The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
105
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structure length |
83
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Chain Sequence |
b'DDEIISLSIEFFKRYLRCPAAMTVMHLRKFLRSKMDIPNTFQIDVMYEEEPLKDYYTLMDIAYIYTWRRNGPLPLKYRVRPTC'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
POLYCOMB COMPLEX PROTEIN BMI-1
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| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Bmi1 Regulates Prc1 Architecture and Activity Through Homo-and Hetero-Oligomerization
pubmed doi rcsb |
| total genus |
21
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| structure length |
83
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| sequence length |
105
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF16207 | RAWUL | RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MGK E; 3TIX A; 4RMA A; 2GBN A; 3T9L A; 2JZZ A; 4ANX A; 3VUY A; 2ZCB A; 4BOZ B; 2V3S A; 1WFY A; 4KSK C; 2DYO A; 4IWO A; 2LGX A; 2N7D A; 2JUO A; 2PPH A; 4KSL C; 4YL8 A; 1WGG A; 4M8N A; 2J0M A; 3RYT A; 5IAA C; 2KDF B; 1WRD B; 4BOS C; 3DBR I; 4G3X B; 2KJH B; 2G4D B; 3GZN I; 4CHK A; 3ZVV A; 2BYF A; 2K6D B; 3ZRF A; 3V61 A; 1YX5 B; 1WH3 A; 1UH6 A; 1KM7 A; 2O2V A; 3N32 A; 2KTR A; 1M94 A; 2IO1 B; 2FUH B; 3QIJ A; 4W9G A; 4NQL B; 3VAW A; 4KZ0 A; 4DDG D; 4GN1 A; 2KJR A; 4NAW B; 2JPH A; 2MBE A; 1OQY A; 2NVU I; 3OJ4 B; 5LLI A; 3RD2 A; 3QAR A; 4FJV B; 3H7S A; 5LXH A; 2DAJ A; 3ENE A; 1E90 A; 2C7H A; 3PRP B; 4TUU A; 1KJT A; 1UZX B; 2I1K A; 3A9K A; 3U8Z A; 4AWJ A; 1J8C A; 5CHW A; 2GBK A; 2C5L C; 1NDD A; 1WXS A; 3T8M A; 1WF9 A; 5TR5 A; 3H7P B; 2GOW A; 4W9D A; 3OLM D; 3DBH I; 3P2B A; 4IM3 A; 4XZ4 A; 2JZ3 B; 1WZ3 A; 3QX1 A; 1P0R A; 2KKC A; 2OOB B; 4E74 A; 1CMX B; 4IWP A; 3U30 A; 4WWO A; 1WGY A; 3EC8 A; 1GC7 A; 3W1Y A; 4FAD A; 3RCZ A; 2MWS B; 2K1F A; 3HIZ A; 3QA8 A; 4DWF A; 4BFR A; 3RUL A; 4EEW A; 3SHQ A; 2MBB B; 3H6N A; 4BBN F; 4OVV A; 3ZIM A; 4M0W B; 2LZ6 A; 2WX0 A; 2FAZ A; 3APD A; 1V6E