5GIPA

Crystal structure of box c/d rnp with 13 nt guide regions and 11 nt substrates
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
375
structure length
375
Chain Sequence
KIYLIEHVIGAVAYDENGNIVDYITNPRDLGKITEELLNNEKGIPFSATVELLKKVNPQEVVVENEAEVPKLQALGYRVSYEPYSKVSRIFRESLPKVAIDIKFASNEEDYYNFLHELSLEYTRRKLRSAAQKRDLLAIQAVRAMDDIDKTINLFSERLREWYSIHFPELDKLIEDHEEYATIVSRFGDRGFLTIDSLKELGFNEQRINRILDAAKKSIGADISEDDLSAMRMIANTILDLYNIRRNLNNYLEGVMKEVAPNVTALVGPALGARLLSIAGSLDELAKMPASTIQVLGAEKALFRALRSGGRPPKHGIIFQYPAIHTSPRWQRGKIARALAAKLAIAARVDAFSGRFIGDQLNEQLKKRIDEIKEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 s
publication title Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus solfataricus
molecule tags Transferase/rna
total genus 138
structure length 375
sequence length 375
chains with identical sequence B, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01798 Nop snoRNA binding domain, fibrillarin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.246.90 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Serum Albumin; Chain A, Domain 1 Serum Albumin; Chain A, Domain 1 5gipA03
3.30.420.220 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5gipA01
3GQXA 1NT2B 3NVIA 3SIUB 3T7ZA 3NMUA 3ID6A 2NNWA 3SIVB 5GIPA 3ICXA 2OZBB 3GQUA 5GINA 4BY9C 5GIOA 3NVMA 3NVKA 3PLAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q1NA 2FSJA 3NMUA 2D0BA 3VMFB 2NRZA 3ZSOA 3D2EA 4DQRA 3HBTA 2X6SA 5AQWA 3HM9A 4BE2A 2BXQA 1S6PA 4K8ZA 2W6LA 2Z1HA 1NJXA 1UWBA 3TDLA 4G9ZA 2ITGA 3AGKA 5LY3A 3CC4N 4FJHA 2BXFA 3QIPA 2P9PA 5AQOA 4EIAA 4WCEL 3SAHA 5GAGP 2HHUA 1KDXA 4JHDB 3O9UA 2ASMA 4ISEA 4CBXA 3WQTA 1U48A 1LW2A 3TSPA 5LL6Z 2WONA 4Z4FA 2HVIA 2KBZA 3L2RA 1T7PA 2OANA 5FROA 3V9UA 2GTDA 2W41A 1JCGA 4IO8A 4YOVA 4LSNA 3CJAA 5BRFA 1BIZA 5AQSA 1HLUA 1LV5A 1RTJA 4E7HA 3BZKA 