5FSTA

Structure of lysozyme prepared by the 'soak-and-freeze' method under 100 bar of krypton pressure
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Gas-Sensitive Biological Crystals Processed in Pressurized Oxygen and Krypton Atmospheres: Deciphering Gas Channels in Proteins Using a Novel `Soak-and-Freeze' Methodology.
doi rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5fstA00
1V7SA 1N4FA 2Q0MX 1LHKA 1XSFA 2HU3A 3AZ6A 3EO5A 4R6CA 1GBZA 4GLAA 1YL1X 1LMAA 4WLTA 2HEDA 1HSWA 1DZBX 4XJFA 3A3QA 3ZVQB 5LA5A 1YAQA 1VEDA 4ETCA 5ILFA 1IOCA 5DL9A 7LYZA 2Z19A 2Z37A 3J4GA 1IWUA 1AT5A 3A90A 1XGPC 2A7FA 2EIZC 2I26L 1LTMA 1XFPL 2XBRA 1IO5A 4NGLA 1G7HC 1AKIA 1IY3A 1B7NA 4YF2A 3A6BY 4YEMA 3OJPA 4H9HA 1GB2A 1NBYC 1GB5A 2BAAA 2EKSC 3MGWA 4WM2A 2ZWBA 4BADA 1LZ9A 1SQ2L 5ILCA 3IWRA 4CHXA 1XGQC 4LT3A 4DDCA 1YL0X 4HJYA 5JENB 1GXXA 3WPKA 1LZNA 1IP6A 4H9EA 3B0OA 4OOOA 5DN4A 1F6SA 1TBYA 4H90A 1NKHA 1EQ5A 1AT6A 154LA 3FE0A 1LZAA 4TUNA 5FHWA 1YILA 4H94A 4UWUA 3RW8A 1A2YC 5EBHA 4NGKA 2XTHA 4A7DA 4AGAA 3CT5A 4RDSA 1GD6A 1GFTA 5M1YA 5HNCA 1LSPA 1KXYA 2HEFA 3P65A 1WTNA 5D5CA 2XJWA 1LJNA 4LYOA 1B5WA 1LJGA 4H9IA 5IHGA 1OP9B 5IELA 1B7LA 1C10A 4XYYA 3A6CY 1LMCA 2W1MA 1GFEA 1HMKA 2DQIY 4ETEA 1D6QA 4CJ2A 3WYHA 4N5RA 5KXOA 4OWEA 1HEPA 5KXMA 1JKBA 4I8SA 5B1GA 3HBEX 1B7MA 4H9AA 1JJ3A 4WLYA 3WXUA 1PZYA 1QTEA 5LAGA 1FKQA 1FLWA 1UIAA 1YKXX 1HSXA 1LYYA 2FYDA 3D9AC 1NQIA 132LA 1IOTA 1GF5A 3E3DA 4QDNA 3TXIA 1LSAA 4CFOA 1IC4Y 4GLVA 1LZCA 4CGEA 3W6CA 5DLAA 2HUBA 2LZTA 1LZEA 2Z2EA 4HJVA 3TMWA 2XBSA 4ZFPA 1CKCA 2DQGY 4LYBA 4NSJA 1INUA 4XJHA 1IR9A 5B06A 1GDWA 1P2CC 2N5ZA 4NGIA 3P4ZA 2BLXA 1CJ7A 4YEOA 1HEMA 2HTXA 1UCOA 4B1AA 2BQLA 3RNXA 2HEEA 1YQVY 1ZVYB 1LSDA 1IEEA 1CKDA 1HFYA 4W94A 3CT0A 2F2NA 3EXDA 1JKAA 4G49A 3N9CA 2H5ZA 1LMOA 3B72A 3QY4A 1E8LA 1CKGA 1BB7A 1GF0A 3TMVA 4NHTA 1LPIA 