The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
b'RAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKKGKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTP'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U4 snRNA
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| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
15
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| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| chains with identical sequence |
m
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| j | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JCM J; 2YHT A; 5CAI A; 1D3B A; 4XU0 A; 3V8K A; 1MGQ A; 1U1T A; 4C8Q E; 5LJ5 e; 3JB9 I; 5GAM j; 3V7S A; 3V7C A; 3V7R A; 3JCM f; 2DZC A; 2RA2 A; 4EMK B; 4PJO E; 4C8Q A; 1KQ2 A; 3V8J A; 4J5Y A; 4XTY A; 5GAO l; 5GMK l; 3JCM c; 4M7D F; 4C92 E; 4M78 E; 3RER A; 1H64 1; 2EWN A; 1M5Q 1; 5GAO m; 4PJO A; 2RD1 A; 5GAM h; 5LJ3 h; 3INZ A; 4F7U F; 5I21 A; 5GAN d; 2EJF A; 4NL2 A; 2E65 A; 4JRI A; 4M78 A; 4C92 A; 4F7U B; 4QVC A; 4A53 A; 5LJ3 j; 4QVD A; 2E41 A; 3HFN A; 4M75 D; 3RUX A; 1TH7 A; 3FIF A; 4M77 F; 5GAO p; 4M7D C; 3HSB A; 1HK9 A; 5GAO n; 3SWN C; 4M7A D; 2YLC A; 3EFR A; 4OP0 A; 5GMK e; 5GAN g; 3JCM e; 3JB9 F; 4M75 B; 4XTZ A; 1M8V A; 4JRK A; 3SWN A; 2DKG A; 4WF2 A; 4J6Y A; 5GMK m; 4J6X A; 4M7A B; 1B34 B; 4M7D G; 1I5L A; 1Y96 B; 4M77 C; 1JRI A; 1WQ7 A; 4EMH A; 3FB9 A; 1I4K 1; 4F7U G; 1YCY A; 4C8Q D; 1D3B B; 5GAN 8; 2EJG A; 1HXD A; 2VXE A; 4M77 G; 5GAM e; 5LJ3 e; 3JB9 H; 4PJO D; 2E64 A; 3V8L A; 3BW1 A; 2RM4 A; 2EAY A; 3SB2 A; 1KQ1 A; 4C8Q B; 4M78 D; 4C92 D; 4EMK C; 3JB9 G; 5LJ5 d; 2FB7 A; 2DTO A; 3BY7 A; 4M7D E; 4PJO B; 5GAN h; 4J6W A; 5GAM f; 5LJ3 f; 3QSU A; 5GAN j; 3M4G A; 4M78 B; 4C92 B; 4M75 F; 3PGG A; 4M7D A; 1I8F A; 2VXF A; 3EFS A; 1BIB A; 5LJ5 j; 5LJ5 g; 4M7A F; 4HA8 A; 4HT8 A; 5GAN 2; 1X01 A; 4F7U A; 2DTI A; 2JN0 A; 1JBM A; 4M77 E; 4MMK A; 2E1H A; 2HNI A; 4RCC A; 5DY9 A; 4NL3 A; 4M75 C; 4M77 A; 4Y91 A; 