4BRGA 1M1KO 2Q0UA 1VZSA 3DLRA 3CM5A 2XMOA 1LAVA 3VEZA 3ZT4A 1YT3A 1N5UA 4FVUA 4BC2A 1JLAA 3AO3A 5F0XA 1K73O 2DBUA 3QO9A 5BPKA 1QSYA 1OKJA 3VEOA 2OCEA 2E8AA 3TAFA 1OH7A 4OR0A 5GIOA 2I7NA 2XY8A 4B9VA 4CW7B 2UUCK 1TK8A 2YV0X 4KH4A 5AQNA 3MX5A 3AAPA 3C65A 4G01A 2HHXA 4LUHA 3IS9A 1KRPA 3FZFA 3KK2A 3OS2A 3SQ2A 2HSTA 4FPBA 5GAEP 4I2PA 3WT0A 1BHLA 3CCRN 3DI6A 2IC3A 1MIVA 4B3MK 4CZIA 4W5RA 5D7GA 3GQXA 3WEEB 4CJQA 4CEEA 2FLOA 4FJKA 4BR9A 2O4GA 5AR0A 2E2OA 3I8DA 4OX9K 5BR9A 3TWHA 5AQVA 2P9KB 3K2PA 2BTFA 2GUIA 1XMOK 3PY8A 3TR8A 2P9NB 5BPNA 1WSEA 4WFBL 5FDLA 5AQZA 3QEXA 3CC7N 5IIUA 1EETA 4F5UA 4EHTA 2JWLA 4CZHA 4KHYA 1A5VA 5EVZA 2BXLA 1K9MO 4M7XA 1Q8IA 2NZTA 5M1OA 4W5OA 4MBEC 3VTIA 4BRIA 4J2DA 1SL0A 1QQNA 3G4SN 1C0GA 2O8BB 2HHHK 4K71A 1WUAA 3OYNA 2XW1A 2NRXA 4H4MA 4NCGA 1BO5O 5J2PA 2QWQA 3DLBA 3SUNA 1S1WA 3ISNC 1W2BM 4BR4A 1X9MA 1GOCA 3R9PA 2PYLA 3CIPA 2F8TA 3DWLA 4F2RA 3V6DA 4JKAA 3DJCA 1QZ6A 3LDOA 4C8NA 4KTQA 4LB2A 4LD0A 1HNVA 4MLHA 3HO1A 4B8AB 2G8VA 3ATVA 3E9PA 4HGKA 3EEQA 4C1NI 3IRXA 3VQCA 5FUOA 4A57A 1BWFO 1XUPO 2PBDA 4FWNA 4KB1A 4CJWA 3LU8A 4O0IA 1QSSA 4JAXA 1MA9B 3J7YP 3ULDA 3O9TA 1S1XA 3O9SA 3WXJA 5BPMA 3RVCA 4CGHA 4OT2A 4ISFA 4H0YB 3V1OA 4K25A 5C0YA 4CJ4A 2EHGA 3A75A 3AVIA 2ZWHA 1ZBFA 5JVGL 1B9DA 4FWSA 1ZBLA 1W97L 1J78A 4FM0A 1FXXA 3THXA 4ELVA 4HCBA 4C8OA 1XI1A 4A5AA 1RGIA 4BE1A 4LA0A 4DSEA 2OPRA 2HHSA 3ZEUA 4KV8A 1U6ZA 2QM1A 4DV5K 1ATNA 4PHTX 4E0DA 3H3AA 4DMNA 2BXHA 1ILYA 2Y1JA 5J1EA 5F2RA 1WAJA 3QDKA 5EOYA 1GLBG 4B9UA 2E4LA 1T6CA 3ZX2A 4DTOA 2Y1IA 5AQJA 1RT3A 4M45A 1DGKN 1D8YA 4CF0A 3VERA 2E5LK 5AQQA 1O1WA 5GADP 4DLEA 4CGFA 5HRPA 2QKKA 3M3ZA 4BC3A 2BUPA 3CCVN 3JAMO 4FWMA 3RTVA 4AF1A 2GEMA 3B8AX 2VG6A 3OYCA 3N4PA 3NF7A 1KQSM 3E9LA 3FWBC 4O8KA 3VQ6A 1TUYA 4OJRA 2YX6A 2BXIA 2QMCA 2Q31A 4YY3K 3TAGA 1U2VA 3SQ4A 1F21A 1NK5A 4K42A 2YHBA 2E0YA 4JYAK 4HGMB 