5H5SA

Crystal structure of human gpx4 in complex with gxpep-3
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
163
Chain Sequence
b'DWRAARSMHEFSAKDIDGHMVNLDKYRGFVSIVTNVASQGKTEVNYTQLVDLHARYAERGLRILAFPSNQFGKQEPGSNEEIKEFAAGYNVKFDMFSKIEVNGDDAHPLWKWMKIQPKGKGILGNAIKWNFTKFLIDKNGVVVKRYGPMEEPLVIEKDLPHYF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of GPX4 inhibitory peptides from random peptide T7 phage display and subsequent structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phospholipid hydroperoxide glutathione peroxidase, mitochond
source organism Homo sapiens
molecule tags Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
total genus 56
structure length 163
sequence length 164
ec nomenclature ec 1.11.1.12: Phospholipid-hydroperoxide glutathione peroxidase.
pdb deposition date 2016-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5h5sA00
1Z7PA 2F9SA 5ECOB 2CVDA 2YZUA 1U87A 1UN2A 8GSSA 1F3BA 4RQRA 3IDVA 5J9BA 3VWWA 1X9MB 2BMXA 4IELA 4JE1A 2O8VB 1WJKA 3FY7A 5CRDA 3GTUA 5FWGA 1RK4A 3FR3A 5FT3A 2JL4A 4LMWA 1I9DA 3F8UA 4KA0A 2BTOT 4EC0A 4EKZA 2H74A 1SK2A 4N0ZA 3D4TA 2I4AA 3IAM2 3KMOA 5COHA 3A2WA 4K7NA 2J9HA 5HFKA 1GSSA 2BJXA 1ABAA 4LA1A 2KHPA 1W4VA 5KEJA 1ACVA 1KEBA 4OCEA 2VM2A 3N9JA 2AUVA 3LXTA 2B6MA 3GA4A 4PNFA 1M99A 5D73A 1T4ZA 5JWQB 2PBJA 3LEFA 2WULA 7GSSA 3GV1A 4JR6A 2E7PA 4ZB8A 3EURA 3L9SA 5F0GA 3TKQA 2FWEA 4OWYA 2GZYA 1GL8A 6GSUA 3P90A 5IMFA 4NAXA 3CYNA 3U5RE 1K0CA 1BYEA 3GHAA 2XPDA 3QDNA 4HEA2 2IFQB 14GSA 4JU5A 3EWLA 1R26A 2JZRA 4K2DA 2DJ3A 3GKMA 1T3BA 5F05A 2H6YA 1HNCA 4AJ6A 2DBCA 3BCIA 5KN3A 3ZLPA 1OAZA 4G10A 1USBA 4KSMA 3GKKA 1XXUA 17GSA 1ZCPA 3H1NA 3A2VA 3ED3A 1J08A 4EXJA 4XIHA 4TXVA 3GTUB 2EIQA 1GH2A 