5GIPA

Crystal structure of box c/d rnp with 13 nt guide regions and 11 nt substrates
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
total genus 138
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gipA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gipA01
2NNWA 3SIUB 3GQUA 2OZBB 3SIVB 3PLAA 3NMUA 3ICXA 3NVKA 3ID6A 5GIPA 1NT2B 4BY9C 3NVIA 5GIOA 3NVMA 3GQXA 5GINA 3T7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HHXA 2QM1A 4H5WA 4DR6K 3R8EA 4NYNA 1NNEA 1H5WA 3AVGA 1GLLO 4JN4A 3NGIA 5AQMA 1QQNA 4TQ0A 2D5RA 2YHYA 3MEDA 2WUSA 4JHDB 2NZTA 2OPPA 3JRYA 2GUIA 5AQOA 1GOCA 2O8DA 2DTUA 4I2QA 3M8QA 5HRNA 1QQMA 4PKIA 1TGOA 2UYTA 4JKGA 4JI2K 4CF2A 3V08A 2BXBA 1UAXA 5F0XA 1KVAA 3WQUA 3K0SA 4LA0A 1HMVA 1VQMN 2XY8A 2YHAA 3UKRA 4FJXA 1YXQA 3DI6A 3LDLA 4H0OA 1KAZA 4MDAA 1KFDA 3L6QA 3B6OA 3H1QA 4XH5A 5M1KA 3ZLJA 4LF4K 4C8OA 2V7YA 1S1UA 3O4QA 2LSNA 1GLJO 4OKEA 3UKUA 2BUPA 4DCHA 2RKIA 3QEPA 3AA4A 3VGKA 5FPNA 2DY4A 3V81A 3P5JA 4JI5K 3C94A 4DTPA 4K43A 4N3ZA 3EE8A 3M8PA 5GIOA 1KVBA 2E6LA 5JMVA 2P9IA 3SNNA 1TKZA 5FROA 3SZ2A 1IG9A 3T1AA 3KK2A 2G8HA 3CXCM 3RRGA 2Q31A 1C1BA 3WXJA 4CHQA 3VA0A 1HQUA 5ID9A 4BACA 5C25A 3WHQA 3CMEN 4BRAA 2CKXA 3SMPA 2P9NA 4H5RA 4JI7K 2WFBA 5HOZA 5F2RA 5K14A 3L2VA 2VWJA 3LZJA 4NCBA 1JLFA 4FCYA 3N4QA 5GIPA 3K9JA 2ZGZA 2QK9A 5DQFA 1KLNA 2P9KA 1VSHA 4FM0A 1XQSC 4WQ4A 2IDOA 4E1MA 1HJRA 3O3GA 2YHBA 4DV5K 4NO7A 3DLGA 1YJWN 4CZGA 3CMAN 4DQSA 2GUTA 4DU1A 1NK8A 2GBZA 2W41A 4DUYK 5IIXA 2K0NA 4FXDA 2QWNA 2D4WA 4FVMA 1AO6A 2OZBB 4CCHA 3AO4A 2B5JA 1WLJA 1NG9A 4M42A 2KWFA 3NFAA 4K42A 2DG5A 5AQLA 2VDBA 4MQ3A 1WSFA 2B4JA 3OYCA 1QSYA 4JV5K 1DLOA 3E9OA 3BDPA 4IFYA 3F2KA 1VQNN 3VQCA 1HK4A 1U48A 2A42A 4IJNA 4AH9A 4H0YB 3AO1A 4H4OA 1QZ6A 2HHSA 2HNDA 4O5FA 5LMUK 1KRPA 1W9HA 4FK5B 3IUCA 1HNXK 3TSPA 4CJKA 3GBTA 4GG2A 4DQ8A 1ZBIA 5BRHA 1RDWX 5CE3A 2PY5A 3CIPA 1ZBFA 3VTHA 3F73A 2XY7A 2OPSA 4EZ9A 1VRUA 4DV0K 2V36A 2Z8JA 4FWLA 1W7AA 2ASMA 1I39A 2XVWA 2VGNA 4FWQA 1VQLN 5J2NA 1SAZA 4O0IA 2Q36A 4EFHA 3V9SA 3DLHA 4JKAA 1D4XA 3FZMA 3LP3A 