1GF3A 1TCYA 1F10A 9LYZA 1EQEA 1GE0A 1GB8A 4GN3A 1B0DA 2YBIA 1HFXA 2C8PA 5FELA 5A3ZA 1YKZX 4ETBA 5LINA 4LFXA 3ZEKA 1B7OA 1G7IC 1HHLA 4NEBA 4NG1A 4NWHA 3B6LA 1YAPA 5KJ9A 2D4JA 4E3UA 1BB6A 1LYZA 1LYOA 3N9AA 1XGUC 4BAPA 1LSMA 1VDPA 1FKVA 1HEOA 4WG7A 3KAMA 3M18B 5J7CA 1JITA 135LA 1D9UA 4J7VA 4DD3A 4ETDA 1BWJA 1HFZA 1XEIA 2W1LA 5I5QA 3P68A 1JKCA 3T36A 5KXSA 4H91A 5APEA 4DD0A 1CNSA 5LVKA 2DQJY 1LZ5A 1LSEA 2RSCA 1IWXA 3AGHA 1I56A 1GBWA 3AW6A 3D3DA 4H9BA 5II3A 4WOAA 2MEEA 1B5ZA 1GB9A 1RI8B 2ZIKA 4OWCA 2ZIJA 2A7DA 1IOQA 5LVIA 4RW2A 1LJKA 3M3UA 1GFJA 1LJIA 5K7OA 5B05A 5LAFA 4DC4A 2Z2FA 5KXYA 1CKFA 1D0MA 1XGRC 4HTKA 1LJEA 1O23A 5LVHA 4DD7A 1QUSA 1BVXA 134LA 4NGYA 1DI5A 1KXWA 4LFPA 1HEWA 5I4XA 5KXKA 1CJ9A 1IVMA 2G4PA 5C6IA 4TWSA 3WPJA 2ZNXY 4DD1A 3AB6A 2PC2A 3WVXA 1GFUA 1LZTA 2BQKA 4WG1A 1QDRA 1CJ8A 1GE2A 5E9RA 1UA6Y 2Z39A 2VB1A 1LSNA 1IP4A 4DDBA 1JEFA 2ZYCA 4LT2A 2BQJA 1OUDA 1YANA 5B59A 1DPXA 1JJ0A 1LMPA 1LMQA 4NHQA 2MEAA 4WL7A 1LMNA 3RZ4A 1NMMA 2LYMA 4NGVA 4WMGA 1LZRA 4N8ZA 1HENA 1NF5A 3IJUA 4NHSA 1TDYA 3ATOA 3CB7A 3W6BA 3WVYA 5AMYA 2YBNA 4NHPA 1LAAA 1A4VA 3A95A 4GN4A 4BAFA 1REXA 2DQHY 4NWEA 2I25L 4GCFA 4NSHA 4OWHA 4OWAA 4HPEA 4NY5A 3FI7A 1HF4A 3LN2A 1YKYX 2YBJA 1LZ6A 2LYOA 1J1OY 4HV2A 4N1EI 5F81A 1C08C 1UIFA 3TXFA 2ZNWY 4MSTA 5HMJA 1DKJA 4C5FA 1BHZA 5LYTA 4ZEEA 1D0KA 1GF7A 1TAYA 1JKDA 1UUZC 3A67Y 5APFA 1UBZA 1OUBA 4YENA 1HEQA 1YIKA 1IC5Y 3QNGA 4ET8A 1LZGA 1GXV2 1VFBC 4WL6A 5FDJA 1MELL 1HC0A 6LYTA 3AJNA 153LA 1LOZA 2BPUA 1LCNA 1VDTA 1BQLY 2CJLA 4TX7A 1LZSA 1OUHA 4LYCA 4WO6A 2F4AA 3TXHA 4HTQA 1NHEA 5KXPA 5F14A 1WVVA 1GB0A 1D0LA 4TSCA 5E4PA 3WUMA 4KT3A 4NG8A 1AM7A 4Z3MA 3CSQA 3LYZA 4DWXA 1LKSA 1LZ8A 1B9OA 2DBTA 3W6AA 1GEVA 5HMVA 1UIBA 4RLMA 1IWZA 1UIHA 2CGIA 5F9XA 5LA8A 2LYZA 2YVBA 1FLYA 4QGZA 3WUAA 1VDQA 1C46A 1J1PY 4Z46A 5C6JA 1IOSA 4WM1A 5LIOA 2W1XA 