1F9MA 4ZL7A 5IO0A 2B7KA 2H6ZA 1WWJA 3K8NA 1QUWA 1AUCA 5HR2A 1R5AA 4K0NA 9GSSA 3GN3A 2H01A 1M2AA 4O92A 2L57A 3DRNA 4K9ZA 2LUSA 3IE3A 1LJRA 1GTAA 1VF3A 4RI6A 2LJAA 1PKWA 2LS5A 1TRUA 4ACSA 1UA5A 2C0GA 2GTUA 3FR6A 1GSYA 5DBQA 2HFDA 5C04A 1YKCA 2FWFA 4TOPA 4IQAA 3ZMKA 2H1AA 1BG5A 5DQSA 1QGVA 3VI5A 4XS4B 3F4TA 2OKAA 3KGKA 3ZRDA 1YF1A 2H70A 3C73A 2RM6A 4TR0A 1AC1A 2H6XA 4MZBA 2ON5A 1OE8A 2C1YA 1MEKA 2WFCA 5ABRA 3EC3A 4LL1B 2VCWA 4WBJA 2WJUA 5J5NA 2V41A 4IP1A 2WB9A 2B5XA 3C8EA 3N5OA 3C7MA 1EWXA 3BD2A 1S3CA 4K6XA 2IMIA 5FHIA 2LRTA 2H1DA 1SD9A 2KP1A 4KB3A 2LQOA 2DMLA 3VLNA 4IGJA 4G2EA 2B5EA 2F3MA 3QCPA 3DIEA 4MMMA 1W89A 2HZEB 5IMVA 4OO4A 4P3YB 2B7JA 1YEXA 2LQQA 1A2MA 1JHBA 4MJEA 4IP6A 5HFGA 2PVQA 1IYHA 4LMVA 1WMJA 2CX3A 2C3QA 3EU3A 4K0GA 1OC8A 3IV4A 3W8JA 4HJMA 2VD0A 3KMNA 1FHEA 3TKSA 3EMXA 3TGZA 4L0WA 1JFUA 2JSZA 2Z9SA 5G1KA 2IWTA 2LNTA 5J3RA 5GZZB 4EDYA 3IRAA 2YJ7A 5IO2A 2R37A 5HFIA 3HJOA 4KW6A 1V58A 3KIJA 2HI7A 4AJ7A 2F8FA 1TOFA 1M9BA 1T8EB 3KH9A 1XPVA 3P7XA 4PQIA 5EL8A 1PRXA 2IL3A 3TCOA 2GS3A 3IHQA 4WETA 4EL1A 3V1WA 4WKWA 1VF1A 2ALBA 4QL7A 4MF7A 2IMDA 4XS1A 5INYA 1GLQA 2O85A 2HXKA 5DCGA 3ZIJA 5ECKB 4MABA 1QXHA 4TN8A 3F3QA 2PN8A 2IPAA 4BWQA 5C00A 3A2XA 4HZ4A 2VM1A 3W6GA 5GSTA 3TKSE 1DE2A 1M2BA 4I6XA 5DQYA 1TU7A 1SJIA 1G6WA 1O8XA 3KEBA 3D5JA 5D93A 4BVYA 4KNDA 2CT6A 2VAFA 3VI7A 5KN0A 2C0FA 2NTOA 3C71A 2LJKA 3GYKA 4I2TA 2MMAA 2M46A 3RBTA 1XIYA 2YCDA 5H5QA 3TRQA 4GWRA 3MAKA 5D8IA 4ULXA 2G2QA 1SJ6A 1WRYA 2H71A 2QKEA 3M9JA 5HR3A 4DSSA 2H76A 1QQ2A 1MD4A 5JWRB 1EV9A 2JZTA 1XW6A 4POBA 3MSZA 3GX8A 2MMOA 2AJQB 4YQVA 3ZVJA 4CHSA 1ST9A 1LU4A 3WT2A 3TJJA 1K0DA 4MZWA 2O89A 2E0QA 3J7Yb 3LG6A 2IN3A 3HVSA 2YV7A 1XBSA 2QGVA 1G6YA 3IOSA 4OD7A 1K0OA 4BVXA 