5HE4A

Bace-1 in complex with (4ar,7as)-7a-(2,6-difluorophenyl)-6-(5-fluoro-4-methoxy-6-methylpyrimidin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-2h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-2-iminium
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-Based Design of an Iminoheterocyclic beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitor that Lowers Central A beta in Nonhuman Primates.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 108
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5he4A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5he4A02
3LZVA 2QCIA 4R5NA 3QBFA 3OU1A 3SA9A 4UPJA 3OUBA 5P1NA 1EC3A 2BQVA 4KE1A 2UY0A 1EPNE 3D1XA 1AM5A 5P3HA 2Q15A 5OYRA 3EL0A 3LPJA 3UFNA 5OZVA 1QBTA 1EPPE 4LL3A 3NU6A 3ZKMA 1BV7A 3LIZA 3T6IA 2PWRA 5P25A 3SLZA 3DK1A 3PM4A 5P0NA 1A30A 3RTHA 3BUGA 5OZCA 5P7UA 1HSGA 3OHFA 3T11A 5P0CA 1DW6C 3APPA 5P1WA 1A8KA 3NSHA 2FDEA 3UDYA 8HVPA 2O4LA 3OXXA 5P7JA 5JFUA 3DV5A 2VJ6A 3NU4A 3OQFA 2I1AA 3NYGA 1D4IA 3BXRA 5P34A 5HE7A 5P3TA 5OZJA 3NWQA 3L5EA 5P0XA 5P7HA 3IN4A 4DPIA 5EZXA 4HDPA 3OADA 2R8NA 5P6BA 5KAOA 5P1JA 2B8LA 3QRSA 4APRE 2IS0A 5P3DA 4RYCA 1SIPA 4ER4E 5JODA 4Y51A 4Y4EA 4YE3A 5AH6A 3O99A 1W6IA 1LS5A 4HE9A 3VF3A 3EL5A 3OXVA 4COEA 1K1UA 4ZEAA 1XS7D 1HEGE 3UDHA 3PSUA 3EL9A 4GYEA 4L1AB 4R91A 5P8TA 5P0GA 4J1FA 3U71A 5UPJA 1NPAA 3TOGA 2IKOA 5AH7A 4B1EA 3TL9A 5P3VA 4EP2A 5P3UA 1B6LA 5P7GA 1IZEA 1HSHA 2V11C 4TVHA 1GNMA 3LZUA 1CPIA 5AH9A 4Y6MA 3CYWA 1ENTE 3NXNA 5KR0A 1HTEA 2AOIA 1MTRA 1UH9A 2HC0A 4Y4GA 3VUCA 2WHHA 2QI5A 4OC6B 5OZ1A 5P5VA 4FGXA 4B0QA 4B1CA 5E5KA 2VJ9A 4Y3RA 5P7WA 2A4FA 3QBHA 3G70A 2ZJNA 5KOQA 3SFCA 5P3IA 1BDQA 5P0IA 5P6GA 5OZHA 3O9LB 3VYEA 5OZEA 5P0EA 5P47A 4JPCA 5P7DA 3LIXA 4HA5A 5OZSA 5P4CA 2F3EA 2OHLA 4FSLA 2FDPA 1LEEA 3MSKA 1HHPA 