5GAPD

Body region of the u4/u6.u5 tri-snrnp
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
ASVLLPQLRTGWHVDQAIVTETKRLVVIRFGRKNDRQCMIMDELLSSIAERVRNFAVIYLCDIDEVSDFDEMYELTDPMTVMFFYHNKHMMCDFGTGNNNKLNFIVDDKQEMIDILETIFRGARKNKGLVVSPYDYNHKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
molecule keywords U4 snRNA, 5' region, nucleotides 1-67
total genus 36
structure length 140
sequence length 140
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5gapD00
4XS4A 1YJ6A 4EDZA 2BTOT 3DGQA 5JWRB 1TU7A 1TI1A 4KUNA 4BPYA 4OCEA 1BYEA 2VLVA 2YOIA 3GYKA 3H93A 4MK3A 5IOXA 4OCFA 2L6CA 3LQ7A 2A2RA 2ZCTA 4Q5QA 5DJLA 2HXKA 4F0CA 1GTAA 1A8LA 1G6YA 4J2FA 3D22A 2JZTA 1EP7A 5ECNB 3ZMKA 1JZWA 4HZ4A 4EO3A 2GGTA 1MEKA 4F82A 1O73A 2WCIA 1AQVA 1JZDA 18GSA 2R4VA 2DIYA 1SK0A 2JL4A 2VCWA 3I69A 3IOSA 1J08A 3MNGA 11GSA 5GSTA 3RHCA 4GF0A 1YKCA 1THXA 3F3QA 3GH6A 3QAVA 1GTIA 1F3BA 3GA4A 3KMOA 5CYYA 4HUAA 5DJMA 3UVHA 12GSA 2G2QA 4HJ2A 2YNXA 6GSUA 4RI7A 2CAIA 2MMOA 4WKWA 2ON5A 5ECRB 1IYHA 5D8IA 3HJPA 2LRCA 3IA1A 3FRCA 2RUFA 4TXOA 2MBTA 5DCHA 3TKPA 2GTUA 1ZOFA 2XPEA 2DSAA 1TRUA 4HQSA 3EURA 1K0NA 2H1AA 3HHVA 2BJXA 3UJ1A 1PL1A 3LXTA 3F4TA 5F0GA 3GX0A 2MMNA 4TXVA 4XHMA 4IW9A 3F4RA 1G6WA 2IMKA 4ZBDA 5F8BA 2G0FA 4MF5A 2TRXA 4KW6A 1TW9A 2WDUA 3ISOA 2LTKA 3ZFBA 2HRNA 4GLTA 4LA1A 3C7MA 3GKKA 4BWSA 4N30A 3RBTA 1TP9A 4MZWA 3DMLA 1QGVA 4H86A 1TRWA 1XOAA 1X0RA 2QSIA 4NXIA 3UAPA 3WGDA 3FZ4A 6GSTA 4F0BA 3O76A 3APSA 4MPGA 2V1MA 5IMZA 4I8BA 4HI7A 1S3CA 10GSA 2FA4A 3H1NA 1DE1A 2CX4A 1FG4A 1TJDA 1ZMAA 2GS3A 4HU7A 3W6GA 2H75A 5IO2A 3M3MA 5C00A 3F8UA 2R5GA 3LYKA 2DIZA 4WF5A 4QL9A 3DRNA 2DJ1A 1OYJA 1XPVA 3H4KA 1M2AA 3F63A 3ZLPA 4TR3A 2B5EA 2VL2C 3P90A 2NPBA 3QOUA 2NTOA 4BWQA 4MH2A 5DQSA 4DSRA 4GSTA 3O3TA 3EU3A 4KDYA 1FAAA 2DJ3A 5A4VA 1TU8A 4GSSA 1G7OA 4K6XA 2LJAA 1K0OA 2QC7A 3EYTA 4WETA 3PINA 1XXUA 5KN0A 3AY8A 2H1DA 5HFIA 2JSYA 2RUEA 4X1UA 4TR0A 3CSHA 4OO4A 2R2JA 4O92A 4IP6A 1EOGA 2C3QA 2JU5A 4PNGA 5E59A 3NIVA 1NHOA 3WGEA 