5GIPA

Crystal structure of box c/d rnp with 13 nt guide regions and 11 nt substrates
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/rna
molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 138
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gipA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gipA01
3ID6A 3T7ZA 3PLAA 3SIUB 3NVMA 2NNWA 3ICXA 3NMUA 5GIPA 4BY9C 5GINA 3GQUA 3NVIA 1NT2B 3SIVB 2OZBB 5GIOA 3GQXA 3NVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QICA 4FCYA 4QAGA 4F9OA 3AO5A 3O3GA 4F8RA 2CH6A 4DLEA 3HJFA 4NCAA 5CYMA 2QWRA 2WBNA 3AVCA 4F3TA 2HSTA 3WHSA 3SNNA 1NGCA 4BR2A 5AQJA 4GV3A 4JK7A 2D0PA 4O44A 3HI0A 1U2VA 3UIQA 2IOCA 4DQQA 3OY9A 1ITGA 3M6GA 1Q9YA 2W6LA 1J6ZA 4OR0A 4O5BA 2E1YA 1Q81O 3SIUB 1WSJA 3VQ4A 4FZXC 1S1VA 1RBUA 5HROA 5HLFA 3OYLA 4DQPA 4DKWA 3PSIA 4F3OA 3HK2A 3O4QA 3LP1A 1HA2A 4JHDA 4FJNA 4B9UA 4OPKA 2DBXA 4HUEA 2P9SB 2NRZA 3A73A 3Q7CA 3QFUA 3SIVB 2NUBA 4H5VA 3OTOK 4AQYK 4F2RA 5E84A 3TAGA 4DR6K 1CZ9A 4B1UB 4DF8A 2YDFA 2G8HA 3DOLA 3C6HA 1T03A 1XC9A 5AQLA 3VA3A 1RT5A 5IIUA 4DR3K 2OPRA 1RT3A 3NMUA 4N47A 2EWSA 2ZQBA 1NOYA 3SQ4A 2HHQA 2XHBA 4CCHA 4LA0A 3RMBA 3VQAA 3A5LC 3WNGA 2BXHA 4JK4A 1WBDA 4PQUA 3MN7A 1TF0A 1J7EA 1L3TA 4JI0K 3OYEA 3FZLA 3JQZA 1JLCA 1E7HA 3MXIA 4H0YB 5KPTA 1KVCA 5DK5A 3NF7A 1SKRA 1VQ8N 1QQCA 2G8FA 1YTUA 4JNEA 1QE1A 1NT2B 4RCHA 1ZBSA 2P9IB 4O8KA 2AA4A 1IJJA 5TKYA 1GLLO 5BRHA 1A5WA 3QNNA 3C6TA 2YCHA 1RTHA 4W5OA 1OH7A 1VQ4N 5FPMA 4FM2A 2YNIA 4DSLA 3PY8A 1S1WA 3LZIA 1VQ9N 1NLVA 1N5YA 1HK1A 3QDKA 2QMCA 2BXFA 1L3UA 1XC3A 4FWSA 2KFZA 2JLEA 2FC0A 4M3RA 3PX0A 3RSEB 3ZYYX 3TI0A 4YORA 4BC5A 3DOKA 1LOTB 4B1WB 4M42A 3CCQN 5DM6L 3TDLA 3G9KD 5CHIA 4C8OA 2QTDA 2Z1JA 5CY4A 4G01A 1F21A 4DHYA 3RTVA 1SZ2A 4HGMB 2O8DB 2G8VA 3QNOA 5HRPA 1NWKA 1QQOA 3DJCA 3ZEUB 5AR0A 3BP8A 2BX8A 3TSPA 1U45A 3DM2A 3AGRA 