5FF7 | Genus

Total Genus 128

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	325
structure length	325
Chain Sequence	ITLTENKRKSMEKLSVDGVISALAFDQRGALKRMMAQHQTKEPTVEQIEELKSLVSEELTPFASSILLDPEYGLPASRVRSEEAGLLLAYEKTGYDATTTSRLPDCLDVWSAKRIKEAGAEAVKFLLYYDIDGDQDVNEQKKAYIERIGSECRAEDIPFYLEILTYDEKIADNASPEFAKVKAHKVNEAMKVFSKERFGVDVLKVEVPVNMKFVEGFADGEVLFTKEEAAQAFRDQEASTDLPYIYLSAGVSAKLFQDTLVFAAESGAKFNGVLCGRATWAGSVKVYIEEGPQAAREWLRTEGFKNIDELNKVLDKTASPWTEKM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Streptococcus pyogenes serotype m1
publication title	NON-STEREOSPECIFIC SUBSTRATE CLEAVAGE BY TAGATOSE-BISPHOSPHATE CLASS I ALDOLASE rcsb
molecule keywords	Tagatose 1,6-diphosphate aldolase 2
total genus	128
structure length	325
sequence length	325
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.40: Tagatose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2015-12-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5ff7A00

4IOTA 3L0NA 3NXFA 4MZ8A 1UJPA 3O15A 5U7SA 2ZRUA 3W7EA 3C4UA 1OX4A 3GYEA 2O7QA 1LZOA 5HUPA 4EWND 4MY8A 2Q8ZA 3TV8A 3MYOA 1ZY9A 2H90A 1GYNA 2C19A 3EWBX 1F2JA 1TJPA 3N73A 4O13A 1W31A 4DPQA 2J24A 1EIXA 2NV1A 3YPIA 1YTKA 3NQVA 4DEFA 4Y96A 2DZWA 3R8RA 2Y88A 2KZHA 1OFDA 1YXYA 3NA8A 1K7EA 1F7BA 3EXTA 3P61A 2WSQA 5CSRA 4QJ1A 3DGRA 1LRQA 3I65A 3E0IA 3PG9A 2C18A 4HN4A 3E96A 3W7NA 5CGQA 3L9CA 2QCMA 3NVTA 3W1QA 3W07A 3L68A 2BZNA 4JICA 5I3HA 2VEPA 5KZDA 2X1SA 5CZSA 3LXAA 5EMUA 1DORA 3BV4A 4MLRA 2Y89A 3S1UA 1VZWA 1TMHA 3HG3A 4UNKA 4UTTA 4NXKA 4ORIA 4ZQCA 3S6DA 2C15A 5KINA 1OF8A 2PCQA 5D03A 3W7CA 5CPOA 1TTIA 5K4ZA 4HPJA 2F84A 5FEXA 4R7JA 1SO5A 3E9AA 4M7TA 3W2MA 3S5OA 4JTGA 1YYAA 2ATSA 2X16A 1W3IA 2FDSA 3BGGA 1LLZA 1JUBA 5TBOA 4JGDA 1H5YA 3SGUA 4DF0A 1J2WA 5BRBA 2CLHA 1PCKA 4RLIA 3R5EA 3NDOA 3PB0A 4K39A 3DZ1A 4K38A 2ZCGA 5DY2A 1KFKA 3S9YA 1OFAA 3W1AA 3SW6A 3N3MA 4CQ9A 2ZRVA 5AYZA 1AG1O 2Z1BA 3TQVA 5I3JA 5IBXA 5AB3A 1K3UA 1B4KA 1NFBA 3NQ7A 3STEA 2W6RA 3BLFA 3EX4A 3MP5A 1F6KA 2Z2UA 2I9EA 2ZDRA 3PUEA 1XCFA 2ISSA 4Q32A 4HIBA 5GVJA 2Q3RA 2VELA 1RZMA 1AMKA 1TPFA 1L6WA 2BTMA 