4PUAA 4HU7A 5JCUA 3LSZA 4GSTA 1HQOA 2HZFA 3UOMA 1TK8B 2JACA 4D73B 3S9FA 3UJ1A 4PURA 1VF4A 2LRNA 3EYTA 2V1MA 2C3NA 3ZYWA 4ILFA 4MDCA 1J0FA 1B9YC 1XZOA 3F4SA 2AHEA 1PKZA 3EVIA 5KN1A 3WGEA 4FYBA 2YNXA 4YAVA 3DD3A 1K0MA 5H5RA 2PVOC 2FUG2 3GNJA 3ME7A 1TTZA 1Y6EA 2M80A 2N5AA 2VCZA 5D9WA 3QR6A 4X1UA 2OJLA 2X64A 1F6MC 2YWMA 1YDKA 2ZCTA 1FVJA 3O6TA 4LLRA 5DAKA 1ERWA 5IM9A 1YZXA 4IQ1A 1HNAA 3D0ZA 3ISOA 4PUFC 3IPZA 1H4OA 2HRFA 4ZILA 3VPQA 2ZUPA 5IMCA 5ENUA 2OACA 2RUFA 2HT9A 4YAPA 4MLYA 4MPFA 1SKSB 4GLTA 2VIMA 4MF5A 3F0IA 3KCMA 1PGTA 3BBYA 2H72A 3KXOA 1OC9B 1K3LA 3QPMA 2GT5A 4ZIJA 2AV4A 4EUYA 4XRDA 1ZL9A 1SENA 2P5QA 1SYXA 3TOTA 3TDGA 3HHVA 5IQYA 3ZTLA 5DALB 6GSSA 3Q74A 2VCTA 1T1VA 4EF0A 5LD0A 5AISA 4ZB6A 1GNEA 2HNLA 3I43A 3NZNA 4F0CA 1HNBA 4IHUA 4N30A 3WGDA 2FWGA 3QFBC 3GH6A 4RQXA 3BCKA 4KX4A 4ECIA 1GUMA 5GAND 1M7TA 3EE2A 1JLWA 3NIVA 5ELAA 4HI7A 2MMNA 2NVLA 2YPMA 1OE7A 2GZZA 5CRWA 1GLPA 1RW1A 5HR0A 4FIWA 4WBRD 2MMZA 1ERTA 2VL2A 3HVXA 1VF2A 1QK8A 2N5FA 4XCSA 3M1GA 1S3DA 3BJ5A 4GCIA 3ZL5A 3QD9A 4KDUA 2L5LA 3TKSC 2WGRA 5B8BA 3AY8A 1B9XC 3FW2A 1SK0A 5AIVA 2RIIA 1S3AA 1SL0B 1MDJA 3HY2A 1MDKA 4KAEA 4ZB9A 3HA9A 4IW9A 4OFTA 2OE1A 4XS6A 2L59A 5G5EA 1K0BA 4MP4A 5H5SA 1AAZA 1FOVA 4ID0A 3LYPA 3RHCA 2E2MA 2H0GA 1PSQA 2V6KA 3F6FA 13GSA 2CVKA 3RPPA 2IJYA 3P8WA 4IBPA 3IA1A 2HSYA 19GSA 3D22A 4N0VA 1PQNA 2OBKA 3HXSA 4CW9A 2MYGA 2R4VA 2MZCA 3PINA 4ML1A 4BA7A 4KCAA 1WOUA 2L5OA 2PGTA 2LTKA 3DXBA 4IVFA 2KUCA 3HDCA 1U3IA 2CQ9A 2GQLA 2C8UA 1PX6A 4AGSA 3GX0A 2VL9A 5JCWA 1K0AA 1T00A 5EPFA 4J57E 1EP8A 4YQMA 5IPGA 3VFIA 2RM5A 5IMZA 2FCHA 4DSQA 5J41A 3IAS2 2H1BA 1NHOA 5ECSA 1B4PA 2HYXA 4V2LA 1O81A 2LRCA 4KSOA 5F8BA 5B8AA 4HDEA 1BQ7A 1ZGNA 4HQSA 3O3TA 4KUNA 3DMLA 4HQZA 