3EMPA 2YCDA 3CSJA 4MJEA 1LJRA 3ZL5A 4JR6A 5J9CA 4YQVA 1ACVA 1A2LA 2YWNA 17GSA 4XRAA 3M1GA 1FB6A 3VPQA 2J9HA 3US3A 5GAPD 1Z7PA 1Z6MA 1GNEA 1PKZA 1EZKA 4NHWA 4BL7A 4K2DA 1AIUA 1MDJA 2GVPA 2VCZA 4TN8A 2V32A 3BBYA 2CZ2A 1XFLA 2LJKA 1BQ7A 13GSA 1JHBA 5FHIA 4F9ZA 1M0UA 1OAZA 3LG6A 1A0RP 3RPNA 3A2WA 1HD2A 2RM6A 4BVYA 1A24A 2ALBA 2C3TA 1EV4A 5A4UA 1H75A 3TB2A 2HI7A 2ON7A 3A2VA 2IPAA 2X8HA 3CTFA 3VWWA 5E4WA 3EC3A 3MDKA 2ZNMA 1SKWB 3GUSA 3IPZA 3SBCA 4Q5NA 1GRXA 2DLXA 4OFTA 2F8FA 3RAZA 2PU9C 1N8JA 2MBSA 2FWFA 2WULA 4AJ8A 1MTCA 2B3SA 1OC3A 5ECHB 3P7XA 3ZFLA 2JSZA 5DQYA 4OWYA 1GUMA 3ED3A 4ML6A 4ZL8A 4PX1A 3TKRA 3M8NA 4IS0A 5IIZA 3QFBC 3LSZA 3BCKA 3DYRA 2C0EA 4EE0A 3HZ8A 2LRNA 1XW9A 2LEGA 3BJ5A 3F4SA 4IVFA 1R26A 2DJKA 4MH3A 6GSSA 4G19A 3HDCA 2VM1A 3GX8A 4K9ZA 2P5QA 6GSVA 2XHFA 1XWAA 1A2MA 3IAM2 2WGRA 3C73A 2FUG2 2B5YA 2YZUA 4HZ2A 2V6OA 1K0AA 1K3YA 4PQHA 3IC4A 2C1YA 4GWRA 4PUAA 1EEMA 1SU9A 2VO4A 3UL3A 1E2YA 4IBPA 4KCEA 2YWIA 1SENA 1O6JA 2H74A 3CSIA 3M9KA 4HS1A 4MA9A 4QL7A 5JCGA 5ECKB 1XBSA 3HCZA 3CTGA 2ZUPA 1B4PA 3G7JA 3WGXA 5D9VA 1Z7RA 3FK8A 1M9BA 1Y6EA 4OMVA 3GH9A 3W8SA 3N9JA 3KP8A 3OR5A 3KEBA 3HA9A 1U3AA 5HR3A 1WRYA 3D6IA 3FYGA 3TJJA 1KTEA 22GSA 5G1KA 4E8HA 1EOHA 2CVKA 5H5RA 1GLPA 3RHBA 2LS5A 4EKZA 1OC8A 3KM6A 1GSUA 3HVVA 4ECJA 5CRWA 1JFUA 1Z9HA 1TI3A 3VWXA 1X9WB 5AIVA 5IMFA 3UARA 2DMMA 3U5RE 3DKSA 4WEYA 3MAKA 3CYNA 2H0GA 4YAPA 3ERWA 4TRXA 3TGZA 1TTZA 2GQMA 5F05A 5IPHA 3CBUA 2IFQB 2HFDA 1WIKA 3FR9A 1ZCPA 2O85A 3GL3A 3GSTA 1KNGA 1UC7A 1T8EB 1RK4A 3LYPA 2B5XA 2N5AA 4NAXA 2XPDA 5F07A 2H6YA 4RQRA 4HDEA 3ZYWA 5L71A 3GN3A 3H79A 2H8LA 1F3AA 4TVEA 2YWOA 2MMZA 4NV5A 4DEJA 2GSRA 3E3EA 1GH2A 1PKWA 2CX3A 2YPMA 1GTBA 4IJ3A 2CA8A 3A2XA 1V2AA 5ABRA 5F06A 2X8CA 1AXDA 1XVQA 2EC4A 3C8EA 2GQLA 1W4VA 1RQMA 4EDYA 2LNTA 1T4ZA 6GSWA 2HSYA 5ENUA 3TJKA 2D2ZA 4I97A 3C71A 1PMTA 3G7IA 5J5NA 1G0TA 3ERGA 3GMFA 5IM9A 2JACA 2KLXA 3F9UA 4ID0A 2GDRA 4MF6A 2TIRA 1R5PA 4ZXGA 4V1Ap 1FVJA 4IKHA 3PH9A 1ST9A 3BCIA 1FO5A 2LQOA 