4DQQA 3DYAA 3D2EB 3V4IA 3L2VA 3S9HA 1IKVA 1L3UA 1NJWA 2HF3A 3AVFA 3D6RA 1I39A 3HTVA 1VSHA 3VPZA 4E99A 1WAFA 2FBVA 4F3OA 3LZJA 3JYTA 1QTMA 1FJGK 3MCAB 1YITN 3P5JA 3CX9A 3DLKA 2G8UA 4KH5A 1U49A 3CCQN 4OPKA 3SJHA 4TQ1A 4CJTA 1Z26A 3UIQA 3DRRA 3FZMA 3SMPA 3SI6A 3TPQA 4D7XA 4FWRA 4CZGA 1NOZA 2BXBA 4V19S 3DRPA 3OTOK 3MEGA 4N47A 1S72N 4DR5K 4OPJA 1NBWA 4FJGA 4IDKA 4J2AA 3OYLA 3HK2A 2IDOA 5C2FA 4Z69A 3LALA 4JK9A 3AA2A 2IVPA 2JLEA 4CBUA 3SUOA 4FM2A 1KLMA 1BCMA 4DM0A 4H03B 4FJJA 3IDHA 3O5BA 1EWRA 4ZBKA 3K5LA 4QS8A 1BA0A 1WSGA 4G03A 4GMJB 1HK5A 3CJ9A 1C0FA 3CI5A 3DOLA 4LC9B 4DSFA 4OO1J 4WQ4A 3ZLJA 4PKGA 4IJNA 3NDKA 1ZBHA 3WXIA 5BN9A 1FKOA 3NAEA 3C7NA 4CVNE 1Q9YA 3QEIA 1IG9A 3K5NA 4M3UA 2R7YA 1E7FA 3QBXA 1XC3A 4W4UB 1YVUA 1Z6RA 4LY7A 2I2ZA 4NYFA 1BA1A 1RNHA 3FNMA 4AHRA 3PX4A 4J2BA 3NGIA 4RTFD 1AO6A 5C12A 3M8PA 1VSJA 4FWKA 3JS6A 3PX6A 4FW2A 4BGAA 2BDPA 3LPUA 3ZX0A 1WN7A 3H3OB 3V81A 3AA5X 2P5OA 4JKHA 2V36A 3NH1A 3MEDA 4RCHA 1C0TA 4DV4K 1FKPA 3VQPA 4FLYA 4B9TA 2DY4A 1VRUA 4CJFA 3Q7BA 2G8WA 2BXNA 4BRAA 3P39A 3CPEA 1JLQA 4MDAA 3WHSA 3D7EO 4BY9C 3HVRA 3VGLA 2O8DB 3THYA 3ULEA 5M1QA 3EL2A 2HMIA 4JRPA 1KVAA 4IOAL 3T1HK 1L5UA 1OH8A 2BANA 3C6AA 3D2FA 2PFUA 3LP2A 5FPNA 4CCHA 3UKUA 1LOTA 1MWKA 4E89A 1XQSC 2IGIA 3NF9A 3SNNA 2XY6A 1ITGA 3O9QA 1WSIA 3L4IA 4B8CA 1TF0A 3PIOL 2JUHA 3W3DA 2Q2RA 4FLZA 4FWOA 1H9ZA 3MMVA 2I7PA 1HUXA 1VQON 2BXAA 4JI8K 1DEJA 1BM0A 4JD2A 1RT1A 4CJUA 2NLXA 1VQ7N 3KIKA 4BQLA 3K5MA 2QXFA 1NJIO 3QIOA 4CIGA 5KRTA 5H1SQ 1JL2A 4CGGA 4JV5K 2HMPA 5J2QA 2YCHA 5AQUA 1TAUA 4I7FA 1IBKK 1GLFO 3O3HA 1WB9A 3OYIA 1BDGA 3NBPA 2KHOA 1YJWN 4X66K 4K8XA 1YI2N 5FPMA 3FFIA 1LNSA 5IJFA 4B1XB 5ADXH 3CC2N 3IKMA 2P51A 1HRHA 4H5RA 3MX2A 5HRSA 3M5RA 4BVPA 2KZZA 3MXIA 1IJGA 2CKXA 5I9EB 4DV3K 2OYQA 2OZSA 3BPJA 4B9QA 3NVKA 3O4NA 5AQTA 2QW9A 4EMXA 4KRFA 4Z4HA 3GA9L 3THXB 2B5JA 