The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
83
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structure length |
75
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Chain Sequence |
MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSKGTPLGKILLKGDNITLITS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U5 snRNA
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| total genus |
8
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| structure length |
75
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| sequence length |
83
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HFN A; 3RKW A; 4XU0 A; 5LJ5 d; 1Y96 B; 4PJO B; 4M7D F; 3JCM V; 4A54 A; 3JCM X; 4M75 C; 3M4G A; 3JCM d; 2DVE A; 2E65 A; 4J6W A; 1D3B B; 5LJ3 e; 3AHU A; 4HT9 A; 3INZ A; 4M7A F; 2EJ9 A; 3JCM g; 3V8K A; 1HXD A; 4C8Q F; 5CAI A; 5LJ5 g; 5LJ3 g; 5GAO r; 4M75 G; 4M77 G; 1WPY A; 2CGH A; 4NL2 A; 2Y90 A; 4J5Y A; 4F7U F; 1JBM A; 2VC8 A; 1M8V A; 1Y96 A; 4PJO A; 2DTH A; 3BFM A; 4JRK A; 4EMK C; 1LOJ A; 5DY9 A; 4M7D D; 5GAM d; 4EMK A; 5GAN 8; 3HFO A; 1HK9 A; 1D3B A; 4J6X A; 3QO3 A; 4QVD A; 5GAN d; 3SWN B; 1N9S A; 2E10 A; 4C92 F; 3JCM Q; 3RKX A; 3FJP A; 5GAN 2; 4M78 F; 3V8L A; 4C8Q D; 2DEQ A; 4DQ2 A; 3JB9 G; 2FB7 A; 5GMK i; 2DXT A; 5GAM g; 3RES A; 5GMK m; 3V8J A; 5GAO q; 3PGG A; 4PJO C; 3L1A A; 1M5Q 1; 3VU3 C; 3FB9 A; 1MGQ A; 4M75 E; 3EFS A; 4M77 E; 5GAN g; 5LJ3 d; 5GAO m; 4XQ3 A; 2VXF A; 1TH7 A; 3V7S A; 3L2Z A; 4PJO G; 2EJF A; 4M7D B; 4V2S A; 3SWN A; 3V7R A; 5GAO n; 3JCM P; 1LJO A; 4QVC A; 4M78 D; 2DTI A; 4M7A B; 2EWN A; 5GAN 6; 4EMH A; 4C8Q B; 4EMG A; 2DTO A; 4OP0 A; 2YHT A; 4RCB A; 3RIR A; 1U1S A; 3RKY A; 1B34 B; 3SWN C; 4F7U B; 3SB2 A; 5I21 A; 3BW1 A; 2ZGW A; 5GMK j; 4M7D A; 5GAN 4; 1KQ2 A; 4X9D A; 3JCM h; 1X01 A; 4XTW A; 4M7A D; 4PJO E; 1I8F A; 2EJG A; 4M78 C; 4M75 F; 4M77 F; 4N0A A; 4M7A A; 4WF2 A; 3V7C A; 4C92 B; 4C8Q A; 4M78 B; 3JCM f; 2RM4 A; 2K57 A; 5LJ5 f; 1WQ7 A; 2DKG A; 2DXU A; 4M7D C; 