4NYNA 4HCBA 3W0LA 2Y1JA 2VG7A 3DLLL 1WOQA 3QBXA 2FLOA 2WC9A 3K5OA 4HHTA 1HX1A 4BRFA 2F4VK 1JCGA 3MECA 3K5NA 2E88A 2OZMA 3VF6A 4CD3A 3NF6A 2XY6A 4N76A 5KRSA 1RDAA 3MN6A 4IOAL 4JKDA 2HMIA 4FLZA 4WE1A 1EQYA 5FDLA 2E1ZA 3EO3A 4MDAA 2ETJA 1VHXA 4EAHD 3LU7A 3AA4A 3DMJA 1LV5A 4N0UD 1BGXT 1S72N 1B92A 3C0BA 1S6PA 3WQUA 4Z4HA 3FFIA 3JYTA 4JI2K 4AM6A 3IAYA 4BY9C 3FZKA 2CGLA 3WXJA 4CJWA 4FLUA 4RW9A 2GTDA 4ISEA 2Z8JA 1S1UA 4BRQA 4YFUA 3O1BA 2VWJA 3SLCA 1FOUA 3CC2N 1C1CA 2KBZA 1RT2A 3GOIA 5ELZA 3EZ5A 5C2DA 4OX9K 4CZHA 1Z25A 3OYGA 4IFEA 2UXDK 2QWPA 2GX9A 2UU9K 3EN9A 3M1FA 4U67L 3TPQA 4O0JA 4LF5K 3EZWA 4HCCA 1VSIA 4HWIA 3SQ1A 2XVVA 3ZT4A 4B1ZA 5AQXA 3KVGA 2AGHB 2P9LA 4BR4A 2WFBA 3TAMA 4L3QA 4BREA 2UUBK 1E7GA 5ADXA 3CC7N 4JI3K 1MUSA 1KAXA 1TGOA 3O3FA 4MBEC 1C0GA 3TSUA 3K9KA 3ZETB 3MWTA 4FM1A 3FGUA 3MEDA 4FJMA 3G25A 4R5PA 1WAFA 3CCSN 5AZJA 1YITN 3VEYA 3NVIA 2F9WA 1QZ6A 2D0CA 1UA0A 1OH8A 4CEFA 2BXIA 1J53A 3AVLA 1XI1A 1Z6RA 4MO5A 4BR9A 5KTQA 3A8YA 4CJ4A 3P5JA 1VQON 4L9KA 2CKXA 5CZ2A 2P9KA 1YJNN 4JN4A 3T19A 5C42A 3K58A 2DY4A 1S9EA 1K8AO 1KVAA 4CZMA 4YOWA 3SCXA 4QS8A 3NCIA 4FM0A 3KLHA 3CPEA 3NH0A 2G8WA 4FWRA 4CJRA 3EKSA 4XEIA 4E7HA 5SWMA 5T7BA 3AVMA 4GNIA 2QXLA 4XH4A 4BRHA 4FLWA 3CCMN 4DU4A 2BXAA 2DYMA 3GBTA 4DTMA 1NJWA 1WSGA 3AY9A 4CFDA 1W0HA 2OPPA 3HM9A 1KRPA 3CJ1A 2BXNA 1U6ZA 1ATSA 2VWKA 2P9PB 3AVIA 3R8EA 1KSPA 4ZTFA 4GDXA 1ASVA 1Y97A 4CZFA 3KLGA 5IJ5A 4Y1DA 3WEEB 2DTUA 5M1OA 1OKJA 4DV6K 4DQRA 2ZJRL 4DTUA 4CK2A 1LNSA 4PKHA 4PL8A 2BXEA 4JD2A 2O8CA 3UKUA 2YX6A 4CJFA 3J8AA 1RT7A 4ILGB 3IMXA 1WN7A 2I7NA 4CBXA 2GUTA 5KPRA 3VGMA 3L6QA 3CC4N 4N5SA 5DBYA 4DR7K 3VMFB 3JRYA 4PHTX 3SZ2A 1MDUB 2QM1A 1WAJA 2EHGA 1SL2A 2OT3A 1S1TA 2VGNA 4E7LA 3DRRA 1GLJO 1P8ZA 3A5MC 1H5WA 2NQOA 1BDGA 3F5TA 5HOOA 3VGLA 3ENHA 2BXQA 3LPTA 4B08A 3U3YA 3QIOA 4CHOA 1KC8O 4IKFA 4CBWA 4DFPA 