5GAEP

Rnc in complex with a translocating secyeg
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
117
structure length
117
Chain Sequence
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S rRNA
total genus 36
structure length 117
sequence length 117
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gaeP00
3I55N 1JJ2M 1VQ5N 3PIOL 5GAHP 1Q81O 3CCEN 3DLLL 3CCSN 1OVYA 5GADP 3CCUN 2QEXN 1VQMN 4WF9L 3CC2N 1W2BM 5DM7L 3CCLN 3G71N 1VQLN 1Q7YO 1K8AO 2ZJRL 4U67L 1Q82O 1M90O 1VQ9N 1K9MO 3CC7N 1KQSM 1YJNN 1VQON 3CCVN 4IOAL 3CC4N 5H1SQ 4WFNL 1M1KO 1QVFM 2OTLN 3CF5L 1NJIO 1S72N 4WFBL 5DM6L 1K73O 1Q86O 1VQNN 1ILYA 3CPWM 3CMEN 1YJWN 1KC8O 4IO9L 1N8RO 2OTJN 5JVHL 2ZJPL 5HL7L 1YHQN 3PIPL 1KD1O 5GAGP 3CD6N 3CMAN 4WCEL 1VQ4N 4IOCL 3OW2M 3CXCM 1YITN 1YIJN 3CCRN 1QVGM 1VQ6N 5JVGL 1VQPN 2ZJQL 4UY8O 3CCQN 3G4SN 3I56N 2QA4N 5GAEP 3CCJN 4WFAL 5MLCQ 3J7ZO 1VQKN 1YJ9N 3G6EN 1YI2N 3CCMN 1VQ7N 1VQ8N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2X6SA 4BR5A 1RT1A 3THWA 4FZZA 1TL3A 5F2RA 2NUBA 1V4TA 1OH7A 4KTQA 1VK0A 3MEEA 4DSKA 3ID6A 3A0IX 4CJSA 3PLAA 5FROA 2A6AA 2BE2A 4AM7A 2RN2A 3O1WA 3ZYYX 3TAFA 2HBLA 3O4WA 5FRMA 1BQMA 3QLHA 3V1QA 3OYDA 3OY9A 3IMXA 3AVNA 4FL9A 1BI4B 3QESA 3V81A 3HP9A 1VQON 1U2VB 4UQGA 1S3XA 4YORA 2HHHK 1NMNA 4NB4A 3S9HA 2HHUA 1T6DA 2CH5A 4BVPA 3CF5L 2XHBA 3NF7A 3CERA 3I33A 1C1BA 4YFUA 1Q86O 1BISA 1FKPA 1N36K 1VSJA 4CJ5A 4PL7A 3MAQA 1OKJA 1QS4A 5BPMA 4PA1A 5HL7L 1JXBA 3D7EO 3VA0A 2UXBK 1RBSA 3GL1A 1JLAA 2HNYA 2QWPA 4H5NA 3H46O 3RMBA 4OLAA 3CD6N 4WCEL 5KPRA 3L3VA 2FBTA 3KLFA 2B4JA 2E6LA 5AFUH 2NRHA 2I5JA 3LM9A 4HUEA 3HK2A 1IV0A 3O80A 3NDKA 1DTTA 3BF3A 3VGKA 5M1OA 3CCJN 1EWQA 2BANA 3IG1A 3HL8A 3LPTA 4HVJA 1BWFO 4FVMA 4CJLA 3J7ZO 4FLUA 4H5TA 3OA9A 4DR7K 4BRHA 1TKXA 1TV6A 3VQ5A 1FKOA 5E84A 5KRTA 4BWMA 4QS9A 1B9DA 4ZTFA 3PX6A 4J8FA 1XC3A 3C6UA 1BOTO 1FXXA 3TAMA 4B9LA 3V4IA 4FK2A 3N4QA 4K0KK 1HRHA 2KZMA 1ITGA 4PKHA 5F0XA 3CCLN 4LH5A 1VQLN 4ISFA 1C0MA 2ZJRL 3NF9A 4NXMK 2QI2A 4I9QA 3UB5A 1YJNN 3CCVN 4FM1A 3UIQA 3TANA 2VWKA 2IGIA 3IDHA 3QFPA 3U3YA 3FZMA 1J5OA 4BREA 