3BY7 A; 1B34 A; 4F7U A; 1JRI A; 4NOY A; 3JB9 J; 3QSU A; 4XU1 A; 5GMK h; 4HT8 A; 4J6Y A; 3EFR A; 3JB9 H; 2E1H A; 4N0A C; 4XU3 A; 2DZC A; 4XTU A; 5LJ5 j; 2RA2 A; 4C92 D; 4M7A C; 2I2L A; 4C8Q C; 4A53 A; 5GAM h; 1LNX A; 3JB9 F; 4M7D G; 4M77 D; 4C92 A; 1I81 A; 4PNO A; 4M78 A; 5GAN h; 2FYK A; 4XTY A; 1KQ1 A; 1BIB A; 4XTZ A; 2QTX A; 3BDU A; 4M7A G; 2JN0 A; 5GAM f; 4C8Q G; 4PJO F; 4XU2 A; 3FIF A; 3JCM b; 5GAN f; 1I4K 1; 4X9C A; 1YCY A; 4F7U G; 2YLC A; 4C92 C; 4MML A; 2YLB A; 5LJ3 h; 5LJ5 h; 5GAM j; 3JCM W; 1WNL A; 4M77 C; 3JCM e; 4JUV A; 2EAY A; 4EMK B; 5LJ5 e; 5GAN 7; 3JB9 D; 3JCM c; 5GAN j; 4M7D E; 5GMK l; 2VXE A; 4M75 B; 4M77 B; 5LJ3 f; 4MMK A; 5GAO l; 3QUI A; 4JLI A; 4C92 G; 4M78 G; 4Y91 A; 2HNI A; 2E64 A; 4RCC A; 4NL3 A; 5GAN 3; 4M7A E; 4PJO D; 4XTX A; 3RER A; 1H64 1; 4C8Q E; 4XTV A; 3HSB A; 5LJ3 j; 4JRI A; 1WQW A; 5GMK e; 2E41 A; 4HA8 A; 1I5L A; 2DJZ A; 2RD1 A; 4M75 D; 4F7U E; 3JCM J; 3RUX A; 3QHS A; 1N9R A; 4M77 A; 4M75 A; 5GAM e; 5GAO p; 2DZ9 A; 3GIB A; 5GAN e; 2RB6 A; 5GAN 5; 4C92 E; 1BIA A; 3JB9 I; 4M78 E; 1U1T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WSC E; 3JCM V; 2V1Q A; 5CO7 A; 1M9S A; 1T0H A; 2ECZ A; 3EHQ A; 1TG0 A; 2F2X A; 2E5K A; 1JO8 A; 1WHM A; 3X26 B; 5LJ3 g; 4LUD A; 1TTH B; 3OYC A; 4JRK A; 4M7D D; 1X69 A; 2CP6 A; 1HK9 A; 1RAC B; 1QCN A; 4BI8 B; 2E10 A; 4LDV A; 4OGE A; 5J39 A; 2KSS A; 4RTX A; 1VQP A; 1TSF A; 2OTJ T; 1YNZ A; 2JTM A; 5GAN g; 2FVU A; 3EGX A; 4C5E A; 2ZPH B; 3M58 A; 1TH7 A; 2CP3 A; 2RI2 A; 3CBM A; 2P0Q A; 1VQK T; 3M0T A; 4UC4 A; 3EAE A; 1VQ9 Q; 5CKD A; 4MZM A; 3CC7 Q; 1W6X A; 2OTL T; 3BW1 A; 1H92 A; 2HL5 C; 3J80 E; 3WVD B; 1YJN Q; 3EG2 A; 4M7A A; 3CMA Q; 1UJ0 A; 2I0N A; 1UGQ B; 1W4S A; 3PVL A; 4BE1 A; 4F7U A; 2KXC A; 1CKA A; 1C1A A; 5DLQ E; 1QVF A; 1LNX A; 1YIJ Q; 1G8X A; 1UHC A; 2E6N A; 4M7A G; 4RTV A; 2L3Q A; 3S3M A; 2CZ1 B; 4IUQ A; 2YRC A; 1D0Z A; 3A8O B; 3OYL A; 2M02 A; 4F7U G; 2QK0 A; 1CSK A; 2K9G A; 2YLB A; 1QP3 A; 2MI6 A; 3I5R A; 2DIQ A; 2EGC A; 1VQ4 