The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
RAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKKGKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U4 snRNA
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| total genus |
15
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| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| chains with identical sequence |
m
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| j | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QHS A; 4XU2 A; 4M7A F; 4V2S A; 4MML A; 3V7C A; 2DTH A; 1KQ1 A; 4M75 B; 1HXD A; 1YCY A; 2E10 A; 4M77 F; 5GAM e; 3QSU A; 1BIB A; 2K57 A; 4XTW A; 4F7U B; 5GAN 7; 1X01 A; 4X9D A; 4M75 G; 2VXE A; 4J6X A; 5DY9 A; 2DEQ A; 3HFN A; 3RUX A; 5GAO r; 2Y90 A; 4M78 F; 1WQ7 A; 5CAI A; 4C92 C; 4EMG A; 4M75 E; 2I2L A; 5GMK i; 1HK9 A; 3HFO A; 4PJO A; 1I81 A; 2EJG A; 4JLI A; 4C8Q B; 4M75 D; 5GAN 3; 5LJ5 g; 4MMK A; 4RCB A; 4NOY A; 4PJO G; 5GAN g; 4M7D C; 3AHU A; 3RER A; 4HT9 A; 3JCM h; 1B34 B; 1M5Q 1; 2YLB A; 5GMK m; 3JB9 F; 4XTZ A; 4C8Q E; 5LJ5 e; 3FIF A; 4NL3 A; 3VU3 C; 4EMK A; 5GAN e; 5GMK l; 5GMK e; 3V8K A; 2DVE A; 4C8Q D; 3JCM W; 4EMH A; 3JCM d; 1Y96 B; 3BW1 A; 1KQ2 A; 2EAY A; 2YHT A; 4M75 A; 1TH7 A; 2FYK A; 3JCM f; 3JCM c; 4M7D F; 4J6W A; 5GAN 8; 4J6Y A; 4C92 B; 4QVC A; 5GAO n; 2DTI A; 4NL2 A; 5LJ3 d; 4F7U G; 4M7A B; 2E65 A; 1WQW A; 4HT8 A; 1BIA A; 1N9S A; 3FJP A; 4M77 B; 4C8Q A; 1LNX A; 5GAM h; 1WPY A; 4XTX A; 4C92 E; 4F7U E; 4WF2 A; 3INZ A; 4PJO C; 5GAO l; 5GAO m; 2HNI A; 4XU0 A; 4N0A A; 4C92 D; 5GAM j; 3JB9 I; 2JN0 A; 3L2Z A; 3M4G A; 2VXF A; 4M78 B; 3JCM V; 1B34 A; 4C8Q G; 5GAN 2; 2ZGW A; 3SWN B; 4M7A E; 4M77 E; 3RKW A; 5GAM d; 4M7A D; 4M78 G; 4JRI A; 4M77 D; 1D3B B; 3V8L A; 3L1A A; 3PGG A; 3SB2 A; 3JCM g; 5GAN 5; 4OP0 A; 4EMK C; 1LJO A; 1Y96 A; 4PJO F; 2RA2 A; 4M78 E; 1JRI A; 2E1H A; 5LJ3 h; 4M75 C; 2DZ9 A; 4M78 D; 4C92 A; 4XTV A; 4F7U A; 3JCM e; 3JCM X; 5GAO q; 4A53 A; 5LJ3 j; 4PJO