The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
253
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sequence length |
985
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structure length |
924
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Chain Sequence |
QSMEVYARLQNIWPKFPRWLHAAPLALAWELTRICLHCKVDLEDPTLRYDPSWATSDMAALWRSLTQLDVFRGKSFPERPSAEAFAAALTGNFESRGNTVVLSASLEFNPSKTGPLFLLDMKPLRFDEGCRLTRRFGPDRFLEVLVPSPTALNAPSILKDGGAAQVIRWLTEKPHSLVGRQWQAFYTKDAGAKATFKERVHFFAERGHDFRPAPLRRTEIRVSEMLDWLLQLEQNEYQPHLKLFSRIQLGLSKTFPTVTFEPNQIRHRTDDILSPAGKIMNDGIGRMSRSVARKIRDALGLSDIPSAIQGRMGSAKGMWLMDVADAGDDDWIETYPSQRKWKCDDADALHRTLEIRSVSTELKPAALNLQFLPVLEDRAKDKARMRRAIAARLMNDLKKQFDSQKAAVERPLQFRQWVNECTNSRSERVRHGQVPFLGGLPENKGEVLSFLLNSGFDRRQKYIQDLAFDLQKQRCEVLRTKLNIHVGRSAYMFMVVDFWGVLEENEVHVGFSSKFRDDDTTYMLLTDCDVLVARSPAHFPSDIQKVRAVFKPQLHALKDVIVFPAKGDIPLADKLSGGDYDGDMAWVCWDPDIVENFTNADMPKEPDLSAYLGKDKTTFGELVRDTGTGAAARHEAVYDMINKSFQFAMQPNYLGICTNYKERVCYHNNSVSDGVALLLSTLVGKLVDQSKQGILFDAASWDRLRRERLGGRMSVEDPAYKGDVWAGAGEPRHIVDYLKFAVAKPTIDRELEELHKVMQASRDDDAAAHSWDPDLAVYFENFKALTAESRSLRAVLEALQNALGAVEHEWKVLMLTYPEKVRQLHAKWCAIEPAKTAALLEQPFLADRGTSYWALLRASTAFKAYYKTNPKFVWQMAGAQLAFIKAQMSSGGSDGMPLLVTPLMYAGLAPDGRFVKQYLARLEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
RNA DEPENDENT RNA POLYMERASE QDE-1
|
| publication title |
Functional Evolution in Orthologous Cell-Encoded RNA-Dependent RNA Polymerases
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Thielavia terrestris
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| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
253
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| structure length |
924
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| sequence length |
985