Q; 5LJ3 f; 2E12 A; 4CC4 B; 4NL3 A; 2HNI A; 1OYX A; 1NEB A; 3QZ5 B; 4C8Q E; 1Q7Y U; 2FEI A; 1K73 C; 1I5L A; 2C0O A; 1YHQ T; 2EGA A; 1R0C B; 3ASK A; 3MP8 A; 1KQS A; 1UTI A; 4C92 E; 5I2S A; 4XAX B; 1UGS B; 4OML A; 3L2R A; 2RJD A; 3TSZ A; 4C5H A; 4ZGD B; 3PIP A; 2EJ9 A; 4IUT A; 2YUP A; 2LX9 A; 1JXM A; 4WCI A; 1QLY A; 2BIV A; 1S72 T; 3LH0 A; 1WHK A; 2CT3 A; 2KYB A; 3S3N A; 5EG2 A; 1KJW A; 1N9S A; 2PVO B; 1C6V X; 3C12 A; 5FU6 C; 2XD0 A; 4L59 A; 3QKJ A; 5HY6 A; 3TU4 K; 2DXT A; 2H3E B; 1Y7X A; 3CC2 Q; 4O5V A; 4PFO A; 4R56 A; 2DTI A; 2EWN A; 3OYN A; 3CCV Q; 1BCO A; 4YTL A; 2LT4 A; 3X20 B; 3RKY A; 3LGL A; 1VQM T; 2OJ2 A; 1TOV A; 4MZT A; 5A0L A; 3FJ5 A; 2GFU A; 3OBY A; 4X34 A; 4E7J A; 4HT8 A; 3JB9 H; 2YRV A; 2KAF A; 2EYW A; 2RA2 A; 4KH0 B; 1UJY A; 2RO0 A; 4PFZ A; 1KQS P; 4ZGE B; 4O6J A; 3MPU B; 4QKU A; 1ZUK A; 2HQH A; 1WJQ A; 1I4K 1; 4X9C A; 3GBQ A; 1AHJ B; 5LJ3 h; 1WNL A; 3JCM c; 1Q82 R; 2FZG B; 4N4G A; 4M75 B; 3OB9 A; 3OMG A; 3BE3 A; 2M0O A; 2X4Y A; 3HSB A; 3VV0 A; 4PJM A; 2XKO C; 1QWE A; 2PUK B; 1N9R A; 2QA4 Q; 1LCK A; 1K73 U; 1NYF A; 2ENM A; 2RB6 A; 3I56 A; 7AT1 B; 4AG1 C; 2OTJ A; 3JCM d; 4OVA A; 3LW5 E; 2IG0 A; 4JLG A; 1RI0 A; 3OYF A; 5CAI A; 5GAO r; 3CD6 T; 2FPF A; 2B8A A; 2HKN A; 1FXX A; 3RMS A; 1VQO T; 1WHL A; 2CZ7 B; 2QEX Q; 1D1A A; 1KD1 R; 2GFA A; 2DA9 A; 3ER0 A; 1ZSZ C; 3JRZ A; 4XQ3 A; 3VRZ A; 3V7S A; 3EG9 B; 2AZS A; 1FWZ A; 4LDY A; 2W10 A; 2CP0 A; 2DXB A; 1VOM A; 2DL5 A; 2GTJ A; 5IT9 E; 2H8H A; 2ZGW A; 3NMZ C; 4DBH A; 1JEG A; 3CPW S; 2P84 A; 1PRL C; 2CP2 A; 4M78 C; 4M75 F; 1SF9 A; 1M1F A; 3CCQ Q; 3CCU T; 1RAB B; 4NOY A; 1JB0 E; 1M27 C; 2LJ1 A; 4IIM A; 5GMK h; 3CCV A; 3HHT B; 2DNU A; 1G3W A; 1SPK A; 4C8Q C; 2YUO A; 2VWF A; 4Y92 A; 2COY A; 2CZ6 B; 5GAM f; 3UA6 A; 2X51 A; 1VQ5 A; 3FIF A; 2PUO B; 4C92 C; 4N4H A; 2JOY A; 3CXC P; 4LUE A; 4JUV A; 5GAN j; 1I5O B; 1XOV A; 6AT1 B; 2F1L A; 1G3T A; 1YJW Q; 2MCN A; 1UGV A; 1S72 A; 1B07 A; 2DK3 A; 2JTE A; 4FW1 A; 4M75 D; 2M16 A; 2X4W A; 3CCR A; 1X6B A; 