4BVXA 4WR4A 3M0FA 2XBIA 2B6MA 1B9YC 3TKSC 5IMDA 2FNOA 3KXOA 3WT2A 4K0NA 4IHUA 3UVTA 5AISA 1BEDA 4YH2A 2P31A 2O87A 1T3BA 1K0CA 2DMLA 5HQPA 2K6VA 3TOUA 2IMEA 3GKNA 4ZB8A 3WD6A 5KN1A 3LXZA 1GL8A 3FZ9A 5EY6A 2AHEA 2GSQA 2TRCP 5H5QA 1GSDA 1U3IA 8GSSA 1JLWA 4IQ1A 2WZ9A 3KIJA 4ECIA 4MABA 6GSXA 1AUCA 2IIYA 1BX9A 2OKAA 2VCTA 1AAZA 1V98A 3TUEA 2E2GA 3NOFA 3UIWA 2H71A 1CQGA 5DAKB 4ECBA 3LGCA 2OE0A 3DWVA 1F2EA 1V58A 2YV9A 4KAEA 4F03A 3ZITA 2P5RA 1FOVA 4ACSA 5COHA 5HR2A 3F6DA 1T4YA 1EP8A 3FZ5A 1M2DA 3FZAA 4XTSA 1YY7A 4PNFA 2N5BA 3RPPA 1UN2A 2FY6A 4POMA 4PQ1A 1GSEA 5G5EA 1J0FA 2L59A 2YN1A 5CRGA 2NBSA 3KP9A 5DALB 4KDUA 4CDOA 4EF0A 2YV7A 1K3LA 2L4CA 3DXBA 2R3XA 1HYUA 5G1LA 2GZZA 3GFKA 1B48A 1JLVA 4N11A 1I9DA 1URMA 4KA0A 1W89A 3EINA 3F3RA 3QR6A 2PERA 3V1WA 1XW6A 4FYUA 3TJGA 5C04A 2AYTA 2YJHA 4AJ6A 20GSA 4NMUA 2H1GA 3KH7A 1DUGA 5DALA 5CRDA 4JEDA 4MF7A 2I4AA 3Q18A 1ZYQB 2OE3A 1IYIA 4DSSB 4PGTA 2X8GA 4PXOA 2CT6A 1SD9A 2VL2A 4TR1B 1TRVA 2FLSA 3KMNA 2FHEA 4NHZA 4GQFA 4IN0A 1WP0A 3IHQA 1YKAA 1M2BA 4ZB9A 4CW9A 5ID2B 3FW2A 2QKEA 1VF1A 2OJLA 1QK8A 3APOA 1QUWA 3UEMA 2A2SA 2H70A 2DJ2A 3GIXA 1B4QA 5HFKA 4LLRA 3C1SA 2JADA 4DSSA 1FB0A 4TR1A 4ML1A 4YQUA 4J57E 1PX6A 19GSA 2PBJA 4D73B 2PPTA 5ID2A 1EGRA 3ME8A 3KTBA 3GHAA 3QAWA 2L5OA 1I5GA 2C8UA 1S3AA 3VWUA 4CHSA 9GSSA 3E9JB 1AW9A 5CAXA 2GT5A 2X64A 4FH8A 5JCWA 1SK2A 1LU4A 4D73A 3TRPA 4JBBA 1H4OA 5B6NA 2H73A 2VD0A 4GRFA 4K7NA 1K0BA 4E8EA 3TKQA 1OKDA 5D9WA 5GSSA 4AF2A 1SL1B 2EIRA 3JCML 2X99A 2K9FA 3D4MA 4X43A 1OE8A 5JWQB 3TOTA 4L5OA 2MZCA 1T00A 3QPMA 4TW5A 5HR1A 2AJQB 2QGVA 2RM5A 3KD0A 4LL1B 2NVLA 2V41A 3L78A 4RQXA 4DSQA 2YZHA 3HVSA 4IQAA 4NPBA 1OC9B 1OKTA 2L57A 3CMIA 3SWLA 4POKA 5AN1A 3LJRA 3GNJA 3HD5A 1R7HA 2HYXA 4K8MA 1VF2A 4G2EA 3ZZXA 3GTUB 1ZZYA 2VL9A 2HE3A 5B7CA 5J4UA 1MDIA 4O5RA 3DVXA 3HY2A 4I2UA 4K0GA 1TXXA 4JE1A 2GZPA 2HZFA 2E7PA 3GRXA 4YAVA 1JZOA 1OC9A 4L8EA 1XWBA 3P2AA 5G31A 3BOAA 4F2IA 1TK8B 2VAFA 1SYXA 4WBRD 4FO5A 5A5KA 3GTUA 3DD3A 3IDVA 2PN8A 5LCZA 