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-01-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05183 | RdRP | RNA dependent RNA polymerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J7N A; 5FSW A; 2J7O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CHT B; 3PXG A; 4AG5 A; 2BJW A; 2JNH A; 2KNV A; 2LHC A; 3RE8 A; 3GLG A; 2KRU A; 4UN2 B; 4LRT A; 3SFZ A; 2ZTD A; 2QBY A; 3DOA A; 2JWS A; 8CAT A; 2UUA M; 5FTK A; 3HU2 A; 5H37 D; 2DWN A; 1DO2 A; 3FTF A; 3B7N A; 4MGK E; 3GLH B; 3E9S A; 4B3T M; 2MRO B; 2WZJ A; 1PJI A; 3U6C A; 2DHR A; 3I04 M; 1GLN A; 4CGY B; 1VG5 A; 3VKH A; 3GRR A; 4G3O A; 2JY6 B; 4DR2 M; 1Z5C A; 4JI6 M; 5KQD A; 4Q7J A; 3U60 A; 3R9X B; 3UMM A; 3PNY A; 3GLI B; 1JQJ C; 3NBI A; 4KOD A; 3GLF E; 3VKG A; 4QHT A; 1W5T A; 5GKN A; 1EE8 A; 1K82 A; 3UJN A; 2R18 A; 2QZ4 A; 2CE7 A; 5A2Q S; 1ZMV A; 2O25 A; 3FUV A; 3T15 A; 4DV6 M; 2XEP A; 2FNA A; 3KSJ A; 2KNZ A; 1L8Q A; 4GC9 A; 1TH4 A; 4JV5 M; 4KHP M; 4QOZ C; 4JI4 M; 3AOG A; 4OVZ A; 1TGU A; 2Y0Q A; 2EKF A; 3KOZ E; 3SAV A; 1OKS A; 1QDT A; 1WGL A; 2LNH C; 2YFQ A; 3TWK A; 1G4A E; 2K0B X; 2OOA A; 3J7B A; 2CV2 A; 5DYG A; 2L7H A; 4QNM A; 2FH0 A; 1GKI A; 1Q3C A; 3H4M A; 4X62 M; 2B3T A; 1G41 A; 2CHG A; 2QPA A; 3GLH A; 3HHX A; 4FCV A; 1KSF X; 2LVQ D; 1HNX M; 1N34 M; 1HNW M; 2YR0 A; 2XF3 A; 3FRH A; 3ZH9 B; 1G3I A; 2O01 F; 4RF0 A; 2V1U A; 1R4G A; 1DGG A; 1JR3 E; 3LCU A; 1NHG C; 2AHM A; 2BJV A; 4HLQ A; 3W0L B; 3JR5 A; 1L1Z A; 4B3M M; 3CF0 A; 2DZL A; 3GQ3 A; 5DNY A; 3GLI A; 1MX0 A; 4IBC A; 4JI7 M; 4IIW A; 1NY5 A; 3GRU A; 3FTE A; 4M9Z A; 1E9S A; 2NQ8 C; 1QUS A; 3RFW A; 1IN4 A; 3FKE A; 3B7Q A; 2DWZ B; 3GQ5 A; 2XH9 A; 3GRY A; 3LW5 F; 2DWM A; 1QZE A; 2L4E A; 5JI2 E; 2CEA A; 2HKJ A; 1C1K A; 2LHG A; 3B89 A; 1EFU B; 2F5S A; 4WW0 A; 2DEN A; 3CF2 A; 4WUR A; 1IBL M; 3J2P B; 3I01 M; 1QYR A; 4LJ9 A; 5KO3 A; 5BR8 M; 1ZMU A; 1NHW C; 3A45 A; 2CFO A; 4QOS A; 3VFD A; 1XHB A; 2LVO C; 5JI3 E; 4IJF A; 2C5R A; 2CHQ A; 2ZAM A; 3BBZ A; 2UUC M; 2J7N A; 2KDL A; 4DR6 M; 1N32 M; 2YNM D; 3FUX A; 5FTN A; 4IBK A; 3U6S A; 5IWA M; 2XZU A; 3UGJ A; 3QYE A; 4L6V 6; 2DAM A; 2MJ5 B; 5IRE B; 3E46 A; 3HHZ A; 4CJ6 A; 2V1C A; 3L26 A; 2DAI A; 4R3D A; 2X49 A; 4LFA M; 3AJI B; 5EXX A; 2ZAN A; 4F2L A; 2XLJ A; 3SYL A; 4YY3 M; 5BPV A; 1DGH B; 1Q39 A; 1SXJ B; 2O5R A; 5ITX A; 1X37 A; 2APL A; 3K8Z A; 3VLF B; 4I81 A; 