L9CA 2ZZ1A 4NJGA 1G69A 1S5VA 2A7NA 4YWIA 2JK2A 4N6EA 1F6PA 3SECA 1Q3NA 1OFEA 4C1KA 2RDWA 3NG3A 5BRBA 5K9XA 4MPQA 4O12A 3O6CA 4TIMA 2C13A 3TC6A 2DZWA 1YYAA 4WY0F 3QW4B 3UWZA 5U4NA 1BWKA 2Z6IA 4O4VA 4E2BA 3L67A 1H7RA 3P84A 1H61A 1TPFA 2B4GA 3M47A 4AWUA 3FIGA 2GUUA 1S3HA 2E6DA 4ADUA 3OA3A 4K8EA 3S9YA 3E12A 3F03K 4TMCA 1OK6A 3MUXA 1H60A 1K02A 3G18A 6TIMA 3LM7A 2C15A 3IIPA 5BNKA 3ATYA 4PA8A 4HNTA 2JKAA 5D2TA 1EEPA 1OFRA 3TX9A 3TQ0A 1JCNA 5AC7A 4FXSA 2DZXA 3RLVA 3V1PA 4UNKA 2RDUA 1GQNA 3KRSA 4XKYB 1NAL1 4IGHA 5HR7A 1WQ5A 2O7SA 2XN2A 3TJXA 2H3DA 5FI8A 4O17A 1GWJA 4RR4A 4FNRA 3GDKA 3KXQA 1GG0A 3B06A 3O6DA 1H5YA 1TV8A 3NYZA 3TU9A 2G97A 2Q3OA 3PC0A 5G2IA 4LNYA 1OJXA 3UWYA 3UNDA 3QW3A 2ALDA 4JX4A 4JTFA 3NQEA 1G7VA 2GVJA 3C3NA 5I3KA 2PRLA 2J88A 2YZRA 3FJLA 4UFKA 2NXHA 2ZZ6A 3QFEA 1OVDA 2J9XA 1EWDA 4TMBA 3W71A 3W7OA 4GUJA 4NQ1A 1OYBA 4ZQCA 1R2TA 5D05A 2NUXA 1L2UA 1SQ7A 2F84A 3MYOA 2R14A 3C2EA 4XQ6A 3KVJA 1TIMA 3JR2A 1BTMA 3W7KA 3QH2A 2ZA1A 2ZTJA 1RPXA 1QWGA 3RMJA 1VCFA 1E51A 1IGSA 1LZOA 1SO3A 2A6LA 1ZFJA 5G4EA 3UQNA 1XI3A 3EWWA 2C3ZA 4FNSA 4A21A 2QUTA 3H53A 1SFLA 2B0MA 1YLVA 3EWXA 5F2MA 3BG5A 4LVDA 1WA3A 1LORA 3TW6A 3PBVA 2YSWA 2A1YA 4GRSA 3I7SA 1IXQA 3B0UX 4Z1DA 1SZEA 1KM5A 3R13A 1HL2A 5K4XA 1MEHA 1C9DA 6ALDA 2YR1A 3S1UA 2H3BA 3FYPA 3UY7A 5LHEA 2VFDA 3KOFA 5KZEA 4LV9A 3ABOA 3LHWA 1B3OA 4ZZ9A 4HNVA 2ZFAA 1KFKA 5HNRA 3LI1A 4YMZA 3P67A 3TKFA 1LOLA 2ZTKA 1YPFA 2TMDA 4UFHA 4AHOA 5G1TA 1T0OA 1KM1A 3C2VA 1LRTA 3SFKA 1QMLA 3BW4A 2DZUA 5DBTA 2DZSA 1ZCOA 5D30A 4M6QA 4EWND 4FO4A 4MY9A 3TFCA 1O94A 4Z1BA 4FNPA 1JVNA 3RNDA 2J27A 3HPXA 4UNLA 3WK3A 2VENA 1TQXA 4GUIA 5G2WA 4K36A 4JR5A 2QCGA 1WV2A 1GVSA 2X1SA 1G4EA 3MO7A 4XTDA 5ABTA 3MBFA 3ANYA 1VZWA 3N19B 3W1NA 2YX0A 3NQFA 2NZLA 1FWSA 4BI5A 1NVMA 4ADTA 2V2HA 1EWEA 2VC6A 2V8ZA 5AYZA 1KW1A 