2K8VA 4MMMA 2IMDA 1O81A 3LFLA 1XOBA 2H01A 3QDNA 3IE3A 1XW5A 1M7TA 2YANA 3A3TA 3EE2A 2CZ3A 4XIHA 1X9SB 1DBYA 1XWGA 3FR6A 3L4NA 2JZRA 4OFMA 5ELGA 2LKUA 1GTUA 3IXRA 2KHPA 1M9AA 2I81A 3VK9A 1Z5YE 1A8YA 1WMJA 2LQQA 1ERWA 4EXJA 3D0ZA 2OADA 1GSSA 2WB9A 5DCGA 1AQWA 2HT9A 3DIEA 5B8BA 2OE1A 3LWAA 2HZEB 2Z9SA 4ECCA 2C3NA 4I2TA 2H76A 1AC1A 4Q5RA 1OE7A 3LEFA 4GXZA 2PGTA 4LMWA 5CO3A 3EWLA 3ZVJA 2C0GA 2M72A 1YQ1A 1R4WA 3CRTA 1X9MB 1OVNA 1GULA 4ISDA 3QCPA 1WE0A 1GUKA 1RW1A 4N10A 3TCOA 1USBA 1EGOA 4JU5A 3GSSA 1YDKA 1MD3A 1GSQA 3DEXA 5AIXA 5G5FA 2FWEA 4I5QA 5IMCA 3VLNA 1BJXA 1SK1A 3IBHA 2CAQA 2F9SA 1VF4A 3ZRDA 3TJBA 4XS4B 2O8VB 3NZNA 2B7KA 2L4QA 3MSZA 5LNKe 3QAGA 4NV2A 4V2MA 1ZYEA 3BD2A 4K1FA 4KGIA 3HJMA 1XCCA 2FWGA 3GV1A 2AV4A 2OBKA 4YQMA 5J3RA 1M99A 4PQIA 2V2GA 2RIIA 1PX7A 5ECSA 4V2LA 5B6MA 5J41A 3UBLA 1TK5B 4IELA 1PRXA 2I1UA 3C1RA 1EEJA 2IFQA 1ERVA 2OBIA 1EWXA 3FR3A 1WWJA 1A0FA 1TK0B 3E0UA 2KP1A 3N5OA 3KH9A 5KN3A 3L9SA 5GZZB 3ZIJA 5D96A 1LBKA 2HNLA 4WBJA 1B8XA 5H5SA 1O8XA 3PR8A 1HQOA 2VM2A 2GSSA 3KGKA 4MLYA 4PUFC 1XWCA 3GKXA 1FW1A 2V6KA 1F6MC 1O7UA 2REMA 3H8QA 3ZTLA 2MMAA 2GT6A 1MDKA 1SKRB 4TXOB 3J7Yk 2N5FA 4OO5A 4GQCA 4ZILA 1U87A 2OA7A 2DJ0A 1GWCA 1DSBA 5EVOA 5KEJA 1ERUA 2LSTA 2GLRA 3UMAA 2RLIA 1Q4JA 1VF3A 2LV3A 1F9MA 3WYWA 3FKFA 4POBA 2CVDA 2XC2A 2CV4A 2PVQA 5IPGA 4XCSA 3TKSA 3ZVJD 4G9HA 4IGJA 2L5LA 5IMAA 3G7YA 5ECPB 5ELAA 4WXTA 4J56E 1KEBA 4OD7A 2BMXA 5CNWA 1YEXA 1FHEA 1E6BA 1GSFA 5HR0A 3K8NA 2H0IA 3VWVA 1Z3EA 1F37A 4MJAA 3HXSA 1K3OA 4K7OA 5ECLB 3ERFA 1AQXA 1VGLA 5IMVA 1ON4A 1X5CA 3IR4A 1JZRA 3Q74A 4NWYA 3IAS2 1KBNA 5CRHA 1ILOA 4MCUA 3A5WA 5LD0A 2PMTA 1Q98A 6GSYA 2E2MA 2H30A 4HJMA 3FHKA 3F0IA 1ML6A 2B1KA 4L5LA 5DAKA 4MJBA 3KTLA 2WRTA 4EUYA 2IWTA 1ERTA 1NHYA 3UOMA 1ZL9A 3D21A 2VIMA 3TDGA 1SL0B 3VI5A 2VCXA 4WF4A 3F6FA 2B1LA 4P3YB 3U6VA 4RUVA 2H72A 2C4JA 1ABAA 2YWMA 2IMFA 3VPTA 2XBQA 1U6TA 3LORA 2H6ZA 3PGTA 3ME7A 3VI7A 4FYCA 3KZQA 4N0ZA 1A2JA 2AAWA 1S3DA 3RDWA 5J9BA 2H66A 1PN9A 4Z7XA 2FGXA 