1GF8A 1OUFA 2BQCA 4H93A 3ZVQA 1JUGA 4TSBA 2HEAA 5LVGA 4DT3A 4OWBA 1LJ3A 1IP1A 1QSWA 3EBAB 5KXTA 1UIDA 1UACY 3AW7A 2DQDY 4XN6A 5HQ1A 2D91A 3LZTA 1OUJA 1ZVHL 4H9FA 2D4IA 1JIYA 4MR1A 1WVUA 4QEQA 3LYTA 1FDLY 5DM9A 5DN5A 4ETAA 1GAZA 4H8YA 2Z38A 3W3EA 3GXRA 4GCBA 3IJVA 5L9JA 1QIOA 2DQEY 4DD9A 4KPMA 4OW1A 4Z41A 2ZYPA 2CWIA 2FBDA 1GFRA 5KXNA 3WXTA 4GCEA 4D9ZA 1PS5A 3WULA 1OUAA 1VDSA 2HEBA 1C45A 2G4NA 4OOTA 1IP5A 2W1YA 2F4GA 4NFVA 4LZTA 5HNLA 1IR7A 1B5UA 4N1CC 4HJZA 4I0CA 1JTOL 5HLLA 2DQFC 1UIGA 1BB4A 1YROA 1LJ4A 1G7LC 4DYGA 4KL7A 2D4KA 2DKVA 4ML7A 4GCDA 5KXRA 3BKVA 3WU7A 1ALCA 1LHLA 4PPOA 1GFVA 5C6LA 4PRUA 1GE3A 4H92A 1RJCB 3LZ2A 1GE1A 2CDSA 2WARA 2Z12A 4H8XA 4L41A 4B4JA 5I4WA 1W6ZA 2MEBA 2YBLA 1IX0A 3AZ5A 1HMLA 5IDDA 2H9JA 3TXDA 1H87A 3TXGA 1DI4A 3J6KA 4X3BA 1MLCE 4W96A 1EQ4A 1LSCA 1IORA 1GBYA 1LZDA 2BQDA 1B5VA 4J1BA 1LYSA 2FYCA 5B07A 2BQBA 1IWWA 1EL1A 4BS7A 4NIJA 4AXTA 2MEHA 5I53A 1QUTA 1RCMA 6LYZA 4IATA 1ZMYL 1JTPL 2EPEA 3GXKA 1BB5A 1G7JC 1B2KA 1VATA 4H9CA 1GPQC 5KXLA 2BQMA 4XJGA 2NWDX 1LJJA 2Z18A 4NHIA 207LA 1DXJA 1T6VL 4WO9A 1GDXA 4Z98A 4ANRA 4R0FA 4TTDA 1IIZA 3RU5A 1GB7A 2G4QA 1GFHA 1OUCA 1JISA 2MECA 1FN5A 4KXIA 3SP3A 4YM8A 1IP7A 5LYZA 2MEGA 1GFGA 3AZ4A 3A96A 3WW6A 2ZILA 1REZA 2IFFY 4II8A 2HECA 1RE2A 4ZIXA 2DQCY 1GF4A 3AGGG 3B0KA 3HBHA 4J0LA 4LYZA 4RLNA 5L3HA 4EOFA 4G4HA 2BQEA 3P66A 4HV1A 1UIEA 3QE8A 1OUEA 1I1ZA 5L3IA 1BWHA 4N0JA 1BGIA 4DD2A 3A91A 133LA 1GB6A 3G3BB 4EMNA 5FSTA 5I54A 3LYOA 1GFAA 1WTMA 2HU1A 3W6FA 4XENA 4NGJA 5T3FA 2BQGA 1GWDA 2YBHA 4U3XB 5LVJA 3HFMY 3P64A 5KKJA 1DPWA 2BQHA 1JSEA 3LYMA 2BQIA 1B7SA 1BWIA 4WM3A 1GEZA 2C8OA 4HPIA 4PRQA 4WM4A 1QTKA 3A93A 2LZ2A 4WLDA 8LYZA 2YDGA 1IWVA 3A94A 2BQAA 1V7TA 1VAUA 4UWNA 5F9UA 5FCPA 5LYMA 1IP2A 1NDGC 3WUNA 1GAYA 4G4BA 1GF9A 3ULRA 1QSAA 1AZFA 1GBSA 4PGJB 1LZBA 193LA 1F0WA 1FLQA 1QDTA 2BQOA 3TMXA 