5P19A 5P71A 4NJTA 4FRKA 1DAZC 5P0WA 7UPJA 2PK5A 1SMEA 5P4ZA 2VA6A 5P72A 4Y45A 1TSQA 3PB5A 1YM4A 4RRNA 1EPOE 4OBDA 2NXDA 2WL0A 5P45A 5P5OA 3S43B 2AVOA 5P44A 3FNUA 3K1WA 5F01A 5P3YA 3O9FA 5P6YA 4YHQA 4OBGA 5P61A 1FF0C 3IXJA 3NR6A 4Y4ZA 3D1YA 4LAPA 5OYTA 2WF1A 3GW5A 3SKFA 4Z4XA 1NPVA 5P5DA 4OD9A 3L59A 5COPA 1QRPE 1MSNA 3PLLA 2BPVA 4KB9A 3TKGA 4Y5BA 5P6OA 3CIBA 3NDXA 3ZKGA 3VV8A 2ZHUA 1AIDA 5DQ5A 1APWE 4RCEA 2IDWA 1GKTA 1SBGA 3UFLA 3ZOVA 4GJBA 4QJ2A 1ZLFA 3VSXA 2B7ZA 3WZ7A 2QI0A 3UDKA 1T6EX 5P23A 2AOEA 5DQCA 1HBVA 5P7MA 4DJRA 3KDCA 1XL2A 3PRSA 1HVIA 2B8VA 4YD5A 4YBFA 3QAAA 3JW2A 4J1IA 2PYNA 5P66A 5P3EA 1FLHA 2WECA 5IVSA 4CPTA 3S85A 1LF2A 2PSVA 5P1GA 3VFAA 2J9JA 1FFIC 3URLA 5P1FA 4DJYA 3OY4A 5P6RA 2R3TA 3URIA 5CLMA 4DQBA 3AUPA 5P3MA 2I4WA 2I4QA 4ZLSA 3KT5A 1CMSA 3CICA 3TPJA 1WBKA 5HVPA 1SGUA 1ODXA 1BVGA 4NJVA 5P69A 3K5CA 4JP9A 5P40A 3UPJA 2R3WA 1FMXA 5I3WA 5IE1A 4YD4A 4GJ5A 3DCKA 5ISJA 4J55A 3QRVA 3OTYA 3ZKNA 4AA8A 1OEWA 4Y38A 9HVPA 3QN8A 3IA9A 4ER2E 2ZGAA 3K4VA 1DIFA 5DR1A 5P24A 1W5XA 5P2WA 3FIVA 4NJSA 3GGAA 5DR4A 5P6QA 3L58A 2ZJJA 1RQ9A 1HPOA 1ZPAA 4QJ6A 5P12A 5P2BA 3Q70A 1GVVA 1T7IA 3QPJA 5P11A 5P18A 2FGUA 2OHRA 3OQDA 2XFJA 3PI5A 4HEGA 3FNTA 4OBFA 5P88A 2MIPA 4S1GA 5P5QA 5JG1A 4CPUA 3DCRA 1IZIA 2IENA 3RTMA 2FMBA 5P4DA 5P87A 1MVPA 2BJUA 3H5BA 1E5OE 3T7QA 1FIVA 4I0IA 5P7AA 4DI2A 5P7XA 5P3AA 3DUYA 5P78A 3PWMA 4OBZB 3GGVA 1MT7A 3OAGB 5P48A 4Y3AA 5P67A 5P02A 3KFSA 5P7OA 5P8AA 4GJAA 5P1QA 2A1EA 2O40A 2AZBA 1SGZA 5P1SA 3T7XA 3SKGA 5P8DA 4Z2ZA 2ER0E 3LPIA 5P64A 2FNTA 5OZQA 5B18A 3ZKIA 5P3JA 1QBRA 5HU1A 3CIDA 3OUDA 4Y3JA 4ZPEA 5P2VA 5P5CA 5P0HA 4JOOA 2CEJA 2H6TA 2WEZA 1GVTA 2OHUA 4Y4WA 2IKUA 5P8GA 2ER6E 1T7KA 1B5FB 3S7MA 2PSUA 4EYRA 5P3SA 3ZKQA 1EBYA 3OXCA 4NPUA 1GVWA 5P0DA 3WZ6A 2WEBA 4DPFA 3LITA 2NMZA 1IVQA 4GJDA 1BWAA 1C6XA 