3SI6A 3VEVA 3TPQA 3M8RA 4CJSA 4BREA 4EHUA 4HTLA 4H0XB 4K2CA 2P5OA 1ATNA 2QTDA 3ZX3A 2IVNA 4BRCA 2O8DB 4CZEA 1KCFA 2IC3A 4GV3A 3MEEA 2CGLA 2HOEA 2P51A 3BEXA 2O8EA 2Z1GA 4FLVA 2BXAA 1EETA 2YI1A 1VQ9N 3H3NO 4LF5K 1KXPD 3HK2A 3S3MA 1EWRA 5AR0A 2NRZA 2QEXN 2BXGA 4CGDA 3CYMA 3VQDA 3NVMA 2YKNA 1ZBSA 3FFIA 2IAJA 2YNHA 3DXKB 3SMSA 1RBRA 2Z1JA 3DXMB 1CZBA 1N32K 4F5UA 1XC3A 4BWJA 4E19A 2FC0A 1HK1A 1C0TA 4TQ1A 3SJJA 4IJAA 2CH5A 4K71A 3M8SA 4WCEL 1SB0A 3KK3A 2O8FA 4F9OA 2QXLA 3ID6A 5ADXA 2P1JA 4FM2A 1JL1A 4R79A 4BVPA 2HHUA 2CH6A 2FBYA 2E5LK 3LANA 1DT9A 4FLZA 4B9LA 1SS6A 1LWFA 4IXCA 3CCQN 3BF3A 3MWTA 1X9SA 4OGCA 1NKEA 1RBVA 3ZYYX 2G8KA 4RWTA 1VQ5N 3KVGA 2RF2A 3K5LA 5FLXO 4OPJA 2FSNA 2WC9A 3QICA 4CF9A 2G8WA 5M1FA 4B9QA 4B1VA 4PO0A 2XO7A 1LCUA 3DRRA 1KC8O 4LFCK 2DBWA 3IDHA 4PA1A 3QFPA 3K5OA 4JI4K 3MMVA 1HQEA 3VOVA 1XNQK 2OTLN 2EFHA 5JVHL 3LWMA 5EY4A 2E0XA 4BC5A 3NF7A 4CERA 1E3MA 3HBTA 4H5NA 3VEOA 4IWVA 4RW7A 4FM1A 2V51B 5SWMA 2BXKA 4OO1J 3ALYA 3HPOA 2D0CA 1S72N 3CC2N 1I3AA 4H0PA 4FJ8A 4FSVA 3Q7BA 3SCXA 1S1XA 3PX0A 5KQ8A 3WXKA 1ASVA 1D9DA 2Z1IA 2RN2A 4KHPK 3H3OB 3HVRA 4FJCB 1YITN 3QEVA 4JI1K 4FOEA 4B3RK 4L8RB 1JCEA 3NVIA 4CEBA 3TARA 4CEFA 4B8AB 1YF5L 3O8MA 3RSEA 4F3TA 4CFCA 1X9JA 2VYPA 3H3AA 5E41A 3KK1A 2YHWA 4JYAK 2E6MA 3OYEA 1HPMA 1RBSA 3LM9A 1RTIA 3B9MA 3AO5A 1CXQA 3TWHA 1E7CA 3VN5A 1Z05A 3U8XA 4B1XB 3TANA 3VGMA 3O3HA 3ZT3A 2J4RA 3E9PA 4J8FA 3TAMA 4JRPA 3QIPA 1RBTA 3L0QA 2Q3SA 3NGZA 1OH7A 2BX8A 3HOTA 3WQTA 4E3SA 1CXUA 3ZETA 3ZETB 4BE1A 3O9QA 1IKWA 2FBTA 1YJNN 1HNIA 1REVA 3G10A 2OCEA 1VSIA 5AQNA 2V52B 4O55A 4R5PA 1WN7A 2ASOA 4C23A 4HCCA 1BQNA 4A62A 1RDDA 4H5VA 2AGHB 1V4SA 1BA0A 4LSLA 3KTQA 5DBYA 5AQKA 4Z4CA 2VQEK 5JVGL 3PLAA 1TVRA 4KTWA 1JLCA 1LWEA 3J7YP 3L2QA 4ZHRA 4BRNA 4AHTA 2XW0A 3AGKA 4ISFA 4K25A 5KRTA 2XVQA 3BP8A 3LZIA 1UA0A 1CZ9A 4L9KA 4LF7K 2RHKA 3E66A 3AO3A 4RTFD 2OZSA 3KLGA 4HGKA 3DAWA 4JS5A 1LOTA 3ATUA 2HBKA 3EL2A 1GLCG 1BISA 3AVFA 4BRIA 4BWMA 4FLWA 3M6GA 4ZBQA 1HA2A 4CK2A 2BXHA 4M41A 3VQPA 1EQYA 2UUAK 1YIJN 3V1OA 4AILC 1L3UA 