3LTSA 4UCGA 5BW6A 1EPXA 1WXJA 3HQ1A 2GOUA 4O1DA 1KM2A 1DL3A 3SIZA 2X30A 3W1XA 1MSSA 4Z0JA 5FESA 3IGSA 4LTSA 4GFSA 4K6AA 3LRLA 3ZS4A 3NM3A 3EX4A 3DZ1A 1L9WA 4MFEA 5CZSA 1OF8A 3TMLA 3W1RA 4WY0A 3STCA 3LV6A 2YPIA 5CSSA 1QPOA 4NXKA 2E68A 3W2NA 4M7TA 1WOBA 1A5AA 1H7OA 3F1QA 3PUOA 3TA6A 2FDSA 3T44A 5LKYA 5DY2A 5J5RA 4QQ3A 5HQEA 3NM1A 3PS7A 1GOXA 3UWQA 5L9FA 2CLMA 4R33A 4FNUA 4ORMA 4M6VA 4POCA 5F2LA 3TQKA 3BO9A 4IWWA 1EP3A 1G7UA 2WOQA 3L65A 3MW7A 5K3VA 3BG3A 1QAPA 2FIQA 2HMCA 2ZQ0A 3S1WA 1PHQA 3G1VA 1KLZA 3GDMA 3ZR4A 4Y96A 4EF9A 2TPSA 5C55A 4NZJA 1I45A 1SO6A 3C56A 4EVZA 3DFSA 4JD4A 4LVAA 3FJ6A 2BX7A 3QQ0A 5CPOA 3W7GA 2CLOA 1P0NA 2E6AA 3C61A 5KITA 1QCWA 4JNMA 3STGA 1HTIA 4RJEA 1U83A 3S5OA 3NQCA 4FX8A 4L4MA 3IVUA 2B7NA 2QCDA 4QSHA 1HUVA 2TSYA 4PEKA 1S5TA 3L5LA 1RD5A 3W70A 1OX5A 4MVAA 3N2XA 4NZFA 3HF3A 1TRDA 1B4KA 2CZ5A 2WNZA 3W7LA 4FB7A 1OK4A 4K37A 4O54A 2FQIA 3NQ7A 1LBLA 1QOPA 4LVFA 3M9YA 4O13A 1GTHA 4KFPA 5KSWA 3TSDA 4LS1A 3W6YA 4LOCA 3CU2A 3S6DA 3R5EA 5LNSA 4O10A 4EOUA 3BGGA 4ZMGA 3P82A 3RLUA 3LXAA 1GYLA 3AJXA 3L0GA 4R34A 2H6RA 3W83A 1GJPA 1KLYA 3DHDA 1EP2A 2XN0A 1X1ZA 4MZ8A 2Y63A 3C6CA 2WNNA 1VH7A 3KVMA 2V82A 4LT9A 2RDTA 3W1LA 3NL3A 5G5IA 4LUJA 3ZFHA 4GBUA 2YFNA 2J24A 1UBSA 4QNEA 2Z6JA 2VEIA 1DORA 1VC4A 4JTTA 2I1OA 1L6WA 1N55A 1IXPA 1TSIA 3SGUA 4FX6M 5C2XA 5FF0A 2OT1A 1W0MA 2WSYA 2Y7GA 1ME8A 4S2BA 3TUUA 2JGYA 1FDZA 3CLMA 1ZAHA 3THAA 5DY3A 3I6RA 5AOUA 1TPVA 1FWNA 3VCRA 5D09A 4JY9A 1KFCA 3L5AA 3IGXA 4PC8A 5AHFA 1Q45A 1YTKA 2EKCA 1VHCA 5HWMA 2PRMA 4GUHA 2E5DA 3TSBA 3G0SA 1ICPA 1SUXA 1XM3A 3P61A 1XL9A 1TYGA 1RQBA 3C2RA 4JYDA 3VE7A 4K8HA 2J6XA 2NV2A 1W5NA 3FFSA 4WQ6A 1WOAA 4PH6A 3OBKA 2QKFA 2B7QA 4I7UA 4DF2A 1W31A 2HS6A 3BLFA 4UR7A 4AMAA 3GXPA 1TTJA 1VYRA 4AHQA 2FB2A 1TPUA 1X7FA 2WSQA 4AHPA 3MP4A 1TO3A 4Q4KA 3TSMA 4FF7A 