5GAN 7; 1LJO A; 4XU2 A; 3QO3 A; 4M7A C; 4XTX A; 3GIB A; 2E10 A; 2ZGW A; 3JCM V; 3JCM d; 2FYK A; 3AHU A; 4JUV A; 5GMK i; 3L1A A; 1N9S A; 4N0A C; 4C8Q F; 3JCM Q; 2DTH A; 4M75 G; 4XTV A; 3JCM X; 3JCM P; 3HFO A; 3FJP A; 1WQW A; 4PJO F; 3VU3 C; 2QTX A; 4RCB A; 1BIA A; 5GAN e; 4NOY A; 4EMK A; 5GAN 6; 5GMK j; 4M7A G; 3QUI A; 3JCM g; 4C92 F; 1WPY A; 3QHS A; 4M78 F; 3JCM b; 4PNO A; 2YLB A; 5GAN 3; 2I2L A; 1LOJ A; 4F7U E; 5LJ5 h; 5GAN 5; 4C8Q C; 4MML A; 4M7D D; 4XTU A; 5GAN 4; 4X9D A; 5GAO r; 2EJ9 A; 2DZ9 A; 5LJ3 d; 3RIR A; 1N9R A; 5GAM d; 1WNL A; 5GAN f; 4PJO C; 4XQ3 A; 2DXU A; 3JCM W; 4V2S A; 4M7D B; 3L2Z A; 4A54 A; 4M78 C; 4C92 C; 4XU3 A; 4DQ2 A; 3RES A; 4M75 E; 5LJ5 f; 3SWN B; 3JB9 J; 1LNX A; 2DXT A; 4C8Q G; 4M77 D; 1U1S A; 4M7A E; 5GAM g; 4JLI A; 5LJ3 g; 4M75 A; 4PJO G; 2Y90 A; 3RKY A; 3RKW A; 2K57 A; 2DJZ A; 4EMG A; 3RKX A; 2CGH A; 5GAO q; 4X9C A; 3JB9 D; 3BDU A; 4M78 G; 4M77 B; 4C92 G; 4M7A A; 1B34 A; 1I81 A; 1Y96 A; 4XTW A; 4HT9 A; 5GMK h; 4N0A A; 3JCM h; 2DEQ A; 2RB6 A; 2DVE A; 3BFM A; 2VC8 A; 4XU1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YHT A; 1YIT A; 3NFC A; 1FWZ A; 3RBB B; 3J81 E; 2RJD A; 1B07 A; 5CK9 A; 5CO7 A; 4E7S A; 1R0C B; 3QZ9 B; 1H64 1; 3LH0 A; 3OMC A; 5LJ3 h; 4YTL A; 1QVF A; 2WSC E; 1E6G A; 1OOT A; 2E41 A; 2CZ7 B; 4TVR A; 3OYC A; 1YJ9 A; 3I55 Q; 2JXB A; 2IG0 A; 5GMK e; 5A0L A; 1QP2 A; 3SWN A; 4ZGE B; 2A08 A; 4J6X A; 2OTJ A; 5FWC A; 1N27 A; 1OZ3 A; 3CCR T; 4F7U G; 1FMV A; 2O31 A; 1QKW A; 5CQY A; 1SSH A; 5KYW A; 4J9C A; 2EYW A; 1KJW A; 4D8D A; 3OMG A; 2HEQ A; 2DTO A; 4C0D B; 3A8G B; 4BUG A; 1W6X A; 2MMP A; 5J39 A; 1W70 A; 5GAN h; 3WXM B; 1AWW A; 3ME9 A; 1D0Y A; 3M4G A; 1YCS B; 4M7D A; 1I8F A; 1MUZ A; 1D1C A; 3EG9 B; 2DTI A; 5FRN A; 4NL3 A; 3UF4 A; 4M77 A; 2L3P A; 1XTD A; 4AMC A; 4IUQ A; 2HQE A; 1X43 A; 4ME7 A; 2HDA A; 4LDV A; 1VQO A; 3G71 A; 2DL8 A; 1M3C A; 3MP8 A; 4F14 A; 3QBY A; 2KSS A; 5GAO r; 1JXM A; 2DZ9 A; 5GAM d; 1IO6 A; 2FRY A; 2MCN A; 2EW3 A; 4N4G A; 4V2S