A; 1LM8 B; 2DZM A; 3EEC A; 4DHJ B; 2AL6 A; 2ZNV B; 3L10 B; 3VDZ A; 4BKS A; 1UEL A; 2KMC A; 3TCA A; 1OGW A; 2DX5 B; 1RLF A; 1E8W A; 3QC8 B; 1E7V A; 4MJS A; 1RRB A; 2JF5 A; 3H1U A; 4W9H A; 1UBI A; 4JIO U; 2XK5 A; 2O6V D; 2O6V B; 2MRP A; 1YD8 U; 1WI0 A; 4IM2 A; 1WJU A; 2ZEQ A; 4P7I A; 4XX5 A; 3ZLZ A; 2J0J A; 2JXX A; 3A4S C; 3KUZ A; 3JVZ X; 3ZDM C; 4DHZ B; 4II3 B; 1T0Y A; 4WWN A; 2Y5B B; 2IBI B; 2YVC A; 2REX A; 2DZI A; 1WJ4 A; 1X1M A; 3KYD D; 3QQ8 B; 1RFA A; 1KLV A; 3W1S A; 2KX3 A; 3L13 A; 4K81 A; 2GBM A; 2Z59 B; 3K9P B; 3Q3J A; 2BKF A; 3QJZ A; 4DK5 A; 1L7Y A; 2BYV E; 3ZTC A; 3D32 A; 4NY0 A; 2N9X A; 4BKG A; 3PHW B; 3IFW B; 1GJZ A; 1I42 A; 1LFD A; 3B08 A; 3UQB A; 1V2Y A; 1YIW A; 2NPT B; 1Q5W B; 3CSF A; 3AXC A; 3CMM B; 2FCN A; 4ZYN A; 4DDI D; 4FN2 A; 1A5R A; 1OTR B; 2IZV B; 2V4L A; 4TKN A; 5FR6 A; 3GOE A; 2MX2 A; 1SE9 A; 2GMI C; 2KLC A; 4JQW C; 1V86 A; 2WYQ A; 5CHV C; 2KWV B; 4FA6 A; 4HWI B; 2ZVN A; 1R4M I; 2LD9 A; 1EO6 A; 2YLM A; 3NS8 A; 5DPS A; 2K39 A; 3PS6 A; 2WX1 A; 2N9E B; 1WYW B; 1ZGU B; 2LUE A; 4HPL B; 4IG7 B; 4HLE A; 5IA7 A; 2XBB C; 2K8H A; 4IWQ A; 5DPR A; 3UF8 A; 3VVW B; 4IUM B; 4G50 A; 3ZNG C; 3SD5 A; 5JZE B; 3ZTD A; 4HDO A; 5D94 A; 3ZNI D; 2CS4 A; 3TBL D; 3VQI A; 1FXT B; 3IBE A; 4NNJ B; 2LRW A; 3DVG Y; 1NBF C; 3NHE B; 2VRR B; 2N4F A; 2L0F A; 4G11 A; 4AJY B; 5E6O A; 3SU8 X; 1YQB A; 3DCG A; 4WJO A; 2OJR A; 3UIO B; 4ICU A; 4HK2 A; 4W9C A; 3PV1 A; 1P98 A; 1UGM A; 3R3M A; 4FLH A; 4RM9 A; 2XEW A; 1OEY J; 1WY8 A; 1WGD A; 4GMV A; 4K7W A; 1ZKH A; 2L3Z A; 5CX3 A; 3L17 A; 4I6L B; 2PEA A; 4ASW C; 2O6V A; 4M8M A; 3VH4 B; 1EF1 A; 3WAN A; 4WQO B; 4ZDV A; 5JHA A; 2D3G A; 2DZJ A; 4X57 B; 4PS3 A; 2LXC A; 2IO0 B; 1UBQ A; 2J7Q B; 3HK0 A; 2ZPN A; 4PS7 A; 4W9J A; 1VD2 A; 2FIF A; 1TZ1 A; 3A33 B; 3AU5 A; 1V9J A; 2EKE C; 4JL9 A; 5CHF A; 1IPG A; 5G55 A; 3PRE A; 3A9J A; 2KVR A; 1P3Q U; 1SIF A; 3V60 A; 2K8C A; 4W9F A; 3AU4 A; 3PZD A; 2CKH B; 5D2M B; 1WIA A; 5EDS A; 2N1V A; 2NR2 A; 3PGE A; 2LVO A; 2BF8 B; 4I6N B; 3NZU A; 4MSQ B; 3DVG X; 2R2O A; 2KO3 A; 4FJY A; 