4IBD A; 1PJS A; 1VEK A; 4AKG A; 2XFT A; 4GIT A; 1WGN A; 4L16 A; 4DR5 M; 3TQS A; 5KPZ A; 4DUZ M; 1ZAE A; 3U6P A; 4QHS A; 3GO8 A; 4GHL A; 1YSY A; 4ANR A; 3GQ4 A; 1NJG A; 4TUW A; 4AG6 A; 2FS1 A; 4LZJ A; 1HR0 M; 1L2C A; 3IHP A; 3HJQ A; 2DAK A; 1E9R A; 3KP0 E; 2LVP C; 4P16 A; 3ZCB B; 2R65 A; 1XWI A; 5E6J A; 2D7G A; 2Z3X A; 2CV0 A; 3R8F A; 3HU3 A; 4I5S A; 4OX9 M; 1XXH A; 1MN3 A; 2QCU A; 4NXN M; 3AV0 A; 1OQY A; 4YHH M; 2C9C A; 1TH3 A; 2FE8 A; 2YQZ A; 3DFZ A; 3RGP A; 4DBG B; 3KOW E; 4FWG A; 3A98 B; 3LVV A; 2JZ0 A; 1VDL A; 3GRV A; 2KXE A; 1SXJ D; 3L2A A; 4LRS A; 4LY6 A; 4PDG A; 4NRW A; 5FTL A; 4JI5 M; 3KDS E; 5EXS A; 1HQY E; 4LG2 A; 1TDH A; 3GPY A; 4DV7 M; 2K6B A; 3GPP A; 4G4O A; 2HHH M; 2RRU A; 4X65 M; 5ITQ A; 1XB2 B; 4L15 A; 3GLF B; 4D80 A; 1LTM A; 4PCZ A; 2F5Q A; 2M60 A; 3SYK A; 3M0E A; 1RU3 A; 4NRV A; 2QSF X; 2Q2E B; 2BWB A; 1DGF A; 3J7A S; 4ZPX A; 4M0D A; 5EXP A; 3JAM S; 3FUT A; 2WSF F; 4GH9 A; 1TR8 A; 3UK6 A; 2P5T A; 2LWX A; 3KP1 E; 4BB9 A; 2C99 A; 1QUT A; 3SAW A; 2CHV A; 3QYB A; 3CTW B; 4IBE A; 5ITY A; 4XGI A; 2XZF A; 4B7H A; 3FYD A; 3SHG B; 3EIE A; 2OPF A; 2ERC A; 3HZJ A; 1YLA A; 3SAU A; 1OIZ A; 4CIS A; 4REZ A; 3UZU A; 4KLN A; 5EP4 A; 4D81 A; 2QNJ A; 1OTR A; 1IXS A; 2K9D A; 3FE3 A; 4HEO A; 3THG A; 1R2Z A; 2OQ4 A; 3Q8G A; 2Y21 A; 1ZQ9 A; 3U6O A; 1NSF A; 1Z5B A; 2JA2 A; 3I4V A; 4FW9 A; 1OAI A; 1QZM A; 2Z7J A; 4GIP A; 2JUJ A; 3U6E A; 1SG9 A; 3MMP A; 3FUW A; 1OFH A; 4DR3 M; 4AQY M; 3VK7 A; 1IN6 A; 2L4F A; 1IQP A; 3GPU A; 1PGY A; 3GLF A; 3FYC A; 2BWE A; 2JP7 A; 2DXI A; 4LGY A; 2KNA A; 1AUA A; 1F4I A; 3C58 A; 4Z6Y A; 1DV0 A; 1ZMW A; 3SC3 A; 1HT2 E; 3Q8X A; 1HJP A; 2L6O A; 1IXZ A; 4FWH A; 2F5P A; 2GQF A; 1N77 A; 4DV4 M; 4GRI A; 3HJ8 A; 4IJE A; 3T38 A; 3AFH A; 1YUB A; 3NWL A; 2H1R A; 1R5L A; 3KOX E; 4QNR A; 3HU1 A; 3TL4 X; 3HHW A; 3V76 A; 3ZQJ A; 1Z5A A; 1C7Y A; 4GKK M; 2VDB B; 1J7K A; 2V6Z M; 3M6A A; 2ZAO A; 1L2D A; 2RGO A; 2JY5 A; 1NO1 A; 4G6Z A; 1QVR A; 3B7Z A; 2J7O A; 4LF4 M; 3TE6 A; 3E4R A; 4L8R C; 4LF8 M; 2C96 A; 1D2N A; 5F3W A; 1N33 M; 5FSW A; 1XC8 A; 4LF6 M; 1JR3 D; 