1XC9A 3CJBA 4IOXA 1BL3A 1HR0K 4IWVA 3DOKA 2O4IA 3ZEUB 4DCHA 1Z25A 4ELUA 2V7YA 4IOCL 3L4QA 3B9MA 2RPIA 3V03A 4JK7A 4CIFA 4F4KA 3BP8A 1HK1A 1JXEA 4XH1A 3OJUA 1EXQA 4B3OA 4L3QA 1LWCA 4UQGA 1SKSA 3U9ZA 3KVGA 3RMCA 3TAEA 1VQ4N 4HVJA 3MAQA 2YKMA 4YDUA 2BXEA 2LQHA 3C6TA 3LDPA 4Z4IA 1RT2A 3Q7CA 2HHTA 3VEXA 5TKYA 1R0AA 2D0AA 1HJRA 3THWA 3GBTA 3QEWA 4CFAA 4S1YA 4DR7K 2QHBA 2HHWA 5GHKA 4C8MA 3ZYYX 3CCLN 3TTCA 4N56A 2EFEA 1C1AA 3QNOA 4DU1A 4OKJA 1JCEA 1U2VB 2VGNA 1RDBA 2I5JA 4ZC6A 3BF3A 4B9LA 3V9WA 1UOCA 3I8BA 2B4JA 1S1TA 2ITMA 1EWQA 3ZX3A 1DTTA 4BRDA 1X9WA 3KD1E 2AJEA 1RFQA 3PUFA 4FK2A 1KW2A 2A40A 3AAQA 3E66A 1VSLA 3KJVA 4DR1K 1KFSA 2NRHA 3O4WA 3DLGA 2ETJA 3DLHA 4CF1A 1NLVA 3CMAN 5C42A 5KQDA 1N33K 1BQNA 4ILJA 3MCPA 4KPYA 4B9SA 4WYBA 2XO7A 2CH6A 1M90O 2BE2A 4KHWA 2O8CA 3A5OC 3CCEN 3AVBA 5DMRA 5A2QO 1EP4A 2PZSA 2VQEK 4F5TA 1QZ5A 3I55N 2OTJN 1NMDA 1NG9A 4BQZA 3O8MA 3F2KA 5JICA 4BKEA 5JLHA 3O9RA 1VQNN 4ZHRA 2DPNA 4O44A 5CE3A 5JS1A 4CGJA 3QLHA 3KKSA 1CXQA 3NE6A 4HUEA 1ZBUA 4PL7A 4Z4EA 1NMNA 1S9GA 4ZBRA 5TKWA 5KTQA 3CF5L 4W5QA 3N4QA 3M8QA 3OYEA 2ZJPL 4YOXA 1C0MA 1MIWA 1KFDA 2ZQBA 4O5FA 4M3RA 3OYMA 2BXOA 5SZTA 4BR5A 5ADXA 5K14A 3R8EA 4KBOA 5IJEA 3HSCA 4OGCA 1RBSA 1S3XA 4X62K 4IXCA 3C7NB 4LF7K 3ZSYA 2NRRA 5IJ5A 4WQ4C 4YOTA 5EU7A 3CG7A 3AA3A 1G15A 3UKRA 3VQEA 5E84A 4CGDA 3P38A 1E7BA 4M3ZA 3V9XA 1JCFA 2X74A 4OTUA 4JKFA 3SPYA 4ID1A 4X65K 4KFBA 3RR8A 4ILHA 3DXKA 3H08A 3VF4A 3M99C 4BVOA 5BREA 1E78A 5EY4A 4DTPA 1X1PA 2A41A 4DWIA 4JI6K 2LOQA 3I0RA 2D4WA 4HCCA 4U67L 5HL7L 2P9UA 1XHZA 1ZBIA 1SL2A 2CGJA 4C1NK 4IEEA 3CCMN 4HWIA 3H37A 1HKBA 3KTQA 4BR2A 4R79A 3PO5A 2FBTA 1BG3A 1T05A 3K9JA 3K59A 1IG8A 4CJSA 3B6OA 4PL8A 3THYB 4W5NA 1TYQA 3ULEB 2RE2A 2ZJRL 1Q9XA 3HRGA 3P83D 1JLBA 3D2FB 3JXUA 1YIJN 1HYZA 1BI4A 2KLAA 1ZYQA 3SPZA 1ZC6A 2WC9A 4CJ3A 4GV3A 4JNEA 4YORA 3CETA 4CJKA 