The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
83
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structure length |
75
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Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSKGTPLGKILLKGDNITLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA
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| total genus |
8
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| structure length |
75
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| sequence length |
83
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YHT A; 2ZGW A; 4M78 G; 1TH7 A; 4M7D D; 1BIA A; 4PJO D; 1M8V A; 3QHS A; 2VXE A; 1MGQ A; 4XU2 A; 4C92 B; 4J6X A; 5GMK h; 3JCM g; 3JCM J; 4M7A F; 4QVD A; 4M7D E; 4M75 C; 4PJO E; 3INZ A; 2DVE A; 3JCM f; 4M77 A; 4C8Q E; 3HSB A; 1KQ1 A; 2DXU A; 3JCM d; 3JB9 G; 4XTY A; 5GAM j; 4XU0 A; 4J6W A; 4M75 A; 5GMK j; 5GAO m; 1LOJ A; 1U1T A; 3JB9 F; 4M7D C; 2Y90 A; 5GAN 2; 4PJO C; 1M5Q 1; 4QVC A; 1D3B A; 4XU1 A; 5GAN e; 5LJ5 h; 5GAM g; 4XTV A; 4EMK C; 4M78 D; 1H64 1; 4M77 F; 3RIR A; 5GAM f; 5GMK m; 4F7U B; 4NL3 A; 4NL2 A; 3JCM c; 5GAM d; 3V7R A; 4C92 G; 4DQ2 A; 2RM4 A; 4M7A E; 4EMK A; 2EAY A; 1YCY A; 4XU3 A; 5LJ5 j; 5GMK i; 4C92 F; 1HXD A; 4M75 B; 1N9S A; 2RA2 A; 4M7A G; 2DZ9 A; 5GAN 6; 1WQ7 A; 2E64 A; 3JB9 J; 5GAM h; 4RCB A; 5LJ5 g; 1D3B B; 1JRI A; 4C8Q D; 4M78 C; 5GAN 7; 4F7U A; 2DTH A; 4A54 A; 5LJ5 f; 4EMH A; 4HT8 A; 4OP0 A; 3AHU A; 2JN0 A; 5LJ5 d; 2E10 A; 3RKW A; 4M7D B; 3JCM P; 5LJ3 e; 4J5Y A; 3JCM Q; 4PJO B; 1WQW A; 3HFN A; 4HA8 A; 4M78 A; 4EMK B; 3JCM W; 3QO3 A; 3RUX A; 4XTW A; 3BY7 A; 4M77 G; 4HT9 A; 3GIB A; 2VC8 A; 2FYK A; 3SWN C; 1LNX A; 3QUI A; 4A53 A; 4NOY A; 3PGG A; 4C8Q C; 3SB2 A; 4Y91 A; 5CAI A; 4C92 E; 5I21 A; 4M7A D; 4M75 G; 2E1H A; 2YLC A; 4X9D A; 3QSU A; 4M7D A; 4PJO A; 3BFM A; 2RB6 A; 2DXT A; 3BW1 A; 2YLB A; 4M75 F; 2FB7 A; 3SWN A; 2EJ9 A; 3VU3 C; 4RCC A; 4C8Q A; 1Y96 A; 1LJO A; 4M78 B; 3V8L A; 1I8F A; 4N0A C; 3JCM