3L0HA 4Q5FA 1G7EA 5IO0A 4O7HA 3HKRA 2K8SA 2DJJA 3D4TA 2VCQA 1HNBA 1K0MA 2KUCA 4O32A 3W8JA 1NW2A 1ZGNA 4V1Ag 4TOPA 2A4VA 4KSOA 5IQYA 4ZL9A 3FEUA 2YJ7A 3TRXA 3APQA 4OFNA 5A4WA 1SL2B 1SJIA 3P8WA 3L9UA 1N2AA 1XVWA 2F8AA 1BAYA 2LUSA 1MD4A 5KN2A 3G9BA 4IJIA 4ZBAA 2IJYA 4AJ7A 3HVXA 2WJUA 4KSMA 1SKSB 2JZSA 4HQZA 4LMVA 3Q6OA 2H0HA 4IP1A 1UA5A 1T1VA 2F3MA 3VFIA 2VD1A 2NDOA 1PA3A 2IL3A 1HNCA 5D93A 3I43A 5D9TA 1PGTA 4QQ7A 1PSQA 5CP1A 2PWJA 4HU9A 2PVOC 2HRFA 4GTUA 1YF0A 2GSTA 2VL3A 5FWGA 2WS2A 5CREA 1XWKA 3VURA 1X5DA 5D73A 3QD9A 1T7PB 5HFGA 3L9VA 4ULXA 3TKSE 3FY7A 3O6TA 4EL1A 4EC0A 1WJKA 3I9V2 2ES7A 4XRDA 1B9XC 2E0QA 3MWHA 1XZOA 1A23A 2WFCA 2VUPA 4X0XA 5IOWA 1THOA 4ILFA 2R6KA 1QXHA 2MYGA 2M46A 5ECQB 2R37A 2FD3A 2FA8A 1PL2A 2YP6A 2GQKA 1FVKA 1GUHA 4TKYA 4TR4A 3IK7A 2AUVA 2HSHA 4KCAA 3HYPA 1TDIA 1XIYA 2K18A 4MZBA 5JWOB 3M9JA 1TOFA 4KDXA 2FWHA 1WOUA 4JRRA 4K7IA 4FYBA 1TKDB 5G2ZA 2VOCA 1O8WA 1YEPA 1WPIA 1HNAA 3CRUA 4RI6A 3R2QA 4G10A 3HJOA 2IMIA 2DC5A 2CVBA 2O7KA 1NSWA 1GLQA 2M80A 5FT3A 2B7JA 4XS6A 3UBKA 1SYRA 1TRSA 2KOKA 2H1BA 1CQHA 3TJFA 1QQ2A 4ZL7A 5JCUA 1GSYA 2OACA 5AGYA 4BA7A 3QFAC 2J23A 4GCIA 3WT1A 5DBQA 1VRSD 4V2NA 1K0DA 2C0DA 2I3YA 3IK9A 4WR5A 16GSA 2H6XA 4L0UA 2LJRA 2VLTA 3DVWA 3TRQA 2L6DA 4EVMA 4KB3A 4XS1A 14GSA 1YF1A 5ECMB 4HOJA 1DE2A 1QFNA 3Q19A 3IRAA 1Y25A 5DVBA 4FIWA 5EPFA 4MDCA 3EU4A 3ZMLA 2FCHA 4LL4B 4MZCA 4ZB6A 1BG5A 2VCVA 4ZBBA 4MPFA 3HZ4A 2F51A 3ZIVA 1C72A 1V9WA 7GSSA 3D5JA 2AB6A 3KCMA 2LNSA 2EIQA 1SJ6A 1SJZA 2O89A 3KJYA 4KH7A 5EL8A 1GP1A 1NM3A 2H19A 1EV9A 4KX4A 4N0VA 1R5AA 3GL5A 4ZIJA 3IV4A 5B8AA 3QMXA 1GNWA 1V57A 5D9XA 2HZEA 2CQ9A 2IN3A 4JZQA 1PD21 5DDLA 3GURA 5GAND 3J7Yb 1J9BA 1X5EA 2HLSA 4MJCA 2KP2A 4PURA 4I6XA 2C0FA 4MP4A 4GSNA 4POLA 1V40A 1SD8A 4KE3A 1O85A 3GKMA 2PUKC 2LRTA 3CXGA 2I9HA 4KNDA 3EMXA 4DVCA 2EIOA 5ECOB 4AGSA 3I6AA 2GZYA 1Z6NA 5ECIB 1U88A 3EVIA 4L0WA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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