4RZ1A 3IXKA 4EJDA 2IL2A 5DGUA 2I4XA 1BILA 4K9HA 1LF4A 1OD1A 4Y3HA 1EPME 2HPFA 1XDHA 3LPKA 4RYGA 5KR2A 2JXRA 3K4VC 3VYFA 5P2EA 4Y5KA 3C9XA 3EL4A 5ER2E 1IDBA 5APRE 5IVTA 4K4QA 4I12A 3D3TA 5P8PA 5HDVA 1PPKE 4Y3WA 5OZ8A 5P0OA 3LZSA 4H3GA 1PPME 5P2UA 1GVXA 2RKFA 1AZ5A 3KMYA 5OZAA 4F73A 5P8CA 5JFPA 5P5AA 3I25A 3I7EA 1FQ5A 3PBDA 3CMSA 2RENA 3ZL7A 5IVRA 2V12C 4Y3XA 5P42A 1XE5A 5KOSA 4Y4DA 3ZPUA 1W51A 3EKQA 5P68A 4PHVA 1KJFA 3DJKA 1SIVA 1YG9A 3U6AA 4I8ZA 4Q1YA 2V0ZC 5PEPA 5P36A 5KR1A 5P4JA 3PMUA 2NNKA 4ER1E 2HB4A 1B6KA 2IGXA 3GGUA 3FX5A 1BWBA 1FG6C 5P81A 5P6JA 5P7EA 4J5JA 4FRJA 3EM3A 4Y3EA 2NMYA 5DPZA 2NR6A 1ZSRA 5P8MA 5P4TA 5P13A 3Q5HA 3KMXA 1QBUA 3PLDA 1FFFC 5OZFA 4Y5PA 5P7LA 5OZPA 5P2AA 5P4FA 5TOLA 4MC9A 4FAEA 3R2FA 1LYBA 4NJUA 5OZDA 4FLGA 4J1HA 3VEUA 5P77A 3KYRA 3HAUA 3OU4B 4ZPGA 1K2BA 4Y43A 5P3RA 2B60A 5OZ3A 4ZSPA 4Z22A 1KJHA 5P86A 5P7QA 2ZJLA 5DR8A 1HVSA 2WF0A 1M0BA 4Y5CA 5P83A 5P5UA 4PZXA 4LXKA 5IS4A 4Y36A 3DM6A 1MTBA 1HVKA 2QZXA 4TVGA 4L6BA 2AIDA 2WF4A 1SP5A 4DH6A 1YTHA 3FKTA 3NU3A 3ER5E 4FE6A 2AOCA 5OYVA 5OZXA 4RRSA 5P5BA 3OUCA 1RV7A 4BELA 4Y58A 5P6VA 1A94A 3BUFA 3HD8A 2G22A 1A8GA 1MERA 5P7KA 2QI1A 1Z8CA 3ST5A 4ZPFA 3QS1A 2P83A 1FQ4A 4L7JA 4AZYA 2BPXA 4YDGA 5OZWA 3G6ZA 2OHPA 5P22A 3VFBA 4NPTA 3SPKA 4Y3ZA 1QDMA 1IDAA 3K5GA 4FIVA 1IZHA 1SDUA 5P7CA 5P0MA 4DUSA 1HOSA 4YCTA 5C9FA 4GJCA 5P74A 4QJAA 5P0TA 5P57A 1W50A 4J0TA 2B7FA 3HZCA 3PWWA 5P4EA 4ZE6A 1HEFE 3INFA 1KJ4A 3SA3A 1EPRE 1C6YA 2F3KA 3SACA 1FMBA 3TLHA 2IEOA 3OQ7A 4GIDA 3LIYA 2APRA 3CYXA 2F80A 3HAWA 3INDA 3TNEA 2P3DA 4EP3A 5P30A 5P1DA 5P70A 2ZE1A 3WSJA 5P4AA 3AIDA 1KJGA 1TW7A 3U7SA 5P00A 3O9DA 5OYUA 3QRMA 5P80A 2ZJKA 2FLEA 2VJ7A 1U8GA 1XN3A 4DQEA 2QHYA 5P39A 1SMRA 5P5MA 3MXEA 1HTFA 1K6PA 4Y5GA 5P1OA 2IRZA 4K4RA 5P5NA 3OK9A 3KM4A 4Y44A 5P0AA 3OOZA 4OBJA 3RVIA 4EJLA 