2VG7A 2YNGA 3K9KA 4DQPA 3OBWA 1L3UA 4CZGA 3FZLA 1T05A 3SV4A 1RNHA 1VRUA 1IKYA 1RFQA 3HVRA 3OYBA 5FRNA 3ZSZA 4CIGA 5CZ2A 2E2QA 3R8EA 4HUFA 3EYZA 4C23A 3VEYA 4YOUA 4JLHA 3S3OA 1TKDA 1B9FA 5AQYA 2QWOA 4MO4A 1J6ZA 1R59O 3WXIA 3L2UA 1WSFA 2O8EB 3AO1A 4DCHA 4FWPA 1U04A 4N41A 3QETA 3MEDA 5BPNA 5J2NA 3KK7A 4XEIA 2P51A 1BDGA 3I56N 3I8DA 4LSLA 1N33K 1S22A 1NJYA 3NGIA 3TWHA 1CXUA 1YT3A 1ZBUA 5HLFA 3SPYA 2ATQA 3BZKA 3O3FA 4KTWA 3KLHA 3SNNA 4DTOA 4GY2B 2DFFA 3VF2A 2HBKA 3DAWA 4FLXA 4B3RK 4M3TA 1JJ2M 1VQ5N 3E9LA 3QINA 3VTHA 3CCEN 4LFBK 4F2RA 3QBWA 5AR0A 5LJWA 3V6DA 4X65K 4CGFA 4FK4A 5JS1A 4ILHA 4QS7A 3U3GA 3DWLA 4JD2A 1TL1A 3ZEUA 3ZT4A 4AM6A 3HM9A 3G71N 2Q0RA 2HVHA 4BG8A 4J2DA 1TVRA 4B9UA 4WQ5A 1N5YA 3QEVA 4FM0A 2B6AA 3JXUA 2E2NA 3VEWA 4CHOA 4IOAL 4FJMA 2IC3A 4BR4A 3BF1A 4A59A 3J81O 1KRPA 2UU9K 2YHBA 4AHUA 1KSPA 4LD0A 4KHQA 2OYQA 2OPQA 1XNQK 4OLBA 4I2QA 5KQ8A 4JI7K 2E4LA 4OVLA 2Z1JA 5M1NA 4L3QA 1NOZA 5BN9A 1HPZA 2JWLA 2G8IA 5KQDA 1MDUB 3O08A 4FLTA 5CE3A 4KHPK 3W0LA 5BN8A 1NK9A 4KI4A 4FJNA 3SZ2A 3NH2A 4JRPA 3ASMA 2E2PA 1RBTA 2HW3A 4CEFA 2X78A 3LWMA 4HTUA 3J7AP 2RE2A 4IEEA 1NGIA 4JKGB 1X9JA 1C1CA 2B5JA 1LCUA 2YI1A 5M1PA 1NK4A 1QHTA 4CGHA 4KH6A 4CEDA 4IJNA 3KLGA 3L2WA 4GKJK 4LH4A 4NLBA 3CCQN 4LF4K 4Y1DA 2ZF5O 4B8AB 1RGIA 1XHXA 3QNNA 4Z4EA 1LW0A 1ZC6A 3O9RA 2D0OA 3TSUA 5AQNA 1BU6O 3PIOL 5HRRA 3FFIA 1UA1A 3SQ4A 4OO1J 2A1RA 5B8HA 3MDQA 1Q9XA 4QAGA 1W0HA 3O6WA 4KHYA 4RW8A 3W3DA 4BRIA 1O13A 1N6QA 3O4NA 3TABA 1NGJA 2O4IA 2KFNA 4M7YA 1Q7YO 4ILJA 2E20A 3QDKA 4CJKA 5FPMA 4DF4A 4W5TA 3A8YA 3ZX2A 4AHCA 4DHYA 3KVGA 1KXPA 2IOCA 3T7ZA 5K14A 1LAWA 3NH0A 1DGKN 4FLVA 1D8YA 4Y0WA 1KFDA 2R7YA 4CZKA 2EWSA 3UKRB 3AA2A 2ITMA 4JKCA 1J54A 4LF8K 2G8KA 4OPHA 1S72N 4DS4A 2FF6A 4H8KA 4B3TK 4ICLA 3LDOA 2GBZA 3AVCA 4DV6K 4DR6K 3SBTA 1R0AA 3THWB 1QE1A 3AA5X 1KC8O 3Q7BA 4N5SA 3VTIA 1D9DA 5IT9O 4H4OA 1MA9B 3LDLA 2NNWA 4B08A 2ZD1A 3CG7A 1GLLO 3P83D 4CJFA 4OPAA 1Z25A 5M1FA 1DEJA 5AZIB 1XC9A 3E9OA 3JSMA 2G8FA 4B9VA 1SAZA 3KLIA 2QK9A 1SZ2A 4CFDA 4YOXA 2IDOA 5AZJB 1JLCA 3OYKA 2H3GX 2VQEK 4KH4A 2Z1GA 1YI2N 4U7BA 5AQTA 