4UTWC 4NXSA 5HJLA 3P67A 3HQ1A 3BARA 2BSLA 4LV9A 2C1HA 3QM3A 1ME7A 2UV8G 2NX3A 3AJXA 2V2DA 3UXAA 3OIXA 1VLIA 2TYSA 1AW1A 5HQEA 5DCDA 2GQ8A 4CNNA 1DL3A 4NJGA 4ZMGA 4HNNA 2V9DA 2WO5A 5AHLA 5HWJA 1LOLA 4O12A 1UUMA 3LCGA 5D37A 4XZ9A 4XWUA 2E6FA 1TO3A 3QSRA 1XBXA 2ZRXA 2ZZ2A 2DZXA 1PVNA 3TFCA 3GKFA 2YZRA 1KA9F 2VFGA 1KW1A 3EX6A 1XM3A 2VFDA 4UNLA 3RNDA 4BFAA 1GTEA 4QQ3A 5AHEA 1H1ZA 3GIYA 4UFHA 4OGZA 5FF2A 1I2OA 1MZHA 2DZTA 4Y90A 3L66A 4AHQA 2WOQA 1JCJA 1WAUA 1VR6A 3UNDA 2OMAA 2H6RA 3FEMA 4IXXA 3SY5A 3KVLA 4ZVJA 2TSYA 3QSTA 3DH7A 4FO4A 1A5AA 2NUXA 5BW6A 3ABQA 4IXHA 4E2DA 3NNTA 1LYXA 3QMRA 4HSNA 2QUVA 1R2RA 1YTDA 1GVRA 2X1RA 3RK8A 1XBYA 3ELFA 4ML9A 4OU1A 1TQJA 3TU9A 1JUKA 3TROA 1ZNNA 2QCDB 3O05A 3QF0A 3DXIA 2E68A 1YADA 2FLIA 1DBTA 2Q3OA 1RVGA 1KM4A 2YW3A 3G1DA 1R2SA 1Z48A 5LNVA 3LBCA 1NSJA 3V75A 4K37A 5H91A 3NO5A 3EWUA 2V82A 1LBFA 4A3UA 1TV7A 2WNZA 4JTHA 1KV5A 1XI3A 4JN6A 2GJNA 2A6LA 3MYPA 4XTIA 1JRCA 1DKWA 3HMJG 3IIOA 3GAKA 4OV9A 1OF6A 2QAFA 1I2QA 3W7RA 1EEPA 3FKKA 3P8JA 3C3NA 2BXVA 2CZ5A 3LTSA 4CCDA 3NPVA 2JGQA 3A9IA 4N6FA 4DPPA 2DP3A 4Z0SA 4JTTA 3W1TA 3STFA 1XUUA 3W2JA 4PL1A 5LHFA 1TV8A 2Y61A 3NZRA 3DFNA 3A23A 1KBJA 4QITA 4DBDA 3LHTA 1OK4A 1G6CA 3W7DA 3JRKA 1FWNA 4QSHA 5G1TA 2QCNA 3OEXA 3HB9A 3SR7A 5IM51 3PBYA 4JYDA 1IXOA 3FFSA 1GOXA 5G2WA 2E5BA 3S5NA 5AC6A 1S5TA 3W75A 4FXRA 4CNOA 4FX8A 2OX1A 5TQLA 2PC4A 3LCWA 2JKPA 3TSBA 1FDJA 1MO0A 1QAPA 5I3KA 2B7NA 3TC6A 3PR2A 1FX6A 4N02A 1QPQA 1ZCOA 1GVOA 3TSMA 4BI6A 3HPXA 2ZTJA 3S42A 5LZLA 4Y9AA 3CM4A 1XUZA 1PHQA 3UWQA 3TW7A 2B7QA 4QAIA 1MXSA 3G0SA 3O6DA 3OHIA 1TPDA 1QOPA 1XBZA 3BG5A 1LDCA 1RR2A 4QIUA 3C8FA 4JTLA 3LDVA 1XKYA 3THAA 1MEWA 4RR4A 4MY1A 1GVFA 3ABOA 2RHGA 1P0KA 2QJGA 2XFWA 2HS6A 1X6UA 5BOOA 4UMAA 3NQ8A 2AAMA 3DFTA 2A7NA 1LOQA 1W54A 4Q33A 1T96A 3CIWA 4WX2A 2GJLA 4KFPA 1SUXA 3IGXA 2PRMA 3HG2A 3PWAA 3A5VA 4FNPA 1LBMA 1QCWA 1BWKA 4AXKA 3HPZA 3TC7A 3B05A 5G4EA 1LRNA 5J5RA 3E02A 3EKLA 4HHPA 4IX2A 2Z6IA 3QW3A 3TAKA 1YXDA 2C13A 1X1OA 4UTTC 5FEZA 4AVFA 3ATYA 3W7QA 1X1ZA 1VJIA 1B3OA 3U2OA 4R53A 4P61A 2OZ0A 3PF3A 4KFOA 2CU0A 3BLIA 4UTHA 