3UKUB 1LOTB 4Q5VA 4M3WA 4PUOA 1VAZA 4DF8A 2IVOA 3WNFA 4RW9A 1TKDA 1ASUA 2QWLA 3QBWA 4OKEA 4DFPA 4JI7K 3K5OA 5C15A 5FRMA 4E19A 4JD2B 3V9SA 1SL1A 4LF5K 3T69A 5KPTA 4BRCA 2G8FA 4CGIA 4B1ZA 4DG1A 3HI0A 3R1XA 1WNSA 4CEBA 4DFMA 4A62A 1KXPA 2HBMA 3OJSA 4E7JA 3LZIA 4FZYA 4BRPA 1E3MA 4DF4A 2YNIA 3KZBA 4OLBA 3OW2M 4LF8K 1NU0A 3LWLA 3RMDA 1D9DA 4IEIA 1EX4A 4MLEA 1D4XA 3THVA 3FZHA 3U9DA 3VESA 3TARA 3CQXA 4M42A 2IAJA 4WF9L 4KHQA 4OKKA 1RTHA 3AO4A 3LL3A 1S22A 2ATQA 3L2WA 1MIYA 4DQPA 3OHRA 5AFUH 2BXGA 1HMVA 3EE8A 3VQIA 3J7ZO 4KI6A 1RBRA 2HB5A 3M1FA 1Q82O 1E7GA 1KLNA 1CZ9A 3H1QA 2ZF5O 4DKWA 1KAZA 2DBXA 3LANA 2GWKA 1HJOA 3UE5A 3SAFA 4W5TA 1JLCA 5EX5A 3CFOA 2UU9K 3ENBA 4FK0A 1KSPA 5AJ3K 1S9EA 1GLDG 3FZLA 1NGJA 4C23A 4O4GA 4TQ0A 1HQUA 1VSEA 2OPSA 1VQPN 2G8IA 1HKCA 3L8BA 3THWB 2W40A 4K0KK 4YDUC 2E2QA 3VENA 3L2UA 3CQ8A 3BDPA 3G10A 3I0SA 2VCPA 1N32K 4GDXA 4DV6K 1HNIA 1E4FT 3A5NC 4GG2A 3VQ4A 2PYJA 3HXMA 1V4TA 3C6HA 4EAHD 5KGWA 3TI0A 5KPZA 4DS5A 4FCYA 3G0ZA 4CJEA 3F73A 1QQMA 1N8RO 2QKBA 3OYHA 3CJ7A 2YNHA 2ZGYA 3KK3A 4FLWA 2UYTA 4OGEA 5HROA 1S1VA 3SUPA 4NXNK 1KAYA 1YXQA 4DQIA 4DSKA 4WFAL 5C25A 3U6FA 1FK9A 3J8AA 2JGUA 4BRMA 4ILGB 3E1YA 3CD6N 4Y0WA 4I9OA 3VF6A 3QESA 3TABA 4KH6A 4XIUA 2LXTA 1ATSA 2QXLA 1OH6A 1LCUA 1J5OA 2O8CB 1TKZA 4KAZA 3VQ5A 4RWTA 3SJJA 5SWMA 3NFAA 3IMXA 2F7TA 1MUHA 2P9IA 4LF9K 1Y64A 4GV6A 3ASMA 4NCBA 2E2PA 4QAGA 1VK0A 4IJAA 1S6QA 3BGRA 3MXMA 4CK2A 3TAPA 3RWUA 4AM7A 1TL1A 3A0IX 3ZETA 2IS3A 3LM2A 4HTUA 4Y1DA 2VDBA 3NH0A 1WBDA 4G1QA 4HTLA 4AHUA 3BZCA 4DHYA 3VA0A 3KKRA 4R5PA 4JRQA 1E7EA 1P90A 1UA0A 4QCLA 2VUFA 4H0TB 3VF2A 2EFHA 4KTWA 1NGAA 3F5TA 3SCXA 2A1SA 4F5VA 5E26A 3PIPL 3BEXA 2Z1JA 4YOYA 4FWQA 4CECA 2P9PB 4AH9A 4XH4A 4CJVA 1MUSA 2BX8A 3FE1A 4KKOA 4N3ZA 5CZ2A 2AGHB 2XVQA 4JKGA 3VTHA 3J7AP 3WHQA 2GX9A 4DS4A 1YJ9N 3ZT1A 1XNQK 4FYDA 1JNBA 4FSVA 5M1FA 4QS9A 