3AARA 4RW7A 1OH5A 5EY4A 2VG5A 2QWNA 3KKSA 3RMDA 1S6QA 2G8WA 1JL2A 2JWKA 4CZMA 2I7PA 4RW6A 1EP4A 2D0CA 3O9QA 4BGAA 2HVIA 3D2EA 2F4VK 2O8CA 3C7NB 5DM7L 1KCFA 1WAJA 3DOKA 3WNHA 4BC5A 1K8AO 1SQKA 4DTNA 4RG8A 4U67L 3OJUA 1Q82O 3CC7N 1S1WA 1QQNA 1RTJA 3WXMB 4JS5A 3VQ6A 1XQSC 3LL3A 4FO0A 5JS2A 2O8FB 4CEBA 3SMPA 4CZEA 3OTOK 4OJRA 3PUFA 5C24A 3T1YK 3THXA 4BC3A 1TK5A 5HOOA 4LF9K 2OPPA 3L2QA 4BE1A 4IFVA 4OKEA 2EX3A 2V7YA 1N8RO 1XNRK 1EXQA 1JLBA 1S9GA 4FW1A 4G1QA 1JLFA 2XRIA 3ZSOA 1NGEA 2FSKA 2YHXA 3MX5A 5CY4A 1RCHA 2ASMA 1IG8A 3K57A 4KTZA 1HPMA 4CZIA 3AY9A 3E66A 1B92A 3MEGA 4BRMA 5HP1A 2KQ2A 5BR8K 2CGKA 3C6HA 3SQ2A 4CGDA 2YV0X 1YXQA 4BC2A 3R3LA 3CQYA 2O4GA 1JLGA 3SBGA 2F8TA 2CH6A 1WNSA 4XH4A 3AVGA 1BGXT 3G25A 3KK1A 2YJFA 3D2FA 1NWKA 3V9XA 4WE1A 4JI2K 1YJ9N 4V19S 3WUHA 3VA3A 4CJ3A 2X74A 4NXNK 4CF8A 1T44A 5I9EB 4E7JA 3E01A 3F9MA 3AVIA 3I55N 3MCAB 3FE1A 5GAHP 3KK3A 4DQQA 4DV2K 3RR8A 3WEEB 1S1VA 1VSDA 3CJAA 2E5LK 5GADP 4CZJA 3NE6A 3CIPA 3QBXA 4KV8A 5J2QA 1XI1A 4DSJA 4B9MA 4DFPA 4HCCA 2QM1A 3P5JA 2D0BA 4BGBA 4DS5A 2OZMA 4NCBA 2HF4A 1VSEA 4KO0A 3OYGA 1T03A 1HUXA 3G0ZA 2OZSA 1NGCA 1A5WA 4CK1A 3A5NC 4KHNA 2RKIA 3B8AX 3HO1A 3K0SA 1BA1A 5KRSA 3DLEA 4CF9A 3RVCA 1QQCA 3T1HK 3TI0A 2O8FA 1NGGA 3TTFA 4BROA 1FK9A 3OYLA 2FLOA 4YNQA 3RMCA 4B3SK 1I39A 5TKYA 3ZSRA 5EXWA 4KPYA 3AVAA 1NM1A 3T3FA 4C1NK 4OGCA 4KB1A 3HSCA 2A5XA 2A40A 5JVHL 3IAYA 5KGXA 3LDPA 2FSJA 1HKGA 2Y1JA 4CK2A 2J4RA 3A5OC 1E3MA 4IFEA 2ETJA 2F7TA 3EO3A 3VETA 4FYDA 4KAZA 3O3HA 1RILA 3OW2M 1KVCA 3FZKA 3CXCM 2ZGZA 1HYZA 5GIPA 5BREA 1IKWA 4CJ4A 1SL1A 3N4PA 4ISGA 2HMPA 3OVNA 2UUAK 2QA4N 3GG4A 3CPEA 3DOLA 1QSLA 1J53A 3TARA 4O8UA 3VQEA 1KTQA 3R1XA 1U6ZA 3THYA 1WBBA 3LAMA 1RT3A 4DTMA 4DU4A 3QEPA 1IBMK 3DM2A 1WBDA 3D2FB 5ADXA 2HNDA 3DMJA 1WSHA 4H0YB 4CEEA 1S5JA 1TUUA 2GWKA 4JHDB 2WOMA 1BG3A 4I6MB 5AQVA 2FBXA 3S3MA 2GX9A 1S9EA 4HWIA 1X3MA 3U4LA 2P5GA 5DK5A 3WXJA 4I9LA 1RT7A 3ZT3A 4NYFA 3R9PA 2Q36A 3BEXA 3J8AA 4C8OA 4GW6A 1I94K 1HQEA 4BRQA 4E7IA 3CETA 4OKJA 3DXKA 3VPZA 5AQWA 1Y64A 3M3ZA 4E1NA 1M90O 2YNHA 4Z4HA 4CJWA 1KQSM 3SUQA 2YKNA 3AVMA 