The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
PVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
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| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
11
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| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| q | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WPY A; 3QO3 A; 4XTZ A; 4M7A B; 3SWN C; 3V7C A; 4NOY A; 1H64 1; 4M78 E; 2CGH A; 1BIB A; 4V2S A; 4M7A E; 4PJO F; 4M78 D; 5LJ5 e; 4XU0 A; 3SB2 A; 1N9S A; 2DXU A; 3JB9 H; 5LJ5 g; 3JCM b; 4M78 G; 5GAN 2; 2DVE A; 5GAN j; 2Y90 A; 5LJ5 f; 4M7A D; 5GAO n; 4M7A G; 1WQ7 A; 1LNX A; 3RKX A; 3BY7 A; 3FIF A; 4EMG A; 5I21 A; 5GAO l; 1U1S A; 5GAM j; 3V8L A; 4XTX A; 4XTW A; 5LJ3 f; 4C92 F; 1TH7 A; 4XTY A; 4PJO D; 1B34 A; 2YLB A; 3HFO A; 4M77 C; 2DZ9 A; 2RA2 A; 4HA8 A; 2DTI A; 1B34 B; 4M78 A; 4PJO G; 1I8F A; 3L2Z A; 4M7A A; 1HK9 A; 4A54 A; 1M8V A; 5GAN 8; 4MML A; 1M5Q 1; 4NL2 A; 3JCM V; 5DY9 A; 4MMK A; 4C8Q C; 1KQ2 A; 1N9R A; 4M75 F; 4RCB A; 2E64 A; 3RES A; 4M7D C; 4XU2 A; 4X9C A; 1HXD A; 2DEQ A; 2DTO A; 2YLC A; 4PJO A; 4JUV A; 2DXT A; 3JB9 I; 3EFR A; 5LJ5 j; 4PJO B; 1LJO A; 4XTU A; 4M75 E; 4M77 F; 4XTV A; 2EJF A; 4PJO E; 4Y91 A; 1MGQ A; 4JRK A; 4M75 D; 4J6Y A; 2QTX A; 5GMK i; 3RUX A; 5GAN g; 4M75 G; 3RER A; 5LJ3 j; 4XU3 A; 2E1H A; 3V8J A; 4M78 C; 4C8Q F; 4C92 A; 4F7U F; 3V8K A; 3PGG A; 4C92 B; 2DZC A; 4A53 A; 4M7D F; 4M7A C; 5GAM g; 3SWN B; 5GMK h; 5GMK m; 4N0A A; 4C92 E; 4PNO A; 5GAN 3; 1D3B A; 3AHU A; 4C92 C; 3JCM h; 1D3B B; 4M75 A; 3M4G A; 4C92 D; 4F7U E; 4WF2 A; 4J6X A; 2K57 A; 3V7R A; 4DQ2 A; 4C92 G; 3JB9 F; 4M75 B; 3EFS A; 5GAO r; 2FYK A; 1I81 A; 2DKG A; 5GAN h; 3HFN A; 4F7U G; 2VXF A; 2RD1 A; 3JCM d; 3BDU A; 3JCM g; 4NL3 A; 4EMK A; 4M78 F; 4HT8 A; 3HSB A; 1Y96 A; 1I5L A; 4QVD A; 5GMK e; 4EMK B; 4M7A F; 1JBM A; 2E65 A; 4M77 A; 5GAN d; 1Y96 B; 4QVC A; 3BW1 A; 5GAM h; 5CAI A; 4M77 B; 1BIA