A; 1JXO A; 4C8Q G; 1Y57 A; 1M1K C; 1M9S A; 1UGR B; 1VQM T; 2DA9 A; 2AK5 A; 4X9C A; 2VVK A; 1Y7X A; 3BDU A; 4M78 G; 5CIU A; 3WVE B; 2LX7 A; 2JT4 A; 1A0N B; 2BIV A; 3MEU A; 2HL3 A; 2VC8 A; 3EG3 A; 3CCE Q; 3CCS T; 1B7T A; 5D6X A; 3AT1 B; 4BE0 A; 2X4J A; 5DLQ E; 1JEG A; 3A8M B; 1GCP A; 3O8V A; 2X3W D; 5CKD A; 1W1F A; 2ZPF B; 2QAS A; 2F5T X; 3JCM e; 1M2V A; 4JRK A; 1YJW T; 2DKG A; 3E19 A; 3OYD A; 2KR3 A; 1RUW A; 2PU9 B; 2XI9 A; 2KT1 A; 1I4K 1; 2ZPI B; 1YCY A; 2JW4 A; 3X28 B; 1B3Q A; 2O88 A; 1AEY A; 2RI2 A; 2RQT A; 3IQL A; 2LJ0 A; 2D6F A; 2O9S A; 3CCL T; 1D09 B; 3G6E A; 3NMZ C; 3CBM A; 3G4S Q; 1TUD A; 3EAE A; 5DM7 R; 2LMJ A; 3LWH A; 2RHU A; 4J9F A; 1SSF A; 4HCC A; 3VUB A; 5LJ5 g; 3HKS A; 1F1B B; 1YIT T; 4F7U A; 3RR6 A; 4ORZ A; 3H0H A; 1VQK A; 2DEU A; 3JCM V; 1N9S A; 3ZL7 C; 2J6K A; 2YXY A; 3JCM P; 2QTX A; 5GMK j; 1WPY A; 4CI0 C; 1QCO A; 3I56 Q; 1M1K U; 2VAS A; 1WHG A; 3LLR A; 3QKJ A; 4IUV A; 4RG2 A; 3CME A; 2DL3 A; 1OZ2 A; 3J80 E; 4HXJ A; 4EMG A; 3JB9 D; 3DLM A; 3QWX X; 1LVK A; 1BI0 A; 4HT9 A; 1QCN A; 2XG8 D; 4MZM A; 4XU0 A; 2X3X D; 3FJ5 A; 4KUL A; 4QQD A; 4C8Q A; 2DD4 A; 3L42 A; 2JNG A; 3EHQ A; 4FYW B; 3CCV A; 1BYM A; 2D9T A; 4M78 A; 2B86 A; 1ZA1 B; 2CZ1 B; 2XDD A; 1HYO A; 1K9M C; 4DOV A; 1NPR A; 2EQJ A; 1YFN A; 1AZE A; 2DAQ A; 1IHW A; 1I5L A; 1VQL Q; 1JRI A; 5HK3 A; 2K2M A; 5I2M A; 1QLY A; 1YWP A; 2R57 A; 5GAM e; 4PJO D; 3BE3 A; 4RTX A; 2FZC B; 1VQ7 Q; 3OYF A; 3BY7 A; 2YWW A; 1VQ6 T; 2JUF A; 2DRK A; 1BIB A; 2EIF A; 2EBP A; 4HA8 A; 1JJ2 P; 2A36 A; 4RKU E; 2MPX C; 3M54 A; 4A4G A; 1KFZ A; 3VS4 A; 1HJD A; 2ATC B; 3QO3 A; 3CCM A; 4FYV B; 2V1R A; 2KRN A; 3AHU A; 3LX7 A; 3EGU A; 1ZQ1 A; 1M4Z A; 1M2O A; 4LN2 A; 2MYS A; 1OEB A; 4BI8 B; 4HKE A; 4F7U E; 1UGP B; 2COZ A; 5LJ5 h; 4XTU A; 4ZN1 A; 4L59 A; 1M30 A; 2EJ9 A; 4OB2 B; 5LJ3 d; 2QI2 A; 4PJO C; 3QXE B; 1HD3 A; 4HVW A; 3SWN B; 2BZ8 A; 1YIJ T; 2LQ8 A; 4LXC A; 4X1V A; 1D0Z A; 1GFD A; 2CP2 A; 4Y92 A; 3CPW S; 1RI9 A; 1S72 Q; 3VS0 A; 2KRM A; 4FL6 A; 1SHF