D; 4JUV A; 2DKG A; 5LJ5 h; 3JB9 G; 2FB7 A; 1LOJ A; 4M7A A; 2EJ9 A; 4C92 G; 5LJ5 j; 4M77 A; 4XTU A; 1I4K 1; 5LJ3 f; 5GAN 4; 4J5Y A; 4M7D B; 5LJ5 d; 2DXU A; 4M7A G; 1U1T A; 1MGQ A; 3JB9 D; 4M75 F; 1H64 1; 5GAN d; 1U1S A; 4M77 G; 3JCM J; 4M78 A; 4M7D G; 2DXT A; 3RES A; 1N9R A; 4F7U F; 3SWN A; 2RB6 A; 2RD1 A; 3RIR A; 2VC8 A; 3V7S A; 4M7D E; 1D3B A; 4XTY A; 4PJO E; 5GAM f; 4XU1 A; 4X9C A; 3BY7 A; 3JB9 H; 4M7D D; 4C8Q F; 1M8V A; 4HA8 A; 3EFR A; 4DQ2 A; 4XU3 A; 3GIB A; 2QTX A; 2EJF A; 3JCM b; 3V8J A; 4JRK A; 4A54 A; 1JBM A; 3V7R A; 2DZC A; 5LJ3 g; 3EFS A; 2CGH A; 5GAN h; 4PNO A; 4PJO B; 2E64 A; 5I21 A; 5GMK h; 3JCM Q; 3RKY A; 3RKX A; 4M7A C; 1I5L A; 4M7D A; 4QVD A; 4M77 C; 3JCM P; 5GAN j; 5GMK j; 2DTO A; 5LJ3 e; 4Y91 A; 4C8Q C; 3QUI A; 2E41 A; 3QO3 A; 4XQ3 A; 3HSB A; 5LJ5 f; 2YLC A; 3BDU A; 1I8F A; 2EWN A; 4C92 F; 5GAN f; 5GAO p; 3FB9 A; 3JB9 J; 2RM4 A; 1WNL A; 4M78 C; 4N0A C; 4RCC A; 5GAM g; 3BFM A; 4EMK B; 5GAN 6; 3SWN C; 2DJZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1AZE A; 3R6N A; 2L2P A; 2KDS A; 1NZ9 A; 3CD6 T; 3LX7 A; 5CAI A; 2O31 A; 4JPB W; 2ED0 A; 3TVT A; 5LJ5 g; 1VQ8 Q; 2COZ A; 3HPW A; 2GBQ A; 1PWT A; 1YI2 T; 1VQ4 A; 1VQN A; 5GAN e; 4RG2 A; 4J7I A; 4FU6 A; 1N27 A; 3CCL T; 1VQK Q; 4JJB A; 3VYG A; 1SF9 A; 3I55 T; 2YRC A; 3EAE A; 3M56 A; 1W2B A; 3MPU B; 1A0N B; 4DBR A; 1ZUY A; 2JXB A; 4PJO C; 5GAO l; 2RO0 A; 3OS5 A; 4N0A A; 1BU1 A; 3JB9 I; 2DAQ A; 2DIG A; 2MYS A; 1WJS A; 3OW2 A; 1OPL A; 3THK A; 3G6E Q; 4LNP A; 4FIB A; 2P0P A; 2FZG B; 4AFZ C; 2EGA A; 3RR6 A; 4PJL A; 1IHV A; 3CCV A; 2DKG A; 3I56 T; 4JZ3 A; 1K9A A; 1RI9 A; 5LJ5 j; 4OML A; 4ZGD B; 3LH0 A; 1VYU A; 3GP8 A; 2E6N A; 1KQS P; 1T0J A; 4M77 G; 2EYQ A; 3MP1 A; 1M2V A; 4DA4 A; 3HL8 A; 2OTJ A; 1RAA B; 1GFD A; 2XK0 A; 1QVP A; 1YIJ A; 3EFR A; 4XU3 A; 1D1C A; 1N5Z A; 3I5S A; 3QYG B; 1M1K U; 5LJ3 g; 2GTO A; 2KGT A; 4HCB A; 2WAC A; 2YUP A; 1ABQ A; 4KH1 B; 3M54 A; 2AZS A; 4N0A C; 4RCC A; 2L3S A; 3CCM T; 2BZY A; 