2X0AA 3A8ZA 194LA 1C7PA 3TXBA 4PHIA 1B5XA 1JPOA 1F6RA 1LJHA 1LHMA 1WQOA 1DI3A 1LZ4A 3AGIA 1BB3A 5KXZA 4B0DA 1REYA 2D6BA 4M4OA 1DQJC 1OUGA 1NWGA 4H8ZA 1FLUA 1LSYA 2MEDA 4NSGA 5I4YA 1C43A 4LGKA 4XJBA 1WQNA 2IHLA 4NGWA 1GB3A 1WQRA 1JJ1A 1KIQC 1LSGA 4HP0A 2MEFA 2ZQ3A 2I6ZA 4J1AA 2BQNA 4YOPA 4C3WA 1IWTA 1JSFA 5F16A 1W08A 1GFKA 1T3PA 1IR8A 5KXWA 3AYQA 1WQQA 1B7PA 2ZQ4A 5B1FA 4B4EA 3BKHA 3WH1A 4HTNA 1XEJA 1SLYA 3CQLA 3N9EA 4MCKA 3WMKA 3WW5A 4WM5A 1GBXA 3TXJA 1B7QA 3ATNA 1HELA 1D6PA 4WM6A 1LSBA 5D5FA 1GE4A 1ZV5L 1B5YA 2F30A 1OUIA 4IJ4A 3F6ZA 3HBDA 1GHLA 2BQFA 4NGOA 3EMSA 4LYMA 1BVKC 1LKRA 1LZ1A 3AZ7A 1XGTC 4B49A 2LHMA 4XJDA 1YAOA 1LSFA 5APCA 1IY4A 4UWVA 3A34A 1I20A 3K3TA 3CSRA 1Z55A 3LHMA 2BLYA 3B0IA 4LT0A 2YBMA 4NSIA 1GF6A 3A3RX 4FDYA 1FBIX 1LMTA 1IP3A 4WLXA 3G3AB 1XEKA 4P2EA 4NGZA 3WL2A 2H9KA 4LT1A 5LXWA 4RW1A 1YAMA 3W6EA 5KXXA 4G4CA 2FBBA 3A92A 3TMUA 1G7MC 1B7RA 1IC7Y 1LHIA 1RFPA 3CSZA 1OQMA 5FEKA 4XJIA 3OK0A 3TXEA 1GBOA 1QQYA 2GV0A 2MEIA 1CJ6A 3WU9A 2DQAA 4H1PA 2B5ZA 4XADA 4DDAA 5APDA 1LSZA 3RT5X 1UC0A 3W6DA 1KXXA 1TEWA 4N9RA 2YSSC 3T6UA 3CT1A 3WPLA 5KKIA 1LHJA 208LA 5A3EA 5KY1A 4LYTA 3WU8A 1HERA 1REMA 4PJ2C 1LHHA 2EQLA 1J1XY 2Y8PA 4CFPA 1H6MA 4GCCA 3TXKA 1WQPA 2AUBA 4M6DA 1JWRA 4ET9A 1IWYA 1LJFA 4FJRA 4B4IA 1DKKA 4G9SA 4GN5C 1HNLA 1UICA 3VWOA 4QY9A 1LZYA 4O34A 1JHLA 4HSFA 1WQMA 1JTTL 1KIPC 1KIRC 1NBZC 1NDMC 4IASA 1CKHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1V7SA 3AZ6A 1GBZA 1YL1X 1LMAA 2F2QA 2HEDA 1HSWA 1DZBX 229LA 4WLTA 3ZVQB 5ILFA 7LYZA 2HUMA 2EIZC 2I26L 1XFPL 2XBRA 1KNIA 4NGLA 1NBYC 4WM2A 1C66A 4BADA 1LZ9A 2B6XA 4GBRB 233LA 4CHXA 5JENB 195LA 3HU9A 3WPKA 4H9EA 3B0OA 4I7KA 1EQ5A 1LZAA 3DNAA 4TUNA 1YILA 4UWUA 1A2YC 1DYBA 3HUQA 3FI5A 1C6QA 3CT5A 5LZMA 1L40A 170LA 1LSPA 1KXYA 4I7PA 1OP9B 2W1MA 2DQIY 4ETEA 2LZMA 4OWEA 1HEPA 1SWZA 1JJ3A 