A; 2M9U A; 5CAI A; 2RQR A; 3JB9 I; 1EX4 A; 1G3W A; 1PKS A; 4FT2 A; 1X6O A; 1YJ9 Q; 3V8J A; 2NUP A; 4A4E A; 1K9M U; 4R55 A; 3NHN A; 2W0Z A; 3OYY A; 5IHI A; 5GAN d; 1VQ5 A; 1G8X A; 1VQK T; 3Q1J A; 2OTJ Q; 4EIK A; 3RUX A; 1N5Z A; 4JS5 A; 3EG9 A; 2XDB A; 3M4Y A; 5KYY B; 1Q86 R; 2QTV A; 1HK9 A; 3TCJ A; 1QWE A; 1Y71 A; 1JO8 A; 3E9F A; 2YT6 A; 1B34 B; 2HZY A; 1Z9Q A; 4C0G A; 3MKD A; 1Y07 A; 1UGQ B; 2BTT A; 2E5Q A; 4AT1 B; 3EGD B; 3EG0 A; 2L3S A; 1BI2 A; 3CCQ A; 3JV3 A; 3CCE A; 4J7I A; 3SB2 A; 3CQT A; 4FIB A; 4BAC A; 2DYB A; 2VV5 A; 1RAE B; 2LNH B; 2YUN A; 2L3R A; 4JRP A; 2CRE A; 3QPH A; 3OS5 A; 1KG1 A; 1JBM A; 3ER0 A; 1X6G A; 1K0S A; 2HNI A; 2L2P A; 2HKQ B; 2Y4X A; 1VQO Q; 3G71 Q; 4XU2 A; 5FWB A; 1QVG S; 4Z8A A; 1VQ4 T; 2MIO A; 1JJ2 A; 2ZGW A; 2NYS A; 2K79 A; 5KYN A; 3CCV T; 2KY9 A; 3FC3 A; 4OB0 B; 1WQW A; 1PSE A; 5FRO A; 2LVM A; 3JCM b; 3CMA T; 4L6V 5; 2ZZD A; 2ECZ A; 1UTI A; 2G3R A; 2K7A A; 2ROL A; 1QVP A; 1UE9 A; 2AZS A; 3LW5 E; 5GJV B; 3ZBD A; 2EQM A; 1WHJ A; 4JLI A; 4LD9 K; 5AT1 B; 2Y90 A; 2RI5 A; 5GAO q; 4RG8 A; 1KIK A; 1SKU B; 1M1G A; 3P8B B; 2LTO A; 2RQU A; 2DD5 A; 2GQV A; 1GBQ A; 4A4F A; 1KHI A; 2H3E B; 1OX9 A; 3FDR A; 1UJ0 A; 4WTO B; 3REA B; 3ZEH A; 2CP6 A; 4RTU A; 2W10 A; 2M1H A; 2RMO A; 4F16 A; 4OMF B; 1HSQ A; 5GAO l; 2ED0 A; 2HCK A; 4KGV B; 2EWN A; 3I55 T; 1Q82 C; 3N5B B; 1YP5 A; 2RD1 A; 2KEA A; 4NL2 A; 4F7U B; 4JS4 A; 3RDV A; 2NUT B; 5L23 A; 1UB4 A; 5DLO A; 2YLC A; 3FRN A; 1MMG A; 4GBQ A; 1CKA A; 3GBQ A; 5KYX B; 4RTW A; 3DKM A; 3G6E Q; 1PCX A; 4Z02 A; 1JU5 C; 2F2X A; 2LT4 A; 3CBO A; 1KC8 C; 1UGS B; 1EFN A; 1WFW A; 5A0D A; 4D6W A; 2PVD B; 5FW9 A; 5LJ3 e; 2HMA A; 9ATC B; 2LP5 A; 1OYX A; 4KGZ B; 1FX7 A; 2MK5 A; 2BZX A; 2DO3 A; 1UGV A; 3A1P A; 3S3M A; 3KBG A; 2CSI A; 1IRE B; 3EFS A; 2DIL A; 2FO0 A; 3LWI A; 1N8R C; 2K5I A; 2VGM A; 2AHJ B; 3TRE A; 4DBF A; 3H9N A; 1T0J A; 3QII A; 4F04 B; 2EKO A; 3GPL A; 3L1A A; 3EGX A; 5D7U A; 4AG1 C; 1QQJ A; 2LQK A; 3FJP A; 3CME Q; 5GAN e; 3OYI A; 3QUI