5E26 A; 3RGS A; 3BXW A; 3KW6 A; 2R4J A; 2R44 A; 4DV0 M; 4G4Q A; 2XGN A; 1G8P A; 3TPZ A; 3IG5 A; 3SBJ A; 3U5Z B; 3K9P A; 2H5X A; 3FTC A; 3U61 B; 1T3T A; 1N36 M; 5DYI A; 4X64 M; 3TWL A; 3H4J A; 4R71 A; 2HWJ A; 4MM3 B; 5DFL A; 4OW0 A; 1R7R A; 1VDD A; 4KO8 A; 1VEG A; 2CWB A; 3HY5 A; 4MGI E; 4D82 A; 4PD2 A; 5FLX S; 2VQF M; 4GC5 A; 3B74 A; 1E32 A; 1TH2 A; 2KZU A; 3GPX A; 1G71 A; 3LQR A; 3MHV C; 4L4U A; 4DR1 M; 2X8A A; 5IT9 S; 2HAK A; 2N35 A; 2I7N A; 4II7 A; 1HQC A; 3MJ5 A; 3L25 A; 3HKP A; 4K0K M; 2C98 A; 3PNV A; 5FTM A; 4JI3 M; 3W68 A; 5IZ7 D; 2M5Z A; 1IXR C; 2JZ1 A; 2R6F A; 2KEB A; 4LCB A; 3T6P A; 3AKZ A; 1Y8G A; 1I94 M; 2HL7 A; 2UXB M; 3GP1 A; 1IBK M; 2I7P A; 2Y20 A; 4AKH A; 3PFI A; 4MGZ E; 3B9P A; 1S3S A; 2QP9 X; 2G3Q A; 1E94 E; 4MB7 A; 1T43 A; 4LFC M; 2UXC M; 3K9O A; 3ILK A; 1GAB A; 4GHA A; 5ITT A; 4NL4 H; 1QAQ A; 3U5Z A; 3NBX X; 3K92 A; 3U61 A; 2D7H A; 3DZD A; 4Z8X A; 4LJ4 A; 2QBY B; 4A3V B; 5KPT A; 4LF7 M; 4GKJ M; 1MU5 A; 3KS8 A; 1GJS A; 3K1J A; 3U6M A; 1EIJ A; 1PRB A; 2CUZ A; 5LMU M; 3W0F A; 2OOB A; 1GO5 A; 2X4A A; 2R0I A; 3F92 A; 3J27 B; 4I8O A; 1N75 A; 1IY2 A; 4JYA M; 2Z4S A; 2UUB M; 2DNA A; 4OU7 A; 2EKK A; 3W67 A; 1LV7 A; 4NC6 A; 3GLG E; 1DGH A; 4G4N A; 4B3S M; 5KPR A; 1SXJ A; 2DI0 A; 2EUC A; 1KYI A; 1IM2 A; 2KW0 A; 2LVN C; 2LTU A; 1TTE A; 1L2B A; 1HNZ M; 1Z59 A; 3HHY A; 1V33 A; 3HGI A; 2EO2 A; 1OAO C; 1WJ7 A; 3CF6 E; 1QAN A; 3KVW A; 4PT5 A; 3OTO M; 4BLC A; 4WP2 A; 3C3E A; 3FTD A; 1R2Y A; 1NJF A; 1BVS A; 1QQW A; 1NY6 A; 2L09 A; 1UM8 A; 3A46 A; 3M7G A; 1NV8 A; 2F4V M; 4IBB A; 3FUU A; 4AW4 A; 3LVW A; 1UFZ A; 4M0W A; 2LBC A; 1V92 A; 3E21 A; 1V34 A; 2ZBK B; 4FVM A; 4R7G A; 5EQT A; 3KXE C; 4NSR A; 2OO9 A; 3QWL A; 1R6B X; 1IN7 A; 2CP8 A; 4MGH A; 4AZF A; 1WHC A; 2WSC F; 4JI0 M; 1IFY A; 2FFJ A; 1PJJ A; 2DWL A; 1PJQ A; 1D0L A; 2L7I A; 1K3X A; 2LXE A; 4PDI A; 4RKU F; 4F1I A; 2G8L A; 2K47 A; 4B3R M; 1XNQ M; 3LQQ A; 2BNK A; 1IY1 A; 3AOE A; 4FCT A; 4LZZ A; 2RKO A; 1H6U A; 1A5T A; 1NV9 A; 4M9S A; 1HT1 E; 1WR1 B; 4IBJ A; 5EJC A; 1QAM A; 5EXT A; 1QDR A; 2QHO B; 1GJT A; 2Z4R