3RRGA 4W5NA 3SLCA 1ZBHA 3SYZA 1OVQA 5C15A 4KHUA 4CIFA 4DKWA 5DMRA 3T19A 3ALYA 3OBYA 1XHZA 4IKFA 3ENOA 4DR2K 2WUSA 3DRRA 2ZWHA 1CLQA 4JI0K 3BP8A 4EAHD 2Z1IA 1NJWA 1HKCA 3TAGA 5I3UA 1KFSA 3LDNA 4IWVA 3UE5A 4IO9L 4BRDA 1QQMA 4BRCA 4H5WA 1HLUA 3V9WA 3EZWA 4DQIA 3B6OA 1VSIA 2F96A 5AQQA 5HRPA 3U6FA 1HYSA 4C1NI 3ZLJA 4AHVA 4CJQA 1QSYA 1S6PA 4BDPA 4GV9A 1KD1O 2F8SA 3BUZB 4JI6K 3ZX0A 1ASVA 2NZTA 1QVGM 4K43A 2O8DA 4B1WB 1QHAA 3MN6A 1EO1A 2P9UA 3AAQA 3EZ5A 2IS3A 1RBVA 5GAEP 4AF1A 2NRRA 3RWUA 2VWBA 4CGJA 1J9AA 4DU1A 3HJFA 4YOWA 4CESA 4IG3A 3O9UA 3MX2A 2GTDA 4Z0UA 1N34K 2YJEA 3OYCA 4AH9A 5BR9A 4FJKA 1QZ5A 3U9DA 3KD1E 3PX0A 4DSEA 4B1VA 3CCSN 4CJPA 3AVHA 3AO2A 2W6KA 2IVPA 3BGRA 4ZHRA 4IBNA 2UUCK 4FJJA 1VQMN 3L0QA 1P90A 3NMUA 4M3WA 3VGLA 3K5LA 5ADXH 3KKRA 3TU5A 5LL6Z 3QEXA 3DYAA 4IO8A 1WN7A 2E2OA 5FPEA 3ULEA 4CECA 3JS6A 4B1ZA 1QQOA 3CJBA 4CF1A 3O3GA 1IO2A 1VSKA 3ULDA 1HNIA 1UOCA 4DTJA 4F8RA 4DTXA 2VWJA 5FLXO 3ZT0A 3O4QA 1KAXA 5AQGA 3H1QA 4JK8A 3AO5A 3LDSA 1QVFM 4DV0K 1IBKK 2BTFA 2RHKA 3DRPA 1U49A 3MN7A 2NRWA 1K73O 4IXCA 4HCBA 2G8VA 1P8ZA 2LSNA 4B9SA 4FWRA 3OYNA 4H03B 3F5TA 1EWRA 1Z05A 3EE9A 4BR2A 5C2DA 3F73A 4FJLA 3KLEA 4BQZA 2OCEA 2Q2RA 4ID1A 1Q8IA 4BR0A 3IRXA 5C25A 4AQYK 4DSFA 1NGDA 1TUYA 4MFBA 1LV5A 3KWGA 1VQ4N 4IOCL 3AA4A 3HI0A 4B1YB 1HMVA 5SWMA 4PL8A 3WXKA 5KPZA 5AQMA 3IUCA 4Q5VA 2FC0A 3SAFA 2Q97A 4CZLA 4DR5K 3ZEUB 3OYFA 3MECA 4Z4GA 2OPRA 4JAXA 4DFJA 4IFYA 4DMNA 3K2PA 3MXJA 3CCMN 1RBUA 5AQLA 4DWIA 5AFUA 1IG9A 3TR8A 1XMQK 2YHWA 5AQJA 2VCPA 4IZ9A 3ZETB 4E7HA 2P9LA 3V1OA 4H0OA 3DJCA 2E1YA 1EKEA 4KBOA 1OVYA 1E4GT 1O1WA 3QIOA 5HRSA 2YKMA 3HYFA 3GBTA 4JKAA 5LMNK 4M7XA 5AQKA 1NK7A 1NBWA 2QWMA 1HR0K 3FZHA 1C0UA 5ELZA 3M8SA 1U2VA 3OS0A 1GOCA 3CM5A 3DLGA 2NLXA 4IEIA 4KFBA 4FK0A 4AHTA 4MLHA 2ASPA 1MU2A 1SKSA 4FJ8A 5BRFA 3MXIA 2CGJA 4W5RA 3MXMA 2QTDA 1VSLA 1HNXK 2HHQA 1IJJA 2IIRA 5GIOA 1D5AA 3VQDA 4BRPA 1VRTA 4IOXA 4E7LA 5HROA 4NCAA 2WFBA 3CQ8A 3EEQA 2Z1HA 3HBTA 3LP3A 4H5RA 4B1UB 2YX6A 3OJSA 3M8PA 4O5FA 3BDPA 3HVTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3I55 N;  1JJ2 M;  1VQ5 