3SPYA 4BC2A 1J5OA 1KAYA 1OVQA 1KQSM 1MIVA 4I6MA 1BOTO 5I3UA 3L4QA 1NWKA 3K9KA 2R7YA 4NCAA 1S1TA 2QI2A 2BXLA 3HM9A 4GMJB 1VSDA 4LUHA 1SV5A 2VG6A 1TAUA 4YDUC 4FJIA 5BPNA 4NXNK 4FO0A 3SUQA 4DQPA 4DTMA 3DXMA 4O8UA 5HRSA 4KRFA 3WUHA 3VQ5A 4ZC6A 2E8AA 2E20A 3TAGA 3T3FA 3OYAA 4DMNA 1E7HA 1MIWA 3CJ9A 4BR4A 3O80A 5HRRA 4GDKB 2AA4A 3FWCC 5F1XA 3UIQA 4QS9A 5M1OA 3RVCA 4I9OA 4CJLA 2CGKA 4GKJK 4N0UD 1ZBUA 4DWIA 4DV3K 2YNGA 4MFBA 2VUEA 1C1CA 2P9PB 4A2AA 4BRLA 1HUXA 5KGXA 2NRTA 4FLYA 4CGJA 4JK7A 4JI6K 4V19S 1VSKA 3M99C 1HJOA 3ENHA 1H9ZA 2HNYA 4JEPA 4I9QA 4FJ9A 4NYFA 3R9PA 3DLLL 5KPTA 1WSEA 5ID7A 1S3XA 4CD1A 3K5MA 2O8EB 1HKBA 2EFEA 3SQJA 3IG1A 4C8NA 2DBXA 3HXMA 4BRQA 5M1PA 4CJTA 3ZSQA 3FFKB 3QESA 4H0VB 4E89A 3NDKA 5AFUA 4PL7A 4X66K 3SYZA 1N36K 1IBMK 1HX1A 3HP9A 5C2DA 1E4GT 3ZX2A 4ELVA 4BR2A 1U04A 1RBUA 4CGFA 2IS3A 3KLFA 1IH7A 3GDQA 4BG8A 3NF6A 4KPYA 3VQAA 4GDLB 4H5TA 4B1WB 4IW1A 2ASPA 3CQ8A 4BR5A 2ZJQL 1BO5O 1VQ7N 5AQIA 2A6AA 3D2EB 4MDBA 5KGWA 5J2MA 1ZC6A 4DTRA 5CYQA 2XHBA 2BXCA 1MWMA 5GAHP 1O13A 4IW2A 3OYBA 4B9MA 4DS5A 4JKDA 3TR8A 3V03A 5C2FA 5E26A 3QDKA 1E7EA 2Q0RA 3F5TA 3MDQA 4CJUA 5SZTA 1GLAG 3WNGA 4FJMA 4DSKA 4JI3K 2KQ2A 3J7AP 5CZ2A 1KVCA 2YCHA 1N5YA 4N41A 3UKRB 1T44A 1BL3A 2BXOA 4NB4A 2P9LA 3O9TA 2VCPA 1W2BM 1VSMA 4LF6K 1RCHA 4BRGA 4DSEA 4M63C 3BY5A 1F21A 5T7BA 1KD1O 2E1YA 4L8UA 2YHXA 4DU3A 3R3LA 3G9KD 4JKCA 3QBXA 4O0JA 2LOQA 4JRQA 3EKSA 1N34K 4BY9C 3C0BA 2YJFA 3KKRA 4LF8K 3D0PA 1WSJA 4J2DA 3VMFB 4B9SA 4FIPB 1BDGA 2H3GX 3P31A 1JL2A 3PSIA 4OTUA 3SUNA 2P9KB 2F96A 3DXKA 2GX9A 3DLBA 1MDUB 3U9ZA 3VETA 5AQUA 3VEYA 4DFKA 1BHLA 2AJQA 4CZHA 3V9WA 2EX3A 1NJWA 3AVKA 3J8AA 5DK5A 1YHQN 4KHQA 5J2PA 5AQZA 3ATVA 4ILHA 2BGGA 1NBWA 1LAVA 3DM2A 4WYBA 3CCLN 4W5NA 3HPHA 1MUHA 4DV7K 4JHDA 4G01A 4DR1K 3PO4A 2ZJPL 4B1UB 1KAXA 3OY9A 1E7AA 3OYKA 3HTVA 4H4MA 3ZEUB 4CW7B 2HVIA 3LU8A 2BXPA 3HPGA 2OYQA 1WUAA 4M7XA 1J6ZA 3WNFA 4DUZK 3O4NA 4A5AA 2GTDA 3RMBA 4BC4A 1WAJA 2KHOA 4G03A 3SQ4A 4F5TA 5C15A 5HL7L 3IKMA 2OPQA 4W5QA 4FJJA 1IKXA 2GV9A 1Q8IA 4JI8K 4KHYA 5I9EB 