2YWIA 1AQVA 3L9VA 3J7Yk 3CTFA 1UVZA 2WCIA 3FEUA 6GSVA 3TOUA 2X8GA 1FAAA 3CTGA 2XBIA 2FY6A 3PR8A 1FB0A 3Q6OA 5D9VA 3D21A 1EEMA 1SL2B 3TKRA 4I5QA 2DJ1A 4TXOA 3GSSA 1JZWA 3CMIA 3JCML 2DLXA 2TRXA 1E6BA 1LBKA 1TKDB 5J4UA 4MJCA 5EVOA 4EE0A 1NHYA 4YH2A 1DBYA 2I1UA 1A0FA 2B5YA 2WS2A 3TRPA 4IJ3A 4G9HA 3H79A 1A2JA 5DJLA 2KOKA 4HUAA 5LNKe 1JLVA 2K8SA 5B6NA 10GSA 2GDRA 3DVWA 1VGLA 3GKNA 2J23A 5IIZA 5AGYA 1WE0A 3FYGA 3HYPA 1THXA 4KH7A 2AB6A 2IMEA 5DCHA 3G7IA 4BPYA 3GRXA 4JR4A 3EMPA 4ZBAA 4V1Ap 3IBHA 2A2SA 4V2NA 3CSIA 3ERGA 4Q5NA 3L0HA 4GQCA 5CREA 1AXDA 1VRSD 3US3A 5IMAA 3W8SA 2C4JA 2C0EA 2VLTA 1ZOFA 2KLXA 1F2EA 2NPBA 2R5GA 2FWHA 2XBQA 1U3AA 2L6DA 1TK5B 2TRCP 2C3TA 2FA8A 1BAYA 4TVEA 1BX9A 2H8LA 3CRUA 2B1LA 3UMAA 1Y25A 3C1RA 4Q5FA 2HSHA 2H75A 3G9BA 1Z3EA 4MH2A 4GTUA 1G7EA 5G31A 1TK0B 2WDUA 3GH9A 2K18A 3VK9A 2V6OA 4MH3A 5IPHA 5DDLA 3APQA 1K0NA 2A4VA 3KZQA 5G30A 6GSTA 4G19A 3TJFA 1TP9A 3WYWA 4OFMA 2NBSA 3VWXA 4OMVA 4OCFA 1XFLA 1I5GA 1U6TA 1XVWA 1K3OA 4EDZA 4NHZA 3ZMLA 3I9V2 2JSYA 4NV2A 4ZL8A 2WRTA 1GTIA 3GSTA 5HR1A 1XWBA 2V32A 5KN2A 3QAGA 1XVQA 2LJRA 3L9UA 3SBCA 2I3YA 5CP1A 1N8JA 1MTCA 3A5WA 3IK9A 4WR4A 4WXTA 4X43A 3WGXA 3GIXA 2YANA 2L6CA 4TR1A 5F07A 4AF2A 1M0UA 1NM3A 3IC4A 1EZKA 1ZMAA 4WF4A 2F51A 3ZREA 3D4MA 5ID2A 2H66A 3LYKA 3I6AA 4PXOA 3PGTA 2YWOA 1EOHA 4NHWA 1E2YA 3LORA 4TR4A 4JEDA 3UIWA 1M9AA 3UL3A 1ZYQB 1B4QA 1X5DA 2GSTA 1SD8A 2JZSA 1OKTA 3L4NA 1NSWA 2K8VA 4KE3A 1G0TA 2YOIA 3F9UA 1X0RA 1A2LA 5A4WA 1R5PA 2PPTA 4POMA 3QMXA 4MPGA 2B1KA 5AIXA 2IIYA 3IK7A 4MZCA 5E59A 5CNWA 5A4VA 2VL2C 4XRAA 1XWAA 1YF0A 3F6DA 11GSA 2PUKC 4L0UA 1BEDA 4QQ7A 4GSSA 5IMDA 3OR5A 2MBSA 1GUHA 4DSSB 4LL4B 1QMVA 2CAQA 4ZBBA 2FD3A 4K8MA 4X0XA 2HE3A 4H86A 5D9XA 4PQHA 12GSA 