4JS3A 4DPQA 3GKAA 5J5DA 2WO5A 1SZNA 4FHAA 1O4UA 1JQVA 1TV5A 1LBFA 2QAFA 4H4IA 1TPDA 2XN1A 3L0KA 4MIMA 2V2CA 1TCDA 2CLIA 1LDCA 3A5VA 1SSGA 4RXGA 4KWVA 4GXMA 4IMEA 3FEMA 1XCFA 4OU1A 2NX3A 2NX9A 1ME7A 4UTWC 3M41A 3UZJA 1Z48A 1MZHA 4UFJA 3SR7A 1W54A 2E5BA 1NFBA 4MJZA 5D38A 3GDLA 1FUYA 2Q8ZA 1B4EA 5LSMA 4AXKA 2OJPA 1SW7A 1K7XA 3THQA 3LERA 5EKYA 3MHFA 3TH6A 3MJYA 3T7VA 1ZENA 4OV4A 2VFIA 5LGZA 2HTMA 3LB0A 3HG2A 3O15A 3TQVA 1XDLA 3WK2A 3LGEA 4U28A 3EXTA 3DKJA 4IOTA 2QEZA 1W3IA 3QM3A 3PVFA 3LCLA 4CQAA 1CI1A 1F74A 4IMDA 2A2IA 2ABAA 1YXCA 3TCEA 1XBVA 2RKXA 2A7PA 2NX1A 2AGKA 5FF3A 1I2PA 2YDAA 1NF7A 1TB3A 5F4WA 3W72A 3M1ZA 3LCIA 2FPTA 2DJLA 4LW7A 3L68A 4MJMA 5AHLA 3GK0A 3B8DA 3LV5A 1TJRA 4JY8A 3PR2A 2BXVA 3W7PA 4XZ9A 5DCBA 3TK7A 1K8XA 2NXGA 3KX6A 1JQXA 4O1CA 4BI7A 1IIGA 4E38A 4HPJA 4N9DA 4OBTA 2GQAA 4NJHA 1JJKA 1ALDA 1OFDA 1A50A 1TPB1 4LVBA 5LNUA 3LLDA 3GZ3A 1ICQA 2EHHA 3HO8A 3GB6A 4L4LA 5HWNA 2J9YA 3RFAA 4I7WA 3FKKA 4N6FA 2YXGA 4UTJA 3NPVA 1AG1O 1GT8A 2NUYA 3UYCA 3DI0A 5CG7A 4ORIA 3HGOA 4Z08A 3W7MA 3LCWA 1VCGA 5CKSA 1I2RA 3ELFA 1PIIA 3E49A 4HSOA 3GVGA 3W1MA 3EB2A 4FNTA 1XDMA 3IEBA 5F1UA 3JRKA 1U5JA 3WJYA 4ICNA 5I3FA 2PURA 4IUOA 4FEZA 1G4PA 2QJIA 3NL2A 3PM6A 1WDWA 3I68A 2CWNA 4ZQOA 4CQ8A 4DBDA 3WK0A 1DJQA 3BLEA 3OG3A 4JTGA 3CTLA 2QUVA 3QPZA 1SO4A 3R12A 2E77A 4N9CA 3PBUA 4OHQA 1M7PA 2G95A 3E02A 1ICSA 1TMHA 1ZALA 4S2CA 4N9BA 2BZNA 3GIYA 3G0UA 2O7QA 4X9SA 1W1ZA 2ZA2A 5A5WA 3UWWA 3NNTA 3TJLA 2P0OA 2Q8LA 4DEFA 3GDTA 3CIXA 2OX1A 2ATSA 1GPWA 2C18A 1R46A 4JICA 1EUNA 1XUZA 1LP6A 4JTKA 1Q6LA 4JYFA 2IQTA 1G4SA 2YCEA 5HWJA 3S1XA 3W84A 3P74A 3TW7A 5C54A 4PTNA 4B5NA 1FDJA 3TFXA 5FF7A 3DHFA 3G1XA 3UZ5A 1IXNA 3KRUA 4TR9A 5AYYA 5I3GA 5K4ZA 3F4WA 2GJNA 2VFEA 1XXXA 5EA9A 1JRCA 4CNNA 5D04C 2ZBTA 3AO0A 4O1AA 2NUWA 3NGJA 1WBHA 1ML1A 1PHWA 2ZYFA 