4FVUA 2QWQA 2E0YA 1IV0A 1RT7A 3VQEA 3CJ7A 1ZYQA 2NQOA 4BQLA 3OJSA 3K59A 4A5BA 3JS6A 2BH1A 2BDPA 3OYJA 5HBMA 3QMLA 4PKGA 4OGEA 4KI6A 3CERA 4BRKA 4AM6A 4CF8A 3G25A 3B9LA 1JLGA 1RTJA 4IOAL 1X9WA 2FF6A 5MLCQ 1QZ5A 2W42A 1J9AA 4BRPA 1K9MO 3LP0A 4IFEA 3CFPA 3CQYA 3CCUN 4FJNA 3I33A 4DR4K 3H37A 3BZCA 3EKUA 2QXFA 1TL1A 4E99A 3ZSZA 3EY1A 2HHVA 2E1ZA 1T05A 3O3FA 1NK7A 5IFOA 4ZUXV 4X62K 5AQWA 5ADXH 1NGJA 5GHKA 3CC7N 3FWBC 4GVEA 4IFVA 3RSEB 4CGHA 4M3RA 1J54A 3TDLA 2E2OA 4DTOA 4CHPA 1T3VA 3GG4A 4L9QA 5JLHA 1DKGD 4OLBA 4Y1CA 5JS1A 1ZBHA 3ZT1A 4L3QA 4RCHA 4F2RA 1KSPA 5FPEA 2PBDA 2KFZA 1HYSA 2HBJA 3CPEA 2Q1NA 4FWSA 2WBNA 4MO4A 5HLFA 4LB9A 3V9UA 4FLUA 3P83D 4WFBL 1TYQB 3VF4A 3KZBA 3OVNA 1I94K 4O44A 5TKWA 4PQUA 3THWB 3KHYA 1N6QA 2HBLA 4F4KA 3CG7A 1FOUA 3QIOA 3SV3A 3VERA 3F9MA 3MCAB 1IO2A 4JKHA 4CZMA 3FE1A 3ENBA 2LXTA 3KJVA 4Q0BA 3H1VX 3OYMA 2KLAA 2PAVA 4YDUA 4DFMA 3MK6A 1IBKK 3JAMO 3NH1A 4OKJA 3VQIA 1KFSA 5BREA 4YOWA 4EAHD 1N8RO 4DHYA 1FXXA 4HWIA 2IGIA 3CM5A 4WQ5A 1TUUA 4ZTJA 3SQ1A 2YNFA 1ATSA 3V1RA 1WBBA 3T1HK 5I42A 2ZD1A 5CR4A 2IVPA 2E4LA 1VSJA 3AV9A 5FRMA 4CHYA 2XSIA 4CFDA 1Z6RA 3W0LA 3M3ZA 5ELZA 4DS4A 4FZYA 4YORA 2QA4N 1GNJA 1NGEA 4CK3A 3O6WA 3RMAA 2HF3A 3H08A 4K8ZA 3NH2A 4HGMB 3MXIA 1MM8A 4RW8A 1QQOA 4IKFA 2KW4A 1GOAA 5EX5A 3OYLA 3VF6A 2EFCA 2JWLA 3ZT4A 3O5BA 2BXEA 3TSUA 4Y0WA 3A2FA 3I8DA 3OYHA 4IOCL 3WEEB 2WONA 1VQ6N 4LY7A 3L2RA 1NT2B 2XW1A 3G71N 2D0PA 2I5JA 4BRMA 4GVMA 5C12A 1NK4A 1J5EK 1LOTB 5E84A 4IDKA 3KK7A 4NLCA 5FPDA 1EWQA 3D7EO 4CEZA 5AFUH 4BG9A 2AJEA 4B9VA 1Q81O 3S9HA 3TSQA 1XNRK 1E4FT 5JS2A 1Y64A 3KLHA 3L3VA 1XC9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NNW A;  3SIU B;  3GQU A;  2OZB B;  3SIV B;  3PLA A;  3NMU A;  3ICX A;  3NVK A;  3ID6 A;  5GIP A;  1NT2 B;  4BY9 C;  3NVI A;  5GIO A;  3NVM A;  3GQX A;  5GIN A;  3T7Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HHX A;  2QM1 A;  4H5W A;  4DR6 K;  3R8E A;  4NYN A;  1NNE A;  1H5W A;  3AVG A;  1GLL O;  4JN4 A;  3NGI A;  5AQM A;  1QQN A;  4TQ0 A;  2D5R A;  2YHY A;  3MED