5GAEP

Rnc in complex with a translocating secyeg
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S rRNA
molecule tags Ribosome
total genus 36
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gaeP00
3G4SN 1KQSM 1YJWN 4WCEL 2ZJQL 1VQPN 1W2BM 3PIOL 1VQ7N 1OVYA 5GADP 1K8AO 1YJNN 3PIPL 3CXCM 1M90O 1ILYA 1YJ9N 2OTLN 1VQKN 1M1KO 1Q82O 1Q81O 3CC7N 1QVGM 3CCRN 1K73O 3CCQN 1QVFM 4U67L 3CMAN 5GAGP 1Q7YO 3CPWM 2ZJRL 5GAEP 1NJIO 4UY8O 3J7ZO 2OTJN 3CCUN 1K9MO 3CCLN 3CC4N 1VQ5N 1VQ4N 4WFNL 5DM6L 3G71N 1VQ9N 1JJ2M 1VQ8N 3I55N 5JVHL 3CF5L 2QA4N 4WF9L 2ZJPL 3CMEN 3CCEN 1VQMN 4WFBL 1YI2N 2QEXN 1VQON 1N8RO 5HL7L 5GAHP 1VQNN 1S72N 5MLCQ 3CCSN 1YHQN 5H1SQ 1KD1O 3CCJN 1KC8O 4WFAL 3G6EN 4IOAL 3DLLL 3CCMN 3CD6N 5DM7L 3OW2M 3CC2N 3I56N 3CCVN 1VQ6N 4IOCL 1Q86O 4IO9L 1VQLN 1YITN 1YIJN 5JVGL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XY5A 4H0TB 1KQSM 1RDCA 1FKOA 4BRIA 3ZSYA 1NU0A 1VQ7N 1RDAA 3O9QA 2A5XA 3DOLA 1KVBA 1QHTA 3E9OA 4YORA 3O3HA 1TYQA 1S6QA 1M90O 1ILYA 1E3MA 3OS2A 3UKRA 1FXXA 2YJEA 4BR9A 5KPTA 4FLXA 5KI6A 1A5XA 1FKPA 3KWGA 4W5RA 3P1GA 2YNFA 1KSPA 4LH5A 4CGIA 3LZJA 4R5PA 3NF8A 1U04A 4CHQA 4JKGB 2HBLA 4ZTJA 4LF9K 3VF4A 5C10A 5AFUH 4DFMA 1E4FT 1QE1A 4DSEA 3PSIA 4M45A 3VQ6A 4J2AA 4UQGA 3AVAA 3J7AP 3VGLA 3SV3A 3AGRA 1T44A 1F21A 3FE1A 2KFNA 1ESVA 1FK9A 5K14A 3ZCMA 3WXJA 4JD2B 3BP8A 3I8DA 3SNNA 2FBTA 2E1YA 4IOXA 5E84A 3KTQA 1ZBSA 4OPKA 3KWIA 4BQLA 2QWNA 3CERA 4O4GA 5D3GA 3HK2A 3CJCA 4DWIA 2EWSA 1VQMN 4DSIA 3P31A 4HCCA 4BRMA 4I2QA 1QQMA 3PX4A 4PKIA 4XIUA 2ZF5O 4BRNA 1NK4A 1ASVA 3WNFA 5E41A 2QWOA 4B1UB 1VSHA 1EXQA 1N36K 3MEEA 3WQTA 4CEOA 1GLFO 2VQEK 2GUPA 4XEIA 1TAQA 2G8WA 2BGGA 2UXDK 3ZLJA 1NJWA 1N5YA 3GBTA 4IDHA 1CZ9A 4B9LA 4FJHA 3L3VA 4JN4A 3ZSZA 1YVUA 3O3FA 2Q0UA 1Q86O 4BR2A 3LZIA 3V9SA 4Z4FA 4KHSA 4DQIA 2VG7A 3G4SN 3CPEA 3G0ZA 1JL1A 4Z4EA 3DXKB 3H46O 2E8AA 4MO5A 2XO7A 5FPNA 3M1FA 2IVPA 3J81O 4KI6A 3QFPA 2QM1A 4CJFA 2KFZA 4DTRA 4L3QA 1GLBG 3H1QA 3AY9A 4OKEA 3HO1A 3PX6A 4WQ4A 3VA0A 3LANA 3NH2A 3KKRA 3CHWA 2GELA 5KRTA 5M1FA 3HM9A 3TAFA 1BUPA 4NXMK 