4TR1B 5E4WA 5ECPB 2EIRA 3VURA 3A3TA 3KM6A 3CSHA 3H93A 4ML6A 1RQMA 4IN0A 1DE1A 3DGQA 2VLUA 1SJZA 3LWAA 2L4QA 3E0UA 3MDKA 5CRGA 5CYYA 2K9FA 4WF5A 3CRTA 4PQ1A 1YKAA 3Q18A 2O87A 2R6KA 3L78A 3FRCA 4OFNA 5ECHB 2PERA 1F3AA 2GQMA 6GSWA 2IFQA 5ECIB 3QAVA 2YJHA 2CAIA 3UVTA 2DJ2A 3FZ9A 5GSSA 2OBIA 3TB2A 2XHFA 3F63A 4F0BA 2X99A 5DJMA 4YQUA 2P5RA 4E8HA 3UBKA 4GRFA 4KDYA 1XOAA 4MA9A 1SKWB 4J56E 1Z9HA 4O7HA 1X9WB 1MD3A 1TU8A 1XWGA 4L5LA 1WIKA 4HZ2A 2GSSA 4FYUA 1YEPA 2CA8A 3ZITA 5J9CA 4JZQA 4TKYA 3F4RA 2TIRA 4QL9A 1R4WA 3M0FA 1TRVA 3FZ5A 1XW9A 3TKPA 1G7OA 3RAZA 3ME8A 2YN1A 5DAKB 1A23A 3VPTA 3DKSA 3KTLA 3KTBA 4PNGA 1JZDA 2DJ0A 1IYIA 2GT6A 3KH7A 2FA4A 1Q98A 4Z7XA 3GURA 5IOXA 2NDOA 3E9JB 2WZ9A 5ELGA 4F03A 4XS4A 18GSA 3GL3A 1O85A 1YY7A 1TRWA 1SYRA 1EGRA 1UC7A 3CSJA 1KNGA 2XPEA 3GFKA 1CQHA 4Q5QA 1A0RP 1V9WA 4GQFA 2H0IA 2LNSA 3DEXA 2ON7A 3WD6A 4EO3A 4NXIA 4RUVA 5D9TA 1SKRB 4HU9A 3FZAA 1THOA 3KP8A 3LGCA 4AJ8A 3R2QA 1EEJA 4HJ2A 3DWVA 2X8HA 4I2UA 2X8CA 3D6IA 2LSTA 3UBLA 2CVBA 4GF0A 3GMFA 4F82A 4KDXA 3KJYA 1O7UA 1ML6A 1BJXA 4PGTA 3Q19A 5ECQB 2HZEA 4NMUA 5A5KA 1PA3A 3VWVA 4F2IA 2GSRA 4XHMA 2R3XA 1FVKA 3P2AA 1Q4JA 3E3EA 4JBBA 1TI3A 2VOCA 4JRRA 1Z6MA 3O76A 1TI1A 2I81A 1AIUA 1FO5A 2ZNMA 1TW9A 1XWKA 5G1LA 1Z5YE 2IMKA 3G7YA 1XCCA 4FYCA 3WT1A 2OE0A 1A24A 2CZ2A 3MWHA 2FHEA 4ZBDA 2VUPA 3DYRA 4TR3A 1GSFA 1PMTA 5B6MA 3TJGA 2LV3A 1H75A 3QAWA 3APOA 3EU4A 3EINA 1SL1B 4HOJA 3PH9A 4O5RA 1MDIA 2GSQA 3DVXA 2H19A 2XC2A 4MCUA 1OYJA 2AYTA 2IMFA 2QSIA 4KCEA 1PD21 1GSQA 1C72A 1GTBA 1TDIA 2H1GA 5DVBA 3SWLA 4K1FA 1DSBA 1U88A 5ECRB 1EP7A 3FK8A 4FH8A 1FG4A 5IOWA 2V2GA 2H73A 1ZYEA 3FR9A 4K7OA 4MF6A 1GTUA 3BOAA 4PX1A 3M8NA 4L8EA 2L4CA 3CBUA 2A2RA 1A8LA 3M9KA 1GRXA 2VLVA 2CV4A 2PMTA 