4V2S A; 1LVK A; 4M75 G; 1MNE A; 1R0C B; 1WQ7 A; 3KXT A; 2JW4 A; 2J06 A; 3MEA A; 1TG0 A; 4C8Q B; 3PFS A; 2YRD A; 2WSE E; 2PVD B; 3JB9 F; 2KNB B; 4JDS A; 2GNC A; 3ME9 A; 2KYM A; 2DBM A; 2ZAE A; 3M0Q A; 5GMK l; 5GMK e; 1ACM B; 3OYI A; 3DB3 A; 3JCM d; 3VS1 A; 4LDX A; 1KQ2 A; 1GL5 A; 3JCM f; 3L2W A; 1BBZ A; 3GBQ A; 4PJJ A; 3J81 E; 3CQT A; 2EYY A; 1GRI A; 2HSE B; 4ZTF A; 2HMA A; 2BTT A; 3ASK A; 4M78 B; 2YXY A; 4WTO B; 1K8A U; 2XDB A; 4Y92 A; 2CUD A; 2AKK A; 1D3B B; 3N5B B; 3SB2 A; 3CXC P; 1SKU B; 2FRY A; 4ATO A; 4BI4 A; 4QQG A; 3OYB A; 1YBY A; 2EYZ A; 2EW3 A; 4A4E A; 1QKW A; 2LNV A; 4M7D B; 2DXU A; 1VQ6 A; 3TSZ A; 1C1A A; 3SWN A; 1KD1 R; 1TTH B; 2QG9 B; 2CZ7 B; 1Q82 U; 4RG8 A; 3OS2 A; 1MV0 B; 4LDY A; 5HY6 A; 3VRZ A; 4OGC A; 3CCE A; 1G5V A; 4FM4 B; 1YJ9 Q; 1BKB A; 2A0F B; 2X4Y A; 1EFN A; 3V7R A; 1U3O A; 1G3S A; 1JU5 C; 2F69 A; 4AG2 C; 1RAF B; 1Y71 A; 1WFW A; 4QVD A; 2JS0 A; 4JJN K; 1K73 C; 1Q7Y U; 4B9W A; 2QXF A; 3L42 A; 3FB9 A; 1YNZ A; 4HCZ A; 1XOV A; 1QCO A; 1E6H A; 1OYX A; 3V7C A; 2E10 A; 1TSF A; 3FLG A; 4AFU C; 4ZNX A; 3S3N A; 1IZ6 A; 1ZBX A; 1ZUU A; 3P8H A; 3QXE B; 2K3X A; 1PG5 B; 3AT1 B; 2DMO A; 4KT0 E; 1Q81 C; 4CRI A; 4FSS A; 2M51 A; 3HRS A; 1YWO A; 2CSI A; 3VU3 C; 2XU8 A; 2YWW A; 2P4R A; 2RJE A; 4BAC A; 2ZPB B; 5GAN 8; 2NUP B; 2L8D A; 1TUG B; 1Q95 G; 1QVG P; 1H8K A; 4KUL A; 2E65 A; 4AG1 C; 4RTV A; 4MZT A; 1JJ2 P; 1M30 A; 4XU0 A; 4E2F B; 2FZK B; 3CC2 T; 2A37 A; 2Z0W A; 2D6F A; 1ZA2 B; 4N4G A; 3VS2 A; 1IXD A; 2E1H A; 1Z9Q A; 3BDL A; 1OEB A; 5A0L A; 4F7U A; 4DBQ A; 1QVF P; 2E5Q A; 5LJ5 h; 1C6V X; 1NE8 A; 1T0H A; 2DF6 A; 3VUB A; 3LGL A; 2LNH B; 1VQK T; 1WXT A; 2J6K A; 1QWE A; 1YJW Q; 1Q82 R; 3OYL A; 3CCJ Q; 3CPW S; 2GCX A; 3EHR A; 3CCQ A; 2YT6 A; 1ZHI A; 4XU1 A; 4WCI A; 4DEY A; 2KR3 A; 1UHC A; 3G6E T; 3MHX A; 2QTX A; 2YSQ A; 3V8J A; 1KC8 R; 2GF7 A; 3OYG A; 3ULR B; 1Q7Y R; 3RBB B; 4L6V 5; 4II1 A; 3RKX A; 1K76 A; 2O4X A; 1G8X A; 4JJD A; 4GLK A; 4Y91 A; 3HSB A; 4A4F A; 4MDW