A; 1JB0 F; 4L78 A; 1OIP A; 4DV3 M; 4DUY M; 1FNN A; 3DA1 A; 4MH0 E; 5C1B A; 4DV5 M; 3GLH E; 1IBM M; 3HX3 A; 3TWM A; 3U6D A; 4LF9 M; 1ORY B; 1W5S A; 4RNA A; 2UXD M; 4G4R A; 2F5O A; 4B7F A; 5ITU A; 2CV1 A; 2UU9 M; 4LF5 M; 1SXJ C; 4FCW A; 2R46 A; 1VQ1 A; 3SMS A; 1GL6 A; 2KHH A; 3GLI E; 1L1T A; 4Y28 F; 1OJL A; 2QQ8 A; 3PVS A; 4DR7 M; 3LMM A; 4ITQ A; 2W82 A; 3MK6 A; 1K3W A; 5EP3 A; 4LFB M; 1DO0 A; 2XFS A; 3KOY E; 1GVN A; 2FOI C; 3I4Y A; 4I4L A; 3SHF A; 2DAE A; 2XSZ D; 2LVA A; 4JN6 A; 3SAR A; 3JR4 A; 2E5L M; 5EP1 A; 2MR9 A; 1P3Q Q; 2VF7 A; 2HCB A; 1XMO M; 3A42 A; 2R4E A; 7CAT A; 1JR3 A; 4DV1 M; 2WSE F; 2DKL A; 2CRU A; 3KFU G; 2JXN A; 2R45 A; 5ITR A; 3SAS A; 3CGW A; 1FJG M; 3L28 A; 2XSZ A; 4JI1 M; 1AIP C; 2DVW B; 2VQE M; 3U6L A; 1Q3B A; 2MH8 A; 1NVM A; 2EJS A; 2Z8Y M; 4FWD A; 2Y0T A; 3AOE C; 1YE9 A; 2ZM6 M; 2F5N A; 1Q02 A; 2JY8 A; 3SAT A; 3SMP A; 1PJT A; 1WIV A; 4IBF A; 5EP2 A; 3EIH A; 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4B08 A; 3LCV B; 1J5E M; 1J09 A; 1MJG M; 1D0K A; 4LJ5 A; 4OVZ B; 1D0M A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4CHT B; 3PXG A; 4AG5 A; 2BJW A; 3RE8 A; 3GLG A; 2KRU A; 4LRT A; 3SFZ A; 2QBY A; 3DOA A; 8CAT A; 2UUA M; 5FTK A; 3HU2 A; 5H37 D; 2DWN A; 1DO2 A; 3FTF A; 4MGK E; 3GLH B; 3E9S A; 4B3T M; 1PJI A; 3U6C A; 2DHR A; 1GLN A; 4CGY B; 3VKH A; 3GRR A; 4DR2 M; 1Z5C A; 4JI6 M; 5KQD A; 3U60 A; 3R9X B; 3UMM A; 3PNY A; 3GLI B; 1JQJ C; 3NBI A; 4KOD A; 3VKG A; 4QHT A; 1W5T A; 5GKN A; 1EE8 A; 1K82 A; 3UJN A; 2R18 A; 2QZ4 A; 2CE7 A; 5A2Q S; 3FUV A; 3T15 A; 4DV6 M; 2XEP A; 2FNA A; 3KSJ A; 1L8Q A; 4GC9 A; 1TH4 A; 4JV5 M; 4KHP M; 4QOZ C; 4JI4 M; 3AOG A; 4OVZ A; 1TGU A; 2Y0Q A; 3KOZ E; 3SAV A; 2YFQ A; 2LNH C; 3TWK A; 1G4A E; 3J7B A; 2CV2 A; 5DYG A; 2L7H A; 4QNM A; 1GKI A; 1Q3C A; 3H4M A; 4X62 M; 1G41 A; 2CHG A; 2QPA A; 3GLH A; 3HHX A; 4FCV A; 1KSF X; 1HNX M; 1N34 M; 1HNW M; 2YR0 A; 2XF3 A; 3ZH9 B; 1G3I A; 4RF0 A; 2V1U A; 1DGG A; 1NHG C; 2AHM A; 2BJV A; 4HLQ A; 3W0L B; 3JR5 A; 1L1Z A; 4B3M M; 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