A; 4RCC A; 5GMK l; 3JCM e; 4X9D A; 2VC8 A; 3RKY A; 3JCM J; 3JB9 D; 1KQ1 A; 3RIR A; 2EJ9 A; 3JB9 G; 2EAY A; 2EJG A; 3SWN A; 1LOJ A; 3JCM f; 4M77 E; 4C8Q A; 4JLI A; 2RB6 A; 4F7U A; 1WQW A; 5GAM d; 1WNL A; 5GAN e; 4C8Q B; 1X01 A; 4N0A C; 4M7D A; 4F7U B; 5LJ3 d; 2VXE A; 4M77 D; 4J5Y A; 5LJ3 g; 3INZ A; 4EMH A; 5GAN f; 4HT9 A; 4M7D B; 2DJZ A; 4M77 G; 3JCM Q; 4C8Q E; 4M75 C; 5GAN 7; 4JRI A; 5GAN 4; 3JCM P; 2YHT A; 3L1A A; 2JN0 A; 5GAM e; 2EWN A; 3GIB A; 4M7D E; 4PJO C; 5GAN 5; 3JCM W; 4C8Q D; 3JCM c; 2E41 A; 1U1T A; 5GAM f; 5LJ3 e; 2FB7 A; 3QUI A; 4C8Q G; 3JCM X; 4XU1 A; 3RKW A; 5LJ5 h; 4M7D D; 4EMK C; 3FB9 A; 3VU3 C; 5GAO q; 5GAO m; 4M7D G; 3BFM A; 2E10 A; 3V7S A; 3FJP A; 3QHS A; 2ZGW A; 4OP0 A; 1I4K 1; 1JRI A; 2I2L A; 5GAN 6; 3JB9 J; 3QSU A; 2HNI A; 5LJ5 d; 4M78 B; 5GMK j; 5GAO p; 2DTH A; 2RM4 A; 4XQ3 A; 1YCY A; 5LJ3 h; 4J6W A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZSZ B; 4AG2 C; 2QQR A; 1Q7Y C; 2DRK A; 4XU0 A; 3JCM b; 2L3S A; 3PE0 A; 1S72 T; 2QDL A; 3OA6 A; 3BY7 A; 2LJ1 A; 1AWW A; 2OTL A; 2FL7 A; 1OU8 A; 2JM9 A; 4ANJ A; 1X6B A; 3CMA Q; 2LQ8 A; 3NTI A; 1BBZ A; 1WZO A; 5FLX E; 4E7Z A; 2P0P A; 1KQS A; 1KQ2 A; 1Q86 U; 2BE7 D; 3CPW A; 4BDZ A; 2ENM A; 2K5L A; 4HXJ A; 1UEB A; 3EFR A; 2RI2 A; 3NTH A; 1YIT A; 4MZP A; 3PNW C; 2MWP A; 2QTX A; 2P4R A; 2XMF A; 2E70 A; 2EVR A; 1MHN A; 3U23 A; 1VQ7 T; 2DL7 A; 4C5E A; 3PMI A; 5CKB A; 1SSH A; 4OGC A; 3H9N A; 2FHD A; 3MP1 A; 2LRQ A; 3QYH B; 5C0M A; 4R56 A; 2KQW A; 4F7U G; 2VXF A; 4JRP A; 2X9H A; 3N5B B; 3VS5 A; 2B86 A; 3QXE B; 3M56 A; 1M3A A; 3OYY A; 2ROT A; 2HQH A; 2DEU A; 4F7U B; 5LJ3 d; 2VXE A; 4BY6 C; 4HT9 A; 1U5S A; 2BZX A; 1WDX A; 2O88 A; 1YBY A; 2DL4 A; 2JOY A; 1PWT A; 4MZM A; 2Y4Y A; 1PRM C; 1PSE A; 1AD5 A; 1NJI R; 3BFM A; 3J81 E; 1YI2 A; 2GGR A; 4EPC A; 1WHJ A; 3GPL A; 3CCU T; 1YHQ T; 3X20 B; 1OUL A; 1E6H A; 4RTV A; 1V76 A; 3V7C A; 1KC8 R; 1UTI A; 4NOY A; 3QZ9 B; 2QXF A; 2DO3 A; 2RHX A; 1CKA A; 2DVE A; 