A; 2LZ6 B; 4LUE A; 2L0A A; 3CCJ A; 1K0X A; 1GL5 A; 4B6M A; 2C0T A; 2KQW A; 4C5G A; 4Z88 A; 4FSS A; 3JB9 J; 2A3L A; 3OQ5 A; 2EYY A; 3OYN A; 5FLX E; 2XDP A; 2K57 A; 3CCE T; 1I81 A; 3RMS A; 2D8H A; 5GMK l; 3GIB A; 2PUO B; 1Q82 U; 3RNJ A; 3V8K A; 2X4Y A; 1U1T A; 3OSV A; 4OVA A; 4PJO E; 2X51 A; 2K5L A; 3JCM c; 1JJ2 S; 3HL8 A; 2ZPG B; 5L8R E; 1JB0 E; 3M53 A; 4JRI A; 2WAC A; 5HKC A; 4A53 A; 4GLM A; 1KC8 U; 4OP0 A; 5I2S A; 1PKT A; 2PUK B; 1MND A; 2LNV A; 3M56 A; 4WF2 A; 4J9B A; 4FW1 A; 1K73 C; 3CC7 A; 2JM8 A; 1G83 A; 1M1K R; 1RAI B; 1SPK A; 1G3S A; 3G4S T; 1S72 A; 3PIO A; 3I9Q A; 2GCX A; 3A5Z B; 2CUD A; 3L2W A; 3H0F A; 1N8R U; 2HKN A; 2R5M A; 4C92 D; 2D1X A; 5LJ5 d; 2NUZ A; 3REB B; 3OYG A; 4PFO A; 4QQG A; 3TSW A; 1NEB A; 3CCM Q; 3UA6 A; 1TU0 B; 5CQX A; 2L5Q A; 2DBK A; 3LGF A; 1VQ8 Q; 2VUB A; 2K9G A; 3E1S A; 4HVV A; 3I56 T; 5ECA A; 4N0A C; 3JCM Q; 4GY5 A; 3JCM X; 2NUP B; 2RJF A; 2OTL T; 4RCB A; 1BIA A; 2GGR A; 4NOY A; 1PM3 A; 2EYX A; 2K2V A; 4PNO A; 3QYH B; 4C5E A; 2CP3 A; 1WYX A; 1OUL A; 2L3Q A; 4XAX B; 3P8H A; 4C92 C; 2YUQ A; 1GCQ C; 2LQW A; 5KYY A; 5HY6 A; 3OYK A; 2EQK A; 2GTO A; 1NYG A; 3RKW A; 3T9N A; 1B34 A; 4PJM A; 2XIC A; 3LH5 A; 2CH4 W; 2QEX A; 2QA4 A; 3EGD A; 1W2B S; 1VQ5 Q; 1GXI E; 3V7C A; 4QW2 A; 2DZC A; 1NLP C; 2KI7 A; 2DMO A; 2JTM A; 3I5S A; 3GF5 A; 3M9Q A; 3O5Z A; 5GAO m; 3TQ7 P; 3LYI A; 1AHJ B; 3HTR A; 1K73 U; 1K8A C; 1RAC B; 4QVD A; 2EPD A; 1BI1 A; 1NYF A; 3HP9 A; 1VQL T; 1WA7 A; 2DE0 X; 1U06 A; 1VIF A; 3X26 B; 4FM4 B; 3JB9 F; 4PJL A; 1E7O A; 1RAG B; 1RLQ C; 3QJ6 A; 2IPO B; 2KBT A; 3UA7 A; 3CCQ Q; 4IUU A; 5IN1 A; 2E6Z A; 2XID A; 1VQ7 T; 1PD0 A; 1TTH B; 1X2Q A; 2VXE A; 4CC4 B; 2JS0 A; 2XKO C; 3JB9 H; 3NPF A; 4RTV A; 2EAY A; 3SDZ A; 4EMK C; 1Q81 C; 4QKU A; 4J9I A; 2HSP A; 4PJO B; 3UT1 A; 3M57 A; 4ELY C; 3CPF A; 1VIE A; 1G2B A; 3OYH A; 1YI2 Q; 2FRW A; 4J83 A; 2RI3 A; 2DXC A; 4DBR A; 4RUG A; 3EFO A; 2M02 A; 1LJO A; 3CCU A; 2BE7 D; 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