1DVJA 5F1VA 4PH6A 3VNDA 5CG7A 5D2TA 3PB2A 2A2IA 3W2LA 5DBTA 3UZ5A 3W6YA 1W5QA 5J5DA 3LCHA 4AWUA 3DBPA 2R8WA 4FXSA 1RQBA 1ONRA 2ZZ4A 4JTIA 4UCGA 3T40A 3BGJA 3GDKA 4JD4A 1GG0A 3GZ3A 4NNAA 3O63A 2ZRZA 4UR7A 5C54A 4RKAA 2YXGA 3G1AA 1VHCA 2J27A 3W86A 4B5NA 3DFSA 4TX9A 1JULA 4QNWA 1AW5A 3W7JA 1L6YA 3M1ZA 4ADSA 2I14A 4Y8FA 5FEWA 1LBLA 1GTHA 4I7WA 1FCVA 4O28A 2DJLA 4MOZA 1YTEA 1TCDA 3BPWA 5DBUA 4O54A 4JX4A 4MKNA 1QPOA 1EP3A 3RLUA 3N2XA 4BWLA 3CB8A 3USBA 3LV5A 1OG0A 1LM1A 5L6UA 1OFPA 2YW4A 1FCQA 4CCEA 4J9JA 1UB3A 4GE8A 3N19B 1EA0A 3W1RA 2QDGA 4LNYA 3VFLA 3QPYA 1XDLA 4OQVA 2W0UA 3K30A 1KTNA 5CPLA 3P7YA 1WBJA 1TYGA 1H7WA 3NEVA 1A50A 3PUDA 3DFOA 5F2GA 1G69A 1HTIA 2YPIA 3P81A 3LI1A 3TA6A 2R14A 3W22A 1JQXA 2WKJA 4Y6GA 1H62A 1B9BA 4RXFA 4FNQA 3W7GA 3PG8A 4XTDA 1KTBA 5G2IA 1QPNA 2GVGA 3O1NA 3G22A 2A85A 3LTYA 4E2BA 5I3GA 4UTKA 1AL8A 1H7OA 1W5MA 1YDNA 1UUOA 5KMYA 4BR1A 1C8VA 5CZTA 4GNJA 4A2RA 3L5LA 5D09A 2QCCA 5D32A 5U4NA 1QNVA 2NXIA 4EF9A 1Q6LA 2VEMA 4ZQNA 4O14A 2EHHA 1OFRA 5LNWA 2OCZA 3MI3A 3JR2A 4JTJA 4LRTA 4O11A 1GT8A 4O1DA 4ADTA 3L0KA 2YFNA 1PS9A 3UWVA 4EVZA 3MHUA 4PCFA 1O5KA 5LGXA 2ZBTA 1KM6A 1SO6A 3LM7A 4LS2A 2XN0A 2A5HA 1KM0A 3CT7A 4TR9A 1P1XA 4M19A 3ZWSA 3MP3A 1I4NA 4RCXA 1KBIA 1TPEA 2NWSA 1R47A 3P84A 4N9EA 1WQ5A 4FIQA 3AO0A 1T0OA 1SO3A 1IIGA 3M6YA 4JR5A 1FDYA 5LNSA 3HIJA 1WDWA 3BW3A 2QF7A 3HGOA 1SZNA 2CZFA 3O06A 1DQXA 2WNQA 3M41A 1CW2A 1SW7A 1UBSA 2TPSA 5CPNA 5L9FA 4FX6M 4O0ZA 2O7SA 3HJZA 5H2ZA 3O16A 3U6WA 3C61A 4AHPA 3OVQA 1T99A 2ZZ5A 4GXMA 5DXXA 3P74A 2QKFA 1MEHA 1LTDA 2AQWA 4A29A 3A22A 3ATZA 3IV3A 2VKZG 5FF0A 3E12A 3TSDA 1YDOA 3TR2A 2DU2A 3A21A 5EA9A 2JGYA 3G8RA 5D2YA 2X1UA 1NEYA 1H7PA 1K7XA 3FA5A 4K6AA 3EX3A 5E0KA 1WXJA 3TXVA 3SECA 3ZS4A 3B0VC 4DQWA 4MY9A 3LOTA 1TSIA 3NOEA 4WOQA 2J9ZA 4JTFA 4N6EA 3O6YX 1TRDA 3CEUA 4JTKA 4HNUA 2DZUA 2I1OA 3PY2A 2VEIA 2DZVA 4DO6A 3H54A 1SO4A 4O8RA 4ZQMA 5E1QA 4OBTA 3W9ZA 5D38A 2VENA 2OT1A 1BTMA 3HBLA 2C3ZA 1OX4B 1TIMA 3M5XA 5HINA 3L2IA 3GAYA 3TFXA 1LORA 2QEZA 4LVDA 4RJEA 3LHYA 2FPVA 3QYQA 3QMSA 3GK0A 5FF7A 3EX1A 1SW0A 3MJYA 4NJHA 3TCEA 2PE4A 