1W2B A; 1AT1 B; 5IHN A; 4M7A G; 4JS4 A; 1PRL C; 4J9C A; 2KAF A; 1M8M A; 3FIF A; 1UGV A; 2NUT A; 7AT1 B; 2ZPG B; 2ECZ A; 3OYK A; 3PFS A; 5FU7 C; 4LDW A; 5CKE A; 1N8R C; 1D1B A; 2LNV A; 3OYM A; 1T3L A; 3CCQ A; 3URG A; 4MMK A; 5KYY B; 3EGD B; 3NHN A; 4LDU A; 3CC7 Q; 1IZ6 A; 1K73 C; 2D8H A; 2PU9 B; 3CQT A; 3PTA A; 3I56 T; 4D8K A; 5IAY A; 3GLX A; 3CC4 Q; 2CP7 A; 2EJF A; 3CME A; 4X1V A; 4C8Q F; 2K2V A; 2E4H A; 4BE2 A; 4C92 B; 1LPL A; 5FU6 C; 3SWN B; 2K3B A; 1D0Z A; 2LQN A; 2RH2 A; 2CDT A; 2EBP A; 2PVD B; 1K9M R; 2J7I A; 1TTH B; 2VGN A; 1M1K U; 2XDP A; 2FYK A; 2DPP B; 3UWN A; 4HCZ A; 3O8V A; 4DBR A; 2EGE A; 1FMW A; 2JVV A; 3BDU A; 3HSB A; 1FMK A; 1KQS P; 2PQW A; 3UA7 A; 4M77 B; 4Z02 A; 3JCM J; 2ZAE A; 2DX1 A; 3CPW P; 1T0H A; 1AOJ A; 1NYF A; 2LCL A; 4J5Y A; 3EG9 B; 1H92 A; 1UGQ B; 2HCK A; 4JLG A; 1GBQ A; 3JCM Q; 2QQS A; 5HCK A; 1T0J A; 3FC3 A; 4P5N A; 2KR3 A; 2YRV A; 1UE9 A; 5I2S A; 5GAO q; 4KBM B; 4OMM A; 4A63 B; 1IHW A; 1GXI E; 5HY6 A; 1W6X A; 4M78 B; 3CCL A; 3KFV A; 4K11 A; 3VS4 A; 3REB B; 1KJW A; 1PHT A; 4RTT A; 4V2S A; 3L2U A; 1RI0 A; 1PD1 A; 2I0N A; 3A1P A; 3G6E T; 1G5V A; 3ER0 A; 1JEG A; 3SHW A; 2J6F A; 2HDA A; 2RJE A; 2RO0 A; 5GAM j; 3CCS Q; 1XTD A; 3P8B B; 2H8H A; 2KRM A; 3C0C A; 3EHR A; 3OMC A; 1FX7 A; 4XTY A; 4HCB A; 4XAX B; 3I5S A; 2EYZ A; 3H0I A; 1H3H A; 4ZGJ B; 4OML A; 1NLP C; 4ZTF A; 2KE9 A; 1TUD A; 2GCX A; 4M75 F; 1M2O A; 4XU2 A; 3A8L B; 3ZEH A; 1HXD A; 2FEI A; 1EIF A; 2DTO A; 5I22 A; 2DYI A; 1A0N B; 3CCQ T; 3OYN A; 1LCK A; 2M0Y A; 2NUZ A; 3M9Q A; 3RER A; 5LJ3 j; 4ATO A; 3V8J A; 2KVQ G; 1ZSZ C; 2DZC A; 4FYV B; 1W2B P; 2M16 A; 1BK2 A; 4LUD A; 3HKS A; 2GQI A; 1IXD A; 3M4G A; 5IH2 A; 1K76 A; 4NS5 A; 1WGS A; 2JXB A; 1WI7 A; 3QPH A; 1HYO A; 1NG2 A; 2AHJ B; 4E7S A; 1ZUY A; 2W10 A; 1QMC A; 4KUI A; 4QVC A; 1VQN Q; 2L3R A; 3EG0 A; 4RG8 A; 3G71 A; 1BIA A; 3L2V A; 1KQ1 A; 1M27 C; 2P0Q A; 1RAE B; 3M53 A; 4RTZ A; 1VQ4 Q; 3H0F A; 5GAN 4; 2OAU A; 3ASK A; 1NZ9 A; 