4XC2 A; 1R4N I; 4E3C A; 5J17 A; 1L2N A; 1WE7 A; 2XK5 B; 3I3T B; 3S2A A; 2KLG A; 2MA9 B; 5KHO A; 1Q0W B; 3MHS D; 3NY5 A; 2G45 B; 1J0G A; 2KAN A; 4BKS D; 1P9D U; 3M62 B; 5LXI B; 1V80 A; 2DZK A; 2O2V B; 3L16 A; 2KWU B; 4B9K A; 4ANW A; 1H8C A; 2KDE B; 3MJW A; 3A1Q A; 3EHV A; 4TV3 A; 4IC7 B; 2FID A; 4FHJ A; 3PLU A; 2KTF A; 3ZRC A; 3VFK A; 1E8Y A; 3NZS A; 3QK0 A; 3WAL A; 2LXA A; 5HKH A; 4MEL A; 2MP2 B; 3KUC B; 4WWP A; 2AL3 A; 3DVN V; 2KOX A; 2NS5 A; 4PS8 A; 2KFJ A; 2RPQ A; 3ZNZ B; 2CU1 A; 4GDK A; 4GDL A; 3VUX A; 1WXM A; 3LJ3 A; 2KDB A; 1WXV A; 5JHB A; 4LDT D; 4AUQ C; 2IYD B; 2A4Z A; 2C60 A; 2M1M A; 3HM3 A; 3TL5 A; 2IY0 B; 3R7Q A; 3AUL A; 1Z5S B; 4GDK B; 2LJ5 A; 3DPD A; 3M95 A; 2K8B A; 1WX9 A; 3WAO A; 4IM0 A; 1H4R A; 5L95 C; 2D11 A; 2GBJ A; 4ZRK A; 3RUI B; 2QHO A; 1EF5 A; 2KFK B; 3N3K B; 3VXW A; 3V6C B; 3ECI A; 4DXA B; 4B6W A; 3DBL I; 1Q1O A; 3VTV A; 2DHZ A; 4W9L A; 3EFU A; 3PTF C; 3IG3 A; 2MBH A; 4W9K A; 4MSM B; 4DHZ E; 1Z2M A; 4DBG A; 2KC1 A; 2FNJ B; 2JRH A; 3CST A; 4WJP A; 2GBR A; 4MJS B; 2PJH A; 3ZO5 B; 1U4A A; 1JRU A; 4KZC A; 2JWZ A; 2L00 B; 2FCS A; 3BY4 B; 1SGH A; 4WAA A; 3QAQ A; 1WJN A; 2DYB A; 1WMH B; 2NBU A; 2Z0E B; 2FCQ A; 4LJO B; 1WE6 A; 3DVN U; 2KC2 A; 4HCP B; 2JRI B; 1E8Z A; 4K7U A; 2KNB A; 4FJZ A; 2ZVO A; 4K1R B; 2L0T A; 4II2 B; 1BT0 A; 3A9J B; 3O65 B; 1ZW7 A; 5DPW A; 5AZF A; 2RD0 A; 4GDL B; 3JYU A; 1IP9 A; 1V5O A; 3DOW A; 1WJ6 A; 3HHM A; 5KHQ A; 5AZG A; 2I1J A; 4NJ6 A; 1NI2 A; 3ML9 A; 3Q3F A; 2KHW B; 2KDI A; 1EUV B; 1WX8 A; 3L54 A; 2LAS A; 5C1Z A; 3VHT C; 4KV2 A; 2L7R A; 2M8S A; 1WR1 A; 2W9N A; 3OAW A; 4TQ0 A; 2KXJ A; 1GNU A; 4MGZ E; 3VTW A; 1E7U A; 4KIK A; 1KOT A; 3PLV A; 3X23 A; 3A4R A; 4LCD E; 2KZR A; 2NCN A; 3JSV A; 4OVU A; 2MCN B; 2HE7 A; 4HPM B; 4GOC A; 1WXA A; 2L76 A; 4GGQ A; 4LJP B; 3U7D A; 3V62 A; 3UQA A; 4EUT A; 2C9W B; 3OJ3 A; 1PQS A; 2BKR B; 1TBE A; 2DAF A; 4F1S A; 2IO2 B; 2A5U A; 5D7G A; 4EZJ A; 2EMS A; 4K7S A; 4PYZ A; 2KK8 A; 3PRM B; 2ZNV C; 1WR6 E; 5AEK B; 3ZUN A; 2N7E A; 3R66 C; 4EOY A; 1E5W A; 3H9D A; 4NQK E; 2LGD