4ISGA 3RR8A 4E7JA 1U2VB 4DMNA 1IH7A 4JI0K 1QZ5A 2P9KA 3K59A 3LALA 5EVZA 2EX3A 5BN9A 5C25A 1VQ8N 5FROA 1VSIA 4DV1K 1OH7A 3LP0A 3T7ZA 2HNDA 5AQHA 4IJNA 2UUCK 2D5RA 5EXWA 2HF3A 3LDNA 4DFJA 4WE1A 4CZEA 3AVCA 3NHGA 3O9TA 5HL7L 4DTJA 4OPJA 1CXQA 4FJ5A 5AZIA 3B6PA 4LSNA 3KLIA 1N34K 5AQLA 2XY6A 1D8YA 5AQXA 4BRQA 2D0AA 3G6EN 4JS5A 1Y64A 1U4BA 4CIEA 4FWSA 3LDQA 3C6UA 3KLGA 3LP1A 4O5BA 4RTFD 4JI4K 1G99A 1HKGA 5C24A 1LV5A 4JKGA 3U4LA 3VEWA 3NGIA 2E6MA 3WT0A 1D5AA 1QQNA 4Y0WA 2P9LB 4BY9C 1V4SA 3R3LA 1BQMA 1SQKA 3AA2A 1BDGA 2W6LA 1BO5O 2YX6A 4KHPK 3TAPA 4JI3K 4JD2A 4M3XA 1HNZK 4CGFA 2VWKA 3HZ6A 4ZHRA 4CJ4A 1X9SA 3D45A 4FW2A 1QVGM 3TAGA 1L3SA 3NMUA 1OVQA 2OCEA 3AVLA 4YFUA 2UXBK 2Q0RA 5DK5A 4KRFA 4OLAA 4F4KA 3KIOA 4CECA 4CK3A 2O8FB 3T1AA 3CPWM 4LF5K 4IFEA 4IG0A 4ELUA 5AQWA 4CJ5A 1RBTA 3SQ2A 4KTWA 3M3ZA 1RNHA 1SS6A 3CCLN 4FWLA 3TANA 4Z4IA 5DM6L 3UE5A 2FF6A 2BUPA 3BUZB 4LFBK 2G8UA 4CZLA 2KQ2A 2Z1JA 4JK9A 3O9RA 1DGKN 2KHOA 3AO3A 3VEVA 3VQPA 4O0JA 3FZLA 3CI5A 2F9TA 2HHSA 3OTOK 5AQNA 3QINA 2HHHK 2QEXN 2B4JA 3SJHA 2GEMA 1ASWA 3HPGA 3L2WA 2DFFA 3D6RA 5AQPA 5MLCQ 1NGIA 2OA8A 5KRSA 3AO5A 1KC8O 4KPYA 1RTIA 5BREA 4MDBA 5KQ8A 3MAQA 1EWQA 2OANA 3LDPA 3DJCA 3A0IX 3VPZA 4CIFA 1XHXA 4YOVA 3TU5A 1OH8A 3C95A 4BC3A 1KAXA 1BGXT 4CBUA 5BPMA 3A5LC 4IO9L 3NH0A 3DLHA 1RILA 2YHAA 3FZHA 4M3ZA 4FXDA 4K8ZA 4FZYA 4EP5A 4DUZK 4C1NK 4BREA 2ASMA 1U2VA 3A2FA 3KK7A 3U9DA 3H3OB 4Z4HA 2ZM6K 5ADXH 3PUFA 1RBSA 2Z1IA 5C15A 3T69A 2ZE2A 2NNWA 3OYKA 2HBJA 3ZX3A 1T3VA 2OTLN 2NRHA 4FLZA 1M1KO 4O55A 5M1NA 1D9DA 5FDLA 3CQXA 4NO7A 1GLJO 1YTAA 4CF9A 4KO0A 4CD1A 4X66K 4BWJA 1WSHA 3M8SA 4N56A 4JKDA 5GAGP 3SZ2A 5BN8A 4CFCA 3K9KA 2YKMA 4EZ9A 3D2EB 1RTJA 2HMPA 3BF1A 1WSGA 4C8KA 1RT7A 3VMFB 3LAKA 3CC4N 3ULEA 3O4QA 1VRTA 3V81A 1NGBA 1WNSA 4B8CA 1HQUA 4CHZA 4HUGA 3ZT2A 2H3GX 3W0LA 3ZX0A 4H0XB 4F2RA 1TV6A 4BVPA 1ATSA 2O8EA 4BE1A 1IBMK 4E7LA 3CF5L 1WBDA 2IC3A 2QA4N 2P9PB 3M8RA 4CEFA 3SK3A 3CJBA 4WYBA 3CQYA 1S1VA 3VQ5A 4DQRA 1X3MA 3IAYA 4KB0A 2FSJA 4HTUA 1TL3A 4HUFA 3R6MA 3VF6A 3S3MA 5HLFA 1WN7A 5CZ2A 1W0HA 3EZ5A 3ULDA 