4OMO A; 3PT9 A; 2E5K A; 5GAN 5; 2VB6 A; 4C8Q D; 3THK A; 5LJ3 e; 2FPD A; 3UF4 A; 2P0K A; 2XHC A; 1K9A A; 3FB9 A; 1GCP A; 5GAO m; 2KNB B; 1YIJ Q; 2E12 A; 2V8J A; 3SDZ A; 3WXM B; 1SRM A; 4AFQ C; 2DIL A; 1AWJ A; 1MMD A; 1H64 1; 4HVW A; 2V1R A; 2LCC A; 2LVM A; 5FW9 A; 2JS0 A; 1YP5 A; 8AT1 B; 4LN2 A; 5GAN j; 3CC7 A; 2MI6 A; 1TH7 A; 3CMA T; 3OYG A; 1B34 A; 1JXO A; 3M0Q A; 4PJO G; 3CBM A; 3CC4 A; 2RK2 A; 3CCJ T; 1IRE B; 1IHV A; 2QI2 A; 2RHI A; 2CT4 A; 1PC0 A; 2HMA A; 2DXT A; 2XU8 A; 2DVJ A; 4PL6 A; 4PJO B; 2YXY A; 1YJN Q; 1KHI A; 2LJ3 A; 2RJF A; 3I55 A; 3VV0 A; 2ZPI B; 1VIE A; 4EIK A; 1QCO A; 2EKO A; 1AZG B; 1UGS B; 1R0B G; 4IIM A; 3M57 A; 2LNH B; 3CCM Q; 3TVT A; 2G6F X; 2HQX A; 2DM1 A; 4L6V 5; 1KD1 C; 3S3O A; 4BY6 B; 4CC4 B; 4WF2 A; 4RMO A; 3EG3 A; 4OF1 A; 3JCM d; 3QBY A; 2EYX A; 4LUE A; 2ZCF B; 2E65 A; 5GJW B; 2QAS A; 4DEY A; 2ZZD A; 2CSI A; 3MHX A; 1VYT A; 2VC8 A; 3CC2 Q; 3NMZ C; 3HP9 A; 2D9T A; 3A8O B; 1WQW A; 5KYU A; 4UC4 A; 2QQB A; 2O4X B; 4M7D B; 2JNG A; 3CCE Q; 2V8I A; 1UB4 A; 4JZ3 A; 1G3W A; 3JCM W; 2E41 A; 1XQH A; 2JTM A; 5CQX A; 2KXC A; 3FJP A; 1M30 A; 3VS2 A; 2G3R A; 5GMK j; 2DTH A; 5FU7 B; 5GAN 3; 4C92 C; 3M4Y A; 2FZC B; 3QO3 A; 3CCS A; 3SWN C; 1Q86 C; 5CCA A; 1KIK A; 3X24 B; 1QVP A; 3OYD A; 2SEM A; 1BCM A; 1TUG B; 3TCJ A; 4IIO A; 1G2B A; 3CD6 T; 2QA4 A; 2D0N A; 3CXC P; 2MF2 A; 2CP2 A; 1PCX A; 3ZFJ A; 4M77 C; 4J9H A; 2RHZ A; 1M8V A; 1HK9 A; 3QKJ A; 4RTY A; 3H41 A; 1Q7Y R; 1QWF A; 1NEB A; 3QZ5 B; 1YI2 Q; 3PVL A; 3TRE A; 2V26 A; 1BKB A; 5CKF A; 3NPF A; 3VS0 A; 4HCC A; 1GCQ A; 4QQ6 A; 5IXB A; 3OMG A; 2M9U A; 3X28 B; 4M78 C; 2LJ0 A; 2KBT A; 3V8K A; 1E7O A; 1TUC A; 5HKC A; 2VVK A; 1N6A A; 2MK5 A; 4C92 E; 1UGP B; 3WVD B; 4DQ2 A; 2K57 A; 2PZ1 A; 2ATC B; 4FT2 A; 4BUG A; 5CR2 A; 1VQ4 A; 1Y57 A; 2M51 A; 2CYZ B; 1I5L A; 1Z9Z A; 2FVU A; 2RNA A; 1W70 A; 4KGV B; 2JJ9 A; 2QGG A; 5GMK l; 3RIR A; 1O75 A; 3OSV A; 1Y71 A; 1LOJ A; 4M77 E; 4JLI A; 2JT4 A; 3RNJ A; 1WXT A; 