5ISKA 4D85A 5P7BA 5P7FA 4L7GA 4DJUA 4HDBA 1HVRA 5P7ZA 5P7SA 4FS4A 4I10A 2V10C 5P2QA 1YT9A 1BVEA 1FGCC 5P2DA 1LYWB 3PEPA 3BC4A 5DQ4A 1EEDP 1KJ7A 4U7QA 3HW1A 3I6OA 2G1SA 3HVGA 1DPJA 2WEAA 3SA7A 5SXNA 1VIJA 1HRNA 1MIQA 4Y5NA 1NH0A 2ER9E 3URJA 2QMGA 5ENMA 1ME6A 1YTIA 2G1YA 1D4YA 4ACXA 1GNOA 3D1ZA 4XKXA 5P4VA 2P4JA 5P3XA 4CPWA 4Y3PA 1ZPKA 5P6DA 1BDRA 3RSVA 2AODA 5P63A 1SDVA 1LV1A 4L1AA 2QK5A 3MSLA 4B77A 4CPXA 4DQCA 3OGQA 2QI7A 5P1LA 5HD0A 4I0FA 4B1DA 5P0BA 4BEKA 4HZTA 4CMSA 4CPSA 2CENA 3DOXA 4I0HA 1AJXA 2QZLA 1EBKC 3NXEA 4DJVA 2Q11A 3O9HA 5P7VA 5HU0A 5P6PA 2VIJA 5P2CA 3H0BA 3BVBA 4Y4AA 4Y3YA 3TKWA 1QS8A 5E5JA 3CKRA 1ER8E 5P5HA 5P5KA 4PZWA 4OC6A 2VIEA 1ZBGA 5KQYA 3JVWA 4WTUA 5P6EA 5OZ5A 2QHZA 4K4PA 3NDTA 5P1IA 5P4LA 3GI0A 5P0RA 4MC2A 3APRE 3O9LA 3PCWA 2G94A 1EC1A 3OXWA 2NXMA 3QVIA 2PC0A 5P6ZA 1IVPA 3NU5A 1HVHA 4AUCA 3EBZA 5P6TA 1WBMA 2QU3A 2QP8A 4HDFA 5AHBA 4OBKA 2G1OA 1APVE 4YDFA 5KQFA 5P8VA 2QD6A 4B05A 5OYWA 3S56A 1BXQA 2WKZA 2XYEA 2RSPA 1NPWA 5I3XA 3OGPA 5BS4A 4Y37A 2OHSA 3S43A 2R38A 5P2RA 4LXAA 1T7JA 5P53A 3GI5A 1B6MA 4I8WA 5P5FA 1W5WA 4B78A 2HIZA 1Z1RA 2FXEA 3IVIA 2AVQA 3T7PA 1NSOA 3IXOA 4Y5MA 1IBQA 2HB3A 5P0SA 2VKMA 5OZOA 3T3CA 2R43A 4H1EA 5HCTA 5P4XA 3GI4A 3B80A 3ECGA 3Q4BA 5SY3A 1YM2A 1ZSFA 5P1MA 3O9AA 1AJVA 2BPZA 4R93A 3RU1A 2RKGA 4QJ8A 4NKKA 4MC6A 2FNSA 2FXDA 1DP5A 3PCZA 1YX9A 2R5PA 1WKRA 2PK6A 3A2OA 5BWYA 1MT9A 2V13A 4Y3TA 2NNPA 2AVSA 3IN3A 4BFDA 5P2GA 3KFNA 3O9IA 5KR8A 3DV1A 4RCDA 3BXSA 1UPJA 4Q1NA 4QLHA 5P8LA 4JECA 4Y48A 2V00A 2QZKA 3KDBA 3EMYA 3UDRA 1MT8A 1LYAB 2FGVA 4HLAA 3N4LA 3VG1A 4U8WA 5OZ2A 2F3FA 5P33A 1FQXA 3UDQA 3HBOA 5P1ZA 3NDWA 1G35A 3VV7A 5P8FA 2VA5A 2VS2A 5AHCA 1SH9A 5P4NA 3UQRA 1HPSA 5P5SA 5P62A 3OHHA 4X2LA 5P1AA 1FQ8A 1J71A 6FIVA 2NPHA 3QI1A 4YD3A 1PFZA 1K6CA 4ZSRA 5P51A 1PROA 3L5FA 2JYSA 4Y3GA 