e; 5GAO r; 3JB9 D; 2DEQ A; 2HNI A; 5GAN 8; 5GAO q; 4M7D F; 1HK9 A; 4PJO F; 1BIB A; 2K57 A; 5GAO p; 4M77 D; 1KQ2 A; 4M7A C; 5GAN j; 1U1S A; 1JBM A; 4N0A A; 3FJP A; 3V8K A; 3JCM X; 4JLI A; 5GAN 5; 4XTX A; 4M77 E; 3BDU A; 3SWN B; 3JCM V; 5GAN g; 2E41 A; 3JB9 I; 1X01 A; 4C8Q B; 1Y96 B; 4F7U G; 4M7A A; 5GAM e; 4WF2 A; 2EJG A; 2E65 A; 2VXF A; 4C92 D; 1I81 A; 4EMG A; 4F7U F; 5GMK e; 4M75 E; 4X9C A; 3FB9 A; 4JRK A; 5GAN d; 1B34 B; 1I4K 1; 4PNO A; 5LJ3 h; 4J6Y A; 4XTZ A; 3RES A; 2DZC A; 4M77 C; 3JCM b; 3M4G A; 3V8J A; 5GAN 4; 4V2S A; 4M78 F; 3RKX A; 4MMK A; 2EWN A; 5GAO l; 4XTU A; 2QTX A; 2I2L A; 4XQ3 A; 2EJF A; 3L1A A; 5GAN h; 1N9R A; 2DKG A; 4MML A; 2DTI A; 3V7S A; 5DY9 A; 4M7A B; 5LJ3 j; 4JRI A; 3RKY A; 4C92 C; 5LJ5 e; 4M7D G; 4PJO G; 1B34 A; 3FIF A; 5GMK l; 3RER A; 5LJ3 g; 4C8Q G; 1I5L A; 5GAN 3; 3V7C A; 5LJ3 f; 4JUV A; 4C8Q F; 4C92 A; 4F7U E; 5LJ3 d; 3JCM h; 4M75 D; 2DTO A; 3HFO A; 2CGH A; 5GAO n; 1WNL A; 2DJZ A; 3EFR A; 2RD1 A; 3JB9 H; 3EFS A; 5GAN f; 4M77 B; 4M78 E; 1WPY A; 3L2Z A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4R0K A; 2HCK A; 1VQ5 A; 1WXU A; 3R6O A; 3OYD A; 2WSE E; 3JCM g; 5KYU A; 2NWM A; 1FX7 A; 1BBZ A; 4J9H A; 1KD1 U; 2QQR A; 1RI0 A; 1YJ9 Q; 3MJX A; 4OMQ A; 1OU9 A; 2QG9 B; 2EQM A; 3CME A; 3CXC P; 4GLM A; 2ED0 A; 1WHK A; 2JTM A; 8AT1 B; 3A8L B; 2JXB A; 4XU3 A; 4FYV B; 1M2V B; 4M78 C; 2GFA A; 2E5K A; 3OYC A; 4PJO B; 2KRS A; 1R0C B; 3CMA Q; 4Z88 A; 1UGQ B; 1VQ5 T; 2CS7 A; 5EC7 A; 1P92 A; 2JW4 A; 2D8J A; 4HKE A; 4J9I A; 4BE2 A; 2EW3 A; 2AKL A; 1VIF A; 2KEA A; 3VUZ A; 4Y28 E; 3E9F A; 3C12 A; 2DEQ A; 1UGV A; 2HNI A; 3CME T; 3FDR A; 1MV0 B; 3VS2 A; 1YBY A; 4OMP A; 4ZTJ A; 1VA7 A; 1OYX A; 3CCE A; 4HCC A; 1IO6 A; 1GCQ C; 3CCL A; 3LWI A; 2B86 A; 2SEM A; 5AYF A; 1M90 U; 2YXY A; 3PE0 A; 3VRY A; 1U3O A; 3S3M A; 2LT4 A; 5LJ5 e; 4M7D G; 4J9E A; 1X27 A; 3WVE B; 2G6F X; 3OMC A; 3M56 A; 4C92 A; 1AWO A; 2DVJ A; 1NZ9 A; 4GLK A; 2WAC A; 4E7L A; 1YIJ A; 4AG2 C; 5A0L A; 3E19 A; 2DD4 A; 3L2Z A; 