2CUB A; 3X24 B; 1XQH A; 3VS6 A; 5GAN e; 4ELZ C; 2XDB A; 2JM8 A; 5AYF A; 3JB9 I; 1K8A R; 3CCS Q; 1VQL A; 4PLI A; 3L42 A; 3JCM X; 3M4G A; 1FMK A; 1M90 R; 1VQ6 T; 2KI7 A; 3KXT A; 4DEX A; 1JXO A; 3JCM g; 2K5L A; 2BZ8 A; 4NL2 A; 4KUL A; 2D0Q B; 2J6K A; 2E70 A; 1LOJ A; 2HQE A; 4B9X A; 2DRK A; 4OMQ A; 3VJP A; 2BE7 D; 3WVE B; 1QP2 A; 1OEB A; 2FB7 A; 2GF7 A; 2RMO A; 3JB9 G; 2CRE A; 1QKW A; 2EIF A; 1OX9 A; 4M77 E; 1K9A A; 4JRQ A; 5EC7 A; 2K79 A; 1NJI C; 1ZBX A; 3V7R A; 2E6Z A; 3EGD B; 2PVD B; 1SHG A; 2QEX A; 2ZPG B; 2MK5 A; 2X3W D; 5L8R E; 3OYB A; 3CCE T; 3O5Z A; 2R5A A; 4BUG A; 4BDZ A; 5GMK j; 3X28 B; 3DB3 A; 3P8H A; 2DXC A; 2P0P A; 2F2V A; 1AWX A; 1KC8 C; 3CC4 T; 1Z9Q A; 1K8A C; 2DD4 A; 2O4X B; 2L3R A; 5GAM h; 4PJJ A; 2RQT A; 1SRM A; 3M5A A; 8ATC B; 3MHX A; 2GQI A; 4A4K A; 3MEA A; 3TEE A; 3CCM A; 2V8J A; 1G3Y A; 4ELY C; 2ZPB B; 3CCQ A; 3EGD A; 4HVV A; 1YIT T; 2KXD A; 3JB9 D; 1UG1 A; 2ED1 A; 1VQP T; 4E7L A; 2LVM A; 3QZ9 B; 5GJW B; 4MDW A; 2V8I A; 1BI3 A; 3RER A; 3CCL A; 2ROT A; 1M1K R; 1PRM C; 2Y4Y A; 3I55 A; 1WQW A; 4ZTF A; 4LDU A; 2QQB A; 2KBT A; 2YRD A; 1AWJ A; 3MCA B; 5ECA A; 2PNI A; 2J05 A; 5CKH A; 5FU7 B; 5I22 A; 1OPL A; 1Y96 B; 1YJW A; 2V26 A; 5KYW B; 2DYB A; 4DBR A; 2ZCF B; 2DEU A; 2ZPI B; 1W2B A; 1WPY A; 2HD0 A; 2NWM A; 2O31 A; 4DOW A; 1ZSZ A; 1UE9 A; 4FYX B; 5IXB A; 1BBZ A; 4LXC A; 1HSQ A; 2K5F A; 3CCS A; 4F16 A; 3FJP A; 2JT4 A; 4PL6 A; 3H0I A; 3DLL A; 3M4Y A; 5GAO m; 5GJV B; 5LJ3 d; 1RAD B; 3MEW A; 4M4Z A; 4M7D B; 2XDP A; 3A8M B; 1NJI U; 2LQW A; 1I07 A; 1VQN T; 1ZX6 A; 3NGP A; 4EMG A; 1M2V B; 4A4G A; 3J81 E; 2KK4 A; 4PJO E; 3H6Z A; 3A8H B; 1WZO A; 4J7I A; 1XNI A; 4C8Q A; 1VQ7 A; 3TSW A; 3ZFJ A; 1JRI A; 2RNA A; 4RTY A; 4J9B A; 4IIO A; 1JJ2 P; 3CME Q; 3CPW A; 1KC8 U; 2I2L A; 2K3B A; 3F70 A; 2AIR B; 4C92 A; 2A36 A; 1K8A U; 3NTK A; 2VAS A; 2RK2 A; 1M2O A; 2KT8 A; 2XI9 A; 1BIB A; 2H3J A; 3E1S A; 4C8Q G; 2CZ0 B; 3GPL A; 4BB7 A; 3JCM b; 1G83 A; 4ZGJ B; 3LYI A; 2SRC A; 1M30 A; 1W2B P; 1Y57 A; 