3QFAC 4EVMA 1HYUA 1CQGA 3MNGA 1EOGA 3GUSA 2VO4A 1XW5A 3LQ7A 5LCZA 1ERVA 1TXXA 4N10A 4NV5A 2DMMA 1YJ6A 1V98A 1TJDA 1EV4A 4POKA 1SK1A 4O32A 6GSXA 1OKDA 2HRNA 1V40A 2PWJA 1QFNA 3UEMA 3LXZA 1V57A 3UAPA 20GSA 1WP0A 2VCQA 3C1SA 4V1Ag 2QC7A 2C80A 5F06A 5A4UA 6GSYA 1GUKA 1OC3A 5ECMB 4ECJA 4K7IA 1PL1A 1WPIA 2K6VA 1O8WA 1R7HA 3LFLA 3RDWA 3RHBA 2REMA 1JZRA 3ZIVA 1OVNA 2LKUA 3IXRA 2CX4A 1PL2A 2P0GA 2MBTA 1Z7RA 4XTSA 3CXGA 3APSA 2YV9A 1KBNA 4ISDA 5AN1A 3KP9A 2JU5A 22GSA 2F8AA 16GSA 4E8EA 1AQWA 4N11A 5CRHA 4NPBA 1PX7A 1F37A 4TXOB 1GSUA 5CAXA 1JZOA 1XWCA 1AQXA 3RPNA 3HKRA 2B3SA 4IS0A 3HZ8A 1A8YA 1HD2A 2HLSA 3ZFLA 1J9BA 5CO3A 2KP2A 2N5BA 1T7PB 4RI7A 2GGTA 4D73A 1GNWA 5GAPD 1XOBA 2GLRA 2DJJA 3H4KA 4L5OA 1NW2A 1X5CA 5L71A 2I9HA 4GXZA 2AAWA 2YZHA 1K3YA 3FKFA 2EC4A 1ZZYA 4MJAA 1B48A 1PN9A 1YQ1A 1GP1A 2C0DA 2GVPA 4ECBA 2FGXA 2OADA 4DVCA 3FHKA 4NWYA 2DSAA 4DEJA 1X9SB 1TRSA 1FW1A 3TUEA 4DSRA 3HVVA 1O6JA 1T4YA 2FLSA 2O7KA 2VCXA 1GSDA 1GULA 3HZ4A 2RUEA 4OO5A 2M72A 4MJBA 4ZXGA 4I97A 1FB6A 3TRXA 2CZ3A 3LJRA 2DIZA 2ES7A 3ERWA 3TJBA 3HD5A 4MK3A 1N2AA 5JCGA 1EGOA 3GKXA 4Q5RA 1V2AA 5HQPA 3KD0A 5D96A 2E2GA 1O73A 4POLA 2OE3A 5G2ZA 1KTEA 4ZL9A 2VCVA 3M3MA 2LEGA 3G7JA 5JWOB 1OC9A 5ECLB 3H8QA 5B7CA 2YWNA 4WR5A 1URMA 3NOFA 2D2ZA 2P31A 3HCZA 1ON4A 1M2DA 4V2MA 4F9ZA 3F3RA 4GSNA 4FO5A 3ZZXA 5DALA 3GL5A 4HS1A 4BL7A 2DIYA 3ZVJD 5ECNB 2DC5A 3U6VA 4IJIA 2JADA 5EY6A 3FZ4A 2YP6A 1DUGA 3VWUA 3HJMA 4J2FA 2EIOA 2OA7A 2FNOA 1AW9A 3TJKA 2GQKA 4WEYA 1B8XA 5G5FA 4I8BA 4CDOA 2PU9C 4TRXA 5ID2B 4ECCA 1SU9A 3IR4A 2VL3A 3ZFBA 2H30A 1ILOA 2RLIA 4BWSA 3ERFA 2DJKA 4IKHA 3I69A 3UARA 3UVHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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