1QCF A; 4ELY C; 2FRY A; 2D9T A; 2RN8 A; 2O4X A; 5CKF A; 3QJY A; 2KE9 A; 2DFU A; 3HPW A; 4MDW A; 3HSB A; 4IUU A; 3QBY A; 1OPL A; 1Q81 R; 1U1T A; 1ZX6 A; 1PD0 A; 1KC8 C; 1HD3 A; 4M78 D; 3M59 A; 3CCQ Q; 1QWE A; 2DL8 A; 4GBQ A; 3KBG A; 4C5E A; 3H0I A; 3FLG A; 2QQS A; 3O8V A; 4PK4 A; 1YJ9 A; 5KCO A; 1UGS B; 1WJQ A; 2OTL A; 1YIJ T; 2EQI A; 1KD1 R; 2EQJ A; 2L0A A; 4AMC A; 1XJW B; 4M7D B; 1FMK A; 1B7T A; 3GOX A; 2NLU A; 2QDL A; 2D6F A; 2NUT B; 4ZN3 A; 4FSS A; 3GIB A; 3EG9 A; 1LNX A; 3GNG A; 2VVK A; 2M0Y A; 3OYH A; 1H3Z A; 4DEX A; 2YLB A; 3PFS A; 1TUC A; 2FB7 A; 3QDF A; 1QQJ A; 2V1R A; 1NLP C; 4BY6 C; 2DD5 A; 1LJO A; 1SHF A; 4N0A C; 3FRN A; 5GAO q; 4A4H A; 1TOV A; 2C0I A; 1KIK A; 2JMA A; 3MP8 A; 3L2R A; 3FJP A; 1UTI A; 1XNI A; 4JJC A; 4M77 E; 2RMO A; 5GAN g; 1YJ9 T; 1Y96 B; 4KT0 E; 4QQG A; 1KQS S; 1GCP A; 2OTL T; 2EYX A; 2H3J A; 4K11 A; 4OB3 B; 2QQA A; 3HRT A; 4M78 F; 3RMQ A; 3H0F A; 4E7K A; 1PRL C; 4OMF B; 2JZ2 A; 1KHI A; 3X24 B; 4J83 A; 3L2U A; 3V7C A; 2MI6 A; 2ZAE A; 2EFI A; 1UHC A; 4M4Z A; 2M51 A; 1X75 C; 3OBY A; 1M90 R; 1M8V A; 3I56 Q; 3IQL A; 1WFW A; 3OBW A; 1Z9Q A; 1UEC A; 3GF5 A; 3ZEH A; 4C0F A; 1VQ6 A; 1GBR A; 3EH2 A; 4J6W A; 2HKQ B; 3CPW A; 2CUB A; 1C0M A; 1MMA A; 4FYY B; 5FRO A; 4J9C A; 4EMK C; 2R5A A; 2K6D A; 5GAM f; 5GAM d; 1QWF A; 3EFO B; 1PKT A; 2E3I A; 4FL6 A; 1I5O B; 2ECZ A; 1SSF A; 4VUB A; 3E9G A; 2RA2 A; 1TSF A; 3EG1 A; 3E1S A; 5GAM h; 2B8A A; 5GAN 7; 2RPN A; 3CCQ A; 4II1 A; 2EQU A; 3ULR B; 2DNU A; 1OZ3 A; 1UGP B; 1A0N B; 3C95 A; 4KRT A; 1K8A C; 3PNW C; 1IZ6 A; 2A28 A; 2LNH B; 4JLG A; 1Y71 A; 1VQ6 T; 4LDW A; 2O2O A; 4FW2 A; 1D0Z A; 1OUL A; 4JDS A; 1HK9 A; 2FPE A; 2XG8 D; 2K2V A; 2D0N A; 5GAN 5; 3G4S A; 5GMK e; 2C0O A; 3CCJ A; 4JRP A; 2LTO A; 4KUI A; 2XD0 A; 2K2M A; 3CCV Q; 4XTU A; 4XQ3 A; 2A08 A; 1MHN A; 4XAX B; 4MML A; 3M0U A; 2QA4 Q; 4JRI A; 4LD9 K; 4FW1 A; 3C4S A; 3FIF A; 4OML A; 2PVD B; 3QPH A; 1BI3 A; 2X3W D; 4XK8 E; 2EKH A; 3OYF A; 1WHH A; 2FPF A; 2DIL A; 2WSF E; 1V29 B; 1WNL A; 