3UKRB 2KKZA 5CYMA 4JI2K 4CJLA 4IFEA 2UXBK 1S5JA 3CJ1A 3VEWA 2Z8JA 5HOOA 4JK8A 3EN9A 3OYJA 3PV8A 1NK9A 3T1AA 5AFUA 3DXKB 1I94K 1IV0A 2B6AA 3C95A 3AVNA 4FJ8A 2FF3B 4DTNA 4MQ3A 5AQHA 3HPHA 3HP9A 5BR8K 4DB3A 1VSFA 1Z05A 4M41A 2P9UB 1C1CA 3SIUB 3O3GA 4DSLA 3VA3A 4PQUA 2OT3A 2ZE2A 3NGYA 3ZSQA 4G04A 3SYZA 3VGMA 4CHZA 4DV7K 1KD1O 1KXPD 5DM7L 4N0UD 3G9KD 3KWIA 1BQMA 1TYQB 2DG5A 1JLGA 3IUCA 2PY5A 2KWFA 4GNIA 2G8KA 3WQUA 3OBYA 2E6MA 3CCUN 1BI4B 4GW6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GQX A;  1NT2 B;  3NVI A;  3SIU B;  3T7Z A;  3NMU A;  3ID6 A;  2NNW A;  3SIV B;  5GIP A;  3ICX A;  2OZB B;  3GQU A;  5GIN A;  4BY9 C;  5GIO A;  3NVM A;  3NVK A;  3PLA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Q1N A;  2FSJ A;  3NMU A;  2D0B A;  3VMF B;  2NRZ A;  3ZSO A;  3D2E A;  4DQR A;  3HBT A;  2X6S A;  5AQW A;  3HM9 A;  4BE2 A;  2BXQ A;  1S6P A;  4K8Z A;  2W6L A;  2Z1H A;  1NJX A;  1UWB A;  3TDL A;  4G9Z A;  2ITG A;  3AGK A;  5LY3 A;  3CC4 N;  4FJH A;  2BXF A;  3QIP A;  2P9P A;  5AQO A;  4EIA A;  4WCE L;  3SAH A;  5GAG P;  2HHU A;  1KDX A;  4JHD B;  3O9U A;  2ASM A;  4ISE A;  4CBX A;  3WQT A;  1U48 A;  1LW2 A;  3TSP A;  5LL6 Z;  2WON A;  4Z4F A;  2HVI A;  2KBZ A;  3L2R A;  1T7P A;  2OAN A;  5FRO A;  3V9U A;  2GTD A;  2W41 A;  1JCG A;  4IO8 A;  4YOV A;  4LSN A;  3CJA A;  5BRF A;  1BIZ A;  5AQS A;  1HLU A;  1LV5 A;  1RTJ A;  4E7H A;  3BZK A;  4BRG A;  1M1K O;  2Q0U A;  1VZS A;  3DLR A;  3CM5 A;  2XMO A;  1LAV A;  3VEZ A;  3ZT4 A;  1YT3 A;  1N5U A;  4FVU A;  4BC2 A;  1JLA A;  3AO3 A;  5F0X A;  1K73 O;  2DBU A;  3QO9 A;  5BPK A;  1QSY A;  1OKJ A;  3VEO A;  2OCE A;  2E8A A;  3TAF A;  1OH7 A;  4OR0 A;  5GIO A;  2I7N A;  2XY8 A;  4B9V A;  4CW7 B;  2UUC K;  1TK8 A;  2YV0 X;  4KH4 A;  5AQN A;  3MX5 A; 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