2JVV A; 4C92 G; 3C4S A; 1DJ7 B; 4L6V 5; 1UGR B; 3IQL A; 4TVR A; 4N4I A; 3OBW A; 2C0I A; 3VS0 A; 5GAO p; 3M57 A; 2LC4 A; 3VUZ A; 3H0H A; 3DKM A; 4J8O A; 8AT1 B; 4RG2 A; 1U1T A; 4EMK C; 4JJC A; 4M7D F; 1K9M R; 1IXD A; 2G3R A; 3QWY A; 3LGF A; 3PVQ A; 3AHU A; 2RHX A; 4IUU A; 2FO0 A; 4DOV A; 1YI2 Q; 2EVR A; 3H0F A; 3CCE A; 3CC7 T; 4IUV A; 2XMF A; 2DAQ A; 1G3S A; 4C8Q D; 2EYX A; 2LP5 A; 4EDU A; 5GAO q; 3UWN A; 1M5Q 1; 1G2B A; 2C0T A; 4OB1 B; 2KEA A; 5M9O A; 2XU8 A; 3CCJ A; 3CC4 A; 5IHN A; 1LVK A; 2P4R A; 3L2Z A; 1HYO A; 5KCH A; 1OQK A; 4M7A B; 4LD6 A; 2YSQ A; 3G4S Q; 4OMF B; 3LWH A; 1U8R A; 3RIR A; 1BYM A; 3SDZ A; 4F7U B; 3SB2 A; 1PD0 A; 1KQ2 A; 1X01 A; 1YIT A; 4OMP A; 4FM4 B; 1M1K U; 3I56 T; 3VS5 A; 5LJ5 f; 2DKG A; 3MKD A; 1TWB A; 4FU6 A; 1B34 A; 1D09 B; 4E7H A; 1X2Q A; 1K73 R; 3VYH B; 2YDL A; 4N0A C; 2KRN A; 5IHK A; 1UEB A; 1X6G A; 4JS4 A; 1RL2 A; 1K9M C; 2LNV A; 4C0D B; 4BY6 B; 4E7K A; 2OAW A; 4A4E A; 4CC2 A; 1RLQ C; 1VQ8 A; 2AKK A; 1LPL A; 3JCM e; 2D8H A; 2RK1 A; 5GAN 7; 4R55 A; 3CME A; 2VXE A; 1BI0 A; 3QUI A; 2RPN A; 3RBB B; 1AZG B; 2L5Q A; 4AG2 C; 4JRI A; 1FMW A; 3JCM J; 1YBY A; 3C95 A; 4PK4 A; 1RAG B; 4FT2 A; 2CH4 A; 1ACM B; 4BI3 A; 3P8D A; 2GNC A; 1UFF A; 1BIA A; 2FPD A; 4M78 E; 5FRM A; 1VYV A; 2DJQ A; 3G71 A; 2DLP A; 1P92 A; 5D6W A; 1R8O B; 2RQR A; 3QJ6 A; 2OI3 A; 4OMN A; 4M7A F; 3JV3 A; 1JQQ A; 4JJN K; 1BCM A; 1VQN A; 3CCV T; 4F7U F; 2K5I A; 4Q5W A; 5DY9 A; 5GAM d; 3QWX X; 2VUB A; 2VGN A; 3LX7 A; 3QO3 A; 2ZAE A; 2J7I A; 4Z8A A; 4HKE A; 1T3S A; 2LJ3 A; 2L2P A; 5C0M A; 4PJO C; 1VQ5 T; 3TCJ A; 4NS5 A; 3EFS A; 3GNG A; 2FL7 A; 1YI2 A; 1TUD A; 2EJF A; 1I1J A; 1VQK Q; 3JCM P; 2K7A A; 3PMT A; 1U1S A; 3SWN C; 3CCR T; 1GFC A; 1OPK A; 2AT1 B; 2DL3 A; 2MMP A; 3L2U A; 1IO6 A; 4M7A D; 1MMN A; 3EH1 A; 1AEY A; 1VQL T; 1QVF P; 2FPE A; 1QVG S; 1VYU A; 3PMI A; 1K9M U; 1NLO C; 2QTX A; 3QYG B; 3OS2 A; 1SSF A; 4KUD K; 4BI4 A; 2VV5 A; 4D8K A; 1VQ9 A; 3PE0 A; 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