2J06 A; 1RAH B; 5I22 A; 4OB2 B; 4AFS C; 2DXB A; 2ZGW A; 2HEQ A; 1VQ4 Q; 4L6V 5; 2YUQ A; 1J3T A; 3G4S T; 4QVD A; 1MMN A; 4PJJ A; 1Q7Y U; 3CCJ T; 1M1G A; 2RQT A; 2MOX A; 5J39 A; 4J7F A; 2E3H A; 3VJP A; 3I56 A; 2AHJ B; 3EG3 A; 1SKU B; 1WI7 A; 4RTZ A; 3V7R A; 1ZA2 B; 3PT9 A; 1WZO A; 5LJ5 j; 3OYI A; 4M7A G; 2IIM A; 3OMG A; 3QII A; 3DB4 A; 1RAF B; 1Q95 G; 1QVP A; 3TRE A; 3I55 Q; 2JTE A; 1VQ7 Q; 2FHD A; 1KJW A; 3BY7 A; 4M77 G; 2ATC B; 1WHJ A; 1YI2 Q; 5CAI A; 2FEI A; 2E1H A; 1NM7 A; 4BY6 B; 5KH6 A; 5FU6 B; 2EJ9 A; 4C0D B; 2G3R A; 4KGV B; 1Q86 U; 3A8G B; 4HCB A; 3I56 T; 1VUB A; 3MKD A; 4LN2 A; 3VS6 A; 2GBQ A; 1OX9 A; 1M8M A; 1ZUY A; 2EQK A; 3M4Y A; 1OV3 A; 1U5S A; 5GAM e; 2LRQ A; 4EMG A; 2GNC A; 2RI2 A; 1IRX A; 3M4G A; 2PVG B; 1SRM A; 4Q5W A; 5GAO l; 1M1K C; 1JJ2 P; 3M0R A; 1VOM A; 5FRN A; 4M7A B; 2X51 A; 1GL5 A; 2OI3 A; 2LNV A; 3CCV A; 5FW9 A; 4M77 B; 1VQM Q; 2QA4 A; 2RH2 A; 2LZ6 B; 1TG0 A; 2CSI A; 2VXE A; 1QCN A; 1SHG A; 5M9O A; 1QVG A; 4KUL A; 2K9G A; 3QWY A; 3JCM f; 4C8Q E; 3JCM d; 4XU0 A; 4FSX A; 4QVC A; 5IHI A; 2Y4Y A; 5L8R E; 5C6S A; 4X1V A; 4DA4 A; 3RIR A; 2RHI A; 1SEM A; 2HQH A; 2KGT A; 3MP1 A; 2ZPI B; 2GCX A; 2DET A; 4J9B A; 4M75 B; 1FWZ A; 1AT1 B; 2DBK A; 1Q7Y R; 1VQL A; 2K5F A; 2LVM A; 3OW2 S; 2OAU A; 2QA4 T; 5KE2 A; 2F2X A; 2KAF A; 1ZQ1 A; 3JCM Q; 4BB7 A; 4C0G A; 2A36 A; 4X34 A; 3JCM W; 1U06 A; 2FYK A; 3LGF A; 4C8Q C; 2K4Y A; 2K7A A; 2LJ1 A; 3QG1 A; 5CKD A; 4O5V A; 1M2O A; 1MND A; 3VU3 C; 1Y96 A; 3I55 A; 3RMS A; 4D8K A; 1VQ7 A; 3CQT A; 1ARK A; 2O88 A; 2AZS A; 4PFP A; 4UC4 A; 1V76 A; 2YUN A; 1YI2 A; 6AT1 B; 1U1S A; 3MEW A; 1GBQ A; 2C06 A; 4KH1 B; 2OX7 A; 1VQL T; 3VRZ A; 2EYW A; 3FB9 A; 1SRL A; 2CH4 A; 1LVK A; 4DEY A; 4R55 A; 3V8J A; 1KHC A; 5CCA A; 1JQQ A; 1Q86 R; 4A4K A; 3OS2 A; 1RI9 A; 5CKB A; 1O9S A; 2ED1 A; 2ZPG B; 1JO8 A; 3VS0 A; 2RQU A; 3D7S B; 2CGH A; 2RHY A; 2KSS A; 3M55 A; 4PFZ A; 2QGF B; 2HSP A; 1YI2 T; 2X35 A; 1KQS P; 1BIA A; 4O6J A; 2QTV A; 5GJV B; 4MDX A; 1RAD B; 1YCS B; 5IXF A; 