3D2FA 3QEWA 1DKGD 3IKMA 3JAMO 1LCUA 2V7YA 2P5GA 3VEZA 5BR9A 4Z4CA 4O55A 4H0XB 1UAXA 4MDBA 2HVIA 3QEIA 3FWCC 4LF9K 5HL7L 1VQPN 3SUOA 5JS1A 2ZWHA 4DSKA 2ZJQL 2J4RA 1E7BA 3L2UA 4DV2K 2P1JA 4FLTA 4G04A 2DPNA 5AQHA 2WTUA 2VGMA 3V9SA 4CF1A 5HP1A 4PWDA 1I39A 4OTUA 3CETA 5J2NA 5FUOA 3A0IX 3PX4A 1CZBA 2I5JA 4BR7A 3UIVA 3K9JA 5IT9O 4FIPB 1KDXA 1ASUA 2HHWA 4W5NA 4NAWB 2B5JA 2UUAK 1W7AA 3J7AP 2QHBA 4N0FD 3O9RA 4KRFA 4B3SK 2E0YA 2VUFA 4IOCL 2DBWA 3ATVA 1D9FA 4NO7A 2IDOA 2RHKA 2VWBA 1X9JA 4B8CA 3J7ZO 3L2VA 3DLKA 3ICXA 4KHPK 3I8BA 3ULEA 2W6KA 4DV5K 1JKHA 4C8LA 3DXMB 1RDWX 3H08A 4IFYA 4JEPA 3ZT1A 4B9NA 4JS5A 4BDYA 1IKYA 1BKEA 3MEEA 4EP5A 4DR2K 4K71A 4I9QA 2HVHA 5I9EB 4DLGA 4I6MA 2KZZA 2QWNA 4E1MA 2D0OA 3L4QA 5AQGA 4GV9A 3KLIA 4DMNA 4DM0A 2P9NA 1RCHA 3A2FA 1HK2A 3LL3A 4H0OA 3HSTB 3QLHA 3M8RA 1K8KA 3MMVA 2PBDA 4H5WA 1R59O 3EKUA 1A5VA 2F8SA 2ZE2A 2YHBA 1ZBIA 2PFUA 2QKBA 1KXPD 4CEAA 3J81O 5J2PA 4C1NI 4DUZK 4KPYA 4IEEA 1KFSA 1KAYA 1QQNA 1N5UA 3IS9A 3THWA 4UY8O 1JLEA 1U2VB 1NJIO 2O8FA 5I3UA 4K2CA 4CGFA 1NU0A 2Q3SA 1XWLA 5ID7A 3PLAA 2YHWA 1BHLA 2IGIA 4FLXA 3THXA 3LM9A 4FPAA 3MX2A 3CJBA 1BUPA 2YHAA 3SAFA 4E7IA 4BE0A 2AJQA 3K59A 4JKHA 2KZMA 4JHDB 5C12A 3ZT0A 3T69A 2E6MA 1TK5A 3NDKA 4KB0A 2BTFA 1MIWA 2LQIA 1S5JA 2ZF5O 1Q8IA 3H6EA 4LC9B 1T6DA 1S6QA 3OS2A 3MWPA 4HTUA 2FBVA 1W9HA 2ZGZA 4ZC6A 1RGIA 1RDCA 4GW6A 5IIXA 3A5OC 4FJKA 4FJ7A 1ZBUA 4JRPA 3H45C 2UXBK 3VQCA 2O8BA 2ITMA 1DGKN 5LY3A 3HBTA 3LDNA 3HZ6A 4AHSA 1GLCG 3O4WA 5M1PA 2ATQA 2OZSA 4KB1A 3HPHA 5EVZA 1E7IA 2O4IA 2P51A 4JLHA 4ISFA 4MQ3A 4BRLA 3Q7BA 1VQNN 2OPSA 1Z26A 1J9AA 1SQKA 3QERA 2AP1A 5DMRA 3TSQA 2YJEA 4DSJA 1X3MA 4H0PA 3AO4A 4M63C 4Z0UA 2HNYA 4CZLA 2RE2A 4CZKA 1L3SA 4N3ZA 3ZSXA 4RW7A 3J7YP 4DV0K 3MAQA 1BQMA 2V52B 3IFRA 1A5XA 4LF7K 4LFBK 4J8FA 1IKVA 2R7YA 4IFVA 2XY5A 5IFOA 2A40A 2JUHA 2DFFA 1DTTA 2HHXA 4X64K 