4JXCA 2NUYA 3UD6A 2FPYA 3HGJA 7TIMA 4X22A 3IVTA 2ZA1A 2A6NA 2FB3A 4NZFA 2ZRWA 4O4VA 4HNVA 2RH9A 1TPUA 1J4EA 3TAOA 1GWJA 3TJXA 2YSWA 4N9DA 1KM3A 4GC4A 4TIMA 5T26A 2FTPA 4GUJA 4OE7A 3FYPA 1F05A 4AB4A 3NG3A 1NF0A 3NQMA 4A2SA 1WOAA 1O95A 2EF9A 2J9YA 1GJPA 1EP2A 3G0UA 2ZA3A 2EKCA 5F2IA 2NV2A 3GB6A 2WV8A 3N2MA 4S2BA 1G67A 2Y7EA 4GUFA 2YYTA 1CX9A 3GXNA 1HO1A 2A1YA 4QISA 1S5VA 3Q37A 2XN2A 4CQAA 4DBEA 3CPRA 3GNNA 5CZJA 3NM3A 1OFBA 2EPHA 2P1FA 3LV6A 3N14A 1EP1A 3W1MA 2CWNA 3CWNA 1VQTA 2CFFA 3LCIA 3EWYA 1PL9A 3THQA 1JR1A 2NZLA 3HPSA 5KZMA 3I6RA 3EXRA 3M43A 2QCFA 2GUUA 1RPXA 3CTLA 4NJJA 1KM1A 2WQPA 4AMAA 1F76A 1M6JA 1G4PA 5K9CA 3UQNA 2Z0IA 4YXGA 3VI2A 2C14A 2B7OA 2R94A 3KFTA 1FWWA 4JS3A 2Y7DA 1SZEA 4XUGA 4C1KA 1YLVA 2GVJA 3HOJA 1N7KA 1OHLA 4EF8A 4UFJA 3H53A 4UFKA 3Q2DA 3KRZA 2A4AA 3NQFA 3M7WA 3A5FA 1WA3A 1IIHA 1OK6A 4GUHA 2E6YA 1LROA 1TTJA 1O94A 3T4CA 1FCBA 4K8HA 3M5YA 3MHFA 4JNMA 1Q45A 5G4WA 4UTLA 3B04A 4O18A 4M6QA 3TXZA 1KFCA 4BWLC 4YMZA 3IGSA 1E51A 1IXPA 1D9EA 3IIXA 4Z1AA 2E5CA 1EWEA 2Z6JA 2V5LA 1FXPA 3EKZA 4ZL1A 2Y7GA 5G1YA 1NAL1 3F03K 4FNRA 1YDVA 4BI5A 2YYUA 3LRMA 2QCEA 3P82A 1XXXA 1W5OA 1W3TA 3UWZA 4WXYA 4NU7A 1PE1A 1VRDA 1VYRA 5G2HA 4PEKA 3M16A 3MO7A 1SW3A 3MUXA 3GDMA 3NM1A 1TJRA 3IIPA 4N2YA 4U28A 3CQ0A 4LWWA 1KLZA 3N34A 2VFFA 1F74A 3TQKA 1WV2A 5LKYA 4ADUA 1PIIA 1W8SA 1H7XA 3EB2A 3KHJA 1K02A 1EB3A 2WSRA 3FS2A 3QRHA 4JTUA 1G7VA 5F2LA 1FWTA 4LUIA 3PBWA 4NNCA 3S1WA 1AL7A 2VEKA 4O15A 3WFAA 4MIMA 1Y0EA 4YCOA 2BWGA 5F1UA 1ML1A 1FQ0A 2P0OA 5BNKA 3LXBA 2QDHA 3VCRA 5DN1A 5LNUA 1OFQA 1RD5A 1VS1A 3PC0A 3TUUA 2V2HA 3E49A 1FY6A 5D02A 3W2UA 4AWTA 1KFEA 3W73A 4MLJA 3R89A 1KLYA 5HR6A 1SFJA 3B4UA 3IVUA 3M0ZA 4RV8A 3EXSA 4WY0A 3C6CA 3C0JA 4JTEA 2ZZ1A 4S1FA 1R46A 5EBUA 3BVJA 4ZQPA 4S2CA 1TPVA 3G1SA 2ZZ7A 3O07A 3NYZA 5D04C 3A24A 3HO8A 2J9XA 1EX5A 2BX7A 4Z08A 4TMCA 1O60A 4JYFA 5EPDA 5HWMA 4A22A 2NUWA 3H55A 3W84A 4GUGA 4QNEA 3MBDA 1TPH1 1WBHA 4AF0A 3G0XA 1R2TA 5HMSA 3UXDA 2RDWA 3LX9A 1W3NA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5FF7A

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