3WXUA 1QTEA 1DYCA 3DKEX 1IOTA 3TXIA 1L94A 227LA 1CV1A 2Z2EA 2XBSA 4ZFPA 1SSWA 201LA 4LYBA 4NSJA 1IR9A 1P2CC 4NGIA 169LA 3HU8A 1CJ7A 3RUNA 1CVKA 2HEEA 1YQVY 3HTDA 1LSDA 2F2NA 2B7XA 2LC9A 1L56A 3HTFA 2YBIA 1HFXA 5A3ZA 1P5CA 1QTDA 1L86A 4NWHA 5KJ9A 2NTGA 1BB6A 4BAPA 1VDPA 1FKVA 1L24A 4WG7A 5J7CA 128LA 1HFZA 1JKCA 1JTMA 1L32A 1G0KA 2ZIKA 1CV6A 3GUKA 3C7ZA 2Z2FA 1C6AA 1LGXA 1CKFA 1KY0A 1XGRC 3G3WA 4DD7A 1BVXA 1HEWA 1L28A 1CU2A 3WPJA 3AB6A 1GFUA 3SB8A 2BQKA 1L89A 1QDRA 1CJ8A 1GE2A 1IP4A 1L57A 1JEFA 2RB0X 144LA 1SX2A 3C7WA 1DYDA 1JJ0A 1LMPA 4NHQA 1L41A 2MEAA 4NGVA 3WVYA 221LA 5AMYA 1L60A 4NSHA 3DN6A 230LA 1QSBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1V7S A;  1N4F A;  2Q0M X;  1LHK A;  1XSF A;  2HU3 A;  3AZ6 A;  3EO5 A;  4R6C A;  1GBZ A;  4GLA A;  1YL1 X;  1LMA A;  4WLT A;  2HED A;  1HSW A;  1DZB X;  4XJF A;  3A3Q A;  3ZVQ B;  5LA5 A;  1YAQ A;  1VED A;  4ETC A;  5ILF A;  1IOC A;  5DL9 A;  7LYZ A;  2Z19 A;  2Z37 A;  3J4G A;  1IWU A;  1AT5 A;  3A90 A;  1XGP C;  2A7F A;  2EIZ C;  2I26 L;  1LTM A;  1XFP L;  2XBR A;  1IO5 A;  4NGL A;  1G7H C;  1AKI A;  1IY3 A;  1B7N A;  4YF2 A;  3A6B Y;  4YEM A;  3OJP A;  4H9H A;  1GB2 A;  1NBY C;  1GB5 A;  2BAA A;  2EKS C;  3MGW A;  4WM2 A;  2ZWB A;  4BAD A;  1LZ9 A;  1SQ2 L;  5ILC A;  3IWR A;  4CHX A;  1XGQ C;  4LT3 A;  4DDC A;  1YL0 X;  4HJY A;  5JEN B;  1GXX A;  3WPK A;  1LZN A;  1IP6 A;  4H9E A;  3B0O A;  4OOO A;  5DN4 A;  1F6S A;  1TBY A;  4H90 A;  1NKH A;  1EQ5 A;  1AT6 A;  154L A;  3FE0 A;  1LZA A;  4TUN A;  5FHW A;  1YIL A;  4H94 A;  4UWU A;  3RW8 A;  1A2Y C;  5EBH A;  4NGK A;  2XTH A;  4A7D A;  4AGA A;  3CT5 A;  4RDS A;  1GD6 A;  1GFT A;  5M1Y A;  5HNC A;  1LSP A;  1KXY A;  2HEF A;  3P65 A;  1WTN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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