5P6AA 4Q5MA 1EC2A 3O9EA 3MWSA 5P26A 5P4HA 1XE6A 5COOA 2XYFA 2AZCA 5P2SA 5P1HA 4BFBA 5P0JA 3HVPA 4FM8A 2BB9A 3BGBA 5HCOA 5P8JA 1YTJA 3KT2A 1ZTZA 2J9KA 5P3LA 4YCKA 2QI4A 2HM1A 3LIVA 1C6ZA 1ZP8A 4N00A 4RVXA 5OZ4A 5P4SA 5P52A 1MSMA 1ZAPA 4GJ8A 5P5TA 2VNMA 3B7VA 5P4PA 1D4LA 3K5FA 5P2FA 3WB5A 1G2KA 2VA7A 5P01A 1PSAA 2AVVA 5P6IA 1PSNA 5P06A 4J1KA 4XXSA 2ZJHA 3UQPA 4EJKA 5P3CA 5P4BA 4DJXA 2P3BB 3M9FA 4OBZA 2ER7E 3OAGA 4IVTA 4J0ZA 5P6HA 5P2YA 4I0GA 5P58A 5P17A 3ZKXA 3R0YA 3EL1A 4Q1XA 1UH8A 3UDPA 1EPQE 1C70A 4FM7A 2NTRA 4J0PA 5HDZA 4H3JA 3PSGA 2AQUA 3S2OA 2QD7A 5P82A 3OU1B 5P1PA 4Y3LA 1M43A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LZV A;  2QCI A;  4R5N A;  3QBF A;  3OU1 A;  3SA9 A;  4UPJ A;  3OUB A;  5P1N A;  1EC3 A;  2BQV A;  4KE1 A;  2UY0 A;  1EPN E;  3D1X A;  1AM5 A;  5P3H A;  2Q15 A;  5OYR A;  3EL0 A;  3LPJ A;  3UFN A;  5OZV A;  1QBT A;  1EPP E;  4LL3 A;  3NU6 A;  3ZKM A;  1BV7 A;  3LIZ A;  3T6I A;  2PWR A;  5P25 A;  3SLZ A;  3DK1 A;  3PM4 A;  5P0N A;  1A30 A;  3RTH A;  3BUG A;  5OZC A;  5P7U A;  1HSG A;  3OHF A;  3T11 A;  5P0C A;  1DW6 C;  3APP A;  5P1W A;  1A8K A;  3NSH A;  2FDE A;  3UDY A;  8HVP A;  2O4L A;  3OXX A;  5P7J A;  5JFU A;  3DV5 A;  2VJ6 A;  3NU4 A;  3OQF A;  2I1A A;  3NYG A;  1D4I A;  3BXR A;  5P34 A;  5HE7 A;  5P3T A;  5OZJ A;  3NWQ A;  3L5E A;  5P0X A;  5P7H A;  3IN4 A;  4DPI A;  5EZX A;  4HDP A;  3OAD A;  2R8N A;  5P6B A;  5KAO A;  5P1J A;  2B8L A;  3QRS A;  4APR E;  2IS0 A;  5P3D A;  4RYC A;  1SIP A;  4ER4 E;  5JOD A;  4Y51 A;  4Y4E A;  4YE3 A;  5AH6 A;  3O99 A;  1W6I A;  1LS5 A;  4HE9 A;  3VF3 A;  3EL5 A;  3OXV A;  4COE A;  1K1U A;  4ZEA A;  1XS7 D;  1HEG E;  3UDH A;  3PSU A;  3EL9 A;  4GYE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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