2KRN A; 1YIJ A; 1ZUK A; 1OU9 A; 2CZ0 B; 2HL5 C; 3OYJ A; 4M75 C; 5GAN 7; 1I5O B; 3E9F A; 2DFU A; 3CCV Q; 3CME Q; 3QYG B; 3GIB A; 2KK4 A; 1U1T A; 4OMP A; 2R58 A; 4EMK C; 4KGX B; 3VU3 C; 1K0S A; 2OJ2 A; 5GAN 6; 3JB9 J; 3VS7 A; 3C94 A; 3M54 A; 5LJ5 g; 4M78 E; 2CGH A; 4J83 A; 2LDM A; 4QKU A; 2R5M A; 3M0T A; 2DRM A; 1NM7 A; 3LH5 A; 2RPN A; 4FYW B; 1N27 A; 5GAO n; 2CZ6 B; 3LLR A; 2HSP A; 4E7I A; 4WTO B; 5GAO l; 2QDY B; 1K8A R; 1UHC A; 1Q82 R; 4J7I A; 3L2W A; 1QVG S; 2LZ6 B; 1EZZ B; 2QG9 B; 4A54 A; 5GAN 8; 5AYF A; 2HZY A; 3UPU A; 4C0F A; 2CRE A; 3JCM V; 1ZBJ A; 1M1K C; 4R0K A; 5IXF A; 2DL3 A; 1P92 A; 3CCM A; 4AMC A; 1VQO Q; 3OYE A; 3QDR B; 4M75 E; 1E6G A; 2MWO A; 1X2K A; 3CCL Q; 1B3Q A; 2L8D A; 1YJ9 A; 1YJW T; 2JS2 A; 5KYW A; 3CCR Q; 1XNI A; 2NUP B; 2X35 A; 2PTK A; 2YUN A; 3HL8 A; 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1TS9 A; 5KYU B; 1CSK A; 2OTL T; 3QII A; 3OY9 A; 3MEV A; 3JCM h; 1EX4 A; 3MP6 A; 4C92 G; 5GAO r; 1BU1 A; 4M7A F; 3CCV A; 5GAN d; 2A0F B; 3MO8 A; 3OYB A; 3CC2 T; 2EGC A; 1S1N A; 3DLM A; 3JCM f; 1YIT T; 3PMT A; 4C8Q B; 4A4E A; 1WLP B; 3CCE T; 4EMH A; 3GBQ A; 4M77 G; 4PFO A; 4ZN3 A; 3I55 Q; 5I2M A; 2YHT A; 5KYN A; 4M7D E; 4KT0 E; 4OMF B; 4PFP A; 3FEO A; 2E10 A; 4X34 A; 1SKU B; 3EFO A; 3GP8 A; 3G1J A; 1BI3 A; 1ABO A; 5GAO p; 5A2Q E; 1Q81 U; 4J6W A; 1TXQ A; 2L5Q A; 1R77 A; 1SHG A; 2M0O A; 4FYY B; 1D1C A; 1K4U S; 2DET A; 3FDR A; 4M78 G; 2KXD A; 4FIB A; 1M3B A; 3X25 B; 1NE8 A; 3RKX A; 5KCO A; 2BKD N; 2EQU A; 1ZBX A; 4II1 A; 2J6K A; 2X4J A; 1BYM A; 1GBR A; 2KRO A; 3HFO A; 2CH4 A; 1VQO A; 4HA8 A; 2RA2 A; 3LGL A; 3CEY A; 2QQ9 A; 1VQ6 Q; 6AT1 B; 1N5Z A; 1O9S A; 3CCR A; 1PKT A; 3M58 A; 1JJ2 S; 4Z88 A; 1YI2 T; 2CUB A; 1SHF A; 2HBP A; 1SPK A; 2C0T A; 2CP5 A; 5LJ5 j; 2PUO B; 1UGR B; 4XTU A; 5IHK A; 3NFC A; 4M75 G; 2BE9 B; 1BB9 A; 3ZBD A; 4IUU A; 1M2V B; 4TVR A; 1M90 R; 1IO6 A; 2CP6 A; 2NYS A; 1VQ8 A; 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