A; 2DNU A; 5GAO p; 5GAN f; 5GAM g; 4FSX A; 2DJQ A; 5A0D A; 2MK5 A; 2LJ3 A; 3CD6 Q; 1YHQ A; 2QAZ A; 2HDA A; 1X01 A; 3HRU A; 3CMA Q; 9ATC B; 3FJ5 A; 3VKI A; 3OYF A; 2DX1 A; 4RTZ A; 3M0S A; 1FMK A; 1YI2 Q; 2BE9 B; 5GAN 3; 1SRL A; 5GJV B; 2YUO A; 1MND A; 2LT1 A; 5KYY A; 2HSP A; 1HSQ A; 3CCL Q; 1M2V B; 2DVJ A; 2PVG B; 4C8Q E; 3CME A; 3I55 Q; 2HD0 A; 3H0I A; 3KUF A; 1Y96 B; 2R5M A; 1TOV A; 2RNA A; 2DL7 A; 4DBH A; 3ZL7 C; 4PL6 A; 1JB0 E; 2KT1 A; 2IG0 A; 1BIA A; 1LNX A; 1WJR A; 4F17 A; 1WLP B; 2K3Y A; 4AT1 B; 4HCK A; 4C92 D; 5GAM j; 1SPK A; 3VUZ A; 2X9H A; 3M4G A; 2RK2 A; 4KUI A; 1B34 A; 1W4S A; 2KY9 A; 4M7A D; 2KI7 A; 5AT1 B; 1W1F A; 2P4T A; 3I56 Q; 4M78 E; 1ZSZ C; 1CKA A; 2DD4 A; 3T9N A; 4C92 A; 4OMN A; 5KE3 A; 3QWY A; 3JB9 G; 3QG1 A; 5KYU A; 3VV0 A; 4M7A A; 3E2U A; 1G2B A; 1HYO A; 1C0M A; 1NJI R; 1WIE A; 1VQN T; 1H64 1; 2VWF A; 1N9R A; 3PIP A; 2F5T X; 4M7D E; 1VQM A; 2DYI A; 2DIQ A; 3E1S A; 4C8Q F; 3MP6 A; 3GIB A; 3LLR A; 2KXD A; 2FRW A; 1M3C A; 4L59 A; 5IT9 E; 1XTD A; 1SHF A; 1FWZ A; 2O9S A; 4KGZ B; 1IGU A; 3CCM Q; 3H41 A; 1D0Z A; 4K11 A; 3X26 B; 1AHJ B; 4OB2 B; 5CQX A; 1WHH A; 2O9V A; 4OGE A; 1TS9 A; 1M1F A; 2OTL Q; 2MIO A; 1TU0 B; 2EYX A; 3RUX A; 3QBY A; 4M78 F; 2EQJ A; 4C92 C; 4E7J A; 1Q82 C; 1YWP A; 2DXB A; 5CR2 A; 3G4S A; 2DL8 A; 2RMO A; 5DM7 R; 1H3H A; 1PHT A; 4M75 D; 1YJ9 T; 5KE2 A; 1X2K A; 2XKO C; 2YLB A; 3MJX A; 2VVK A; 1VQ5 A; 4M75 A; 1OI1 A; 1OZ3 A; 4M7D F; 5GAO n; 1Q7Y C; 4J9H A; 2J6O A; 5KYW A; 1RAH B; 1WA7 A; 1VQO A; 2JN0 A; 2VXF A; 1NBE B; 1X6G A; 2LTO A; 4D6W A; 2RQR A; 3R6O A; 5GAN 5; 2FPE A; 1FX7 A; 2VGM A; 3S3M A; 1WHL A; 2X3X D; 4YTL A; 3UDC A; 1VQ8 A; 1N8R U; 3CCS Q; 4XTV A; 1OX8 A; 5GAO q; 2RHI A; 1QCN A; 4J5Y A; 4KH0 B; 1WYX A; 2KAF A; 3EGD B; 2LMJ A; 1GBR A; 2CP6 A; 2K4Y A; 3RES A; 2RD1 A; 3CPW A; 1PSF A; 4GBQ A; 4X9C A; 3OYE A; 2DER A; 2E3H A; 2BKD N; 4IIO A; 1IHW A; 2VUB A; 3H0H A; 1YIT A; 2LQ8 A; 1IGQ A; 2XID A; 4RTT A; 1PSE A; 3MEW A; 5AYF A; 