3QEVA 2ZD1A 4KKOA 2Z1GA 1CZAN 3BF3A 3LM2A 3P31A 1SV5A 4G1QA 4FOIA 1QHTA 3O5BA 3RMCA 4RG8A 5M1QA 5LJVA 3KK2A 3LZJA 4KHNA 2DBUA 4BDZA 2OA8A 2D0AA 1HMVA 4CGGA 2V7ZA 3KK7A 4JAXA 2YNFA 4DB3A 1Z05A 4IG3A 4KO0A 4LUHA 3CMAN 3OJSA 3M3ZA 4DFKA 4KH4A 4XH5A 3IRXA 3AVAA 3B6PA 4OKEA 2VCPA 4ZBQA 3E9PA 4OJRA 3I33A 4LH5A 1BI4A 4KI4A 3KIOA 3QB0A 1L5UA 4IBNA 1IKXA 3CQ8A 1U47A 3SBGA 3LU6A 1HJRA 4LUFA 1C6VA 4YOVA 1TKDA 2KWFA 1QVFM 1BJ5A 4Z4FA 4CHYA 1E4FT 5GAEP 3M8SA 1GLAG 4B1VA 1D9DA 2HHHK 5AFUA 3SYZA 3EYZA 2HBKA 4M45A 3CPWM 3RMDA 4IW2A 3OYKA 3IDHA 4ILJA 3DWLA 3V1OA 1KD1O 4OPHA 3O6WA 2PAVA 2A1SA 3PV8A 3VPZA 3D7EO 3VQPA 4V19S 2GEMA 3VENA 1TUUA 3ID8A 4NLBA 2V51B 4YDUC 3CJCA 4C31B 2IAJA 1VSFA 3R9PA 3H3NO 2BXPA 1TYQB 3SQ0A 3THVA 2PYJA 4ICLA 2O8EA 2A6AA 1V4SA 3G4SN 4DUYK 1HQUA 5AJ3K 4FO0A 4J2EA 1NK0A 1E7EA 3OYIA 3K5LA 4HUGA 1M90O 3HPGA 3SK3A 4N41A 3F2KA 3SQ2A 1RT4A 2Q0RA 3V6DA 1N36K 1X9MA 3BEXA 4FL9A 5F1XA 2W41A 5GINA 3O9QA 5AQOA 3RRHA 1HK5A 3ZX2A 4L8UA 1XMOK 1I94K 1NGDA 3KWGA 4A5AA 4PO0A 4CZIA 1JNBA 4S1YA 1HKCA 4FLVA 4CJUA 1YVNA 2IC3A 2YNHA 3CQYA 2BXCA 4CEZA 4O8UA 1Q82O 2HB5A 4KI6A 4DU1A 4KHQA 4ISGA 1YTAA 3IUCA 1WUAA 2K0NA 4WFBL 1IG8A 2XY7A 3HRGA 3R1XA 4B9MA 1KFDA 4TQ0A 4PKIA 4A59A 5EOYA 5HRRA 1HNXK 3JXUA 5EX5A 4PKGA 3TR8A 1VSMA 3HPOA 3TAFA 4FPBA 1LWCA 2YHYA 1EP4A 4PUOA 2D4WA 3AARA 4IZ9A 3HO1A 3E9LA 2FBYA 3KK1A 3GA9L 4EZ6A 1GOCA 1JLAA 4BGBA 2Z8IA 1NBWA 3C65A 1VQKN 4F5VA 3KHYA 4OKJA 3M8QA 3OYFA 2ASOA 3QEPA 4CECA 3KJLA 2XY8A 3WUHA 3QESA 3L3UA 5A2QO 3RR7A 3EL2A 3OJUA 5GIPA 5AQSA 1KLNA 4Z4EA 4E99A 2P9SA 3O8MA 3SBTA 3SMPA 4JKGB 4BR5A 2ZJPL 3VEXA 4Z4IA 2RKIA 2G8KA 4BRKA 4CJLA 3V9XA 4GKKK 1C1BA 2Q2RA 2B4JA 2WOMA 4CEQA 4H5NA 3MEGA 3W3DA 4Z94A 3WXLA 4K8XA 3SJJA 5JLHA 3HP6A 5GAHP 1JXBA 4PY5A 3OYCA 1HRHA 4NB4A 4YDUA 2X74A 3P1GA 1C0UA 1XHZA 1KVBA 3T1HK 4JD2B 2O8CB 3T1YK 