3ATZA 2DJXA 4I9AA 2A6NA 5F2IA 4DO5A 2FPVA 5EMUA 4IX2A 1LCOA 1O5KA 1YTDA 1DQXA 5L6UA 4JX6A 1OG0A 3WJZA 1PL9A 5EL1A 4H3DA 4MZYA 1K03A 4O18A 4DPPA 3L66A 4XBKA 5D02A 3DU0A 4LC8A 4A2SA 1XKYA 1SSDA 3HJZA 2GQ9A 4MLJA 4CQ9A 7TIMA 2ZZ4A 2GJLA 3SI9A 2WV8A 3NQVA 4UFLA 2CW6A 1IF2A 3DENA 5HUOA 3LCHA 3BARA 1W5OA 3G8RA 1BKSA 4JGDA 1OF6A 3ZWTA 1JRBA 1FCQA 2JKEA 5U7SA 1QDSA 1PCKA 2C6QA 3LLFA 2RHGA 3QJAA 1F05A 4MLRA 4WZHA 4Y9AA 3NPXA 2X1RA 3BV4A 2Y89A 3GDRA 4O1BA 5KMYA 3CEUA 5FEZA 2CLKA 4OWGA 3M7WA 2ZRXA 1FWWA 1LLWA 3EEGA 4GC4A 1R2RA 2HS8A 2ZZ3A 1TPEA 2W0UA 2YYTA 4JTSA 3P5YA 3W3OA 3G1AA 1XUUA 1UB3A 2Y7FA 1H50A 5K9CA 3EKZA 2QCHA 1D9EA 1SU5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NXI A;  4X60 A;  4XIS A;  2BGN E;  5G1Y A;  3W2M A;  4ECL A;  2A4A A;  3ABS A;  3Q37 A;  1R85 A;  3VZX A;  2G41 A;  4H9Z A;  3RPD A;  1UAS A;  1UA3 A;  3G1D A;  1P0K A;  4LUS A;  1LOS A;  3BAJ A;  5KZM A;  1JI1 A;  4AD1 A;  2GDU A;  5G2H A;  5E5C A;  4DHG A;  4ES4 A;  4MUZ A;  3W2L A;  3PTK A;  3GYE A;  4G2D A;  4WOZ A;  4LX4 A;  3WJX A;  3BGJ A;  2DH3 A;  3CZG A;  3M5Y A;  4JHZ A;  1QK2 A;  4X63 A;  4OOU A;  3BLD A;  1XLL A;  1V02 E;  4LAK A;  5T8G A;  3G1Y A;  4GI4 A;  5FJT A;  4J3W A;  2VUN A;  4EPD C;  1X8F A;  2JEQ A;  1BSI A;  3M43 A;  4Q8M A;  4OQV A;  1RQH A;  3HG4 A;  5BOE A;  3LTP A;  3QLL A;  3R0U A;  3I7Q A;  1UWR A;  4ZO6 A;  3H2E A;  3UJ2 A;  3QSR A;  3VNL A;  3W25 A;  1KRM A;  4NG3 A;  1V0N A;  1NDW A;  3A24 A;  1YX1 A;  4OE7 A;  2PP0 A;  4O50 A;  1DJN A;  2W66 A;  1ZY9 A;  1M3U A;  4CUC A;  4OFC A;  4FNQ A;  4JL2 A;  3GVW A;  4P61 A;  4PMJ A;  3P6L A;  3TP4 A;  4KRT A;  4B91 A;  4K1G A;  4BKN A;  3SCW A;  4D6I A;  1Y5X A;  4D8L A;  1J6P A;  3TOY A;  3G3M A;  1KCK A;  4NIL A; 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