2V51B 3EN9A 3UIQA 4FM1A 2G8IA 1SZ2A 5T7BA 2BANA 4IOAL 1DKGD 1J6ZA 3VQ4A 4GNIA 3H3NO 1HPZA 1Q18A 1N33K 1ATNA 3U9ZA 3VEZA 3QO9A 3ZSVA 1TAUA 2YCHA 3NGZA 3UKUB 2O8FA 1LAVA 1BWFO 1LWCA 5J2MA 4A2AA 5HRSA 3DOKA 4O44A 4A57A 1QSYA 4IBNA 1BIUA 4E7HA 3AAPA 5KGXA 4ICLA 2ZGYA 3S3NA 2FLOA 1S6PA 1C1CA 2JWLA 5AQQA 1KVAA 2UXCK 4JI1K 4JKBA 2O8DB 3BGRA 3KLFA 1KLMA 4BC4A 2RHKA 3ID8A 4OGCA 2NLXA 1GOAA 3HVRA 2Q97A 5AQMA 1YTUA 2W41A 4FZXC 4DTSA 4DTOA 4I7FA 3AO1A 3HTVA 4BDPA 3TSPA 1K6YA 3SAFA 3DLBA 3ZETB 3C6AA 4CJ3A 5CE3A 2YI1A 2YJFA 4H4MA 4LD0A 3KZBA 1CLQA 3RSEB 5HROA 1I94K 4AM6A 4AHTA 3G71N 1GLCG 1JCGA 3VQ9A 1VSFA 3JS6A 5A2QO 3TWHA 5J2PA 2WOMA 3DM2A 4NYFA 1ZYQA 3EKUA 2A40A 1JCFA 4JK7A 3AVGA 3M5RA 1RFQA 3LPUA 1NK7A 3H1VX 1RBVA 5HRNA 1TK8A 3ID6A 1MU2A 5BRFA 2BTFA 3EL2A 3L8BA 3MXIA 1XQSC 2HBMA 1R59O 3OS1A 2A3ZA 4BG9A 5HOOA 4C8LA 4OPAA 4B1YB 1RTDA 4C8NA 3QBWA 2V7ZA 2YHWA 1JLBA 3LPTA 4M42A 4FW1A 1QSLA 3QMLA 2Q3SA 4QCLA 4GKJK 5EY4A 3TPQA 3OBYA 3NF7A 4DQ8A 2V52B 3HYFA 2Z1HA 3SUOA 5AQVA 5LMUK 2KW4A 2P9SA 4N5SA 3QDKA 4EFHA 2WUSA 3IMXA 3F9MA 1NJZA 1RDBA 2PYLA 3KD1E 4BACA 1WUAA 1HJRA 3B8AX 2I7PA 4FJXA 3O4WA 3TTDA 3PLAA 4CFDA 3THYA 1GLAG 4QS8A 1IKYA 1IO2A 5JLFA 4XH4A 2OPSA 4BR5A 3H45C 4ILJA 3V9UA 1LAWA 3W3DA 5FPEA 4K42A 2VG5A 3IRXA 4A61A 2PFUA 1I39A 1B92A 3HSTB 3RVCA 4DR4K 4B9QA 4OGEA 1XHZA 4HCBA 5GAEP 4GV6A 4KTZA 1Z05A 3O1WA 2W6KA 3CJAA 2HHXA 4FPAA 3CFOA 4I6MB 1REVA 3QLHA 1EO1A 4ID1A 4FJKA 2XY8A 3AVBA 2DFHA 1XNRK 2P9UB 1KCFA 4KKOA 3ZSQA 4BE0A 1RDUA 4YNQA 2GTDA 2CH5A 2P5GA 4MDAA 2O8CB 1NKBA 3ISNC 2HVIA 1KFDA 3QICA 1X9MA 4O8KA 1HRHA 4LF6K 4FK2A 3VGMA 2ITMA 1S9GA 1B9FA 2OPPA 1J9AA 1X1PA 2D1KA 4CFBA 4M7XA 3EE8A 3R1XA 3H6EA 4TSXA 1S5JA 3IDHA 4LFAK 3SBTA 1BIZA 5ELZA 1YUWA 3TTCA 1CZAN 4FJJA 1X3NA 3VOVA 2YKNA 3VEYA 4JKHA 3SMSA 4ZTFA 2QW9A 4FZZA 5AQIA 1TK0A 3MXJA 4FVMA 4HUEA 2XHBA 4DV7K 4DR5K 3L3UA 1W7AA 4B9SA 4DS4A 3N4QA 2P9IB 3HSCA 4CESA 3G25A 3THXA 4H0PA 4U7BA 3DLEA 3NVMA 3RSEA 1YF5L 3QESA 1FW6A 2O4GA 4Y1CA 2IOCA 3C6HA 1RT5A 1NKCA 1BA0A 4NCBA 1C0GA 1IJJA 3VTHA 3KJVA 2HW3A 3HP6A 1UOCA 