3BDPA 1TL3A 3NGZA 5B5TA 1IJGA 4K42A 1W2BM 3MHSB 1T8EA 3E01A 1EETA 3SUNA 2QEXN 4CFAA 1RTJA 4AF1A 5C25A 3PIOL 4FK2A 3U9ZA 1BA1A 1HK3A 1WBBA 3I56N 1WSIA 2QA4N 1VQ7N 4N56A 3RRGA 5I42A 5FLXO 4HUFA 4H4MA 1WB9A 3DLBA 2RN2A 2D0BA 2E20A 3OVNA 4DF4A 1MA9A 2A41A 4OLBA 3O3HA 5HBMA 4DR5K 2EFHA 2X6SA 4FJJA 4BWJA 4WFAL 3T3FA 4WQ5C 2ITGA 3CJ7A 4RW4A 3MK6A 4B9LA 3RR8A 4DTOA 1JLBA 1VSHA 4H03B 4KBOA 4CIGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ID6 A;  3T7Z A;  3PLA A;  3SIU B;  3NVM A;  2NNW A;  3ICX A;  3NMU A;  5GIP A;  4BY9 C;  5GIN A;  3GQU A;  3NVI A;  1NT2 B;  3SIV B;  2OZB B;  5GIO A;  3GQX A;  3NVK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QIC A;  4FCY A;  4QAG A;  4F9O A;  3AO5 A;  3O3G A;  4F8R A;  2CH6 A;  4DLE A;  3HJF A;  4NCA A;  5CYM A;  2QWR A;  2WBN A;  3AVC A;  4F3T A;  2HST A;  3WHS A;  3SNN A;  1NGC A;  4BR2 A;  5AQJ A;  4GV3 A;  4JK7 A;  2D0P A;  4O44 A;  3HI0 A;  1U2V A;  3UIQ A;  2IOC A;  4DQQ A;  3OY9 A;  1ITG A;  3M6G A;  1Q9Y A;  2W6L A;  1J6Z A;  4OR0 A;  4O5B A;  2E1Y A;  1Q81 O;  3SIU B;  1WSJ A;  3VQ4 A;  4FZX C;  1S1V A;  1RBU A;  5HRO A;  5HLF A;  3OYL A;  4DQP A;  4DKW A;  3PSI A;  4F3O A;  3HK2 A;  3O4Q A;  3LP1 A;  1HA2 A;  4JHD A;  4FJN A;  4B9U A;  4OPK A;  2DBX A;  4HUE A;  2P9S B;  2NRZ A;  3A73 A;  3Q7C A;  3QFU A;  3SIV B;  2NUB A;  4H5V A;  3OTO K;  4AQY K;  4F2R A;  5E84 A;  3TAG A;  4DR6 K;  1CZ9 A;  4B1U B;  4DF8 A;  2YDF A;  2G8H A;  3DOL A;  3C6H A;  1T03 A;  1XC9 A;  5AQL A;  3VA3 A;  1RT5 A;  5IIU A;  4DR3 K;  2OPR A;  1RT3 A;  3NMU A;  4N47 A;  2EWS A;  2ZQB A;  1NOY A;  3SQ4 A;  2HHQ A;  2XHB A;  4CCH A;  4LA0 A;  3RMB A;  3VQA A;  3A5L C;  3WNG A;  2BXH A;  4JK4 A;  1WBD A;  4PQU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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