N;  3PIO L;  5GAH P;  1Q81 O;  3CCE N;  3DLL L;  3CCS N;  1OVY A;  5GAD P;  3CCU N;  2QEX N;  1VQM N;  4WF9 L;  3CC2 N;  1W2B M;  5DM7 L;  3CCL N;  3G71 N;  1VQL N;  1Q7Y O;  1K8A O;  2ZJR L;  4U67 L;  1Q82 O;  1M90 O;  1VQ9 N;  1K9M O;  3CC7 N;  1KQS M;  1YJN N;  1VQO N;  3CCV N;  4IOA L;  3CC4 N;  5H1S Q;  4WFN L;  1M1K O;  1QVF M;  2OTL N;  3CF5 L;  1NJI O;  1S72 N;  4WFB L;  5DM6 L;  1K73 O;  1Q86 O;  1VQN N;  1ILY A;  3CPW M;  3CME N;  1YJW N;  1KC8 O;  4IO9 L;  1N8R O;  2OTJ N;  5JVH L;  2ZJP L;  5HL7 L;  1YHQ N;  3PIP L;  1KD1 O;  5GAG P;  3CD6 N;  3CMA N;  4WCE L;  1VQ4 N;  4IOC L;  3OW2 M;  3CXC M;  1YIT N;  1YIJ N;  3CCR N;  1QVG M;  1VQ6 N;  5JVG L;  1VQP N;  2ZJQ L;  4UY8 O;  3CCQ N;  3G4S N;  3I56 N;  2QA4 N;  5GAE P;  3CCJ N;  4WFA L;  5MLC Q;  3J7Z O;  1VQK N;  1YJ9 N;  3G6E N;  1YI2 N;  3CCM N;  1VQ7 N;  1VQ8 N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2X6S A;  4BR5 A;  1RT1 A;  3THW A;  4FZZ A;  1TL3 A;  5F2R A;  2NUB A;  1V4T A;  1OH7 A;  4KTQ A;  1VK0 A;  3MEE A;  4DSK A;  3ID6 A;  3A0I X;  4CJS A;  3PLA A;  5FRO A;  2A6A A;  2BE2 A;  4AM7 A;  2RN2 A;  3O1W A;  3ZYY X;  3TAF A;  2HBL A;  3O4W A;  5FRM A;  1BQM A;  3QLH A;  3V1Q A;  3OYD A;  3OY9 A;  3IMX A;  3AVN A;  4FL9 A;  1BI4 B;  3QES A;  3V81 A;  3HP9 A;  1VQO N;  1U2V B;  4UQG A;  1S3X A;  4YOR A;  2HHH K;  1NMN A;  4NB4 A;  3S9H A;  2HHU A;  1T6D A;  2CH5 A;  4BVP A;  3CF5 L;  2XHB A;  3NF7 A;  3CER A;  3I33 A;  1C1B A;  4YFU A;  1Q86 O;  1BIS A;  1FKP A;  1N36 K;  1VSJ A;  4CJ5 A;  4PL7 A;  3MAQ A;  1OKJ A;  1QS4 A;  5BPM A;  4PA1 A;  5HL7 L;  1JXB A;  3D7E O;  3VA0 A;  2UXB K;  1RBS A;  3GL1 A;  1JLA A;  2HNY A;  2QWP A;  4H5N A;  3H46 O;  3RMB A;  4OLA A;  3CD6 N;  4WCE L;  5KPR A;  3L3V A;  2FBT A;  3KLF A;  2B4J A;  2E6L A;  5AFU H;  2NRH A;  2I5J A;  3LM9 A;  4HUE A;  3HK2 A;  1IV0 A;  3O80 A;  3NDK A;  1DTT A;  3BF3 A;  3VGK A;  5M1O A;  3CCJ N;  1EWQ A;  2BAN A;  3IG1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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