A; 3L0W B; 3PT2 B; 5L83 A; 4GSW A; 2DYM A; 4FHK A; 4EFO A; 3HM6 X; 1GC6 A; 1RAX A; 2KQS A; 4ZRI A; 2K25 A; 4AP4 C; 3C0R B; 4KVG B; 3TJP A; 1C3T A; 1WX7 A; 3TMP B; 5BO4 B; 1GUA B; 4WJQ A; 1VCB A; 3ALB A; 3DDC B; 4W9I A; 2BGF A; 2L8J A; 2M17 A; 1WM2 A; 1K8R B; 1WM3 A; 4I6P A; 4HVB A; 2NBV B; 3PVL A; 3H7P A; 4MDK E; 5G2N A; 2ZCC A; 1LXD A; 2ZJD A; 3L08 A; 3LDZ E; 4IW0 A; 4BKT A; 4GU2 A; 1V81 A; 1TTN A; 4WJN A; 4JLC A; 2K6Q A; 1E8X A; 1MG8 A; 2AEH A; 3M63 B; 5E6N A; 3V6E B; 1XT9 B; 4JGH B; 1S1Q B; 4GXB A; 2IY1 B; 4N9F 4; 3VH3 B; 3X0W A; 4A3P A; 2G3Q B; 4CO7 A; 1TGZ B; 4G0N B; 3KUD B; 3M3J A; 2MBQ A; 4BBN C; 5JH5 C; 1QZE A; 5CTR C; 4LDT B; 2PE6 B; 4F7Z A; 4HDQ A; 3JW0 X; 1WZ0 A; 2WDT B; 5AZH A; 4AOF A; 3QWZ B; 3UIN B; 4F8C B; 1UD7 A; 4B95 A; 2MW5 A; 2KJ6 A; 1XD3 B; 3N30 A; 2KN5 A; 1P1A A; 4URK A; 2LWP A; 4TQ1 A; 1OEY A; 2M0X A; 3RZW C; 3A1Q B; 3ML8 A; 3ZKJ C; 2RR9 A; 2UYZ B; 2WWZ A; 3CF6 E; 2HJ8 A; 1WGR A; 3DBS A; 2UWQ A; 2KWC A; 4HJK A; 1YJ1 A; 3MTN B; 4FUL A; 1I35 A; 2JY6 A; 2AWT A; 3IVF A; 3UIP B; 4ANV A; 4MH0 E; 1G6J A; 5J18 A; 2LRU A; 2HD5 B; 3PHX B; 1IYF A; 1D3Z A; 2D10 A; 2G4S A; 4A3O A; 2KTR B; 2KX0 A; 2D2Q A; 3B0A A; 3KH0 A; 2MLB A; 2MQJ A; 2V1Y A; 2NBW B; 2IO3 B; 2KD0 A; 2FCM A; 4PYU A; 2NPT A; 3KYC D; 2AYO B; 4MM3 A; 5C23 A; 3W1S C; 4E71 A; 2JT4 B; 2LVQ A; 3ZNH B; 4FBJ B; 2L05 A; 4ICV A; 1Y8R C; 1F9J A; 4CYE A; 2HTH A; 2R2Q A; 3WAM A; 2CHW A; 2LI5 A; 2PE9 A; 3APF A; 4BVU C; 2KMA A; 3KW5 B; 4MGI E; 1HE8 A; 3ZW3 A; 4EZL A; 3WIM A; 4HCN B; 3R7R A; 3UGB B; 2KQ7 A; 1S3S G; 4KIK B; 2LVP A; 4RM8 A; 4A20 A; 5D6J B; 3AI5 A; 4EKU A; 2RGF A; 5E6P A; 2RSU A; 2CR5 A; 4W9E A; 4HXD A; 2BWF A; 2JVC A; 2J0K A; 2MBO A; 4NPN A; 4GB9 A; 2Z0D B; 4AJW A; 2MP2 A; 2M4N A; 2N1W A; 4GIV A; 1LQB A; 2LGY A; 2ZZP B; 1V49 A; 3B1L X; 2D07 B; 2CHX A; 3RT3 B; 2ZPY A; 4J6I A; 4KDL B; 2N9P C; 3WA0 A; 1V5T A; 1WMH A; 4NJ7 A; 4EZK A; 1XQQ A; 3KVF B; 1AAR A; 2ASQ A; 3ONS A; 3PRZ A; 3PPA A; 3QCA A; 3NOB A; 4NAW A; 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