A;  2WUS A;  4JHD B;  2NZT A;  2OPP A;  3JRY A;  2GUI A;  5AQO A;  1GOC A;  2O8D A;  2DTU A;  4I2Q A;  3M8Q A;  5HRN A;  1QQM A;  4PKI A;  1TGO A;  2UYT A;  4JKG A;  4JI2 K;  4CF2 A;  3V08 A;  2BXB A;  1UAX A;  5F0X A;  1KVA A;  3WQU A;  3K0S A;  4LA0 A;  1HMV A;  1VQM N;  2XY8 A;  2YHA A;  3UKR A;  4FJX A;  1YXQ A;  3DI6 A;  3LDL A;  4H0O A;  1KAZ A;  4MDA A;  1KFD A;  3L6Q A;  3B6O A;  3H1Q A;  4XH5 A;  5M1K A;  3ZLJ A;  4LF4 K;  4C8O A;  2V7Y A;  1S1U A;  3O4Q A;  2LSN A;  1GLJ O;  4OKE A;  3UKU A;  2BUP A;  4DCH A;  2RKI A;  3QEP A;  3AA4 A;  3VGK A;  5FPN A;  2DY4 A;  3V81 A;  3P5J A;  4JI5 K;  3C94 A;  4DTP A;  4K43 A;  4N3Z A;  3EE8 A;  3M8P A;  5GIO A;  1KVB A;  2E6L A;  5JMV A;  2P9I A;  3SNN A;  1TKZ A;  5FRO A;  3SZ2 A;  1IG9 A;  3T1A A;  3KK2 A;  2G8H A;  3CXC M;  3RRG A;  2Q31 A;  1C1B A;  3WXJ A;  4CHQ A;  3VA0 A;  1HQU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1GLB G;  2QM1 A;  4H5W A;  4BGB A;  1E7H A;  1MIW A;  3CJ9 A;  3R8E A;  5KPR A;  4BRD A;  4BR4 A;  1HKC A;  1H5W A;  4FWM A;  1GLL O;  3O80 A;  4GDK B;  2FF3 B;  4JN4 A;  5AQM A;  2KBZ A;  1NJI O;  2AA4 A;  3FWC C;  5F1X A;  1QQN A;  4TQ0 A;  3MN9 A;  2YHY A;  4QS9 A;  5M1O A;  1E7F A;  4OTT A;  3A73 A;  2AP1 A;  2WUS A;  3Q7C A;  4C1N I;  4JHD B;  3RVC A;  1X3N A;  2NZT A;  1K73 O;  2CGK A;  5AQO A;  3JRY A;  4N0U D;  4WFN L;  3CX9 A;  5AQP A;  3LL3 A;  2VUE A;  1QQM A;  2P9P B;  4PKI A;  4A2A A;  1YUW A;  2UYT A;  4JKG A;  4BRL A;  3FNM A;  4Z69 A;  1HUX A;  1SQK A;  2NRT A;  5HOO A;  3V08 A;  1HLU A;  2BXB A;  1MWK A;  3KWI A;  5BN9 A;  4BC3 A;  2W40 A;  5F0X A;  4JK7 A;  4JK9 A;  5AQG A;  1M1K O;  4I6M B;  1IJG A;  3M99 C;  3DJC A;  3W3D A;  3WQU A;  1HJO A;  4ZBR A;  1P8Z A;  2YJE A;  3ENH A;  1H9Z A;  4LA0 A;  4JEP A;  4OPH A;  3HOS A;  3R9P A;  4OPA A;  1VQM N;  3DLL L;  3UKR A;  4AM7 A;  5KPT A;  1YXQ A;  5ID7 A;  1S3X A;  3LDL A;  4H0O A;  1C0F A;  2DBU A;  4CD1 A;  1KAZ A;  4MDA A; 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