2LVM A; 2RM4 A; 4M78 C; 2QEX A; 1Z9Z A; 3A8M B; 4PJO D; 1UEC A; 1YFN A; 3NTH A; 1X6O A; 3CCJ T; 4XTW A; 4F7U B; 4X9D A; 3HFN A; 5GAO r; 3OW2 P; 1I5O B; 1VQ6 T; 1UFF A; 1NJI C; 3EFO A; 2AT1 B; 4PJO A; 1M8M A; 3UPU A; 1UGP B; 2OJ2 A; 3CCU A; 2H3E B; 5I2S A; 1NYF A; 4M7D C; 3A8H B; 3GNG A; 4O5V A; 3C4S A; 1E6G A; 2X51 A; 2RJC A; 4HVW A; 4IUP A; 3ER0 A; 4DBF A; 3CC7 A; 4IUT A; 4J6Y A; 2CZ0 B; 4LUD A; 2E70 A; 1NEB A; 3CC2 Q; 3LYI A; 2NYS A; 5GAM h; 5KYX A; 4LD6 A; 3CMA T; 5C0M A; 4J9E A; 5J3B A; 2CP0 A; 2KSS A; 2LJ0 A; 3GPL A; 1WXU A; 1N8R R; 1BB9 A; 4MZP A; 3G71 A; 3JCM g; 4OVA A; 1LJO A; 1K0X A; 1QKX A; 4ZGE B; 3VS3 A; 2C0I A; 2H3J A; 3RMS A; 1JQQ A; 4C92 G; 3E19 A; 1ZLM A; 3TEE A; 4M7A G; 2HQH A; 3A5Z B; 1VIE A; 4C0G A; 2IVW A; 4OB3 B; 4TVR A; 1D1B A; 1VQP Q; 1K9M U; 2RH2 A; 1QWF A; 1UG1 A; 1DJ7 B; 2EQU A; 3JV3 A; 4PFP A; 4XAX B; 5M9O A; 3P8B B; 3BY7 A; 1HD3 A; 1AWW A; 4VUB A; 1NG2 A; 1SRM A; 1HJD A; 3NTK A; 2C0O A; 1UUE A; 4X1V A; 5CKH A; 2D8J A; 4Y28 E; 1WHK A; 4PNO A; 4HVU A; 2MWP A; 3UF4 A; 3EHQ A; 2DL3 A; 4KBM B; 3RMQ A; 3HKS A; 4ELZ C; 3D7S B; 2EQM A; 4ORZ A; 4JRQ A; 1I8F A; 2HBW A; 1ZBJ A; 2DIL A; 1ZX6 A; 3BE3 A; 3LWI A; 3FDR A; 5KCH A; 3LW5 E; 2O01 E; 4EDU A; 2P0Q A; 1KD1 U; 2M9U A; 2PNI A; 1PNJ A; 2EKH A; 4AFS C; 3HFO A; 2KMT A; 4FCY A; 4PLI A; 1K0S A; 2XMF A; 3CCQ T; 2L5Q A; 1GXI E; 1IB8 A; 4Q5W A; 1S72 T; 2QQS A; 2VV5 A; 2RN8 A; 4LD9 K; 3M58 A; 2FVU A; 2K9G A; 5CCA A; 1N6A A; 1P92 A; 3OYK A; 1O75 A; 3G1J A; 2JT4 A; 4M77 B; 1RI0 A; 2OTL T; 1NM7 A; 2HEQ A; 1LCK A; 2SRC A; 3EG9 B; 2DD5 A; 3CC4 T; 2M1H A; 2R57 A; 3JCM V; 5GAN 2; 1EIF A; 1YHQ T; 1YJN A; 4M78 G; 2NUT A; 2JM8 A; 4RTW A; 5FRN A; 3LGF A; 2LCL A; 4A4K A; 1JRI A; 3OS0 A; 1VQ4 Q; 1LPL A; 5LJ3 j; 2DM1 A; 5C6S A; 1VQN Q; 2K2V A; 2OI3 A; 4JJC A; 1KSW A; 1UGR B; 1K9M R; 2C0T A; 5LJ5 d; 1WHG A; 3JB9 D; 1QLY A; 1U1S A; 4M7D G; 1WDX A; 2LX7 A; 1RAB B; 1WI7 A; 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