2DL5 A; 3INZ A; 4RG2 A; 3MEA A; 4IUQ A; 1GFC A; 1TTH B; 1Q82 U; 1VQM A; 4XTY A; 5GMK j; 5I2M A; 4KUD K; 1LOJ A; 3OS5 A; 4IIM A; 5IAY A; 1OX8 A; 4NL3 A; 2DAQ A; 2GTO A; 5A0G A; 3PMT A; 3M5A A; 1YCY A; 3LH0 A; 5GMK i; 3A8O B; 4N4I A; 1ZUU A; 4C8Q D; 1YWP A; 3VS7 A; 4LDU A; 4HT8 A; 5GJW B; 2HL3 A; 2DM1 A; 3RKW A; 2KR3 A; 2QEX Q; 3VV0 A; 1BU1 A; 4ORZ A; 1XQH A; 2O9S A; 2OTL Q; 4HT9 A; 5FLX E; 1PCX A; 3DLM A; 1C6V X; 3SB2 A; 2VV5 A; 1VQK T; 2LQ8 A; 5A0D A; 2V8K A; 2QK0 A; 1WYX A; 1VQM T; 3NTK A; 1ZSZ C; 5CKE A; 1UG1 A; 3I35 A; 2ENM A; 3JCM e; 5GAO r; 1KFZ A; 2O9V A; 7AT1 B; 1E7O A; 3QDR B; 2LCL A; 2PTK A; 2COY A; 3SWN B; 4MZP A; 1VYV A; 4JJN K; 5D6W A; 2HD0 A; 4JRK A; 5GAN d; 2LCS A; 1TWB A; 4Z8A A; 1JJ2 S; 1UE9 A; 1W6X A; 4HCK A; 1XOV A; 1ZLM A; 4ELZ C; 2KRM A; 1PSF A; 5GAN h; 1YFN A; 2PVO B; 4CC2 A; 1B34 A; 2HMA A; 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1PKS A; 3FJ5 A; 3UDC A; 2QEX T; 1T3L A; 4PLI A; 3JRZ A; 4LD6 A; 1X6B A; 1UGR B; 4OMN A; 1BI1 A; 2RQR A; 2E4H A; 2HDA A; 3M58 A; 4M78 G; 3QHS A; 3MEV A; 4OGE A; 1PM3 A; 2YRV A; 3EH1 A; 1K76 A; 1JEG A; 4E7H A; 2XDD A; 1GRI A; 4M75 A; 1JXO A; 4FT4 A; 2Y90 A; 2CZ0 B; 5GAN e; 4RTW A; 2ZZD A; 3QWX X; 1IRE B; 3JCM c; 1ZA1 B; 3S3N A; 2P4R A; 2RHX A; 2VGN A; 4F7U A; 1ACM B; 2RQV A; 1E6G A; 4J7I A; 1Y0M A; 1BI0 A; 4F04 B; 4DBF A; 4A4G A; 1W4S A; 4OMO A; 2YLC A; 4A4F A; 1BCM A; 3BFM A; 2GFU A; 3MO8 A; 2DXT A; 3BW1 A; 2CKK A; 4RCC A; 3WVD B; 1NJI U; 4M78 B; 1YHQ Q; 1QLY A; 3RR6 A; 3JB9 D; 3OB9 A; 4LDY A; 3CC2 Q; 2KMT A; 5DLQ E; 1D0Y A; 4BI3 A; 2K57 A; 1NBE B; 1KG1 A; 3OYJ A; 3V8K A; 4RG8 A; 3OW2 P; 2LC4 A; 3H41 A; 3GBQ A; 1G5V A; 2QQB A; 2XMF A; 2QI2 A; 3DB3 A; 2VXF A; 4C92 D; 2NUP B; 4X9C A; 1UFF A; 1B3Q A; 1T3S A; 3JCM b; 4V2S A; 4BAC A; 1N9R A; 4QW2 A; 2YUO A; 3RKY A; 3U23 A; 2D8H A; 1QMC A; 1SF9 A; 1EZZ B; 2K79 A; 3MCA B; 5LJ3 g; 3JAM E; 2KVQ G; 3RBB B; 3OSV A; 1M90 C; 3TEE A; 5GAO n; 2CSQ A; 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