1NMNA 4F3OA 2P5OA 3GG4A 5LL6Z 4CHPA 1Q82O 2V7YA 3EY1A 3LDLA 3NBPA 1WSFA 1HLUA 1QHAA 1HX1A 4LF7K 3J80O 4HWIA 3TAMA 3MX5A 2GUIA 2KKZA 4G1QA 1T03A 5AFUA 4K41A 4B9MA 4RW7A 4YOXA 1KLNA 4JKAA 4CZIA 4JI8K 4UY8O 3PX0A 4CJEA 2OTJN 3P4IA 4H5TA 3Q7BA 3CCUN 1HQEA 4DR6K 3SCXA 3L0QA 1LWFA 4A59A 1TKDA 2E2NA 3BF3A 4WFNL 5CYQA 1HPMA 4CJSA 2QKBA 2UU9K 4CEZA 3PO4A 3F5TA 3C94A 2O8BB 4FWRA 1LOTB 3O3GA 3CG7A 3ZSOA 4FLUA 4PWDA 4CZKA 1KTQA 2HHWA 4NYNA 3P39A 3Q7CA 1RT6A 2CGJA 4FJIA 5KTQA 4A62A 4CF2A 1LW0A 5F0XA 3PV8A 1JXEA 4YOTA 1U47A 4J2BA 3SV4A 4KH4A 1SV5A 4WQ4C 3HVTA 2BDPA 4JYAK 2Z1GA 3DLLL 1NK6A 4E0DA 4W5NA 1NOZA 2RE2A 5AQRA 4DTPA 2VYPA 3MWPA 3VQCA 4LC9B 3OYGA 4GV9A 1GLEG 4KHUA 4KI4A 4DU4A 3HL8A 3DRRA 1ZBFA 2ZJQL 2HB5A 4JRPA 4CGGA 3EKSA 1VRUA 3KK1A 5I42A 3O9UA 3LM2A 3QEPA 3D2FB 4FJ7A 3VA3A 3T1YK 2E2OA 4FOEA 4GMJB 1EWRA 3VEXA 3VTIA 3WQUA 1Z26A 1J5OA 2BE2A 2HVHA 3CIPA 3CC7N 2O8CA 3SYZA 5HBMA 4JV5K 2F96A 3FR0A 1SKWA 4WQ5A 3GE1A 4IXCA 3CCQN 3BY5A 3BDPA 3O6WA 4O8UA 3J7YP 4IDKA 4ISFA 2VWJA 4QS7A 3SI6A 4BC2A 4OJRA 4KB1A 3T1HK 4M3YA 3KVGA 2J4RA 4KHYA 3I0SA 1VQ5N 5HRPA 1VSEA 2FBYA 3VQAA 1EQYA 4FLTA 1ZC6A 3MCPA 4FOIA 4B8AB 3S41A 1ZBHA 2IVOA 3MX2A 4CGJA 4ISEA 2ZGZA 3GL1A 1KVCA 2P9IA 4FJ9A 3KLEA 5AQYA 4E3SA 4F8RA 1JKHA 3VQ8A 4J2EA 1HNWK 1TUYA 4PUOA 3PY8A 4C8OA 2D0CA 4CF8A 3O8MA 3SJJA 3ZEUB 3H08A 5BR8K 2OZSA 3V9WA 1R0AA 3QNOA 3QEIA 4LFCK 3OJUA 4DR2K 4YOUA 3OBWA 4BRDA 1RT4A 1KAYA 3LP2A 3KD5E 5KQDA 5EU7A 4OKKA 2OPRA 1J5EK 3WXIA 2XRIA 1NLVA 5DM7L 1UA1A 4CI6A 1GLLO 1NGAA 1NOYA 4FYDA 3I56N 3DXKA 1VQ6N 4MQ3A 3NVKA 4KHWA 4B9NA 4I9LA 4CJUA 3FGUA 1ZBLA 4V19S 3FZKA 1VQPN 3EE9A 3DRPA 3THWB 4B08A 1OVYA 1YJNN 3SQ1A 3TSUA 4KREA 3DXMB 1KRPA 1QTMA 3ALYA 5AQFA 2X78A 3VESA 2AJQA 2O8BA 1JLAA 4B1XB 3TTFA 4H0VB 2VGMA 1B9DA 2UYTA 1UWBA 2D0OA 2ZWHA 4C1NI 2E88A 2W40A 4IEIA 3U3YA 3NH1A 4E1NA 4F3TA 4CZMA 3ATUA 4LH4A 3GDQA 2XY7A 4H4OA 4BR4A 5M1OA 4CJKA 3DAWA 5J2QA 3ZSWA 1V4TA 3J7ZO 3CM5A 3AVJA 1NK8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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